单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-05-03	Induced B cell receptor diversity predicts PD-1 blockade immunotherapy response 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501269122 PMID:40314973	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、高分辨率空间转录组学和空间免疫受体分析，探讨了B细胞受体多样性在预测PD-1阻断免疫疗法反应中的作用	发现PD-1抑制成功反应的特征是治疗后B细胞受体克隆多样性的诱导，并验证了这种多样性作为多种癌症治疗反应的通用预测因子	研究样本量有限，且需要进一步验证机器学习模型的预测准确性	探索PD-1阻断免疫疗法反应的机制，并寻找预测治疗反应的生物标志物	局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者	免疫治疗	基底细胞癌、胶质母细胞瘤、黑色素瘤、头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、高分辨率空间转录组学、空间免疫受体分析	机器学习模型	RNA测序数据、空间转录组数据	一组局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及更大的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列
382	2025-05-03	CCN5 suppresses injury-induced vascular restenosis by inhibiting smooth muscle cell proliferation and facilitating endothelial repair via thymosin β4 and Cd9 pathway 2025-May-02, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehae911 PMID:39873228	研究论文	本研究探讨了CCN5在抑制血管损伤后再狭窄中的作用及其机制	揭示了CCN5通过胸腺素β4和Cd9通路抑制平滑肌细胞增殖并促进内皮修复的双重保护作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CCN5在预防支架内再狭窄(ISR)中的作用机制	猪冠状动脉和小鼠股动脉的血管细胞	心血管疾病	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 质谱分析, 免疫共沉淀	NA	基因表达数据, 蛋白质相互作用数据	支架植入猪冠状动脉和小鼠损伤诱导的股动脉新生内膜样本
383	2025-05-03	Kindlin-2-Mediated Hematopoiesis Remodeling Regulates Triple-Negative Breast Cancer Immune Evasion 2025-May-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0698 PMID:39918417	研究论文	研究探讨了kindlin-2在三阴性乳腺癌（TNBC）免疫逃逸中的作用及其通过造血重塑调节免疫反应的机制	揭示了kindlin-2通过调节造血过程和PD-L1表达促进TNBC免疫逃逸的新机制，并提出了kindlin-2作为联合免疫检查点阻断治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索kindlin-2在TNBC免疫逃逸中的作用及其作为治疗靶点的潜力	三阴性乳腺癌（TNBC）及其免疫微环境	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组织化学（IHC）	基因敲除（KO）小鼠模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	未明确说明样本数量，但使用了TNBC肿瘤小鼠模型
384	2025-05-03	Denosumab Enhances Antitumor Immunity by Suppressing SPP1 and Boosting Cytotoxic T Cells 2025-May-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-1094 PMID:40009710	研究论文	本研究探讨了denosumab通过抑制SPP1基因表达和增强细胞毒性T细胞活性来增强抗肿瘤免疫的新作用	揭示了denosumab在抗肿瘤免疫中的新机制，即通过抑制SPP1表达和增加细胞毒性T细胞数量来增强免疫反应	研究样本量较小，仅包括9例GCTB患者，且pan-cancer分析为相关性研究，未进行机制验证	探索denosumab在抗肿瘤免疫中的作用及其机制	人类巨细胞瘤(GCTB)患者样本和34种不同类型的癌症数据	肿瘤免疫学	巨细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9例GCTB患者样本(6例未治疗，3例仅接受denosumab治疗)和34种癌症的pan-cancer数据
385	2025-05-03	Charting the Single-Cell and Spatial Landscape of IDH-Wildtype Glioblastoma with GBmap 2025-May-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf113 PMID:40312969	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据，构建了GBmap，一个全面的单细胞和空间图谱，以揭示IDH野生型胶质母细胞瘤的细胞异质性和空间结构	构建了GBmap，一个统一的单细胞图谱，并开发了肿瘤结构评分（TSS）来量化肿瘤组织，揭示了缺氧依赖性肿瘤微环境与不良预后的关联	研究依赖于已有数据集，可能受限于数据质量和样本多样性	揭示IDH野生型胶质母细胞瘤的细胞异质性、空间结构及其临床相关性	IDH野生型胶质母细胞瘤的肿瘤微环境和空间组织	digital pathology	glioblastoma	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	240名患者的110万个细胞
386	2025-05-03	Calbindin 2 as a Novel Biomarker and Therapeutic Target for Abdominal Aortic Aneurysm: Integrative Analysis of Human Proteomes and Genetics 2025-May-02, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039195 PMID:40314374	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传学数据，发现CALB2作为腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CALB2确定为腹主动脉瘤的潜在因果蛋白，并发现其通过调节脂质代谢影响疾病进展	研究主要基于小鼠模型，需要进一步人类临床试验验证	寻找腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	腹主动脉瘤患者和小鼠模型	生物医学研究	腹主动脉瘤	蛋白质组范围孟德尔随机化、遗传相关性分析、共定位分析、RNA测序、单细胞/单核RNA测序、空间转录组学	载脂蛋白E缺陷小鼠模型	蛋白质组数据、遗传数据、转录组数据	未明确说明人类样本量，使用载脂蛋白E缺陷小鼠模型
387	2025-05-03	T-type calcium channels regulate medulloblastoma and can be targeted for therapy 2025-May, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-04967-5 PMID:39961940	研究论文	本研究探讨了T型钙通道在髓母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次对T型钙通道在髓母细胞瘤中的多组学特征进行了全面表征，并提供了将米贝地尔重新用作治疗策略的临床前数据	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	研究T型钙通道在髓母细胞瘤中的作用及其治疗靶点潜力	髓母细胞瘤肿瘤细胞和动物模型	肿瘤生物学	髓母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, RPPA, hdWGCNA	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	公开可用的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集，以及动物模型
388	2025-05-03	Harnessing omics data for drug discovery and development in ovarian aging 2025-May-01, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmaf002 PMID:39977580	综述	本文综述了多组学数据在卵巢衰老药物发现和开发中的应用	整合了基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组等多组学数据，从组织和单细胞层面探索卵巢衰老的分子机制和药物靶点	仅限于截至2024年9月的英文文献，可能遗漏其他语言的重要研究	探索多组学数据在卵巢衰老药物发现和开发中的应用	卵巢衰老相关的多组学数据	生物信息学	卵巢衰老	基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、微生物组学、单细胞技术、空间转录组学	机器学习、人工智能、深度学习	多组学数据	NA
389	2025-05-03	Differential cellular origins of the extracellular matrix of tumor and normal tissues according to colorectal cancer subtypes 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02964-z PMID:40032993	research paper	该研究通过整合定量蛋白质组学和单细胞RNA测序数据，分析了结直肠癌肿瘤微环境中细胞外基质（ECM）的蛋白异质性	鉴定了正常组织和肿瘤组织中ECM蛋白的差异细胞来源，并建立了细胞-基质组数据库，定义了与特定成纤维细胞亚型相关的间充质亚型特异性分子	样本量较小（24个组织样本来自21名患者），可能影响结果的普遍性	理解结直肠癌肿瘤微环境中ECM的蛋白异质性及其与疾病进展的关系	结直肠癌患者的肿瘤组织和相邻正常组织	digital pathology	colorectal cancer	TMT质谱分析、scRNA-Seq、bulk RNA-Seq	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	24个组织样本（来自21名CRC患者）
390	2025-05-03	Macrophage-mediated IL-6 signaling drives ryanodine receptor-2 calcium leak in postoperative atrial fibrillation 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI187711 PMID:40048254	研究论文	本研究探讨了术后心房颤动(poAF)的细胞和分子机制，特别是巨噬细胞介导的IL-6信号在RyR2钙泄漏中的作用	首次揭示了巨噬细胞通过IL-6-STAT3-CaMKII信号通路驱动RyR2-S2814磷酸化，从而导致poAF的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明术后心房颤动的发病机制	小鼠和人类心脏手术后的心房组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、假时间轨迹分析、共聚焦成像	条件性基因敲除小鼠模型(cKO)	单细胞转录组数据、生化数据、功能数据	小鼠模型和人类心包液样本(具体数量未明确说明)
391	2025-05-03	Claudin18.2-positive gastric cancer-specific changes in neoadjuvant chemotherapy-driven immunosuppressive tumor microenvironment 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02981-y PMID:40128286	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术，分析了37例胃癌样本，探讨了新辅助化疗驱动的CLDN18.2阳性胃癌肿瘤微环境的免疫抑制变化	揭示了化疗在CLDN18.2阳性胃癌中驱动免疫抑制性肿瘤微环境变化的特异性机制	样本量较小（37例GC样本，其中11例CLDN18.2阳性）	探究CLDN18.2阳性胃癌中新辅助化疗驱动的肿瘤微环境变化	胃癌样本（特别是CLDN18.2阳性病例）	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据	37例胃癌样本（11例CLDN18.2阳性）
392	2025-05-03	Dissecting the Single-Cell Diversity and Heterogeneity Underlying Cervical Precancerous Lesions and Cancer Tissues 2025-May, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-024-01695-5 PMID:39354287	研究论文	研究从宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌(CSCC)的细胞多样性和异质性	整合四个单细胞数据集，利用scCODA揭示细胞类型组成变化，并通过ATAC-seq分析将表观遗传改变与基因表达谱相关联，识别出与CSCC进展相关的关键转录因子	NA	探索宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌的细胞多样性和异质性	正常组织、癌旁组织、癌前病变和宫颈肿瘤	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序、ATAC-seq、RT-qPCR、免疫组化(IHC)	logistic回归模型	单细胞测序数据、表观遗传数据、基因表达数据	四个单细胞数据集(具体样本数量未明确说明)
393	2025-05-03	Restoring mitochondrial function promotes hematopoietic reconstitution from cord blood following cryopreservation-related functional decline 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183607 PMID:40036065	研究论文	研究探讨了冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响，并提出了一种恢复线粒体功能的策略	首次构建了冷冻保存脐带血造血干细胞的单细胞转录组图谱，并发现冷冻保存导致线粒体功能异常，提出使用萝卜硫素（SF）改善这一现象	研究仅基于体外实验和动物模型，尚未在临床环境中验证SF的效果	探究冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响及可能的改善策略	脐带血中的CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及单核细胞（MNCs）	再生医学	造血系统疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	冷冻保存1、5、10和19年的脐带血样本
394	2025-05-03	APOE deficiency inhibits amyloid-facilitated (A) tau pathology (T) and neurodegeneration (N), halting progressive ATN pathology in a preclinical model 2025-Apr-30, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03036-7 PMID:40307424	research paper	研究APOE缺乏在临床前模型中如何抑制淀粉样蛋白促进的tau病理和神经退行性变	首次在临床前模型中证明APOE缺乏可以抑制淀粉样蛋白促进的tau病理和神经退行性变，揭示了APOE在AD病理进程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证	探究APOE在阿尔茨海默病(AD)ATN病理进程中的作用机制	5xFAD和TauP301S转基因小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ATN模型(5xFAD × TauP301S小鼠)	基因表达数据、病理学数据	转基因小鼠模型
395	2025-05-03	Innate immune training in the neonatal response to sepsis 2025-Apr-30, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01179-5 PMID:40307728	research paper	研究新生儿对败血症的先天免疫训练反应	揭示了卡介苗（BCG）疫苗接种通过重新编程骨髓生成的多方面来改善新生儿对多微生物败血症的生存率	训练免疫如何影响宿主保护性反应的具体机制尚未明确	探讨BCG疫苗接种对新生儿免疫系统的影响及其在败血症防护中的作用	新生儿，特别是早产儿	免疫学	败血症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
396	2025-05-03	GeneDX-PBMC: An adversarial autoencoder framework for unlocking Alzheimer's disease biomarkers using blood single-cell RNA sequencing data 2025-Apr-30, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110283 PMID:40311462	研究论文	通过结合单细胞RNA测序数据和深度学习技术，识别阿尔茨海默病的血液生物标志物和治疗靶点	开发了一个结合自编码器、分类器和判别器的深度学习框架，能够分析传统方法常忽略的差异表达基因和细微遗传变异	单核细胞数据存在限制，需依赖随机森林分类器处理	识别阿尔茨海默病的血液生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和认知正常对照者的外周血单个核细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	scRNA-seq	对抗自编码器框架	单细胞RNA测序数据	NA
397	2025-05-03	Autophagy disruption and mitochondrial stress precede photoreceptor necroptosis in multiple mouse models of inherited retinal disorders 2025-Apr-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59165-8 PMID:40301324	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了遗传性视网膜疾病（IRDs）中光感受器细胞死亡的共同分子通路	发现了不同遗传性视网膜疾病模型中光感受器细胞死亡的共同早期缺陷，即自噬和线粒体损伤，并指出这些缺陷会引发后期疾病阶段的坏死性凋亡	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	寻找适用于多种遗传性视网膜疾病的广谱治疗方法	遗传性视网膜疾病（IRDs）中的光感受器细胞	遗传学与分子生物学	遗传性视网膜疾病	单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	多种遗传性和功能性不同的IRD小鼠模型
398	2025-05-03	UHRF1-mediated epigenetic reprogramming regulates glycolysis to promote progression of B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Apr-29, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07532-0 PMID:40301374	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了UHRF1在B细胞急性淋巴细胞白血病进展中的作用及其分子机制	发现UHRF1通过甲基化修饰抑制SFRP5表达，激活WNT5A-P38 MAPK-HK2信号轴，促进有氧糖酵解，揭示了表观遗传和代谢重编程的分子机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索B细胞急性淋巴细胞白血病进展的分子机制，寻找潜在治疗靶点	B细胞急性淋巴细胞白血病细胞	肿瘤生物学	B细胞急性淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
399	2025-05-03	Single-cell transcriptome profiling of the human endometrium of patients with intrauterine adhesions 2025-Apr-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97433-1 PMID:40301474	研究论文	通过单细胞RNA测序比较分析宫腔粘连患者和健康对照者的子宫内膜组织，揭示宫腔粘连的分子机制	首次在单细胞水平上对宫腔粘连患者的子宫内膜进行转录组分析，发现成纤维细胞亚群3和增殖内皮细胞的异常变化	样本量较小（5例子宫内膜组织），需要更大规模的研究验证结果	探究宫腔粘连的分子病理机制，为改善治疗提供理论基础	宫腔粘连患者和健康对照者的子宫内膜组织	数字病理学	妇科疾病	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	5例子宫内膜组织（包含患者和对照），55,308个原代子宫内膜细胞
400	2025-05-03	Systematic evaluation of the isolated effect of tissue environment on the transcriptome using a single-cell RNA-seq atlas dataset 2025-Apr-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11614-w PMID:40301713	研究论文	本研究开发了一个名为COSER的新数据分析框架，用于评估组织环境对转录组的独立影响	提出了COSER框架，利用图论列举适当的子数据集以减少统计混杂，首次系统评估了组织环境对基因表达的独立影响	研究仅基于Tabula Muris Senis单细胞转录组图谱数据，未验证其他物种或数据集	评估组织环境对基因表达的独立影响	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图论模型	单细胞转录组数据	Tabula Muris Senis图谱数据集