单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-13	CD73 inhibitor AB680 suppresses glioblastoma in mice by inhibiting purine metabolism and promoting P2RY12+ microglia transformation 2025-Jun-11, Acta pharmacologica Sinica IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41401-025-01585-9 PMID:40500344	研究论文	本研究探讨了CD73抑制剂AB680在胶质母细胞瘤(GBM)中的抗肿瘤效果及其机制	发现AB680通过抑制嘌呤代谢和促进P2RY12+小胶质细胞转化来抑制GBM	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索AB680在GBM治疗中的潜在应用	胶质母细胞瘤(GBM)小鼠模型和人类GBM样本	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	代谢组学分析、scRNA-seq、snRNA-seq	小鼠GBM模型	代谢组数据、单细胞RNA测序数据	G422-GBM小鼠模型和人类GBM样本
22	2025-06-13	Mechanisms of organotropism in breast cancer and predicting metastasis to distant organs using deep learning 2025-Jun-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02905-5 PMID:40500539	研究论文	本研究探讨了乳腺癌器官趋向性的机制，并利用深度学习预测乳腺癌向远处器官转移的情况	结合单细胞RNA测序、批量RNA测序、ChIP-seq数据和深度学习技术，开发了深度神经网络模型来识别器官特异性转移基因	研究仅关注了乳腺癌向四种器官（骨、脑、肝、肺）的转移，可能未涵盖所有可能的转移路径	探索乳腺癌器官趋向性的分子机制，并预测其向特定器官转移的可能性	乳腺癌及其向骨、脑、肝、肺的转移	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、ChIP-seq	DNN	基因组数据	NA
23	2025-06-13	Single-cell transcriptome reveals the reprogramming of immune microenvironment during the transition from MASH to HCC 2025-Jun-11, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02370-2 PMID:40500691	research paper	该研究通过单细胞转录组测序揭示了从代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）向肝细胞癌（HCC）转变过程中免疫微环境的重新编程	首次详细描绘了MASH向HCC转变过程中的免疫景观变化，并确定了ApoE在MASH相关HCC发病机制中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明MASH向HCC转变过程中的免疫景观变化并识别关键致病基因	小鼠模型中的CD45+细胞	digital pathology	liver cancer	scRNA-seq, flow cytometry, multiplexed immunohistochemistry	STAM mouse model	single-cell RNA sequencing data	31,822个细胞
24	2025-06-13	OTUD1 exacerbates sepsis-associated encephalopathy by promoting HK2 mitochondrial release to drive microglia pyroptosis 2025-Jun-11, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03480-w PMID:40500776	research paper	该研究揭示了OTUD1通过促进HK2从线粒体释放来驱动小胶质细胞焦亡，从而加剧脓毒症相关脑病的机制	首次阐明了OTUD1-HK2轴作为SAE的新型调控通路，为脓毒症认知障碍提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限	探究脓毒症相关脑病(SAE)的发病机制及潜在治疗靶点	小胶质细胞、HK2蛋白、OTUD1去泛素化酶	神经免疫学	脓毒症相关脑病	单细胞RNA测序、分子对接、共免疫沉淀、3D共聚焦显微镜	OTUD1基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、行为学数据	实验小鼠模型及临床样本（数量未明确说明）
25	2025-06-13	Two types of regenerative cell populations appear in acute liver injury 2025-Jun-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102503 PMID:40345206	研究论文	通过单细胞RNA测序分析对乙酰氨基酚处理的小鼠肝脏再生过程进行研究，发现两种不同的再生细胞群	首次在急性肝损伤模型中识别出两种具有不同特性的再生细胞群，并发现其中一种细胞群与坏死组织接触后具有更高的增殖能力和去分化特征	研究仅基于小鼠模型和公开数据，未在人类临床样本中验证	探究急性肝损伤中肝脏再生的细胞机制	乙酰氨基酚诱导的急性肝损伤小鼠模型	生物医学	肝病	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	公开数据集中的小鼠肝脏样本
26	2025-06-13	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2025-Jun-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.05.004 PMID:40449485	research paper	该研究探讨了抗体Fab和Fc特性在促进结核分枝杆菌限制中的作用	通过构建单克隆抗体库并筛选具有结核分枝杆菌限制活性的抗体，揭示了Fc效应功能在限制结核分枝杆菌中的作用，并发现抗体介导的限制与组织水平免疫应答的重组相关	研究主要在小鼠模型中进行，可能无法完全反映人类免疫应答	探究抗体介导的结核分枝杆菌限制机制	结核分枝杆菌及单克隆抗体	免疫学	结核病	单克隆抗体技术、单细胞转录组学	小鼠模型	生物分子数据	NA
27	2025-06-13	Multi-omics analysis of tumor necrosis factor superfamily 4 reveals its prognostic value with T cell exhaustion feature in cancer 2025-Jun-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02666-1 PMID:40493100	研究论文	通过多组学分析探讨肿瘤坏死因子超家族4（TNFSF4）在癌症中的预后价值及其与T细胞耗竭特征的关系	首次全面分析了TNFSF4在泛癌中的生物学功能及其与免疫治疗效果的关联	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性分析，缺乏实验验证	探究TNFSF4在癌症进展和免疫调节中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	多种癌症类型及其相关临床数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组化染色, 基因集富集分析（GSEA）	NA	基因表达数据, 临床数据	来自TCGA和GEO数据库的多种癌症样本
28	2025-06-13	A single-cell RNA-seq dataset of synovial fluid from rheumatoid arthritis treated with TNF-α/JAK inhibitor 2025-Jun-10, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05339-4 PMID:40494845	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了类风湿关节炎患者滑液样本在治疗前后的变化	首次对TNF-α和JAK抑制剂治疗前后的类风湿关节炎患者滑液样本进行单细胞RNA测序分析	研究仅针对特定两种抑制剂(托法替尼和阿达木单抗)的治疗效果进行分析	阐明TNF-α和JAK抑制剂对类风湿关节炎的单细胞水平影响	类风湿关节炎患者的滑液样本	digital pathology	rheumatoid arthritis	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	100,387个高质量细胞
29	2025-06-13	Iterative transcription factor screening enables rapid generation of microglia-like cells from human iPSC 2025-Jun-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59596-3 PMID:40494892	研究论文	本文提出了一种迭代高通量单细胞转录因子筛选方法，用于快速从人类诱导多能干细胞（iPSC）生成小胶质细胞样细胞	开发了一种迭代高通量单细胞转录因子筛选方法，并验证了六种转录因子的组合可在4天内将人类iPSC分化为与原发性人类小胶质细胞转录和功能相似的细胞	NA	探索转录因子组合在人类iPSC分化为小胶质细胞样细胞中的作用	人类诱导多能干细胞（iPSC）和小胶质细胞样细胞	细胞生物学	NA	高通量单细胞转录因子筛选、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
30	2025-06-13	Multi-omics analysis of canine aging markers and evaluation of stem cell intervention 2025-Jun-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08333-z PMID:40494876	研究论文	通过多组学技术分析犬类衰老标志物并评估干细胞干预效果	鉴定出9个与衰老相关的细胞群和9个跨物种保守的CD8+ T细胞衰老特异性标志物，开发了针对衰老犬的定制代谢评估系统和基于血液的评估框架，并证明过表达NMNAT1的间充质干细胞可延缓或逆转犬类衰老	样本量较小（未明确具体数量），且研究结果主要基于犬类模型，人类应用的普适性有待验证	揭示衰老的分子机制并探索干细胞干预的可能性	不同年龄的犬类及其细胞（特别是CD8+ T细胞和间充质干细胞）	生物医学	老年疾病	单细胞RNA测序、多组学技术	NA	转录组数据、蛋白质数据、代谢组数据	未明确具体数量（涉及不同年龄的犬类）
31	2025-06-13	spaMGCN: a graph convolutional network with autoencoder for spatial domain identification using multi-scale adaptation 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03637-z PMID:40495225	研究论文	提出了一种名为spaMGCN的新方法，用于空间转录组学分析中的空间域识别，特别是在离散组织分布中表现优异	通过结合自编码器和多尺度自适应图卷积网络，整合空间转录组学和空间表观基因组数据，显著提升了离散组织分布的空间域识别能力	未明确提及方法在其他类型组织或更复杂空间分布中的表现	开发一种能够有效识别离散组织分布的空间域的新方法	小鼠脾脏中的离散T细胞区和人类淋巴结中的滤泡细胞	空间转录组学	NA	自编码器、多尺度自适应图卷积网络	GCN（图卷积网络）	空间转录组学和空间表观基因组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠脾脏和人类淋巴结组织
32	2025-06-13	Stem cell fate decisions: Substates and attractors 2025-Jun-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102532 PMID:40499510	review	本文综述了人类多能干细胞在基因表达异质性方面的研究，强调了它们占据不同亚稳态的能力及其对分化结果的影响	提出了一种新的方法来模拟荧光标记分布随时间变化的序列，认为亚稳态之间的转变可能由确定性混沌和基因表达的随机波动共同调控	NA	探讨干细胞命运决定的机制，特别是基因表达异质性和亚稳态的作用	人类多能干细胞	细胞生物学	NA	单细胞转录组学、荧光标记动态分析	NA	基因表达数据	NA
33	2025-06-13	Differentiation of lung tissue-resident c-Kit+ cells into microvascular endothelial cells alleviates pulmonary vascular remodeling 2025-Jun-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.01.010 PMID:39909047	研究论文	本研究探讨了肺部组织驻留的c-Kit+细胞分化为微血管内皮细胞对缓解肺血管重塑的作用	揭示了肺部c-Kit+细胞通过分化为成熟内皮细胞在肺血管重塑中的保护作用，并发现通过AAV增强Nr2f2表达可促进这一分化过程	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证	探究肺部c-Kit+细胞分化在肺血管重塑中的作用及其潜在治疗策略	肺部组织驻留的c-Kit+细胞及其分化的内皮细胞	细胞生物学	肺高血压	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SU5416/低氧（SuHx）诱导的肺血管重塑小鼠模型	基因表达数据	SuHx诱导的小鼠模型及肺高血压患者样本
34	2025-06-13	Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.011 PMID:40185093	research paper	该研究利用空间转录组学技术揭示了色氨酸代谢在肝细胞癌中限制肿瘤内三级淋巴结构成熟的机制	首次发现恶性细胞塑造的色氨酸富集代谢微环境会导致三级淋巴结构成熟偏离，并证明抑制色氨酸代谢可促进肿瘤内三级淋巴结构成熟	研究仅针对肝细胞癌，其他癌症类型中的情况尚不明确	探究三级淋巴结构成熟的影响因素及其与免疫治疗的关系	肝细胞癌(HCC)中的三级淋巴结构(TLSs)	digital pathology	liver cancer	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomic data	NA
35	2025-06-13	Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031 PMID:40215978	research paper	该研究揭示了放疗通过上调铜转运蛋白1（CTR1）和消耗线粒体谷胱甘肽来诱导线粒体铜水平升高，从而触发铜死亡（cuproptosis），并提出通过靶向铜死亡来克服肿瘤放射抗性的治疗策略	首次揭示了放疗与铜死亡之间的联系，并发现通过铜离子载体治疗可以增强铜死亡，从而克服肿瘤的放射抗性	研究主要基于食管癌模型，其他类型癌症的适用性尚待验证	探索放疗如何诱导铜死亡以及如何利用这一机制克服肿瘤放射抗性	食管癌细胞和患者来源的异种移植模型	肿瘤学	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	患者肿瘤样本和细胞系模型
36	2025-06-13	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	该研究通过空间免疫分析和多组学技术，探讨了人类和小鼠肺腺癌前体中的肿瘤微环境变化，并提出了TIM-3作为干预靶点的潜力	揭示了TIM-3在肺腺癌前体中的高表达特征及其在肿瘤进展中的变化，提出了TIM-3作为早期干预靶点的可能性	研究样本量有限，特别是小鼠模型仅使用了5个，且人类样本数量为114例	探究肺腺癌前体演变过程中肿瘤微环境的作用及其免疫逃逸机制	人类和小鼠的肺腺癌及肺腺癌前体组织	肿瘤免疫学	肺腺癌	空间免疫分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	空间多组学数据、单细胞RNA测序数据	114例人类肺腺癌及前体样本，5个小鼠模型
37	2025-06-13	eIF5A maintains intestinal epithelial homeostasis by sustaining intestinal stem cells 2025-Jun-09, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00243-z PMID:40488929	研究论文	本文探讨了真核翻译起始因子5A（eIF5A）在维持肠道上皮稳态中的作用，特别是在肠道干细胞（ISCs）的维持方面	揭示了eIF5A通过调控线粒体翻译维持肠道干细胞的新机制	研究主要基于小鼠模型和肠道类器官，人类相关性的验证尚不充分	阐明eIF5A在肠道上皮稳态维持中的分子机制	小鼠肠道上皮细胞和肠道类器官	细胞生物学	肠道疾病	条件性基因敲除、质谱分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠肠道上皮细胞和肠道类器官
38	2025-06-13	Prognostic and immune modulatory effects of ammonia-induced cell death in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Jun-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02508-0 PMID:40490575	research paper	本研究探讨了氨诱导的细胞死亡（ACD）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预后意义及免疫调节作用	首次将氨死亡特征（ADS）确立为HNSC的新型预后生物标志物，并揭示了其与肿瘤进展和免疫抑制的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究ACD在HNSC中的预后价值和免疫调节机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	随机生存森林（RSF）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、肿瘤免疫表型追踪（TIP）分析、单细胞RNA测序	RSF	转录组数据	NA
39	2025-06-13	Single-cell chromatin accessibility profiling reveals regulatory mechanisms and evolution in pig brains 2025-Jun-09, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02263-2 PMID:40490756	研究论文	通过单细胞染色质可及性分析，揭示了猪脑的调控机制及其进化特征	首次在猪脑中进行大规模单细胞染色质可及性分析，并比较了家猪与野猪的细胞类型特异性调控景观	研究仅聚焦于大脑皮层和小脑，未涵盖其他脑区	探索猪脑的调控机制及其在进化过程中的变化	家猪和野猪的大脑皮层及小脑细胞	生物医学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病）	单细胞染色质可及性分析、单细胞RNA测序	NA	单细胞测序数据	71,798个细胞（来自家猪和野猪的大脑皮层及小脑）
40	2025-06-13	Comprehensive analysis of immunoglobulin expression in the mouse brain from embryonic to adult stages 2025-Jun-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03457-9 PMID:40490799	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据和Ig库分析，揭示了从小鼠胚胎到成年阶段大脑中免疫球蛋白（Ig）的表达谱	首次全面描述了Ig在大脑中从胚胎到成年阶段的表达谱，并发现小胶质细胞和第六层皮质丘脑神经元中Ig的表达模式及其对脂多糖的反应与B细胞不同	研究仅基于小鼠模型，尚未验证在人类大脑中的表达情况	阐明Ig在小鼠大脑中从胚胎到成年阶段的表达情况及其可能的非经典免疫功能	小鼠大脑中的免疫球蛋白（Ig）表达	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、Ig库分析	NA	RNA测序数据	从小鼠胚胎到成年阶段的多个发育时期的大脑样本