单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-15	Combining spatial transcriptomics with tissue morphology 2025-May-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58989-8 PMID:40360467	综述	本文介绍了一种将空间转录组学与组织形态学相结合的框架，重点讨论了将形态学特征转化为或整合到空间转录组学中的方法	提出了一种结合空间转录组学和组织形态学的新框架，包括转化和整合两种方法，以增强对组织结构的理解	未提及具体实验验证或应用案例，可能缺乏实际操作的详细指导	探讨如何将空间转录组学与组织形态学相结合，以更全面地理解组织结构	空间转录组学数据和组织形态学特征	数字病理学	NA	空间转录组学，成像AI	NA	基因表达数据，图像数据	NA
22	2025-05-15	Single-cell and spatial transcriptomics reveals an anti-tumor neutrophil subgroup in microwave thermochemotherapy-treated lip cancer 2025-May-13, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00366-8 PMID:40360503	research paper	该研究利用单细胞转录组学和空间转录组学揭示了微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌中抗肿瘤中性粒细胞亚群的作用机制	发现了具有抗肿瘤活性的MNDA TANs亚群在微波热化疗后的富集现象，并构建了预测预后标志物MX2的深度学习模型	研究样本仅针对唇鳞状细胞癌，未验证其他癌症类型的普适性	探究微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌的分子机制和免疫微环境变化	肿瘤相关中性粒细胞(TANs)和肿瘤微环境中的成纤维细胞	digital pathology	lip cancer	scRNA-seq, ST, 深度学习	深度学习	单细胞转录组数据、空间转录组数据、H&E染色图像	未明确说明样本数量（唇鳞状细胞癌患者组织样本）
23	2025-05-15	Smooth muscle cells and fibroblasts in the ascending aorta exhibit minor differences between embryonic origins in angiotensin II-driven transcriptional alterations 2025-May-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99862-4 PMID:40360730	research paper	本研究探讨了升主动脉中平滑肌细胞和成纤维细胞在血管紧张素II（AngII）驱动下的转录变化，比较了不同胚胎起源细胞的反应差异	首次在AngII诱导的胸主动脉病变前期阶段，比较了第二心区（SHF）和非SHF来源细胞的转录组差异，并发现了一个新的成纤维细胞亚群存在细胞外基质相关基因的谱系特异性差异	研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变前期（3天）的转录变化，未涉及疾病进展后期的变化	探究不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞对AngII的谱系特异性反应	Mef2c-Cre R26RmT/mG小鼠升主动脉中的平滑肌细胞和成纤维细胞	心血管疾病研究	胸主动脉病变	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	AngII输注3天前后的升主动脉细胞
24	2025-05-15	TAT-CRE inhalation enables tumor induction corresponding to adenoviral Cre-recombinase in a lung cancer mouse model 2025-May-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08146-0 PMID:40360735	research paper	本文比较了TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导肺癌小鼠模型中的效果，发现TAT-CRE是一种安全且有效的替代方法	提出TAT-CRE作为一种生物安全级别S1的替代方案，用于癌症诱导，并验证其在肺癌模型中的有效性	研究仅针对肺癌模型，未在其他癌症模型中验证TAT-CRE的效果	比较TAT-CRE和腺病毒Cre重组酶在诱导肺癌中的效果，寻找更安全的基因工程方法	肺癌小鼠模型	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、流式细胞术	小鼠模型	图像、RNA序列数据	未明确提及具体样本数量
25	2025-05-15	Arginine methylation modulates tumor fate and prognosis in clear cell renal cell carcinoma 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02505-3 PMID:40360844	research paper	本研究探讨了精氨酸甲基化相关基因作为透明细胞肾细胞癌（ccRCC）预后标志物的潜力	开发了一个基于精氨酸甲基化的预后模型（AMS），并在多个外部队列中验证了其稳健性	需要进一步的临床验证来确认模型的预测能力	评估精氨酸甲基化相关基因在ccRCC中的预后价值	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	digital pathology	renal cell carcinoma	RNA-seq, single-cell RNA sequencing	Cox regression model	transcriptomic data	来自TCGA、E-MTAB-1980和ICGC的公共数据集
26	2025-05-15	Profiling triple-negative breast cancer-specific super-enhancers identifies high-risk mesenchymal development subtype and BETi-Targetable vulnerabilities 2025-May-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02342-6 PMID:40361105	research paper	该研究通过分析三阴性乳腺癌（TNBC）中的超级增强子（SEs）异质性，识别出一个高风险间充质发育亚型，并发现该亚型对BET抑制剂（BETi）更敏感	首次在TNBC中鉴定出由SE-VAX2核心转录调控回路驱动的高风险间充质发育亚型，并证实该亚型对BETi的敏感性增强	研究主要基于细胞系和临床样本的测序数据，临床前模型的验证仍需进一步扩展	阐明TNBC中SEs的异质性及其对BETi疗效的影响，推动BETi精准治疗策略的发展	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系和临床样本	digital pathology	breast cancer	ChIP-Seq, RNA-Seq, scRNA-Seq, stRNA-Seq	bioinformatics algorithms, CERES scoring	genomic sequencing data	TNBC细胞系和临床样本（具体数量未明确说明）
27	2025-05-15	The immunological age prediction of monocytes indicates that gestational diabetes mellitus accelerates the aging of monocytes in offspring 2025-May-13, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-025-00513-z PMID:40361109	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探索了妊娠期糖尿病（GDM）对后代单核细胞衰老的影响，并建立了预测单核细胞免疫年龄的随机森林模型	首次在单细胞水平上揭示了GDM加速后代单核细胞衰老的分子机制，并开发了单核细胞免疫年龄预测模型	样本量相对有限（n=56），且部分数据来自公开数据库，可能存在批次效应	探究GDM对后代单核细胞衰老进程的影响	人类单核细胞（来自0-100岁健康个体和GDM母亲的后代）	免疫学	妊娠期糖尿病	单细胞测序（scRNA-seq）	随机森林	单细胞转录组数据	56个样本（6个自测样本+50个GEO数据库样本）
28	2025-05-15	Immune-Vascular Synergy: A Photodynamic Hydrogel Activating ALDH2 to Combat Inflammation and Enhance Angiogenesis in Diabetic Wound Healing 2025-May-13, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500391 PMID:40364604	research paper	该研究开发了一种光动力水凝胶，通过激活ALDH2来对抗炎症并促进糖尿病伤口愈合中的血管生成	提出了一种双功能策略的光动力水凝胶，首次将ALDH2激活与免疫-血管调节相结合，针对糖尿病伤口的多重挑战	未提及临床前或临床试验的具体样本量及长期效果评估	解决糖尿病伤口因持续感染、免疫反应受损和血管化不足带来的治疗难题	糖尿病伤口组织中的中性粒细胞外陷阱（NETs）和ALDH2酶	生物医学工程	糖尿病	单细胞测序分析、光动力水凝胶技术	NA	临床标本的单细胞测序数据	NA
29	2025-05-15	AI-Driven Analysis Unveils Functional Dynamics of Müller Cells in Retinal Autoimmune Inflammation 2025-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640907 PMID:40093069	研究论文	利用AI驱动的单细胞RNA-seq分析揭示Müller细胞在视网膜自身免疫炎症中的功能动态	首次通过AI辅助的单细胞分析识别出视网膜炎症中Müller细胞的九个亚群及T细胞的五个亚群，并发现激活的Müller细胞呈现巨噬细胞样表型	研究仅基于Aire-/-小鼠模型，未在人类样本中验证	探索视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态及其与T细胞的相互作用	Aire-/-小鼠视网膜中的Müller细胞和T细胞	数字病理学	视网膜自身免疫炎症	scRNA-seq	SCassist（AI辅助单细胞分析工作流）	单细胞转录组数据	Aire-/-小鼠视网膜scRNA-seq数据集（未明确样本量）
30	2025-05-15	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-May-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	research paper	该研究通过整合分析来自10种癌症类型的超过1400万个细胞的空间转录组学和蛋白质组学数据，揭示了四种保守的癌症相关成纤维细胞（CAF）空间亚型	发现了四种跨癌症类型和空间组学平台保守的CAF空间亚型，并揭示了它们在空间组织模式、邻近细胞组成、互作网络和转录组特征上的差异	研究涉及多种癌症类型和空间组学平台，但具体每种癌症类型的样本量未详细说明	揭示癌症相关成纤维细胞的空间异质性及其对肿瘤微环境的影响	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, proteomics	NA	spatial omics data	超过1400万个细胞，来自10种癌症类型
31	2025-05-15	Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics 2025-May-12, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297 PMID:40045576	研究论文	通过单细胞转录组学识别玉米中影响甘蔗花叶病毒早期系统性感染的基因	首次利用单细胞RNA测序技术研究甘蔗花叶病毒在玉米早期系统性感染中的基因表达变化	研究仅关注早期感染阶段，未涉及症状表现后的过程	探究植物病毒早期系统性感染过程中宿主基因表达与病毒积累的关系	甘蔗花叶病毒(SCMV)感染的玉米叶片	植物病理学	植物病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及五种细胞类型
32	2025-05-15	Construction of a novel CD8T cell-related index for predicting clinical outcomes and immune landscape in ovarian cancer by combined single-cell and RNA-sequencing analysis 2025-May-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02582-4 PMID:40354001	research paper	本研究通过结合单细胞和RNA测序分析，构建了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），用于预测卵巢癌的临床结果和免疫景观	开发了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），用于预测卵巢癌患者的预后和免疫治疗效果，并揭示了不同免疫景观特征的患者之间的差异	研究依赖于特定的数据集（EMTAB8107、TCGA-OV、GSE26712和GSE26193），可能限制了结果的普适性	探索CD8T细胞相关生物标志物在预测卵巢癌预后和免疫治疗效果中的潜在作用	卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	单细胞测序、RNA测序	machine learning	RNA-seq数据	多个卵巢癌队列（EMTAB8107、TCGA-OV、GSE26712和GSE26193）
33	2025-05-15	Multi-omics identify ribosome related causal genes methylation, splicing, and expression in prostate cancer 2025-May-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02584-2 PMID:40354008	研究论文	该研究通过多组学方法探讨了核糖体相关基因与前列腺癌风险的关联	首次整合mQTL、sQTL和eQTL多组学数据，结合单细胞测序分析，发现NSUN4和MPHOSPH6两个核糖体基因在前列腺癌中的复杂调控机制	研究主要基于欧洲人群数据，可能不适用于其他种族群体	探究核糖体相关基因在前列腺癌发生发展中的作用机制	前列腺癌患者基因组和转录组数据	生物信息学	前列腺癌	SMR分析、共定位分析、单细胞测序	孟德尔随机化模型	基因组、转录组、表观遗传数据	来自The Prostate Cancer Association Group和FinnGen研究的汇总数据
34	2025-05-15	High-resolution spatial transcriptomics and cell lineage analysis reveal spatiotemporal cell fate determination during craniofacial development 2025-May-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59206-2 PMID:40355462	research paper	该研究通过高分辨率空间转录组学和细胞谱系分析，揭示了颅面发育过程中时空细胞命运决定的分子和细胞图谱	首次报道了小鼠腭形成过程中颅神经嵴细胞（CNCCs）来源的间充质细胞谱系多样化的高分辨率时空转录组和细胞类型图谱，并发现了一个异质性的Sox9+间充质祖细胞群	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	揭示颅面发育过程中细胞命运决定的分子机制	小鼠颅神经嵴细胞（CNCCs）及其衍生的间充质细胞谱系	发育生物学	NA	高分辨率空间转录组学、细胞谱系追踪	NA	转录组数据	E10.5至E15.5的小鼠胚胎样本
35	2025-05-15	IL-11/IL-11R signal inhibition by 9MW3811 remodels immune tumor microenvironment and enhances anti-tumor efficacy of PD-1 blockade 2025-May-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00913-w PMID:40355638	research paper	该研究介绍了一种名为9MW3811的单克隆抗体，通过抑制IL-11/IL-11R信号通路，重塑肿瘤免疫微环境，并增强PD-1阻断疗法的抗肿瘤效果	9MW3811作为一种新型单克隆抗体，首次展示了其在抑制IL-11信号通路、重塑肿瘤微环境及增强PD-1疗法效果方面的潜力	研究目前仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索靶向IL-11信号通路的治疗策略在抗肿瘤治疗中的应用	IL-11信号通路及肿瘤微环境	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA-seq分析	小鼠肿瘤模型	RNA-seq数据	多种小鼠肿瘤模型
36	2025-05-15	Fitness and transcriptional plasticity of human breast cancer single-cell-derived clones 2025-May-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115699 PMID:40359107	研究论文	通过单细胞RNA测序和细胞条形码技术，研究人类乳腺癌单细胞克隆的适应性和转录可塑性	结合表达型慢病毒细胞条形码与单细胞RNA测序，首次在体内将单细胞转录组与克隆生长直接关联	仅针对5种乳腺癌模型进行了单细胞转录组分析，样本代表性可能有限	探究乳腺癌克隆适应性和转录可塑性对肿瘤异质性的影响	26例患者来源的乳腺癌异种移植模型中的单细胞衍生克隆	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 慢病毒细胞条形码技术	NA	单细胞转录组数据	26个患者来源模型中的110个异种移植体，超过20,000个单细胞衍生克隆，167,375个单细胞RNA图谱
37	2025-05-15	Phillyrin for sepsis-related acute lung injury: A potential strategy suppressing GSK-3β 2025-May-12, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.04.017 PMID:40359720	研究论文	研究连翘苷（PHN）通过抑制GSK-3β信号通路缓解脓毒症相关急性肺损伤（ALI/ARDS）的机制	首次发现PHN作为GSK-3β抑制剂，通过促进M2巨噬细胞极化和减少中性粒细胞募集来缓解ALI/ARDS	PHN的具体作用机制仍需进一步研究，且临床疗效尚未验证	探究PHN在脓毒症相关ALI/ARDS中的治疗作用及其分子机制	连翘苷（PHN）、GSK-3β信号通路、巨噬细胞极化、中性粒细胞募集	药理学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征（ALI/ARDS）	分子对接、分子动力学模拟、孟德尔随机化分析、单细胞测序分析	NA	基因表达数据、蛋白质活性数据	8331个ALI/ARDS相关靶基因，体外和体内实验（斑马鱼和小鼠）
38	2025-05-15	The upregulation of TNKS1 drives the phenotypic switching of vascular smooth muscle cells in aortic dissection through the activation of ferroptosis 2025-May-12, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114722 PMID:40359887	研究论文	本研究探讨了TNKS1在主动脉夹层中对人类主动脉平滑肌细胞表型转换的影响及其通过激活铁死亡的作用机制	首次揭示了TNKS1通过激活铁死亡途径驱动主动脉平滑肌细胞表型转换的新机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证有限	探究TNKS1在主动脉夹层发病机制中的作用	人类主动脉平滑肌细胞(HASMCs)	心血管疾病研究	主动脉夹层	单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、RT-q-PCR、划痕实验、Co-IP	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
39	2025-05-15	Spatial transcriptomics highlights B cells as key contributors to a complete and durable response to chemo-immunotherapy in a patient with resectable NSCLC 2025-May-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011563 PMID:40350207	研究论文	通过空间转录组学、单细胞RNA测序和血清蛋白质组学分析，研究一名可切除NSCLC患者对化疗免疫疗法的完全病理反应和持久无事件生存	揭示了B淋巴细胞在不同成熟状态下的关键作用，并观察到治疗后原发肿瘤中三级淋巴结构的形成	仅基于单个病例的研究，结果可能需要更大样本量验证	探索化疗免疫疗法在可切除NSCLC患者中的治疗效果及其机制	一名可切除NSCLC伴同步脑转移的患者	数字病理学	肺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、血清蛋白质组学	NA	分子表达数据、蛋白质组数据	1名患者（包括治疗前脑转移组织和治疗后原发肺肿瘤组织）
40	2025-05-15	Integrated bioinformatic analysis identifies GADD45B as an immune-related prognostic biomarker in skin cutaneous melanoma 2025-May-11, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00437-0 PMID:40350499	研究论文	该研究通过整合多个数据库和实验方法，全面探讨了GADD45B在皮肤黑色素瘤(SKCM)中的功能及其作为免疫相关预后生物标志物的潜力	首次系统研究GADD45B在SKCM中的作用机制，发现其可作为新型免疫检查点并促进M1型巨噬细胞极化	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，临床样本验证有待进一步加强	探究GADD45B在皮肤黑色素瘤中的功能及其临床意义	皮肤黑色素瘤细胞系和患者样本	生物信息学	皮肤黑色素瘤	转录组测序、单细胞分析、免疫浸润分析	NA	基因表达数据	26个SKCM相关数据集、30个人类SKCM细胞系转录组数据、29个SKCM细胞系表型特征分析