单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-08-06	Integrated single-cell RNA and ATAC sequencing of B-cell lymphoma-3(Bcl3) and endothelin-2(Edn2) proteins as targets to prevent glaucoma progression 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145455 PMID:40562139	研究论文	通过单细胞RNA测序和ATAC测序分析，识别Bcl3和Edn2作为青光眼进展的关键蛋白，并通过实验验证其在青光眼中的作用	首次整合单细胞RNA测序和ATAC测序数据，识别Bcl3和Edn2作为青光眼的关键蛋白，并验证其在NF-κB和Hippo信号通路中的作用	研究主要基于生物信息学分析和动物模型，临床样本数量有限，需要进一步的大规模临床验证	探索原发性开角型青光眼(POAG)的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	青光眼患者样本、动物模型(R28细胞、视网膜缺血再灌注和NMDA诱导的青光眼大鼠模型)	数字病理学	青光眼	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ATAC-seq, ELISA, RT-qPCR	NA	测序数据、实验数据	多个数据集(GSE203499, GSE212186, GSE241782, GSE212188)中的青光眼和对照样本，以及人类房水和血清样本、动物模型
382	2025-08-06	Microglial landscape and signaling in spinal cord injury 2025-Aug, Spinal cord IF:2.1Q1 DOI:10.1038/s41393-025-01103-y PMID:40624302	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了脊髓损伤后小胶质细胞的动态变化及其关键信号通路	发现了TGFβ信号通路对小胶质细胞迁移的关键调控作用，以及Trem2介导的神经炎症反应	研究主要依赖于生物信息学分析，缺乏实验验证	揭示脊髓损伤后小胶质细胞的分子机制，促进功能恢复	小胶质细胞及其在脊髓损伤中的动态变化	生物信息学	脊髓损伤	scRNA-seq, ST, bulk RNA-seq	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
383	2025-08-06	Giardia-induced Type 2 mucosal immunity attenuates intestinal inflammation caused by co-infection or colitis in mice 2025-Aug, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02051-2 PMID:40629110	研究论文	本文研究了贾第虫感染如何通过诱导2型黏膜免疫反应减轻小鼠肠道炎症	揭示了贾第虫通过诱导IL-10产生的Th2细胞扩增，促进寄生虫持续存在并保护免受炎症性肠病侵害的新机制	研究仅基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究贾第虫感染对肠道炎症的调节作用及其免疫机制	尼日利亚学龄儿童和小鼠模型	免疫学	肠道炎症性疾病	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	小鼠感染模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本量，涉及人类流行病学数据和小鼠实验
384	2025-08-06	Epiblast-derived CX3CR1+ progenitors generate cardiovascular cells during cardiogenesis 2025-Aug, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00488-z PMID:40551012	research paper	本研究揭示了CX3CR1+细胞在小鼠心脏发育过程中的起源和命运，证明其来源于外胚层细胞，并在心脏生成过程中分化为心肌细胞和内皮细胞	首次发现CX3CR1+细胞不仅生成组织巨噬细胞，还能分化为心肌细胞和内皮细胞，揭示了其在心脏发育中的多能祖细胞特性	研究仅限于小鼠模型，人类心脏发育中CX3CR1+细胞的作用尚不清楚	阐明CX3CR1+细胞在心脏发育过程中的起源和分化命运	小鼠胚胎CX3CR1+细胞及其后代细胞	发育生物学	心血管疾病	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序	小鼠模型、胚胎干细胞模型	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠胚胎E6.5至成年阶段的心脏组织
385	2025-08-06	A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity 2025-Aug-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00191.2025 PMID:40748676	research paper	该研究通过基于成像的空间转录组学技术，分析了17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织的基因表达模式，创建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱	研究首次创建了一个涵盖不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织的空间转录组图谱，并提出了一个基于胎龄和寿命的简化分类方案，以识别传统二元比较中可能被忽视的细胞类型模式	研究样本量相对较小（17个婴儿肺组织），且分类方案可能无法涵盖所有临床情况	揭示肺器官发育过程中的细胞转变时间和调控机制，以及疾病状态下这些过程的破坏	人类婴儿肺组织	digital pathology	lung cancer	imaging-based spatial transcriptomics	computational clustering	spatial transcriptomic data	17个人类婴儿肺组织，约120万个细胞
386	2025-08-06	BACH2 drives the development and function of group 2 innate lymphoid cells 2025-Aug, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads4323 PMID:40749046	研究论文	本文揭示了转录因子BACH2在调控2型先天淋巴细胞（ILC2s）的发育和功能中的关键作用	首次发现BACH2在ILC2s及其前体细胞中高表达并表观遗传激活，揭示了BACH2通过调控转录和表观遗传景观影响ILC2s的分化和功能	未探讨BACH2在其他免疫细胞类型中的潜在作用，以及BACH2调控的具体下游靶基因网络	阐明ILC2s发育和功能的调控机制及其在过敏性炎症中的作用	2型先天淋巴细胞（ILC2s）及其前体细胞	免疫学	哮喘	scRNA-seq, ATAC-seq, CUT&Tag-seq	NA	基因组学数据	NA
387	2025-08-06	The bone marrow immune ecosystem shapes daratumumab acquired resistance in plasma cell myeloma 2025-Aug-01, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02712-5 PMID:40750676	研究论文	本研究探讨了骨髓免疫生态系统在多发性骨髓瘤中对达雷妥尤单抗获得性耐药的影响	通过单细胞RNA测序和数字空间分析，揭示了获得性耐药与CD8阳性T细胞耗竭表型、IFN-γ信号以及MYC调控的关联	研究样本量有限，且主要依赖于外部队列数据进行验证	探究多发性骨髓瘤患者对达雷妥尤单抗产生获得性耐药的机制	多发性骨髓瘤患者及其骨髓免疫生态系统	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、数字空间分析(DSP)	NA	单细胞RNA测序数据、空间分析数据	配对样本（治疗前与获得性耐药后），以及4个外部队列数据（GSE24080, GSE136337, GSE57317, coMMpass）
388	2025-08-03	Correction: Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA 2025-Aug-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11923-0 PMID:40750841	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
389	2025-08-06	Dihydroartemisinin enhances remyelination by switching microglia to the reparative phenotype 2025-Aug-01, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03510-7 PMID:40750890	研究论文	该研究探讨了双氢青蒿素（DHA）通过调控小胶质细胞表型促进髓鞘再生的机制	首次证明DHA能够通过促进小胶质细胞向修复型表型转变，增强髓鞘再生和神经功能恢复	研究主要基于动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索DHA在促进髓鞘再生中的作用机制	小胶质细胞和少突胶质前体细胞（OPCs）	神经科学	多发性硬化症	单细胞测序、小胶质细胞清除技术（PLX3397）	EAE模型和CPZ模型	实验数据	动物模型（具体数量未明确说明）
390	2025-08-06	Co-Expression of MHC-II and ANXA1: Mediators of PD-1/PD-L1 Therapy Resistance in Breast Cancer 2025-Aug, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70291 PMID:40744683	研究论文	本研究探讨了MHC-II和ANXA1在三阴性乳腺癌中对PD-1/PD-L1治疗抵抗的潜在作用	揭示了ANXA1作为PD-1/PD-L1治疗抵抗的潜在介导者，并提出了其作为治疗靶点的可能性	ANXA1表达与总生存率无直接相关性	研究MHC-II在乳腺癌免疫逃逸、肿瘤转移和免疫治疗疗效中的作用，以改进三阴性乳腺癌的治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	差异表达分析（Limma）、GO和KEGG通路富集分析（clusterProfiler）、孟德尔随机化分析、单细胞测序数据分析（Scanpy和CellTypist）	UMAP、PCA、Leiden算法	基因表达数据、单细胞测序数据	来自UK Biobank和GEO数据集的样本
391	2025-08-06	Effects of Cholesterol Metabolism on Corneal Endothelial Dysfunction in Patients With Type 1 Diabetes 2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.11.9 PMID:40762538	研究论文	本研究探讨了胆固醇代谢对1型糖尿病患者角膜内皮功能障碍的影响	首次从胆固醇代谢角度揭示了糖尿病诱导角膜内皮功能障碍的机制，并提出了胆固醇补充的保护作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，尚未在人体临床试验中验证	揭示糖尿病如何通过胆固醇代谢途径诱导角膜内皮功能障碍	1型糖尿病小鼠模型和高糖培养的B4G12细胞	眼科疾病研究	糖尿病	scRNA-seq, RNA-seq, RT-qPCR, Western blotting, 免疫荧光染色	动物模型（小鼠）和细胞模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明样本数量，使用了小鼠模型和细胞系
392	2025-08-06	A lipid metabolism-related gene signature predicts prognosis after tamoxifen treatment in ER + breast cancer and reflects tumor microenvironment heterogeneity through single-cell analysis 2025-Jul-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02194-5 PMID:40745642	研究论文	本研究通过整合脂质代谢基因表达和机器学习数据，开发了一个基于基因表达的预后模型，用于预测ER阳性乳腺癌患者接受他莫昔芬治疗后的预后	利用脂质代谢相关基因特征预测ER阳性乳腺癌患者的预后，并通过单细胞分析揭示肿瘤微环境异质性	研究样本量有限，且仅针对ER阳性乳腺癌患者	开发一个预后模型，预测ER阳性乳腺癌患者接受他莫昔芬治疗后的生存结果	ER阳性乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	基因表达分析，单细胞测序	机器学习模型	基因表达数据	TCGA-ER+BRCA数据集（N=183），GSE17705（N=298），GSE22219（N=134），GSE42568（N=70），GSE58644（N=147）
393	2025-08-06	Dual lineage origins contribute to neocortical astrocyte diversity 2025-Jul-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61829-4 PMID:40738880	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了小鼠大脑皮层中五种星形胶质细胞亚型的分子特征、空间分布和功能，并阐明了它们形成的调控机制	发现了两种不同的谱系来源（Emx1放射状胶质细胞和Olig2标记的谱系）共同贡献于大脑皮层星形胶质细胞的多样性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他高等哺乳动物中验证	探索大脑皮层星形胶质细胞多样性的发育起源机制	小鼠大脑皮层的星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、TrackerSeq谱系追踪	NA	基因表达数据、空间分布数据	NA（未明确说明样本数量）
394	2025-08-06	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2025-Jul-30, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-02022-0 PMID:40739059	研究论文	该研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，揭示了人类海马的分子景观	结合单核RNA测序和空间转录组学数据，利用非负矩阵分解和标签转移方法，首次在人类海马中定义了基因表达模式并推断其空间组织	研究仅基于10名成年神经典型捐赠者的数据，样本量相对较小	揭示人类海马细胞类型的分子特征及其空间组织	人类海马组织	空间转录组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF)	NA	转录组数据	10名成年神经典型捐赠者的海马组织
395	2025-08-06	SETDB1 ensures the continuity of embryonic to adult neural stem cells through metabolic alterations in the dentate gyrus 2025-Jul-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424315122 PMID:40699919	research paper	该研究揭示了SETDB1通过代谢改变在胚胎神经祖细胞向成人神经干细胞（aNSCs）转变过程中的关键作用	首次发现SETDB1通过调控代谢状态（特别是COX6B2和OXPHOS）影响aNSCs的生成，防止其向星形胶质细胞分化	研究主要集中在大脑海马齿状回区域，其他脑区的情况尚不明确	探索胚胎神经祖细胞如何转变为成人神经干细胞并维持其池的分子机制	胚胎神经祖细胞和成人神经干细胞（aNSCs）	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了单细胞RNA测序技术
396	2025-08-06	Time-coexpress: temporal trajectory modeling of dynamic gene co-expression patterns using single-cell transcriptomics data 2025-Jul-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06218-w PMID:40731381	研究论文	提出了一种基于copula的框架TIME-CoExpress，用于建模单细胞转录组数据中基因共表达的非线性动态变化	采用数据驱动的平滑函数建模非线性基因共表达变化，并整合了scRNAseq数据的过离散和零膨胀特性	未明确说明计算复杂度或在大规模数据集上的适用性	开发更灵活准确的方法来分析单细胞转录组数据中的基因共表达动态变化	单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	copula模型	基因表达数据	垂体胚胎发育过程中的scRNAseq数据集（包括突变型和野生型小鼠）
397	2025-08-06	The brainstem BBSome regulates glucose homeostasis and lean mass in a state-dependent manner 2025-Jul-29, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102222 PMID:40744313	research paper	该研究探讨了脑干纤毛和BBSome蛋白复合体在能量平衡和葡萄糖稳态中的作用	揭示了脑干纤毛和BBSome在代谢调节中的新机制，特别是在肥胖相关代谢功能障碍中的复杂作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	研究脑干纤毛和BBSome蛋白复合体对能量平衡和葡萄糖稳态的调控作用	小鼠模型，特别是Phox2b神经元	代谢研究	肥胖	免疫荧光、共聚焦成像、单细胞RNA测序、代谢测试、胰岛素信号检测、神经记录、病毒技术	Phox2bCre/Ift88 fl/fl和Phox2bCre/Bbs1fl/fl小鼠模型	基因表达数据、代谢数据、神经活动数据	未明确说明具体数量，但涉及多种基因修饰小鼠模型
398	2025-08-06	"Small extracellular vesicles: messengers at the service of breast cancer agenda in the primary and distant microenvironments" 2025-Jul-21, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03471-y PMID:40691627	综述	本文综述了小细胞外囊泡（small EVs）在乳腺癌原发和远处微环境中的作用及其在诊断和治疗中的潜在应用	强调小EVs在免疫调节、基质重塑和转移灶形成中的关键作用，并探讨其在液体活检和个性化治疗中的潜力	小EVs的异质性和追踪限制仍是主要挑战，临床转化仍需解决靶向效率、体内稳定性和免疫原性等问题	探讨小EVs在乳腺癌微环境中的功能及其在精准肿瘤学中的应用	乳腺癌及其微环境中的小细胞外囊泡	精准医学	乳腺癌	超速离心、免疫亲和、微流控系统、单细胞转录组学、多组学方法	NA	蛋白质、脂质、DNA、非编码RNA	NA
399	2025-08-06	Image-based inference of tumor cell trajectories enables large-scale cancer progression analysis 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9466 PMID:40680117	研究论文	开发了一种基于人工智能的模型，利用细胞形态学特征和组织学空间组织从H&E染色全切片图像中推断肿瘤细胞分化状态和动态轨迹	提出了一种成本效益高的方法，通过常规病理切片大规模分析肿瘤进展动态，克服了单细胞RNA测序的高成本和资源密集限制	方法依赖于H&E染色图像的质量和可用性，可能不适用于所有类型的肿瘤	开发一种成本效益高的方法来大规模分析肿瘤进展动态	肺腺癌患者的肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	AI模型	NA	图像	三个独立的肺腺癌队列
400	2025-08-06	Artifacts in spatial transcriptomics data: their detection, importance, prevalence, and prevention 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf306 PMID:40748322	研究论文	本文介绍了一种名为BLADE的新方法，用于检测和去除空间转录组学数据中的三种常见伪影	开发了BLADE这一跨平台的自动化统计方法，能够检测并去除空间转录组学数据中的边界效应、组织边缘效应和位置批次故障	研究主要基于10x Visium和CosMx平台的数据，可能不适用于其他空间转录组学技术	提高空间转录组学数据的质量，减少伪影对研究结果的影响	人类和小鼠的肝脏及脂肪组织样本	空间转录组学	NA	空间转录组学技术（Visium和CosMx）	统计方法（BLADE）	空间转录组数据	37个10x Visium样本（来自人类和小鼠的肝脏和脂肪组织）