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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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381 | 2025-10-06 |
Comparison of imaging based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed paraffin-embedded tumor samples
2025-Sep-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63414-1
PMID:41006245
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研究论文 | 使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本比较三种成像空间转录组学平台的性能 | 首次系统评估商业空间转录组学平台在肿瘤样本中的表现,并揭示探针设计等参数对数据质量的重要性 | 研究仅使用肺癌和胸膜间皮瘤样本,样本类型相对有限 | 评估不同空间转录组学平台在肿瘤生物学研究中的性能差异 | 肺腺癌和胸膜间皮瘤的福尔马林固定石蜡包埋手术切除样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学(CosMx、MERFISH、Xenium)、批量RNA测序、多重免疫荧光、GeoMx、HE染色 | NA | 空间转录组数据、图像数据 | 使用组织微阵列中的肺腺癌和胸膜间皮瘤样本 | CosMx, MERFISH, Xenium | 空间转录组学,单细胞分辨率成像 | CosMx, MERFISH, Xenium | 单模态和多模态Xenium平台 |
382 | 2025-10-06 |
Aging in mice alters regionally enriched striatal astrocytes
2025-Sep-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63429-8
PMID:41006292
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠纹状体中星形胶质细胞随年龄增长的分子变化和区域异质性 | 首次在单细胞分辨率下识别了纹状体中分子特征不同的星形胶质细胞亚型,并发现背侧纹状体星形胶质细胞表现出更大的年龄相关分子变化 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类样本;样本数量未明确说明 | 探究衰老对纹状体星形胶质细胞分子特征和区域分布的影响 | 年轻和老年小鼠的纹状体星形胶质细胞 | 神经科学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
383 | 2025-10-06 |
Intramuscular enteric glia persist in Hirschsprung disease and undergo neurogenesis in response to GDNF-NCAM1 signaling
2025-Sep-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17734-3
PMID:41006492
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研究论文 | 本研究探讨了先天性巨结肠症中肠胶质细胞的分子特征、起源及神经生成潜力 | 发现先天性巨结肠症病变区域存在CAMK2b+肠外神经胶质细胞,并揭示GDNF通过非经典NCAM1依赖通路促进神经生成 | 研究主要基于Ednrb基因敲除小鼠模型和人类组织样本,样本量有限 | 探究先天性巨结肠症中肠胶质细胞的分子特性和神经生成能力 | Ednrb-null小鼠和人类先天性巨结肠症组织的肠胶质细胞 | 分子生物学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、体外细胞培养 | NA | 基因表达数据、图像数据 | Ednrb-null小鼠模型和人类先天性巨结肠症组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
384 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-sequencing of BCG naïve and recurrent non-muscle invasive bladder cancer reveals a CD6/ALCAM-mediated immune-suppressive pathway
2025-Sep-26, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01093-3
PMID:41006678
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示CD6/ALCAM信号通路在BCG治疗后复发的非肌层浸润性膀胱癌中的免疫抑制作用 | 首次发现CD6/ALCAM介导的T细胞与尿路上皮细胞相互作用在BCG耐药中的关键作用 | 样本量有限,需要在更大队列中验证 | 探索BCG治疗耐药的非肌层浸润性膀胱癌的免疫机制 | 非肌层浸润性膀胱癌患者 | 单细胞测序分析 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、全外显子测序 | NA | 基因表达数据、临床数据 | 两个独立的BCG治疗NMIBC队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
385 | 2025-10-06 |
Mechanism of sepsis regulation by ELANE via macrophage polarization
2025-Sep-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-18848-4
PMID:41006720
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证揭示了ELANE基因通过促进巨噬细胞M1极化加剧脓毒症的机制 | 首次系统性地将ELANE鉴定为脓毒症核心免疫调控基因,并通过单细胞测序和体外实验证实其在巨噬细胞极化中的关键作用 | 样本量较小(20例患者),且主要基于体外实验,需要更大规模的临床验证 | 鉴定脓毒症核心免疫调控基因ELANE并探索其通过巨噬细胞极化调控脓毒症的机制 | 脓毒症患者和健康对照者的外周血样本,以及LPS刺激的巨噬细胞 | 免疫学 | 脓毒症 | RNA测序、生物信息学分析、单细胞测序、流式细胞术、ELISA | NA | RNA测序数据、单细胞测序数据、蛋白质相互作用数据 | 20例脓毒症患者和10例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
386 | 2025-10-06 |
BiAEImpute: a robust bidirectional autoencoder framework for High-fidelity dropout imputation in single-cell transcriptomics
2025-Sep-26, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11988-x
PMID:41013245
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研究论文 | 提出一种基于双向自编码器的单细胞转录组数据缺失值插补方法BiAEImpute | 采用行向和列向自编码器协同学习细胞和基因特征,增强插补过程的鲁棒性和准确性 | NA | 开发有效的单细胞RNA测序数据缺失值插补方法 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 双向自编码器(Bidirectional Autoencoder) | 基因表达数据 | 四个真实scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
387 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing of endometrium uncovers dynamic characteristics and dysregulation of perivascular CD9+SUSD2+ cells in thin endometrium
2025-Sep-26, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04658-y
PMID:41013639
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示薄型子宫内膜中血管周围CD9+SUSD2+细胞的动态特征和功能失调 | 首次在单细胞水平鉴定薄型子宫内膜中血管周围CD9+SUSD2+细胞作为祖干细胞,并揭示其功能异常机制 | 样本量较小(正常组n=3,薄型子宫内膜组n=3) | 探究薄型子宫内膜中CD9+SUSD2+细胞的分子特征和功能机制 | 人类子宫内膜组织,特别是血管周围CD9+SUSD2+细胞 | 单细胞生物学 | 薄型子宫内膜 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),流式细胞术,Western blotting,多重免疫荧光分析 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,组织学图像 | 6例子宫内膜样本(3例正常,3例薄型子宫内膜),共59,770个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
388 | 2025-10-06 |
Adenine base editing rescues disrupted BCKDH function and reduces BCAAs toxic accumulation in maple syrup urine disease patient iPSC-hepatic organoids
2025-Sep-26, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04630-w
PMID:41013826
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研究论文 | 本研究利用腺嘌呤碱基编辑器ABE8e成功修复MSUD患者iPSC来源肝类器官中的BCKDHB基因突变,恢复BCKDH酶功能并降低支链氨基酸毒性积累 | 首次在MSUD患者特异性iPSC肝类器官中应用ABE8e碱基编辑技术精准纠正致病突变,并系统评估其功能恢复效果和安全性 | 研究仅限于体外类器官模型,尚未进行体内动物实验验证 | 开发基于碱基编辑技术的MSUD基因治疗方法 | MSUD患者诱导多能干细胞来源的肝类器官 | 基因编辑与干细胞研究 | 枫糖尿症(MSUD) | 腺嘌呤碱基编辑(ABE8e)、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、全基因组测序(WGS)、qRT-PCR、Western blot | iPSC-derived hepatic organoids | 基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据 | MSUD患者iPSC来源肝类器官及对照样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
389 | 2025-10-06 |
Metabolic heterogeneity and survival outcomes in papillary renal cell carcinoma: insights from multi-datasets and machine learning analyses
2025-Sep-26, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-025-00571-9
PMID:41013841
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研究论文 | 本研究通过多数据集和机器学习分析揭示了乳头状肾细胞癌的代谢异质性并建立了预后预测模型 | 整合90种机器学习算法构建代谢相关特征,并在单细胞水平验证关键基因 | 研究基于回顾性数据集,需要进一步前瞻性验证 | 研究肾乳头状细胞癌中代谢相关分子的特征并识别潜在预后生物标志物 | 肾乳头状细胞癌(KIRP)患者 | 机器学习 | 肾癌 | 加权基因共表达网络分析、差异表达分析、单细胞RNA测序、定量PCR、免疫组化染色 | 随机生存森林(RSF)、Cox回归 | 基因表达数据 | TCGA-KIRP和GSE2748队列数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
390 | 2025-10-06 |
Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness
2025-Sep-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adl1988
PMID:40997217
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研究论文 | 本研究通过表观基因组分析鉴定出响应机械微环境的基因组增强子——机械增强子,并证明其编辑可调控细胞对基质硬度的响应 | 首次系统识别出能响应细胞外基质硬度的机械增强子,并证明通过表观遗传编辑可重编程细胞对机械微环境的响应 | 机械增强子调控转录的具体分子机制尚未完全阐明 | 探索机械微环境如何通过表观遗传机制调控基因表达和细胞功能 | 肺成纤维细胞(来自健康供体和纤维化患者) | 表观遗传学 | 肺纤维化 | 全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA-seq CRISPR筛选 | NA | 基因组表观遗传数据、单细胞转录组数据 | 健康供体和纤维化患者的肺成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
391 | 2025-10-06 |
Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type-specific responses in primary human pancreatic islets
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116211
PMID:40892543
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了柯萨奇病毒B3在人类胰岛中引发细胞类型特异性反应 | 挑战了长期以来关于胰岛细胞特异性病毒靶向的假设,发现导管细胞而非β细胞表现出最强的干扰素和HLA相关反应,并首次揭示长链非编码RNA MIR7-3HG在病毒感染中的调控作用 | 研究使用人类尸体胰岛样本,可能无法完全反映活体生理状态 | 阐明柯萨奇病毒B感染对人类胰岛不同细胞类型的影响及其与1型糖尿病的关系 | 人类尸体胰岛中的β细胞、α细胞和导管细胞等主要胰岛细胞类型 | 单细胞生物学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序、干细胞衍生胰岛模型 | NA | RNA测序数据、功能实验数据 | 人类尸体胰岛样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
392 | 2025-10-06 |
Nodal Spread Prediction in Human Oral Tongue Squamous Cell Carcinoma Using a Cancer-Testis Antigen Genes Signature
2025-Sep-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26189258
PMID:41009820
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研究论文 | 本研究开发了一种基于癌-睾丸抗原基因特征的诊断工具,用于预测口腔舌鳞状细胞癌的淋巴结转移 | 首次整合多组学数据识别与口腔舌癌淋巴结转移相关的癌-睾丸抗原基因特征,并验证其预测价值 | 样本量较小(16例患者),需要更大规模研究验证 | 开发能够准确预测口腔舌鳞状细胞癌淋巴结转移的基因诊断工具 | 口腔舌鳞状细胞癌患者 | 数字病理 | 口腔癌 | 微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、NanoString nCounter RNA分析 | 决策树、t-SNE、CNN | 基因表达数据 | 16例接受舌切除术和选择性颈清扫术的患者 | NanoString | 基因表达分析 | nCounter | NanoString nCounter RNA分析系统 |
393 | 2025-10-06 |
Investigating the Development of Colorectal Cancer Based on Spatial Transcriptomics
2025-Sep-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26189256
PMID:41009818
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探索结直肠癌发展的时空动态特征 | 首次结合小鼠模型和人类TCGA数据,通过空间转录组学解析结直肠癌发展的时空异质性,发现新的潜在生物标志物和治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证相对有限 | 探究结直肠癌发展的时空动态特征和分子机制 | 小鼠肠道肿瘤组织和人类结直肠癌患者数据 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学(ST)、TCGA数据库分析 | 整合降维分析、伪时间轨迹分析 | 空间转录组数据、基因表达数据 | 小鼠多时间点肿瘤样本和TCGA人类结直肠癌队列 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
394 | 2025-10-06 |
Multi-omics integrated analysis identifies key biomarkers for hepatocellular carcinoma
2025-Sep-19, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000044642
PMID:40988212
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研究论文 | 通过多组学整合分析鉴定肝细胞癌的关键生物标志物CNIH4 | 首次将空间转录组学、肿瘤内感染数据和免疫微环境分析与传统转录组分析相结合,发现CNIH4在肝细胞癌中的异质性及其与免疫微环境的关联 | 需要进一步通过临床样本验证以加强结论的可靠性 | 探索肝细胞癌的关键病因因素和新的治疗方法 | 肝细胞癌生物标志物CNIH4及其相关机制 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组全关联研究、孟德尔随机化分析、加权相关网络分析、机器学习、空间转录组学、分子对接、虚拟筛选、表型全关联研究 | 机器学习 | 多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
395 | 2025-10-06 |
Size-Modulated Mesoderm-Endoderm Divergence and Myocardial Cavitation in Micropatterned Cardioids
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.17.676874
PMID:41000917
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研究论文 | 本研究通过微图案心脏类器官模型探索中胚层与内胚层协同发育机制 | 整合微图案心脏类器官、CRISPR工程化hiPSCs、深层组织成像和单细胞RNA测序技术研究中胚层-内胚层协同发育 | NA | 探索中胚层与内胚层在心脏发育过程中的协同发育机制 | 人类诱导多能干细胞衍生的心脏类器官 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 微图案技术、CRISPR基因编辑、深层组织成像、单细胞RNA测序 | 心脏类器官模型 | 单细胞转录组数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
396 | 2025-10-06 |
Alveolar Epithelial Cell Dysfunction in Acute Respiratory Distress Syndrome: Mechanistic Insights and Targeted Interventions
2025-Sep-19, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13092299
PMID:41007859
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综述 | 本综述系统总结了急性呼吸窘迫综合征中肺泡上皮细胞功能障碍的分子机制及靶向干预策略 | 整合单细胞测序与空间转录组学揭示细胞异质性,提出基于生物标志物的精准医疗策略和新型基因编辑治疗方法 | 存在纳米毒性、间充质干细胞异质性和基因编辑安全性等转化障碍 | 阐明ARDS中肺泡上皮细胞功能障碍机制并探索靶向治疗策略 | 肺泡上皮细胞及其与免疫细胞、内皮细胞的相互作用 | 病理生理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞测序、空间转录组学、CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
397 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Reveals the Regulatory Role of STAT3 in Diquat-Induced Oxidative Stress in Piglet Hepatocytes
2025-Sep-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26189161
PMID:41009731
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了STAT3在敌草快诱导的仔猪肝细胞氧化应激中的关键调控作用 | 首次在仔猪模型中应用单细胞转录组测序技术解析敌草快诱导的肝脏氧化应激的细胞类型特异性响应机制 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验,尚未进行临床验证 | 阐明敌草快诱导的氧化应激导致仔猪肝损伤的细胞和分子机制 | 断奶仔猪肝脏组织和小鼠肝细胞 | 单细胞转录组学 | 肝脏损伤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因敲低/过表达、活性氧检测、细胞凋亡检测 | NA | 单细胞转录组数据、生化指标数据、组织病理学数据 | 敌草快处理组和盐水对照组仔猪,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
398 | 2025-10-06 |
Machine Learning Identifies Shared Regulatory Mechanisms of Genes Associated with Ferroptosis in Major Depressive Disorder and Inflammatory Bowel Disease
2025-Sep-19, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16091111
PMID:41010056
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法识别了铁死亡相关基因在重度抑郁症和炎症性肠病中的共同调控机制 | 首次系统研究铁死亡相关基因在肠脑轴双向调控中的作用,并识别出RPL8作为关键共同生物标志物 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探究铁死亡相关基因在重度抑郁症和炎症性肠病中的分子作用机制及潜在治疗策略 | 铁死亡相关基因在肠脑轴疾病中的表达和调控 | 生物信息学 | 精神疾病和消化系统疾病 | 机器学习算法、单细胞测序、分子对接、分子动力学模拟 | 四种不同的机器学习算法 | 基因表达数据 | 正常和疾病样本的比较分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
399 | 2025-10-06 |
Monitoring the Biological Impact and Therapeutic Potential of Intermittent Fasting in Oncology: Assessing Strategies and Clinical Translational Challenges
2025-Sep-18, Diagnostics (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/diagnostics15182369
PMID:41008741
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综述 | 本文评估间歇性禁食在肿瘤学中的生物学影响监测策略及临床转化挑战 | 提出整合机制性监测与临床反应监测的双层框架,强调将现代诊断技术(如单细胞RNA测序、ctDNA检测)与临床实践相结合 | 当前先进监测工具因成本与复杂性主要限于临床前研究,需要大规模随机试验验证标准化方案 | 评估间歇性禁食在肿瘤治疗中的生物学效应监测方法及临床转化路径 | 肿瘤患者及间歇性禁食干预的生物学机制 | 肿瘤学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学、循环肿瘤DNA检测、免疫表型分析 | NA | 文献数据、生物标志物数据、影像学数据 | NA(文献综述未涉及具体样本量) | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,代谢组学 | NA | NA |
400 | 2025-10-06 |
Diversity, Functional Complexity, and Translational Potential of Glial Cells in the Central Nervous System
2025-Sep-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26189080
PMID:41009644
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综述 | 系统综述中枢神经系统中胶质细胞的功能多样性、分子机制及转化医学潜力 | 重新定义胶质细胞在神经系统中的动态调节作用,整合高分辨率成像和单细胞转录组学等前沿技术 | NA | 弥合基础神经科学与临床应用之间的鸿沟,为下一代中枢神经系统疗法提供框架 | 中枢神经系统中的各类胶质细胞(星形胶质细胞、NG2胶质细胞、小胶质细胞) | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 高分辨率活体成像、单细胞转录组学、基因编辑平台 | NA | 分子机制数据、成像数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |