单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 32606 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2025-11-12 |
Integrating Single-Cell Transcriptome-Wide Mendelian Randomization and Differentially Expressed Gene Analyses to Prioritize Dynamic Immune-Related Drug Targets for Cancers
2025-Nov-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507451
PMID:41216857
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研究论文 | 开发MR-DEG框架整合孟德尔随机化和差异表达基因分析，优先筛选癌症免疫相关动态药物靶点 | 首次将单细胞转录组孟德尔随机化与差异表达基因分析相结合，解决多效性偏倚问题 | 仅分析CD4+ T细胞活化过程中的基因表达，未涵盖其他免疫细胞类型 | 优先筛选癌症免疫相关药物靶点 | CD4+ T细胞活化过程中的11,021个动态基因表达谱与六种癌症类型的关联 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，孟德尔随机化分析 | MR-DEG框架 | 单细胞表达数量性状位点数据，基因表达数据 | 11,021个基因表达谱与六种癌症类型的关联分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 382 | 2025-11-12 |
ZFPL1 Promotes Colorectal Cancer Progression by Stabilizing ASS1 to Drive the Urea Cycle and M2 Macrophage-Mediated Metastatic Colonization
2025-Nov-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202505291
PMID:41216870
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现ZFPL1通过稳定ASS1激活尿素循环并调控M2巨噬细胞介导的转移定植，从而促进结直肠癌进展 | 首次揭示ZFPL1通过直接结合ASS1防止其泛素化降解来激活尿素循环代谢的新机制，并发现Salvianolic acid B可作为ZFPL1抑制剂与免疫疗法协同作用 | NA | 探究ZFPL1在结直肠癌进展中的分子机制及治疗潜力 | 结直肠癌细胞及肿瘤微环境中的巨噬细胞 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,多组学分析,虚拟筛选 | NA | 单细胞RNA测序数据,多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 383 | 2025-11-12 |
Pair-rule-like transcription patterns during neural tube closure in a proto-vertebrate
2025-Nov-11, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.205064
PMID:41217384
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研究论文 | 本研究在尾索动物海鞘中发现Lmx1、Cdkn1b和Msx基因构成的转录调控网络通过配对规则样表达模式协调神经管闭合过程中的细胞增殖与融合 | 首次在脊椎动物近缘物种中发现神经管闭合过程中存在配对规则样转录模式，揭示了Lmx1-Cdkn1b-Msx转录回路调控背侧中线动力学的新机制 | 研究仅限于海鞘模型，在更高等脊椎动物中的保守性尚未验证 | 探究神经管闭合过程中转录程序的调控机制 | 尾索动物海鞘(Ciona)的神经管闭合过程 | 发育生物学 | NA | HCR原位杂交，单细胞RNA测序，错误表达实验 | NA | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 384 | 2025-11-12 |
Unveiling the toxicological impact of cigarette smoke exposure on chronic obstructive pulmonary disease: integrated insights from network toxicology and multi-omics
2025-Nov-11, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04783-8
PMID:41217457
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研究论文 | 本研究整合网络毒理学、多组学分析和实验验证，揭示香烟烟雾暴露通过特定化合物和枢纽基因导致慢性阻塞性肺疾病的发病机制 | 首次系统整合网络毒理学、多组学分析和实验验证，构建香烟烟雾诱导慢性阻塞性肺疾病的化合物-靶点-疾病网络 | 研究主要基于数据库预测和动物实验，需要进一步临床验证 | 阐明香烟烟雾暴露诱导慢性阻塞性肺疾病的系统毒理学机制 | 香烟烟雾中的有害化合物及其与慢性阻塞性肺疾病相关的基因靶点 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 网络毒理学, 多组学分析, 分子对接, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 随机森林(RF), 支持向量机递归特征消除(SVM-RFE), LASSO | 基因组数据, 转录组数据 | 涉及93种香烟有害化合物的筛选和28个致病基因的鉴定 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 385 | 2025-11-12 |
PIP4K2A: A Novel CD8+ T Cell-Related Biomarker Associated with Lung Function Decline in COPD
2025-Nov-11, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11274-1
PMID:41217726
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证，识别了与COPD中CD8+ T细胞相关的生物标志物，并构建了诊断模型 | 首次发现PIP4K2A作为CD8+ T细胞相关生物标志物与COPD肺功能下降显著相关 | 研究样本来源于公共数据库，临床验证样本规模有限 | 阐明CD8+ T细胞在COPD发病机制中的分子机制 | COPD患者和健康对照者的肺组织样本 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, 生物信息学分析 | LASSO回归, 线性回归 | 基因表达数据 | 从GEO数据库获取的COPD患者和对照样本，具体数量未明确说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 386 | 2025-11-12 |
QuiCAT: A Scalable and Flexible Framework for Mapping Synthetic Sequences
2025-Nov-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf607
PMID:41217759
|
研究论文 | 开发了一个用于分析合成序列的快速克隆分析工具包QuiCAT | 提供了端到端的Python软件包，包含无参考和基于参考两种工作流程，在速度和准确性上优于现有方法 | NA | 解决合成细胞标记技术在单细胞和空间转录组学数据分析中的可扩展性问题 | 合成序列标签 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序, 空间转录组测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 387 | 2025-11-12 |
STAHD: a scalable and accurate method to detect spatial domains in high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Nov-10, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf619
PMID:41212773
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研究论文 | 提出一种名为STAHD的可扩展且准确的方法，用于检测高分辨率空间转录组数据中的空间域 | 结合图注意力自编码器和多层次k路图分割技术，将大图分解为紧凑子图并生成低维嵌入，提高了计算效率和聚类准确性 | NA | 开发能够处理大规模高分辨率空间转录组数据的空间域检测方法 | 人类和小鼠的空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 图注意力自编码器, 多层次k路图分割 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 388 | 2025-11-12 |
Inferring pathway activity from single-cell and spatial transcriptomics data with PaaSc
2025-Nov-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013666
PMID:41212919
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研究论文 | 开发了一种名为PaaSc的计算方法，用于从单细胞和空间转录组数据推断通路活性 | 使用多重对应分析将细胞和基因共同投影到潜在空间，并通过线性回归选择通路相关维度来推断通路活性得分 | NA | 解决将高维单细胞和空间转录组数据转化为功能通路洞察的挑战 | 单细胞和空间转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,scATAC-seq | 多重对应分析,线性回归 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 多个基准测试数据集和大规模癌症单细胞RNA测序队列 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,scATAC-seq | NA | NA |
| 389 | 2025-11-12 |
Splicing-aware scRNA-Seq resolution reveals execution-ready programs in effector Tregs
2025-Nov-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013682
PMID:41212920
|
研究论文 | 开发了一种名为SANSARA的剪接感知单细胞RNA测序分析方法，用于揭示效应Treg细胞中的执行就绪程序 | 首次在单细胞RNA测序降维分析中区分剪接和未剪接mRNA，能够识别稳定的细胞亚群中翻译抑制的剪接mRNA和未剪接mRNA储备 | NA | 开发剪接感知的单细胞RNA测序分析方法，以更好地解析细胞生物学过程 | 外周血调节性T细胞(Treg)亚群，包括Th1和细胞毒性CD4+ T细胞亚群 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | SANSARA方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 390 | 2025-11-12 |
Meflin/ISLR is a meningeal cell-specific marker involved in the development of meninges and meningioma progression
2025-Nov-10, Brain pathology (Zurich, Switzerland)
DOI:10.1111/bpa.70048
PMID:41213602
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研究论文 | 本研究探讨Meflin/ISLR在脑膜发育和脑膜瘤进展中的表达模式及功能 | 首次揭示Meflin在脑膜发育早期表达，并发现其高表达与脑膜瘤WNT信号通路激活相关 | Meflin在脑膜瘤进展中的具体分子机制仍需进一步研究 | 探究Meflin在脑膜发育和脑膜瘤病理生理学中的作用 | 小鼠胚胎脑膜、人类脑膜瘤样本 | 分子生物学 | 脑膜瘤 | 谱系追踪、单细胞RNA测序、基因表达分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | Meflin报告基因小鼠系、人类脑膜瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 391 | 2025-11-12 |
TMPRSS11B promotes an acidified microenvironment and immune suppression in squamous lung cancer
2025-Nov-10, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00631-1
PMID:41214366
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研究论文 | 本研究揭示TMPRSS11B通过促进乳酸输出导致肿瘤微环境酸化和免疫抑制，从而推动肺鳞癌发展 | 首次发现TMPRSS11B在肺鳞癌中通过创造酸性微环境诱导免疫抑制，并确定其作为治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步研究 | 评估TMPRSS11B活性对宿主免疫系统和肿瘤微环境的影响 | 肺鳞状细胞癌(LUSC)肿瘤微环境 | 肿瘤微环境研究 | 肺鳞癌 | RNA FISH分析、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像、代谢物分析 | NA | 空间转录组数据、代谢物数据、成像数据 | 免疫活性小鼠模型和SNL自发肿瘤模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 392 | 2025-11-12 |
Hypoxia-induced regional heterogeneity in proliferative vitreoretinopathy: implications for targeted therapies
2025-Nov-10, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6494
PMID:41215615
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和免疫荧光染色揭示了增殖性玻璃体视网膜病变存在视网膜位置依赖的细胞病理学异质性 | 首次发现PVR病变存在视网膜区域异质性，不同位置由不同细胞类型主导且具有不同的缺氧通路选择 | 研究主要基于手术切除的PVR膜样本，动物模型为dispase诱导的视网膜损伤模型 | 探究增殖性玻璃体视网膜病变的病理机制并开发靶向治疗策略 | 手术切除的PVR膜样本和dispase诱导视网膜损伤的小鼠模型 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞测序, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 手术切除的PVR膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 393 | 2025-11-12 |
Transcriptional and post-transcriptional convergence of HES1 and IGF2BP2 sustains CSF2-dependent metabolic adaptability in gastric Cancer
2025-Nov-08, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112234
PMID:41213416
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研究论文 | 本研究揭示了HES1-IGF2BP2-CSF2信号轴通过调控m6A修饰和糖酵解重编程促进胃癌进展的机制 | 首次发现HES1转录因子与IGF2BP2介导的m6A表观转录组学和代谢重编程的整合信号级联 | NA | 阐明驱动胃癌进展的层级信号轴机制 | 胃癌细胞 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞测序,染色质免疫沉淀,双荧光素酶报告实验,RNA免疫沉淀 | NA | 转录组数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 394 | 2025-11-12 |
CPE/HYOU1 axis-activated Hippo-YAP signaling pathway suppresses PANoptosis to facilitate osteosarcoma progression
2025-Nov-08, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.218121
PMID:41213463
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量转录组数据分析，鉴定出骨肉瘤中PANoptosis相关的预后生物标志物，并揭示了CPE/HYOU1轴通过激活Hippo-YAP信号通路抑制PANoptosis促进骨肉瘤进展的机制 | 首次发现CPE通过增强HYOU1蛋白稳定性并激活Hippo-YAP信号通路来抑制PANoptosis，从而促进骨肉瘤进展的新机制 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证 | 鉴定骨肉瘤中PANoptosis相关的预后生物标志物并阐明其下游调控机制 | 骨肉瘤细胞和肿瘤组织 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组测序，批量RNA测序，免疫荧光，流式细胞术，western blot，异种移植肿瘤实验 | 预后特征模型 | 转录组数据，实验数据 | 公共数据库中的骨肉瘤样本数据 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 395 | 2025-11-12 |
KLF7 as a biomarker in the pre-metastatic state promotes colorectal liver metastasis via TGFβ autocrine signaling
2025-Nov-08, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.218123
PMID:41213461
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研究论文 | 本研究通过机器学习鉴定结直肠癌转移前状态细胞亚群，发现KLF7通过TGFβ自分泌信号促进肝转移 | 首次系统定义转移前状态细胞亚群PMS1和PMS2，并揭示KLF7作为关键生物标志物通过TGFβ自分泌信号驱动转移的机制 | 未明确说明样本规模和具体实验模型的局限性 | 鉴定结直肠癌转移前状态细胞的生物标志物并阐明其转移机制 | 结直肠癌细胞系、转移前状态细胞亚群 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 机器学习、生物信息学分析、双荧光素酶报告实验、体外和体内实验 | 机器学习模型 | RNA测序数据、单细胞测序数据、空间转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell sequencing, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 396 | 2025-11-12 |
Oligo-CALL: A next-generation barcoding platform for studying resistance to targeted therapy
2025-Nov-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adw9990
PMID:41202131
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研究论文 | 开发了一种名为Oligo-CALL的新型细胞条形码平台，用于研究靶向治疗耐药性 | 开发了Oligo-CALL平台，实现了高效的谱系追踪、活克隆分离以及与单细胞RNA测序的无缝整合 | NA | 研究靶向治疗耐药性的分子机制和谱系演化 | 肺癌细胞 | 单细胞多组学 | 肺癌 | CRISPR-based cellular barcoding, single-cell RNA sequencing | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | Oligo-CALL | 寡核苷酸诱导的CRISPR转录激活因子辅助谱系标记平台 |
| 397 | 2025-11-12 |
TransST: transfer learning embedded spatial factor modeling of spatial transcriptomics data
2025-Nov-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06099-z
PMID:41199193
|
研究论文 | 提出一种名为TransST的迁移学习框架，用于提升空间转录组数据的细胞水平异质性推断 | 通过迁移学习自适应利用外部细胞标记信息来改善空间转录组数据分析 | NA | 开发空间转录组数据分析方法以更可靠地提取生物信号 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 迁移学习框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 398 | 2025-11-12 |
CellSP enables module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data
2025-Nov-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08891-2
PMID:41193576
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研究论文 | 本文提出了CellSP计算框架，用于识别、可视化和表征亚细胞空间转录组数据中的功能相关模式 | 引入了'基因-细胞模块'概念，能够识别多个细胞中具有协调亚细胞转录分布的基因集 | NA | 开发能够识别和解释亚细胞转录空间分布功能模式的工具 | 小鼠脑组织、肾脏癌和健康样本、阿尔茨海默病小鼠模型 | 空间转录组学 | 肾脏癌,阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 计算框架 | 空间转录组数据 | 多种组织和技术的数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 399 | 2025-11-12 |
Multi-Omics Advances in Major Depressive Disorder for Molecular Insights, Biomarker Discovery, and Therapeutic Development
2025-Nov-05, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2025.1075
PMID:41213078
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综述 | 本文综述了多组学技术在重度抑郁症研究中的最新进展，包括分子机制解析、生物标志物发现和治疗方法开发 | 整合多组学方法与计算系统生物学，将多组学信号转化为候选生物标志物和机制导向疗法 | 讨论了当前研究的局限性和转化优先事项 | 通过多组学方法解析重度抑郁症的多因素病因学并开发精准精神病学方法 | 重度抑郁症的分子机制、生物标志物和治疗方法 | 自然语言处理 | 精神疾病 | GWAS、单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | AI驱动的网络建模 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 400 | 2025-11-12 |
Serum response factor is essential for endometrial function and prevention of inflammatory fibrosis
2025-Nov-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2510060122
PMID:41150713
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研究论文 | 本研究揭示血清反应因子(SRF)对子宫内膜功能和防止炎症性纤维化的重要作用 | 首次发现SRF在子宫内膜中的关键功能及其在子宫内膜异位症中的失调机制 | 动物模型与人类疾病的差异可能限制结果的直接转化应用 | 探究SRF在子宫内膜功能和生殖成功中的分子机制 | 人类子宫内膜异位症患者组织、人子宫内膜基质细胞、条件性基因敲除小鼠 | 生殖医学 | 子宫内膜异位症 | 免疫组织化学分析、RNA干扰、单细胞RNA测序 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据、基因表达数据、组织学图像 | 人类子宫内膜异位症患者组织样本和基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |