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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2026-03-31 |
Organoid-microglia system for modeling the immune microenvironment of the brain and retina
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1747589
PMID:41909700
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综述 | 本文综述了将小胶质细胞整合到神经类器官中以模拟大脑和视网膜免疫微环境的策略、方法及应用 | 系统总结了通过共分化和移植方法构建类器官-小胶质细胞系统,以填补传统细胞培养与体内模型之间的空白,并强调了其在模拟人类神经免疫相互作用方面的生理相关性 | NA | 为研究神经免疫相互作用、神经发育与退行性疾病以及药物筛选提供更优的体外模型 | 小胶质细胞、干细胞衍生的脑和视网膜类器官 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学、多组学分析 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 382 | 2026-03-31 |
Distinct diversity of skin cell populations of rhinophyma and hypertrophic scar illustrated by scRNA-seq
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1703469
PMID:41909715
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术比较了鼻赘和肥厚性瘢痕组织的细胞和分子差异,揭示了它们在细胞组成和功能上的根本不同 | 首次使用单细胞RNA测序技术对比鼻赘和肥厚性瘢痕组织的细胞和分子差异,揭示了它们在细胞组成和功能上的根本不同 | NA | 揭示鼻赘和肥厚性瘢痕组织在细胞和分子水平上的差异,以解释鼻赘术后无瘢痕复发的临床现象 | 鼻赘和肥厚性瘢痕组织 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 383 | 2026-03-31 |
Venous endothelial remodeling mediated by MARCKS promotes angiogenesis and tumor progression in hepatocellular carcinoma: insights from single-cell RNA sequencing
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1734982
PMID:41909714
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,揭示了肝细胞癌中静脉内皮细胞在肿瘤血管生成中的关键作用,并鉴定出MARCKS基因作为不良预后的预测因子和潜在治疗靶点 | 首次系统性地整合多个单细胞RNA测序数据集来表征肝细胞癌微环境中的内皮细胞异质性,并基于静脉内皮细胞富集基因构建了预后风险模型(VERS),同时通过体内外实验验证了关键基因MARCKS的功能 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据的生物信息学分析和初步的体内外功能验证,尚未在临床样本或临床试验中进行广泛验证,且抗血管生成治疗耐药的具体机制仍需进一步探索 | 探究肝细胞癌中内皮细胞异质性及其在肿瘤血管生成中的作用,以寻找改善抗血管生成治疗策略的新靶点 | 肝细胞癌(HCC)微环境中的内皮细胞,特别是静脉内皮细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 预后风险模型(VERS) | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 384 | 2026-03-31 |
CFMF: A Clustering-Free Cell Marker Finder for Single-Cell Transcriptomic Data
2026 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70065
PMID:41911006
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CFMF的无聚类细胞标记基因发现框架,用于单细胞转录组数据分析 | CFMF是一种无需细胞聚类的创新计算框架,避免了传统方法中参数选择的主观性和非平凡性 | NA | 开发一种无聚类的细胞标记基因发现方法,以促进新细胞类型和标记基因的识别 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺癌、结直肠癌、胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个数据集,包括PBMC3K、胶质母细胞瘤、人正常肺组织和结直肠癌数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 385 | 2026-03-31 |
Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia
2025-Oct, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035
PMID:40164294
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研究论文 | 本研究利用小鼠模型探究了在妊娠期和产后早期使用SGLT2抑制剂达格列净对慢性高血压基础上叠加先兆子痫的母体心血管结局的短期和长期影响 | 首次在慢性高血压叠加先兆子痫的小鼠模型中,测试了妊娠期及产后早期使用SGLT2抑制剂(达格列净)作为心血管风险降低干预措施的效果,并揭示了其改善长期心脏功能的分子机制 | 研究基于小鼠模型,其结果向人类临床转化的有效性仍需进一步验证 | 评估SGLT2抑制剂在妊娠期及产后早期对慢性高血压叠加先兆子痫模型心血管结局的干预效果及其分子机制 | BPH/2J小鼠(慢性高血压叠加先兆子痫模型) | NA | 先兆子痫、心血管疾病 | 空间转录组学、超声心动图、Masson三色染色、组织病理学分析 | NA | 生理参数、影像数据、转录组数据、组织学数据 | BPH/2J怀孕小鼠(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 386 | 2026-03-31 |
Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq identifies transcriptional and epigenetic blueprint guiding osteoclastogenic trajectory
2025-Sep-28, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf084
PMID:40577680
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq、ATAC-seq、bulk RNA-seq和ChIP-seq技术,揭示了小鼠破骨细胞生成过程中的转录和表观遗传调控机制 | 首次在单细胞分辨率下结合多组学分析,系统描绘了破骨细胞生成的调控蓝图,并鉴定出IRF8作为破骨细胞生成的关键负调控因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证和临床转化仍需进一步探索 | 阐明破骨细胞生成过程中的转录和表观遗传调控机制 | 野生型和IRF8条件性敲除小鼠的造血干细胞、祖细胞、单核细胞及破骨细胞前体 | 单细胞多组学 | 骨溶解性疾病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, bulk RNA-seq, ChIP-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据, 批量转录组数据, 染色质免疫沉淀数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 387 | 2026-03-31 |
Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies age-associated changes in macrophages and signaling dynamics†
2025-Aug-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf122
PMID:40459236
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和流式细胞术分析年轻与年老小鼠卵巢中的髓系细胞,揭示了与年龄相关的巨噬细胞亚群变化及信号通路动态 | 首次在年老小鼠卵巢中鉴定出独特的Cx3cr1lowCd81hi巨噬细胞亚群,并发现ANNEXIN和TGFβ信号通路的显著改变,为卵巢衰老相关的炎症和纤维化提供了新机制 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类样本,且样本量相对较小 | 探究卵巢衰老过程中髓系细胞的功能特征和信号动态变化 | 年轻(3个月)和年老(14-17个月)小鼠卵巢中的CD45+ CD11b+髓系细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | RNA序列数据, 流式细胞数据 | 年轻和年老小鼠卵巢样本,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 388 | 2026-03-31 |
The Advance of Single-Cell RNA Sequencing Applications in Ocular Physiology and Disease Research
2025-08-04, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15081120
PMID:40867565
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在眼生理学和疾病研究中的应用进展 | 系统总结了scRNA-seq如何通过单细胞水平的高分辨率分析,揭示眼部细胞异质性、识别疾病特异性基因谱,并推动新型生物标志物和治疗靶点的发现 | 作为一篇综述文章,未提出新的实验数据或方法,主要基于现有文献进行归纳总结 | 回顾和总结scRNA-seq技术在眼生理学和病理学研究中的应用进展与潜力 | 眼部组织,包括与近视、眼表和角膜疾病、青光眼、葡萄膜炎、视网膜疾病及眼部肿瘤相关的各类细胞 | 数字病理学 | 眼部疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 389 | 2026-03-31 |
Spatial Transcriptomics Decodes Breast Cancer Microenvironment Heterogeneity: From Multidimensional Dynamic Profiling to Precision Therapy Blueprint Construction
2025-07-24, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15081067
PMID:40867511
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在乳腺癌研究中的应用,重点探讨其在解析肿瘤异质性、表征肿瘤微环境、阐明疾病进展与转移机制以及预测治疗反应方面的作用 | 系统性地将空间转录组学定位为整合多组学数据的枢纽技术,并提出了其在构建乳腺癌精准治疗蓝图中的路线图 | 作为一篇综述文章,其局限性在于主要总结现有研究,而非提出新的原始数据或实验验证 | 旨在综合空间转录组学在乳腺癌研究中的应用,并探索其如何连接分子图谱与临床转化以推动精准治疗 | 乳腺癌及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 390 | 2026-03-31 |
Targeting Sodium Transport Reveals CHP1 Downregulation as a Novel Molecular Feature of Malignant Progression in Clear Cell Renal Cell Carcinoma: Insights from Integrated Multi-Omics Analyses
2025-07-15, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15071019
PMID:40723891
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析,揭示了钠离子转运相关基因CHP1下调是透明细胞肾细胞癌恶性进展的新分子特征 | 首次通过整合单细胞RNA测序、蛋白质组学等多组学数据,系统揭示了CHP1在ccRCC恶性进展中的下调模式及其作为预后生物标志物的潜力,并筛选出靶向CHP1的候选化合物 | 研究主要基于回顾性数据分析,需要进一步的体内外实验验证CHP1的功能机制和候选化合物的治疗效果 | 构建ccRCC的细胞和转录组全景图,揭示恶性进展过程中的基因表达动态 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC) | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,免疫组化,分子对接,虚拟筛选 | 伪时间轨迹分析,Mfuzz聚类,细胞间通讯建模 | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据,免疫组化图像,细胞系数据 | 90个scRNA-seq样本,包含534,227个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 391 | 2026-03-31 |
Podocyte YAP and TAZ hyperactivation drives glomerular epithelial proliferative diseases in mice and humans
2025-Jun-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adq3852
PMID:40560997
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研究论文 | 本研究通过免疫染色和空间转录组学分析,揭示了足细胞中YAP和TAZ的异常过度激活是驱动肾小球上皮细胞增殖性疾病的共同机制 | 首次发现足细胞YAP-TAZ过度激活是多种肾小球上皮增殖性疾病的共同驱动因子,为这类疾病提供了统一的致病机制解释 | 研究主要基于小鼠模型和人类活检样本,需要进一步验证在更广泛人群中的普适性 | 探究肾小球上皮细胞增殖性疾病的共同致病机制 | 人类肾活检样本(塌陷性肾小球病和ANCA血管炎诱导的新月体性肾小球肾炎患者)及小鼠模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 免疫染色,空间转录组学 | NA | 图像,空间转录组数据 | 人类肾活检样本(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 392 | 2026-03-31 |
Pseudoassembly of k-mers
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.11.653354
PMID:40463286
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研究论文 | 本文介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法,并实现了名为klue的程序进行伪组装 | 提出基于彩色de Bruijn图的伪组装方法,能够从单细胞RNA-seq数据中识别细胞类型特异性变异 | NA | 开发一种识别基因组序列变异的新方法 | 小鼠黑色素瘤模型中的单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq | 彩色de Bruijn图 | 基因组序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 393 | 2026-03-31 |
Molecular and Biophysical Perspectives on Dormancy Breaking: Lessons from Yeast Spore
2025-05-11, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15050701
PMID:40427594
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综述 | 本文综述了当前关于细胞休眠分子机制的知识,特别聚焦于两种主要酵母模型,并总结了通过单细胞RNA-seq、蛋白质组学分析和活细胞成像等多方面方法揭示的基因表达、蛋白质组组成和活力的动态变化 | 整合了分子和生物物理视角,特别是通过研究细胞质流动性变化来理解休眠细胞调控,提供了对休眠和休眠打破过程的新理解 | NA | 阐明休眠和休眠打破的分子和生物物理原理 | 酵母孢子作为模型系统,以及广泛的物种如细菌、真菌、植物和缓步动物 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学分析, 活细胞成像 | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 394 | 2026-03-31 |
RARS1 inhibits ENO1 ubiquitination and degradation to protect against ferroptosis in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1686597
PMID:41451236
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研究论文 | 本研究探讨了RARS1基因在肝细胞癌(LIHC)进展中的作用及其治疗潜力,揭示了其通过调控ENO1泛素化和降解来抑制铁死亡并促进肿瘤发展的机制 | 首次将移植排斥相关基因(ARRGs)与LIHC分子分型关联,并发现RARS1通过PI3K/AKT/GSK3β通路和ENO1调控铁死亡的新机制,同时鉴定出AH.6809作为潜在RARS1抑制剂 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内实验验证和临床样本的深入机制探索 | 探究RARS1在肝细胞癌进展中的功能及其作为治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌(LIHC)患者数据、LIHC细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 差异表达分析、Cox回归分析、非负矩阵分解(NMF)、单细胞转录组学、空间转录组学、分子生物学技术 | NA | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 395 | 2026-03-31 |
Decoding aging in the heart via single cell dual omics of non-cardiomyocytes
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111469
PMID:39735437
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研究论文 | 本研究通过单细胞双组学技术解析小鼠心脏非心肌细胞在衰老过程中的分子和细胞变化 | 首次在单细胞水平结合scRNA-seq和scATAC-seq技术,系统研究心脏非心肌细胞在衰老中的异质性和动态变化 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本,且样本量相对有限 | 解析心脏衰老的细胞和分子机制,为衰老相关心脏疾病提供治疗指导 | 年轻、中年和老年小鼠的心脏非心肌细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 年轻、中年和老年小鼠的心脏非心肌细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 396 | 2026-03-31 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析,揭示了白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病(ACM)疾病进展中的关键驱动作用 | 首次在ACM患者心肌样本中结合单核RNA测序和空间转录组学,识别出炎症-纤维化空间微环境,并证明靶向IL-1β可改善疾病表型 | 研究主要基于患者样本和小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;样本量可能有限 | 探究ACM的疾病进展机制并评估靶向IL-1β的治疗潜力 | ACM患者心肌样本、对照捐赠者样本、纯合子Desmoglein-2突变小鼠 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | RNA测序数据、空间转录组数据 | ACM患者和对照捐赠者的心肌样本,具体数量未明确说明 | NA | 单核RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 397 | 2026-03-31 |
Interpreting single-cell and spatial omics data using deep neural network training dynamics
2024-12, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00721-5
PMID:39633094
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研究论文 | 本研究开发了Annotatability框架,通过监测深度神经网络在单细胞和空间组学数据上的训练动态,来识别注释不匹配并表征生物数据结构 | 提出了一种基于深度神经网络训练动态的新方法,用于评估细胞注释的可靠性并揭示生物信号结构,结合信号感知图嵌入技术进行下游分析 | 未明确说明方法在更大规模或更复杂数据集上的可扩展性,且依赖于预定义的细胞注释,可能受注释主观性影响 | 解决单细胞和空间组学数据注释中的模糊性和错误问题,以更好地解释细胞类型、状态和异质性 | 单细胞和空间组学数据中的细胞注释和生物信号结构 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,空间组学 | 深度神经网络 | 单细胞RNA测序数据,空间组学数据 | 八个单细胞RNA测序和空间组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 398 | 2026-03-31 |
Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis
2024-12, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00734-0
PMID:39706866
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研究论文 | 本文提出了一种名为基因信号模式分析(GSPA)的图信号处理方法,用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示,以映射基因空间 | 首次系统性地提出基因嵌入问题,并开发了基于细胞-细胞图的扩散小波字典的GSPA方法,实现了基因在细胞流形上的模式化和定位表征 | 未明确提及方法在特定疾病或大规模数据集上的验证限制 | 开发计算方法来映射单细胞测序分析中的基因空间,并评估基因表示的有效性 | 单细胞测序数据中的基因 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 图信号处理(GSPA) | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 399 | 2026-03-31 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 本研究评估了Element Biosciences的亲和力测序化学技术在单细胞RNA-seq文库中准确测序通过同聚物引物区域的能力,并分析了其对读段比对和多聚腺苷酸化位点精确量化的影响 | 首次系统评估了Element Aviti平台在单细胞RNA-seq中通过胸腺嘧啶同聚物区域进行准确测序的能力,并开发了改进的接头修剪和比对流程 | 与单端比对相比,配对端比对并未一致提高读段映射率,且研究未排除其他新兴平台可能具有类似性能的可能性 | 评估新型测序化学在单细胞RNA-seq中的应用效果,改进文库表征和多聚腺苷酸化位点分析 | 单细胞RNA-seq文库 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti | 亲和性碱基化学测序平台 |
| 400 | 2026-03-31 |
Single-cell RNA sequencing reveals characteristics of myeloid cells in pulmonary post-acute sequelae of SARS-CoV-2
2023-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.31.551349
PMID:37577518
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了SARS-CoV-2感染后肺部长期后遗症(PPASC)中髓系细胞的免疫特征和代谢变化 | 首次在单细胞水平上详细描述了PPASC患者外周血单核细胞中髓系细胞的转录组特征,并发现了与纤维化、免疫抑制和代谢改变相关的基因表达模式 | 样本量相对较小,且主要关注外周血细胞,未直接分析肺部组织;研究为观察性,需进一步功能验证 | 探究SARS-CoV-2感染后肺部长期后遗症(PPASC)的免疫学机制 | SARS-CoV-2感染后出现慢性肺部症状的患者(PPASC)与未感染对照者的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过34,139个外周血单核细胞,整合了公开数据集(GSM4509024) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞RNA测序技术 |