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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-04-15
Integrated bulk RNA-seq and scRNA-seq identification of a novel "PET-SPI1-MYL9" transcriptional axis in lung adenocarcinoma driven by polyethylene terephthalate exposure
2026-Mar-31, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,结合机器学习算法,揭示了聚乙烯对苯二甲酸酯(PET)暴露通过调控SPI1-MYL9转录轴促进肺腺癌(LUAD)发展的潜在致癌机制 首次提出并验证了“PET-SPI1-MYL9”这一新型转录轴,揭示了PET作为一种非基因毒性致癌物的潜在分子通路,为理解空气微塑料在肺腺癌中的作用提供了新框架 研究主要基于计算生物学证据,缺乏湿实验验证PET与SPI1的结合及转录抑制机制,需要进一步的实验验证 探索PET暴露在肺腺癌中的潜在致癌分子机制 肺腺癌(LUAD)及相关基因(如MYL9、SPI1) 生物信息学 肺腺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、bulk RNA测序、分子对接、生存分析、多组学数据分析 机器学习算法(包括CART、Naïve Bayes、随机森林、支持向量机) 基因表达数据(RNA-seq)、蛋白质数据库信息、临床生存数据 涉及多个独立LUAD数据集,具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
22 2026-04-15
CEP170 as a novel molecular link between centrosomal function and cerebral cortical development
2026-Mar-26, Journal of biomedical science IF:9.0Q1
研究论文 本研究揭示了CEP170作为中心体功能与大脑皮层发育之间的关键分子连接,通过调控神经祖细胞增殖和神经元迁移影响皮层结构 首次将CEP170蛋白与大脑皮层发育直接关联,并阐明其通过中心体-微管相互作用调控神经发育的分子机制 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类大脑发育中的直接证据仍需进一步验证 探究CEP170在皮层发育中的功能及其分子机制 小鼠胚胎皮层、人类发育中皮层、CEP170基因敲除细胞 神经发育生物学 神经发育障碍 Western blotting, qPCR, scRNA-seq, 空间转录组学, 子宫内电穿孔, CRISPR/Cas9基因编辑, 流式细胞术, 微管再生实验, 免疫荧光显微镜, 共免疫沉淀 基因敲低/敲除模型 蛋白质表达数据, 转录组数据, 图像数据 未明确具体样本数量,涉及小鼠胚胎皮层组织、人类皮层样本及基因编辑细胞系 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
23 2026-04-15
Integrated single-cell and bulk transcriptomics reveals STAB1 as a novel therapeutic target for ovarian cancer
2026-Mar-21, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞和批量转录组学,结合机器学习算法,识别出STAB1作为卵巢癌的新型治疗靶点 采用集成机器学习算法与高分辨率单细胞转录组学相结合的策略,重新定义了STAB1在卵巢癌生态系统中的细胞定位,并验证了其作为“双重检查点”分子的功能 NA 解析卵巢癌的免疫抑制肿瘤微环境和内在异质性,以识别稳健的治疗靶点 卵巢癌(OC) 机器学习 卵巢癌 单细胞转录组学,批量转录组学 LASSO, SVM-RFE 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
24 2026-04-15
MeNADP-ME3 Confers Salt and Drought Tolerance in Arabidopsis and Drives Functional Diversification of the NADP-ME Family in Cassava
2026-Mar-20, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3
研究论文 本研究通过鉴定木薯中的MeNADP-ME基因家族,揭示了其在C3-C4中间型植物中的进化轨迹和功能,特别是MeNADP-ME3在增强抗氧化酶活性和减少氧化损伤方面的作用,为开发抗逆木薯品种提供了遗传资源 首次在C3-C4中间型植物木薯中系统研究NADP-ME基因家族,结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析基因表达模式,并验证MeNADP-ME3在盐和干旱胁迫下的功能,揭示了其在光合碳代谢和光呼吸调控中的潜在作用 研究主要基于基因表达和功能验证,缺乏对MeNADP-ME3具体分子机制的深入探讨,且样本规模有限,未来需扩大实验验证范围 探究木薯中NADP-ME基因家族的进化、表达模式及其在环境适应和胁迫响应中的功能,以开发抗逆木薯品种 木薯(Manihot esculenta Crantz)中的MeNADP-ME基因家族,特别是MeNADP-ME3基因 植物分子生物学 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, 共聚焦成像, 蛋白质-蛋白质相互作用预测 NA 基因序列数据, 表达谱数据, 图像数据 未明确指定样本数量,但涉及木薯不同组织和细胞亚群的分析 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
25 2026-04-15
Establishing Area-Specific Brain Organoids Through Transcription Factor-Mediated Patterning
2026-Mar-19, Biology
研究论文 本研究通过转录因子介导的模式化方法,建立了一个具有特定区域特性的大脑类器官平台 通过重新分析体内人类皮层转录组数据集,识别出调控区域特异性的候选转录因子,并利用其可诱导过表达,在人类大脑类器官生成过程中实现了对前部和后部皮层特性的可控模拟 当前的人类大脑类器官模型仍不完全重现皮层区域多样性,且研究依赖于特定转录因子的过表达,可能无法完全模拟体内复杂的调控网络 研究人类大脑皮层区域特异性分化的机制,并建立一个可扩展、可重复的平台来研究人类皮层区域化及神经发育和神经系统疾病的区域特异性机制 人类大脑类器官 发育生物学与神经科学 神经发育障碍与神经系统疾病 单细胞RNA测序、钙成像 NA 转录组数据、成像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
26 2026-04-15
The Structure, Classification, Functional Diversity and Regulatory Mechanism of Plant C2H2 Transcription Factors
2026-Mar-14, Biology
综述 本文全面综述了植物C2H2型锌指转录因子的结构、分类、功能多样性及其调控机制 整合了从低等植物到被子植物的进化动态分析,并详细阐述了C2H2转录因子在花器官形态发生、花粉育性维持、开花时间调控以及生物与非生物胁迫响应中的分子网络 当前研究存在功能冗余、假基因化现象以及细胞类型特异性调控等方面的知识空白 深入理解植物C2H2转录因子家族的调控网络及相关功能,为作物抗逆育种和品质改良提供参考 植物C2H2型锌指转录因子家族 生物信息学 NA 生物信息学分析 NA 文献数据 NA NA 单细胞测序,多组学整合 NA NA
27 2026-04-15
Construction of a SEMA3 family-based model to predict prognosis and molecular subtypes in pancreatic ductal adenocarcinoma
2026-Mar-06, Discover oncology IF:2.8Q2
研究论文 本研究基于SEMA3基因家族构建了一个预测胰腺导管腺癌预后和分子亚型的模型 首次整合多组学数据对SEMA3基因家族在PDAC中进行系统分析,构建了九基因预后特征模型,并结合单细胞和空间转录组学揭示了SEMA3C在肿瘤微环境中的关键作用 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床队列验证 探究SEMA3基因家族在胰腺导管腺癌中的预后价值和分子亚型特征 胰腺导管腺癌患者 生物信息学 胰腺癌 多组学数据分析,单细胞RNA-seq,空间转录组学 Cox回归,LASSO回归 基因表达数据,突变数据,临床数据 来自TCGA和GEO公共数据库的多队列胰腺癌样本 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
28 2026-04-15
Neutrophil extracellular traps-associated candidate genes in IgA vasculitis: an exploratory multi-omics analysis integrating transcriptomics and Mendelian randomization
2026-Mar-05, Pediatric rheumatology online journal
研究论文 本研究通过整合转录组学和孟德尔随机化方法,探索了IgA血管炎中与中性粒细胞胞外陷阱相关的候选基因 采用多组学整合方法,结合转录组差异表达、基因集富集分析、孟德尔随机化和单细胞RNA测序,系统性识别NET相关基因在IgAV中的免疫细胞特异性作用 研究为探索性分析,样本量有限,结果需在更大队列和功能实验中进一步验证 识别与IgA血管炎相关的NET相关候选基因,并评估其遗传支持关联 IgA血管炎患者和健康对照的外周血转录组数据 生物信息学 IgA血管炎 转录组测序, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 基因集富集分析, 基因集变异分析, 孟德尔随机化 转录组数据 未明确指定样本数量 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
29 2026-04-15
FFAR4 negatively regulates colorectal cancer growth via blocking oxidative phosphorylation
2026-Mar-05, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本文探讨了FFAR4通过阻断氧化磷酸化负调控结直肠癌生长的机制 首次将FFAR4鉴定为结直肠癌中的关键候选基因,并揭示其通过调节线粒体功能和细胞代谢抑制肿瘤生长 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本验证有限,且未深入探讨FFAR4在其他癌症类型中的作用 研究FFAR4在结直肠癌中的功能和临床意义 结直肠癌细胞系、MC38同基因肿瘤模型和临床结直肠癌组织 癌症生物学 结直肠癌 单细胞RNA测序、转录组学分析、代谢分析、细胞外通量分析 NA 转录组数据、单细胞RNA测序数据、代谢数据 临床结直肠癌组织样本、结直肠癌细胞系、MC38小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
30 2026-04-15
A hormetic transcriptional program coregulates invasion, proliferation and dormancy to define metastatic potential
2026-Mar-04, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过整合空间转录组学与单细胞分析,揭示了转录因子Prrx1作为乳腺癌转移能力的关键调控因子,协调侵袭、增殖和休眠程序 发现Prrx1通过非线性(hormetic)表达模式调控转移潜能,首次整合侵袭与增殖特征进行乳腺癌预后分层 研究主要基于临床前模型和人类乳腺癌队列,需进一步验证其普适性 探究乳腺癌转移能力的决定因素及其获取时机 人类乳腺癌队列和临床前模型中的肿瘤细胞 数字病理学 乳腺癌 空间转录组学, 单细胞基因表达谱, 染色质分析 NA 转录组数据, 染色质数据 人类乳腺癌队列和临床前模型样本 NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq NA NA
31 2026-04-15
Meningeal Lymphatics Drives Macrophage Clearance via CCL2-CCR2 Axis After Cerebral Ischemia
2026-Feb-28, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3
研究论文 本研究揭示了脑缺血后脑膜淋巴管通过CCL2-CCR2轴驱动巨噬细胞清除的新机制 首次发现脑膜淋巴管通过CCL2-CCR2信号轴主动招募巨噬细胞进行缺血后血管周围清除,并提出了VEGF-C增强淋巴功能联合CCL2-CCR2轴调控的协同治疗新策略 研究基于小鼠大脑中动脉闭塞模型,临床转化需进一步验证;CCR2抑制剂的长期效应和安全性未评估 阐明脑卒中后脑膜淋巴管介导免疫细胞清除的分子机制 脑缺血小鼠模型的脑膜巨噬细胞和淋巴管内皮细胞 神经科学 脑血管疾病 单细胞RNA测序,体外共培养,免疫荧光染色,Evans Blue示踪 小鼠大脑中动脉闭塞模型 单细胞转录组数据,影像数据,行为学数据 未明确样本数量的小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
32 2026-04-15
Spatial multi-omics unveils the monoclonal origin, neuroendocrine plasticity, and microenvironment niches in combined small cell lung cancer
2026-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过空间多组学分析揭示了联合小细胞肺癌的单克隆起源、神经内分泌可塑性及微环境特征 首次在cSCLC中整合空间全外显子测序、空间转录组学和单核RNA测序,揭示了肿瘤的单克隆起源、空间异质性及微环境相互作用,并开发了基于突变的诊断工具cSCLC Detector 样本量相对较小(19例),且仅针对初治肿瘤,未涉及治疗后的动态变化 探究联合小细胞肺癌的分子生物学特征、谱系可塑性及肿瘤微环境 19例初治联合小细胞肺癌肿瘤样本,涵盖所有主要组织学亚型 数字病理学 肺癌 空间全外显子测序, 空间转录组学, 单核RNA测序 NA 基因组数据, 转录组数据, 空间数据 19例肿瘤样本 NA 空间转录组学, 单核RNA测序, 全外显子测序 NA NA
33 2026-04-15
A murine model of sepsis induces age- and sex-specific chromatin remodeling in myeloid-derived suppressor cells
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究利用小鼠脓毒症模型,通过单分子表观遗传分析技术探究了骨髓源性抑制细胞中年龄和性别特异性的染色质重塑机制 首次结合MAPit-FENGC单分子分析(同时检测DNA甲基化和染色质可及性)与单细胞RNA测序,在年轻和年老、雄性和雌性小鼠中系统绘制了脓毒症后MDSCs的高分辨率表观遗传图谱 研究局限于小鼠模型,结果需在人类样本中验证;仅聚焦脾脏CD11b+Gr1+细胞,未涵盖其他免疫细胞或组织 阐明脓毒症幸存者长期免疫功能障碍的表观遗传机制,特别是年龄和性别对骨髓源性抑制细胞染色质状态的影响 小鼠脾脏中的骨髓源性抑制细胞(MDSCs) 表观遗传学 脓毒症 MAPit-FENGC(单分子DNA甲基化与染色质可及性分析)、单细胞RNA测序 NA 表观遗传数据、转录组数据 年轻和年老成年雄性与雌性小鼠的脾脏MDSCs样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
34 2026-04-15
Gain-of-function PPM1D mutations attenuate ischemic stroke
2025-Nov, Cell death and differentiation IF:13.7Q1
研究论文 本文通过全基因组测序发现PPM1D基因的功能获得性突变可减轻缺血性脑卒中损伤,并揭示了其通过PPARα通路影响内皮细胞脂肪酸代谢的机制,同时鉴定出小分子稳定剂T2755作为潜在疗法 首次在缺血性脑卒中患者中鉴定出PPM1D基因的功能获得性突变具有保护作用,并发现小分子化合物T2755可通过稳定PPM1D蛋白减轻脑损伤 研究样本中PPM1D突变携带者仅8例,样本量较小;机制研究主要基于小鼠模型,在人类中的直接验证有限 探究PPM1D基因在缺血性脑卒中中的作用机制并寻找潜在治疗策略 缺血性脑卒中患者(人类)和Ppm1d基因缺陷小鼠(动物模型) 基因组学与分子机制研究 缺血性脑卒中 全基因组测序,空间转录组学,蛋白质组学分析 NA 基因组测序数据,转录组数据,蛋白质组数据 10,241名缺血性脑卒中患者(其中8例携带PPM1D突变)及Ppm1d缺陷小鼠模型 NA 全基因组测序,空间转录组学 NA NA
35 2026-04-15
Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma
2025-11, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本研究通过斑马鱼模型和人类样本,揭示了机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤细胞表型可塑性转换的机制 首次证明机械限制通过HMGB2蛋白介导的染色质重塑驱动黑色素瘤细胞在增殖与侵袭状态间的可逆转换 研究主要基于斑马鱼模型,人类样本验证相对有限,且机械限制的具体物理参数尚未完全量化 探究黑色素瘤细胞表型可塑性转换的外部触发机制 黑色素瘤细胞(斑马鱼模型及人类样本) 癌症生物学 黑色素瘤 空间转录组学、单细胞转录组学、形态学分析、定量建模 NA 转录组数据、形态学图像 斑马鱼黑色素瘤模型及人类肿瘤样本(具体数量未明确) NA 空间转录组学, 单细胞转录组学 NA NA
36 2026-04-15
Amoeboid-Mesenchymal Transition and the Proteolytic Control of Cancer Invasion Plasticity
2025-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文研究了癌症细胞在侵袭过程中通过阿米巴-间质转化和蛋白水解控制来调节侵袭可塑性的机制 意外发现阿米巴型和间质型侵袭程序均涉及通过ECM屏障的主动隧道形成和基质降解金属蛋白酶的表达,并强调MMP14在维持核完整性和支持侵袭活性中的关键作用 研究主要基于癌症球体-3D基质模型、单细胞RNA测序和人组织外植体,可能无法完全模拟体内复杂微环境 探究控制间质与阿米巴侵袭的机制,特别是MMP14在癌症侵袭可塑性中的角色 癌症细胞,包括在3D基质模型和人乳腺癌组织外植体中的侵袭行为 癌症生物学 乳腺癌 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学分析,CRISPR/Cas9基因编辑 NA 基因表达数据,组织图像 未明确指定样本数量,但涉及癌症球体模型和人组织外植体 NA 单细胞RNA测序,空间转录组学 NA NA
37 2026-04-15
Sepsis Induces Age- and Sex-Specific Chromatin Remodeling in Myeloid-Derived Suppressor Cells
2025-Oct-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单分子检测技术MAPit-FENGC,结合单细胞RNA测序,揭示了脓毒症后骨髓源性抑制细胞中年龄和性别特异性的染色质重塑机制 首次应用MAPit-FENGC技术同时分析DNA甲基化和染色质可及性,在临床相关小鼠模型中系统揭示了脓毒症诱导的年龄和性别特异性表观遗传重编程 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;样本量相对有限,可能影响统计效力 探究脓毒症幸存者长期免疫功能障碍的表观遗传机制,特别是骨髓源性抑制细胞在年龄和性别特异性免疫失调中的作用 年轻和老年成年雄性和雌性小鼠的脾脏骨髓源性抑制细胞 表观遗传学 脓毒症 MAPit-FENGC, 单细胞RNA测序 无监督聚类 表观遗传数据, 转录组数据 年轻和老年成年雄性和雌性小鼠的脾脏MDSCs NA 单细胞RNA-seq NA NA
38 2026-04-15
RESCUE: recovery of idiosyncratic expression patterns in spatial transcriptomics
2025-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为RESCUE的计算方法,用于恢复空间转录组学数据中被现有分析方法遗漏的独特表达模式 RESCUE能够捕获脆弱或代表性不足的细胞类型、亚细胞结构(如神经突)和细胞外表达等现有方法可能忽略的重要表达模式 NA 开发一种计算方法来改善空间转录组学数据分析的完整性和准确性 空间转录组学数据,特别是来自蜜蜂大脑的MERFISH数据及其他ST数据集 空间转录组学 NA 空间转录组学,MERFISH NA 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学,MERFISH NA NA
39 2026-04-15
GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis
2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为GatorST的新型通用对比元学习框架,用于分析空间转录组数据,旨在通过整合空间拓扑和全局基因表达信息来改善下游任务性能 GatorST通过结合基于图的建模、伪标签生成和对比元学习,首次在空间转录组分析中同时捕捉局部(邻域级)和全局(组织范围)的空间上下文,并采用元学习启发的片段式训练策略以增强模型对新空间环境的泛化能力 未在摘要中明确说明 开发一个能够有效整合空间信息与转录组数据、并提升多种下游任务性能的通用空间转录组数据分析框架 空间转录组数据 空间转录组学 NA 空间转录组学 基于图的模型,对比学习,元学习 空间转录组数据(基因表达谱与空间坐标) 14个空间转录组数据集 NA 空间转录组学 NA NA
40 2026-04-15
Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文探讨了实验和计算方法如何改进单细胞RNA测序数据中的等位基因失衡分析 开发了新的计算工具套件,专注于利用单核RNA测序中的内含子区域读取来增强等位基因特异性表达分析,并比较了等位基因失衡分析与eQTL分析在识别SNP/基因对方面的效能 未明确说明样本的具体来源或实验设计的潜在偏差 改进单细胞RNA测序数据中的等位基因失衡分析方法 单细胞RNA测序和单核RNA测序数据,特别是来自帕金森病队列的样本 生物信息学 帕金森病 单细胞RNA测序,单核RNA测序,等位基因特异性表达分析 NA RNA测序数据 94名个体的帕金森病队列 NA 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq NA NA
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