单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-05-12	Chenodeoxycholic acid modulates cholestatic niche through FXR/Myc/P-selectin axis in liver endothelial cells 2025-Mar-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57351-2 PMID:40025016	研究论文	本研究探讨了鹅去氧胆酸（CDCA）通过FXR/Myc/P-selectin轴在肝内皮细胞中调节胆汁淤积微环境的作用	揭示了肝内皮细胞在胆汁淤积性肝损伤中的关键作用，并提出了CDCA/FXR/Myc/P-selectin轴作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究胆汁淤积性肝病的发病机制及潜在治疗策略	肝内皮细胞和胆汁淤积性肝损伤	肝脏病理学	胆汁淤积性肝病	单细胞RNA测序	小鼠胆汁淤积模型（胆管结扎模型）	RNA测序数据	多种小鼠肝损伤模型及胆汁淤积患者肝组织样本
382	2025-05-12	Unraveling the role of neuregulin-mediated astrocytes-OPCs axis in the pathogenesis of age-related macular degeneration and Parkinson's disease 2025-Mar-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92103-8 PMID:40025106	研究论文	本研究探讨了神经调节蛋白介导的星形胶质细胞-少突胶质前体细胞轴在年龄相关性黄斑变性和帕金森病发病机制中的作用	揭示了PALLD、FYN和ZMZ1基因的失调可能导致细胞结构异常、线粒体功能受损和神经炎症易感性增加，以及NRG介导的星形胶质细胞-OPCs信号轴在神经炎症过程中的作用	研究主要基于计算分析和预测，缺乏实验验证	探索年龄相关性黄斑变性和帕金森病的共同分子和病理机制	干性年龄相关性黄斑变性视网膜和帕金森病脑组织	生物信息学	年龄相关性黄斑变性, 帕金森病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析 (WGCNA), 基因集富集分析 (GSEA)	NA	基因表达数据	NA
383	2025-05-12	cGAMP promotes inner blood-retinal barrier breakdown through P2RX7-mediated transportation into microglia 2025-Mar-01, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03391-w PMID:40025497	research paper	该研究揭示了cGAMP通过P2RX7介导的运输进入小胶质细胞，导致内血视网膜屏障破坏的机制	研究发现人类P2RX7在生理条件下直接结合cGAMP并激活STING通路，与先前认为小鼠P2RX7仅在极高ATP浓度下非选择性运输cGAMP的观点相反	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类临床样本中验证	探究cGAS-STING通路对神经血管系统的影响，特别是对内血视网膜屏障的作用	糖尿病视网膜病变患者和小鼠模型中的内血视网膜屏障	神经血管生物学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序、组织学分析、分子生物学分析、生物信息学分析	db/db糖尿病小鼠模型、P2RX7缺陷小鼠	组织样本、行为数据、测序数据	增殖性糖尿病视网膜病变患者样本和db/db小鼠
384	2025-05-12	The role of oxidative stress-mediated fibro-adipogenic progenitor senescence in skeletal muscle regeneration and repair 2025-Mar-01, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04242-4 PMID:40025535	research paper	本研究探讨了氧化应激介导的纤维脂肪祖细胞（FAPs）衰老在骨骼肌再生和修复中的作用，并发现褪黑素通过激活AMPK信号通路增强FAPs的再生和修复能力	首次发现FAPs在损伤后经历衰老和氧化还原稳态失衡，并利用褪黑素通过激活AMPK信号通路增强FAPs的再生和修复能力	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需进一步验证	探究FAPs在骨骼肌损伤后的变化及其作用机制，寻找促进骨骼肌再生和修复的新方法	纤维脂肪祖细胞（FAPs）和骨骼肌再生	生物医学	骨骼肌损伤	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、Western blot、SA-β-Gal染色	小鼠骨骼肌损伤模型	基因表达数据、蛋白质数据	C57BL/6小鼠
385	2025-05-12	The Exploration of Disturbance of Capillary and Photoreceptor Communication Networks in Diabetic Retinopathy Through Single-Cell RNA-Seq 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70442 PMID:40032635	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索糖尿病视网膜病变中毛细血管与光感受器细胞通讯网络的扰动	发现了糖尿病视网膜病变中血管内皮细胞与光感受器细胞之间显著改变的信号通路和配体-受体对，并验证了ANGPTL4作为潜在治疗靶点	研究样本量较小（仅5只大鼠），且仅在动物模型中验证	探究糖尿病视网膜病变中细胞通讯网络的分子机制	糖尿病视网膜病变大鼠模型中的视网膜组织	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光染色、qPCR、免疫组化	动物模型（大鼠）	基因表达数据、图像数据	5只Sprague-Dawley大鼠的视网膜样本
386	2025-05-12	Polygenic enrichment analysis in multi-omics levels identifies cell/tissue specific associations with schizophrenia based on single-cell RNA sequencing data 2025-Mar, Schizophrenia research IF:3.6Q1 DOI:10.1016/j.schres.2025.02.008 PMID:40036903	研究论文	通过多组学数据分析，研究精神分裂症的细胞起源和组织异质性	使用单细胞疾病相关性评分（scDRS）算法，在单细胞分辨率下将脑单细胞RNA测序（scRNA-seq）与精神分裂症风险关联，识别出与精神分裂症相关的细胞亚群和脑区	样本量较小，仅识别出少量细胞亚群	探索精神分裂症的细胞起源和组织异质性	精神分裂症相关的细胞亚群和脑区	生物信息学	精神分裂症	scRNA-seq, ATAC-seq, RNA-seq, TWAS, GWAS	scDRS算法	单细胞RNA测序数据	59个SCUBE3表达细胞和21个FN1表达细胞
387	2025-05-12	Topical TYK2 inhibitor ameliorates psoriasis-like dermatitis via the AKT-SP1-NGFR-AP1 pathway in keratinocytes 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70256 PMID:40038877	研究论文	研究探讨了局部应用TYK2抑制剂对银屑病的治疗效果及其作用机制	揭示了TYK2抑制剂通过AKT-SP1-NGFR-AP1通路调节角质形成细胞炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外角质形成细胞实验，人体应用效果尚需进一步验证	评估局部TYK2抑制剂治疗银屑病的疗效并阐明其作用机制	咪喹莫特诱导的银屑病小鼠模型和人类角质形成细胞	皮肤病学	银屑病	scRNA-seq, 流式细胞术, RNA-seq, 双荧光素酶报告基因检测, ChIP-qPCR	小鼠银屑病模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
388	2025-05-12	Immunomodulatory effects of traditional chinese medicine on cancer: insights from network pharmacology and single-cell RNA sequencing data on the treatment of lung adenocarcinoma with shenling baizhu powder 2025-Feb-28, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01550-z PMID:40019596	研究论文	本研究通过网络药理学和单细胞RNA测序数据探讨了参苓白术散对肺腺癌的免疫调节作用	结合网络药理学和单细胞RNA测序技术揭示了参苓白术散通过调节巨噬细胞相关基因增强免疫功能的机制	研究机制尚未完全明确，需要进一步临床验证	探究参苓白术散对肺腺癌的免疫调节作用机制	肺腺癌患者免疫细胞及参苓白术散活性成分	数字病理学	肺腺癌	网络药理学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接	机器学习	基因表达数据	未明确说明样本数量
389	2025-05-12	Immunogenic cell death signature predicts survival and reveals the role of VEGFA + Mast cells in lung adenocarcinoma 2025-Feb-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91401-5 PMID:40021802	研究论文	本研究通过分析免疫原性细胞死亡（ICD）相关基因，开发了一个免疫原性评分（IRS），用于预测肺腺癌患者的生存和免疫治疗效果，并揭示了肥大细胞在肿瘤微环境中的作用	开发了免疫原性评分（IRS）作为独立的预后因素，并揭示了肥大细胞在肿瘤微环境中促进肿瘤进展的机制	研究主要基于已有数据集，未进行实验验证	探索免疫原性细胞死亡（ICD）在肺腺癌中的作用及其与免疫治疗的关系	肺腺癌患者及其肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七个独立数据集
390	2025-05-12	Complex regulation of cardiac fibrosis: insights from immune cells and signaling pathways 2025-Feb-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06260-5 PMID:40022104	review	本文综述了心脏纤维化中免疫细胞的作用及其调控机制	探讨了免疫细胞在心脏纤维化中的多面性作用及其异质性，提出了抗纤维化治疗策略的新见解	免疫细胞调控纤维化的具体机制尚不明确，不同亚群的作用有待进一步研究	理解免疫细胞在心脏纤维化中的角色及其调控机制	心脏纤维化过程中的免疫细胞和信号通路	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序、多组学分析	NA	NA	NA
391	2025-05-12	Myelin-reactive CD8+ T cells influence conventional dendritic cell subsets towards a mature and regulatory phenotype in experimental autoimmune encephalomyelitis 2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03377-8 PMID:40022134	研究论文	本文研究了髓鞘反应性CD8+ T细胞如何通过影响常规树突状细胞亚群，使其呈现成熟和调节表型，从而抑制实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发病机制	揭示了髓鞘反应性CD8+ T细胞通过直接与cDC1相互作用和通过旁分泌机制调节CD11b cDC的新机制，诱导成熟、调节性树突状细胞，从而抑制CD4 T细胞反应和减少EAE发病	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类多发性硬化症（MS）的情况	探讨髓鞘反应性CD8+ T细胞在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的功能及其对树突状细胞亚群的影响	髓鞘反应性CD8+ T细胞和常规树突状细胞亚群（cDC1和CD11b cDC）	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型	基因表达数据	NA
392	2025-05-12	Reawakening inflammation in the chronically injured spinal cord using lipopolysaccharide induces diverse microglial states 2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03379-6 PMID:40022205	研究论文	该研究探讨了在慢性脊髓损伤中通过脂多糖（LPS）重新激活炎症以诱导不同小胶质细胞状态的方法	首次使用单细胞RNA测序技术分析了亚急性和慢性脊髓损伤中小胶质细胞对LPS注射的反应，揭示了小胶质细胞状态的动态变化及其与神经可塑性的潜在关联	研究未完全阐明慢性损伤中炎症刺激后小胶质细胞状态与亚急性损伤环境的差异机制	探究小胶质细胞和LPS诱导的神经炎症如何促进脊髓损伤后的神经可塑性	脊髓损伤（SCI）后的小胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及亚急性和慢性脊髓损伤模型
393	2025-05-12	LETSmix: a spatially informed and learning-based domain adaptation method for cell-type deconvolution in spatial transcriptomics 2025-Feb-28, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01442-8 PMID:40022231	研究论文	介绍了一种名为LETSmix的空间感知和学习驱动的领域自适应方法，用于空间转录组学中的细胞类型去卷积	通过定制的LETS滤波器整合空间相关性，利用层注释、表达相似性、图像纹理特征和空间坐标来优化ST数据，并采用混合增强的领域自适应策略解决ST与参考单细胞RNA测序数据之间的差异	未明确提及具体限制	提高空间转录组学中细胞类型去卷积的准确性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序	LETS滤波器	基因表达数据、空间坐标数据	NA
394	2025-05-12	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40036846	research paper	介绍了一个名为TcEVdb的数据库，用于从单细胞转录组数据中研究T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类	构建了首个全面的TcEV数据库，整合了来自多种T细胞类型、组织和疾病状态的单细胞RNA测序数据	数据库依赖于SEVtras方法的分析结果，可能存在技术偏差	研究T细胞来源的细胞外囊泡（TcEVs）在免疫调节和肿瘤微环境中的作用	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	包含来自21个项目的221个样本中的277,265个EV液滴，涵盖51种T细胞类型、9种组织来源和23种疾病状态
395	2025-05-12	LOX+ iCAFs in HNSCC have the potential to predict prognosis and immunotherapy responses revealed by single cell RNA sequencing analysis 2025-Feb-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91036-6 PMID:40016474	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了LOX+ iCAFs在头颈鳞状细胞癌(HNSCC)中预测预后和免疫治疗反应的潜力	鉴定了LOX-myCAFs和LOX+ iCAFs两种CAF亚型，并验证了LOX+ iCAF相关特征在预后和免疫治疗反应预测中的稳健性	研究仅基于公开数据集和有限的患者样本，需要进一步实验验证	探索CAFs在HNSCC中的功能作用及其对预后和免疫治疗反应的影响	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者	数字病理	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Seurat	RNA测序数据	102名HNSCC患者(GSE159067数据集)
396	2025-05-12	Bioinformatics analysis of shared biomarkers and immune pathways of preeclampsia and periodontitis 2025-Feb-27, BMC pregnancy and childbirth IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s12884-025-07277-w PMID:40016711	research paper	通过生物信息学分析探讨先兆子痫（PE）和牙周炎（PD）共有的生物标志物和免疫通路	首次通过生物信息学方法识别PE和PD共有的关键交叉基因和免疫通路，并构建诊断模型	研究依赖于公共数据库的转录组数据，未进行实验验证	揭示PE和PD共有的病理机制	先兆子痫（PE）和牙周炎（PD）患者	生物信息学	先兆子痫和牙周炎	转录组分析、WGCNA、单细胞RNA测序	XG-Boost	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的多个转录组数据集
397	2025-05-12	Integration and functionality of human iPSC-derived microglia in a chimeric mouse retinal model 2025-Feb-27, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03393-8 PMID:40016767	research paper	研究通过创建一种新型的体外嵌合模型，探讨了人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞在小鼠视网膜模型中的整合与功能	开发了一种包含异种移植小胶质细胞的体外嵌合模型，实现了人类小胶质细胞在小鼠视网膜中的高比例整合，并展示了其关键功能	研究仅观察了14天培养期内的人类小胶质细胞功能，长期整合与功能表现尚不明确	研究人类小胶质细胞在视网膜环境中的整合与功能，为视网膜退行性疾病研究提供新平台	人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞和小鼠视网膜模型	digital pathology	retinal degenerative diseases	scRNA-seq, immunostaining	chimeric mouse retinal model	RNA-seq data, image	未明确提及具体样本数量
398	2025-05-12	A novel stemness-related lncRNA signature predicts prognosis, immune infiltration and drug sensitivity of clear cell renal cell carcinoma 2025-Feb-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06251-6 PMID:40016772	研究论文	本研究探讨了干细胞相关长链非编码RNA（SRlncRNAs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后作用，并开发了一个用于风险分层和预后预测的签名	首次构建了一个基于SRlncRNAs的预后签名，并通过单细胞RNA测序和体内外实验验证了SRlncRNAs在ccRCC中的功能	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索SRlncRNAs在ccRCC预后中的作用，并开发一个风险分层和预后预测工具	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	生物信息学	肾细胞癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）	LASSO回归、多变量Cox回归	基因表达数据、临床数据	来自TCGA-KIRC和GSE29609队列的样本
399	2025-05-12	Anti-inflammatory actions of ripasudil ameliorate experimental autoimmune uveoretinitis in the acute phase 2025-Feb-27, BMJ open ophthalmology IF:2.0Q2 DOI:10.1136/bmjophth-2024-001981 PMID:40021201	研究论文	研究ripasudil（一种ROCK抑制剂）在实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎（EAU）急性期对眼部炎症的抑制作用及其机制	首次评估ripasudil在EAU发病初期给药时的抑制效果，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示其抑制T细胞活化和Th1细胞分化的机制	研究仅使用C57BL/6小鼠模型，未涉及其他动物模型或人类样本	评估ripasudil对EAU的抑制作用并阐明其机制	野生型C57BL/6小鼠	免疫学	自身免疫性葡萄膜视网膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	动物模型（小鼠EAU模型）	基因表达数据	未明确说明具体数量，仅提到使用C57BL/6小鼠
400	2025-05-12	Deep learning-based cell-specific gene regulatory networks inferred from single-cell multiome data 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf138 PMID:40037709	研究论文	本研究开发了一个名为scMultiomeGRN的深度学习框架，用于从单细胞多组学数据推断细胞特异性基因调控网络	通过独特的单细胞基因组学（scRNA-seq）和表观基因组学（scATAC-seq）数据整合，构建了模态特定的邻居聚合器和跨模态注意力模块，以学习转录因子的潜在表示	单细胞测序数据的高丢失率可能导致单组学图谱不足，影响基因调控网络的推断	开发深度学习框架以从单细胞多组学数据推断细胞特异性基因调控网络	转录因子调控网络	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	深度学习框架（scMultiomeGRN）	单细胞多组学数据	多个基准数据集