单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-05-03	FIND-seq: high-throughput nucleic acid cytometry for rare single-cell transcriptomics 2024-Nov, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01021-y PMID:39039320	research paper	介绍了一种名为FIND-seq的高通量核酸细胞计数技术，用于罕见单细胞转录组学研究	开发了基于RNA或DNA标记的核酸细胞计数平台FIND-seq，能够分离罕见细胞并进行转录组分析	需要具备微流体、光学和分子生物学知识	提供实验方法以访问细胞图谱中发现的细胞亚群，以及那些无法通过其他方法分离的细胞	罕见细胞，包括感染病原体的细胞、具有特定DNA突变或独特转录或剪接特征的细胞	digital pathology	HIV	FIND-seq, 单细胞转录组测序	NA	RNA或DNA序列数据	NA
382	2025-05-03	Tracking Rare Single Donor and Recipient Immune and Leukemia Cells after Allogeneic Hematopoietic Cell Transplantation Using Mitochondrial DNA Mutations 2024-Nov-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0138 PMID:39236287	研究论文	该研究利用线粒体DNA突变追踪异基因造血干细胞移植后供体和受体的免疫及白血病细胞，为移植后监测提供了新方法	首次将线粒体DNA突变与单细胞表型分析相结合，实现0.1%-1%频率的供受体细胞同步追踪和表型鉴定	当前通量限制需要未来单细胞测序技术的进一步发展	开发移植后白血病复发监测的新方法	异基因造血干细胞移植后的供受体细胞及白血病细胞	单细胞测序技术	白血病	ASAP-seq（单细胞染色质可及性测序）	NA	单细胞多组学数据（DNA突变+表观遗传+表面标记）	未明确样本量（聚焦技术验证）
383	2025-05-03	Small Molecule Hydrogels Loading Small Molecule Drugs from Chinese Medicine for the Enhanced Treatment of Traumatic Brain Injury 2024-10-22, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c09097 PMID:39383335	研究论文	该研究开发了一种负载中药小分子药物的小分子水凝胶（GBR-gel），用于增强创伤性脑损伤（TBI）的治疗效果	GBR-gel无需额外药物负载或无活性成分，在生理条件下即可自组装，具有制备简便、成本效益高和生物相容性高等优势	研究未提及GBR-gel在长期使用中的潜在副作用或大规模生产的可行性	开发一种新型小分子水凝胶药物递送系统，用于创伤性脑损伤的及时干预	创伤性脑损伤（TBI）	生物医学工程	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	实验数据	未明确说明样本数量
384	2025-05-03	Characterization of the responses of brain macrophages to focused ultrasound-mediated blood-brain barrier opening 2024-May, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01107-0 PMID:37857722	研究论文	研究聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞反应的影响	首次使用单细胞测序技术详细描述了小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞对聚焦超声介导的血脑屏障开放的不同反应	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索聚焦超声开放血脑屏障对脑巨噬细胞的影响及其在神经退行性疾病治疗中的潜在应用	小鼠的小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞	神经免疫学	神经退行性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
385	2025-05-03	Role of macrophages in regression of myocardial fibrosis following alleviation of left ventricular pressure overload 2024-05-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00240.2023 PMID:38363214	research paper	该研究探讨了巨噬细胞在左心室压力超负荷缓解后心肌纤维化消退中的作用	首次揭示了巨噬细胞在压力超负荷缓解后对胶原降解和间质纤维化部分消退的潜在益处	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	确定心肌巨噬细胞表型在压力超负荷和缓解后的时间变化，以及巨噬细胞耗竭是否改变胶原降解	小鼠心肌巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	免疫组织化学、流式细胞术、RT-PCR、免疫印迹、单细胞测序分析	小鼠横向主动脉缩窄(TAC)模型	基因表达数据、蛋白质数据	控制组(非TAC)、2周和4周TAC组、2周、4周和6周unTAC组小鼠
386	2025-05-03	Loss of function of male-specific lethal 3 (Msl3) does not affect spermatogenesis in rodents 2024-May, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.669 PMID:37847071	research paper	该研究探讨了雄性特异性致死3（Msl3）在啮齿动物精子发生中的作用	研究发现Msl3在小鼠中的表达时间与果蝇和灵长类不同，且其功能丧失不影响啮齿动物的减数分裂进入	研究仅针对啮齿动物，未涉及其他哺乳动物或人类	探究Msl3在哺乳动物减数分裂进入中的作用	小鼠精子发生过程	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq，条件性敲除小鼠模型	Stra8-iCre驱动的条件性敲除小鼠	基因表达数据	条件性敲除小鼠模型
387	2025-05-03	Notch ligands are biomarkers of anti-TNF response in RA patients 2024-May, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-023-09897-2 PMID:37796367	research paper	研究Notch配体在类风湿性关节炎(RA)患者中对抗TNF治疗反应的生物标志物作用	发现RA中的Notch配体（如JAG1、DLL4）可作为抗TNF治疗反应的生物标志物，并揭示其在RA滑膜组织细胞中的表达调控机制	研究主要关注Notch配体在RA中的表达变化，未涉及其他潜在生物标志物或治疗靶点	探讨Notch通路在RA发病机制中的作用及其作为治疗反应标志物的潜力	类风湿性关节炎患者的滑膜组织细胞（包括巨噬细胞、成纤维样滑膜细胞和内皮细胞）	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、形态学研究	NA	转录组数据、形态学数据	未明确说明样本数量，但涉及RA患者的滑膜组织细胞
388	2025-05-03	SOCS3 regulates pathological retinal angiogenesis through modulating SPP1 expression in microglia and macrophages 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.025 PMID:38504518	research paper	该研究揭示了SOCS3通过调节小胶质细胞和巨噬细胞中SPP1的表达在病理性视网膜血管生成中的关键作用	首次发现SOCS3/STAT3/SPP1轴在病理性视网膜血管生成中的调控机制，并证明药物激活SOCS3或阻断SPP1可显著减少病理性新生血管形成	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究免疫系统与血管变化在眼部新生血管形成中的细胞和分子机制	小胶质细胞和巨噬细胞	分子生物学	视网膜病变	单细胞RNA测序	血管生成小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量（使用小鼠模型）
389	2025-05-03	Macrophages in necrotic liver lesion repair: opportunities for therapeutical applications 2024-05-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00053.2024 PMID:38618702	综述	本文讨论了肝脏巨噬细胞在坏死性肝脏病变修复中的作用及其潜在的治疗应用	通过更特异的巨噬细胞标记物、靶向细胞耗竭和单细胞RNA测序，揭示了单核细胞来源巨噬细胞在肝脏损伤和修复中的不同功能亚群	未明确区分驻留巨噬细胞和浸润巨噬细胞的功能差异	探讨肝脏巨噬细胞在坏死性肝脏病变修复中的作用及其治疗潜力	肝脏巨噬细胞（包括Kupffer细胞和单核细胞来源巨噬细胞）	肝脏病理学	急性肝衰竭和慢加急性肝衰竭	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
390	2025-05-03	Single-Cell RNA Sequencing Identifies Response of Renal Lymphatic Endothelial Cells to Acute Kidney Injury 2024-May-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000325 PMID:38506705	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究小鼠肾脏淋巴管内皮细胞在急性肾损伤中的反应	首次描述了肾脏淋巴管内皮细胞的异质性，并揭示了其在急性肾损伤中调节局部免疫反应的分子途径	研究仅基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索淋巴管内皮细胞在急性肾损伤中的免疫调节作用	小鼠肾脏淋巴管内皮细胞	生物医学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肾脏淋巴管内皮细胞样本
391	2025-05-03	Spatiotemporal Evolution of Developing Palate in Mice 2024-05, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241232317 PMID:38619065	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间增强分辨率组学测序技术，构建了小鼠腭部发育过程中的时空转录图谱，揭示了腭部细胞亚群的分布和功能	整合scRNA-seq和stereo-seq技术，首次在单细胞分辨率下解析了小鼠腭部发育的时空转录组特征，并鉴定了关键细胞亚群及其信号网络	研究仅针对C57BL/6J小鼠的特定胚胎阶段，人类腭部发育可能存在差异	探究腭部发育过程中的细胞群体组成及其功能机制	C57BL/6J小鼠胚胎12.5、14.5和16.5天的腭部组织	发育生物学	腭裂	scRNA-seq, stereo-seq, CellTrek	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	三个发育时间点(E12.5、E14.5、E16.5)的小鼠腭部样本
392	2025-05-03	Interleukin 21 Drives a Hypermetabolic State and CD4+ T-Cell-Associated Pathogenicity in Chronic Intestinal Inflammation 2024-05, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.01.026 PMID:38266738	research paper	该研究探讨了白细胞介素21（IL21）在调节性T细胞（Tregs）代谢状态中的作用及其在慢性肠道炎症中的致病机制	揭示了IL21通过影响线粒体-内质网接触及糖原合成酶激酶3β的功能，驱动Tregs进入高代谢状态并增强其炎症反应的新机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	阐明Tregs代谢重编程在肠道炎症中的分子机制	人类调节性T细胞和小鼠结肠炎模型	免疫学	炎症性肠病（克罗恩病）	电子显微镜、共聚焦成像、邻近连接实验、免疫印迹、质谱流式细胞术、荧光激活细胞分选、代谢组学、基因表达分析、Seahorse XF实时代谢分析仪、单细胞RNA测序	CD4+ T细胞诱导的小鼠结肠炎模型	分子生物学数据、细胞影像数据、基因表达数据	人类Tregs样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）
393	2025-05-03	Group 1 ILCs: Heterogeneity, plasticity, and transcriptional regulation 2024-05, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.13327 PMID:38563448	review	本文综述了小鼠第1组先天淋巴样细胞（ILCs）的基本特征，包括其发育程序、表型异质性、可塑性及转录调控	利用单细胞RNA测序技术揭示了第1组ILCs的异质性，并通过命运图谱研究增进了对这些细胞发育和效应成熟程序的理解	主要关注小鼠模型，人类ILCs的相关研究可能有所不同	探讨第1组ILCs的发育程序、表型异质性、可塑性及转录调控	小鼠第1组先天淋巴样细胞（ILC1s和NK细胞）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），命运图谱研究	NA	基因表达数据	NA
394	2025-05-03	Envelope protein-specific B cell receptors direct lentiviral vector tropism in vivo 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.002 PMID:38449314	研究论文	研究通过系统性给药慢病毒载体后，脾脏B细胞被高效转导的现象，并发现不同假型包膜蛋白导致转导不同的B细胞亚群	揭示了不同假型包膜蛋白通过特异性B细胞受体(BCR)介导病毒进入，从而选择性转导特定B细胞亚群的新机制	NA	探索慢病毒载体系统性给药后转基因表达的生物分布机制	脾脏B细胞	基因治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
395	2025-05-03	Unveiling cell subpopulations in T1D mouse islets using single-cell RNA sequencing 2024-May-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00323.2023 PMID:38506753	research paper	利用单细胞RNA测序技术揭示T1D小鼠胰岛中的细胞亚群	首次在T1D小鼠模型中通过scRNA-Seq技术鉴定了11种主要的胰岛细胞类型，并发现α和β细胞的异质性可能在T1D发展中起关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类T1D尚需验证	探究T1D小鼠胰岛细胞的异质性及其与疾病发展的关系	链脲佐菌素诱导的T1D小鼠模型	digital pathology	diabetes	scRNA-Seq, flow cytometry	NA	RNA sequencing data	T1D小鼠胰岛组织
396	2025-05-03	Nfe2l3 promotes neuroprotection and long-distance axon regeneration after injury in vivo 2024-May, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2024.114741 PMID:38395216	研究论文	本研究探讨了Nfe2l3在神经保护和长距离轴突再生中的作用，并揭示了其在治疗中枢神经系统损伤和疾病中的潜在应用	首次揭示了Nfe2l3在神经保护和轴突再生中的功能，并发现其与已知的神经保护和轴突再生机制相关	研究主要集中在小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究Nfe2l3在神经保护和轴突再生中的作用及其治疗潜力	小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）和皮质投射神经元	神经科学	中枢神经系统损伤和疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和病毒载体递送技术	NA	RNA-seq数据	小鼠的视网膜神经节细胞和皮质投射神经元
397	2025-05-03	How Mycobacterium tuberculosis builds a home: Single-cell analysis reveals M. tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of anti-inflammatory macrophages in infected mouse lungs 2024-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.20.590421 PMID:38712150	research paper	研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了结核分枝杆菌（MTB）ESX-1分泌系统在感染小鼠肺部时对单核吞噬细胞（MNPs）的招募和分化的影响	首次揭示了MTB ESX-1系统如何通过调控MNPs的招募和分化，促进抗炎信号的上调，从而帮助MTB在宿主体内生存	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究MTB ESX-1系统在感染过程中对宿主免疫反应的调控机制	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞（BMDM）	infectious disease	tuberculosis	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞（BMDM）
398	2025-05-03	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.547944 PMID:37461466	研究论文	介绍了一种名为MMoCHi的多模态分层分类方法，用于整合CITE-seq数据中的基因和蛋白质表达信息，以准确注释免疫细胞类型	提出了一种不依赖参考图谱的标记方法MMoCHi，能够整合基因和蛋白质表达数据，优于现有的转录组分类器和多模态无监督聚类方法	未明确提及具体局限性	开发一种能够整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据的分类器，以更准确地注释免疫细胞类型	免疫细胞，特别是T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集	单细胞测序数据分析	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	已分类的T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集
399	2025-05-03	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.578066 PMID:38352515	meta-analysis	通过整合小鼠和人类前列腺单细胞转录组数据，研究上皮细胞可塑性在组织退化、再生和癌症中的作用	揭示了前列腺上皮细胞在正常、退化及癌症状态下的转录组相似性，并发现雄激素依赖性可塑性	研究主要基于转录组数据，可能缺乏蛋白质水平或功能实验的验证	探究前列腺上皮细胞的可塑性及其在前列腺癌发生和治疗反应中的作用	小鼠和人类前列腺的单细胞转录组数据	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	多个已发表和新的scRNA-seq数据集
400	2025-05-03	Cellular Senescence Contributes to the Progression of Hyperoxic Bronchopulmonary Dysplasia 2024-Feb, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0038OC PMID:37874230	research paper	该研究探讨了细胞衰老在高氧性支气管肺发育不良（BPD）进展中的作用，并测试了几种潜在的治疗策略	首次提出细胞衰老在BPD进展中的关键作用，并验证了通过减少髓过氧化物酶氧化剂生成、内质网应激和细胞衰老来治疗BPD的潜在策略	研究主要基于动物模型，人类样本有限，临床转化需要进一步验证	探究细胞衰老在BPD发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	人类尸检肺组织和暴露于高氧环境的Sprague-Dawley大鼠幼崽	呼吸系统疾病研究	支气管肺发育不良	组织学检查、转录组学分析、免疫印迹、单细胞RNA测序	动物模型（大鼠）	组织样本、基因表达数据	人类尸检肺组织样本和实验大鼠