单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30404 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2025-08-03 |
Bridging the Gap in Breast Cancer Dormancy: Models, Mechanisms, and Translational Challenges
2025-Jun-26, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18070961
PMID:40732251
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综述 | 本文综述了乳腺癌休眠领域的研究现状，强调了解决肿瘤休眠以减少转移复发的紧迫性 | 提出了整合单细胞多组学、空间转录组学和人源化长期模型的新方法，以揭示休眠机制 | 当前研究存在数据矛盾、模型不足和缺乏生物标志物等问题 | 减少乳腺癌转移复发，提高临床治疗效果 | 乳腺癌休眠中的播散性肿瘤细胞(DTCs) | 肿瘤学 | 乳腺癌 | 单细胞多组学、空间转录组学 | 人源化长期模型 | 多组学数据 | NA |
| 382 | 2025-08-03 |
Non-disruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659535
PMID:40666962
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研究论文 | 开发了一种名为Epi-PHR的非破坏性图像单细胞空间表观遗传分析技术，用于在单细胞水平上检测表观遗传标记组合并保留基因组的三维结构 | Epi-PHR技术首次实现了在单细胞水平上高分辨率、位点特异性地检测表观遗传标记组合，同时保留基因组的三维结构 | 技术尚未在其他组织或疾病模型中广泛验证 | 研究单细胞三维表观基因组组织及其与染色质构象的关系 | 海马体组织切片中的单细胞 | 表观遗传学 | NA | Epi-PHR（表观遗传邻近杂交反应） | NA | 图像 | 数百个单基因目标在相同单个细胞内 |
| 383 | 2025-08-03 |
Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy
2025-Jun-13, Circulation. Genomic and precision medicine
DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924
PMID:40509996
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研究论文 | 通过血浆蛋白质组学揭示LMNA心肌病谱系中失调的途径 | 发现了与LMNA DCM相关的多个新蛋白质，并确定了这些蛋白质在心肌细胞中的差异基因表达 | 样本量相对较小，且仅针对特定遗传背景的群体 | 探索LMNA DCM的发病机制和进展途径 | 携带可能致病/致病性LMNA变异的个体及其家族成员 | 蛋白质组学 | 心血管疾病 | OLINK平台蛋白质组学分析 | NA | 血浆蛋白质数据 | LMNA DCM患者41例，肌节蛋白DCM患者18例，表型阴性家族成员55例 |
| 384 | 2025-08-03 |
MIF-mediated crosstalk between THRSP + hepatocytes and CD74 + lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH
2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001429
PMID:40590856
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研究论文 | 本研究揭示了THRSP通过MIF介导的CD74+脂质相关巨噬细胞（LAMs）在肝脏门静脉区（PP区）的募集驱动代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的机制 | 首次揭示了THRSP通过MIF介导的CD74+LAMs在肝脏PP区的募集驱动MASH进展的空间分区机制，并发现THRSP抑制剂C6可显著改善MASH | 研究主要基于小鼠模型，人类MASH患者样本验证仍需进一步开展 | 探究MASH进展中肝脏门静脉区空间分区的分子机制 | MASH小鼠模型和患者肝脏组织 | 肝脏病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH） | 空间转录组学（ST）、CellPhoneDB分析、基因过表达/敲除实验 | NA | 空间转录组数据、基因表达数据 | MASH小鼠模型和患者肝脏组织（具体数量未明确说明） |
| 385 | 2025-08-03 |
MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT
2025-May-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60295-2
PMID:40450001
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研究论文 | 介绍了一种名为MACanalyzeR的单细胞RNA测序工具，用于全面分析单核细胞/巨噬细胞的代谢特征，并揭示了PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织热生成扩展中的作用 | 开发了MACanalyzeR工具，首次识别出PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞亚群在棕色脂肪组织热生成中的关键作用 | 研究仅基于肥胖雄性小鼠模型，未涉及人类或其他性别样本 | 探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能调节中的作用机制 | 肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠)的棕色脂肪组织 | 免疫代谢 | 肥胖 | scRNAseq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠) |
| 386 | 2025-08-03 |
High throughput identification of genetic regulators of microglial inflammatory processes in Alzheimer's disease
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.09.642133
PMID:40161839
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研究论文 | 通过CRISPR抑制筛选和单细胞RNA测序技术，研究阿尔茨海默病(AD)GWAS变异如何影响人类小胶质细胞的炎症反应 | 首次系统性地将CRISPRi筛选与scRNA-seq技术结合，揭示了AD GWAS变异如何调控小胶质细胞状态和炎症反应 | 研究主要基于hiPSC衍生的小胶质细胞模型，可能与体内真实情况存在差异 | 阐明AD遗传风险因素对小胶质细胞炎症反应的调控机制 | 人类诱导多能干细胞(hiPSC)衍生的小胶质细胞(iMGLs) | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | CRISPRi, CROP-seq, scRNA-seq | hiPSC衍生的小胶质细胞模型 | 基因组数据, 转录组数据 | 119个AD GWAS位点的CRISPRi筛选 |
| 387 | 2025-08-03 |
Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636743
PMID:39975302
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研究论文 | 该研究探讨了长期酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体的分化能力 | 揭示了长期酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力 | 研究基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究长期酒精摄入对造血干细胞和祖细胞分化能力的影响及其与骨质疏松的关系 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体 | 生物医学 | 骨质疏松 | 光谱流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据、基因表达数据 | 恒河猴模型 |
| 388 | 2025-08-03 |
Comparative transcriptomic and genomic analysis of tumor cells in the marginal and center regions of tumor nests in human hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1611951
PMID:40741331
|
研究论文 | 通过比较人类肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞的转录组和基因组分析，揭示了肿瘤巢的空间异质性 | 首次在空间转录组学水平上揭示了肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的基因表达差异及功能分化 | 样本量较小（8例患者），且仅针对肝细胞癌 | 探究肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的生物学特性及异质性 | 肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学（ST）、基因本体（GO）富集分析、inferCNV | NA | 空间转录组数据、基因组数据 | 8例HCC患者的19个空间转录组样本（包含24个肿瘤巢和15个肝纤维化结节） |
| 389 | 2025-08-03 |
Bioinformatics-based analysis of the relationship between STC1 expression and immune infiltration in gastric cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1499121
PMID:40741411
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学方法分析了STC1在胃癌中的表达及其与免疫浸润的关系 | 首次揭示了STC1表达与胃癌免疫浸润及T细胞耗竭的关联，并验证了其作为免疫治疗靶点的潜力 | 研究主要基于公开数据库的回顾性分析，缺乏实验验证 | 评估STC1作为胃癌免疫治疗靶点的潜力 | 胃癌组织样本和公共数据库中的RNAseq数据 | 生物信息学 | 胃癌 | RNAseq, ssGSEA, TIMER, scRNA-seq, GSEA | Cox回归分析 | RNA测序数据和微阵列数据 | 来自TCGA_STAD项目、TCGA-GTEx项目和GEO数据库(GSE66229)的样本 |
| 390 | 2025-08-03 |
Identification of CTSC-driven progression in ESCC by single-cell sequencing and experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1585139
PMID:40740774
|
research paper | 通过单细胞测序和实验验证识别CTSC驱动的食管鳞状细胞癌（ESCC）进展 | 整合多个单细胞数据集，构建基于凋亡相关基因的风险模型，并通过实验验证CTSC在ESCC进展中的作用 | 样本量较小（18个样本），且仅针对ESCC进行研究 | 探究ESCC肿瘤微环境（TME）的分子机制并构建预后相关基因的风险模型 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）的肿瘤微环境和恶性细胞亚型 | digital pathology | esophageal squamous cell carcinoma | single-cell sequencing, immunohistochemistry (IHC), in vitro and in vivo experiments | COX regression analysis | single-cell RNA-seq data, immunohistochemistry data | 92,714 cells from 18 samples |
| 391 | 2025-08-03 |
Identification of a stromal immunosuppressive barrier orchestrated by SPP1+/C1QC+ macrophages and CD8+ exhausted T cells driving gastric cancer immunotherapy resistance
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1618591
PMID:40740771
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据，揭示了胃癌中由Macro_SPP1/C1QC巨噬细胞和CD8_Tex_C1 T细胞驱动的基质免疫抑制屏障，及其在免疫治疗抵抗中的作用 | 首次识别了由特定巨噬细胞和T细胞亚群构成的免疫抑制屏障，并揭示了其通过MIF-CD74/CXCR4/CD44轴驱动免疫抑制的分子机制 | 研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证这些细胞亚群的功能及其在免疫治疗抵抗中的具体作用 | 探究胃癌免疫治疗抵抗的细胞和分子机制 | 胃癌组织中的免疫细胞及其相互作用网络 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk-RNA测序、免疫荧光 | 无监督聚类 | 转录组数据、空间数据 | NFHGC队列数据集（具体样本量未明确说明） |
| 392 | 2025-08-03 |
Integrated multi-omics and machine learning reveal an immunogenic cell death-related signature for prognostic stratification and therapeutic optimization in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1606874
PMID:40740776
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研究论文 | 通过整合多组学数据和机器学习，揭示了一种与免疫原性细胞死亡相关的特征，用于结直肠癌的预后分层和治疗优化 | 整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，鉴定了11个与预后相关的ICD基因，并构建了一个优化的11基因ICD相关特征（ICDRS） | 需要进一步的验证研究来指导个性化治疗策略 | 系统表征免疫原性细胞死亡（ICD）在结直肠癌（CRC）中的预后意义和治疗潜力 | 结直肠癌（CRC）患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，批量转录组数据分析 | StepCox [forward], RSF | 转录组数据 | 训练和验证数据集中的结直肠癌患者 |
| 393 | 2025-08-03 |
Integrative spatial and single-cell transcriptomics elucidate programmed cell death-driven tumor microenvironment dynamics in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1589563
PMID:40740783
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学，开发了一个程序性细胞死亡（PCD）评分预测模型，用于评估肝细胞癌（HCC）的预后并阐明肿瘤微环境的差异 | 开发了一个基于17个PCD相关基因的预测模型，揭示了PCD评分与肿瘤微环境及免疫细胞耗竭的关系，并鉴定了关键致癌基因UBE2E1 | 研究主要基于公共数据库数据，缺乏独立队列的外部验证 | 评估肝细胞癌的预后并阐明肿瘤微环境差异 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组测序（ST-seq） | PCD评分预测模型 | 转录组数据 | 363名TCGA数据库患者和221名GEO数据库患者 |
| 394 | 2025-08-03 |
Deciphering spatially confined immune evasion niches in osteosarcoma with 3-D spatial transcriptomics: a literature review
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1640645
PMID:40740859
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文献综述 | 本文综述了利用3-D空间转录组学技术解析骨肉瘤中空间受限的免疫逃逸生态位的研究进展 | 整合3-D空间转录组学技术揭示骨肉瘤中免疫逃逸生态位的空间分层结构及其与治疗抵抗的关系 | 主要基于临床前研究数据，尚未在临床队列中得到全面验证 | 阐明骨肉瘤免疫微环境的空间异质性以突破当前治疗瓶颈 | 骨肉瘤肿瘤生态系统及其免疫逃逸生态位 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 3-D空间转录组学（3-D ST） | NA | 空间转录组数据 | NA（文献综述不涉及具体样本量） |
| 395 | 2025-08-03 |
Natural killer cell as a potential predictive biomarker for early immune checkpoint inhibitor-associated cardiovascular adverse events: a retrospective cohort study
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1556373
PMID:40740863
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研究论文 | 本研究探讨了外周免疫细胞在早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件中的预测价值 | 首次发现基线NK细胞比例可作为早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的潜在预测标志物 | 回顾性研究设计可能存在选择偏倚，样本量相对有限 | 评估外周免疫细胞对早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的预测价值 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的患者 | 免疫治疗 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 倾向评分匹配(PSM) | ROC曲线分析 | 基因表达数据, 临床数据 | 203名患者 |
| 396 | 2025-08-03 |
Multi-Omics Analysis Combined with Machine Learning Identified FABP4 in Smooth Muscle Cells as a Pathogenic Factor in Atherosclerosis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S519114
PMID:40740974
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研究论文 | 通过多组学分析和机器学习，研究发现平滑肌细胞中的FABP4是动脉粥样硬化的致病因子 | 结合单细胞RNA测序和机器学习技术，识别出与动脉粥样硬化相关的Scissor+平滑肌细胞，并发现FABP4作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于体外实验和计算预测，需要进一步的体内实验验证 | 探索平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的作用，并寻找潜在治疗靶点 | 平滑肌细胞（SMCs） | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、qRT-PCR | LASSO回归、随机森林、支持向量机（SVM） | 基因表达数据 | 475个Scissor+ SMCs和1363个Scissor- SMCs |
| 397 | 2025-08-03 |
High fat diet-induced loss of pituitary plasticity in aging female mice with ablated leptin signaling in somatotropes
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1617109
PMID:40741169
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研究论文 | 本研究探讨了高脂饮食（HFD）对缺乏生长激素细胞中瘦素受体（LEPR）的老年雌性小鼠垂体转录组功能的影响 | 揭示了高脂饮食通过下调翻译调控通路和减少可能具有多潜能功能的细胞表达，损害垂体可塑性 | 研究仅针对老年雌性小鼠，未涉及其他年龄或性别群体 | 探究高脂饮食对缺乏生长激素细胞中瘦素受体的老年雌性小鼠垂体功能的影响 | 老年雌性小鼠（10个月大）及其垂体细胞 | 内分泌学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和生物信息学分析 | LEPR缺失的转基因小鼠模型 | 转录组数据 | 老年雌性突变小鼠和同窝对照小鼠 |
| 398 | 2025-08-03 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629785
PMID:39763720
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research paper | 提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据 | RASP是一种新型的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据 | 未明确提及具体限制，但可能包括对新数据类型的适应性和更广泛的组织类型的验证 | 开发一种计算高效的方法，用于空间转录组数据的降维和空间域识别 | 人类和小鼠组织的空间转录组数据 | digital pathology | NA | 空间转录组技术（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium） | 随机两阶段PCA框架 | 空间转录组数据 | 四个公开可用的空间转录组数据集 |
| 399 | 2025-08-03 |
Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD
2024-Dec, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.02071-2023
PMID:39147413
|
research paper | 该研究发现了COPD中肺气肿特异性肺泡II型细胞亚群，并揭示了其再生潜能受损的现象 | 首次识别出肺气肿特异性ATII细胞亚群（asATII细胞），并证明其与健康对照相比形成肺泡类器官的能力显著降低 | 研究主要基于单细胞RNA测序和类器官实验，尚未开展体内功能验证研究 | 探究COPD中肺组织再生障碍的细胞机制 | 人类和小鼠的肺泡II型细胞（ATII）及气道club细胞 | 呼吸病学 | COPD（慢性阻塞性肺疾病） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、谱系标记、肺泡类器官培养 | 小鼠COPD模型 | 基因表达数据、组织定位数据 | 未明确说明样本数量（涉及人类和小鼠样本） |
| 400 | 2025-08-03 |
Digital Spatial Profiling Identifies Distinct Molecular Signatures of Vascular Lesions in Pulmonary Arterial Hypertension
2024-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202307-1310OC
PMID:38568479
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研究论文 | 本研究利用数字空间转录组学技术，识别了肺动脉高压中血管病变的独特分子特征 | 首次在IPAH血管病变中发现了与TGF-β信号、细胞外基质和内皮-间质转化相关的差异表达基因 | 样本量较小（IPAH肺11例，对照肺动脉5例） | 探究特发性肺动脉高压(IPAH)血管病变的分子特征 | IPAH患者的肺血管病变（丛状病变、闭塞性病变等）与对照肺动脉 | 数字病理 | 肺动脉高压 | 数字空间转录组学 | NA | 转录组数据 | IPAH肺11例，对照肺动脉5例 |