单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3981	2025-03-01	Loss of p73 Expression Contributes to Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2024-01-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202303-0503OC PMID:37931077	研究论文	本文探讨了p73表达缺失在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并通过小鼠模型和人类样本研究验证了这一假设	首次揭示了p73表达缺失与COPD病理之间的直接联系，并提供了吸烟和COPD对p73表达影响的实验证据	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，可能影响结果的普遍性	确定p73缺失是否会导致小鼠出现COPD样表型，并探讨吸烟或COPD是否影响p73表达	小鼠模型、吸烟者和COPD患者的呼吸道上皮细胞	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	电子显微镜、流式细胞术、形态计量学、强制振荡技术、单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	小鼠模型、82名当前吸烟者、69名前吸烟者、11名COPD患者、12名无COPD的对照者
3982	2025-03-01	Underrepresentation of activating KIR gene expression in single-cell RNA-seq data is due to KIR gene misassignment 2024-Jan, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350590 PMID:37944995	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序数据中激活KIR基因表达不足的问题，指出这是由于KIR基因的错误分配所致	揭示了标准单细胞RNA测序比对流程在KIR转录本分配上的倾向性问题，特别是激活KIR转录本常被误分类为抑制性KIR表达	未提及具体的研究限制	研究单细胞RNA测序数据中KIR基因表达量的准确性	KIR基因转录本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3983	2025-03-01	Interleukin 13 Promotes Maturation and Proliferation in Metaplastic Gastroids 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101366 PMID:38815928	研究论文	本文研究了IL-13在SPEM细胞成熟和增殖中的作用，并建立了一个可靠的体外器官模型Meta1 gastroids来模拟SPEM细胞	首次建立了Meta1 gastroids模型来模拟SPEM细胞，并揭示了IL-13通过STAT6信号通路促进SPEM细胞成熟和增殖的分子机制	研究主要基于体外模型，尚未在体内验证IL-13对SPEM细胞的影响	探讨IL-13在SPEM细胞成熟和增殖中的分子作用	SPEM细胞、Meta1 gastroids模型、ILC2s	细胞生物学	胃黏膜再生	单细胞RNA测序、细胞分选、三维共培养、STAT6抑制	Meta1 gastroids模型	基因表达数据、细胞培养数据	Mist1-Kras转基因小鼠和IL-13-tdTomato报告小鼠的胃组织
3984	2025-03-01	Immunophenotypic correlates of sustained MRD negativity in patients with multiple myeloma 2023-09-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40966-8 PMID:37660077	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体β测序以及CyTOF质谱流式细胞术，全面分析了多发性骨髓瘤患者的免疫系统，旨在发现长期治疗反应的关联因素	首次在多发性骨髓瘤患者中，通过单细胞RNA测序和CyTOF质谱流式细胞术，纵向分析了免疫微环境的变化，并发现了与持续微小残留病（MRD）阴性状态相关的免疫表型特征	样本量较小（23名患者），且仅观察了一年的治疗反应，长期效果尚不明确	探讨多发性骨髓瘤患者在接受持续来那度胺维持治疗期间，免疫微环境对长期治疗反应的影响	新诊断的多发性骨髓瘤患者	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, T细胞受体β测序, CyTOF质谱流式细胞术	NA	RNA测序数据, 质谱流式细胞数据	23名患者
3985	2025-03-01	Network analysis of large-scale ImmGen and Tabula Muris datasets highlights metabolic diversity of tissue mononuclear phagocytes 2023-02-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112046 PMID:36708514	研究论文	本文通过代谢网络分析，研究了单核吞噬细胞（MNP）在不同组织中的代谢多样性，并开发了一种基于网络的基因和代谢物（GAM）聚类方法	引入了三个大规模转录数据集，并开发了一种新的网络计算方法GAM聚类，用于无偏识别关键代谢子网络	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类MNP的代谢多样性	理解单核吞噬细胞在不同组织中的代谢多样性	单核吞噬细胞（MNP）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	GAM聚类	转录数据	337个样本（ImmGen MNP数据集），202个样本（ImmGen Phase I数据集），51,364个细胞（Tabula Muris Senis数据集）
3986	2025-03-01	Cross center single-cell RNA sequencing study of the immune microenvironment in rapid progressing multiple myeloma 2023-Jan-26, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-022-00340-x PMID:36702834	研究论文	本研究通过多中心单细胞RNA测序技术，探讨了快速进展型多发性骨髓瘤（MM）患者免疫微环境的特征	首次在多中心背景下使用单细胞RNA测序技术分析快速进展型MM的免疫微环境，揭示了与疾病快速进展相关的细胞类型和信号通路	样本量相对较小（18名患者），且仅分析了诊断时的骨髓样本，未涵盖疾病进展过程中的动态变化	探讨快速进展型多发性骨髓瘤的免疫微环境特征，以识别促进疾病快速进展的因素	18名多发性骨髓瘤患者的48个CD138骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	102,207个细胞，来自18名患者的48个骨髓样本
3987	2025-03-01	Internal oligo(dT) priming introduces systematic bias in bulk and single-cell RNA sequencing count data 2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac035 PMID:35651651	研究论文	本文研究了在RNA测序中使用oligo(dT)引物进行mRNA富集和逆转录引发的系统性偏差问题，并开发了一种计算算法来识别和去除这些偏差	首次全面描述了内部oligo(dT)引发对基因表达量化的影响，并开发了一种新的计算算法来解决这一问题	研究主要基于公共数据集，可能无法涵盖所有实验条件和平台	探讨内部oligo(dT)引发对RNA测序数据的影响，并开发解决方案以提高基因表达测量的准确性	多个公共数据集中的bulk和单细胞RNA测序数据	转录组学	NA	RNA测序	计算算法	RNA测序数据	多个公共数据集
3988	2025-02-28	NOTCH1 dimeric signaling is essential for T-cell leukemogenesis and leukemia maintenance 2025-Feb-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027020 PMID:40009499	研究论文	本文探讨了NOTCH1二聚体信号在T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）发生和维持中的关键作用	揭示了NOTCH1二聚体信号在人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）白血病发生中的重要性，并鉴定了依赖Notch二聚化的基因特征	研究主要基于合成模型和患者来源的异种移植（PDXs），可能不完全反映所有T-ALL病例的复杂性	研究NOTCH1二聚体信号在T-ALL发生和维持中的作用	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和T-ALL患者来源的异种移植（PDXs）	癌症研究	T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）	RNA/Chip-sequencing, 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和T-ALL患者来源的异种移植（PDXs）
3989	2025-02-28	Identification of Mitochondrial-related Characteristic Biomarkers in Osteosarcoma using Bioinformatics and Machine Learning 2025-Feb-25, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073350964241203080017 PMID:40012292	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法，识别了与骨肉瘤（OS）相关的线粒体特征生物标志物	首次结合生物信息学分析和机器学习算法（LASSO回归和SVM-RFE）识别了骨肉瘤中线粒体相关差异表达基因（MitoDEGs），并验证了其在免疫细胞浸润和微环境中的作用	研究主要依赖于公共数据库的mRNA表达数据，实验验证仅限于体外RT-PCR，缺乏体内实验验证	探索骨肉瘤中线粒体相关基因的诊断标志物及其在免疫调节中的作用	骨肉瘤（OS）患者	生物信息学	骨肉瘤	RNA-seq, scRNA-seq, RT-PCR	LASSO回归, SVM-RFE	mRNA表达数据	来自GSE16088和GSE19276数据库的骨肉瘤样本
3990	2025-02-28	Comprehensive Analysis of TCR and BCR Repertoires: Insights into Methodologies, Challenges, and Applications 2025-Feb-24, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-024-00034-z PMID:39994831	review	本文综述了T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）多样性分析的关键方法、挑战和应用	整合了免疫学、生物信息学和临床研究，提供了对免疫功能、治疗反应和精准医学方法的深入见解	NA	探讨TCR和BCR序列分析的方法和应用	T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）	生物信息学	NA	RNA测序	NA	序列数据	NA
3991	2025-02-28	A Temporal and Spatial Atlas of Adaptive Immune Responses in the Lymph Node Following Viral Infection 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.31.635509 PMID:39975238	研究论文	本文介绍了一种名为AIR-SPACE的整合方法，结合高分辨率空间转录组学和高保真长读长测序技术，用于分析病毒感染后淋巴结中适应性免疫细胞的空间组织	AIR-SPACE方法首次实现了在原生空间背景下同时分析细胞转录组和适应性免疫受体（AIR）库	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	研究目的是理解病毒感染后淋巴结中适应性免疫反应的空间和时间动态	研究对象为小鼠腘淋巴结在痘苗病毒感染后的适应性免疫反应	免疫学	病毒感染	高分辨率空间转录组学，高保真长读长测序	NA	空间转录组数据，长读长测序数据	五个不同时间点的小鼠腘淋巴结样本
3992	2025-02-28	Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635593 PMID:39975097	研究论文	本文介绍了一种名为causarray的双重稳健因果推断框架，用于分析基于阵列的基因组数据，旨在解决观察性基因组数据中未测量混杂因素的问题	causarray框架结合了广义混杂因素调整方法和灵活的机器学习技术，能够在多种设置下稳健地分离处理效应和混杂因素，并保留生物信号	NA	解决观察性基因组数据中未测量混杂因素的问题，揭示因果关系	基于阵列的基因组数据，包括批量细胞和单细胞水平的数据	基因组学	自闭症, 阿尔茨海默病	单细胞测序, CRISPR技术	NA	基因组数据	两个单细胞基因组研究：一个涉及发育中的小鼠大脑的自闭症风险基因的体内Perturb-seq研究，另一个涉及使用三个人类大脑转录组数据集的阿尔茨海默病病例对照研究
3993	2025-02-28	MAP3K4 signaling regulates HDAC6 and TRAF4 coexpression and stabilization in trophoblast stem cells 2025-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.108116 PMID:39710325	研究论文	本文研究了MAP3K4信号在滋养层干细胞中调控HDAC6和TRAF4共表达和稳定的机制	揭示了MAP3K4、HDAC6和TRAF4在胎盘发育中的新关联，并发现了Traf4与Map3k4或Hdac6在胎盘迷路分化过程中的共表达转换	研究主要基于小鼠模型，人类胎盘中的相关机制尚需进一步验证	探讨MAP3K4信号在胎盘发育中的作用及其与HDAC6和TRAF4的关系	小鼠滋养层干细胞和胎盘组织	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠滋养层干细胞和胎盘组织样本
3994	2025-02-28	Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr 2025-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635498 PMID:39975411	研究论文	本文介绍了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析细胞类型组成的变化	crumblr方法在细胞谱系层次结构的多个层次上进行统计测试，采用多变量方法提高检测能力，相比现有方法在控制假阳性率的同时增加了检测能力	NA	开发一种统计方法，用于识别细胞类型频率的变化	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	前列腺癌, 结核病, SARS-CoV-2感染	单细胞RNA测序	线性混合模型	单细胞RNA测序数据	NA
3995	2025-02-27	Optimizing duodenal tissue acquisition for mechanistic studies of duodenal ablation in type 2 diabetes 2025, Endoscopy international open IF:2.2Q2 DOI:10.1055/a-2503-2135 PMID:40007651	研究论文	本文介绍了一种优化的十二指肠组织采集协议，用于研究2型糖尿病和代谢综合征中十二指肠消融后的形态学变化	使用十二指肠冷圈套切除术创建组织微阵列（TMAs）并进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），以解决传统活检中组织方向变异性的问题	研究样本量较小，DIRECT研究中仅包括9名患者，EMINENT-2研究中样本量未明确	优化十二指肠组织采集协议，以支持十二指肠消融对代谢综合征和2型糖尿病影响的机制研究	接受上消化道内镜介入治疗的患者	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	DIRECT研究中9名患者，共16次冷圈套切除术；EMINENT-2研究中38次冷圈套切除术
3996	2025-02-28	Integrated Bioinformatic Analyses Reveal Thioredoxin as a Putative Marker of Cancer Stem Cells and Prognosis in Prostate Cancer 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251319872 PMID:40008390	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了硫氧还蛋白（TXN）作为前列腺癌干细胞（CSCs）的潜在标志物及其与预后的关系	首次发现TXN在前列腺癌干细胞中的高表达及其与患者不良预后的相关性，提出TXN可能作为新的治疗靶点	样本量有限，需进一步进行体外和体内实验验证TXN是否功能性地调节前列腺癌干细胞	识别调节干细胞特性的新因素并预测前列腺癌的预后	前列腺癌干细胞（CSCs）	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因集富集分析（GSEA）	NA	RNA测序数据	2个前列腺癌组织的单细胞RNA测序数据集
3997	2025-02-28	HIV persists in late coronary atheroma and is associated with increased local inflammation and disease progression 2024-Oct-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5125826/v1 PMID:39483879	研究论文	本研究通过DNA/RNA检测、空间转录组学和高分辨率质谱分析，对HIV感染者与非感染者的冠状动脉和主动脉进行了全面评估，揭示了HIV感染者晚期动脉粥样硬化斑块中更高的炎症水平与HIV拷贝数的相关性	首次在HIV感染者的晚期动脉粥样硬化斑块中发现HIV持续存在，并揭示了其与局部炎症增加和疾病进展的关联	研究样本来自已故患者，可能无法完全反映活体情况	探讨HIV感染者中动脉粥样硬化进展的免疫机制	HIV感染者和非感染者的冠状动脉和主动脉	NA	心血管疾病	DNA/RNA检测, 空间转录组学, 高分辨率质谱分析	NA	生物样本数据	已故HIV感染者和非感染者的冠状动脉和主动脉样本
3998	2025-02-28	Spatial multi-omics reveal intratumoral humoral immunity niches associated with tertiary lymphoid structures in pancreatic cancer immunotherapy pathologic responders 2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.22.613714 PMID:39386736	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了胰腺癌免疫治疗病理应答者中与三级淋巴结构相关的肿瘤内体液免疫微环境	首次构建了包含26个胰腺癌肿瘤的空间多组学图谱，并利用机器学习辅助的H&E图像分类模型和无监督基因表达矩阵分解方法，揭示了三级淋巴结构（TLS）在肿瘤微环境中的空间关系及其与免疫治疗应答的关联	样本量相对较小（26个肿瘤），且研究结果需要进一步验证	探讨胰腺癌中三级淋巴结构（TLS）在免疫治疗中的作用及其空间分布特征	胰腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	胰腺癌	空间多组学技术、H&E图像分类、空间转录组学、空间蛋白质组学、BCR分析	机器学习模型、无监督学习模型	图像、基因表达数据、蛋白质组数据	26个胰腺癌肿瘤样本
3999	2025-02-28	Type I interferon signaling pathway enhances immune-checkpoint inhibition in KRAS mutant lung tumors 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402913121 PMID:39186651	研究论文	本研究探讨了KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路如何增强免疫检查点抑制的效果	揭示了KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路的损伤，并证明恢复该通路可显著改变肿瘤微环境，使其从免疫学上的“冷”肿瘤转变为“热”肿瘤，从而增强免疫治疗效果	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序分析，尚未在广泛的人类临床试验中验证	探讨KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路的功能改变及其对免疫治疗的影响	KRAS突变的肺肿瘤	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肺泡II型细胞及携带p53或LKB1突变的晚期小鼠和人类肿瘤样本
4000	2025-02-28	SIMS: A deep-learning label transfer tool for single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jun-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100581 PMID:38823397	研究论文	本文介绍了一种名为SIMS的低代码、数据高效的单细胞RNA分类管道，用于自动化细胞标记	SIMS是一种可扩展、可解释的机器学习工具，能够在少量训练数据（<3,500个细胞）下实现高精度的细胞分类，并揭示神经元分化过程中的遗传变化	NA	开发一种高效的单细胞RNA分类工具，用于自动化细胞标记	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	RNA测序数据	不同组织和物种的数据集，包括大脑和皮质类器官的单细胞RNA数据集