单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-07-02	A spatial transcriptomic atlas of the host response to oropharyngeal candidiasis 2025-Jun-30, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00849-25 PMID:40586608	研究论文	利用空间转录组学技术构建宿主对口腔念珠菌病反应的图谱，揭示免疫细胞间的相互作用和新型抗菌蛋白家族	首次应用10× Visium空间转录组学技术，在口腔念珠菌病模型中高分辨率映射宿主微环境，发现2型免疫反应和M2巨噬细胞在维持组织稳态中的作用，以及血小板脱颗粒在疾病消退中的预测作用，并鉴定出一类新型富含脯氨酸的小抗菌蛋白家族	研究基于小鼠模型，结果向人类转化需要进一步验证	探究口腔念珠菌病感染微环境中免疫反应的平衡机制	小鼠口腔念珠菌病模型中的舌组织	空间转录组学	口腔念珠菌病	10× Visium Spatial Transcriptomics	NA	空间转录组数据	NA
382	2025-07-02	Integrated Transcriptome and Metabolomics Analyses Show MYC as a Potential Therapeutic Target for Behçet's Uveitis 2025-Jun-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417843 PMID:40586758	研究论文	通过整合转录组和代谢组学分析，揭示MYC作为贝赫切特葡萄膜炎潜在治疗靶点	首次结合非靶向代谢组学和单细胞RNA测序技术，发现MYC在调控糖酵解和T细胞反应中的核心作用，并提出其作为治疗靶点	研究样本量有限，且动物模型(EAU小鼠)与人类疾病存在潜在差异	探索贝赫切特葡萄膜炎的疾病特异性代谢改变及治疗靶点	贝赫切特葡萄膜炎患者和健康对照者的代谢组与转录组数据，以及实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型	生物医学研究	贝赫切特葡萄膜炎	非靶向代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	代谢组数据、转录组数据	贝赫切特葡萄膜炎患者与健康对照者(具体数量未明确)，以及EAU小鼠模型
383	2025-07-02	TRAF3IP2-AS1 Deficiency Induces Necroptosis to Promote Pancreatic Cancer Liver Metastasis 2025-Jun-30, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4784 PMID:40586914	研究论文	研究发现lncRNA TRAF3IP2-AS1的缺失通过诱导坏死性凋亡促进胰腺癌肝转移	首次揭示TRAF3IP2-AS1通过调节坏死性凋亡和免疫抑制微环境在胰腺癌肝转移中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证有待进一步开展	探究胰腺癌肝转移的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色、3D体外模型	患者来源类器官模型、TGFβ1条件性敲除小鼠模型	RNA测序数据、免疫荧光图像	PDAC患者样本和动物模型
384	2025-07-02	Pan-cancer analysis of enhancer-induced MIR17HG and validation as a SIRT1-promoting factor in colorectal cancer 2025-Jun-30, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02841-y PMID:40586938	研究论文	本研究通过泛癌分析探讨了MIR17HG在恶性肿瘤中的作用，并验证了其在结直肠癌中作为SIRT1促进因子的功能	发现HSF1介导的增强子活性是MIR17HG过表达的新驱动因素，促进SIRT1依赖的结直肠癌进展	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏更深入的体内机制验证	探究MIR17HG在多种癌症中的致癌作用及其在结直肠癌中的调控机制	MIR17HG基因及其在23种肿瘤类型中的表达模式	癌症基因组学	结直肠癌	生物信息学分析、单细胞测序数据分析、敏感性分析、虚拟筛选	NA	基因表达数据、临床样本数据、小鼠样本数据	23种肿瘤类型的表达数据及临床和小鼠样本
385	2025-07-02	Autophagy-related biomarkers in non-obstructive azoospermia: insights from transcriptomics and single-cell sequencing 2025-Jun-30, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03559-6 PMID:40587077	研究论文	通过转录组学和单细胞测序技术，筛选出与非梗阻性无精子症相关的自噬相关生物标志物	首次结合差异表达分析、WGCNA和机器学习算法，鉴定出四个自噬相关基因作为NOA的生物标志物，并通过单细胞水平分析揭示了这些基因的表达模式	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索自噬相关基因在非梗阻性无精子症中的作用及其作为诊断工具和治疗靶点的潜力	非梗阻性无精子症患者	生物信息学	男性不育症	转录组测序、单细胞测序、RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	多个公共数据集（GSE9210和GSE145467）
386	2025-07-02	Isolation of mitochondrial mutation-specific T cell receptors 2025-Jun-30, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf139 PMID:40587813	研究论文	该研究成功分离出针对线粒体突变的特异性T细胞受体（TCRs），并验证了其在癌症免疫治疗中的潜在应用	首次报道了肿瘤线粒体DNA突变特异性TCRs的分离，并证明线粒体突变可作为新抗原来源	研究中存在一些生物学障碍需要克服，且样本量相对较小	探索线粒体DNA突变作为新抗原来源的可能性及其在癌症免疫治疗中的应用	肿瘤线粒体DNA突变及其衍生的新抗原	癌症免疫治疗	癌症	单细胞测序、表位预测算法	NA	基因组数据、肽段数据	38种肿瘤类型的3,798个非同义单核苷酸突变，10名HLA-A*0201纯合健康供体
387	2025-07-02	Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma and ganglioglioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations 2025-Jun-30, Brain pathology (Zurich, Switzerland) DOI:10.1111/bpa.70023 PMID:40588233	研究论文	通过单细胞RNA测序、空间转录组学和细胞因子分析，研究儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境及其与BRAF突变的关系	首次利用多组学方法揭示儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境异质性，并发现KIAA1549-BRAF肿瘤比BRAF V600E肿瘤更具免疫原性	需要进一步研究免疫细胞浸润和肿瘤-免疫相互作用的机制	探索儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境特征及其对免疫治疗的影响	儿童低级别胶质瘤（pLGG）中的毛细胞星形细胞瘤（PA）和神经节胶质瘤（GG）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、细胞因子分析	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、细胞因子数据	未明确说明样本数量，但包括PA和GG两种肿瘤类型
388	2025-07-02	LaGrACE: estimating gene program dysregulation with latent regulatory network 2025-Jun-30, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00115-3 PMID:40588571	研究论文	介绍了一种名为LaGrACE的新方法，用于结合组学数据和临床信息估计基因程序的失调	提出LaGrACE方法，能够结合组学数据和临床信息估计基因程序的失调，并在单细胞分辨率下有效识别药物反应信号	未明确提及具体局限性	估计基因程序的失调，以增强对疾病亚群潜在分子机制的发现	基因表达程序及其调控网络	生物信息学	乳腺癌、慢性阻塞性肺疾病(COPD)	RNA-seq	LaGrACE	组学数据、临床数据	合成数据、bulk RNA-seq临床数据集（乳腺癌、COPD）、单细胞RNA-seq药物扰动数据集
389	2025-07-02	Exploration of shared diagnostic genes and mechanisms between crohn's disease and ischemic stroke by integrated comprehensive bioinformatics analysis and machine learning 2025-Jun-30, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10145-9 PMID:40588645	研究论文	通过综合生物信息学分析和机器学习方法，探索克罗恩病和缺血性中风之间的共享诊断基因和机制	首次使用综合生物信息学和机器学习方法识别克罗恩病和缺血性中风的共享诊断基因，并揭示TLR介导的炎症反应在两者共病中的关键作用	研究结果需要进一步的实验验证，样本来源和数量可能限制结论的普适性	探索克罗恩病和缺血性中风共病的共享机制和诊断标志物	克罗恩病和缺血性中风患者的基因表达数据	生物信息学	克罗恩病和缺血性中风	WGCNA、机器学习算法、单细胞RNA测序、CIBERSORT、Mendelian随机化、分子对接	机器学习	基因表达数据	NA
390	2025-07-02	FemXpress: Systematic Analysis of X Chromosome Inactivation Heterogeneity in Female Single-Cell RNA-Seq Samples 2025-Jun-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504754 PMID:40583143	research paper	介绍了一种名为FemXpress的计算工具，用于在女性单细胞RNA测序数据中基于X染色体失活（XCI）的起源对细胞进行分类	FemXpress无需父母基因组信息即可稳健地对单细胞样本中的XCI起源进行分类，并能识别逃逸XCI的基因	NA	开发一种计算工具，用于分析女性单细胞RNA测序数据中的X染色体失活异质性	女性单细胞RNA测序数据，特别是X染色体失活的异质性	computational biology	NA	scRNA-Seq	NA	RNA sequencing data	多个组织的食蟹猴单细胞RNA测序数据，以及胚胎和结肠肿瘤的scRNA-Seq数据集
391	2025-07-02	Immune mechanisms and signatures in lethal and non-lethal sepsis revealed by single-cell transcriptomics 2025-Jun-28, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf140 PMID:40580488	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了致命和非致命败血症中的免疫机制和特征	利用单细胞RNA测序技术，发现了败血症中单核细胞亚群Mono2的动态变化及其与疾病严重程度的相关性，并验证了多个基因标记在患者诊断中的潜在应用	研究基于小鼠模型，虽然验证了患者数据，但临床转化仍需进一步研究	探索败血症的免疫机制和分子特征，以改善诊断和治疗策略	小鼠模型中的外周血单个核细胞及公开的患者数据	单细胞转录组学	败血症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型及公开的患者数据
392	2025-07-02	Single-cell transcriptomics reveals Sox6 positive interneurons enriched in the prefrontal cortex of female mice vulnerable to chronic social stress 2025-Jun-28, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03088-9 PMID:40581656	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术揭示了雌性小鼠前额叶皮层中Sox6阳性中间神经元在慢性社交压力易感性中的重要作用	首次发现Sox6中间神经元在雌性小鼠慢性社交压力易感性中的富集现象及其与抑郁样行为的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究女性抑郁症的细胞和分子机制	雌性小鼠前额叶皮层的细胞类型	神经科学	抑郁症	单核RNA测序(snRNA-Seq)，加权基因共表达网络分析(WGCNA)	慢性社交挫败压力(CSDS)小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，使用雌性小鼠前额叶皮层细胞
393	2025-07-02	Machine learning-guided single-cell multiomics uncovers GDF15-driven immunosuppressive niches in NSCLC: A translational framework for overcoming anti-PD-1 resistance 2025-Jun-28, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102459 PMID:40582068	研究论文	通过机器学习引导的单细胞多组学分析，揭示了非小细胞肺癌中GDF15驱动的免疫抑制微环境，并提出了克服抗PD-1耐药的转化框架	开发了一种加速斜向随机生存森林模型，在预测准确性上优于传统的Cox回归和深度学习方法，并首次将GDF15定位为预测ICB耐药的生物标志物	研究样本量相对较小（n=156），且功能研究仅限于Lewis肺癌细胞，未涵盖其他NSCLC亚型	识别免疫检查点阻断（ICB）疗效的决定因素，并开发预测ICB耐药的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者样本和Lewis肺癌细胞	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序、非负矩阵分解	Accelerated Oblique Random Survival Forest	多组学数据、单细胞RNA测序数据	156例NSCLC患者样本
394	2025-07-02	From roots to nodules: regulation of organogenesis in nitrogen-fixing symbiosis 2025-Jun-28, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2025.102755 PMID:40582138	review	本文综述了固氮共生中器官发生的调控机制，特别是豆科植物根瘤的发育过程	探讨了根瘤与侧根在发育过程中的相似性与进化分歧，并介绍了单细胞和空间转录组学等新兴工具的应用	主要关注豆科植物（Papilionoideae 分支），可能不适用于其他固氮植物	理解固氮共生中器官发生的分子和细胞机制	豆科植物的根瘤和侧根	植物生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、先进成像技术、系统基因组学	NA	基因表达数据、成像数据	NA
395	2025-07-02	Multipotent lineage potential in B cell acute lymphoblastic leukemia is associated with distinct cellular origins and clinical features 2025-Jun-27, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00987-2 PMID:40579588	研究论文	本研究通过整合89个B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）样本的单细胞转录组测序（scRNA-seq）数据与正常人类B细胞发育的单细胞图谱，探讨了B-ALL的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	揭示了B-ALL亚型中多能祖细胞的富集及其与谱系可塑性的关联，并开发了一个与较差生存率独立相关的'多能性评分'	研究样本量相对较小（89个B-ALL样本），且未涉及所有已知的B-ALL亚型	探讨B-ALL的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）	单细胞转录组学	B细胞急性淋巴细胞白血病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	89个B-ALL样本
396	2025-07-02	Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis 2025-Jun-27, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662 PMID:40580616	研究论文	通过单细胞多组学测序技术，揭示了胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性及其重要作用	整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，首次识别出胃峡部干细胞在胃癌中的三种状态，并重构了胃癌细胞的谱系轨迹	样本量有限，未涉及胃癌不同亚型的比较分析	探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹	胃癌患者的配对肿瘤和癌旁组织样本	单细胞组学	胃癌	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	未明确说明样本数量
397	2025-07-02	Enhancing ovarian cancer prognosis with an artificial intelligence-derived model: Multi-omics integration and therapeutic implications 2025-Jun-27, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102439 PMID:40580871	研究论文	本研究通过整合多组学数据和人工智能技术，开发了一个用于卵巢癌预后预测的AI衍生预后指数（AIDPI）模型，并探讨了其治疗意义	利用多数据集分析和机器学习算法构建AIDPI模型，首次将MFAP4基因鉴定为卵巢癌的潜在治疗靶点	研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性临床验证	开发高精度的卵巢癌预后预测工具并探索其治疗应用	卵巢癌患者	数字病理	卵巢癌	RNA测序（bulk和single-cell），DNA甲基化分析	机器学习集成模型	转录组数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的多中心数据集
398	2025-07-02	Lymph node fibroblast phenotypes and immune crosstalk regulated by podoplanin activity 2025-Jun-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115908 PMID:40581928	研究论文	探讨淋巴节点中成纤维细胞表型及免疫交互受podoplanin活性调控的机制	首次直接测试了PDPN信号在成体淋巴节点FRCs中的需求，并揭示了PDPN缺失如何影响炎症信号和基质-免疫细胞交互	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类样本	研究淋巴节点中成纤维细胞与免疫细胞交互的分子机制	淋巴节点中的成纤维网状细胞(FRCs)及免疫细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	条件性体内缺失模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
399	2025-07-02	Single-cell RNA profiling identifies immune cell population shifts in diabetes associated mucosal inflammation 2025-Jun-27, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.06.008 PMID:40582570	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病相关牙周炎症中免疫细胞群体的变化，特别是γ T细胞在糖尿病增强的牙周破坏中的核心作用	首次发现γ T细胞作为糖尿病增强牙周破坏的中央介质，并验证了IL-17A产生的γ T细胞在糖尿病小鼠和人类样本中的显著扩张	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能需要在更大规模的人类研究中进一步验证	探究糖尿病与牙周疾病之间破坏性协同作用的机制	糖尿病牙周组织中的免疫细胞群体	免疫学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNAseq), 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	糖尿病小鼠和人类糖尿病牙周标本
400	2025-07-02	Single-cell sequencing has revealed the palmitoylation landscape in lung adenocarcinoma and identified ABHD17C as a novel biomarker 2025-Jun-27, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.024 PMID:40582697	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并鉴定出ABHD17C作为一种新型生物标志物	首次在单细胞水平上描绘了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并发现ABHD17C作为C4上皮亚型的关键标志物	研究主要聚焦于肺腺癌，未涉及其他癌症类型	探索肿瘤细胞中蛋白质棕榈酰化的异质性及其在肿瘤进展中的作用	肺腺癌(LUAD)中的上皮细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，但分析了23种棕榈酰转移酶和7种去棕榈酰转移酶