单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3981	2025-02-06	Galaxy as a gateway to bioinformatics: Multi-Interface Galaxy Hands-on Training Suite (MIGHTS) for scRNA-seq 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giae107 PMID:39775842	研究论文	本文介绍了一个名为MIGHTS的多界面Galaxy实践培训套件，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，旨在降低生物信息学的学习门槛	MIGHTS提供了图形界面和代码并行的分析方法，促进了生物学家与程序员之间的跨学科交流，并通过实际数据分析促进批判性思维和最佳实践	NA	降低生物信息学的学习门槛，提供有效的单细胞RNA测序分析培训	生物学家和生物医学科学家	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3982	2025-02-06	Spatial and single-cell transcriptomics reveal cellular heterogeneity and a novel cancer-promoting Treg cell subset in human clear-cell renal cell carcinoma 2025-Jan-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010183 PMID:39755578	研究论文	本研究通过空间和单细胞转录组学技术揭示了人类透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的细胞异质性，并发现了一种新的促进癌症的Treg细胞亚群	发现了具有终末效应Treg细胞分子特征但表达多种细胞因子的特殊Treg细胞亚群，并揭示了其与MRC1 + FOLR2 +肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的协同促癌作用	样本量较小，仅分析了4名患者的单细胞和空间转录组数据，并在15名患者的组织和血液样本中进行了验证	研究ccRCC中免疫抑制细胞的空间和功能异质性及其相互作用促进免疫抑制的机制	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	单细胞和空间转录组RNA测序	NA	RNA测序数据	4名患者的单细胞和空间转录组数据，15名患者的组织和血液样本
3983	2025-02-06	Eosinophils Enhance Granuloma-Mediated Control of Persistent Salmonella Infection 2025-Jan-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5610725/v1 PMID:39801515	研究论文	本文通过小鼠模型研究嗜酸性粒细胞在控制持久性鼠伤寒沙门氏菌感染中的作用	首次发现嗜酸性粒细胞在限制鼠伤寒沙门氏菌在肉芽肿巨噬细胞中的利用方面发挥关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨嗜酸性粒细胞在控制持久性鼠伤寒沙门氏菌感染中的保护作用	小鼠模型中的鼠伤寒沙门氏菌感染	免疫学	感染性疾病	空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
3984	2025-02-06	Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis 2025-Jan-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5743704/v1 PMID:39801521	研究论文	本文提出了一种多尺度细胞间交互空间转录组学（MCIST）分析方法，结合多尺度拓扑表示和空间深度学习技术，用于空间转录组数据分析	首次提出多尺度细胞间交互空间转录组学分析方法，填补了当前空间转录组分析中忽视多尺度细胞间交互的空白	未明确提及具体局限性	改进空间转录组数据分析方法，提升空间域检测、轨迹推断、差异表达基因检测和信号通路富集分析的性能	空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学分析	空间深度学习技术	空间转录组数据	37个基准空间转录组数据集
3985	2025-02-06	Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types 2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.02.530774 PMID:39803528	研究论文	本文开发了一种结合统计和机制模型的混合建模方法，通过基因表达模式预测细胞的电生理活动	结合统计和生物物理模型，将基因表达与细胞电生理特性联系起来，克服了数学模型与数据不匹配的挑战	NA	研究基因表达与细胞电生理特性之间的关系	皮质细胞类型	生物信息学	NA	单细胞转录组学	Hodgkin-Huxley模型	多模态Patch-seq数据	多种皮质细胞类型
3986	2025-02-06	Biologically inspired heterogeneous learning for accurate, efficient and low-latency neural network 2025-Jan, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwae301 PMID:39758128	研究论文	本文提出了一种受生物启发的异质学习机制，用于构建准确、高效且低延迟的神经网络	结合了自抑制突触和神经元异质性的神经科学发现，创新性地提出了具有增强学习和记忆能力的脉冲神经网络（SNN）	未明确提及具体限制	追求与生物神经网络相媲美的准确性、效率和低延迟的人工神经网络	脉冲神经网络（SNN）及其在AI任务中的应用	机器学习	脑部疾病	scRNA-seq	SNN	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3987	2025-02-06	Single-Cell RNA-Sequencing of Zebrafish Olfactory Epithelium Identifies Odor-Responsive Candidate Olfactory Receptors 2025-Jan, Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms IF:1.3Q4 DOI:10.1111/gtc.13191 PMID:39789807	研究论文	本文采用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼嗅觉感觉神经元，以识别对特定气味刺激响应的候选嗅觉受体	通过优化单细胞分离程序和使用冷活性蛋白酶，最小化神经元激活的假象，成功分类了不同细胞类型，并验证了嗅觉受体在不同嗅觉感觉神经元簇中的非重叠表达	NA	分析斑马鱼嗅觉感觉神经元的基因表达谱，识别对特定气味刺激响应的候选嗅觉受体	斑马鱼嗅觉感觉神经元	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
3988	2025-02-06	Acquisition of discrete immune suppressive barriers contributes to the initiation and progression of preinvasive to invasive human lung cancer 2025-Jan-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.31.630523 PMID:39803458	研究论文	本文通过单细胞技术构建了高分辨率的肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的细胞组成、功能状态、发育轨迹和多细胞交互网络图谱	首次构建了肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的高分辨率单细胞图谱，揭示了免疫抑制细胞表型的演变及其在疾病进展中的作用	研究主要基于单细胞技术，可能无法完全反映体内复杂的微环境变化	揭示肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的早期疾病发生和进展的决定因素	肺癌前侵袭和侵袭性腺癌的微解剖非固体（前侵袭）和固体（侵袭）部分	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, 多重成像质谱流式细胞术, 空间转录组学	NA	单细胞数据, 空间数据	个体部分固体结节的微解剖样本
3989	2025-02-06	JARID1D-dependent androgen receptor and JunD signaling activation of osteoclast differentiation inhibits prostate cancer bone metastasis through demethylating H3K4 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104135 PMID:39816691	研究论文	本文探讨了JARID1D通过去甲基化H3K4激活雄激素受体和JunD信号通路，抑制前列腺癌骨转移的机制	揭示了JARID1D在前列腺癌骨转移中的关键作用及其通过去甲基化H3K4调控雄激素受体和JunD信号通路的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究JARID1D在前列腺癌骨转移中的作用及其分子机制	前列腺癌细胞和小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	染色质免疫共沉淀（ChIP）、免疫荧光（IF）、蛋白质印迹（western blotting）、单细胞测序	小鼠模型	分子生物学数据	未明确说明样本数量
3990	2025-02-06	Intratumoural CD8+ CXCR5+ follicular cytotoxic T cells have prognostic value and are associated with CD19+ CD38+ B cells and tertiary lymphoid structures in colorectal cancer 2024-Dec-30, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03887-z PMID:39739032	研究论文	本研究探讨了结直肠癌中CD8+ CXCR5+滤泡细胞毒性T细胞（TFC细胞）的特性及其在微卫星稳定（MSS）和微卫星不稳定（MSI-high）结直肠癌中的生物学功能	首次在结直肠癌中系统研究了TFC细胞的特性，并开发了基于TFC细胞的结直肠癌预后预测模型	未明确TFC细胞调控CD19+ CD38+ B细胞和三级淋巴结构（TLSs）的具体分子机制	探讨TFC细胞在结直肠癌中的特性及其在MSS和MSI-high结直肠癌中的生物学功能差异	结直肠癌患者肿瘤组织和外周血中的TFC细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、流式细胞术、共培养实验	预后预测模型	RNA测序数据、流式细胞数据	临床队列和公共数据集中的结直肠癌样本
3991	2025-02-06	TCR transgenic clone selection guided by immune receptor analysis and single-cell RNA expression of polyclonal responders 2024-Dec-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98344 PMID:39854619	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞测序和TCR库分析的新方法，用于选择最佳TCR转基因克隆，并生成了针对SARS-CoV-2 Spike蛋白的特异性TCR转基因小鼠	利用单细胞测序和TCR库分析技术，无需杂交瘤选择，快速筛选出最佳TCR克隆，并成功生成特异性TCR转基因小鼠	该方法依赖于单细胞测序和TCR库分析技术，可能需要较高的技术门槛和设备支持	研究抗原特异性T细胞激活的早期步骤，并生成特异性TCR转基因小鼠	T细胞受体（TCR）转基因克隆	免疫学	COVID-19	单细胞测序，TCR库分析，PCR克隆	NA	单细胞RNA表达数据，TCR序列数据	NA
3992	2025-02-06	A novel biomarker of COVI-19: MMP8 emerged by integrated bulk RNAseq and single-cell sequencing 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82227-8 PMID:39730651	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞测序数据，发现MMP8作为COVID-19的新型生物标志物，并探讨了其在疾病进展中的潜在作用	首次将MMP8识别为COVID-19的潜在治疗靶点，并通过单细胞测序揭示了其在髓细胞中的异质性表达及与其他细胞的相互作用	研究主要基于测序数据的分析，缺乏实验验证，且样本量有限	探索COVID-19的病理进展和分子变化，以解决诊断和治疗问题	健康供体、非重症和重症COVID-19患者	数字病理学	COVID-19	RNA-seq, 单细胞测序	NA	RNA测序数据	健康供体、非重症和重症COVID-19患者的RNA-seq数据
3993	2025-02-06	Dendritic cells type 1 control the formation, maintenance, and function of tertiary lymphoid structures in cancer 2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.628014 PMID:39763802	研究论文	本文研究了在癌症中1型树突状细胞（cDC1）对三级淋巴结构（TLS）形成、维持和功能的关键作用	揭示了cDC1在肿瘤早期和进展阶段对TLS形成和维持的不同机制，并提出了cDC1靶向治疗作为增强TLS功能和抗肿瘤免疫的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类癌症患者中验证	探讨1型树突状细胞在癌症中三级淋巴结构形成和维持中的作用	非小细胞肺癌（NSCLC）小鼠模型	免疫学	肺癌	空间转录组学、多重成像	小鼠模型	图像、转录组数据	多种人类肿瘤样本及小鼠模型
3994	2025-02-06	Integrated Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing analyses identified OAS1 as a novel therapeutic target for erectile dysfunction via targeting fibroblasts 2024-Dec-24, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00587-7 PMID:39716299	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和孟德尔随机化（MR）分析，首次确定了OAS1作为通过靶向成纤维细胞治疗勃起功能障碍（ED）的新治疗靶点	首次整合scRNA-Seq、MR分析以及eQTL和pQTL数据，发现OAS1通过靶向成纤维细胞在ED中起关键作用	需要进一步的实验和临床研究来验证OAS1在ED病理中的功能作用和治疗相关性	识别勃起功能障碍（ED）的新治疗靶点	勃起功能障碍（ED）患者	生物信息学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、孟德尔随机化（MR）分析、eQTL、pQTL	NA	基因表达数据	NA
3995	2025-02-06	Unsupervised multi-scale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes 2024-Dec-23, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5671748/v1 PMID:39764102	研究论文	本文提出了一种多尺度聚类方法（MSC），用于在单细胞RNA测序数据中无监督地识别细胞类型和亚型的层次结构	开发了一种新的多尺度聚类方法，能够以更高的分辨率解析复杂的细胞景观结构	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据中的细胞聚类方法，以揭示细胞类型和亚型的层次结构	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多尺度聚类（MSC）	单细胞RNA测序数据	模拟数据、银标准数据、金标准数据以及真实疾病相关的单细胞RNA测序数据
3996	2025-02-06	Integration of bulk and single-cell RNA-seq reveals prognostic gene signatures in patients with bladder cancer treated with immune checkpoint inhibitors 2024-Dec-21, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03839-7 PMID:39708127	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者的预后基因特征	结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，开发了一种预测膀胱癌基因特征（BC-GS），并验证了其在预后分层中的重要性	研究依赖于特定数据集（GSE176307和GSE135337），可能需要更多独立数据集进行进一步验证	识别可靠的生物标志物以增强对膀胱癌患者免疫检查点抑制剂治疗结果的预测	接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GSE176307和GSE135337数据集的膀胱癌患者样本
3997	2025-02-06	Identifying cell-type-specific spatially variable genes with ctSVG 2024-Dec-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5655066/v1 PMID:39764138	研究论文	本文介绍了一种名为ctSVG的计算方法，用于在单细胞分辨率下识别Visium HD空间转录组学中的细胞类型特异性空间变异基因	ctSVG方法能够准确地将Visium方块分配给细胞，并识别出细胞类型特异性的空间变异基因，这些基因与样本范围内的空间变异基因或细胞类型标记基因不重叠，揭示了真实空间数据集中的重要生物学功能	NA	开发一种计算方法，以在单细胞分辨率下识别细胞类型特异性的空间变异基因	Visium HD空间转录组学数据	数字病理学	NA	Visium HD空间转录组学	ctSVG	空间转录组学数据	NA
3998	2025-02-06	Molecular and spatial analysis of ganglion cells on retinal flatmounts: diversity, topography, and perivascularity 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.15.628587 PMID:39763751	研究论文	本文通过结合成像空间转录组学（MERFISH）和免疫组化共染色的方法，优化了视网膜平片上的神经节细胞（RGCs）的空间分布和微环境分析	首次系统地分析了视网膜神经节细胞在二维视网膜表面的空间分布及其与局部微环境的关系，揭示了血管周围RGCs的分布特征及其在神经退行性反应中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，人类视网膜的研究仍需进一步验证	研究视网膜神经节细胞的空间分布及其与局部微环境的关系，以揭示其在视觉编码和神经退行性反应中的作用	小鼠和人类的视网膜神经节细胞（RGCs）	数字病理	神经退行性疾病	成像空间转录组学（MERFISH）、免疫组化共染色	NA	图像、转录组数据	小鼠视网膜样本，涉及45种RGC类型
3999	2025-02-06	scTrends: A living review of commercial single-cell and spatial 'omic technologies 2024-Dec-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100723 PMID:39667347	综述	本文提供了一个关于商业单细胞和空间组学技术的动态综述，涵盖从基础到新兴的平台和方法	动态更新，涵盖成熟和新兴的商业平台，强调关键方法和趋势	主要关注商业平台，可能未涵盖所有非商业或实验性技术	理解和导航单细胞和空间组学技术在生物医学研究和药物开发中的应用	商业单细胞和空间组学技术	生物信息学	NA	微流体、板基方法、组合索引、下一代测序、成像空间转录组学	NA	单细胞数据、空间组学数据	NA
4000	2025-02-06	Decoding the molecular, cellular, and functional heterogeneity of zebrafish intracardiac nervous system 2024-Dec-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54830-w PMID:39632839	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、解剖学研究和电生理技术，全面分类和表征了斑马鱼心内神经系统（IcNS）的分子、细胞和功能异质性	揭示了IcNS中神经元的多样性，并发现了一类具有类似中枢模式生成网络中的起搏/节律生成神经元特征的神经元	研究主要基于斑马鱼模型，可能无法完全代表人类心内神经系统的复杂性	探索心内神经系统的组织结构和功能，以理解其在心脏节律调节中的关键作用	斑马鱼心内神经系统（IcNS）	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、解剖学研究、电生理技术	NA	RNA测序数据、解剖学数据、电生理数据	NA