单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-09-13	Computationally resolved neuroprogenitor cell biomarkers associate with human disorders 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102606 PMID:40845852	研究论文	通过计算算法识别神经祖细胞生物标志物，并探索其与人类神经系统疾病的关联	利用计算数字分选算法（DSA）从复杂基因表达数据中解析出129个小鼠NPC富集基因，并发现其中25个人类同源基因与孟德尔神经疾病相关	基于小鼠模型推导人类同源基因，可能存在物种间差异；依赖已发表的scRNA-seq数据，未进行独立实验验证	发现定义神经干细胞和祖细胞（NPCs）的特异性基因，并探索其与人类神经系统疾病的关联	小鼠和人类的神经干细胞和祖细胞（NPCs）	生物信息学	神经系统疾病	计算数字分选算法（DSA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	模式识别算法	基因表达数据	基于已发表scRNA-seq数据，具体样本量未明确说明
382	2025-09-13	Single-cell transcriptome and surfaceome profiling of the adult human retinal pigment epithelium 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102611 PMID:40882639	研究论文	本研究通过单细胞转录组和表面蛋白分析，揭示了成人视网膜色素上皮（RPE）细胞的亚群多样性及其功能差异	首次利用CITE-seq技术同时分析成人RPE的单细胞转录组和表面蛋白，发现具有独特空间分布和功能特征的RPE亚群，并证实培养过程中亚群保持	NA	探索成人视网膜色素上皮细胞的亚群多样性及其对视网膜生物学的意义	成人视网膜色素上皮细胞	单细胞组学	年龄相关性黄斑变性	CITE-seq（转录组和表位测序索引技术），免疫组化分析	NA	单细胞转录组数据，表面蛋白数据	NA
383	2025-09-13	Integrated spatial transcriptomic profiling to dissect the cellular characteristics of tumor-associated tertiary lymphoid structures 2025-Sep-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116250 PMID:40934085	研究论文	通过整合23种癌症的空间转录组数据，构建泛癌TA-TLS图谱，解析肿瘤相关三级淋巴结构的细胞特征和空间组织	首次构建泛癌TA-TLS图谱，发现CCL19+血管周细胞可能作为淋巴组织组织者细胞，并揭示动脉内皮细胞在Notch信号抑制下获得高内皮静脉样表型	NA	解析肿瘤相关三级淋巴结构（TA-TLS）的细胞特征和形成机制	23种癌症的肿瘤相关三级淋巴结构	空间转录组学	癌症	空间转录组学	NA	空间转录组数据	23种癌症的整合数据
384	2025-09-13	Dynamic interaction of oligodendrocyte precursor cells with other cell types in the central nervous system 2025-Sep-08, Neurochemistry international IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.neuint.2025.106050 PMID:40930164	综述	本文系统梳理了少突胶质前体细胞（OPCs）与中枢神经系统其他细胞类型的动态相互作用及其功能多样性	整合单细胞测序和活体成像技术揭示OPCs在发育、稳态和病理状态下的空间特异性功能可塑性	NA	探讨OPCs的非髓鞘形成功能及其在神经再生医学中的治疗靶点	少突胶质前体细胞（OPCs）、神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、血管内皮细胞	神经科学	多发性硬化症、脑缺血	单细胞测序、活体成像	NA	NA	NA
385	2025-09-13	Single-cell and spatial transcriptomics identify dihydrolipoic acid succinyltransferase as a promoter of tumor invasion via vascular pathways in cutaneous melanoma 2025-Sep-07, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147504 PMID:40925436	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了二氢硫辛酸琥珀酰转移酶（DLST）通过血管途径促进皮肤黑色素瘤侵袭的新机制	首次发现DLST通过调控组蛋白去甲基化酶KDM4C活性，同时影响代谢和表观遗传机制驱动黑色素瘤进展	NA	探究DLST在黑色素瘤中的表达与预后关系及其作用机制	皮肤黑色素瘤患者及肿瘤细胞	生物信息学	皮肤黑色素瘤	单细胞转录组学、空间转录组学、siRNA沉默、共免疫沉淀、免疫荧光	NA	转录组数据、蛋白质相互作用数据	NA
386	2025-09-13	DNA methylation subtypes dictate metastatic heterogeneity of osteosarcoma via distinct tumor-stromal interactions: Multi-omics profiling and decitabine validation 2025-Sep-05, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147473 PMID:40915448	研究论文	本研究通过整合DNA甲基化分析和单细胞测序技术，揭示了骨肉瘤转移异质性的表观遗传机制，并验证了地西他滨的治疗潜力	首次通过多组学方法鉴定骨肉瘤DNA甲基化亚型，揭示其通过不同的肿瘤-基质相互作用决定转移路径，并实验验证表观遗传治疗策略	NA	阐明骨肉瘤转移异质性的表观遗传驱动机制并探索治疗靶点	骨肉瘤患者样本和细胞系	表观遗传学	骨肉瘤	DNA甲基化分析、scRNA-seq、WGCNA、假时序分析	共识聚类、基因共表达网络	基因组数据、单细胞转录组数据	NA
387	2025-09-13	FmH2ST: foundation model-based spatial transcriptomics generation from histological images 2025-Sep-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf865 PMID:40923764	研究论文	提出一种基于基础模型的FmH2ST方法，从组织学图像预测空间基因表达	利用预训练基础模型整合先验知识，采用双分支框架和双图策略捕获切片间异质性和切片内复杂性	NA	解决空间转录组数据有限和复杂组织特征捕获不足的挑战	组织学图像和空间基因表达数据	数字病理	癌症（未指定具体类型）	空间转录组学（ST）	Transformer, 图神经网络（GNN）, CNN	图像	NA
388	2025-09-13	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨急性肺移植功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成和转录变化之间的关联	首次使用单细胞RNA测序技术分析ALAD患者小气道细胞组成和转录变化，并发现与疾病进展相关的特定细胞亚群变化	样本量较小（总样本数20例），属于初步研究	识别ALAD进展为慢性肺移植功能障碍（CLAD）的分子标志物	肺移植受体患者	生物医学研究	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	20例患者（8例对照组，4例恢复组，5例持续组，3例进展组）
389	2025-09-13	Global transcriptome characterization of peripheral blood mononuclear cells in individuals with chronic HIV infection 2025-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111082 PMID:40639496	研究论文	本研究利用RNA-seq技术分析慢性HIV感染者外周血单个核细胞的免疫代谢差异	首次对不同HIV感染人群（IRs、INRs、ECs和TPs）进行单细胞测序比较，揭示群体间免疫代谢特征差异	样本量较小（仅18例），且未说明样本选择标准或潜在混杂因素控制	探究HIV感染不同临床进展群体的免疫代谢特征差异	HIV感染者的外周血单个核细胞（PBMCs）	生物信息学	HIV感染/艾滋病	RNA-seq，单细胞测序	NA	转录组数据	18例HIV感染者（4例IRs、5例INRs、5例TPs、4例ECs）
390	2025-09-13	Pericytes change function depending on glioblastoma vicinity: emphasis on immune regulation 2025-Sep, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70095 PMID:40674254	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（包括周细胞）的转录组异质性，揭示其根据肿瘤邻近性的功能变化	首次发现周细胞的功能状态具有空间依赖性，肿瘤内部周细胞显示免疫调节相关基因上调和信号活性增强，而边界区域周细胞活性降低	NA	探究胶质母细胞瘤微环境中壁细胞与免疫细胞相互作用的区域差异性	小鼠和人类胶质母细胞瘤样本中的壁细胞（周细胞和平滑肌细胞）	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠和人类GBM样本（具体数量未明确说明）
391	2025-09-13	Exploring the mechanism of action of trastuzumab-induced cardiomyocyte atrophy based on the FN1/PI3K/AKT-mediated mTOR-independent signaling pathway 2025-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111087 PMID:40683573	研究论文	基于单细胞转录组测序和生物信息学方法探索曲妥珠单抗通过FN1/PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路诱导心肌细胞萎缩的作用机制	首次揭示免疫细胞来源的FN1通过细胞外基质机制激活心肌细胞中PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路在药物心脏毒性中的作用	NA	探究曲妥珠单抗诱导心脏毒性的潜在靶点和信号通路	心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, RT-PCR, Western blot, TEM, 免疫荧光分析	NA	基因表达数据	鉴定出618个差异表达基因
392	2025-09-13	Oxidative Stress Links Thyroid Autoimmunity to Cancer: Peroxiredoxin 2 Protection via Genomic and Single-Cell Insights 2025-Sep, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1177/10849785251360744 PMID:40735789	研究论文	本研究通过整合多组学方法揭示了桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的共享遗传因素，并鉴定PRDX2为关键保护因子	首次结合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和机器学习模型，系统揭示PRDX2在甲状腺疾病中的保护作用机制	研究主要基于欧洲人群数据（FinnGen），结果在其他人群中的普适性有待验证	探究桥本甲状腺炎与甲状腺癌之间的遗传关联及潜在机制	甲状腺细胞及甲状腺疾病患者	生物医学研究	甲状腺疾病	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、机器学习分类模型	机器学习分类模型	基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据	76,243个甲状腺细胞
393	2025-09-13	Correction to 'Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline' 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf126 PMID:40918070	correction	对先前发表的Immunopipe数据分析管道文章进行更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
394	2025-09-13	Single-cell Raman and mass spectrometry analysis to probe cellular heterogeneity in tamoxifen uptake and metabolism 2025-Sep, Analytical and bioanalytical chemistry IF:3.8Q1 DOI:10.1007/s00216-025-06058-w PMID:40810750	研究论文	本研究采用单细胞拉曼光谱与质谱联用技术，探究他莫昔芬在肝癌细胞中的摄取、代谢及效应异质性	整合拉曼光谱（可重复测量细胞状态）与质谱（高灵敏度药物定量）技术，实现单细胞水平药物浓度与细胞响应的同步检测，并探索多浓度梯度下的细胞异质性	样本量较小且仅使用单一细胞系（HepG2），可能限制结果的普适性	揭示药物在单细胞水平的摄取、代谢差异及细胞响应异质性，推动药物发现与癌症研究	HepG2肝癌细胞系	生物医学分析	肝癌	单细胞拉曼光谱（Raman spectroscopy），单细胞质谱（MS）	NA	光谱数据，质谱数据	HepG2细胞暴露于三种他莫昔芬浓度
395	2025-09-13	The role of APOBEC mutagenesis in the progression and therapeutic guidance of pancreatic cancer 2025-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111098 PMID:40812519	研究论文	本研究探讨APOBEC突变在胰腺癌进展中的作用及其对治疗策略的指导价值	揭示了APOBEC突变特征与免疫微环境重塑、ICB响应及预后的关联，并首次验证伊立替康对APOBEC突变特征的抑制作用	NA	阐明APOBEC突变在胰腺癌中的生物学特征及临床意义	胰腺导管腺癌（PAAD）患者数据及实验模型	癌症基因组学	胰腺癌	全外显子测序（WES）、靶向NGS、转录组分析（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）、免疫分析	机器学习模型	基因组数据、转录组数据、临床数据	多队列PAAD患者数据（具体数量未明确说明）
396	2025-09-13	Role of immune cell subsets in liver fibrosis through single-cell RNA sequencing and array 2025-Sep, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592251374861 PMID:40938627	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和数据分析揭示肝纤维化中免疫细胞亚群的异质性及其与疾病进展的关联	首次构建肝纤维化的免疫细胞图谱，识别24个不同免疫细胞亚群并发现与不良预后相关的特征基因和细胞互作	依赖公共数据库数据，未进行独立实验验证	探究肝纤维化中免疫细胞亚群的作用机制并寻找免疫治疗靶点	肝纤维化患者样本和GEO数据库中的相关数据	生物信息学	肝纤维化	单细胞RNA测序, ssGSEA, Kaplan-Meier分析	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的肝纤维化相关数据集
397	2025-09-13	spammR: an R package designed for analysis and integration of spatial multi-omic measurements 2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672472 PMID:40909542	研究论文	介绍了一个用于空间多组学数据分析和整合的R包spammR	专门针对基于质谱的空间组学数据集设计，支持样本量小、空间稀疏和高缺失值的数据，采用完全数据驱动方法	主要针对质谱数据，可能不适用于其他空间组学技术如空间转录组	开发一个端到端的分析工具，用于空间多组学测量数据的整合与分析	空间多组学测量数据，特别是质谱衍生的空间组学数据集	生物信息学	NA	质谱技术	NA	空间多组学数据，显微镜成像数据	小样本量且空间稀疏的样本
398	2025-09-13	Expanding canonical cortical cell type markers in the era of single-cell transcriptomics 2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672469 PMID:40909566	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据扩展了大脑皮层细胞类型的经典标记物，并开发了统计框架以提升标记物的特异性和跨区域一致性	提出了标记物表达'保真度'和'背景表达'的量化方法，利用近50万个单细胞核转录组数据系统评估了标记物的区域变异性，并开发了新的统计框架识别出改进的标记物	NA	扩展和优化大脑皮层细胞类型的分子标记物，以支持神经科学研究中的细胞类型注释和验证	人类大脑皮层细胞	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	统计框架	单细胞表达数据	来自19项研究的近500,000个高质量单细胞核转录组图谱
399	2025-09-13	Construction and differential analysis of testicular atlas between 10-week-old and 23-week-old ducks using single-cell RNA sequencing 2025-Aug-22, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105715 PMID:40884870	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了10周龄和23周龄鸭睾丸的细胞图谱并进行差异分析	首次建立了禽类精子发生的高分辨率细胞蓝图，发现了多个新的分子标记物（如EXFABP、ARHGAP15等）和调控网络	研究仅针对鸭类，结果向其他禽类或物种的外推需谨慎验证	解析禽类精子发生的分子机制和细胞发育调控网络	鸭睾丸组织，特别是生殖细胞（精原细胞、精母细胞、精子细胞）和体细胞群体	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	54,702个细胞（来自10周龄未成熟和23周龄成熟鸭睾丸）
400	2025-09-13	Immune dysregulation in the prostates of C57BL/6Aire-/- mice mirrors that seen in human benign prostatic hyperplasia 2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.12.669857 PMID:40832162	研究论文	研究通过C57BL/6 Aire-/-小鼠模型模拟人类良性前列腺增生（BPH）中的免疫失调现象	建立了一种转录因子缺陷的非消退性（慢性）炎症模型，首次在小鼠前列腺中重现了人类BPH的免疫细胞表型和基质相互作用	模型基于小鼠且需外源性免疫刺激，可能无法完全复制人类BPH的所有病理特征	探究慢性前列腺炎症在良性前列腺增生发病机制中的作用	C57BL/6J背景小鼠和人类BPH组织样本	免疫病理学	前列腺增生	组织学分析、流式细胞术、scRNA-seq	NA	组织学图像、单细胞转录组数据	C57BL/6小鼠在21天和35天时间点采集前列腺组织，并与人类BPH scRNA-seq数据对比