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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2026-03-14 |
Cell type mapping reveals tissue niches and interactions in subcortical multiple sclerosis lesions
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01796-z
PMID:39501036
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研究论文 | 本研究利用单核和空间转录组学技术,绘制了皮层下多发性硬化病变区域的细胞类型图谱,揭示了组织微环境中的细胞组成、相互作用及病变进展机制 | 首次结合单核与空间转录组学,系统性地绘制了皮层下多发性硬化病变中特定组织微环境(如血管周围空间、病变边缘)的细胞类型图谱,并揭示了慢性活动期病变边缘的细胞间通讯网络 | 研究主要聚焦于皮层下病变,可能未全面涵盖其他脑区或疾病阶段的微环境变化;样本量相对有限,需进一步扩大验证 | 解析多发性硬化病变中组织微环境的细胞组成、相互作用及病变进展的分子机制 | 皮层下多发性硬化病变组织及对照组织 | 数字病理学 | 多发性硬化 | 单核转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间数据 | NA | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 382 | 2026-03-14 |
CD4+ T cells reactive to a hybrid peptide from insulin-chromogranin A adopt a distinct effector fate and are pathogenic in autoimmune diabetes
2024-10-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.07.024
PMID:39214091
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研究论文 | 本研究探讨了在非肥胖糖尿病小鼠中,针对胰岛素衍生表位的CD4 T细胞反应的动态性和致病性,特别关注了InsC-ChgA特异性CD4 T细胞的独特致病作用 | 通过单细胞RNA测序揭示了胰岛抗原特异性T细胞命运的多样性,并首次证明InsC-ChgA特异性CD4 T细胞偏向于独特的Th1效应表型且具有致病性 | 研究仅限于非肥胖糖尿病小鼠模型,未在人类中验证,且样本规模可能有限 | 探究自身免疫性糖尿病中T细胞介导的胰岛破坏机制,特别是针对胰岛素衍生表位的CD4 T细胞反应的异质性和致病性 | 非肥胖糖尿病小鼠的胰腺CD4 T细胞,特别是针对四种胰岛素衍生表位的反应 | 免疫学 | 自身免疫性糖尿病 | 单细胞RNA测序,四聚体分选 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 383 | 2026-03-14 |
Inferring cell differentiation maps from lineage tracing data
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.611835
PMID:39314473
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研究论文 | 本文介绍了一种基于潜能概念的细胞分化图数学框架,并开发了算法,用于从单细胞谱系追踪数据中推断最优细胞分化图 | 引入基于潜能概念的细胞分化图数学框架,开发算法平衡分化图复杂性与谱系树上未观察到的细胞类型转换数量,相比现有方法更准确地推断分化图 | NA | 推断细胞分化图,以描述多能细胞在发育过程中通过逐渐受限的祖细胞类型层次分化为特化细胞类型的过程 | 哺乳动物躯干发育模型和小鼠造血系统 | 机器学习 | NA | 单细胞谱系追踪技术 | NA | 单细胞谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 384 | 2026-03-14 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 本研究评估了Element Biosciences的亲和碱基化学测序技术在单细胞RNA-seq文库中准确测序通过同聚物引物区域的能力,并分析了其对读段比对和多聚腺苷酸化位点精确定量的影响 | 首次系统评估Element Aviti平台在单细胞RNA-seq中测序通过胸腺嘧啶同聚物区域的能力,并开发了改进的接头修剪和比对流程,特别适用于多聚腺苷酸化位点分析 | 与单端比对相比,配对端比对并未持续提高读段映射率,且未排除其他新兴平台可能具有的类似性能 | 改进单细胞RNA-seq文库的特征分析,特别是多聚腺苷酸化位点的精确鉴定 | 单细胞RNA-seq文库 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq, 亲和碱基化学测序 | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti | Element Aviti平台采用亲和碱基化学测序技术 |
| 385 | 2026-03-14 |
Single-Cell Transcriptome Landscape and Cell Fate Decoding in Human Brain Organoids after Transplantation
2024-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202402287
PMID:38711218
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术,探索了人脑类器官在移植到前额叶皮层和海马体后的细胞命运变化 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了人脑类器官移植后,其细胞命运如何受到宿主微环境(特别是前额叶皮层中多巴胺和乙酰胆碱的丰富表达)的调控,并随时间从神经发育转向胶质发育 | 研究主要基于体外实验和特定时间点的观察,移植后更长期的细胞命运稳定性、功能整合程度以及潜在的免疫排斥反应尚未充分阐明 | 阐明移植后人脑类器官的细胞命运决定机制,以增进对细胞移植和再生医学的理解 | 移植到小鼠前额叶皮层和海马体的人脑类器官 | 单细胞组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 移植到不同脑区(前额叶皮层和海马体)并在不同时间点(移植后2个月和4个月)采集的人脑类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 386 | 2026-03-14 |
GHCU, a Molecular Chaperone, Regulates Leaf Curling by Modulating the Distribution of KNGH1 in Cotton
2024-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202402816
PMID:38666376
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研究论文 | 本研究通过遗传定位和分子研究,鉴定了棉花叶片卷曲突变体cu中的关键基因GHCU,揭示了其通过调控KNGH1蛋白分布影响生长素响应水平,从而控制叶片扁平化的分子机制 | 首次在棉花中鉴定出GHCU作为分子伴侣调控叶片形态的关键基因,并阐明其通过促进KNGH1从近轴面向远轴面运输来影响生长素分布的新机制 | 研究主要基于自然突变体和模式植物烟草,在棉花中的功能验证和具体分子互作网络仍需进一步探索 | 探究棉花叶片形态建成的分子基础,特别是叶片卷曲性状的遗传调控机制 | 棉花自然突变体cu及其野生型,以及烟草作为模式植物 | 植物分子生物学 | NA | CRISPR基因编辑、单细胞RNA测序、时空转录组分析 | NA | 遗传数据、分子数据、转录组数据 | 未明确具体样本数量,涉及棉花突变体和烟草转基因材料 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 387 | 2026-03-14 |
Mgp High-Expressing MSCs Orchestrate the Osteoimmune Microenvironment of Collagen/Nanohydroxyapatite-Mediated Bone Regeneration
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308986
PMID:38588510
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了胶原/纳米羟基磷灰石骨修复材料周围骨免疫微环境的细胞图谱,并鉴定了一组高表达基质Gla蛋白(Mgp)的功能性间充质干细胞亚群 | 首次在单细胞水平结合空间转录组学描绘了骨修复材料植入后的骨免疫微环境动态图谱,并鉴定出Mgp高表达间充质干细胞(MgpMSCs)这一关键先驱亚群及其通过Mdk/Lrp1配体-受体对调控巨噬细胞极化的新机制 | 研究主要聚焦于早期骨再生阶段,长期效应及临床转化潜力仍需进一步验证 | 阐明生物材料介导的骨再生早期阶段中功能性间充质干细胞亚群的作用及其调控骨免疫微环境的分子机制 | 植入胶原/纳米羟基磷灰石骨修复材料后的小鼠骨修复区域细胞 | 数字病理学 | 骨科疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间基因表达数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 388 | 2026-03-14 |
Multiome in the Same Cell Reveals the Impact of Osmotic Stress on Arabidopsis Root Tip Development at Single-Cell Level
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308384
PMID:38634607
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研究论文 | 本文通过单细胞多组学技术,研究了渗透胁迫对拟南芥根尖发育的影响,并重建了转录调控网络 | 首次在单细胞水平同时捕获基因表达和染色质可及性,并构建了高分辨率的转录调控网络,揭示了渗透胁迫下细胞异质性 | 数据整合仍存在挑战,且样本仅限于拟南芥根尖,可能不适用于其他植物或组织 | 研究渗透胁迫下拟南芥根尖发育的细胞特异性转录调控网络 | 拟南芥根尖细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞多组学(scRNA-seq和scATAC-seq) | 伪时间轨迹分析 | 单细胞基因表达和染色质可及性数据 | 16,670个拟南芥根尖细胞核 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 389 | 2026-03-14 |
Ghrelin deletion and conditional ghrelin cell ablation increase pancreatic islet size in mice
2023-12-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI169349
PMID:38099492
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研究论文 | 本研究探讨了胃饥饿素缺失或胃饥饿素细胞条件性消融对小鼠胰腺胰岛大小和β细胞质量的影响 | 揭示了胃饥饿素减少通过降低β细胞凋亡来增加胰岛大小和β细胞数量,并利用单细胞转录组学鉴定了相关基因表达变化 | 研究主要基于小鼠模型,对人类糖尿病的直接治疗意义仍需进一步验证 | 确定胃饥饿素是否影响胰岛大小和β细胞质量 | 小鼠胰腺胰岛和β细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 不同年龄和基因型的小鼠(如4周龄、10-12周龄的GKO和WT小鼠) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 390 | 2026-03-14 |
Single cell RNA-seq in phytohormone signaling: a promising future
2023-Nov, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2023.07.010
PMID:37550122
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综述 | 本文探讨了单细胞RNA测序在植物激素信号传导研究中的应用前景 | 强调了scRNA-seq在解析激素介导的时空基因调控网络方面的独特潜力,并引用Nolan等人的研究作为案例 | NA | 探索单细胞RNA测序技术如何促进对植物激素信号传导机制的理解 | 植物激素信号传导及其在植物生长和发育中的作用 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 391 | 2026-03-14 |
Phase II trial of hypomethylating agent combined with nivolumab for acute myeloid leukaemia relapse after allogeneic haematopoietic cell transplantation-Immune signature correlates with response
2023-Oct, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19007
PMID:37539479
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研究论文 | 本研究是一项前瞻性II期临床试验,评估了低甲基化药物联合纳武利尤单抗治疗异基因造血干细胞移植后急性髓系白血病复发的疗效,并利用单细胞技术分析免疫特征与治疗反应的相关性 | 首次在异基因造血干细胞移植后复发AML患者中前瞻性评估HMA联合抗PD-1抗体纳武利尤单抗的疗效,并采用多组学单细胞技术深入解析免疫应答机制 | 单臂研究设计且样本量较小(16例患者),缺乏对照组,可能影响结果的普遍性 | 评估HMA联合纳武利尤单抗在allo-HCT后AML复发患者中的安全性和有效性,并探索免疫生物标志物 | 异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病患者 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞DNA、RNA和蛋白质多组学技术,高参数流式细胞术,单细胞转录组学 | NA | 单细胞多组学数据,临床数据 | 16例患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 392 | 2026-03-14 |
Tumor-specific CD4 T cells instruct monocyte fate in pancreatic ductal adenocarcinoma
2023-07-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112732
PMID:37402168
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研究论文 | 本研究通过巨噬细胞命运示踪和单细胞RNA测序技术,揭示了胰腺导管腺癌中肿瘤特异性CD4 T细胞通过抗原呈递指导单核细胞分化为抗肿瘤巨噬细胞的机制 | 首次证明肿瘤特异性CD4 T细胞(而非CD8 T细胞)通过巨噬细胞的MHC II类抗原呈递,指导单核细胞分化为抗肿瘤巨噬细胞,并揭示了IFNγ和CD40信号的非冗余作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本的验证尚需进一步开展;单细胞测序样本量有限 | 探究胰腺导管腺癌中肿瘤相关巨噬细胞异质性的形成机制及免疫调控作用 | 胰腺导管腺癌小鼠模型中的单核细胞、巨噬细胞和T细胞 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,巨噬细胞命运示踪技术 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 393 | 2026-03-14 |
A neuroepithelial wave of BMP signalling drives anteroposterior specification of the tuberal hypothalamus
2023-02-10, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.83133
PMID:36718990
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研究论文 | 本研究结合实验与生物信息学方法,揭示了胚胎期结节下丘脑的渐进式生成机制,发现其由下丘脑底板样细胞产生,并受神经上皮来源的BMP信号波调控 | 首次揭示结节下丘脑由下丘脑底板样细胞渐进生成,并发现从前向后扫过的神经上皮BMP信号波驱动其前后轴特化 | 研究主要在鸡胚胎中进行,哺乳动物系统的保守性需进一步验证;信号通路的上下游调控网络尚未完全解析 | 探究中枢神经系统结节下丘脑区域在胚胎发育过程中的细胞来源与信号通路特化机制 | 鸡胚胎的结节下丘脑发育过程 | 发育生物学 | NA | 命运图谱研究、功能获得与缺失实验、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 394 | 2026-03-14 |
Genetic and Transcriptional Contributions to Relapse in Normal Karyotype Acute Myeloid Leukemia
2022-01, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-21-0050
PMID:35019859
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研究论文 | 本研究通过增强全基因组测序和深度覆盖单细胞RNA测序,分析了六例正常核型急性髓系白血病患者的初诊和复发样本,以探究复发后的克隆和转录适应机制 | 首次在相同样本中结合增强全基因组测序和深度覆盖单细胞RNA测序,实现了在单个细胞中识别表达突变,揭示了遗传和转录异质性的共同演化,并发现了一种具有干细胞性、静止性和粘附性标记的复发富集白血病细胞状态 | 样本量较小(仅六例),可能限制结果的普遍性,且未明确说明技术平台的具体配置细节 | 探究急性髓系白血病复发过程中克隆和转录适应的机制,以理解基因组、转录组和免疫微环境的相互作用 | 六例正常核型急性髓系白血病患者的初诊和复发样本 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 增强全基因组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组序列数据,单细胞转录组数据 | 6例患者样本,共142,642个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 395 | 2026-03-13 |
Immunotherapy impact of macrophage glycosylation on cholangiocarcinoma and its prognostic and immune microenvironment significance
2026-Dec-31, Human vaccines & immunotherapeutics
IF:4.1Q2
DOI:10.1080/21645515.2026.2635867
PMID:41800715
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研究论文 | 本研究基于糖基化相关基因构建了胆管癌预后模型,并探讨了巨噬细胞糖基化在免疫治疗中的影响 | 首次通过单细胞RNA测序分析胆管癌巨噬细胞亚群的糖基化模式,并构建了包含五个基因的糖基化相关风险模型,同时验证了PGK1在促进糖基化终末产物积累和巨噬细胞M2极化中的作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内实验和临床样本的进一步验证 | 开发基于糖基化相关基因的预后模型,以预测胆管癌的预后和免疫治疗反应 | 胆管癌肿瘤微环境中的巨噬细胞糖基化模式 | 生物信息学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析,差异表达基因分析,LASSO Cox回归 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 396 | 2026-03-13 |
Exploring the molecular mechanisms underlying the inflammation-cancer transformation in Hashimoto thyroiditis using single-cell transcriptomics
2026-Dec-31, Autoimmunity
IF:3.3Q3
DOI:10.1080/08916934.2026.2639801
PMID:41808291
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学探索了桥本甲状腺炎向甲状腺乳头状癌转化的分子机制 | 首次在单细胞水平揭示了桥本甲状腺炎相关恶性滤泡上皮细胞通过FN1/CD44轴招募肥大细胞,并通过IL-8激活PI3K/AKT通路驱动癌变的机制 | 研究主要基于单细胞测序数据和体外实验,缺乏体内模型的验证,且样本来源和数量可能有限 | 阐明桥本甲状腺炎向甲状腺乳头状癌转化的肿瘤免疫微环境和分子机制 | 桥本甲状腺炎和甲状腺乳头状癌组织样本,以及TPC-1细胞、Nthy-ori 3-1细胞和肥大细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序,拷贝数变异分析,差异基因表达筛选,功能富集分析,细胞间通讯分析,Transwell共培养模型 | NA | 单细胞转录组数据,体外实验数据 | 未明确说明具体样本数量,但包括HT相关和PTC组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 397 | 2026-03-13 |
Machine learning reveals sex-biased platelet-associated molecular signatures in systemic lupus erythematosus
2026-Jun, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2026.107136
PMID:41506349
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研究论文 | 本研究利用机器学习方法揭示了系统性红斑狼疮中性别偏倚的血小板相关分子特征 | 首次通过整合多个转录组数据集和机器学习算法,系统性识别了SLE中性别特异性的候选基因,特别是发现了血小板糖蛋白VI(GP6)在男性SLE患者中的差异表达及其与PTCRA的关联 | 研究基于公共数据库的转录组数据,可能受样本异质性和批次效应影响;未进行实验验证;样本量相对有限 | 探究系统性红斑狼疮中性别差异的分子基础,特别是血小板相关基因的表达模式 | 338名个体(175名正常对照和163名SLE患者)的转录组数据 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 转录组学分析、差异基因表达分析、机器学习算法、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习算法(未指定具体模型) | 转录组数据 | 338个样本(来自6个SLE研究) | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析 | NA | NA |
| 398 | 2026-03-13 |
Strategies for resolving cellular phylogenies from sequential lineage tracing data
2026-Apr, Theoretical population biology
IF:1.2Q4
DOI:10.1016/j.tpb.2026.01.001
PMID:41554460
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研究论文 | 本文通过建模和分析顺序编辑的记录系统,探讨了在何种实验条件下能够高概率地精确重建细胞谱系,并提出了基于距离的重建方法在特定参数范围内准确解析细胞谱系树的有效性 | 首次对顺序编辑的分子记录系统进行建模,并理论分析了实现精确谱系重建的实验条件,为实验设计提供了理论指导 | 研究主要基于模拟和理论分析,缺乏实际实验数据的验证,且参数范围可能受限于模型假设 | 探究顺序编辑的分子记录系统在细胞谱系重建中的信息内容和可行性 | 细胞谱系树和顺序编辑的分子记录数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序和CRISPR-based分子记录技术 | 距离基于的重建方法 | 序列数据 | 数千个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 399 | 2026-03-13 |
Inhibiting Endoplasmic Reticulum/Plasma Membrane contact ameliorates endometrial fibrosis by preventing senescence in endometrial epithelial cells
2026-Apr, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 本研究首次将单细胞RNA测序应用于小鼠宫腔粘连模型,揭示了内质网/质膜接触通过STIM1/Orai1钙通道诱导子宫内膜上皮细胞衰老,从而驱动子宫内膜纤维化的新机制 | 首次在宫腔粘连模型中应用单细胞RNA测序技术,发现并验证了ER/PM接触-STIM1/Orai1钙通道-细胞衰老这一新的致病通路 | 研究基于小鼠模型,其结论在人体中的适用性仍需进一步验证 | 探究宫腔粘连的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 小鼠宫腔粘连模型中的子宫内膜上皮细胞 | 单细胞组学 | 宫腔粘连 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠IUA模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 400 | 2026-03-13 |
Spatial transcriptomics of immune ecotypes for predicting immunotherapy outcomes in head and neck squamous cell carcinoma
2026-Apr, Oral oncology
IF:4.0Q2
|
研究论文 | 本研究开发并验证了EIRM-HN模型,通过整合单细胞状态、空间转录组生态位和批量转录组数据,定义了头颈鳞状细胞癌的免疫生态型,以预测免疫检查点抑制剂治疗结果 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序数据,定义头颈鳞状细胞癌的免疫生态型,并构建了基于空间锚定的风险预测模型,超越了传统生物标志物如PD-L1和肿瘤突变负荷的预测能力 | 研究为回顾性多队列分析,样本量相对有限(370例),且外部验证仅在一个批量转录组队列(GSE65858)中进行,可能影响模型的普遍适用性 | 开发一个整合多组学数据的模型,以改善头颈鳞状细胞癌患者对免疫检查点抑制剂治疗反应的预测和分层 | 头颈鳞状细胞癌患者,包括接受免疫治疗和对照组的病例 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | 惩罚Cox模型, 逻辑回归模型 | 转录组数据 | 370例头颈鳞状细胞癌病例(80例分子分析,210例免疫治疗,80例对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |