单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-05-15	Cancer-specific innate and adaptive immune rewiring drives resistance to PD-1 blockade in classic Hodgkin lymphoma 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54512-7 PMID:39737927	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分析，揭示了经典霍奇金淋巴瘤(cHL)中PD-1阻断反应的免疫重编程机制	发现了循环和肿瘤浸润的IL1β单核细胞/巨噬细胞群体在cHL患者中的存在，并揭示了其在PD-1阻断抵抗中的作用	研究样本可能有限，未明确提及样本量，且结果主要基于cHL患者，可能不适用于其他癌症类型	探究cHL患者对PD-1阻断反应的免疫机制	经典霍奇金淋巴瘤(cHL)患者和健康捐赠者的免疫细胞	肿瘤免疫学	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序, 空间分析	NA	RNA测序数据, 空间分析数据	NA
382	2025-05-15	Immune checkpoint inhibitor-induced severe epidermal necrolysis mediated by macrophage-derived CXCL10 and abated by TNF blockade 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54180-7 PMID:39737932	研究论文	本文研究了免疫检查点抑制剂（ICI）诱导的严重表皮坏死松解症的发病机制，并探讨了TNF阻断剂在治疗中的作用	发现巨噬细胞来源的CXCL10在ICI诱导的SJS/TEN中起关键作用，并通过TNF阻断剂治疗显著改善患者症状	样本量较小（25名患者），且研究结果需进一步验证	探究ICI诱导的严重皮肤不良反应（SCAR）的发病机制及潜在治疗方法	ICI诱导的Stevens-Johnson综合征/中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）患者	免疫治疗	皮肤不良反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	25名ICI诱导的SJS/TEN患者
383	2025-05-15	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54761-6 PMID:39737976	研究论文	利用空间转录组学和蛋白质组学技术筛选胰腺导管腺癌(PDAC)的分子靶点，并开发针对Claudin-4的肽类分子成像剂	首次结合空间转录组学和蛋白质组学数据筛选PDAC分子靶点，并开发出针对Claudin-4的高特异性分子成像剂	研究仅针对Claudin-4进行了验证，未评估其他潜在靶点的成像效果	开发胰腺导管腺癌的分子成像诊断方法	胰腺导管腺癌(PDAC)组织和转移灶	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学、蛋白质组学、PET成像	NA	转录组数据、蛋白质组数据、PET图像数据	人类手术样本（具体数量未提及）
384	2025-05-15	Monocyte Invasion into the Retina Restricts the Regeneration of Neurons from Müller Glia 2024-Nov-13, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0938-24.2024 PMID:39353729	research paper	研究探讨了单核细胞侵入视网膜如何限制Müller胶质细胞再生神经元的能力	揭示了外周免疫系统反应作为中枢神经系统再生障碍的新机制，并发现Osteopontin信号轴在抑制哺乳动物神经发生中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物模型	探索视网膜神经元再生的障碍因素及潜在治疗策略	Müller胶质细胞和单核细胞	神经科学	视网膜疾病	scRNA-seq分析	CCR2敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明，但使用了两种性别的CCR2敲除小鼠
385	2025-05-15	Identification and Analysis of Biomarkers Associated with Lipophagy and Therapeutic Agents for COVID-19 2024-06-07, Viruses DOI:10.3390/v16060923 PMID:38932215	研究论文	通过生物信息学分析，研究COVID-19中与脂噬相关的生物标志物及治疗药物	首次研究了脂噬相关基因在COVID-19中的功能，并识别出7个可作为生物标志物和药物靶点的脂噬相关基因	研究基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	研究COVID-19中与脂噬相关的生物标志物及治疗药物	COVID-19患者的基因表达数据	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法（随机森林、SVM-RFE、GLM、XGBoost）	随机森林, SVM-RFE, GLM, XGBoost	RNA-seq数据	三个GEO数据集（GSE145926、GSE183533、GSE190496）
386	2025-05-15	Identification of a myofibroblast differentiation program during neonatal lung development 2024-May-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202659 PMID:38602479	research paper	该研究通过使用Fgf18CreER谱系追踪小鼠、细胞分选、单细胞RNA测序和原代细胞培养，识别了新生儿肺中多种间充质细胞亚型，包括一种未成熟的前体细胞，该细胞可产生成熟的肺泡肌成纤维细胞（MyoFB）	研究发现了MyoFB的分化程序，这一程序与其他间充质细胞类型不同，并增加了新生儿肺中间充质细胞类型的已知种类	NA	研究新生儿肺发育过程中肌成纤维细胞的分化程序	新生儿肺中的间充质细胞，特别是肺泡肌成纤维细胞（MyoFB）和脂质丰富的细胞	发育生物学	NA	Fgf18CreER lineage trace, cell sorting, single-cell RNA sequencing, primary cell culture	NA	RNA测序数据	NA
387	2025-05-15	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.07.574209 PMID:38249519	研究论文	该研究利用空间转录组学和蛋白质组学技术，筛选胰腺癌表面受体靶点用于分子影像学和治疗诊断	提出了一种基于数据驱动选择分子靶点的新方法，并发现紧密连接蛋白claudin-4作为治疗诊断靶点	研究仅针对胰腺癌，未验证在其他癌症类型中的适用性	开发胰腺癌分子影像学和治疗诊断的新方法	胰腺癌表面受体靶点	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学, 蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质数据	未明确说明样本数量
388	2025-05-15	A protocol to analyze single-cell RNA-seq data from Mycobacterium tuberculosis-infected mice lung 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102544 PMID:37659083	研究论文	本文提出了一种分析来自结核分枝杆菌感染小鼠肺部的单细胞RNA测序数据的协议	提供了一套详细的步骤，用于下载处理后的scRNA-seq数据、整合不同条件下的样本、进行聚类分析，并识别淋巴样细胞亚型、差异分析和通路富集分析	NA	开发一种协议，用于深入评估健康和结核分枝杆菌感染小鼠肺部淋巴细胞群体	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺部淋巴细胞	生物信息学	结核病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	健康和结核分枝杆菌感染小鼠的肺部细胞
389	2025-05-15	Enrichment of carcinogen-driven "mitochondria-primed" human skin stem cells and their identification using single-cell analyses 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102545 PMID:37690024	研究论文	本文描述了一种富集和鉴定线粒体启动的干细胞（mpSCs）的方案，用于其表征和应用	提出了一种使用环境致癌物2,3,7,8-四氯二苯并二噁英在皮肤角质形成细胞谱系中富集mpSCs，并通过单细胞转录组学和单细胞显微镜分析相关干细胞标记物表达来鉴定mpSCs的方法	NA	开发一种富集和鉴定线粒体启动的干细胞的方案	人类皮肤干细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录组学, 单细胞显微镜分析	NA	单细胞数据	NA
390	2025-05-15	Protocol for identifying immune checkpoint on circulating tumor cells of human pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell RNA sequencing 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102539 PMID:37659082	研究论文	本文提出了一种通过单细胞RNA测序识别人类胰腺导管腺癌循环肿瘤细胞上免疫检查点的协议	开发了一种从胰腺导管腺癌肝转移患者中分离循环肿瘤细胞并进行单细胞RNA测序以识别免疫检查点的协议	协议的具体执行细节需要参考Liu等人（2023）的完整说明	建立有效的免疫疗法以预防肿瘤转移	人类胰腺导管腺癌的循环肿瘤细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	胰腺导管腺癌肝转移患者的循环肿瘤细胞
391	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing and analysis of rodent blood stage Plasmodium 2023-09-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102491 PMID:37581982	研究论文	本文提供了一种使用单细胞RNA测序技术分析啮齿动物血液阶段疟原虫基因表达调控的协议	采用单细胞RNA测序技术，克服了传统批量RNA测序无法区分疟原虫发育阶段特异性基因调控的局限性	仅针对啮齿动物疟原虫（Plasmodium chabaudi chabaudi AS）进行研究，未涉及人类疟原虫	开发一种能够表征疟疾血液阶段发育特异性基因表达调控的方法	感染疟原虫的红细胞（iRBCs）	基因组学	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞分选（FACS）	NA	RNA测序数据	感染疟原虫的小鼠红细胞
392	2025-05-15	Isolation of Thymus Stromal Cells from Human and Murine Tissue 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2679-5_13 PMID:36255703	研究论文	详细介绍从人类和小鼠组织中分离胸腺基质细胞的方法	提供了针对基质细胞分离优化的组织解离方案，适用于高通量单细胞分析技术	未提及该方法在临床应用中的具体效果或限制	研究胸腺基质细胞的分离方法以支持T细胞分化的研究	人类和小鼠的胸腺基质细胞	细胞生物学	NA	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞数据	未明确提及样本数量
393	2025-05-15	Molecular mapping of interstitial lung disease reveals a phenotypically distinct senescent basal epithelial cell population 2021-04-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.143626 PMID:33705361	研究论文	该研究通过分子图谱揭示了间质性肺病中一种表型独特的衰老基底上皮细胞群	识别了ILD中衰老基底上皮细胞的特定标志物，并提供了针对人类肺部特定环境细胞衰老特征的工具	研究主要基于体外模型和单细胞RNA-Seq数据，可能无法完全反映体内复杂环境	探究间质性肺病中衰老细胞的起源和特征	特发性肺纤维化(IPF)和系统性硬化相关间质性肺病(SSc-ILD)患者的肺组织	分子生物学	间质性肺病	单细胞RNA-Seq	NA	基因表达数据	来自对照、IPF和SSc-ILD肺组织的单细胞RNA-Seq数据集
394	2025-05-14	Overcoming immunotherapy resistance in colorectal cancer through nano-selenium probiotic complexes and IL-32 modulation 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123233 PMID:40081224	研究论文	本研究提出了一种利用纳米硒益生菌复合物和IL-32调节来克服结直肠癌免疫治疗耐药性的创新方法	首次将硒纳米颗粒负载的细胞外囊泡与IL-32和工程益生菌大肠杆菌Nissle 1917结合，形成SeNVs@NE-IL32-EcN复合物，用于增强CD8+ T细胞介导的免疫反应	研究主要在人类化异种移植小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	克服结直肠癌免疫治疗耐药性，增强CD8+ T细胞介导的免疫反应	结直肠癌患者和人类化异种移植小鼠模型	癌症免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、电子显微镜、动态光散射(DLS)	人类化异种移植小鼠模型	RNA测序数据、显微镜图像、光散射数据	未明确提及具体样本数量，但包括结直肠癌患者样本和人类化小鼠模型
395	2025-05-14	Exploration of immune cell heterogeneity by single-cell RNA sequencing and identification of secretory leukocyte protease inhibitor as an oncogene in pancreatic cancer 2025-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24200 PMID:38476085	研究论文	通过单细胞RNA测序探索胰腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞异质性，并鉴定分泌性白细胞蛋白酶抑制剂（SLPI）作为胰腺癌的致癌基因	利用单细胞测序技术鉴定了胰腺癌肿瘤微环境中的八种细胞亚群，并揭示了SLPI在胰腺癌中的致癌作用	研究未涉及SLPI作为治疗靶点的临床前或临床试验验证	探索胰腺癌肿瘤微环境的细胞异质性及潜在治疗靶点	胰腺癌肿瘤微环境中的细胞亚群及SLPI基因	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
396	2025-05-14	RETRACTED: Exploring the tumor microenvironment: Chemokine-related genes and immunotherapy/chemotherapy response in clear-cell renal cell carcinoma 2025-Jun, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24190 PMID:38488671	research paper	本研究通过分析透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的肿瘤微环境，识别了与化疗/免疫治疗反应相关的趋化因子相关基因，并构建了一个预后模型	构建了一个基于趋化因子相关基因的新型预后模型，并发现IGF2BP3在调节ccRCC对舒尼替尼耐药性中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证	探索肿瘤微环境中趋化因子相关基因对ccRCC治疗反应的影响	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者和细胞系	digital pathology	肾癌	RNA-seq, scRNA-seq, CCK-8, Western blot, RT-qPCR	预后模型	转录组数据	531例批量转录组数据，单细胞RNA测序数据集GSE159115，786-O和A498细胞系
397	2025-05-14	Single-cell analysis of diquat-induced oxidative stress and its impact on organ-specific toxicity 2025-Jun-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118246 PMID:40327929	研究论文	通过单细胞/单核RNA测序技术，研究了敌草快（DQ）中毒后小鼠肺、肝和肾在多时间点的氧化应激微环境及其对多器官损伤的影响	首次构建了包含超过27万个细胞的多器官单细胞图谱，揭示了DQ诱导的氧化应激微环境在血管内皮细胞和实质细胞中的核心作用及其通过代谢重编程加剧组织损伤的机制	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本；未探讨长期暴露于DQ的效应	阐明敌草快中毒导致多器官损伤的病理生理学和复杂分子机制	敌草快中毒小鼠的肺、肝和肾组织	单细胞组学	中毒性疾病	scRNA-seq/snRNA-seq	小鼠模型	单细胞转录组数据	超过27万个细胞（来自不同时间点的肺、肝、肾组织及对照组）
398	2025-05-14	Hypoxia-induced RHCG as a key regulator in psoriasis and its modulation by secukinumab 2025-Jun, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250742 PMID:40351602	研究论文	本文研究了缺氧诱导的RHCG在银屑病中的关键调控作用及其通过secukinumab的调节机制	揭示了RHCG在缺氧条件下对银屑病发病机制的新作用，并比较了不同治疗方法对RHCG表达的影响	RHCG在银屑病中的具体分子机制尚未完全阐明	探究RHCG在银屑病发病机制中的作用及其治疗潜力	角质形成细胞（KCs）和免疫细胞	生物信息学	银屑病	空间转录组学分析、单细胞转录组学分析、批量数据分析	NA	转录组数据、临床样本数据	未明确说明样本数量
399	2025-05-14	Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403195R PMID:40322970	研究论文	本文研究了遗传学和脂质代谢物与严重SARS-CoV-2感染的关系，通过RNA-seq和脂肪酸分析揭示了特定脂质介质和DNA损伤通路与疾病严重程度的相关性	首次发现特定脂质介质（如AA和EPA）及其合成基因与SARS-CoV-2感染严重程度显著相关，并揭示了DNA损伤通路在疾病进程中的作用	样本量较小（仅10名感染者和10名未感染者），且未考虑其他潜在影响因素	探究遗传学和脂质代谢物在严重SARS-CoV-2感染中的作用机制	SARS-CoV-2感染患者的外周血单核细胞（PBMCs）和血浆样本，以及鼻咽拭子样本	生物医学	COVID-19	bulk RNA-seq, 脂肪酸面板分析, scRNA-seq数据分析	NA	RNA-seq数据, 脂质代谢数据, 单细胞转录组数据	20名患者（10名感染者和10名未感染者）的PBMCs和血浆样本，58名健康与COVID-19参与者的鼻咽拭子样本
400	2025-05-14	MHCIIhiLYVE1loCCR2hi Interstitial Macrophages Promote Medial Fibrosis in Pulmonary Arterioles and Contribute to Pulmonary Hypertension 2025-May-13, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326173 PMID:40357547	research paper	该研究探讨了间质巨噬细胞（iMΦ）在肺动脉高压（PH）中促进肺动脉纤维化的机制	首次发现MHCIIhiLYVE1loCCR2hi iMΦs通过WNT11/PCP通路促进肺动脉平滑肌细胞向成纤维细胞样表型转变	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本验证有限	阐明肺动脉高压中肺动脉纤维化的细胞和分子机制	肺动脉高压患者和实验性PH动物的肺组织样本	病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、谱系追踪、组织学分析、共培养实验、转基因动物实验	NA	基因表达数据、组织学图像	患者和实验动物样本（具体数量未明确说明）