单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-09-12	Immunological microenvironment differences between left and right colon cancer: dynamic interactions of CASC15+KLK6+ epithelial subpopulation with T cells and mast cells 2025-Sep-10, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003453 PMID:40932351	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光验证，揭示右半结肠癌与左半结肠癌在免疫微环境中的差异，特别是CASC15⁺KLK6⁺上皮亚群与T细胞和肥大细胞的动态相互作用	首次在单细胞水平鉴定出RCC特异性富集的CASC15⁺KLK6⁺上皮恶性亚群，并发现其与T细胞耗竭、肥大细胞重编程共同构成免疫抑制微环境	样本量较小（单细胞测序仅6例肿瘤），需更大队列验证	探究左右半结肠癌免疫微环境差异及其机制	结肠癌患者肿瘤组织（3例LCC和3例RCC用于单细胞测序，70例用于验证）	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序，免疫荧光，inferCNV，Monocle2，GSVA，CellChat	NA	单细胞转录组数据，组织影像数据	6例肿瘤样本（单细胞测序），70例患者样本（验证研究）
382	2025-09-12	Single-cell transcriptome analysis reveals regulatory programs associated with tumor resistance during immunotherapy in colorectal cancer 2025-Sep-10, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003459 PMID:40932376	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示结直肠癌免疫治疗耐药相关的T细胞调控程序	首次在单细胞水平系统解析T细胞亚群在免疫治疗耐药中的作用机制，并发现KLRB1作为新型生物标志物	样本来源限于转移性dMMR结直肠癌患者，耐药机制验证仍需进一步功能实验	探究结直肠癌免疫治疗耐药的细胞分子机制	转移性DNA错配修复缺陷结直肠癌患者	单细胞测序分析	结直肠癌	单细胞RNA测序，基因集富集分析，细胞通讯分析，免疫组化	NA	单细胞转录组数据，临床样本	190例结直肠癌患者组织样本及癌旁正常组织
383	2025-09-12	CRISPR-based genetic tools for the study of host-microbe interactions 2025-Sep-09, Infection and immunity IF:2.9Q2 DOI:10.1128/iai.00510-24 PMID:40757822	综述	本文综述了基于CRISPR的遗传工具在研究宿主-微生物相互作用中的应用及其进展	高效、准确、高通量地探索微生物组，结合单细胞RNA测序等新兴技术揭示宿主与微生物复杂互作	当前工具存在一定局限性，未来需要开发更先进的遗传工具包	研究宿主-微生物相互作用的遗传基础及其在健康与疾病中的作用	宿主细胞、微生物细胞及动物模型	NA	NA	CRISPR筛选、靶向基因组编辑、记录系统、单细胞RNA测序	NA	遗传数据	NA
384	2025-09-12	Analyzing the toxicological effects of PET-MPs on male infertility: Insights from network toxicology, mendelian randomization, and transcriptomics 2025-Sep-09, Reproductive biology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.repbio.2025.101076 PMID:40929757	研究论文	本研究探讨PET微塑料通过靶向CLK4基因影响Th1细胞浸润和精子发生过程导致男性不育的分子机制	首次整合网络毒理学、孟德尔随机化和转录组学方法，发现CLK4作为PET-MPs诱导男性不育的关键靶点，并揭示其双相表达模式	研究主要基于生物信息学分析和体外模拟，缺乏体内实验验证	探究PET微塑料导致男性不育的潜在分子机制	男性不育相关基因和细胞类型	毒理学与生殖医学	男性不育	网络毒理学、孟德尔随机化(SMR)、RNA-seq、scRNA-seq、分子对接、分子动力学模拟	生物信息学分析模型	基因组数据、转录组数据、表达数量性状位点数据	基于公共数据库的GWAS汇总数据和eQTL数据
385	2025-09-12	Targeting annexin A2 enhances anti-PD-1 immunotherapy in pancreatic ductal adenocarcinoma by remodeling the tumor immune microenvironment 2025-Sep-09, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115504 PMID:40929955	研究论文	本研究探讨Annexin A2（ANXA2）在胰腺导管腺癌（PDAC）进展中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	首次通过单细胞RNA测序发现ANXA2高表达与PDAC患者预后不良相关，并证明ANXA2抑制可增强抗PD-1免疫疗法效果	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果仍需进一步验证	探索ANXA2作为PDAC免疫治疗新靶点的可行性	胰腺导管腺癌细胞及肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blotting、共培养系统	小鼠PDAC模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	PDAC组织样本（具体数量未明确说明）
386	2025-09-12	Combinatorial BMP4 and activin direct the choice between alternate routes to endoderm in a stem cell model of human gastrulation 2025-Sep-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.009 PMID:40930099	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、活细胞成像和数学模型探索activin和BMP4信号如何协同和拮抗调控人类原肠胚形成阶段的细胞命运决定	发现内胚层通过两条路径产生——直接从多能性状态分化及经由中胚层祖细胞状态的间接路径，并揭示BMP4在诱导中胚层基因同时促进多能性退出的双重作用	NA	解析组合信号（activin和BMP4）如何指导人类原肠胚形成过程中的细胞命运特化	人类干细胞模型中的内胚层和中胚层祖细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学、活细胞成像、数学建模	NA	转录组数据、成像数据	NA
387	2025-09-12	Single-cell MultiOmics and spatial transcriptomics demonstrate neuroblastoma developmental plasticity 2025-Sep-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.013 PMID:40347947	研究论文	本研究利用单细胞多组学和空间转录组学技术解析神经母细胞瘤发育可塑性的转录和表观遗传调控机制	识别了高危神经母细胞瘤中的发育中间状态，揭示了具有多向状态转换潜能的广泛表观遗传预编程现象	NA	探究神经母细胞瘤发育可塑性的调控机制	小鼠自发肿瘤模型和人类患者样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞多组学, 空间转录组学	NA	单细胞测序数据, 空间转录组数据	NA
388	2025-09-12	Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer 2025-Sep-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.020 PMID:40680743	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示胰腺癌神经侵袭中涉及的独特细胞亚型及其微环境特征	首次系统描绘了不同神经侵袭状态下的细胞组成、谱系动态和空间组织结构，并鉴定出新型NRP2成纤维细胞群体和三种施万细胞亚型	样本量相对有限（25例患者62个样本），且主要聚焦于胰腺导管腺癌	探究胰腺癌神经侵袭的细胞微环境机制和关键细胞亚型的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者组织样本和其中的神经-肿瘤微环境	单细胞组学与空间转录组学	胰腺癌	sc/snRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	25例患者的62个组织样本
389	2025-09-12	Gene context drift identifies drug targets to mitigate cancer treatment resistance 2025-Sep-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.005 PMID:40578362	研究论文	提出一种名为RECODR的计算流程，通过分析单细胞RNA测序数据中的基因共表达网络变化来识别癌症治疗耐药机制并发现药物靶点	首次将基因共表达背景（而非单纯表达水平）与图嵌入方法结合，揭示传统计算方法无法检测的耐药机制	NA	识别癌症治疗耐药机制并开发有效联合治疗方案	癌症细胞（脉络丛癌、髓母细胞瘤、三阴性乳腺癌）	计算生物学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、图嵌入	图网络	基因表达数据	临床前和临床试验中的肿瘤样本（具体数量未明确说明）
390	2025-09-12	Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals Diet-Dependent Dynamics of Glucosinolate Sulfatases Expression and Cellular Origin in the Midgut of Plutella xylostella 2025-Sep-08, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104399 PMID:40930467	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示小菜蛾中肠细胞中葡萄糖硫苷硫酸酯酶的表达动态及其细胞起源受饮食调控	首次构建小菜蛾中肠单细胞图谱，揭示特定细胞类型表达GSS基因及饮食条件对细胞分化轨迹的影响	研究仅针对两种宿主植物（萝卜和豌豆），可能无法代表所有潜在宿主情况	探究小菜蛾中肠细胞类型特异性表达葡萄糖硫苷硫酸酯酶及其分化机制	小菜蛾（Plutella xylostella）幼虫中肠细胞	单细胞组学	NA	scRNA-seq, qRT-PCR, Western blot, Immunohistochemistry	伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据	28,451个中肠细胞
391	2025-09-12	S100A4 facilitates radiation-induced tumor repopulation by driving polyploid giant cancer cells budding 2025-Sep-04, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.218017 PMID:40914345	研究论文	本研究揭示了S100A4通过驱动多倍体巨癌细胞出芽促进放疗后肿瘤再生的分子机制	首次发现S100A4-IRF3-ISG15/BST2信号轴调控PGCCs出芽过程，并提出靶向RAGE受体可抑制该过程	研究主要基于结直肠癌模型，在其他癌种中的普适性需进一步验证	探究放疗后多倍体巨癌细胞（PGCCs）出芽的分子调控机制	结直肠癌细胞及PGCCs	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞转录组学、功能基因组学、纵向模型	NA	基因组数据、转录组数据	NA
392	2025-09-12	Single-cell transcriptomic and genomic changes in the ageing human brain 2025-Sep-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09435-8 PMID:40903571	研究论文	本研究使用单细胞测序技术揭示人类前额叶皮层从婴儿期到百岁老人期的基因表达和基因组变化	首次结合单核RNA测序、单细胞全基因组测序和空间转录组学技术，系统揭示人类大脑衰老过程中的转录组和基因组动态变化	研究主要聚焦前额叶皮层，其他脑区变化尚未涉及；样本年龄跨度大但具体样本数量未明确说明	探究人类大脑发育和衰老过程中的关键分子机制	人类前额叶皮层细胞	基因组学	老年疾病	snRNA-seq, scWGS, 空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	从婴儿到百岁老人的年龄跨度样本（具体数量未说明）
393	2025-09-12	Spatial and functional characterization of IL1RL1+ mast cells reveals immune regulatory roles in renal cancer 2025-Sep-03, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102049 PMID:40912479	研究论文	本研究通过空间和功能分析揭示IL1RL1+肥大细胞在肾透明细胞癌中的免疫调节作用	首次在ccRCC中系统表征IL1RL1+肥大细胞的空间分布和免疫调节功能，并证实其通过MHC-I通路增强CD8+ T细胞活化	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内功能验证和临床干预研究	探究IL1RL1在肾透明细胞癌肿瘤微环境中的表达模式和免疫调节功能	肾透明细胞癌患者组织样本和细胞系	肿瘤免疫学	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫组化, 基因敲除实验	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像	TCGA和GEO数据库样本，具体数量未明确说明
394	2025-09-12	Sensitive dissection of a genomic regulatory landscape using bulk and targeted single-cell activation 2025-Sep-03, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100984 PMID:40930101	研究论文	开发TESLA-seq方法结合CRISPR激活筛选与靶向单细胞RNA测序，用于高灵敏度解析基因组调控景观	提出TESLA-seq技术，能够并行读取数百个增强子对基因座内所有基因的影响，揭示传统方法难以发现的调控关系	NA	识别和功能扰动内源性增强子，解析PHOX2B基因座周围的调控网络	神经元细胞命运主调控因子PHOX2B及其相关增强子	基因组学	神经母细胞瘤	CRISPR激活筛选(CRISPRa)，靶向单细胞RNA测序(TESLA-seq)	NA	基因组数据，单细胞转录组数据	NA
395	2025-09-12	Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance 2025-Sep-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2427116122 PMID:40854129	研究论文	通过整合单细胞多组学和空间转录组学技术，构建小鼠前列腺细胞图谱，揭示去势抵抗的细胞机制	首次系统描绘小鼠前列腺叶特异性细胞类型及其对去势反应的转录和表观遗传基础，并发现与人类前列腺癌亚型对应的细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	解析前列腺癌去势治疗抵抗的细胞机制和空间组织基础	小鼠前列腺细胞及人类前列腺癌样本	单细胞生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学, meta分析	NA	单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据	小鼠前列腺多叶样本及人类前列腺癌meta分析数据
396	2025-09-12	Single-cell RNA Sequencing In Pediatric Sepsis: γδ T Cell Exhibits A Differentiation To γδT17 Subtype Along With Significantly Enhanced Cell Communication With Neutrophils 2025-Sep-02, Journal of innate immunity IF:4.7Q2 DOI:10.1159/000547934 PMID:40931501	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析儿科脓毒症中γδ T细胞的免疫特征，揭示其向γδT17亚型分化及与中性粒细胞增强的细胞通讯	首次在儿科脓毒症中发现γδ T细胞向促炎性γδT17亚型分化，并鉴定中性粒细胞来源的抵抗素通过CAP1受体结合驱动该过程	研究局限于外周血单核细胞分析，未涉及组织局部免疫微环境	阐明儿科脓毒症中γδ T细胞的免疫特性及其分化机制	儿科脓毒症患者的外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞组学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	伪时序分析（Pseudotime analysis）	单细胞转录组数据	儿科脓毒症患者PBMCs样本（具体数量未明确说明）
397	2025-09-12	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Sep, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文回顾了显微分辨率空间转录组学（μST）的技术进展、当前挑战及未来发展方向	系统总结了μST在细胞和亚细胞尺度转录组映射方面的突破性进展，并首次全面梳理了该领域面临的数据稀疏性、平台碎片化等核心问题	作为综述文章，未提供原始实验数据验证所述技术方案的有效性	探讨显微分辨率空间转录组学的技术机遇与挑战，推动多组学整合和AI驱动的空间分析发展	空间转录组学技术及其在组织基因表达分析中的应用	空间组学	NA	测序和成像为基础的空间转录组学技术	NA	空间转录组数据	NA
398	2025-09-12	An Organ-on-Chip Platform for Strain-Controlled, Tissue-Specific Compression of Cartilage and Mineralized Osteochondral Interface to Study Mechanical Overloading in Osteoarthritis 2025-Sep, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202501588 PMID:40556597	研究论文	开发一种芯片上的骨软骨单元平台，用于研究机械超负荷在骨关节炎中的作用	首次在芯片上实现应变控制、组织特异性压缩的骨软骨界面模型，能够模拟体内应变梯度	模型仍需进一步验证其与完整人体关节的生物学相关性	研究异常力学与骨关节炎起始/进展之间的分子联系	人源复合透明软骨-矿化软骨下微组织	组织工程与生物力学	骨关节炎	单细胞RNA测序，芯片器官技术	芯片器官模型	基因表达数据，力学响应数据	NA
399	2025-09-12	Senescent Microglia Mediate Neuroinflammation-Induced Cognitive Dysfunction by Selective Elimination of Excitatory Synapses in the Hippocampal CA1 2025-Sep, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70167 PMID:40624910	研究论文	本研究揭示了衰老小胶质细胞通过选择性清除海马CA1区兴奋性突触介导神经炎症诱导的认知功能障碍的机制	首次发现衰老小胶质细胞通过过度吞噬兴奋性突触导致认知功能障碍，并证明使用senolytic药物ABT-737可逆转这一过程	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类中进行验证；长期治疗效果和安全性需要进一步评估	探究衰老小胶质细胞在神经炎症诱导认知功能障碍中的作用机制	C57BL/6J小鼠的海马CA1区小胶质细胞和锥体神经元	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、高尔基染色、全细胞膜片钳记录、Western blotting、免疫荧光	小鼠神经炎症模型（LPS诱导）	基因表达数据、电生理数据、行为学数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体数量，使用C57BL/6J小鼠进行实验
400	2025-09-12	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	综述	本文概述了空间转录组学在HIV组织研究中的应用，包括平台选择、工作流程和生物信息学分析	提出了空间转录组学在HIV组织持久性机制研究中的创新应用，能够以前所未有的分辨率分析感染细胞及其微环境	目标捕获中目标数量增加常会降低灵敏度，且需要确保分析严谨性并验证发现	探讨HIV在组织中的持久性机制并为治疗策略提供信息	HIV感染细胞、周围微环境及免疫效应细胞	空间转录组学	HIV/AIDS	空间转录组分析、ATAC-seq、蛋白捕获、T细胞受体测序	NA	空间转录组数据	NA