单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-05-08	Bronchoalveolar lavage single-cell transcriptomics reveals immune dysregulations driving COVID-19 severity 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0309880 PMID:39928675	研究论文	通过单细胞转录组学分析支气管肺泡灌洗液，揭示了COVID-19严重程度与免疫失调的关系	首次全面分析了COVID-19患者不同严重程度下的免疫细胞变化，并揭示了巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞、NK细胞和T细胞在疾病严重程度中的关键作用	研究基于二次数据分析，可能受原始数据收集方法和样本量的限制	揭示COVID-19严重程度的免疫学机制	COVID-19患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液	生物医学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同严重程度的COVID-19患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液样本
382	2025-05-08	Detection of hepatitis B virus mRNA from single cell RNA sequencing data without prior knowledge 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0314060 PMID:39932940	research paper	该研究提出了一种无需先验知识即可从单细胞RNA测序数据中检测乙型肝炎病毒mRNA的方法	无需16S rRNA扩增或先验知识，直接从scRNA-seq数据中检测病毒mRNA	仅针对产生带poly-A尾病毒mRNA的病毒有效	开发从单细胞RNA测序数据中检测病毒的方法	慢性HBV感染患者的肝脏样本	生物信息学	乙型肝炎	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	慢性HBV感染患者（有/无HBsAg消失）的肝脏样本
383	2025-05-08	Identification of WDR74 and TNFRSF12A as biomarkers for early osteoarthritis using machine learning and immunohistochemistry 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1517646 PMID:39935469	研究论文	本研究通过整合泛素化相关基因表达数据和机器学习技术，识别出WDR74和TNFRSF12A作为早期骨关节炎的生物标志物	首次将泛素化相关基因与机器学习相结合，用于早期骨关节炎的生物标志物识别	研究样本量有限，且仅针对膝关节骨关节炎	提高早期骨关节炎的诊断和预后评估	骨关节炎患者	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫组织化学	XGBoost	基因表达数据	GEO数据库中的单细胞RNA测序数据集和人膝关节标本
384	2025-05-08	Multi-Targeting CAR-T Cell Strategies to Overcome Immune Evasion in Lymphoid and Myeloid Malignancies 2025, Oncology research and treatment IF:2.0Q3 DOI:10.1159/000543806 PMID:40090318	综述	本文探讨了CAR-T细胞疗法在淋巴和髓系恶性肿瘤中的现状，强调了正在进行的临床试验，并讨论了这些创新多靶点策略的未来以改善患者预后	提出了多靶点策略如逻辑门控CAR和适配器CAR，以克服单靶点CAR-T疗法中的免疫逃逸问题	需要更大规模的临床试验来验证这些多靶点策略的有效性	提高CAR-T细胞疗法在淋巴和髓系恶性肿瘤中的治疗效果和持久性	淋巴和髓系恶性肿瘤患者	免疫治疗	淋巴瘤和多发性骨髓瘤	NGS, dSTORM, 多参数流式细胞术, CRISPR筛选, 单细胞RNA测序	逻辑门控CAR, 适配器CAR	NA	NA
385	2025-05-08	Multiomics Approach Distinguishes SPTBN4 as a Key Molecule in Diagnosis, Prognosis, and Immune Suppression of Testicular Seminomas 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/3530098 PMID:40321316	研究论文	通过多组学方法识别SPTBN4作为睾丸精原细胞瘤诊断、预后和免疫抑制的关键分子	利用单细胞RNA转录组测序和高维加权基因共表达网络分析，首次将SPTBN4鉴定为睾丸精原细胞瘤的关键生物标志物，并揭示其与疾病进展、免疫抑制微环境和化疗敏感性的关联	研究主要基于公共数据集和体外分析，缺乏临床样本的验证实验	探索睾丸精原细胞瘤的分子异质性并识别关键诊断和预后生物标志物	睾丸精原细胞瘤组织	生物信息学	睾丸精原细胞瘤	scRNA-seq, hdWGCNA	NA	基因表达数据	公共数据集中的睾丸精原细胞瘤样本
386	2025-05-08	Inferred developmental origins of brain tumors from single-cell RNA-sequencing data 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdaf016 PMID:40321621	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，通过计算工具COORS识别脑肿瘤的发育起源	开发了COORS计算工具，首次在单细胞水平上注释脑肿瘤中的发育样细胞状态，并提供了细胞起源分类和细胞年龄回归的新方法	研究主要基于计算预测，需要实验验证；样本类型和数量可能有限	识别脑肿瘤的发育起源，为靶向治疗策略提供依据	髓母细胞瘤(MB)、胶质瘤和弥漫性中线胶质瘤(DMG)等脑肿瘤	数字病理学	脑肿瘤	scRNA-Seq	多层感知机(MLP)	单细胞RNA测序数据	多种脑癌数据集(具体数量未明确说明)
387	2025-05-08	A prognostic glycolysis-related gene signature in osteosarcoma: implications for metabolic programming, immune microenvironment, and drug response 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19369 PMID:40321814	research paper	该研究建立了一个与糖酵解相关的基因风险特征，用于评估骨肉瘤的预后和药物反应	首次基于糖酵解相关基因（GRGs）建立了一个风险特征模型，用于骨肉瘤的预后评估和药物反应预测	研究样本量有限，且仅基于公开数据集，需要进一步实验验证	评估糖酵解相关基因在骨肉瘤预后和药物反应中的作用	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	mRNA表达谱分析、非负矩阵分解（NMF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR	非负矩阵分解（NMF）	mRNA表达数据	来自GEO数据库的三个数据集（GSE16091, GSE39058, GSE21257）
388	2025-05-08	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出了一种名为随机空间主成分分析（RASP）的计算高效方法，用于高分辨率空间转录组数据的降维	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到具有数十万个位置的ST数据，支持非转录组协变量的灵活整合，并能够重建单个基因的去噪和空间平滑表达值	NA	开发一种计算高效的方法，用于高分辨率空间转录组数据的降维，以促进对复杂ST数据的分析	空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机两阶段主成分分析（PCA）框架	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和10x Xenium）
389	2025-05-08	Induced B-Cell Receptor Diversity Predicts PD-1 Blockade Immunotherapy Response 2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626669 PMID:39677742	research paper	研究通过单细胞RNA测序和高清空间转录组学分析，揭示了B细胞受体多样性在预测PD-1阻断免疫治疗反应中的作用	发现PD-1抑制成功反应的特征是治疗后B细胞受体克隆多样性的诱导，并验证了其作为跨多种癌症治疗反应预测因子的普遍性	研究样本主要集中在特定类型的癌症患者，可能限制了结果的广泛适用性	探索PD-1阻断免疫治疗反应的机制，并寻找预测治疗反应的生物标志物	局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者	digital pathology	basal cell carcinoma, glioblastoma, melanoma, head and neck squamous cell carcinoma	single-cell RNA sequencing, high-definition spatial transcriptomics, spatial immunoreceptor profiling	machine learning	RNA sequencing data	一组局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及更大的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列
390	2025-05-08	Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies Senescent Osteocytes That Trigger Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-12-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0857 PMID:39312185	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌骨转移中衰老骨细胞触发骨破坏的机制	首次发现乳腺癌骨转移中的骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型（SASP），从而促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证相对有限	探究乳腺癌骨转移导致骨破坏的分子机制	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重原位杂交、人工智能辅助分析	NA	单细胞转录组数据、图像数据	小鼠模型和乳腺癌骨转移患者的组织样本
391	2025-05-08	Deconvolution of spatial transcriptomics data via graph contrastive learning and partial least square regression 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf052 PMID:39924717	研究论文	提出了一种基于图对比学习和偏最小二乘回归的方法CLPLS，用于解卷积空间转录组数据	CLPLS能够整合空间转录组数据和单细胞多组学数据，探索空间表观基因组异质性	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据的解卷积精度，揭示组织内细胞异质性的空间结构	空间转录组数据和单细胞多组学数据	生物信息学	NA	空间转录组测序、单细胞多组学测序	图对比学习、偏最小二乘回归	基因表达数据、染色质可及性数据	模拟数据集和来自不同平台的真实数据集
392	2025-05-08	Single-cell transcriptional mapping reveals genetic and non-genetic determinants of aberrant differentiation in AML 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.26.573390 PMID:38234771	research paper	通过单细胞转录组测序技术，研究急性髓系白血病（AML）中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	构建了一个包含263,519个单细胞转录组的人类骨髓造血参考图谱，并利用该图谱分析了318个AML、MPAL和AEL样本的120多万个单细胞转录组，揭示了AML中12种异常分化模式的遗传和非遗传决定因素	参考图谱的精确性可能受到正常造血细胞状态参考图谱不精确和小样本量的限制	研究AML中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	急性髓系白血病（AML）、混合表型急性白血病（MPAL）和急性红系白血病（AEL）患者样本	digital pathology	leukemia	scRNA-seq	NA	single-cell transcriptomes	263,519个正常造血细胞单细胞转录组和318个AML、MPAL和AEL样本的120多万个单细胞转录组
393	2025-05-08	Inferring Characteristics of the Tumor Immune Microenvironment of Patients with HNSCC from Single-Cell Transcriptomics of Peripheral Blood 2024-09-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0092 PMID:39113621	研究论文	本研究探讨了从血液中推断肿瘤免疫微环境特征的可能性，特别是在头颈部鳞状细胞癌患者中	研究发现，可以通过外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据推断肿瘤微环境中免疫细胞的组成和基因表达谱，并发现耗竭T细胞特征可作为免疫治疗反应的预后血液生物标志物	研究样本量有限，需要更大规模的研究进一步验证	探索从血液中推断肿瘤免疫微环境特征的方法及其在癌症免疫治疗中的应用	头颈部鳞状细胞癌患者的外周血单个核细胞和肿瘤组织	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两个数据集的头颈部鳞状细胞癌患者样本
394	2025-05-08	Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2024-Aug-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.06.005 PMID:38925112	研究论文	该研究通过开发CPA-Perturb-seq方法，研究了42个CPA调节因子对多聚腺苷酸化位点选择的影响	引入了CPA-Perturb-seq方法，结合单细胞RNA测序和多路扰动筛选，开发了APARENT-Perturb深度学习模型来预测多聚腺苷酸化位点的使用	研究仅关注了42个CPA调节因子，可能未涵盖所有相关调节机制	理解多聚腺苷酸化调节蛋白如何控制多聚腺苷酸化位点的选择	42个CPA调节因子及其对多聚腺苷酸化位点选择的影响	生物信息学	NA	3'单细胞RNA测序(3' scRNA-seq)	深度神经网络(APARENT-Perturb)	单细胞RNA测序数据	NA
395	2025-05-08	Senescence of human pancreatic beta cells enhances functional maturation through chromatin reorganization and promotes interferon responsiveness 2024-Jun-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae313 PMID:38682582	研究论文	研究人类胰腺β细胞的衰老如何通过染色质重组增强功能成熟并促进干扰素反应性	揭示了p16阳性β细胞的衰老状态如何通过染色质重组激活功能成熟基因的增强子，从而增强胰岛素分泌能力，并首次发现这些细胞中干扰素刺激基因的升高	研究主要基于体外培养的β样细胞和单细胞转录组数据，未在体内模型中验证这些发现	探究人类胰腺β细胞衰老对其功能成熟和干扰素反应性的影响	人类胰腺β细胞	细胞生物学	糖尿病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	成人人类胰腺β细胞的单细胞转录组数据集
396	2025-05-08	Cabergoline targets multiple pathways to inhibit PRL secretion and increases stromal fibrosis 2024-Jun-05, European journal of endocrinology IF:5.3Q1 DOI:10.1093/ejendo/lvae055 PMID:38781434	研究论文	通过单细胞RNA测序分析卡麦角林治疗和未治疗的泌乳素瘤的细胞组成和转录景观，揭示卡麦角林抑制PRL分泌及增加间质纤维化的多途径机制	首次描述了卡麦角林治疗后CD8+ T细胞的未知激活，这可能在其抗肿瘤作用中发挥作用	样本量较小（仅5例手术切除的泌乳素瘤）	揭示多巴胺激动剂治疗在人类泌乳素瘤肿瘤及邻近间质和免疫细胞中的潜在机制	3例卡麦角林治疗患者和2例未治疗患者的5例手术切除泌乳素瘤	单细胞转录组学	泌乳素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	5例手术切除的泌乳素瘤（3例治疗，2例未治疗）
397	2025-05-08	scRNA-seq data from the larval Drosophila ventral cord provides a resource for studying motor systems function and development 2024-May-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.016 PMID:38569548	研究论文	利用高质量单细胞RNA测序技术对果蝇幼虫腹侧神经索细胞类型进行全面普查，为研究运动系统的功能和发育提供资源	首次通过scRNA-seq技术对果蝇幼虫VNC细胞类型进行全面普查，发现神经谱系在幼虫阶段已定义但静止，并鉴定出神经肌肉接头处谷氨酸受体亚基的功能	研究主要聚焦于幼虫阶段，未涉及成虫阶段VNC的发育变化	研究果蝇幼虫腹侧神经索的细胞类型及其在运动系统发育和功能中的作用	果蝇幼虫腹侧神经索细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, FACS	NA	单细胞转录组数据	果蝇幼虫腹侧神经索细胞
398	2025-05-08	Villus myofibroblasts are developmental and adult progenitors of mammalian gut lymphatic musculature 2024-May-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.005 PMID:38537630	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和小鼠肠道的定量谱系追踪，揭示了绒毛平滑肌的形成、组装和维持机制	发现了上皮下成纤维祖细胞的局部层次结构，这些祖细胞通过中间收缩性肌成纤维细胞分化为成熟的平滑肌纤维，并揭示了NOTCH3-DLL4信号轴在平滑肌纤维与相邻乳糜管组装中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类肠道中的机制可能有所不同	探究肠道绒毛平滑肌的形成、组装和维持机制	小鼠肠道绒毛平滑肌	发育生物学	NA	单细胞RNA测序, 定量谱系追踪	NA	基因表达数据, 谱系追踪数据	小鼠肠道样本
399	2025-05-08	Single-cell Transcriptome Analysis Identifies Senescent Osteocytes as Contributors to Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-Mar-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4047486/v1 PMID:38558984	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了衰老骨细胞在乳腺癌骨转移中促进骨破坏的作用	首次发现乳腺癌骨转移中的骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型(SASP)，促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究乳腺癌骨转移中骨微环境重编程对骨细胞的影响	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing, multiplex hybridization, AI-assisted analysis	NA	RNA-seq数据	小鼠模型和乳腺癌骨转移患者样本
400	2025-05-08	A review of single-cell transcriptomics and epigenomics studies in maternal and child health 2024, Epigenomics IF:3.0Q2 DOI:10.1080/17501911.2024.2343276 PMID:38709139	review	本文综述了单细胞转录组学和表观基因组学在母婴健康领域的研究	总结了16个人类和哺乳动物胎盘的单细胞图谱以及31项关于母体暴露和并发症的单细胞研究	NA	综述单细胞测序技术在母婴健康领域的应用	人类和哺乳动物胎盘以及母体暴露和并发症	单细胞测序	母婴健康相关疾病	单细胞转录组学和表观基因组学	NA	单细胞测序数据	16个单细胞图谱和31项单细胞研究