单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-06-05	Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279857.124 PMID:40262896	研究论文	本文提出了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及其信号反馈环路	stMLnet方法首次整合空间信息和多层信号调控机制，以识别空间转录组数据中的多层细胞间通讯信号反馈环路	NA	开发一种能够整合空间信息和复杂信号机制的工具，以推断功能性细胞间通讯	空间转录组数据中的多层细胞间通讯及其信号反馈环路	空间转录组学	COVID-19	seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq	扩散模型和质量作用模型	空间转录组数据	多种空间分辨率和基因覆盖率的ST数据，包括COVID-19感染的肺组织数据
382	2025-06-05	STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280031.124 PMID:40355284	研究论文	本文提出了一种名为STCC的新型共识聚类框架，用于整合不同空间转录组学工具的结果，以提高空间域检测的准确性和稳定性	开发了STCC框架，通过多种共识策略整合现有工具的结果，显著提高了空间域检测的准确性和稳定性	未明确提及具体局限性，但可能包括对不同数据类型的适应性有待进一步验证	提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	共识聚类策略（Onehot-based, average-based, hypergraph-based, wNMF-based）	NA	空间转录组学数据	模拟数据和来自不同实验平台的真实数据
383	2025-06-05	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Jun-02, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文综述了显微分辨率空间转录组学（μST）的最新进展、面临的挑战及未来发展方向	介绍了显微分辨率空间转录组学（μST）这一新兴领域，并探讨了其在细胞和亚细胞尺度上的应用潜力	面临每个亚微米（或微米）大小空间单元的转录本发现稀疏以及跨平台数据碎片化等问题，阻碍了数据整合和分析	探讨显微分辨率空间转录组学（μST）的机遇与挑战，并展望其未来发展	空间转录组学技术及其在显微分辨率下的应用	空间转录组学	NA	测序和成像技术	AI驱动的空间分析	转录组数据	NA
384	2025-06-05	Exosomal PKM2: A Noninvasive Diagnostic Marker Linking Macrophage Metabolic Reprogramming to Gastric Cancer Pathogenesis 2025-Jun, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70056 PMID:40126044	研究论文	研究探讨了血浆外泌体PKM2作为胃癌诊断标志物的潜力及其在肿瘤微环境中通过调控巨噬细胞代谢重编程促进胃癌发展的机制	首次发现血浆外泌体PKM2可作为早期胃癌诊断标志物，并阐明其通过SCAP/SREBP1通路调控巨噬细胞脂质合成促进胃癌发展的新机制	样本量相对有限（216例），且机制研究主要基于体外实验	探索外泌体PKM2在胃癌诊断和发病机制中的作用	胃癌患者和健康供体的血浆样本及肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	血液样本数据、单细胞测序数据	216份血液样本（来自胃癌患者和健康供体）
385	2025-06-05	Targeting INF2 with DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide: a new stratagem for colorectal cancer therapy 2025-Jun-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14357-9 PMID:40452021	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，识别INF2作为结直肠癌的特异性生物标志物，并发现DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide作为INF2抑制剂具有潜在的治疗价值	首次将INF2识别为结直肠癌的特异性生物标志物，并发现天然化合物DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide作为其抑制剂	未提及样本量大小，且研究结果需进一步临床验证	开发针对结直肠癌的靶向治疗策略	结直肠癌组织和细胞	生物医学	结直肠癌	单细胞RNA测序、机器学习、免疫组织化学、细胞生物学实验、计算对接	NA	RNA测序数据、图像数据	NA
386	2025-06-05	Novel roles for CREG1 in hematopoiesis revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jun-01, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01407-9 PMID:40452027	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示CREG1在造血过程中的新作用	首次利用单细胞RNA测序技术研究CREG1在成年斑马鱼造血发育中的功能，揭示了CREG1在调节B细胞、T/NK细胞和红细胞发育中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，人类造血系统中CREG1的作用仍需进一步验证	探究CREG1在造血过程中的功能及其分子机制	成年斑马鱼的肾脏骨髓细胞	生物医学	造血系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	斑马鱼模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用creg1缺陷型斑马鱼作为研究对象
387	2025-06-05	MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT 2025-May-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60295-2 PMID:40450001	研究论文	介绍了一种名为MACanalyzeR的单细胞RNA测序工具，用于全面分析单核细胞/巨噬细胞的代谢特征，并揭示了PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织热生成扩展中的作用	开发了MACanalyzeR工具，首次识别出PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞亚群在棕色脂肪组织热生成中的关键作用	研究仅基于肥胖雄性小鼠模型，未涉及人类或其他性别样本	探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能调控中的作用机制	肥胖雄性小鼠(db/db和高脂饮食喂养小鼠)的棕色脂肪组织	免疫代谢	肥胖	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	肥胖雄性小鼠模型(db/db和HFD-fed小鼠)
388	2025-06-05	BPIFB1 is a prognostic biomarker and mediated collagen synthesis in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-May-30, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042671 PMID:40441200	研究论文	本研究探讨了BPIFB1在特发性肺纤维化(IPF)中的表达及其与预后的关系，揭示了BPIFB1在肺纤维化过程中的分子作用	首次发现BPIFB1在IPF中高表达，并与其不良预后相关，同时揭示了BPIFB1可能通过调节肺成纤维细胞分化和胶原合成参与IPF的发病机制	BPIFB1在血液中的表达水平在对照组和IPF患者中相似，限制了其作为血液生物标志物的应用	探究BPIFB1在特发性肺纤维化中的分子作用及其与预后的关系	特发性肺纤维化患者和对照组的基因表达数据	生物信息学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、转录组分析、生物信息学分析	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用了Gene Expression Omnibus数据库的数据
389	2025-06-05	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60457-2 PMID:40442146	研究论文	该研究探讨了针对β-catenin的精准靶向治疗在肝细胞癌（HCC）中的肿瘤重编程和免疫调节作用	研究使用了一种新型的siRNA（LNP-CTNNB1）靶向CTNNB1，并在多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型中显示出显著的肿瘤反应，同时揭示了β-catenin抑制对免疫调节转录因子和免疫信号通路的激活作用	研究主要基于动物模型和有限的临床数据，尚未在广泛人群中验证其效果	探索β-catenin靶向治疗在肝细胞癌中的疗效及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的联合应用潜力	β-catenin突变的肝细胞癌（HCC）模型和患者样本	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	siRNA技术、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、临床数据	多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型及IMbrave150 III期试验患者队列
390	2025-06-05	Bronchopulmonary dysplasia with pulmonary hypertension associates with semaphorin signaling loss and functionally decreased FOXF1 expression 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60371-7 PMID:40442177	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了早产儿肺部损伤导致的支气管肺发育不良（BPD）及伴随的肺动脉高压（PH）的细胞和分子机制	研究发现BPD+PH患者中存在独特的异常毛细血管细胞状态，并揭示了semaphorin信号通路在正常肺发育中的关键作用	研究样本可能有限，且机制研究主要在动物模型中进行验证	识别人类BPD的潜在细胞和分子驱动因素	早产儿肺部组织（BPD和BPD+PH患者）与足月婴儿的对比	分子生物学	支气管肺发育不良（BPD）和肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	早产儿和足月婴儿的肺部组织样本（具体数量未提及）
391	2025-06-05	Construction and validation of a lipid metabolism-related genes prognostic signature for skin cutaneous melanoma 2025-May-29, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152115 PMID:40460484	研究论文	本研究构建并验证了一个与脂质代谢相关基因（LMGs）相关的预后特征，用于预测皮肤黑色素瘤（SKCM）患者的生存结果	首次构建了基于脂质代谢相关基因的预后特征，并验证其在SKCM中的独立预后价值，同时通过实验验证了关键基因CCNA2的功能	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在样本选择偏差，且实验验证仅针对一个关键基因	探讨脂质代谢相关基因在SKCM中的功能作用及预后意义	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	mRNA测序、单细胞RNA测序、NMF算法、WGCNA、LASSO回归、Cox回归分析	预后风险模型	基因表达数据、临床随访数据	来自TCGA和GEO数据库的SKCM患者数据，外部验证队列包括GSE65904和GSE54467
392	2025-06-05	[Progress in investigating astrocyte heterogeneity after spinal cord injury based on single-cell sequencing technology] 2025-May-25, Zhongguo gu shang = China journal of orthopaedics and traumatology DOI:10.12200/j.issn.1003-0034.20240352 PMID:40461119	综述	本文综述了单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞异质性研究中的进展	利用单细胞测序技术揭示了脊髓损伤后星形胶质细胞的异质性及其与神经再生修复的关联	目前所有发现仍需更多基础研究和充分的临床试验验证	探索单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞研究中的应用	脊髓损伤后的星形胶质细胞	生物信息学	脊髓损伤	单细胞测序技术	NA	转录组数据	NA
393	2025-06-05	ICOS+CD4+ T cells define a high susceptibility to anti-PD-1 therapy-induced lung pathogenesis 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186483 PMID:40198121	研究论文	研究探讨了抗PD-1治疗引起的肺毒性机制，特别是在老年小鼠模型中ICOS+CD4+ T细胞的作用	揭示了ICOS+CD4+ T细胞在老年环境中对抗PD-1治疗引起的肺毒性中的关键作用，并提出了ICOS-ICOSL相互作用的干预策略	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探索抗PD-(L)1治疗引起的免疫相关不良事件（irAEs）的细胞机制	老年小鼠模型和癌症患者的CD4+ T细胞	免疫治疗	肺癌	单细胞转录组学，过继性T细胞转移	小鼠模型	基因表达数据，临床数据	老年和年轻小鼠模型，部分癌症患者样本
394	2025-06-05	Characterization of a pathogenic nonmigratory fibroblast population in systemic sclerosis skin 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185618 PMID:40232859	research paper	该研究鉴定了系统性硬化症（SSc）皮肤中一种致病性的非迁移性成纤维细胞群体	发现了一种未被传统外植体培养方法分离的非迁移性成纤维细胞群体，并揭示了其在系统性硬化症不同阶段的致病作用	研究主要基于体外实验和基因表达分析，需要进一步体内实验验证	探究系统性硬化症皮肤中不同成纤维细胞群体的致病机制	系统性硬化症患者的皮肤成纤维细胞	digital pathology	systemic sclerosis	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, multichannel immunofluorescence	NA	gene expression data, immunofluorescence images	系统性硬化症患者的皮肤活检样本
395	2025-06-05	Transcriptional signatures of endothelial cells shape immune responses in cardiopulmonary health and disease 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.191059 PMID:40401523	review	本文综述了心肺血管系统中内皮细胞（ECs）在健康和疾病状态下对免疫反应的调控作用	利用单细胞RNA测序技术揭示了心肺血管系统中内皮细胞的异质性及其免疫调节特性	NA	探讨内皮细胞在心肺健康和疾病中的免疫调节功能	心肺血管系统中的内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
396	2025-06-05	Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration 2025-May-22, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01955-w PMID:40404995	研究论文	研究揭示了小胶质细胞激活通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进衰老相关白质退化的机制	揭示了CXCL10-CXCR3轴在衰老白质中CD8 T细胞招募和保留中的关键作用，以及这些细胞对白质退化的致病影响	研究主要基于小鼠模型，人类衰老白质退化的直接证据仍需进一步研究	探究衰老相关白质退化中小胶质细胞的功能及其与免疫系统的相互作用	小鼠的髓鞘化轴突和白质	神经科学	神经退行性疾病	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
397	2025-06-05	Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T-Cell Treatment Efficacy 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.13.653878 PMID:40463198	研究论文	该研究通过单细胞转录组学分析，发现低强度I型干扰素信号可增强CAR T细胞治疗r/r DLBCL的疗效	提出了一种利用低强度I型干扰素信号增强CAR T细胞疗效的新策略，并验证了其在不同共刺激信号CAR T细胞中的普适性	研究样本量较小（8例患者），需要在更大规模临床试验中验证	提高CD19靶向CAR T细胞治疗复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤的疗效	复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者	肿瘤免疫治疗	弥漫大B细胞淋巴瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	8例r/r DLBCL患者
398	2025-06-05	Longitudinal single-cell analysis reveals RUNX1T1 as an early driver in treatment-induced neuroendocrine transdifferentiation 2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653660 PMID:40463134	研究论文	该研究通过纵向单细胞转录组测序揭示了RUNX1T1作为治疗诱导神经内分泌转分化早期驱动因子的作用	首次发现t-NEPC发展过程中的早期中间过渡细胞状态，并鉴定RUNX1T1为NEPC转分化的关键转录调控因子	研究基于PDX模型，可能不完全反映人类肿瘤的复杂性	阐明治疗诱导神经内分泌前列腺癌(t-NEPC)发展的分子机制	前列腺癌腺癌向神经内分泌癌转分化过程	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq	PDX模型	单细胞转录组数据	7个时间点的LTL331/331R PDX模型样本
399	2025-06-05	Prg4+ fibro-adipogenic progenitors in muscle are crucial for bone fracture repair 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.654160 PMID:40462922	研究论文	本文研究了肌肉中Prg4+纤维脂肪祖细胞在骨折修复中的关键作用	揭示了Prg4+纤维脂肪祖细胞在骨折修复中的新机制，即这些细胞可以从肌肉迁移到骨折部位并分化为软骨细胞、成骨细胞和骨细胞	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证；在膜内骨损伤模型中，Prg4+ FAPs的贡献显著低于骨折模型	探究肌肉细胞在骨折修复中的作用机制	小鼠模型中的Prg4+纤维脂肪祖细胞	骨科学	骨折	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠骨折模型和膜内骨损伤模型	基因表达数据和细胞定位数据	未明确说明具体样本数量，但使用了小鼠模型进行研究
400	2025-06-05	Single-Cell RNA Sequencing and Inferred Protein Activity Analysis Reveal a Distinct Tumor Phenotype in Early-Onset Colorectal Cancer Patients 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.15.653154 PMID:40462964	research paper	通过单细胞RNA测序和推断的蛋白质活性分析，揭示了早发性结直肠癌患者的独特肿瘤表型	整合公共数据和内部临床样本，结合scRNA-seq和mIF技术，首次定义了EO-CRC中一个以前未被识别的上皮亚群，该亚群以TLR4和CCR5的高表达为特征	研究样本量可能有限，且仅比较了EO-CRC和LO-CRC，未涉及其他类型的结直肠癌	探究早发性结直肠癌（EO-CRC）与晚发性结直肠癌（LO-CRC）在分子和微环境驱动因素上的差异	早发性结直肠癌（EO-CRC）和晚发性结直肠癌（LO-CRC）患者	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq, mIF, VIPER	NA	RNA sequencing data, immunofluorescence data	公共数据和内部临床样本（具体数量未提及）