本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2026-06-18 |
Cholinergic neuron-to-glioblastoma synapses in a human iPSC-derived co-culture model
2025-07-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102534
PMID:40541171
|
研究论文 | 利用人类iPSC来源的胆碱能神经元与胶质母细胞瘤类器官的共培养模型,揭示胆碱能神经元通过突触连接和CHRM3受体促进胶质母细胞瘤进展 | 首次在完全人类细胞系统中建立胆碱能神经元与胶质母细胞瘤的共培养模型,并证明结构性人类胆碱能突触输入的存在及代谢型受体CHRM3的功能作用 | 未明确提及局限性 | 研究胆碱能神经回路对胶质母细胞瘤生物学的影响 | 患者来源的胶质母细胞瘤类器官和人类诱导多能干细胞来源的胆碱能神经元 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确提及样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 深度单细胞RNA测序 |
| 382 | 2026-06-18 |
Integrin β1 activity controls colony morphology during human pluripotent stem cell state transitions
2025-07-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102538
PMID:40541174
|
研究论文 | 研究了整合素β1活性在人多能干细胞状态转变过程中对集落形态的控制作用 | 首次发现整合素β1活性可调控人多能干细胞从致敏状态向初始样状态的转变,揭示其依赖性的集落形态变化及ERK信号通路参与 | 研究主要基于体外实验,体内功能验证尚未进行 | 阐明整合素β1在调控人多能干细胞初始样(naive-like)与致敏状态(primed)中的作用机制 | 人多能干细胞(hiPSCs)的初始样与致敏状态 | 分子生物学 | NA | 单细胞转录组学(single-cell transcriptomics) | NA | 单细胞转录组数据 | 多个hiPSC细胞系及单细胞RNA-seq数据(具体样本量未详细说明) | NA | 单细胞RNA-seq | 未指定具体平台 | NA |
| 383 | 2026-06-18 |
S-Propargyl-Cysteine Attenuates Stroke Heterogeneity via Promoting Protective Autophagy Across Multiple Neural Cell Types: Insights From Single-Cell Sequencing
2025-07, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70399
PMID:40702904
|
研究论文 | 通过单细胞测序揭示S-炔丙基半胱氨酸(SPRC)通过促进多种神经细胞类型的保护性自噬减轻脑卒中异质性的机制 | 首次发现SPRC通过不依赖经典酶CBS/3-MST的机制,促进保护性自噬,从而减轻脑缺血再灌注损伤的神经保护作用 | 未提及 | 研究SPRC在缺血性卒中中的神经保护潜力及其机制,重点关注硫化氢(H2S)与自噬在调节卒中后脑微环境中的相互作用 | 缺血性脑组织中的神经细胞(特别是神经元)以及大鼠和CBS/3-MST敲除小鼠 | 机器学习和数字病理 | 脑血管疾病(缺血性卒中) | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 单细胞基因表达数据 | 从GEO数据集GSE174574获取的缺血性脑组织样本,以及大鼠和敲除小鼠模型(具体样本数量未明确) | 不适用(平台信息未在标题或摘要中提供) | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 使用Harmony R包进行批次效应校正和JASMINE包计算评分 |
| 384 | 2026-06-18 |
Two types of regenerative cell populations appear in acute liver injury
2025-06-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102503
PMID:40345206
|
研究论文 | 通过对对乙酰氨基酚处理小鼠的公开单细胞RNA测序数据分析,发现急性肝损伤中出现两种再生细胞群体 | 在同一个再生过程中发现两种不同的再生细胞群体同时出现,且其中一种由坏死组织接触诱导,具有去分化特征和更高增殖能力 | NA | 研究急性肝损伤中肝脏再生的机制 | 对乙酰氨基酚处理的小鼠肝脏再生过程中的细胞 | 机器学习 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 公开数据中的对乙酰氨基酚处理小鼠样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | 公开单细胞RNA测序数据 |
| 385 | 2026-06-18 |
Stem cell fate decisions: Substates and attractors
2025-06-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102532
PMID:40499510
|
综述 | 本文回顾了人类多能干细胞占据不同亚稳态亚状态对其分化结果影响的研究,并基于荧光标记动力学模型提出亚状态转换可能受确定性混沌和随机波动共同调控 | 提出亚状态转换可能受确定性混沌和随机波动共同驱动的新模型,超越了传统仅考虑随机性的观点 | 未明确说明具体局限性,但模型基于荧光标记分布序列,可能受限于实验观测的时空分辨率 | 理解干细胞命运决定中基因表达异质性的机制 | 人类多能干细胞及其亚稳态亚状态 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 386 | 2026-06-18 |
Identification and Validation of Potential Immune-Related Genes for Endometriosis
2025-05, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.70091
PMID:40367358
|
研究论文 | 通过生物信息学分析和免疫组化验证,识别并验证子宫内膜异位症中的潜在免疫相关基因 | 综合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,结合机器学习算法,首次识别出TGFBR1和GIMAP4分别为在位和异位子宫内膜的特征免疫基因 | 研究主要基于公共数据库数据,样本量有限,且免疫组化验证仅针对两个基因,可能需要更多临床样本和功能实验进一步验证 | 识别并验证子宫内膜异位症中潜在的免疫相关基因 | 子宫内膜异位症患者的在位内膜和异位内膜组织样本 | 机器学习 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组化 | 机器学习模型(未具体说明类型) | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量,使用了GEO数据库中的公共数据 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 387 | 2026-06-18 |
Single-cell transcriptomics reveals the immune mechanisms by which tonsillectomy improves clinical outcomes of recurrent Immuoglobulin A nephropathy after kidney transplant
2025-04, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2025.02.010
PMID:39985963
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示扁桃体切除改善肾移植后复发性IgA肾病患者临床结局的免疫机制 | 首次利用单细胞mRNA测序和流式细胞术,系统分析了扁桃体组织及外周血单核细胞在扁桃体切除治疗复发性IgA肾病中的细胞类型和基因表达变化,发现了TCL1A和PI3k-Akt通路在B细胞介导的免疫调节中的关键作用 | 样本量较小,仅包含29例患者、1份扁桃体组织和3份PBMC样本,可能限制结论的普适性;且未包含未接受扁桃体切除的对照患者,难以完全排除其他因素对结果的影响 | 探究扁桃体切除在治疗肾移植后复发性IgA肾病中的细胞和分子机制,尤其是B细胞相关的免疫调节作用 | 复发性IgA肾病患者的扁桃体组织及外周血单核细胞 | 数字病理学 | IgA肾病 | 单细胞mRNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞术数据 | 29例复发性IgA肾病患者,包括1份扁桃体组织和3份PBMC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞mRNA测序采用10x Genomics平台?但文中未明确提及,仅说明单细胞mRNA测序,因此输出NA |
| 388 | 2026-06-18 |
Leveraging programmed cell death patterns to predict prognosis and therapeutic sensitivity in OSCC
2025-02, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15139
PMID:39315471
|
研究论文 | 整合12种程序性细胞死亡模式构建细胞死亡指数,用于口腔鳞状细胞癌的预后和治疗预测 | 首次整合12种程序性细胞死亡模式构建新型生物标志物细胞死亡指数,用于口腔鳞状细胞癌的预后和治疗反应预测 | 未明确提及局限性 | 构建基于程序性细胞死亡模式的新型生物标志物,预测口腔鳞状细胞癌预后和治疗敏感性 | 口腔鳞状细胞癌患者样本及单细胞RNA测序数据 | 计算机视觉 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq | LASSO回归 | 转录组数据 | 多个独立患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 389 | 2026-06-18 |
Development of a ferroptosis-related gene prognostic model and molecular subgroups characterization in sepsis
2025-02, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.12.008
PMID:39764891
|
研究论文 | 开发基于铁死亡相关基因的脓毒症预后模型并识别分子亚型 | 首次基于铁死亡相关基因构建脓毒症预后评分模型,并通过单细胞测序揭示该特征在不同细胞亚群中的分布,同时鉴定TFRC为抑制铁死亡的关键调控因子 | 未提及外部验证数据集或更大样本量的多中心验证,潜在偏倚可能影响模型普适性 | 探索铁死亡相关基因在脓毒症预后预测中的作用并构建预后模型 | 脓毒症患者样本及基因表达数据 | 机器学习 | 脓毒症 | RNA-seq, 单细胞测序, siRNA转染, 丙二醛检测, 蛋白质印迹, 活性氧检测 | Cox回归, LASSO分析, 列线图模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | GSE65682数据集(具体样本数未在摘要中说明) | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 390 | 2026-06-18 |
Convergent and divergent immune aberrations in COVID-19, post-COVID-19-interstitial lung disease, and idiopathic pulmonary fibrosis
2025-01-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00528.2024
PMID:39510135
|
研究论文 | 研究COVID-19、COVID-19后间质性肺病和特发性肺纤维化中循环免疫细胞的转录和表型变化 | 首次揭示50基因特征在COVID-19和IPF中的风险预测作用,并阐明单核细胞与T细胞亚群之间的基因组失衡是疾病预后的关键 | 未明确提及研究局限性,但样本量相对较小(227例)且需进一步验证机制的因果关系 | 探讨COVID-19、COVID-19后间质性肺病和特发性肺纤维化中免疫异常的共同与差异特征 | COVID-19患者、COVID-19后间质性肺病患者、特发性肺纤维化患者及健康对照者的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | COVID-19, 特发性肺纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, Luminex | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据 | 227例(包括COVID-19、COVID-19后间质性肺病、特发性肺纤维化及对照组) | Nanostring, 10x Genomics | 基因表达谱分析, 单细胞RNA-seq | nCounter, 10x Chromium | nCounter基因表达分析系统, 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 391 | 2026-06-18 |
Potential function exploration of lncRNAs in idiopathic pulmonary fibrosis: insights from whole transcriptome sequencing data analysis
2025 Jan-Dec, Clinics (Sao Paulo, Brazil)
DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100732
PMID:40782499
|
研究论文 | 通过全转录组测序数据分析,探索长链非编码RNA在特发性肺纤维化中的潜在功能 | 首次利用整合RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,系统分析特发性肺纤维化中长链非编码RNA的差异表达及其共表达网络,并鉴定出六个关键长链非编码RNA作为潜在生物标志物 | 样本量较小(12名特发性肺纤维化患者和5名对照),且功能验证不足,需进一步实验确认长链非编码RNA的机制作用 | 阐明长链非编码RNA在特发性肺纤维化中的表达模式和功能作用,并评估其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力 | 特发性肺纤维化患者和健康对照的肺组织样本 | 机器学习和生物信息学 | 特发性肺纤维化 | RNA测序,单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | 转录组测序数据 | 12名特发性肺纤维化患者和5名对照者的肺组织样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 392 | 2026-06-18 |
3D-Bioprinted Co-Cultures of Glioblastoma Multiforme and Mesenchymal Stromal Cells Indicate a Role for Perivascular Niche Cells in Shaping Glioma Chemokine Microenvironment
2024-08-23, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13171404
PMID:39272976
|
研究论文 | 利用3D生物打印技术共培养胶质母细胞瘤与间充质基质细胞,揭示血管周围微环境细胞在塑造胶质瘤趋化因子微环境中的作用 | 首次通过3D生物打印共培养模型证实血管周围微环境细胞(周细胞和内皮细胞)在胶质母细胞瘤趋化因子分泌中的关键作用 | NA | 研究血管周围微环境细胞如何影响胶质母细胞瘤的趋化因子微环境 | 胶质母细胞瘤细胞系(U-251和DK-MG)与间充质基质细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 3D生物打印、单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 两种胶质母细胞瘤细胞系(U-251和DK-MG),与间充质基质细胞共培养 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 393 | 2026-06-18 |
Integrating single-cell transcriptomics and machine learning to predict breast cancer prognosis: A study based on natural killer cell-related genes
2024-08, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18549
PMID:39098994
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组数据与机器学习方法,基于自然杀伤细胞相关基因构建乳腺癌预后预测模型 | 首次联合101种机器学习算法筛选最佳NKRG预后模型,并整合CellChat分析和药物活性预测验证临床适用性 | 摘要未提及验证队列的多样性,也未讨论模型在多中心数据中的泛化能力 | 构建基于自然杀伤细胞相关基因的乳腺癌预后模型以优化风险分层和个体化治疗 | 乳腺癌患者的单细胞转录组数据和临床预后信息 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | Lasso-随机生存森林(RSF) | 单细胞转录组数据、基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 394 | 2026-06-18 |
Psoriatic arthritis subtypes are phenocopied in humanized mice
2024-07-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.178213
PMID:39114979
|
研究论文 | 通过人源化小鼠模型研究银屑病关节炎亚型的表型复制 | 首次利用人源化NSG-SGM3小鼠重现银屑病和银屑病关节炎的表型,并揭示CD8+ T细胞和免疫球蛋白在发病中的关键作用 | 未提供转基因鼠模型的长期稳定性评估和临床转化的直接证据 | 阐明银屑病关节炎的免疫发病机制并验证人源化模型作为研究平台的有效性 | 银屑病和银屑病关节炎患者的外周血单核细胞、血清及记忆T细胞 | 数字病理学 | 银屑病关节炎 | 空间转录组学、免疫荧光 | 人源化小鼠模型 | 转录组数据、图像数据 | 未具体说明样本数量,涉及患者外周血和血清 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 395 | 2026-06-18 |
Deciphering lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy response through an AI-driven stemness-related gene signature
2024-07, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18564
PMID:39046884
|
研究论文 | 通过人工智能驱动干性相关基因签名解码肺腺癌预后和免疫治疗反应 | 结合传统回归、机器学习和深度学习算法构建AI驱动的干性相关基因签名,并利用多组学数据探索其与肿瘤免疫微环境的关系 | NA | 探索肺腺癌干性相关基因在预后和免疫治疗反应中的作用 | 肺腺癌患者和细胞系 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序、siRNA敲低 | 传统回归、机器学习、深度学习集成网络 | 单细胞RNA测序数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 396 | 2026-06-18 |
Summary data-based Mendelian randomization and single-cell RNA sequencing analyses identify immune associations with low-level LGALS9 in sepsis
2024-07, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18559
PMID:39044269
|
研究论文 | 通过汇总数据的孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析,发现低水平LGALS9与败血症的免疫关联 | 首次整合全基因组关联研究数据与表达数量性状位点数据,结合单细胞RNA测序揭示LGALS9抑制在单核细胞和T细胞亚型中的激活与分化机制 | NA | 深入研究败血症免疫细胞表型变化及其分子机制 | 败血症患者的免疫细胞,包括单核细胞和T细胞亚型 | 机器学习 | 败血症 | 孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 397 | 2026-06-18 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals SPP1-CD44-mediated macrophage-tumor cell interactions drive chemoresistance in TNBC
2024-07, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18525
PMID:38982317
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示SPP1-CD44介导的巨噬细胞与肿瘤细胞相互作用驱动三阴性乳腺癌化疗耐药 | 首次发现SPP1+巨噬细胞通过分泌SPP1信号与恶性细胞表面CD44相互作用,激活整合素通路下游PDE3B通路,从而驱动化疗耐药,并提出SPP1+巨噬细胞可作为治疗靶点 | 样本量较小(仅5例敏感和5例耐药患者),且未在更大规模队列或体内模型中验证该机制 | 探究三阴性乳腺癌化疗耐药的分子机制,寻找潜在治疗靶点 | 三阴性乳腺癌患者的巨噬细胞和恶性细胞 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 临床样本图像 | 10例三阴性乳腺癌患者(5例化疗敏感,5例耐药) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 398 | 2026-06-18 |
Adrenal gland macrophages regulate glucocorticoid production through Trem2 and TGF-β
2024-06-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174746
PMID:38869957
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和基因敲除小鼠模型,揭示了肾上腺巨噬细胞通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的分子机制 | 首次发现肾上腺巨噬细胞中的Trem2在应激反应中上调,并通过TGF-β信号通路负调控糖皮质激素生成,为压力相关疾病的免疫干预提供了新靶点 | 主要基于小鼠模型,结果向人类转化的可行性尚需验证;未对Trem2-TGF-β通路的上下游信号进行完整解析 | 探究肾上腺巨噬细胞在急性或慢性应激条件下调控糖皮质激素生成的分子机制 | 小鼠肾上腺巨噬细胞 | 机器学习 | 压力相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本量,涉及野生型小鼠和Trem2条件性敲除小鼠的肾上腺组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 399 | 2026-06-18 |
DRA involvement in linaclotide-stimulated bicarbonate secretion during loss of CFTR function
2024-06-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172364
PMID:38869953
|
研究论文 | 研究林氯西肽在CFTR功能缺失情况下刺激十二指肠碳酸氢盐分泌的机制及DRA参与作用 | 首次发现林氯西肽能通过上调DRA表达来补偿CFTR功能缺失,促进十二指肠碳酸氢盐分泌,为囊性纤维化患者提供潜在治疗新策略 | 具体分子调控通路尚未完全阐明,且研究主要在动物模型和体外实验中进行,缺乏长期临床验证数据 | 探究林氯西肽在CFTR功能缺失时刺激十二指肠碳酸氢盐分泌的机制,以及DRA在该过程中的作用 | 小鼠十二指肠、人类十二指肠活检组织及类器官 | 分子生物学 | 囊性纤维化 | scRNA-Seq, 共聚焦显微镜 | NA | 转录组测序数据、图像数据 | CFTR基因敲除小鼠、CFTR功能抑制剂处理的十二指肠标本、人类十二指肠单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 人类十二指肠单细胞RNA测序数据集分析 |
| 400 | 2026-06-18 |
Enhancing radiotherapy response via intratumoral injection of a TLR9 agonist in autochthonous murine sarcomas
2024-06-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.178767
PMID:39133651
|
research paper | 通过瘤内注射TLR9激动剂增强原位小鼠肉瘤的放疗反应 | 首次在原位软组织肉瘤模型中使用CRISPR/Cas9和化学致癌剂MCA生成高肿瘤突变负荷肿瘤,并证明CpG联合放疗通过CD8+ T细胞依赖机制显著增强肿瘤反应 | 未说明 | 研究TLR9激动剂CpG联合放疗增强肉瘤反应的免疫机制 | 原位软组织肉瘤小鼠模型 | machine learning | soft-tissue sarcoma | NA | NA | NA | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |