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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2026-07-06 |
ADAMTS12 promotes fibrosis by restructuring extracellular matrix to enable activation of injury-responsive fibroblasts
2024-09-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI170246
PMID:39286973
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研究论文 | 发现ADAMTS12通过重塑细胞外基质促进纤维化,并激活损伤反应性成纤维细胞 | 无偏见地鉴定出ADAMTS12为成纤维细胞特异性基因,结合空间转录组学和催化活性/非活性ADAMTS12表达揭示其通过切割HMCN1和重塑ECM驱动特定成纤维细胞亚群活化的机制 | 新识别的成纤维细胞群体在分化分子机制和纤维化作用上仍定义不清 | 研究ADAMTS12在纤维化中的作用及其调控成纤维细胞活化的分子机制 | 成纤维细胞、细胞外基质和纤维化小鼠模型 | 数字病理学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、遗传命运追踪 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | 人类和小鼠纤维化组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序,10x Visium空间转录组学 |
| 382 | 2026-07-06 |
Epigenetic regulation of cell state by H2AFY governs immunogenicity in high-risk neuroblastoma
2024-09-10, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175310
PMID:39255035
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研究论文 | 本研究通过全基因组CRISPR/Cas9筛选发现H2AFY作为PD-1阻断抗体耐药的调控基因,揭示了其在高危神经母细胞瘤中通过表观遗传调控细胞状态和免疫原性的作用 | 首次发现H2AFY作为PD-1阻断疗法耐药的表观遗传调控因子,并通过多组学整合分析阐明其促进细胞向间充质样状态转变的机制 | 仅基于MYCN驱动的小鼠模型和有限的患者样本,且H2AFY在免疫微环境中的具体分子机制需进一步验证 | 探究高危神经母细胞瘤中与PD-1/L1轴免疫检查点疗法相关的癌细胞内在免疫调控网络 | MYCN扩增的高危神经母细胞瘤细胞及小鼠模型 | NA | 神经母细胞瘤 | CRISPR/Cas9筛选, 单细胞RNA测序, 表观遗传学分析, 多组学整合分析 | NA | 单细胞测序数据, 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'测序平台 |
| 383 | 2026-07-06 |
Itm2a expression marks periosteal skeletal stem cells that contribute to bone fracture healing
2024-09-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI176528
PMID:39225088
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研究论文 | 通过单细胞转录组学鉴定Itm2a作为骨膜骨骼干细胞的标记,揭示其在骨折愈合中的贡献 | 首次发现跨膜蛋白2A(Itm2a)作为骨膜骨骼干细胞(P-SSCs)的特异性标记,并展示了其在骨折愈合中的干细胞特性和治疗潜力 | 未明确提及 | 鉴定骨膜骨骼干细胞(P-SSCs)的体内身份及膜蛋白标记,以促进骨折愈合和组织工程 | 小鼠和人类的骨膜骨骼干细胞(Itm2a+ P-SSCs) | 数字病理学 | 骨折 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 基因表达数据 | 未明确提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞转录组学分析,使用10x Chromium平台进行单细胞RNA测序 |
| 384 | 2026-07-06 |
Type 1 innate lymphoid cells: a biomarker and therapeutic candidate in sarcoidosis
2024-09-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI183708
PMID:39225095
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序和空间转录组学分析发现ILC1是结节病的生物标志物和治疗候选靶点 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示结节病中基质-免疫CXCL12/CXCR4轴的上调及ILC1的积累,并证明ILC1可作为结节病的诊断生物标志物和潜在治疗靶点 | 主要基于皮肤样本和肺肉芽肿小鼠模型,可能不全面反映结节病的全身性特征 | 探索结节病中免疫细胞的特异性变化及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 结节病和非结节病肉芽肿性疾病患者的皮肤样本 | 数字病理学 | 结节病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 结节病和非结节病肉芽肿性疾病患者皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 385 | 2026-07-06 |
Retinal perivascular macrophages regulate immune cell infiltration during neuroinflammation in mouse models of ocular disease
2024-08-29, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI180904
PMID:39207852
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研究论文 | 研究发现视网膜血管周围巨噬细胞在眼部疾病小鼠模型的神经炎症过程中调控免疫细胞浸润 | 首次揭示视网膜血管周围巨噬细胞通过表达促趋化转录组和血小板因子4(Pf4/CXCL4)作为标志物,并证明其在调控免疫细胞穿越血-视网膜屏障中的关键作用 | 主要基于小鼠模型和CCL2诱导的炎症模型,可能无法完全代表人类疾病复杂性;且未深入探讨Pf4在人类中的对应机制 | 阐明视网膜血管周围巨噬细胞在血-视网膜屏障功能和神经炎症中的功能 | 视网膜血管周围巨噬细胞及其在眼部炎症(糖尿病视网膜病变和葡萄膜炎)中的作用 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变, 葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | Pf4Cre转基因小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明,但使用小鼠模型和CCL2注射实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 386 | 2026-07-06 |
Spatiotemporal transcriptomic mapping of regenerative inflammation in skeletal muscle reveals a dynamic multilayered tissue architecture
2024-08-27, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI173858
PMID:39190487
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研究论文 | 通过时空转录组学解析骨骼肌再生炎症,揭示动态多层组织结构 | 首次整合空间转录组学与免疫荧光技术,发现受损肌纤维周围有序分布的巨噬细胞亚群形成功能性再生炎症区(RIZs),并揭示其组织结构和动态变化 | 主要基于小鼠模型,可能无法完全代表人类骨骼肌再生过程;间歇性糖皮质激素治疗的观察未深入探讨其长期影响 | 研究巨噬细胞在骨骼肌再生中的空间适应性和功能多样性,以及如何构建支持有效组织修复的有序组织架构 | 急性损伤和早期肌营养不良的骨骼肌组织中的髓系细胞(单核细胞、巨噬细胞和树突状细胞) | 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习, 数字病理学 | 肌营养不良症 | 空间转录组学, 免疫荧光 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 387 | 2026-07-06 |
Single-cell multiomic analysis identifies macrophage subpopulations in promoting cardiac repair
2024-08-27, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175297
PMID:39190625
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析鉴定巨噬细胞亚群在促进心脏修复中的作用 | 利用时空单细胞表观基因组学分析,首次在再生(P1)和非再生(P10)小鼠心脏中鉴定出修复性Arg1+巨噬细胞和促炎性S100a9+Ly6c+单核细胞的不同作用,并通过阻断CXCR2趋化因子改善非再生心脏的伤口修复反应 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类心脏组织中进行验证 | 阐明心脏单核吞噬细胞在心脏修复中的功能和细胞命运决定机制 | 再生(P1)和非再生(P10)小鼠心脏中的心脏单核吞噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞多组学分析、单细胞RNA测序、单细胞表观基因组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、单细胞表观基因组学数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单细胞表观基因组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞表观基因组学分析平台 |
| 388 | 2026-07-06 |
Designing Oligonucleotide-Based FISH Probe Sets with PaintSHOP
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3766-1_12
PMID:38502486
|
研究论文 | 介绍PaintSHOP平台用于设计基于寡核苷酸的FISH探针集 | PaintSHOP是一个用户友好的网络平台,整合了大量预发现的探针库和功能序列数据库,并提供交互式工具用于探针设计 | 文中未明确讨论局限性 | 描述PaintSHOP平台在寡核苷酸FISH探针设计中的应用方法 | DNA寡核苷酸FISH探针 | 数字病理学 | NA | 荧光原位杂交(FISH) | NA | 核酸序列 | NA | NA | 空间转录组学, 空间基因组学 | NA | NA |
| 389 | 2026-07-05 |
Single-cell RNA-seq reveals increased TNFRSF9+ senescent fibroblasts and enhanced crosstalk between TNFRSF9+ fibroblasts and neural cells in keloids
2026-Sep, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2026.108063
PMID:42150394
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research paper | 利用单细胞RNA测序揭示瘢痕疙瘩中TNFRSF9+衰老成纤维细胞增多及其与神经细胞交互增强 | 首次鉴定出TNFRSF9+衰老成纤维细胞亚群,并发现其与神经细胞的强交互作用在瘢痕疙瘩形成中的关键角色 | 未说明具体局限性 | 探究瘢痕疙瘩成纤维细胞异质性及其在病理过程中的作用机制 | 瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞及神经细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病(瘢痕疙瘩) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CellChat细胞间通讯分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 未在标题和摘要中说明样本量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 未在标题和摘要中提供具体平台配置 |
| 390 | 2026-07-05 |
Real-time transcriptomic profiling of hPSC-derived cartilage during development identifies a key role for the extracellular matrix in homeostasis and protection
2026-Aug-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205520
PMID:42396961
|
研究论文 | 利用人类多能干细胞建立软骨发育模型,揭示细胞外基质在维持稳态和保护中的关键作用 | 通过实时转录组分析,首次精确确定人干细胞衍生软骨在发育过程中谱系限制的时间点 | 尚不明确 | 研究关节软骨细胞与生长板软骨细胞命运分化的机制及疾病中的异常变化 | 人类多能干细胞衍生的软骨组织 | 数字病理学 | 关节退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | 尚不明确 | 转录组数据 | 尚不明确 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序平台 |
| 391 | 2026-07-05 |
Coordinated immune activation following KRAS inhibition in syngeneic models reveals molecular pathways that potentiate and limit antitumor immunity
2026-Jul-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0794
PMID:42397029
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序、流式细胞术和空间转录组学揭示KRAS抑制后协同免疫激活途径及限制抗肿瘤免疫的分子机制 | 首次在KRAS抑制和MEK抑制中区分不同的肿瘤细胞命运适应和免疫激活机制,发现KRASG12C抑制与cDC1驱动的成熟树突状细胞状态相关,并阐明联合抗PD-1免疫治疗可进一步增强效应T细胞状态和促炎巨噬细胞 | 研究基于同基因小鼠模型,可能无法完全反映人类肿瘤微环境复杂性;未涉及长期治疗耐药性机制 | 阐明KRASG12C抑制和MEK抑制在肿瘤微环境中驱动肿瘤控制的不同分子和免疫机制 | 同基因小鼠肿瘤模型中的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、图像、流式细胞术数据 | NA(未指定具体数量) | 10x Genomics, Illumina, 或其他 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium Single Cell 3' 或类似平台用于单细胞RNA测序;10x Visium用于空间转录组学 |
| 392 | 2026-07-05 |
Single-Cell RNA Sequencing of Murine Liver Reveals an Aligned Circadian Clock and Cell-Population-Specific Circadian-Regulated Pathways
2026-Jul-03, Journal of biological rhythms
IF:2.9Q2
DOI:10.1177/07487304261453628
PMID:42397025
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究小鼠肝脏中生物钟的同步性和细胞群体特异性昼夜节律调控通路 | 建立了生成小鼠肝脏细胞群体时间序列数据的实验方案和用于评估核心分子钟及个体细胞群体中振荡基因表达的方法学 | 未提及具体局限性 | 理解肝脏中个体细胞群体对生物钟功能的贡献以及昼夜节律与代谢通路的互作 | 小鼠肝脏细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肝脏细胞时间序列样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 393 | 2026-07-05 |
Yap mediates hippo signaling to balance proliferation and differentiation in the developing glandular stomach epithelium
2026-Jul-03, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117644
PMID:42397742
|
研究论文 | 通过小鼠遗传学、单细胞RNA测序和类器官实验,揭示Hippo信号通路中Yap蛋白调控胃腺上皮发育中增殖与分化的平衡机制 | 首次明确Yap通过调节细胞周期活性直接控制胃腺上皮增殖与分化的平衡,并揭示Mst1/2缺失通过Yap部分调控胃发育 | 具体分子机制细节(如Yap下游靶基因)未完全阐明,且研究主要基于小鼠模型,需在人类验证 | 探究Hippo信号通路在胃腺上皮发育中的作用机制 | 小鼠胚胎期胃腺上皮组织 | 发育生物学 | 消化系统发育相关疾病 | 小鼠遗传学, 单细胞RNA测序, 3D类器官培养 | NA | 单细胞基因表达数据, 组织学图像 | 小鼠胚胎胃组织样本(具体数量未说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 394 | 2026-07-05 |
A 3D amphioxus brain atlas illuminates the blueprint of the ancestral chordate brain and highlights unique vertebrate innovations
2026-Jul-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aee5076
PMID:42397914
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研究论文 | 结合单核RNA测序和空间转录组学构建文昌鱼中枢神经系统三维细胞图谱,揭示脊索动物大脑基本蓝图及脊椎动物特有创新 | 首次在早期分支脊索动物文昌鱼中构建三维细胞图谱,发现类似脊椎动物间脑-中脑边界和丘脑界沟的细胞簇,挑战传统大脑分区观点 | 未提及具体局限性 | 重建脊索动物大脑架构的细胞和分子起源,揭示脊椎动物特有创新 | 文昌鱼中枢神经系统 | 空间转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 文昌鱼中枢神经系统样本 | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 395 | 2026-07-05 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals tumor-immune determinants of lymph node colonization and progression in thyroid cancer
2026-Jul-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aea4727
PMID:42397917
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了甲状腺癌中淋巴结转移的肿瘤-免疫决定因素 | 首次在单细胞水平上比较原发性甲状腺肿瘤和配对转移淋巴结的微环境变化,发现甲状腺细胞和肿瘤相关巨噬细胞在淋巴结定植后下调多种炎症细胞因子受体表达,并鉴定出IL7R作为预后生物标志物 | 未提及 | 阐明甲状腺癌淋巴结转移的分子机制及免疫微环境变化 | 甲状腺癌患者的原发性肿瘤和配对转移淋巴结中的肿瘤浸润白细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组化 | NA | 基因表达数据 | 来自甲状腺癌患者的原发性肿瘤和配对转移淋巴结样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 396 | 2026-07-05 |
PLNFGL: Joint Estimation of Multi-Condition Gene Networks from Single-cell RNA-seq Data
2026-Jul-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag485
PMID:42398025
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研究论文 | 提出PLNFGL框架,联合估计单细胞RNA测序数据中多条件下的基因网络 | 首次将多元泊松对数正态模型与融合图形套索结合,用于处理单细胞RNA测序数据的dropout效应和多条件网络联合推断 | 未提及具体局限性,但可能受限于泊松对数正态模型假设和样本量 | 开发一种联合网络估计方法,用于分析单细胞RNA测序数据中不同细胞类型或条件下的基因互作网络 | 单细胞RNA测序数据(阿尔茨海默病和肺癌空间转录组数据) | 机器学习 | 阿尔茨海默病, 肺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 泊松对数正态模型, 融合图形套索 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 397 | 2026-07-05 |
Multi-modal single-cell sequencing reveals network transition in circulating monocytes that aligns with faster recovery in patients with trauma and favours a response to M-CSF
2026-Jul-03, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106368
PMID:42398182
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研究论文 | 利用多模态单细胞测序揭示创伤患者循环单核细胞中的网络转换,该转换与快速康复相关并有利于M-CSF反应 | 首次在亚急性时间点发现并表征了与创伤后快速康复相关的新型单核细胞亚群(CD172a^hi/MHCII^hi,CD14+),及其独特的基因共表达网络和染色质可及性变化 | 样本量较小(每组8例患者),需要更大规模研究验证;未提供长期随访数据;机制研究仅通过体外实验进行 | 探究创伤后亚急性阶段免疫细胞特征与患者康复速度的关系 | 创伤后第3天外周血单核细胞(PBMCs) | 数字病理学 | 创伤 | DOGMA-seq、scRNA-seq | NA | 单细胞多组学数据 | 8例快速康复患者、8例慢速康复患者及年龄性别匹配的健康对照组 | NA | 单细胞多组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 398 | 2026-07-05 |
Pinocembrin Alleviates Gingival Fibroblast Senescence in a Mouse Model of Periodontitis Via CYP1B1 Downregulation
2026-Jul-03, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2026.109720
PMID:42398446
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和小鼠模型,揭示松属素通过下调CYP1B1缓解牙周炎中牙龈成纤维细胞衰老的机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术解析牙周炎中不同细胞类型的衰老异质性,并发现CYP1B1通过抑制脂肪酸代谢驱动牙龈成纤维细胞衰老,松属素可作为潜在治疗药物 | 未提供具体局限性信息 | 探索牙周炎中牙龈成纤维细胞衰老的异质性及机制,并评估细胞衰老作为治疗靶点的潜力 | 牙周炎小鼠模型及人牙龈成纤维细胞 | 生物信息学与分子生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序、脂多糖诱导模型、结扎诱导实验模型 | 诊断模型(基于3基因标志物) | 单细胞测序数据、基因表达数据 | 人牙龈单细胞RNA测序数据集及小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 399 | 2026-07-05 |
Intervening in PIDD1 to Decrease Treg Cell Recruitment Boosts the Effectiveness of Radiofrequency Ablation Combined with anti-PD-1 Therapy in HCC
2026-Jul-03, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2026.101844
PMID:42398821
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研究论文 | 该研究探讨了通过干预PIDD1减少调节性T细胞募集来增强射频消融联合抗PD-1疗法在肝细胞癌中的疗效 | 首次揭示了不完全射频消融后残存肿瘤细胞通过PIDD1-caspase-2/MDM2-p53-TGF-β1轴招募调节性T细胞,并证明敲低PIDD1可增强免疫治疗敏感性的分子机制 | 主要基于回顾性临床数据和动物模型,前瞻性临床验证尚缺乏,且单细胞测序样本量可能有限 | 探究不完全射频消融后残存肿瘤细胞与免疫抑制微环境之间的分子联系,为改善治疗结局提供理论基础 | 肝细胞癌患者及小鼠模型,聚焦残存肿瘤细胞与调节性T细胞之间的相互作用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 转录组数据集分析, Western blotting, RT-qPCR, 流式细胞术, ELISA, 免疫组织化学/免疫荧光, T细胞共培养实验 | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据, 测序数据, 免疫组化数据 | 回顾性临床样本(未具体说明数量),小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 400 | 2026-07-05 |
Immunotherapy-based combination remodels the immunosuppressive microenvironment and enhances efficacy in advanced SMARCA4-deficient non-small cell lung cancer
2026-Jul-03, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218702
PMID:42398850
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研究论文 | 该研究评估了基于免疫治疗的联合方案在晚期SMARCA4缺陷非小细胞肺癌中的疗效,并通过多组学技术揭示了其重塑免疫抑制微环境的机制 | 首次在多中心回顾性队列中系统评估免疫治疗联合化疗与抗血管生成治疗在SMARCA4缺陷非小细胞肺癌中的疗效,并结合单细胞RNA和TCR测序以及CRISPR/Cas9敲除模型深入解析免疫微环境重塑机制 | 回顾性研究设计可能导致选择偏倚,且样本量有限(162例),需要前瞻性研究进一步验证 | 评估基于免疫治疗的联合方案在晚期SMARCA4缺陷非小细胞肺癌中的疗效并探究其免疫机制 | 162例来自四个中国癌症中心的晚期SMARCA4缺陷非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 下一代测序, 流式细胞术, 多重免疫荧光, 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序, CRISPR/Cas9敲除建模 | NA | RNA, TCR序列, 图像 | 162例患者及SMARCA4敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | NA |