单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 37421 篇文献，本页显示第 3981 - 4000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3981 | 2026-01-15 |
Phase 1 study of chidamide in combination with venetoclax, azacitidine, aclarubicin, cytarabine and G-CSF for refractory/relapsed acute myeloid leukemia: clinical safety, efficacy, and correlative analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1698710
PMID:41459484
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研究论文 | 本研究评估了西达本胺联合维奈托克、阿扎胞苷、阿柔比星、阿糖胞苷和G-CSF（CACAG-VEN方案）在复发/难治性急性髓系白血病（R/R-AML）患者中的疗效、安全性及相关生物学机制 | 首次在R/R-AML患者中评估CACAG-VEN联合方案的疗效和安全性，并利用单细胞RNA测序揭示了治疗后MCL1、HIF1A和ABCC1下调等分子机制 | 样本量较小（34例患者），为单臂I期研究，缺乏对照组，随访时间中位数为461天，可能不足以评估长期疗效和安全性 | 评估CACAG-VEN方案作为R/R-AML挽救诱导治疗的安全性和疗效，并探索其分子作用机制 | 复发或难治性急性髓系白血病（R/R-AML）患者 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据，单细胞RNA测序数据 | 34例R/R-AML患者（难治性17例，复发17例），其中4例患者在治疗前后进行了骨髓样本的单细胞RNA测序（共8个样本） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3982 | 2026-01-15 |
Single-cell spatial transcriptomics of fixed, paraffin-embedded biopsies reveals colitis-associated cell networks
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.11.623014
PMID:39605355
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研究论文 | 本研究开发并优化了一种基于成像的单细胞空间转录组学框架，用于分析存档的福尔马林固定石蜡包埋活检样本，以揭示结肠炎相关的细胞网络 | 首次对三种能够分析FFPE样本的单细胞空间转录组学平台进行全面基准比较，并开发了一个统一的处理流程，成功应用于长达5年历史的临床存档样本 | 研究样本量相对有限（n=57），且仅针对炎症性肠病，可能限制了结果的普遍适用性 | 开发一个稳健的框架，将基于成像的单细胞空间转录组学应用于存档的临床FFPE黏膜活检样本，以研究炎症性肠病的细胞网络 | 来自非IBD对照和溃疡性结肠炎患者的FFPE黏膜活检样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 57例FFPE黏膜活检样本（包括9例非IBD对照和11例溃疡性结肠炎患者） | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | 自定义290-plex Xenium基因面板 |
| 3983 | 2026-01-15 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1
PMID:38978567
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于空间生物学中的细胞类型和状态注释，无需训练数据，并在多个数据集中验证了其准确性和可扩展性 | 开发了TACIT算法，这是一种无监督方法，利用预定义签名进行细胞注释，无需训练数据，并通过无偏阈值处理区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学检测中的模糊细胞 | 未明确说明算法的计算资源需求或处理大规模数据时的潜在限制 | 解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和易错挑战，提高注释的准确性和可扩展性 | 细胞类型和细胞状态，涉及大脑、肠道和腺体三个生态位 | 空间生物学 | 炎症性腺体疾病 | 空间转录组学和空间蛋白质组学 | 无监督算法 | 空间多组学数据 | 五个数据集，总计5,000,000个细胞，涉及51种细胞类型 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 3984 | 2026-01-15 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.31.596861
PMID:38895230
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于空间生物学中的细胞类型和状态注释，无需训练数据，通过预定义签名和阈值区分细胞，并在多个数据集中验证其准确性和可扩展性 | 开发了TACIT算法，这是一种无监督方法，利用预定义签名和阈值区分细胞，无需训练数据，能处理细胞、邻域和生态位层面的变异性，在多组学分析中识别模糊细胞 | NA | 解决空间生物学中细胞类型和状态注释的耗时和易错挑战，提高注释的准确性和可扩展性 | 细胞类型和状态，包括来自大脑、肠道和腺体等生态位的细胞 | 空间生物学 | 炎症性腺体疾病 | 空间转录组学和蛋白质组学 | 无监督算法 | 空间多组学数据 | 5个数据集，涉及5,000,000个细胞和51种细胞类型 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 3985 | 2026-01-15 |
Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals Heterogeneity of Early Pig Skin Development and a Subpopulation with Hair Placode Formation
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306703
PMID:38561967
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了早期猪皮肤发育的异质性，并识别出一个与毛囊形成相关的细胞亚群 | 首次构建了胚胎皮肤的整合时空转录组图谱，并通过跨物种比较发现猪表皮比小鼠更接近人类，同时识别出毛囊起始结构的新前体细胞 | 研究主要基于猪模型，虽然与人类有较高保守性，但直接应用于人类皮肤疾病仍需进一步验证 | 研究早期皮肤发育的细胞异性和毛囊形成机制，为人类皮肤疾病研究提供参考图谱 | 正常和无毛胎猪的皮肤样本，覆盖四个发育时期 | 数字病理学 | 皮肤相关疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 正常和无毛胎猪皮肤样本，涵盖四个发育时期 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3986 | 2026-01-15 |
scmFormer Integrates Large-Scale Single-Cell Proteomics and Transcriptomics Data by Multi-Task Transformer
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307835
PMID:38483032
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研究论文 | 本文提出了一种名为scmFormer的新型单细胞多模态/多任务Transformer模型，用于整合大规模单细胞蛋白质组学与转录组学数据 | scmFormer是首个能够整合单细胞蛋白质组学与其他组学数据的Transformer模型，在整合大规模单细胞多模态数据和异质多批次配对多组学数据方面表现优异 | NA | 开发一个强大的工具来整合和分析单细胞多组学数据 | 单细胞多组学数据，特别是蛋白质组学和转录组学数据 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞多组学 | Transformer | 单细胞蛋白质组学和转录组学数据 | 超过148万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞多组学 | NA | NA |
| 3987 | 2026-01-15 |
Characterization of the Nucleus Pulposus Progenitor Cells via Spatial Transcriptomics
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202303752
PMID:38311573
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术，首次建立了小鼠椎间盘的空间转录组图谱，揭示了核髓祖细胞（NPPCs）的分布和分化序列 | 首次生成小鼠椎间盘的空间转录组图谱，通过空间分辨率识别核髓祖细胞标记物（如Ctsk）的分布，并推翻了Tie2作为NPPCs标记物的传统观点 | 研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；空间转录组学技术可能受限于分辨率，无法完全捕获所有细胞类型 | 探究椎间盘核髓祖细胞的分化序列和标记物，以理解椎间盘退变的细胞机制 | 小鼠椎间盘组织，特别是核髓（NP）区域 | 空间转录组学 | 椎间盘退变 | 空间转录组学，原位测序（ISS），细胞谱系追踪 | NA | 空间转录组数据，原位测序数据 | 小鼠椎间盘组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium平台用于生成空间分辨的转录组图谱 |
| 3988 | 2026-01-15 |
Integration Analysis of Single-Cell Multi-Omics Reveals Prostate Cancer Heterogeneity
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202305724
PMID:38483933
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞多组学数据，揭示了前列腺癌的异质性及其在肿瘤微环境中的细胞生态系统 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量ATAC测序，系统描绘了前列腺癌阶段特异性微环境中的细胞异质性，并识别了SOX9AR标记的俱乐部细胞干细胞亚群以及CD8CXCR6 T细胞亚群的变化 | 研究样本量有限，且主要基于观察性数据，需要进一步功能实验验证发现的细胞亚群和相互作用机制 | 探究前列腺癌的细胞异质性及其在肿瘤微环境中的形成机制，以促进疾病诊断和治疗 | 前列腺癌患者和健康对照者的组织样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量ATAC测序 | 机器学习, 计算智能 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 表观基因组数据 | 一系列前列腺癌患者和健康对照者（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量ATAC-seq | NA | NA |
| 3989 | 2026-01-15 |
Bioengineered Hydrogels Recapitulate Fibroblast Heterogeneity in Cancer
2024-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202307129
PMID:38493497
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研究论文 | 本研究利用头颈部鳞状细胞癌的单细胞RNA测序数据，预测调控癌症相关成纤维细胞亚群的微环境和细胞特征，并通过可调谐的透明质酸水凝胶系统在体外培养患者来源的CAFs，以模拟其异质性 | 通过结合单细胞RNA测序数据与可调谐水凝胶系统，首次在体外成功模拟了癌症相关成纤维细胞的异质性，并识别了微管动力学作为CAF可塑性的关键介质 | 研究主要基于头颈部鳞状细胞癌数据，可能不适用于其他癌症类型；水凝胶系统虽能模拟异质性，但可能无法完全复制体内复杂的肿瘤微环境 | 开发能反映癌症相关成纤维细胞异质性的体外模型，以促进CAF生物学理解和靶向治疗策略的评估 | 癌症相关成纤维细胞，特别是头颈部鳞状细胞癌中的CAF亚群 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3990 | 2026-01-14 |
Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies
2026-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf215
PMID:41503158
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研究论文 | 本文对商业单细胞RNA测序技术进行了全面评估，比较了多种平台的性能指标和实际应用因素 | 首次在单细胞TCR恢复可用检测中比较了T细胞特异性性能，并综合评估了细胞回收率、灵敏度对稀有细胞亚型解析能力的影响 | 研究主要基于PBMC样本，可能不适用于其他组织类型；未涵盖所有商业平台 | 评估商业单细胞RNA测序技术的实际应用性能和选择标准 | 来自不同供者的标准化PBMC样本 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个供者的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq, TCR分析 | NA | 评估了七种全转录组mRNA检测试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒 |
| 3991 | 2026-01-14 |
Opportunities for RNA sequencing in physiology: from big data to understanding homeostasis and heterogeneity
2026-Feb-01, Function (Oxford, England)
DOI:10.1152/function.019.2025
PMID:41401424
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综述 | 本文探讨了RNA测序在生理学中的应用潜力，强调其从大数据到理解稳态和异质性的作用 | 强调非编码RNA（如lncRNA）在生理学中的重要性，并讨论单细胞和空间转录组学的最新进展 | 未提及具体实验或数据验证，主要基于现有文献综述 | 评估RNA测序技术在生理学研究中的机遇和挑战 | RNA分子，包括编码和非编码RNA，以及其在细胞、组织和器官生理学中的应用 | 自然语言处理 | NA | RNA测序，单细胞转录组学，空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | 超过一百万RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3992 | 2026-01-14 |
Detection of pleiotropic genetic factors and critical brain cell types linking insomnia with psychiatric disorders
2026-Jan-13, Sleep
IF:5.3Q1
DOI:10.1093/sleep/zsaf317
PMID:41065713
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研究论文 | 本研究通过分析失眠症与12种精神疾病的遗传关联，揭示了它们之间共享的遗传结构和神经生物学机制 | 首次系统地识别了失眠症与多种精神疾病共享的70个基因组位点，并确定了GABA能突触信号通路和特定皮质神经元亚型在共病机制中的核心作用 | 研究主要基于欧洲血统人群的GWAS数据，可能限制了结果在其他人群中的普适性；功能验证和因果推断需要进一步实验研究 | 探究失眠症与精神疾病之间的遗传重叠、生物学通路和脑细胞类型关联 | 失眠症和12种精神疾病（包括ADHD、厌食症、焦虑症、自闭症谱系障碍、双相情感障碍、重度抑郁症和精神分裂症）的基因组数据 | 遗传学与神经科学 | 精神疾病与睡眠障碍 | 全基因组关联研究（GWAS）、单细胞RNA测序 | bivariate MiXeR、conjFDR、ASSET、MAGMA、SEISMIC | 基因组关联数据、单细胞转录组数据 | 失眠症样本量314,149；精神疾病样本量12,783至449,855不等 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3993 | 2026-01-14 |
PD1 blockade-induced DKK1 expression by CD8+ T cells promotes blood-brain barrier permeabilization
2026-Jan-13, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-25-1222
PMID:41525686
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研究论文 | 本研究揭示了抗PD1疗法通过诱导CD8⁺ T细胞表达DKK1，破坏血脑屏障完整性，从而影响脑转移瘤治疗效果的机制 | 首次发现抗PD1疗法（而非其他免疫检查点抑制剂）会特异性诱导CD8⁺ T细胞表达DKK1，通过β-catenin/TCF和FOXM1通路破坏血脑屏障，并证明清除血浆DKK1可恢复屏障完整性 | 研究主要基于实验模型和临床观察，具体在人类患者中的分子通路验证和长期影响仍需进一步研究 | 阐明抗PD1疗法在脑转移瘤治疗中疗效差异的宿主驱动因素，特别是其对血脑屏障的影响 | 脑转移瘤微环境、CD8⁺ T细胞、血脑屏障内皮细胞 | 单细胞组学 | 肺癌脑转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、临床MRI影像数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及实验模型和肺癌患者临床数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3994 | 2026-01-14 |
GraphSTAR: Proximal Operator-Based Graph Neural Network Enhanced by Dynamic Graph Aggregation for Spatial Transcriptomics
2026-Jan-12, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3644379
PMID:41525646
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研究论文 | 本文提出了一种名为GraphSTAR的新方法，用于整合空间转录组学中的空间坐标和基因表达数据，以改进空间域识别和细胞类型注释任务 | GraphSTAR通过将空间和基因表达数据编码为无向图，并利用动态图聚合结合近端算子，有效建模局部邻域关系和长程功能关联，克服了现有方法在探索长程关系方面的不足 | NA | 解决空间转录组学中原始空间坐标与高维基因表达谱在原生特征空间中的整合挑战，以更好地解析基因的空间表达模式 | 空间转录组学数据，包括空间坐标和基因表达谱 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 图神经网络（GNN） | 空间坐标和基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3995 | 2026-01-14 |
Mapping somatosensory afferent circuitry to bone identifies neurotrophic signals required for fracture healing
2026-Jan-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr9608
PMID:41505527
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了骨骼感觉神经元的神经解剖学环路及其在骨折愈合中的关键作用 | 首次系统性地绘制了骨骼感觉传入神经元的单细胞转录组图谱，并识别出FGF9作为骨折修复的主要调控因子 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚需进一步研究 | 探究骨骼感觉神经元的神经解剖学环路及其在骨折愈合中的调控机制 | 小鼠骨骼的背根神经节神经元 | 单细胞转录组学 | 骨折 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，但涉及骨折前后的小鼠背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3996 | 2026-01-14 |
A subcellular spatial atlas illuminates the microenvironmental remodeling of perineural invasion in distal cholangiocarcinoma
2026-Jan-08, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01773-4
PMID:41508044
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研究论文 | 本研究利用Xenium亚细胞分辨率空间转录组学平台，构建了远端胆管癌神经周围侵袭的亚细胞空间图谱，揭示了驱动神经侵袭的协调性上皮、基质和免疫重塑 | 首次在亚细胞分辨率下解析了远端胆管癌神经周围侵袭的空间结构和分子驱动因素，鉴定了LAMB3-DAG1轴作为肿瘤细胞与施万细胞相互作用的潜在介质 | 研究基于手术切除的肿瘤组织样本，样本量有限，且为横断面研究，未能动态追踪神经侵袭过程 | 阐明远端胆管癌神经周围侵袭的空间结构和分子机制 | 远端胆管癌患者的肿瘤组织 | 空间转录组学 | 胆管癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 根据PNI状态分层的远端胆管癌患者切除肿瘤组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium亚细胞分辨率空间转录组学平台 |
| 3997 | 2026-01-14 |
Drug and single-cell gene expression integration identifies sensitive and resistant glioblastoma cell populations
2026-Jan-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67783-5
PMID:41501023
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研究论文 | 本研究开发了scFOCAL平台，通过整合单细胞基因表达数据与药物数据库，识别胶质母细胞瘤中对靶向疗法敏感和耐药的细胞亚群，并预测协同治疗组合 | 开发了scFOCAL（单细胞组学连接与分析框架），首次将单细胞RNA测序数据与LINCS L1000药物数据库的转录反应特征进行整合，量化细胞对药物的敏感性和耐药性景观，并预测药物组合协同作用 | 研究主要基于转录组数据，未全面评估表观遗传、蛋白质组等其他层面的异质性；临床前验证虽涵盖体外、离体和体内模型，但尚未进行临床试验 | 开发一个预测平台，以解决胶质母细胞瘤肿瘤内异质性和可塑性对治疗开发的阻碍，识别对不同治疗敏感或耐药的细胞状态，并发现新的协同治疗组合 | 新诊断和复发性胶质母细胞瘤肿瘤样本中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3998 | 2026-01-14 |
Mapping isoforms and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data with SPLISOSM
2026-Jan-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02965-6
PMID:41491254
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPLISOSM的方法，用于从空间转录组学数据中检测异构体分辨率模式，并应用于小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤的分析 | SPLISOSM方法首次使用非参数核的多变量测试来处理点水平和异构体水平的依赖性，从而在稀疏数据上实现高统计功效，揭示了空间转录多样性的新调控关系 | 方法可能依赖于数据质量和覆盖度，且分析主要聚焦于大脑组织，在其他组织中的适用性未验证 | 研究旨在理解转录多样性（包括剪接和替代3'端使用）的空间协调机制及其在正常和肿瘤条件下的作用 | 小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤组织 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | SPLISOSM（空间异构体统计建模） | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3999 | 2026-01-14 |
Radial-glia-to-astrocyte trans-differentiation and astrocyte transcriptional convergence are coordinated by CEH-43/DLX in C. elegans
2026-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.682973
PMID:41279325
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研究论文 | 本研究通过线虫模型揭示了CEH-43/DLX转录因子在调控放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化和转录收敛过程中的关键作用 | 首次在C. elegans中解析了不依赖细胞分裂的放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化的两阶段分子程序，并发现CEH-43/DLX转录因子的保守调控机制 | 研究基于线虫模型，在哺乳动物系统中的直接适用性需进一步验证 | 揭示放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化过程中的分子调控机制 | 线虫CEPsh星形胶质细胞及其前体细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，比较转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4000 | 2026-01-14 |
STAHD: a scalable and accurate method to detect spatial domains in high-resolution spatial transcriptomics data
2026-Jan-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf619
PMID:41212773
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研究论文 | 本文提出了一种名为STAHD的可扩展且高效的方法，用于检测高分辨率空间转录组学数据中的空间域 | 结合图注意力自编码器与多层次k路图分割，将大型图分解为紧凑子图并生成低维嵌入，从而提升计算效率和聚类精度 | NA | 开发一种可扩展且精确的解决方案，以应对大规模、高分辨率空间转录组学数据在空间域检测中的效率与准确性挑战 | 人类和小鼠的空间转录组学数据集 | 空间转录组学 | 肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 图注意力自编码器 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |