单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-25	GPx3 marks adipocyte lineage commitment in bone marrow stromal cells 2025-May-23, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-05908-8 PMID:40410842	研究论文	该研究通过转录组分析揭示了GPx3在骨髓基质细胞向脂肪细胞谱系定向分化中的关键作用	首次发现抗氧化酶GPx3在骨髓脂肪形成过程中的特异性表达模式及其对脂肪分化的调控作用	研究主要基于体外实验和已有数据集分析，需要更多体内实验验证	探究骨髓脂肪组织形成的分子机制	骨髓基质细胞(BMSCs)及其分化过程	分子生物学	骨质疏松症	转录组分析、scRNA-seq、RNA干扰	NA	基因表达数据	公开数据集和体外培养的BMSCs
22	2025-05-25	Spatial transcriptomics reveal high T cell and monocyte status as predictive and prognostic markers in pancreatic cancer 2025-May-23, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06599-9 PMID:40410886	研究论文	本研究旨在发现胰腺导管腺癌（PDAC）的预测或预后因素，通过数字空间分析（DSP）和免疫组化（IHC）分析比较不同治疗组间的差异	发现MFAP4和EGR3的上调以及高CD3、CD4、CD8阳性细胞浸润可能是PDAC对NAT反应的预测标志物，高单核细胞浸润和高CD68阳性细胞浸润可作为PDAC的预后标志物	样本量较小（48例PDAC病例），且未进行功能验证实验	探索PDAC的预测和预后标志物	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	数字空间分析（DSP）、免疫组化（IHC）	NA	组织微阵列数据	48例手术切除的PDAC病例
23	2025-05-25	Blockade of CLEVER-1 restrains immune evasion and enhances anti-PD-1 immunotherapy in gastric cancer 2025-May-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011080 PMID:40404204	research paper	该研究探讨了CLEVER-1在胃癌中的临床意义及其在调节肿瘤免疫景观中的作用，并研究了CLEVER-1阻断在增强免疫治疗中的潜在治疗效果	首次在胃癌中研究了CLEVER-1+TAM浸润的临床意义，并探索了CLEVER-1阻断与PD-1抑制联合治疗的协同效应	研究仅基于两个独立的胃癌队列和单细胞RNA测序数据，样本量可能有限	探索CLEVER-1在胃癌中的临床意义及其在免疫治疗中的潜在作用	胃癌患者和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胃癌	多重免疫荧光、流式细胞术、RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像、流式细胞数据	两个独立的胃癌队列和单细胞RNA测序数据（GSE183904）
24	2025-05-25	Single-cell RNA sequencing of baseline PBMCs predicts ICI efficacy and irAE severity in patients with NSCLC 2025-May-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011636 PMID:40404203	研究论文	通过单细胞RNA测序分析NSCLC患者治疗前PBMCs，预测ICI疗效和irAE严重程度	首次利用治疗前PBMCs的单细胞RNA测序数据，同时预测ICI疗效和irAE风险，并鉴定关键生物标志物和通路	样本量较小（33例患者），需进一步扩大验证	寻找预测非小细胞肺癌患者ICI治疗效果和免疫相关不良反应风险的生物标志物	非小细胞肺癌患者治疗前外周血单个核细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞因子珠阵列（CBA）、T细胞受体测序	NA	单细胞转录组数据	33例NSCLC患者的PBMCs样本，并重新分析公共scRNA-seq数据
25	2025-05-25	Cell simulation as cell segmentation 2025-May-22, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	research paper	该论文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用ab initio细胞模拟方法，开发了Proseg这一新型细胞分割技术，提高了细胞边界的推断速度和形态学合理性	仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，未涵盖所有可能的实验条件	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性和计算效率	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	digital pathology	renal cell carcinoma	single-cell spatial transcriptomics	probabilistic segmentation (Proseg)	transcriptomics data	来自肾细胞癌患者的样本数据
26	2025-05-25	Identification of shared mechanisms between Alzheimer's disease and atherosclerosis by integrated bioinformatics analysis 2025-May-22, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02642-z PMID:40405226	研究论文	通过整合生物信息学分析，识别阿尔茨海默病和动脉粥样硬化之间的共同机制	利用加权基因共表达网络分析、基于机器学习的Lasso Cox回归分析和随机森林分析，识别出WIPF3作为两种疾病中最受影响的基因，并揭示了炎症在两种疾病共现中的关键作用	研究依赖于公开的测序数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	探索阿尔茨海默病和动脉粥样硬化的共同发病机制	阿尔茨海默病患者的脑组织和动脉粥样硬化斑块	生物信息学	阿尔茨海默病, 动脉粥样硬化	加权基因共表达网络分析, Lasso Cox回归分析, 随机森林分析, 单细胞RNA测序	机器学习	测序数据	NA
27	2025-05-25	Identification of m5C RNA modification-related gene signature for predicting prognosis and immune microenvironment-related characteristics of heart failure 2025-May-22, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00454-z PMID:40405297	研究论文	该研究通过识别m5C RNA修饰相关基因特征，预测心力衰竭的预后和免疫微环境相关特征	首次揭示了m5C RNA修饰在心力衰竭中的作用及其与免疫微环境的关系，并开发了基于m5C RNA修饰生物标志物的诊断模型	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探究m5C RNA修饰在心力衰竭中的作用机制及其临床意义	心力衰竭患者样本和心肌梗死后心力衰竭大鼠模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, WB	随机森林(RF), LASSO逻辑回归, SVM-RFE	基因表达数据	训练集：200例HF患者和166例NFDs；验证集：HF大鼠模型
28	2025-05-25	Regulatory network analysis of Dclk1 gene expression reveals a tuft cell-ILC2 axis that inhibits pancreatic tumor progression 2025-May-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115734 PMID:40408246	research paper	研究通过Dclk1报告小鼠模型和单细胞RNA测序（scRNA-seq）定义了胰腺中Dclk1表达细胞的身份，揭示了在胰腺肿瘤中Dclk1表达的两种细胞群（ADM样细胞和tuft样细胞）对肿瘤进展的相反作用，并发现了一种保护性的tuft细胞-ILC2轴	揭示了Dclk1在胰腺肿瘤中的双刃剑作用，特别是tuft样细胞通过释放血管紧张素原抑制肿瘤进展的机制，以及SPIB转录因子和ILC2-CAFs旁分泌环路在维持tuft样细胞中的作用	NA	明确胰腺中Dclk1表达细胞的身份及其在胰腺肿瘤进展中的作用	Dclk1表达细胞，包括正常胰腺中的导管细胞、胰岛细胞和腺泡细胞，以及胰腺肿瘤中的ADM样细胞和tuft样细胞	肿瘤生物学	胰腺肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Dclk1报告小鼠模型	基因表达数据	NA
29	2025-05-25	Integrated analyses reveal CXCL11 as an inhibitor in ovarian cancer and its facilitation of an M1 macrophage switch via the JAK2/STAT1 pathway 2025-May-22, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114900 PMID:40409100	研究论文	本文通过整合分析揭示了CXCL11在卵巢癌中的抑制作用及其通过JAK2/STAT1通路促进M1巨噬细胞极化的机制	首次系统性地鉴定了M1巨噬细胞相关分子在卵巢癌中的预后意义，并发现CXCL11作为核心生物标志物具有双重功能	研究主要基于生物信息学分析和体外功能实验，缺乏体内实验验证	深入理解M1样肿瘤相关巨噬细胞在卵巢癌中的积极作用并寻找可靠的疾病进展风险分层生物标志物	卵巢癌(OC)及其肿瘤微环境中的M1样肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量转录组数据分析、生物信息学分析、体外功能实验	NA	RNA测序数据	NA
30	2025-05-25	Eleutheroside A inhibits PI3K/AKT1/mTOR-mediated glycolysis in MDSCs to alleviate their immunosuppressive function in gastric cancer 2025-May-22, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114907 PMID:40409102	研究论文	研究探讨了刺五加苷A（EA）通过抑制PI3K/AKT1/mTOR信号通路和HIF-1α介导的糖酵解，减轻髓源性抑制细胞（MDSCs）在胃癌中的免疫抑制功能	首次揭示EA通过调控PI3K/AKT1/mTOR信号通路和糖酵解影响MDSCs的免疫抑制功能，为胃癌免疫治疗提供新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证EA的疗效和安全性	探究EA对胃癌免疫微环境中MDSCs免疫抑制功能的调控机制	胃癌小鼠模型、MDSCs、CD4+/CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	流式细胞术、免疫荧光、bulk RNA-seq、scRNA-seq、网络药理学分析、分子对接、表面等离子共振（SPR）、Seahorse能量代谢分析	皮下胃癌小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质互作数据、分子对接数据	未明确说明具体样本数量，但使用了TCGA数据库和两个scRNA-seq数据集（GSE183904和GSE150290）
31	2025-05-25	Spatial multiomics decipher fibroblast-macrophage dynamics in systemic sclerosis 2025-May-22, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.04.025 PMID:40410053	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了系统性硬化症中成纤维细胞与巨噬细胞的动态相互作用	首次系统性描绘了系统性硬化症皮肤组织中成纤维细胞与巨噬细胞的空间调控网络，并发现ACKR3在肌成纤维细胞前体中的选择性表达机制	样本量相对有限（14例皮肤活检），且部分发现仅在动物模型中验证	解析系统性硬化症的纤维化微环境形成机制	系统性硬化症患者皮肤组织、小鼠模型和驯鹿伤口愈合模型	数字病理学	系统性硬化症	空间转录组学（10× Visium平台）、Stereo-seq转录组学、空间蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	空间多组学数据、单细胞RNA测序数据	14例皮肤活检（10例患者+4例对照）
32	2025-05-25	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101260 PMID:40215972	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了嵌合抗原受体（CAR）信号传导的分子机制，特别关注不同细胞内信号域（ICD）结构对T细胞功能的影响	首次系统性地研究了不同ICD结构如何通过分子水平调控T细胞功能，并发现了一种与持久体内存活相关的独特强直信号特征	研究发现这种强直信号特征仅适用于液体肿瘤，对实体瘤无效	解码CAR信号传导的设计原理，为优化下一代ICD结构提供依据	表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞	免疫治疗	肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
33	2025-05-25	Combining spatial transcriptomics and ECM imaging in 3D for mapping cellular interactions in the tumor microenvironment 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101261 PMID:40220761	research paper	该研究结合空间转录组学和ECM成像技术，在3D环境下绘制肿瘤微环境中的细胞相互作用	首次将3D空间转录组学与ECM成像技术整合，系统量化了细胞邻域中的分子状态、细胞间相互作用及ECM重塑	研究仅基于一例临床肺癌样本，样本量有限	探索肿瘤微环境中细胞间及细胞与ECM的相互作用，以指导微环境靶向治疗	临床肺癌样本中的恶性与非恶性细胞及ECM	digital pathology	lung cancer	空间转录组学（ST）、ECM成像	NA	3D组织切片数据	一例临床肺癌样本
34	2025-05-25	Scalable image-based visualization and alignment of spatial transcriptomics datasets 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101264 PMID:40267922	research paper	介绍了一个名为STIM的基于图像的计算框架，用于可视化和对齐高通量空间测序数据集	STIM基于ImgLib2和BigDataViewer图像数据框架，能够将现有计算机视觉技术应用于具有不规则测量间距和任意空间分辨率的测序数据领域	未明确提及具体限制	开发一个可扩展的基于图像的框架，用于可视化和对齐空间转录组学数据集	小鼠脑组织的13个连续切片和人类转移淋巴结的19个切片的空间测序数据	digital pathology	NA	空间转录组学技术	NA	image	13个小鼠脑组织切片和19个人类转移淋巴结切片
35	2025-05-25	Identification of cell specific biomarkers for intellectual disability via single cell RNA sequencing and transcriptomic bioinformatics approaches 2025-May-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85162-4 PMID:40399537	研究论文	通过单细胞RNA测序和转录组生物信息学方法，识别与智力障碍相关的T细胞特异性生物标志物	利用单细胞RNA测序和转录组数据比较分析，发现与T细胞相关的潜在生物标志物，并识别了多个关键转录因子和microRNAs	未提及具体样本量，且研究结果需要进一步验证	寻找与智力障碍诊断和评估相关的T细胞生物标志物	智力障碍患者的T细胞（CD4和CD8）	生物信息学	智力障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组数据分析	NA	RNA测序数据	NA
36	2025-05-25	Inflammatory metabolite 7α,25-OHC promotes TIMP1 expression in COVID-19 monocytes through synergy effect of SMARCC1/JUND/H3K27ac 2025-May-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05721-w PMID:40399563	研究论文	本研究揭示了炎症代谢物7α,25-OHC通过SMARCC1/JUND/H3K27ac的协同效应促进COVID-19单核细胞中TIMP1表达的机制	首次发现7α,25-OHC通过增强SMARCC1-JUND相互作用调控TIMP1表达，揭示了COVID-19炎症反应的新机制	研究主要基于体外实验和测序数据分析，缺乏体内实验验证	探究COVID-19患者单核细胞中炎症反应的分子机制	COVID-19患者的单核细胞	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、ChIP-qPCR、免疫共沉淀	NA	单细胞测序数据	COVID-19患者的单核细胞样本（具体数量未提及）
37	2025-05-25	A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma 2025-May-21, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02161-3 PMID:40399607	研究论文	应用单细胞空间转录组学揭示健康和哮喘状态下气道壁的细胞生态系统及其相互作用	首次揭示了健康和哮喘气道壁中促炎细胞生态系统的空间分布及其独特的细胞相互作用	未明确提及样本量或具体技术限制	解析气道壁在健康和哮喘状态下的细胞空间分布及其相互作用机制	健康和哮喘患者的气道壁细胞	单细胞空间转录组学	哮喘	单细胞空间转录组学	NA	单细胞空间转录组数据	NA
38	2025-05-25	Unveiling the hidden dance: SPP1 + macrophages identified in ulcerative colitis reveal crosstalk with CHI3L1 + fibroblasts 2025-May-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06565-5 PMID:40399882	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了溃疡性结肠炎(UC)中SPP1+巨噬细胞和CHI3L1+成纤维细胞的关键作用及其互作机制	首次鉴定出UC炎症部位富集的SPP1+巨噬细胞和CHI3L1+成纤维细胞亚群，并阐明其与疾病严重程度的相关性	样本来源仅限于外周血和结肠活检样本，未涵盖疾病不同阶段的动态变化	探究巨噬细胞和成纤维细胞在溃疡性结肠炎发病机制中的特异性作用	UC患者的巨噬细胞和成纤维细胞	数字病理学	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 空间转录组, 流式细胞术, 多重免疫组化(mIHC)	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 流式细胞数据, 免疫组化数据	UC患者的外周血和结肠活检样本(具体数量未明确说明)
39	2025-05-25	RNAcare: integrating clinical data with transcriptomic evidence using rheumatoid arthritis as a case study 2025-May-21, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02162-z PMID:40399884	研究论文	介绍了一个名为RNAcare的计算平台，旨在整合临床数据和转录组学数据，以类风湿性关节炎为例进行研究	RNAcare平台提供了一个交互式且可重复的解决方案，专门设计用于在临床背景下分析患者样本的转录组学数据，并整合临床特征	平台可能仍需要一定的技术背景才能充分利用其功能，且目前仅以类风湿性关节炎为例进行了验证	开发一个能够整合临床数据和转录组学数据的计算平台，以帮助研究人员分析基因表达与临床特征之间的关系	类风湿性关节炎患者的转录组学数据和临床数据	生物信息学	类风湿性关节炎	RNA-Seq	机器学习	转录组学数据和临床数据	NA
40	2025-05-25	Long noncoding RNAs in familial hypercholesterolemia: biomarkers, therapeutics, and AI in precision medicine 2025-May-21, Lipids in health and disease IF:3.9Q2 DOI:10.1186/s12944-025-02605-7 PMID:40399983	综述	本文综述了长链非编码RNA（lncRNA）在家族性高胆固醇血症（FH）中的机制作用及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	探讨了lncRNA在FH中的新角色，以及AI驱动的lncRNA发现和单细胞转录组学在创新诊断和治疗策略中的应用	生物标志物验证、RNA递送效率和监管批准等挑战仍需解决	研究lncRNA在FH中的机制及其在精准医学中的应用	家族性高胆固醇血症（FH）患者及其相关lncRNA	精准医学	心血管疾病	单细胞转录组学、CRISPR基因编辑、RNA干扰	NA	转录组数据	NA