本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3981 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis reveals glutathione metabolism-related immune suppression and constructs a prognostic model in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1608407
PMID:40672941
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了谷胱甘肽代谢相关的免疫抑制机制,并构建了肺腺癌预后预测模型 | 首次通过遗传因果分析结合单细胞RNA测序,系统阐明了谷胱甘肽代谢与肺腺癌免疫微环境的因果关系及其调控机制 | 研究主要基于公共数据库和体外验证,缺乏大规模临床队列的进一步验证 | 探究谷胱甘肽代谢重编程对肺腺癌免疫微环境的影响及其临床意义 | 肺腺癌患者样本、TCGA数据库、GEO数据库、肺腺癌细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 全基因组关联研究, 单细胞RNA测序, 伪时间分析, WGCNA, LASSO-Cox回归, qRT-PCR | 预后风险模型, 列线图模型 | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞测序数据 | TCGA队列和两个独立GEO验证数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 全转录组测序 | NA | NA |
3982 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell chromatin and transcriptomic analyses of peripheral immune cells in patients with alopecia areata
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1565241
PMID:40672948
|
研究论文 | 通过整合单细胞染色质和转录组分析,研究斑秃患者外周免疫细胞的系统免疫失调 | 首次提供斑秃外周免疫细胞的整合单细胞染色质和转录组图谱,揭示疾病严重程度相关的系统免疫改变 | 仅分析外周血单个核细胞,未包括病变皮肤组织的直接比较 | 探索斑秃患者外周免疫细胞的系统免疫失调机制 | 斑秃患者(轻度和重度)和健康对照的外周血单个核细胞 | 单细胞多组学 | 斑秃 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 伪时序分析, 转录因子分析, 细胞间通讯网络推断 | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 32,453个高质量细胞,涵盖36种免疫细胞亚型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
3983 | 2025-10-06 |
Prediction and immune landscape study of potentially key autophagy-related biomarkers in preeclampsia with gestational diabetes mellitus
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1571795
PMID:40672961
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析识别妊娠期糖尿病合并先兆子痫的潜在自噬相关生物标志物 | 首次整合多组学方法研究GDM合并先兆子痫的自噬相关基因特征,并利用单细胞RNA测序验证结果 | 样本量有限,需要更大规模研究验证生物标志物的临床适用性 | 探究妊娠期糖尿病合并先兆子痫的自噬相关基因表达变化及其分子机制 | 胎盘组织样本 | 生物信息学 | 妊娠期糖尿病合并先兆子痫 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 基因表达谱分析, WGCNA, GO/KEGG富集分析 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3984 | 2025-10-06 |
Precancerous pathways to gastric cancer: a review of experimental animal models recapitulating the correa cascade
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1620756
PMID:40673273
|
综述 | 本文全面分析胃癌前病变的动物实验模型,评估其模拟人类胃癌发生Correa级联的能力 | 系统分类并比较了五类胃癌前病变动物模型的优缺点,特别关注遗传工程小鼠模型的最新进展 | 现有模型主要产生SPEM而非真正的肠上皮化生,转化相关性有限 | 研究胃癌前病变的发病机制以制定有效预防和治疗策略 | 胃癌前病变动物模型 | 病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、遗传工程 | 动物模型(感染模型、化学致癌模型、多因素诱导模型、遗传工程小鼠模型) | 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3985 | 2025-10-06 |
sc-SPLASH provides ultra-efficient reference-free discovery in barcoded single-cell sequencing
2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.24.630263
PMID:39763839
|
研究论文 | 开发了sc-SPLASH流程,用于无参考基因组的单细胞RNA测序数据分析 | 将SPLASH框架扩展到条形码单细胞RNA测序和空间转录组学,提供无需参考基因组的统计优先发现方法 | NA | 探索转录组多样性,包括剪接、V(D)J重组和参考基因组中缺失的序列 | 人类、海鞘和海绵的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台,10x Visium空间转录组平台 |
3986 | 2025-10-06 |
Chondroitin sulfate proteoglycan 4 increases invasion of recessive dystrophic epidermolysis bullosa-associated cutaneous squamous cell carcinoma by modifying transforming growth factor-β signalling
2024-Dec-23, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljae295
PMID:39018437
|
研究论文 | 本研究探讨硫酸软骨素蛋白聚糖4在隐性营养不良性大疱性表皮松解症相关皮肤鳞状细胞癌中通过调节TGF-β信号通路增强肿瘤侵袭性的机制 | 首次揭示CSPG4通过调节SMAD3磷酸化增强TGF-β信号通路,从而促进RDEB cSCC肿瘤侵袭的新机制 | 研究主要基于体外细胞系和肿瘤模型,缺乏体内动物实验验证 | 评估CSPG4在RDEB cSCC中的表达和功能作用 | RDEB cSCC细胞系、RDEB cSCC肿瘤组织、非RDEB cSCC肿瘤组织 | 癌症生物学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序 | 体外全层肿瘤模型 | 基因表达数据、组织病理学图像 | 多个RDEB cSCC细胞系、已发表的scRNA-Seq数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3987 | 2025-10-06 |
CFTR represses a PDX1 axis to govern pancreatic ductal cell fate
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111393
PMID:39687022
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了CFTR蛋白通过调控PDX1轴决定胰腺导管细胞命运的机制 | 发现CFTR蛋白水平(而非通道功能)通过维持PTEN和GSK3β活性来抑制PDX1表达,调控胰腺细胞命运 | 研究基于CF雪貂模型,在人类中的直接适用性需进一步验证 | 探究CFTR缺失导致胰腺重塑的分子机制 | 囊性纤维化雪貂模型的胰腺组织 | 分子生物学 | 囊性纤维化 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, ATAC-seq | NA | 转录组数据,表观基因组数据 | CF雪貂模型 | NA | 单细胞RNA测序,转座酶可及染色质测序 | NA | NA |
3988 | 2025-10-06 |
Cycling alpha cells in regenerative drug-treated human pancreatic islets may serve as key beta cell progenitors
2024-Dec-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101832
PMID:39626675
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现人类胰岛中循环α细胞可能是β细胞再生的关键前体细胞 | 首次揭示DYRK1A抑制剂通过靶向循环α细胞促进其转分化为β细胞的机制 | 作用机制尚未完全阐明,需要进一步验证 | 探索DYRK1A抑制剂促进β细胞再生的分子机制 | 人类胰岛细胞 | 单细胞组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 谱系轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3989 | 2025-10-06 |
Elucidating Sex-Specific Immune Profiles in a Breast Cancer Model
2024-Dec-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252313113
PMID:39684829
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序等技术揭示乳腺癌模型中性别特异性免疫特征差异 | 首次在雌雄ER+乳腺癌转基因小鼠模型中系统比较性别相关的激素和免疫景观差异 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明乳腺癌中性别特异性免疫反应特征 | MMTV-PyMT转基因小鼠模型的雌雄ER+乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 全片免疫组织化学, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 图像数据, 细胞计数数据 | 转基因小鼠乳腺肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3990 | 2025-10-06 |
Sex-specific regulatory architecture of pancreatic islets from subjects with and without type 2 diabetes
2024-Dec, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00313-z
PMID:39567827
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单核ATAC测序技术,结合激素分泌和生物能量学分析,揭示了2型糖尿病患者胰岛细胞中性别特异性调控机制 | 首次在人类胰岛中系统揭示2型糖尿病性别差异的表观遗传调控机制,发现性别染色体和常染色体在疾病状态下的不同调控模式 | 样本量相对有限(52名供体),且为观察性研究,无法确定因果关系 | 探究2型糖尿病患者胰岛细胞中性别特异性调控机制及其与疾病发生的关系 | 人类胰腺胰岛细胞(来自52名2型糖尿病患者和非糖尿病供体) | 单细胞多组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, 激素分泌测定, 生物能量学分析, GWAS | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 生理功能数据 | 52名人类供体(包括2型糖尿病患者和非糖尿病对照) | NA | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序 | NA | NA |
3991 | 2025-10-06 |
Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae645
PMID:39460943
|
研究论文 | 开发了一个名为Collapsible Tree的交互式网络应用程序,用于展示可折叠的层次结构数据可视化 | 提出了一个JavaScript框架和交互式网络应用,能够在单一层次图中同时展示细胞状态和基因表达数据,克服了t-SNE和UMAP需要分开展示且无法捕捉层次结构的局限性 | NA | 开发交互式数据可视化工具,用于展示层次结构数据 | 单细胞转录组学数据中的细胞谱系结构和基因表达模式 | 数据可视化 | NA | 单细胞转录组学 | JavaScript框架 | 基因表达数据、层次结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3992 | 2025-10-06 |
Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis
2024-10-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52990-3
PMID:39379371
|
研究论文 | 通过单细胞多组学测序技术分析Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症患者的组织特异性免疫反应 | 首次对SJS/TEN患者进行单细胞转录组、表面蛋白质组和T细胞受体测序的综合分析,识别出组织特异性细胞亚群和致病机制 | 样本量相对较小(15例患者),为罕见疾病研究 | 阐明SJS/TEN疾病的细胞免疫发病机制 | 15名SJS/TEN患者的未受累皮肤、受累皮肤和水疱液 | 单细胞多组学 | Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症 | 单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、T细胞受体测序 | NA | 单细胞多组学数据 | 15例患者,共109,888个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞蛋白质组学, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
3993 | 2025-10-06 |
Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation
2024-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339
PMID:39303666
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了甲氨蝶呤在系统性炎症下通过损害肺泡上皮细胞干性而加重间质性肺病的机制 | 首次在单细胞水平揭示甲氨蝶呤对RA相关间质性肺病的恶化作用及其与肺泡上皮细胞干性受损的关联 | 研究主要基于小鼠模型,人类队列验证相对有限 | 探究甲氨蝶呤和TNF抑制剂对类风湿关节炎相关间质性肺病的影响 | SKG小鼠模型和人类RA-ILD患者队列 | 单细胞转录组学 | 间质性肺病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3994 | 2025-10-06 |
Deciphering the role of LGALS2: insights into tertiary lymphoid structure-associated dendritic cell activation and immunotherapeutic potential in breast cancer patients
2024-Sep-30, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02126-4
PMID:39350165
|
研究论文 | 通过整合分析乳腺癌转录组数据,发现LGALS2是三级淋巴结构中的关键标志物,并揭示其在树突状细胞激活和免疫治疗中的潜力 | 首次通过生物网络计算策略和机器学习方法识别LGALS2作为三级淋巴结构的关键标志物,并阐明其在树突状细胞激活中的作用机制 | NA | 探索LGALS2在乳腺癌三级淋巴结构中的作用及其免疫治疗潜力 | 乳腺癌患者样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞测序,空间转录组学,免疫组织化学,HE染色 | 机器学习 | 转录组数据 | 超过6000个乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
3995 | 2025-10-06 |
Permethrin exposure primes neuroinflammatory stress response to drive depression-like behavior through microglial activation in a mouse model of Gulf War Illness
2024-Sep-13, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03215-3
PMID:39272155
|
研究论文 | 本研究通过建立海湾战争疾病小鼠模型,探讨了氯菊酯暴露如何通过小胶质细胞激活引发神经炎症应激反应并导致抑郁样行为 | 首次揭示氯菊酯暴露可通过启动小胶质细胞的炎症激活状态,在心理应激触发下导致抑郁样行为和神经可塑性改变 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类临床转化的有效性需进一步验证 | 评估氯菊酯暴露是否能够启动神经炎症应激反应并引发与海湾战争疾病相关的精神症状 | 海湾战争疾病小鼠模型 | 神经科学 | 海湾战争疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据 | 21,566个从小鼠海马体收集的单细胞核 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3996 | 2025-10-06 |
SCIntRuler: guiding the integration of multiple single-cell RNA-seq datasets with a novel statistical metric
2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae537
PMID:39226185
|
研究论文 | 开发了一种名为SCIntRuler的新型统计指标,用于指导多个单细胞RNA-seq数据集的整合 | 提出首个用于指导单细胞RNA-seq数据集整合的统计指标,帮助研究人员决定是否需要数据整合以及选择合适的整合方法 | NA | 解决多个单细胞RNA-seq数据集整合时的决策问题,包括是否需要整合以及选择何种整合方法 | 单细胞RNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
3997 | 2024-08-07 |
Advancing sequencing-based spatial transcriptomics with a comprehensive benchmarking study
2024-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02326-2
PMID:38977827
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
3998 | 2025-10-06 |
Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608866
PMID:39229219
|
研究论文 | 本研究通过多尺度成像和单细胞转录组学揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制 | 发现了鸡特异性表达KRT14的肺泡细胞新类型(腔细胞),揭示了初级分支通过近端-远端融合形成肺副支气管的新机制 | 研究主要聚焦鸡肺发育过程,与哺乳动物肺发育的对比分析相对有限 | 阐明鸟类肺脏单向气流的发育适应机制及其与哺乳动物双向气流的差异 | 鸡肺发育关键阶段的组织样本 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多尺度3D成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 鸡肺发育关键阶段样本 | 华大基因 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | Stereo-seq | 华大基因Stereo-seq空间转录组技术 |
3999 | 2025-10-06 |
Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism
2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox13080978
PMID:39199224
|
研究论文 | 本研究探讨重金属暴露对鞘脂代谢稳态和氧化应激的影响 | 首次系统评估局部高浓度重金属对鞘脂代谢途径的差异调节作用 | 主要基于体外和离体组织模型,缺乏体内验证 | 阐明重金属暴露如何通过调控鞘脂代谢影响呼吸系统疾病 | 肺细胞群体和三维离体人体肺组织 | 分子生物学 | 哮喘 | 空间转录组学, 实时定量PCR, 鞘脂组学分析 | 体外模型系统, 三维离体组织模型 | 转录组数据, 代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4000 | 2025-10-06 |
Thrombospondin-1 promotes fibro-adipogenic stromal expansion and contractile dysfunction of the diaphragm in obesity
2024-Jul-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175047
PMID:38954467
|
研究论文 | 本研究揭示血小板反应蛋白-1在肥胖诱导的膈肌纤维-脂肪基质扩张和收缩功能障碍中的关键作用 | 首次证明THBS1通过驱动纤维-脂肪祖细胞增殖介导肥胖膈肌重构,并确定Thbs1基因敲除可保护膈肌收缩功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究THBS1在肥胖相关膈肌功能障碍中的分子机制 | 野生型和Thbs1基因敲除小鼠的膈肌组织 | 分子生物学 | 肥胖相关呼吸功能障碍 | 单细胞转录组测序, 批量转录组测序 | NA | 基因表达数据, 组织学数据 | 野生型和Thbs1基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |