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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4001 | 2025-10-06 |
Sex-specific regulatory architecture of pancreatic islets from subjects with and without type 2 diabetes
2024-Dec, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00313-z
PMID:39567827
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单核ATAC测序技术,结合激素分泌和生物能量学分析,揭示了2型糖尿病患者胰岛细胞中性别特异性调控机制 | 首次在人类胰岛中系统揭示2型糖尿病性别差异的表观遗传调控机制,发现性别染色体和常染色体在疾病状态下的不同调控模式 | 样本量相对有限(52名供体),且为观察性研究,无法确定因果关系 | 探究2型糖尿病患者胰岛细胞中性别特异性调控机制及其与疾病发生的关系 | 人类胰腺胰岛细胞(来自52名2型糖尿病患者和非糖尿病供体) | 单细胞多组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, 激素分泌测定, 生物能量学分析, GWAS | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 生理功能数据 | 52名人类供体(包括2型糖尿病患者和非糖尿病对照) | NA | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序 | NA | NA |
4002 | 2025-10-06 |
Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae645
PMID:39460943
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研究论文 | 开发了一个名为Collapsible Tree的交互式网络应用程序,用于展示可折叠的层次结构数据可视化 | 提出了一个JavaScript框架和交互式网络应用,能够在单一层次图中同时展示细胞状态和基因表达数据,克服了t-SNE和UMAP需要分开展示且无法捕捉层次结构的局限性 | NA | 开发交互式数据可视化工具,用于展示层次结构数据 | 单细胞转录组学数据中的细胞谱系结构和基因表达模式 | 数据可视化 | NA | 单细胞转录组学 | JavaScript框架 | 基因表达数据、层次结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4003 | 2025-10-06 |
Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis
2024-10-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52990-3
PMID:39379371
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研究论文 | 通过单细胞多组学测序技术分析Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症患者的组织特异性免疫反应 | 首次对SJS/TEN患者进行单细胞转录组、表面蛋白质组和T细胞受体测序的综合分析,识别出组织特异性细胞亚群和致病机制 | 样本量相对较小(15例患者),为罕见疾病研究 | 阐明SJS/TEN疾病的细胞免疫发病机制 | 15名SJS/TEN患者的未受累皮肤、受累皮肤和水疱液 | 单细胞多组学 | Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症 | 单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、T细胞受体测序 | NA | 单细胞多组学数据 | 15例患者,共109,888个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞蛋白质组学, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
4004 | 2025-10-06 |
Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation
2024-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339
PMID:39303666
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了甲氨蝶呤在系统性炎症下通过损害肺泡上皮细胞干性而加重间质性肺病的机制 | 首次在单细胞水平揭示甲氨蝶呤对RA相关间质性肺病的恶化作用及其与肺泡上皮细胞干性受损的关联 | 研究主要基于小鼠模型,人类队列验证相对有限 | 探究甲氨蝶呤和TNF抑制剂对类风湿关节炎相关间质性肺病的影响 | SKG小鼠模型和人类RA-ILD患者队列 | 单细胞转录组学 | 间质性肺病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4005 | 2025-10-06 |
Deciphering the role of LGALS2: insights into tertiary lymphoid structure-associated dendritic cell activation and immunotherapeutic potential in breast cancer patients
2024-Sep-30, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02126-4
PMID:39350165
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研究论文 | 通过整合分析乳腺癌转录组数据,发现LGALS2是三级淋巴结构中的关键标志物,并揭示其在树突状细胞激活和免疫治疗中的潜力 | 首次通过生物网络计算策略和机器学习方法识别LGALS2作为三级淋巴结构的关键标志物,并阐明其在树突状细胞激活中的作用机制 | NA | 探索LGALS2在乳腺癌三级淋巴结构中的作用及其免疫治疗潜力 | 乳腺癌患者样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞测序,空间转录组学,免疫组织化学,HE染色 | 机器学习 | 转录组数据 | 超过6000个乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
4006 | 2025-10-06 |
Permethrin exposure primes neuroinflammatory stress response to drive depression-like behavior through microglial activation in a mouse model of Gulf War Illness
2024-Sep-13, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03215-3
PMID:39272155
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研究论文 | 本研究通过建立海湾战争疾病小鼠模型,探讨了氯菊酯暴露如何通过小胶质细胞激活引发神经炎症应激反应并导致抑郁样行为 | 首次揭示氯菊酯暴露可通过启动小胶质细胞的炎症激活状态,在心理应激触发下导致抑郁样行为和神经可塑性改变 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类临床转化的有效性需进一步验证 | 评估氯菊酯暴露是否能够启动神经炎症应激反应并引发与海湾战争疾病相关的精神症状 | 海湾战争疾病小鼠模型 | 神经科学 | 海湾战争疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据 | 21,566个从小鼠海马体收集的单细胞核 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4007 | 2025-10-06 |
SCIntRuler: guiding the integration of multiple single-cell RNA-seq datasets with a novel statistical metric
2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae537
PMID:39226185
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研究论文 | 开发了一种名为SCIntRuler的新型统计指标,用于指导多个单细胞RNA-seq数据集的整合 | 提出首个用于指导单细胞RNA-seq数据集整合的统计指标,帮助研究人员决定是否需要数据整合以及选择合适的整合方法 | NA | 解决多个单细胞RNA-seq数据集整合时的决策问题,包括是否需要整合以及选择何种整合方法 | 单细胞RNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
4008 | 2024-08-07 |
Advancing sequencing-based spatial transcriptomics with a comprehensive benchmarking study
2024-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02326-2
PMID:38977827
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
4009 | 2025-10-06 |
Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608866
PMID:39229219
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研究论文 | 本研究通过多尺度成像和单细胞转录组学揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制 | 发现了鸡特异性表达KRT14的肺泡细胞新类型(腔细胞),揭示了初级分支通过近端-远端融合形成肺副支气管的新机制 | 研究主要聚焦鸡肺发育过程,与哺乳动物肺发育的对比分析相对有限 | 阐明鸟类肺脏单向气流的发育适应机制及其与哺乳动物双向气流的差异 | 鸡肺发育关键阶段的组织样本 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多尺度3D成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 鸡肺发育关键阶段样本 | 华大基因 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | Stereo-seq | 华大基因Stereo-seq空间转录组技术 |
4010 | 2025-10-06 |
Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism
2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox13080978
PMID:39199224
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研究论文 | 本研究探讨重金属暴露对鞘脂代谢稳态和氧化应激的影响 | 首次系统评估局部高浓度重金属对鞘脂代谢途径的差异调节作用 | 主要基于体外和离体组织模型,缺乏体内验证 | 阐明重金属暴露如何通过调控鞘脂代谢影响呼吸系统疾病 | 肺细胞群体和三维离体人体肺组织 | 分子生物学 | 哮喘 | 空间转录组学, 实时定量PCR, 鞘脂组学分析 | 体外模型系统, 三维离体组织模型 | 转录组数据, 代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4011 | 2025-10-06 |
Thrombospondin-1 promotes fibro-adipogenic stromal expansion and contractile dysfunction of the diaphragm in obesity
2024-Jul-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175047
PMID:38954467
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研究论文 | 本研究揭示血小板反应蛋白-1在肥胖诱导的膈肌纤维-脂肪基质扩张和收缩功能障碍中的关键作用 | 首次证明THBS1通过驱动纤维-脂肪祖细胞增殖介导肥胖膈肌重构,并确定Thbs1基因敲除可保护膈肌收缩功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究THBS1在肥胖相关膈肌功能障碍中的分子机制 | 野生型和Thbs1基因敲除小鼠的膈肌组织 | 分子生物学 | 肥胖相关呼吸功能障碍 | 单细胞转录组测序, 批量转录组测序 | NA | 基因表达数据, 组织学数据 | 野生型和Thbs1基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
4012 | 2025-10-06 |
Integration of spatial and single-cell data across modalities with weakly linked features
2024-Jul, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01935-0
PMID:37679544
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研究论文 | 提出一种跨模态数据整合方法MaxFuse,能够在特征弱关联情况下实现高质量的空间和单细胞数据整合 | 通过迭代共嵌入、数据平滑和细胞匹配,利用各模态全部信息实现弱关联特征下的高质量数据整合 | 未提及方法在极大规模数据集上的计算效率问题 | 开发跨模态数据整合方法以克服特征弱关联的限制 | 空间和单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序、空间转录组、蛋白质组学 | 迭代共嵌入算法 | 空间蛋白质组数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组、蛋白质组学 | NA | NA |
4013 | 2025-10-06 |
Challenges and opportunities in cancer immunotherapy: a Society for Immunotherapy of Cancer (SITC) strategic vision
2024-Jun-19, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009063
PMID:38901879
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综述 | 本文提出癌症免疫治疗领域的战略愿景,通过专家共识确定七大优先发展领域和三项关键指导原则 | 首次系统提出癌症免疫治疗未来十年发展的战略框架,整合多方专家共识确定优先发展方向 | 基于专家共识而非原始研究数据,具体实施路径需要进一步验证 | 确定癌症免疫治疗领域的机遇与挑战,优先规划具有最大临床潜力的发展方向 | 癌症免疫治疗领域的学术、产业、监管和患者社区专家共识 | 癌症免疫学 | 癌症 | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | 专家意见,共识文件 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
4014 | 2025-10-06 |
Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy
2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.15.599167
PMID:38915676
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研究论文 | 通过批量RNA测序和空间转录组学分析人类外周神经,揭示糖尿病外周神经病变的分子机制 | 首次在人类外周神经中发现神经元mRNA定位现象,并揭示感觉轴突mRNA运输在神经退行性病变中的潜在作用 | 样本主要来自糖尿病患者的下肢截肢神经,样本来源相对单一 | 深入理解糖尿病外周神经病变的分子机制和疾病过程 | 胫神经和腓肠神经(来自下肢截肢手术) | 空间转录组学 | 糖尿病外周神经病变 | bulk RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | 主要来自糖尿病患者的下肢截肢神经样本 | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
4015 | 2025-10-06 |
Single-cell multi-ome and immune profiles of the Inspiration4 crew reveal conserved, cell-type, and sex-specific responses to spaceflight
2024-Jun-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49211-2
PMID:38862516
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研究论文 | 通过分析SpaceX Inspiration4宇航员的单细胞多组学和免疫数据,揭示太空飞行对免疫系统的保守性和特异性影响 | 首次在商业太空任务中整合单细胞多组学、细胞游离RNA和空间转录组学数据,识别出跨物种保守的太空飞行基因表达特征 | 样本量较小(仅4名宇航员),需要在更大规模任务中验证发现 | 表征太空飞行对宇航员免疫系统的影响机制 | SpaceX Inspiration4任务宇航员 | 空间生物学 | 免疫系统紊乱 | 单细胞多组学测序, 细胞游离RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据, 生化数据, 血液学数据 | 4名宇航员 | 10x Genomics | 单细胞多组学, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 单细胞多组学测序平台, 空间转录组学FFPE方案 |
4016 | 2025-10-06 |
Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes
2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.11.589096
PMID:38645001
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示人类胰岛细胞调控结构的性别差异及其与2型糖尿病发病机制的关系 | 首次系统揭示人类胰岛细胞在基因可及性和表达方面存在的性别差异,并发现2型糖尿病发展过程中女性β细胞出现线粒体功能衰竭的特征 | 研究样本量相对有限,且使用体外培养的胰岛可能无法完全反映体内真实情况 | 探究人类胰岛细胞调控结构的性别差异及其在2型糖尿病发病机制中的作用 | 人类胰岛细胞,包括来自52名供体(含37名来自HPAP数据集)的胰岛样本 | 单细胞生物学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, 动态激素分泌测定, 生物能量学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 生理功能数据 | 最多52名供体(包括糖尿病患者和非糖尿病患者) | NA | 单细胞RNA-seq, 单核ATAC-seq | NA | NA |
4017 | 2025-10-06 |
IL-17 signaling in primary sclerosing cholangitis patient-derived organoids
2024-06-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000454
PMID:38829197
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研究论文 | 本研究利用原发性硬化性胆管炎患者来源的胆管器类器官研究IL-17信号通路的作用机制 | 首次在PSC患者来源的胆管器类器官中直接评估IL-17A刺激的反应,并发现PSC与非PSC类器官对IL-17刺激的不同反应模式 | 未发现IL-17通路相关基因的罕见变异,样本来源有限 | 探究IL-17信号通路在原发性硬化性胆管炎发病机制中的作用 | 原发性硬化性胆管炎患者和非PSC患者的肝外胆管器类器官 | 疾病机制研究 | 原发性硬化性胆管炎 | 单细胞RNA测序,转录组学,分泌组分析,基因组测序 | 类器官模型 | 基因表达数据,分泌蛋白数据,基因组变异数据 | PSC患者和非PSC患者来源的胆管细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4018 | 2025-10-06 |
Stem-cell states converge in multistage cutaneous squamous cell carcinoma development
2024-05-31, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adi7453
PMID:38815020
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研究论文 | 通过构建基因表达网络并结合谱系追踪和单细胞RNA测序,揭示皮肤鳞状细胞癌多阶段发展过程中干细胞状态的收敛现象 | 发现癌前肿瘤细胞中表达谱系可塑性和耐药性标记的细胞状态收敛现象,并揭示增殖状态与多谱系可塑性状态之间的互斥关系 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证尚需进一步研究 | 探索干细胞在癌症发展过程中的作用机制 | 小鼠正常组织和肿瘤组织 | 癌症生物学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪, 基因表达网络分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 数百个小鼠组织样本(包括正常和肿瘤组织) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4019 | 2025-10-06 |
Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment
2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.28.595971
PMID:38853821
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研究论文 | 本研究揭示了先驱因子ETV2通过招募抑制因子REST来限制替代谱系承诺,从而保障内皮细胞特化的机制 | 首次发现ETV2通过招募转录抑制因子REST来抑制非内皮细胞谱系基因,揭示了先驱因子招募抑制因子以限制替代谱系承诺的新机制 | 研究主要基于体外诱导多能干细胞分化系统,需要在体内模型中进一步验证 | 探索ETV2驱动细胞命运特化的分子机制,特别是内皮细胞谱系特化过程 | 人诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞和内皮细胞 | 发育生物学 | NA | CUT&RUN, 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因组学数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
4020 | 2025-10-06 |
Multiplexed single-cell lineage tracing of mitotic kinesin inhibitor resistance in glioblastoma
2024-05-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114139
PMID:38652658
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研究论文 | 本研究利用单细胞谱系追踪技术分析胶质母细胞瘤对KIF11抑制剂的耐药机制 | 首次在患者来源的胶质母细胞瘤神经球中结合谱系追踪条码和单细胞RNA测序技术研究KIF11抑制剂耐药性 | 主要基于体外模型研究,动物模型验证相对有限 | 探究胶质母细胞瘤对KIF11抑制剂ispinesib的耐药机制和潜在联合治疗策略 | 患者来源的胶质母细胞瘤神经球、患者来源的异种移植模型、人源离体胶质母细胞瘤切片 | 单细胞测序 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 患者来源的胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |