单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Immune Landscape of Granulomatous Mastitis 2025-May-08, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02310-8 PMID:40338490	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示肉芽肿性乳腺炎的免疫图谱	首次使用单细胞RNA测序技术对肉芽肿性乳腺炎病变组织与正常乳腺组织进行比较分析，揭示了免疫细胞的浸润情况、免疫紊乱现象以及多种信号通路的异常激活	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探究肉芽肿性乳腺炎的免疫学特征和潜在发病机制	肉芽肿性乳腺炎病变组织和正常乳腺组织	数字病理学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	NA
22	2025-05-09	Impaired ketogenesis in Leydig Cells drives testicular aging 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59591-8 PMID:40328805	研究论文	该研究揭示了睾丸衰老过程中Leydig细胞酮生成受损的关键作用及其机制	首次发现Leydig细胞中酮生成关键酶Hmgcs2表达下降是睾丸衰老的驱动因素，并阐明β-羟基丁酸通过表观遗传调控Foxo3a表达的抗衰老机制	研究主要基于小鼠模型，人类睾丸衰老的类似机制需要进一步验证	探究睾丸衰老的分子机制并寻找潜在治疗靶点	年轻与老年小鼠的Leydig细胞	生殖生物学	老年性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠衰老模型	基因表达数据、代谢物浓度数据	年轻与老年小鼠睾丸组织及Leydig细胞
23	2025-05-09	Splicing regulatory dynamics for precision analysis and treatment of heterogeneous leukemias 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr1471 PMID:40333990	research paper	该研究开发了一种名为OncoSplice的无监督计算工作流程，用于全面定义肿瘤分子景观，并在成人和儿童急性髓系白血病（AML）中识别了驱动遗传学的谱系	发现了超过十种先前未报告的AML分子亚型，并发现了一种主导的剪接亚型，该亚型部分模拟了突变剪接	研究主要集中在AML，未涉及其他类型的白血病或癌症	研究剪接调控在白血病中的动态变化，以进行精确分析和治疗	成人和儿童急性髓系白血病（AML）	computational biology	leukemia	long-read single-cell RNA sequencing	unsupervised computational workflow (OncoSplice)	RNA sequencing data	成人和儿童AML队列
24	2025-05-09	Patient-derived models of UBA5-associated encephalopathy identify defects in neurodevelopment and highlight potential therapeutic avenues 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8417 PMID:40333994	研究论文	本研究开发了患者来源的皮质器官培养模型，用于研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷，并探索潜在的治疗途径	首次建立了人类神经元模型研究UBA5致病变异的细胞和分子后果，并评估了两种潜在治疗方式（SINEUP和CRISPRa）的效果	研究仅基于两名患者的样本，样本量较小	研究UBA5相关脑病的神经发育缺陷机制并探索潜在治疗方法	UBA5基因变异导致的脑病患者	神经科学	脑病	单细胞RNA测序，CRISPRa，SINEUP技术	患者来源的皮质器官培养模型	基因表达数据	两名UBA5基因复合杂合变异患者
25	2025-05-09	Mature tertiary lymphoid structures evoke intra-tumoral T and B cell responses via progenitor exhausted CD4+ T cells in head and neck cancer 2025-May-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59341-w PMID:40335494	研究论文	该研究通过单细胞RNA、抗原受体测序和空间转录组学分析头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤组织，探讨了成熟三级淋巴结构(mTLS)在肿瘤免疫中的作用机制	揭示了mTLS通过祖细胞耗竭CD4+T细胞激活B细胞和DC-LAMP树突状细胞来支持抗肿瘤免疫的新机制	研究仅针对头颈鳞状细胞癌患者，结果可能不适用于其他癌症类型	探究成熟三级淋巴结构(mTLS)促进肿瘤免疫应答的分子机制	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者的肿瘤组织	肿瘤免疫学	头颈癌	单细胞RNA测序、抗原受体测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	不同TLS状态的头颈鳞状细胞癌患者肿瘤组织样本
26	2025-05-09	Spatial transcriptomics reveals tumor microenvironment heterogeneity in EBV positive diffuse large B cell lymphoma 2025-May-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00410-x PMID:40335578	研究论文	本研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤中肿瘤微环境的异质性	首次整合10X Visium空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了EBV+DLBCL中PD-1/PD-L1信号通路的免疫抑制特性，并提供了PD-1/PD-L1阻断作为治疗策略的临床前证据	研究仅针对EBV+DLBCL，未涉及其他类型的淋巴瘤，且样本量未明确说明	探究EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤中肿瘤微环境的异质性及其对预后的影响	EBV阳性弥漫大B细胞淋巴瘤（EBV+DLBCL）	数字病理学	淋巴瘤	10X Visium空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
27	2025-05-09	Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08952-w PMID:40335695	research paper	该研究揭示了蓝斑核（LC）及其周围区域中转录、空间和功能多样化的GABA能神经元如何调节全局觉醒水平和相关行为	首次定义了LC及peri-LC区域的分子、细胞和功能多样性，揭示了这些神经元如何通过调节LC的放电模式来控制觉醒和回避行为	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索LC及其周围神经元如何调节觉醒和回避状态	小鼠蓝斑核（LC）及其周围区域的神经元	神经科学	神经精神疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、病毒追踪	NA	基因表达数据、神经活动数据	NA
28	2025-05-09	Extended culture of 2D gastruloids to model human mesoderm development 2025-May-07, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02669-4 PMID:40335707	研究论文	该研究报道了一种扩展的2D gastruloid模型，用于模拟人类中胚层发育	通过延长培养时间至10天，发现了2至4天期间高度可重复的形态发生阶段，揭示了中胚层分化和形态发生的新机制	早期协议在超过2天后会出现组织结构丧失的问题	研究人类中胚层发育的模型	二维培养的人类多能干细胞(2D gastruloids)	干细胞生物学	NA	单细胞转录组学	2D gastruloid模型	基因表达数据	NA
29	2025-05-09	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	research paper	该研究利用单细胞技术探究了3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤发展和治疗抵抗中的作用	揭示了大规模染色体畸变是肿瘤发生的早期事件，而单基因癌基因事件发生在晚期并通常是亚克隆的，但MYC在疾病进展过程中可以成为克隆性驱动因素	研究仅关注了已知MYC、MYCN和PRDM6改变的3/4组髓母细胞瘤病例	探究3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤发展和治疗抵抗中的作用	3/4组髓母细胞瘤	digital pathology	medulloblastoma	single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq), single-nucleus assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing (snATAC-seq), spatial transcriptomics	population genetics model	single-cell omics data, spatial transcriptomics data	一组已知MYC、MYCN和PRDM6改变的3/4组髓母细胞瘤病例
30	2025-05-09	Immunodynamic axis of fibroblast-driven neutrophil infiltration in acute pancreatitis: NF-κB-HIF-1α-CXCL1 2025-May-07, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-025-00734-6 PMID:40335899	research paper	该研究揭示了急性胰腺炎（AP）中成纤维细胞通过NF-κB-HIF-1α-CXCL1信号轴驱动中性粒细胞浸润的免疫动力学机制	首次证明成纤维细胞激活是中性粒细胞浸润的免疫驱动因素之一，并阐明了NF-κB-HIF-1α通路驱动的糖酵解是成纤维细胞分泌CXCL1趋化中性粒细胞的内在分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证尚不充分	探究急性胰腺炎中中性粒细胞过度浸润的免疫动力学机制	C57BL/6J小鼠模型和人类胰腺星状细胞	免疫学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞迁移实验、细胞转染、免疫荧光、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR、共免疫沉淀（co-IP）	小鼠AP模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，但使用了小鼠模型和人类胰腺星状细胞
31	2025-05-09	Surgery/anesthesia may cause monocytes to promote tumor development 2025-May-07, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01213-6 PMID:40335909	研究论文	研究探讨手术/麻醉对围手术期外周血单核细胞的影响及其可能促进肿瘤发展的机制	使用单细胞测序技术深入分析手术/麻醉对PBMCs的影响，并发现单核细胞可能促进肿瘤发展	样本量较小（仅4名患者），且未明确说明患者的具体肿瘤类型	探究手术/麻醉对围手术期免疫系统的影响及其与肿瘤发展的潜在关联	围手术期患者的外周血单核细胞（PBMCs）	免疫学	肿瘤	单细胞测序（scRNA-seq）、RT-PCR	NA	单细胞RNA测序数据	4名患者的围手术期外周血样本
32	2025-05-09	PAQR5 drives the malignant progression and shapes the immunosuppressive microenvironment of hepatocellular carcinoma by activating the NF-κB signaling 2025-May-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00785-z PMID:40336138	研究论文	本研究揭示了PAQR5通过激活NF-κB信号通路促进肝细胞癌（HCC）恶性进展和免疫抑制微环境形成的分子机制	首次系统阐明了PAQR5在HCC中的促癌机制及其与NF-κB信号通路的关联，并通过多组学分析和实验验证揭示了其在免疫抑制微环境形成中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明PAQR5在肝细胞癌进展和免疫微环境调控中的分子机制	肝细胞癌组织和细胞系	肿瘤分子生物学	肝细胞癌	多组学分析（包括单细胞转录组和空间转录组）、体外功能实验、体内动物模型	NA	转录组数据、实验数据	未明确说明具体样本量，但涉及多个组学数据集和实验验证
33	2025-05-09	Temporal transcriptomic changes in the THY-Tau22 mouse model of tauopathy display cell type- and sex-specific differences 2025-May-07, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02013-z PMID:40336141	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了THY-Tau22小鼠模型中不同细胞类型和性别的转录组变化，揭示了与年龄相关的tau蛋白病变的分子机制	首次在THY-Tau22小鼠模型中系统性地揭示了性别特异性和性别二态性的转录组变化，并验证了这些变化在人类AD中的保守性	研究仅基于小鼠模型，虽然与人类AD数据进行了比较，但直接临床相关性仍需进一步验证	理解AD相关tau蛋白病变中性别特异性和年龄依赖性的转录组变化	THY-Tau22转基因小鼠和野生型小鼠的皮质组织	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq	THY-Tau22小鼠模型	转录组数据	17月龄和7月龄的THY-Tau22和野生型小鼠皮质组织
34	2025-05-09	Investigating the mechanisms by which low NAT1 expression in tumor cells contributes to chemo-resistance in colorectal cancer 2025-May-06, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01882-4 PMID:40329330	research paper	研究探讨了NAT1低表达在结直肠癌细胞中对化疗耐药性的作用机制	揭示了NAT1通过影响代谢重编程和VEGFA信号通路促进化疗耐药性的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要更多体内实验验证	评估NAT1在结直肠癌化疗耐药中的作用并寻找克服策略	结直肠癌细胞系(CaCO2和HCT116)和肿瘤组织	肿瘤生物学	结直肠癌	多组学分析、scRNA-seq、Cellchat检测、Western blot	NA	基因表达数据、代谢组数据、蛋白质数据	两种结直肠癌细胞系(CaCO2和HCT116)及患者肿瘤组织样本
35	2025-05-09	miR142 silencing alleviates retinal inflammation by impairing mitochondrial function and reprogramming metabolism of CD4+ T cells via targeting MTFR1 2025-May-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114727 PMID:40334625	研究论文	本研究探讨了miR-142在自身免疫性葡萄膜炎中的作用及其机制，发现miR-142通过靶向MTFR1调控T细胞线粒体功能和代谢重编程	首次揭示了miR-142通过靶向MTFR1调控T细胞线粒体功能和代谢重编程在自身免疫性葡萄膜炎中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明miR-142在葡萄膜炎发病机制中的作用及其分子机制	外周血单核细胞、实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)模型、miR-142敲除小鼠	免疫学	葡萄膜炎	流式细胞术、单细胞测序、Seahorse分析仪、线粒体染色、电子显微镜分析、荧光素酶报告实验、Western-Blot	miR-142敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	葡萄膜炎患者外周血单核细胞、EAU模型小鼠
36	2025-05-09	Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Regulatory Functions of Copines Family Genes in Testicular Cancer Progression 2025-May-06, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303375462250430055914 PMID:40337972	研究论文	本研究基于单细胞数据探讨了Copines家族基因在睾丸癌不同细胞亚群中的表达模式及调控功能	首次在单细胞水平上研究Copines家族基因在睾丸癌中的调控作用	NA	探究Copines家族基因在睾丸癌中的调控机制	睾丸癌细胞亚群	数字病理学	睾丸癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
37	2025-05-09	Fate mapping in mouse demonstrates early secretory differentiation directly from Lgr5+ intestinal stem cells 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.023 PMID:39793582	research paper	该研究通过结合定量命运映射、数学建模和单细胞RNA测序，揭示了肠道上皮细胞更新的细胞水平机制	提出了基于两个循环群体的隐窝维持模型，并验证了干细胞区室在分泌和吸收谱系命运决定中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究肠道上皮细胞更新的细胞水平机制及干细胞和前体细胞的行为如何确保组织维持	小鼠肠道上皮细胞，特别是Lgr5+肠道干细胞和转运扩增(TA)细胞	细胞生物学	NA	定量命运映射、数学建模、单细胞RNA测序	数学建模	单细胞RNA测序数据	三种互补的小鼠模型
38	2025-05-09	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究了小鼠原始生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	首次在单细胞水平上精确评估了X染色体再激活的动力学，并揭示了PRC2依赖的机制在促进女性减数分裂中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究女性原始生殖细胞中X染色体再激活的分子机制及其与生殖细胞性别二态性的关系	小鼠胚胎中的原始生殖细胞（PGCs）和性腺生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质分析	NA	RNA-seq数据、染色质数据	从小鼠胚胎的E9.5到E16.5阶段的生殖细胞
39	2025-05-09	Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator 2025-May-05, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001 PMID:40195115	研究论文	本研究通过比较旱稻和灌溉稻的根系发育，揭示了旱稻适应旱地的分子和发育机制，并发现HMGB1作为关键调控因子促进旱稻根系伸长和增粗，从而增强抗旱性	首次通过空间转录组图谱比较旱稻和灌溉稻的根系发育，发现HMGB1作为关键调控因子促进旱稻根系伸长和增粗	研究仅关注了旱稻和灌溉稻的根系发育，未涉及其他可能的抗旱机制	揭示旱稻适应旱地的分子和发育机制，为培育抗旱水稻提供遗传资源	旱稻和灌溉稻的根系	植物分子生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	旱稻和灌溉稻的根系样本
40	2025-05-09	Oligodendroglia vulnerability in the human dorsal striatum in Parkinson's disease 2025-May-05, Acta neuropathologica IF:9.3Q1 DOI:10.1007/s00401-025-02884-5 PMID:40323467	研究论文	该研究通过单核RNA测序和基于图像的空间转录组学技术，揭示了帕金森病中人类背侧纹状体少突胶质细胞的多样性和疾病影响	首次在帕金森病中系统性地描述了少突胶质细胞的亚类及其疾病相关变化，并发现了与疾病相关的四个特定细胞群体	研究样本量相对有限，且仅关注了背侧纹状体区域	阐明帕金森病中少突胶质细胞的多样性及其在疾病中的作用	人类尾状核和壳核(背侧纹状体)中的少突胶质细胞	神经科学	帕金森病	sn-RNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学分析	NA	转录组数据, 图像数据	约200,000个少突胶质细胞核