单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28914 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2025-06-15 |
Chaperonin containing TCP1 subunit 5 as a novel pan-cancer prognostic biomarker for tumor stemness and immunotherapy response: insights from multi-omics data, integrated machine learning, and experimental validation
2025-May-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04071-7
PMID:40423850
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研究论文 | 本研究通过多组学数据和机器学习方法，揭示了CCT5在泛癌中的预后价值和免疫治疗响应预测作用 | 首次全面评估CCT5在33种癌症类型中的表达模式，并开发了基于CCT5的免疫治疗响应预测模型CCT5.Sig | 研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证 | 探究CCT5在泛癌进展中的作用及其作为免疫治疗响应预测标志物的潜力 | 33种癌症类型的肿瘤组织 | 生物信息学 | 泛癌 | 多组学分析（包括bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学） | 机器学习模型 | 多组学数据 | 23个免疫检查点阻断队列（n=1394），涵盖8种癌症类型 |
| 382 | 2025-06-15 |
Analyses of single-cell RNA sequencing uncover the role of intratumoral Helicobacter pylori in shaping tumor progression and immunity in gastric cancer
2025-May-24, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04048-6
PMID:40411560
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤内幽门螺杆菌在胃癌中塑造肿瘤进展和免疫的作用 | 使用SAHMI流程系统地恢复和去噪人类临床组织中的微生物信号，并在单细胞转录组水平上检查肿瘤-微生物相互作用 | 研究仅针对胃癌，未涉及其他类型的肿瘤 | 探究肿瘤内微生物群与胃癌发生和发展的关系 | 胃癌组织中的幽门螺杆菌及其与宿主细胞的相互作用 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、荧光原位杂交、免疫组织化学 | NA | RNA测序数据、图像数据 | 大型胃癌队列 |
| 383 | 2025-06-15 |
Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T-Cell Treatment Efficacy
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653878
PMID:40463198
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了I型干扰素（IFN-I）信号在CD19导向的CAR T细胞治疗中的关键作用，并提出了一种通过低强度IFN-I信号增强CAR T细胞疗效的新策略 | 首次发现低强度IFN-I信号可以增强CAR T细胞的细胞毒性和体内疗效，而高强度IFN-I信号则会产生负面影响，这一发现为改进CAR T细胞治疗提供了新思路 | 研究样本量较小（仅8名患者），需要在更大规模的临床试验中验证 | 探索提高CD19导向CAR T细胞治疗复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤（r/r DLBCL）疗效的方法 | 复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者和CAR T细胞 | 免疫治疗 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 8名r/r DLBCL患者 |
| 384 | 2025-06-15 |
ARHGDIB as a prognostic biomarker and modulator of the immunosuppressive microenvironment in glioma
2025-May-15, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04063-7
PMID:40372473
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研究论文 | 本研究探讨了ARHGDIB作为胶质瘤预后生物标志物及其在免疫抑制微环境中的调节作用 | 首次揭示了ARHGDIB在胶质瘤免疫抑制微环境中的关键作用，并证实其作为肿瘤相关巨噬细胞的新型标志物 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证 | 探究ARHGDIB在胶质瘤免疫微环境中的调控机制及其预后价值 | 胶质瘤患者样本和细胞系 | 肿瘤免疫学 | 胶质瘤 | qPCR, IHC, 单细胞测序, 免疫荧光 | LASSO-Cox回归 | mRNA表达数据, 蛋白质表达数据 | 公共数据库数据+自建队列样本 |
| 385 | 2025-06-15 |
Din Oversees Mesenchymal Stem Cell Homeostasis in Mouse Incisors
2025-May-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6568233/v1
PMID:40470223
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research paper | 该研究揭示了预测基因Din在小鼠门牙间充质干细胞（MSCs）稳态中的关键作用 | 通过新开发的敲除小鼠模型，首次发现Din基因对MSCs稳态的调控作用及其在干细胞特性、运动性、衰老和分化潜能中的多重影响 | 研究仅限于小鼠门牙模型，尚未验证在其他组织或人类中的普适性 | 探究维持小鼠门牙间充质干细胞稳态的分子机制 | 小鼠门牙中的间充质干细胞（MSCs） | 干细胞生物学 | NA | 基因敲除模型、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学、蛋白质组学、GLISA检测 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据 | 未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型进行研究 |
| 386 | 2025-06-15 |
Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes
2025-May-05, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447
PMID:40329537
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研究论文 | 该研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息差异基因表达（DGE）分析能力 | 首次整合ST和snRNA-seq数据进行空间信息的细胞类型特异性（CTS）DGE分析，显著提高了AD相关表型的基因检测能力 | ST数据样本量较小可能影响分析效力 | 增强AD相关表型的空间信息差异基因表达分析能力 | 阿尔茨海默病（AD）相关表型（β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退） | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq） | 线性混合模型 | 基因表达数据 | 436个死后大脑的背外侧前额叶皮层（DLPFC）组织中的约150万个细胞 |
| 387 | 2025-06-15 |
scATD: a high-throughput and interpretable framework for single-cell cancer drug resistance prediction and biomarker identification
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf268
PMID:40501071
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research paper | 提出了一种名为scATD的高通量、可解释的单细胞癌症耐药性预测和生物标志物识别框架 | scATD框架利用大型语言模型进行高通量药物敏感性预测，无需针对不同患者单细胞数据集进行模型微调，提高了预测速度和临床适用性 | 未明确提及具体局限性 | 开发一个能够快速预测单细胞水平癌症药物敏感性的高通量框架 | 单细胞RNA测序数据 | digital pathology | cancer | single-cell RNA sequencing | scATD-sf, scATD-gf, scATD-sf-dist (基于scFoundation和Geneformer大型语言模型) | 单细胞基因表达数据 | 未明确提及具体样本量 |
| 388 | 2025-06-15 |
Showcasing the Comprehensive Understanding of Cellular Profiling and Human Neurophysiology
2025-May, Journal of pharmacy & bioallied sciences
DOI:10.4103/jpbs.jpbs_46_25
PMID:40511047
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research paper | 本文系统性地探讨了细胞分析与人神经生理学的交叉领域，旨在揭示它们在理解神经过程、细胞反应及疾病中的相互作用 | 采用单细胞RNA测序和电生理学方法，探索人类样本中的细胞异质性和神经生理学表型，为设计高特异性治疗方案提供基础 | NA | 理解细胞分析与人神经生理学在神经过程和疾病中的相互作用 | 人类样本中的细胞异质性和神经生理学表型 | 分子生物学与神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 电生理学方法 | NA | 分子数据, 电生理数据 | NA |
| 389 | 2025-06-15 |
A tumor necrosis factor-α-responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7
2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568
PMID:40316021
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研究论文 | 本文揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的复杂调控机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞类型特异性起源和炎症信号调控机制 | 研究主要聚焦于肺腺癌，对其他癌症类型的适用性尚不明确 | 探究ERVK-7在肺腺癌中的表达调控机制及其临床意义 | 人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达 | 分子生物学 | 肺腺癌 | 单细胞转录组测序、表观遗传学图谱分析 | NA | RNA-seq数据、表观遗传数据 | NA |
| 390 | 2025-06-15 |
Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease
2025-Jan-29, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298
PMID:39879321
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research paper | 该研究探讨了在急性移植物抗宿主病（aGVHD）中，组织特异性微环境如何驱动T细胞在不同器官中的分化演变 | 揭示了肺和肝脏中T细胞在aGVHD期间的转录组差异及其与克隆扩增的关系，表明这种分化与抗原特异性无关 | 研究基于非人灵长类动物模型，结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究组织特异性微环境在aGVHD中对T细胞编程的影响 | 非人灵长类动物模型中的T细胞 | 免疫学 | 急性移植物抗宿主病 | 多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序和TCR测序 | NA | 转录组数据、单细胞数据 | NA |
| 391 | 2025-06-15 |
Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1556739
PMID:40160460
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research paper | 研究探讨了桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的改善作用，并通过单细胞测序技术分析了近端小管细胞、巨噬细胞和T细胞之间的相互作用 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化治疗中的作用，揭示了其通过调节免疫和纤维化途径减轻肾纤维化的潜在机制 | 需要进一步的实验验证以确定其临床应用 | 探讨Chaga对肾纤维化的治疗作用及其分子机制 | 小鼠模型中的肾纤维化 | digital pathology | renal fibrosis | UPLC-MS, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics | mouse model | RNA sequencing data, histological images | 82,496个肾脏细胞 |
| 392 | 2025-06-15 |
From spots to cells: Cell segmentation in spatial transcriptomics with BOMS
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0311458
PMID:40504785
|
研究论文 | 本文提出了一种基于均值漂移的新方法BOMS，用于空间转录组学中的细胞分割，无需辅助图像 | BOMS方法仅基于mRNA点的空间位置和基因标签进行细胞分割，无需辅助图像，简化了实现过程并显著提高了执行速度 | 未提及方法在特定组织类型或复杂组织中的性能表现 | 改进空间转录组学中的细胞分割准确性 | 空间转录组学数据中的细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 均值漂移 | 空间转录组数据 | 多个公开数据集 |
| 393 | 2025-06-15 |
Single-cell transcriptomics for immune profiling of cerebrospinal fluid in neurological diseases
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1599303
PMID:40510352
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综述 | 本文全面回顾了单细胞转录组学在脑脊液（CSF）中用于理解神经系统疾病的研究 | 整合了scRNA-seq、scTCR-seq和scBCR-seq技术，探索神经系统疾病的免疫细胞角色和相互作用 | 当前单细胞转录组学在CSF和神经系统疾病中的应用仍存在局限性 | 理解神经系统疾病的免疫学机制并探索新的治疗靶点 | 脑脊液中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病（多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病等） | scRNA-seq、scTCR-seq、scBCR-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 394 | 2025-06-15 |
ReSort enhances reference-based cell type deconvolution for spatial transcriptomics through regional information integration
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf091
PMID:40510374
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research paper | 提出了一种名为ReSort的方法，通过整合区域信息增强基于参考的空间转录组细胞类型去卷积 | ReSort利用空间转录组的区域级数据减少对参考数据的依赖，缓解批次/平台差异带来的技术问题 | NA | 提高空间转录组细胞类型去卷积的准确性 | 空间转录组数据 | digital pathology | breast cancer | spatial transcriptomics | NA | gene expression data | mouse breast cancer model |
| 395 | 2025-06-15 |
Integrative Analysis of Shared Pathogenic Genes and Potential Mechanisms in Gardnerella vaginalis and Persistent HPV16 Infection
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/2582989
PMID:40510586
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研究论文 | 通过整合加德纳菌和持续性HPV16感染的转录组数据，揭示了共享的致病机制和潜在生物标志物 | 首次鉴定出RSAD2和IFIT1作为HPV相关宫颈病变的潜在生物标志物和治疗靶点，并建立了ceRNA网络 | 研究主要基于体外实验和公共数据集，需要进一步临床验证 | 阐明加德纳菌和HPV16持续性感染的共同致病机制 | 加德纳菌和HPV16感染的转录组数据 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 转录组分析、单细胞转录组学、孟德尔随机化分析 | Random Forest (RF) | 转录组数据 | GEO数据集GSE75132和体外感染实验数据 |
| 396 | 2025-06-15 |
Cell Simulation as Cell Segmentation
2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.25.591218
PMID:38712065
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研究论文 | 本文提出了一种基于细胞模拟的细胞分割方法，以提高单细胞空间转录组学数据的准确性 | 采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性 | NA | 提高单细胞空间转录组学数据中细胞分割的准确性 | 单细胞空间转录组学数据中的细胞边界 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 三个商业平台生成的数据集 |
| 397 | 2025-06-15 |
Defining and targeting macrophage heterogeneity in the mammary gland and breast cancer
2024-02, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.7053
PMID:38426622
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review | 本文综述了乳腺和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在正常发育和癌症进展中的作用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示乳腺和乳腺癌中巨噬细胞亚群的异质性及其功能差异 | NA | 探讨乳腺和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在疾病进展中的作用 | 乳腺组织中的组织驻留巨噬细胞和乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞 | NA | breast cancer | single-cell RNA sequencing | NA | RNA-seq data | NA |
| 398 | 2025-06-15 |
Type 1 immunity enables neonatal thymic ILC1 production
2024-01-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh5520
PMID:38232171
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研究论文 | 该研究探讨了1型免疫对新生儿胸腺内固有淋巴细胞（ILCs）的影响，特别是1型ILCs（ILC1s）的扩增和外周归巢 | 揭示了新生儿胸腺内1型ILCs的独特性和未成熟性，以及1型免疫如何促进这些细胞的扩增和外周归巢 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚待验证 | 研究1型免疫对新生儿胸腺内固有淋巴细胞的影响 | 新生儿胸腺内的1型固有淋巴细胞（ILC1s） | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序，活体成像 | NA | RNA测序数据，成像数据 | 小鼠新生儿胸腺组织 |
| 399 | 2025-06-15 |
Tenascin-C expressing touch dome keratinocytes exhibit characteristics of all epidermal lineages
2024-01-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi5791
PMID:38241368
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研究论文 | 本研究探讨了触觉圆顶（TD）角质形成细胞的特性及其在皮肤稳态中的作用 | 发现TD角质形成细胞具有多种表皮谱系的分子特征，并能在损伤后产生Merkel细胞 | 未明确TD角质形成细胞维持稳态的具体分子机制 | 研究TD角质形成细胞在皮肤稳态中的维持机制及其多谱系特性 | 触觉圆顶（TD）角质形成细胞 | 细胞生物学 | NA | scRNA-seq, 谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 400 | 2025-06-14 |
Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis
2025-Sep-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825
PMID:40436260
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析局部消融免疫疗法（LAIT）和免疫检查点抑制剂（ICI）对肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）的影响，并评估其临床相关性 | 揭示了LAIT和ICI通过不同但互补的机制增强NK细胞介导的抗肿瘤反应，并构建了基于基因特征的预后模型 | 研究主要基于小鼠乳腺癌模型，临床相关性需进一步验证 | 探究LAIT和ICI对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制及其临床意义 | 肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK） | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | scRNAseq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠乳腺癌模型及TCGA数据库中的患者数据 |