单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-08-06	Targeting FGFR4 Abrogates HNF1A-driven Metastasis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.06.636643 PMID:39974881	研究论文	本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的机制，并验证了FGFR4抑制剂在减少转移中的潜在疗效	首次发现HNF1A通过上调FGFR4驱动PDAC转移，并证实FGFR4抑制剂可靶向该促转移通路	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探究HNF1A在PDAC转移中的作用机制并寻找靶向治疗方案	胰腺导管腺癌细胞（ATCC和患者来源细胞）及小鼠模型	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序、组织微阵列分析、UMAP空间分析、RNA干扰、FGFR4抑制剂（H3B-6527和U3-1784）	小鼠异种移植模型	基因表达数据、组织染色数据	未明确说明患者样本数量，涉及多种PDAC细胞系和小鼠模型
382	2025-08-06	Characteristics of a CCL21 Gene-Modified Dendritic Cell Vaccine Utilized for a Clinical Trial in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Feb-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0435 PMID:39559833	研究论文	本文报道了一种CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗在非小细胞肺癌临床试验中的特性研究	首次全面表征了CCL21-DC疫苗的细胞组成和制造过程中多种因素的影响	研究仅涉及I期临床试验，样本量有限，且存在患者间高度变异性	评估CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗在非小细胞肺癌治疗中的潜力	非小细胞肺癌患者	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	I期临床试验样本（具体数量未提及）
383	2025-08-06	Identification of Nfel1a and Nfel3 as novel regulators for zebrafish thrombopoiesis 2025-02, Blood cells, molecules & diseases DOI:10.1016/j.bcmd.2024.102897 PMID:39413675	研究论文	本研究通过单细胞测序技术鉴定了Nfel1a和Nfel3作为斑马鱼血小板生成的新型调控因子	首次发现Nfe2I1a和Nfe2l3作为转录因子对斑马鱼血小板生成的调控作用	研究仅针对斑马鱼模型，未在哺乳动物中进行验证	探索斑马鱼血小板生成的新型调控机制	斑马鱼血小板生成相关基因	分子生物学	NA	单细胞测序、基因敲除	斑马鱼模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
384	2025-08-06	TIME-CoExpress: Temporal Trajectory Modeling of Dynamic Gene Co-expression Patterns Using Single-Cell Transcriptomics Data 2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.634392 PMID:39896591	研究论文	提出了一种基于copula的方法，用于建模单细胞转录组数据中基因共表达的非线性变化	采用数据驱动的平滑函数建模非线性基因共表达变化，克服了现有方法假设线性变化的限制	方法性能仅在模拟分析和一个小鼠垂体胚胎发育数据集上进行了验证	开发一种能捕捉单细胞转录组数据中基因共表达非线性动态变化的分析方法	单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	copula模型	基因表达数据	一个小鼠垂体胚胎发育数据集(突变型vs野生型)
385	2025-08-06	SeqBMC: Single-cell data processing using iterative block matrix completion algorithm based on matrix factorisation 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70003 PMID:39943646	研究论文	本文提出了一种基于矩阵分解的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，用于处理单细胞RNA测序数据中的缺失值	提出了一种新的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，通过矩阵分块和矩阵分解技术有效补全基因表达矩阵中的缺失值，并保留可能的生物零值	未提及算法在大规模数据集上的计算效率或处理高维数据的能力	提高单细胞RNA测序数据中基因表达矩阵的分类性能，促进细胞类型识别	单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	矩阵分解算法	基因表达数据	NA
386	2025-08-06	Analysis of the Relationship Between NLRP3 and Alzheimer's Disease in Oligodendrocytes based on Bioinformatics and In Vitro Experiments 2025, Current Alzheimer research IF:1.8Q4 DOI:10.2174/0115672050376534250310061951 PMID:40207815	研究论文	本研究通过生物信息学分析和分子生物学实验，探讨了少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病(AD)的潜在关联	整合生物信息学与分子生物学实验验证NLRP3在AD中的高表达及其与疾病的密切关系，并构建基于五个关键基因的诊断模型	研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏在体实验验证	探索少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病的关联	阿尔茨海默病患者与健康对照的基因表达数据及少突胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	LASSO回归分析、随机森林算法、支持向量机(SVM)、单细胞转录组学、RT-qPCR、免疫荧光(IF)、Western blot(WB)	LASSO回归、随机森林、SVM	基因表达数据	公共AD相关数据集（具体样本数量未明确说明）
387	2025-08-06	scRSSL: Residual semi-supervised learning with deep generative models to automatically identify cell types 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12107 PMID:40261690	研究论文	提出了一种基于半监督学习的深度残差生成模型（scRSSL），用于自动识别单细胞转录组数据中的细胞类型	创新性地将残差网络引入半监督生成模型，利用半监督学习解决样本不平衡问题，并通过残差神经网络提取单细胞数据的局部特征	未提及具体的数据集规模限制或模型计算复杂度	解决单细胞转录组数据中细胞类型识别的挑战	单细胞转录组数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	深度残差生成模型（scRSSL）	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本量
388	2025-08-06	SAE1 May Play a Pro-Carcinogenic Role in Pancreatic Adenocarcinoma: A Comprehensive Study Integrating Multiple Pieces of Evidence 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70017 PMID:40302186	研究论文	该研究通过整合多种证据全面探讨了SAE1在胰腺腺癌(PAAD)中的促癌作用	首次全面整合mRNA数据、免疫组化、CRISPR修饰细胞系分析和单细胞RNA测序等多种技术手段研究SAE1在PAAD中的作用	未明确说明样本量大小和研究人群特征	探究SAE1在胰腺腺癌发生发展中的作用机制	胰腺腺癌(PAAD)	肿瘤学研究	胰腺癌	mRNA数据分析、免疫组化、CRISPR修饰、单细胞RNA测序、ChIP-Seq、分子对接模型	NA	mRNA数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据、临床数据	NA
389	2025-08-06	Exploring Key Genes of Glutathione Metabolism in Systemic Lupus Erythematosus Based on Mendelian Randomisation, Single-Cell RNA Sequencing and Multiple Machine Learning Approaches 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70021 PMID:40458850	研究论文	本研究通过孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法，探索了系统性红斑狼疮中谷胱甘肽代谢的关键基因	结合了孟德尔随机化、多组学整合、机器学习和SHAP方法，首次揭示了谷胱甘肽代谢通路在系统性红斑狼疮中的关键作用，并发现LAP3基因在其免疫微环境中的重要作用	研究样本量有限，且需要进一步实验验证LAP3基因的功能机制	探索系统性红斑狼疮的病因和潜在治疗靶点	系统性红斑狼疮患者和健康对照的血清代谢物和单细胞RNA测序数据	生物信息学	系统性红斑狼疮	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 机器学习(ML)	LASSO回归, CatBoost, XGBoost, NGBoost	基因组数据, 代谢组数据	1400种血清代谢物, 多个数据集(包括GSE112087)
390	2025-08-06	Machine learning combining external validation to explore the immunopathogenesis of diabetic foot ulcer and predict therapeutic drugs 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328906 PMID:40749079	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞方法探索糖尿病足溃疡（DFU）的免疫机制并识别潜在治疗药物	结合机器学习、单细胞测序和外部验证，识别了DFU的核心基因和潜在治疗药物	研究结果需要进一步的临床实验验证	探索糖尿病足溃疡的免疫发病机制并预测治疗药物	糖尿病足溃疡（DFU）患者	机器学习	糖尿病足溃疡	单细胞测序、分子对接和动力学模拟	机器学习算法	基因表达数据	GEO数据集和外部数据集GSE147890
391	2025-08-06	Single-cell transcriptomic and spatial analysis reveal the immunosuppressive microenvironment in relapsed/refractory angioimmunoblastic T-cell lymphoma 2024-12-18, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01199-0 PMID:39695118	研究论文	通过单细胞转录组和空间分析揭示复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤中的免疫抑制微环境	首次使用单细胞RNA测序和成像质谱流式细胞术比较了复发/难治性AITL与新诊断AITL的细胞组成和空间结构，揭示了YY1转录激活驱动的恶性Tfh细胞增殖与患者不良预后的显著关联，以及B细胞在免疫逃逸中的作用	研究样本数量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探究复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境特征	复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（RR-AITL）和新诊断AITL（ND-AITL）患者样本	数字病理学	淋巴瘤	scRNA-seq, IMC	NA	单细胞转录组数据, 空间成像数据	未明确说明
392	2025-08-06	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.590643 PMID:38712198	research paper	该研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，揭示了人类海马体的分子景观	结合单核RNA测序和空间转录组学数据，首次在人类海马体中定义了细胞类型和空间域的分子特征	研究仅基于10名成年神经典型供体的样本，样本量较小	解析人类海马体的分子特征及其与空间组织的关系	人类海马体组织	digital pathology	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF)	NMF	RNA测序数据, 空间转录组数据	10名成年神经典型供体的海马体组织样本
393	2025-08-06	Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078 PMID:38913513	研究论文	本文提出了一种名为scCoreset的数据摘要框架，用于从大规模单细胞RNA-seq数据中提取小型加权细胞子集，以促进下游数据分析任务	提出scCoreset框架，能够在保持分析结果相似性的前提下，显著提高单细胞RNA-seq数据分析的效率	未提及该方法在处理特定类型细胞或复杂生物问题时的适用性限制	解决大规模单细胞RNA-seq数据的计算和分析挑战	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scCoreset框架	单细胞RNA-seq数据	未明确提及具体样本量，但涉及大规模数据集
394	2025-08-06	FaStaNMF: A Fast and Stable Non-Negative Matrix Factorization for Gene Expression 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979 PMID:37467096	研究论文	提出了一种快速稳定的非负矩阵分解方法FaStaNMF，用于基因表达数据的解卷积分析	在保证NMF结果全局稳定性的同时兼顾准确性和速度，解决了传统NMF方法无法保证全局唯一解的问题	方法性能仅在四个已知真实值的数据集上进行了验证	开发一种快速稳定的基因表达数据解卷积方法	混合细胞类型的基因表达数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解(NMF)	FaStaNMF	基因表达数据	四个基于公开数据或RNAGinesis模拟生成的数据集
395	2025-08-06	SCRN: Single-Cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400 PMID:38976461	研究论文	本文提出了一种基于图学习的单细胞基因调控网络识别方法SCRN，用于研究阿尔茨海默病的基因调控机制	提出了一种新的基于图神经网络和γ衰减启发式链接预测的单细胞基因调控网络识别方法SCRN	研究仅基于三个已知的AD基因构建调控网络，可能未涵盖所有相关基因	研究阿尔茨海默病的基因调控机制，寻找潜在的生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和正常人的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, UMAP降维分析	图神经网络	单细胞RNA测序数据	NA
396	2025-08-06	A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	scGAMF通过整合深度特征嵌入和核空间分析，学习准确的聚类亲和矩阵，并设计多级核空间融合策略以充分挖掘细胞间的深层潜在关系	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自动编码器(GAEs)	基因表达数据	未明确提及具体样本量
397	2025-08-06	Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170 PMID:39255084	研究论文	提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据	引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息性特征，添加不同噪声以促进图结构信息和分布不确定性的传播	未提及具体在真实生物场景中的应用效果验证	解决单细胞RNA测序数据高维度、高稀疏性的分析挑战	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	变分图自编码器(MSVGAE), 图注意力网络	基因表达数据	24个模拟数据集和8个真实数据集
398	2025-08-06	Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574 PMID:39471116	研究论文	本文提出了一种名为D2AN的判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应并进行细胞类型注释	通过对抗性域适应策略捕获全局低维嵌入，结合对比损失和语义对齐，以及基于域间损失的自适应学习机制，提高了模型的鲁棒性	未提及具体的数据集规模或模型在不同类型细胞上的泛化能力	解决单细胞RNA测序分析中的批次效应问题并实现细胞类型注释	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	判别性域适应网络(D2AN)	RNA测序数据	多个真实数据集（未提及具体数量）
399	2025-08-06	Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619254 PMID:39484434	研究论文	该研究利用人类神经干细胞和祖细胞（NSPCs）建立了一个胶质瘤起始模型，以探索肿瘤起源细胞如何影响胶质瘤的瘤内异质性	通过使用从胎儿人脑组织中纯化的NSPCs，结合单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤起源细胞对胶质瘤异质性的重要影响	研究使用的是免疫缺陷小鼠模型，可能无法完全模拟人类胶质瘤的免疫微环境	探索胶质瘤起源细胞如何塑造瘤内异质性	人类神经干细胞和祖细胞（NSPCs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤（GBM）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	从胎儿人脑组织中纯化的神经干细胞和祖细胞系
400	2025-08-06	Single-Cell Antigen Receptor Sequencing in Pigs with Influenza 2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.13.617920 PMID:39464079	研究论文	本研究通过单细胞抗原受体测序技术，探究了猪在流感病毒感染后的肺适应性免疫系统反应	首次在猪中结合单细胞RNA测序与T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）的配对恢复，以研究其受体库	研究仅针对流感病毒感染的猪模型，可能不适用于其他病原体或物种	探究自然杀伤T（NKT）细胞是否改变猪肺中TCR和BCR库的选择，并追踪克隆扩增对流感病毒暴露的反应	流感病毒感染的猪肺细胞和FACS分选的T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序（scRNAseq）、10x Genomics VDJ测序协议	NA	单细胞RNA测序数据、TCR和BCR序列数据	流感病毒感染或疫苗接种后的猪肺细胞样本