单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 40811 篇文献,本页显示第 381 - 400 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
381 2026-06-19
Identification and validation of an intratumor heterogeneity-related prognostic signature in triple-negative breast cancer: a study based on integrative machine learning and single-cell sequencing
2026-Apr-25, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1
研究论文 本研究结合机器学习和单细胞测序,构建并验证了三阴性乳腺癌中基于肿瘤内异质性的预后签名,提高了预后预测准确性 创新性地结合十种机器学习算法和单细胞测序技术,构建了包含七个基因的肿瘤内异质性相关预后签名,并验证了其对免疫治疗反应的预测能力 该研究主要基于公共数据库,未说明外部前瞻性验证样本的获取情况 开发并验证基于肿瘤内异质性的三阴性乳腺癌预后签名,以改进风险分层和治疗反应预测 三阴性乳腺癌患者 机器学习 三阴性乳腺癌 单细胞测序,qRT-PCR StepCox[backward] + GBM 转录组数据 METABRIC训练集以及来自GEO数据库的多个验证集,具体样本数未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
382 2026-06-19
Integrating optogenetic fMRI and spatial transcriptomics to reveal circuit-specific gene signatures in fronto- and hippo-thalamic networks
2026-Apr-18, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 通过整合清醒小鼠的光遗传学fMRI和空间转录组学,揭示前额-丘脑和海马-丘脑通路中调控神经血管耦合的回路特异性基因特征 首次在同一小鼠中同时进行清醒光遗传学fMRI与空间转录组学分析,克服了跨模态数据来自不同个体的局限性,实现了神经活动与基因表达的因果关联解析 仅关注前额-丘脑和海马-丘脑两个回路,且传统线性模型主要捕获线性基因-过程关系,未充分探索非线性计算方法 揭示微观分子结构如何塑造宏观脑网络组织,特别是基因表达与神经血管耦合之间的因果联系 清醒状态下的B6小鼠,涉及前额叶皮层、海马下托和丘脑区域 计算机视觉 不适用 光遗传学fMRI, 空间转录组学 广义线性模型, 主成分分析 fMRI影像, 空间基因表达数据 同一批小鼠,具体数量未详述 NA 空间转录组学, 光遗传学fMRI NA 采用定制化光遗传学fMRI和空间转录组学流程,具体平台未指明
383 2026-06-19
Single-cell transcriptomic landscape highlights epithelial-fibroblast interactions and CD44-mediated malignant traits in laryngeal squamous cell carcinoma
2026-Apr-18, NPJ precision oncology IF:6.8Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示喉鳞状细胞癌中上皮-成纤维细胞相互作用及CD44介导的恶性特征 首次在喉鳞状细胞癌中绘制单细胞转录组图谱,识别出三种恶性上皮亚型和五种成纤维细胞亚型,并发现CD44在成纤维细胞-上皮细胞互作中驱动转移的关键作用 样本量较小(仅3例患者),未提及功能验证的体内模型细节及临床相关性分析 探究喉鳞状细胞癌中上皮细胞和成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展和转移中的作用 喉鳞状细胞癌患者的原发肿瘤、癌旁正常组织和转移淋巴结样本 数字病理学 喉鳞状细胞癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 3例患者的9份匹配样本(原发肿瘤、癌旁组织、转移淋巴结各3份) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序平台
384 2026-06-19
Antiviral CD4+ T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults
2026-Apr-17, Communications medicine IF:5.4Q1
研究论文 本研究结合体外和体内免疫检测与人类样本,在血清学和单细胞水平上探究老年人和年轻人对流感疫苗的B细胞、CD4+ T细胞和髓系细胞反应差异 首次在单细胞转录组水平揭示老年人在流感疫苗应答中T辅助细胞和髓系细胞干扰素转录程序减弱,且抗体应答虽正常但细胞免疫应答受损 未明确说明局限性 探究老年人对流感疫苗的细胞免疫反应减弱机制,特别是CD4+ T细胞和髓系细胞的转录变化 年轻和老年人外周血样本中的B细胞、CD4+ T细胞和髓系细胞 NA 老年疾病 单细胞转录组测序(single-cell transcriptomics) NA 基因表达数据 年轻人和老年人的血液样本(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
385 2026-06-19
Integrative single-cell analysis reveals endothelial diversity in the vasa vasorum of human atherosclerosis
2026-Apr-17, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 通过整合单细胞分析揭示人类动脉粥样硬化血管外膜血管内皮细胞的多样性 首次构建人类动脉粥样硬化单细胞转录组图谱,识别出SULF1 ArtECs和VenECs作为内皮间质转化和白细胞招募的潜在治疗靶点 未提及具体局限性 研究动脉粥样硬化斑块中微血管的内皮细胞异质性及其在疾病进展中的作用 动脉粥样硬化斑块中的血管内皮细胞 计算机视觉 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 来自5项研究的17,367个血管内皮细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
386 2026-06-19
Design of the biosensor-dependent coupling system stabilizes the high-synthesis phenotype of cell factory
2026-Apr-13, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过快速转录组挖掘方法开发了响应甘草次酸和美迪紫檀素的酵母生物传感器,并将其与必需基因耦合构建生长依赖的合成回路,以稳定高产表型,同时利用单细胞转录组揭示群体分工机制 提出一种快速转录组挖掘工作流,用于开发缺乏特异性生物传感器的天然产物;创建生长依赖的耦合回路,避免传统方法中高产表型随传代丢失的问题;通过单细胞转录组揭示耦合策略通过扩增特定高产亚群而非消除表型异质性来提升产量 仅以甘草次酸和美迪紫檀素作为概念验证,其他天然产物的适用性尚需验证;PDR5启动子的微调过程可能需针对不同传感器进行优化;单细胞分析揭示了基因表达特征,但删除或富集特定亚群的操作在工业规模上的可行性未讨论 设计一种基于生物传感器的生长耦合系统,以稳定微生物细胞工厂中天然产物的高产表型,并利用单细胞分析优化群体生产性能 酿酒酵母细胞工厂中产甘草次酸和美迪紫檀素的菌株群体 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 初始菌株和进化菌株的酵母细胞群体(具体数量未在摘要中说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
387 2026-06-19
Prostaglandin E2-driven dedifferentiation of Schwann cells leads to perineural invasion in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Apr-07, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1
研究论文 该研究通过整合RNA测序、空间转录组学和临床样本单细胞分析,发现神经侵犯区域显著富集去分化雪旺细胞并上调关键标志物,证明胰腺癌细胞通过PGE₂驱动雪旺细胞去分化并分泌促侵袭因子(LIF和ADAMTS-1),形成有利于神经侵犯的微环境 首次揭示肿瘤来源的PGE₂通过PTGES-SC轴驱动雪旺细胞去分化,并识别LIF和ADAMTS-1作为关键促侵袭因子,为胰腺癌神经侵犯提供了全新治疗靶点 NA 阐明胰腺导管腺癌中雪旺细胞去分化促进神经侵犯的分子机制及潜在治疗靶点 胰腺癌临床标本及PANC-1和BxPC-3细胞系 数字病理学 胰腺导管腺癌 RNA测序, 空间转录组学, 单细胞分析 NA 基因表达数据, 空间转录组数据, 单细胞数据 临床样本(具体数量未说明) 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学
388 2026-06-19
A comprehensive benchmarking study on computational tools for cross-omics label transfer from single-cell RNA to ATAC data
2026-04-01, G3 (Bethesda, Md.)
研究论文 对27种从单细胞RNA数据向ATAC数据进行跨组学标签转移的计算工具进行了全面基准测试 首次系统地评估了27种跨组学标签转移工具,涵盖多种人类和小鼠组织数据,并揭示了数据平衡性、跨组学差异等影响模型性能的关键因素 研究主要依赖于公开数据集,可能未覆盖所有可能的生物学场景;方法性能受数据质量和预处理方式影响较大 系统评估和比较计算工具在单细胞RNA到ATAC数据标签转移中的表现,为未来方法开发提供建议 来自多种人类和小鼠组织的单细胞RNA和ATAC数据 机器学习 NA 单细胞ATAC测序(scATAC-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) Bridge、GLUE、bindSC等深度学习模型 单细胞基因表达数据(scRNA-seq)和染色质可及性数据(scATAC-seq) 使用多种人类和小鼠组织数据集,具体样本量未明确说明 NA 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 NA NA
389 2026-06-19
Topological Data Analysis for Unsupervised Feature Selection in Large Scale Spatial Omics Data Sets
2026-Mar-04, Bulletin of mathematical biology IF:2.0Q3
研究论文 应用持续同调(一种拓扑数据分析方法)进行大规模空间组学数据的无监督特征选择,并展示其在空间可变基因识别等下游任务中的应用 首次将拓扑数据分析中的持续同调方法应用于空间转录组学特征选择,提供连续的基因空间结构量化指标,并证明其在不同空间组学模态(如空间代谢组学)中的自然扩展性 未提及具体局限性 开发一种基于拓扑数据分析的无监督特征选择方法,用于大规模空间组学数据集中空间结构量化与空间可变基因识别 公共空间转录组学数据中的肾脏疾病和心肌梗死样本,以及空间代谢组学样本 计算机视觉, 机器学习 肾脏疾病, 心血管疾病 空间转录组学, 空间代谢组学 持续同调 空间转录组数据, 空间代谢组数据 未明确提及具体样本数量 NA 空间转录组学, 空间代谢组学 NA NA
390 2026-06-19
EMP1-driven ferroptosis in liver sinusoidal endothelial cells exacerbates hepatic ischemia-reperfusion injury via P38 MAPK
2026-02-16, Free radical biology & medicine
研究论文 通过单细胞RNA测序发现EMP1通过P38 MAPK通路驱动肝窦内皮细胞铁死亡,加剧肝缺血再灌注损伤 首次揭示肝窦内皮细胞铁死亡在肝缺血再灌注损伤中的直接致病作用,并建立EMP1/p38信号轴为核心机制 信息未提供,暂按NA处理 阐明肝窦内皮细胞铁死亡在肝缺血再灌注损伤中的分子机制及EMP1的致病作用 人体肝脏移植组织、肝窦内皮细胞和BRL3A肝细胞 数字病理学 肝缺血再灌注损伤 单细胞RNA测序, siRNA沉默, 铁死亡调控, p38信号干预 NA 单细胞转录组数据 正常对照与移植诱导的缺血再灌注损伤人体肝脏样本(具体数量未说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
391 2026-06-19
Single-cell characterization of the gastrointestinal HIV reservoir reveals heterogeneous cellular phenotypes
2026-02-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序表征胃肠道HIV储库,揭示其异质性细胞表型和区室特异性基因表达模式 首次在单细胞水平系统描述胃肠道组织HIV储库的细胞异质性,发现vRNA+细胞在Th17和Treg17表型中富集,并鉴定出116个与HIV感染相关的差异表达基因 样本量较小(10人),缺乏功能性验证实验,未明确区分潜伏感染与活跃复制的病毒 阐明胃肠道组织中HIV-1病毒储库的细胞特征及其与血液样本的差异 来自10名接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染者的胃肠道组织和外周血单核细胞 机器学习 艾滋病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 10名HIV感染者 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
392 2026-06-19
Joint modeling of cellular heterogeneity and condition effects with scPCA in single-cell RNA-seq
2026-Feb-04, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 提出scPCA框架,联合建模单细胞RNA-seq中的细胞异质性和条件效应 在传统线性降维方法中整合研究协变量,实现细胞异质性与条件效应的联合建模,揭示跨条件和成分的转录变化 方法主要针对scRNA-seq数据验证,在互作效应复杂或多条件下的扩展性需进一步评估 开发灵活降维框架,同时分析细胞异质性和处理效应 单细胞RNA-seq数据中多种实验条件下的细胞群体 机器学习 NA 单细胞RNA测序 PCA(主成分分析) 基因表达数据 多条件实验:包括未刺激和IFNβ处理的PBMC、啮齿类肺细胞、去极化视觉皮层神经元、CRISPR-Cas9敲除斑马鱼单细胞数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
393 2026-06-19
CD8+ T cells in the tumor microenvironment modulate the response to endocrine therapy in breast cancer
2026-02-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 该研究分析了肿瘤免疫微环境中CD8+ T细胞如何调节激素受体阳性乳腺癌对内分泌治疗的反应 首次揭示CD8+ T细胞及其相关趋化因子CXCL11在调控HR+乳腺癌对雌激素剥夺治疗耐药中的具体机制 研究主要基于体外细胞共培养模型和临床样本分析,缺乏体内动物模型验证 阐明肿瘤免疫微环境在调节HR+乳腺癌对芳香化酶抑制剂治疗反应中的作用机制 HR+乳腺癌患者治疗前后的活检组织样本、MCF7和T47D乳腺癌细胞系 肿瘤免疫学 乳腺癌 RNA-Seq, 循环免疫荧光, 空间转录组学 NA 基因表达数据、空间转录组数据、免疫组化图像 HR+乳腺癌患者治疗前后配对活检样本(具体数量未在摘要中提供) NA 空间转录组学 NA NA
394 2026-06-19
Diabetes exacerbates destructive inflammation by activating the CD137L-CD137 axis in dendritic and IL-17+ T cells
2026-02-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了糖尿病通过激活树突状细胞中的CD137L和IL-17+ T细胞中的CD137轴,加剧牙周炎中的破坏性炎症 首次发现高血糖通过CD137L-CD137轴驱动树突状细胞与IL-17+ T细胞相互作用,加剧炎症性组织破坏,并鉴定该通路为潜在治疗靶点 NA 探究糖尿病如何加剧牙周炎中对细菌的炎症反应,并揭示其分子机制 小鼠模型和人类样本中的牙周炎与糖尿病相互作用 机器学习和单细胞组学 牙周炎、糖尿病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
395 2026-06-19
Spatial multi-omics in precision medicine: Integrating biological insights through multidisciplinary collaboration
2026-02, Seminars in cancer biology IF:12.1Q1
综述 本文综述了空间多组学技术在精准医学中的应用,涵盖数据获取、质量管理及多模态整合策略 系统整合了空间转录组学作为框架的多组学数据与组织细胞架构对齐方法,并聚焦肿瘤微环境中的异质性、免疫-基质相互作用及代谢表观遗传动态 面临技术噪声、批次效应及高维数据整合复杂性等挑战,临床转化中需解决数据隐私和AI伦理问题 阐述空间多组学在肿瘤生物学中的应用潜力,促进精准医学发展 空间多组学技术及其在肿瘤微环境研究中的应用 生物医学 肿瘤 NA NA NA NA NA 空间多组学技术, 空间转录组学, 空间基因组学, 空间表观组学, 空间蛋白质组学, 空间代谢组学 NA NA
396 2026-06-19
Integrative spatial omics and artificial intelligence: transforming cancer research with omics data and AI
2026-02, Seminars in cancer biology IF:12.1Q1
综述 本文探讨了整合空间组学与人工智能在癌症研究中的应用,特别是空间转录组学和空间蛋白组学与AI驱动的计算模型如何推动癌症精准医疗的发展 系统性地综述了空间组学(包括空间转录组学和空间蛋白组学)与AI计算模型的整合应用,重点强调了空间图理论、拓扑数据分析和基于智能体的建模等先进数学框架在解决数据整合和生物学洞察中的关键作用 高维数据复杂性、计算约束和分析流程标准化不足是主要挑战,同时空间分辨率和跨平台数据协调也有待提升 探索空间组学与AI在癌症研究中的整合应用,推动精准肿瘤学发展 肿瘤微环境中的空间组学数据和AI计算模型 数字病理学 癌症 空间组学, 空间转录组学, 空间蛋白组学 深度学习模型, 空间图分析, 拓扑数据分析, 基于智能体建模 图像, 文本 NA 10x Genomics, Illumina 空间转录组学, 空间蛋白组学 10x Visium, Illumina NovaSeq 空间条形码、原位测序、数字空间分析平台
397 2026-06-19
Stereo-cell deciphers the spatial and functional heterogeneity of polyploid hepatocytes
2026-Jan-21, GigaScience IF:11.8Q1
研究论文 利用Stereo-cell技术解析多倍体肝细胞的空间和功能异质性 开发了基于成像的倍性识别(SCIPI)技术流程,整合明场细胞轮廓识别、DAPI核面积与数量量化以及UMI标记单细胞转录组学,实现六种核心肝细胞亚型的精确鉴定 未提及明显局限性 探索二倍体、四倍体和八倍体肝细胞之间的功能差异,揭示多倍体肝细胞的转录组和功能异质性 多倍体肝细胞(包括二倍体、四倍体、八倍体及其单核与双核亚型) 数字病理学 NA 空间分辨单细胞测序 NA 图像与转录组数据 NA NA 单细胞转录组学 Stereo-cell Stereo-cell成像倍性识别技术(SCIPI)
398 2026-06-19
Targeting the N-acetyltransferase 10/DKK2 axis enhances CD8+ T cell antitumor activity in colorectal cancer models
2026-01-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 揭示NAT10通过ac4C依赖性mRNA稳定促进结直肠癌免疫逃逸,靶向NAT10/DKK2轴增强CD8+ T细胞抗肿瘤活性 首次阐明NAT10通过ac4C修饰稳定DKK2 mRNA调控CD8+ T细胞功能障碍的分子机制,并验证其与抗PD-1治疗的协同作用 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人类临床试验中验证NAT10抑制剂的治疗效果 研究NAT10在结直肠癌肿瘤微环境中的免疫调节作用及其作为治疗靶点的潜力 结直肠癌细胞、小鼠模型(MC38/CT-26)、肠上皮细胞特异性Nat10敲除小鼠、患者来源类器官和临床标本 机器学学 结直肠癌 单细胞RNA测序、多组学整合分析 NA 图像、文本 使用MC38/CT-26同源小鼠模型、Nat10cKO小鼠、患者来源类器官和临床标本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
399 2026-06-19
Non-invasive radiogenomic mapping of the SMARCAL1-driven ferroptotic niche is associated with longitudinal MRD-negative surveillance in early-stage NSCLC
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过术前CT影像组学特征构建Rad-Score,非侵入性捕捉SMARCAL1驱动的铁死亡免疫微环境,并与早期非小细胞肺癌术后持续MRD阴性监测相关 首次将术前CT影像组学特征与SMARCAL1驱动的铁死亡免疫微环境空间组织相关联,建立非侵入性预测术后持续MRD阴性的放射组学评分,并通过空间转录组学、CRISPR-Cas9敲除和功能验证确认机制 单中心回顾性队列研究,样本量有限(71例患者),需前瞻性验证;Rad-Score在外部验证中性能略有下降(C-index从0.812降至0.741-0.783) 探讨术前CT影像组学特征能否非侵入性捕捉与术后持续MRD阴性相关的铁死亡富集、免疫活跃的肿瘤微环境空间组织 完全切除的IB-IIIA期非小细胞肺癌患者(71例),术后两个时间点MRD阴性 计算机视觉 非小细胞肺癌 CT成像, 全外显子测序, 批量RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光, 免疫组化, CRISPR-Cas9敲除 NA 图像, 文本 71例患者(14例用于空间转录组学,40例用于多重免疫荧光,60例用于免疫组化) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组学
400 2026-06-19
Multisite Assessment of Methods for Cell Preservation Upstream of Single-Cell RNA Sequencing
2026, Journal of biomolecular techniques : JBT
研究论文 通过跨平台、多中心研究评估三种细胞保存方法(10x Genomics FLEX、Parse Biosciences Evercode WT v2、Honeycomb Bio HIVE)在上游单细胞RNA测序中的性能和可重复性 首次进行多平台、多中心的系统性比较,评估不同细胞保存方法对单细胞RNA测序结果的影响,并为研究者提供选择最合适保存工作流程的资源 平台特异性的表达特征存在于部分基因亚组,且FLEX工作流程在站点样本处理中表现出更高的技术变异性 评估和比较不同商业细胞保存方法在单细胞RNA测序中的性能、可重复性和适用性 从单一健康个体分离的总白细胞和外周血单核细胞(PBMCs) 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 1位健康个体的细胞样本,包括总白细胞和PBMCs,由2名技术人员并行制备 10x Genomics, Parse Biosciences, Honeycomb Bio 单细胞RNA测序 10x Chromium, Parse Biosciences Evercode WT v2, Honeycomb Bio HIVE 10x Chromium Single Cell 3' v3.1 (3pGEX) 化学试剂作为参考,FLEX和HIVE为保存方法
回到顶部