单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-22	GraphCellNet: A deep learning method for integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis with applications in development and disease 2025-Jul-21, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-025-02575-4 PMID:40690004	研究论文	提出了一种名为GraphCellNet的深度学习方法，用于整合单细胞和空间转录组分析，应用于发育和疾病研究	结合了细胞类型去卷积和空间域识别的模型，采用Kolmogorov-Arnold Network层（KAN）增强非线性特征表示和上下文整合	NA	提高空间转录组分析的精确度，解决细胞边界模糊和高异质性问题	心肌梗死、果蝇发育、人类心脏发育	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	GraphCellNet、KAN	基因表达数据、空间位置数据	NA
22	2025-07-22	Integrating scRNA-seq and spatial transcriptomics to explore the implication of G6PD on immune microenvironment in lymphatic metastasis of breast cancer 2025-Jul-21, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02943-7 PMID:40690087	研究论文	本研究通过整合scRNA-seq和空间转录组学技术，探讨了G6PD在乳腺癌淋巴转移免疫微环境中的作用	发现了G6PD在乳腺癌淋巴转移过程中的高表达及其与Treg细胞介导的免疫抑制微环境的关联	样本量相对较小（8名患者），需要在更大队列中验证结果	探索G6PD在乳腺癌淋巴转移免疫微环境中的作用机制	乳腺癌患者及其转移性腋窝淋巴结	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞测序数据, 空间转录组数据	8名患者的118,127个细胞
23	2025-07-22	Single-cell RNA sequencing in tuberculosis: Application and future perspectives 2025-Jul-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003095 PMID:39111829	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结核病（TB）研究中的应用及其未来前景	强调了scRNA-seq在结核病临床生物标志物探索、宿主导向治疗和精准治疗研究中的潜力	讨论了scRNA-seq在结核病相关研究中广泛应用需要克服的瓶颈	探讨scRNA-seq在结核病研究中的应用及未来发展方向	结核病（TB）及其免疫反应机制	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
24	2025-07-22	Single-cell RNA sequencing uncovers abnormal Sertoli-cell elevation and testicular niche impairment in the transfemales's testis 2025-Jul-20, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01445-3 PMID:40685388	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了性别确认激素治疗(GAHT)对跨性别女性睾丸的影响，揭示了支持细胞异常增加及睾丸微环境受损的现象	首次在单细胞水平揭示GAHT导致的睾丸支持细胞异常增殖机制，发现β-catenin核转位等关键分子事件	样本量有限(49,385个单细胞)，未探讨激素治疗方案差异的影响	阐明性别确认激素治疗对跨性别女性睾丸细胞组成和分子特征的影响	跨性别女性与顺性别男性的睾丸组织	单细胞组学	内分泌疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化、qPCR、免疫荧光	NA	单细胞转录组数据	约49,385个睾丸单细胞
25	2025-07-22	The Icarian flight of antibody-drug conjugates: target selection amidst complexity and tackling adverse impacts 2025-Jul-19, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf002 PMID:39813112	综述	本文综述了抗体药物偶联物（ADCs）在癌症治疗中的发展现状、挑战及优化策略	探讨了多靶点策略、pH依赖性抗体和掩蔽肽技术等提高ADC疗效和安全性的新方法，以及单细胞测序和人工智能在靶点选择优化中的应用	未提及具体临床数据或实验验证结果	优化抗体药物偶联物的靶点选择和抗体工程，提高其疗效和安全性	抗体药物偶联物（ADCs）	生物医学	癌症	单细胞测序、人工智能	NA	NA	NA
26	2025-07-22	Identification of biomarkers for Laryngeal squamous cell carcinoma through Mendelian randomization and integrated bioinformatics analysis 2025-Jul-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03114-w PMID:40679719	研究论文	通过孟德尔随机化和整合生物信息学分析，识别喉鳞状细胞癌的生物标志物	整合多组学数据，全面分析泛凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌预后中的作用，并构建了一个具有临床预测价值的风险模型	样本量相对较小，且仅基于公开数据库的数据，未进行大规模临床验证	探索泛凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌预后中的作用，并构建预测模型	喉鳞状细胞癌患者样本和正常样本	生物信息学	喉鳞状细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, CNV分析, 差异表达分析, GO/KEGG/Metascape富集分析, Lasso-Cox方法, CIBERSORT算法, qRT-PCR	Lasso-Cox模型	RNA-seq数据, scRNA-seq数据, CNV数据	训练集: 114例喉鳞状细胞癌样本和12例正常样本；验证集: 270例喉鳞状细胞癌样本；scRNA-seq数据: 2例喉鳞状细胞癌样本
27	2025-07-22	Image-based inference of tumor cell trajectories enables large-scale cancer progression analysis 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9466 PMID:40680117	研究论文	开发了一种基于人工智能的模型，利用细胞形态学特征和组织学空间组织，从H&E染色的全切片图像中分类肿瘤细胞分化状态、推断细胞动态轨迹并量化肿瘤进展	提出了一种成本效益高的方法，利用常规病理切片进行大规模肿瘤进展动态分析，揭示了肿瘤内异质性	依赖于H&E染色的图像，可能无法捕捉到所有分子层面的信息	估计细胞轨迹、肿瘤进展动态和肿瘤微环境中的细胞群体多样性	肺腺癌	数字病理学	肺癌	AI模型	NA	图像	三个独立的肺腺癌队列
28	2025-07-22	Architecture mechanics mediated osteogenic progression in bone regeneration of artificial scaffolds 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv8804 PMID:40680128	research paper	本研究探讨了支架结构通过应力传递对骨再生的影响，并揭示了支架结构诱导的应力刺激（SASS）对细胞的生物力学机制	首次揭示了支架结构诱导的应力刺激（SASS）对细胞的生物力学机制，并通过单细胞RNA测序技术明确了SASS对骨间充质干细胞粘着斑和成骨分化途径的富集作用	研究未涉及不同支架材料对SASS效应的影响，且体内实验仅针对临界尺寸缺陷进行了验证	阐明支架结构与成骨进展之间的生物力学线索	石墨、富勒烯和金刚石支架及其对骨间充质干细胞和破骨细胞的影响	组织工程	骨缺损	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及体外细胞实验和体内临界尺寸骨缺损模型
29	2025-07-22	Nicotinamide boosts oocyte quantity and quality by promoting N4-acetylation modification in lupus mice 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu0955 PMID:40680131	research paper	该研究探讨了烟酰胺通过促进N4-乙酰化修饰提高狼疮小鼠卵母细胞数量和质量的作用机制	首次揭示了NAT10介导的acC修饰在系统性红斑狼疮(SLE)异常卵母细胞发育中的关键作用，并发现烟酰胺治疗可安全有效地改善SLE小鼠的生育能力	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证烟酰胺的治疗效果	探究SLE影响卵母细胞减数分裂和发育的分子机制，并寻找潜在治疗方法	系统性红斑狼疮(SLE)小鼠模型的卵母细胞	生殖医学	系统性红斑狼疮	单细胞转录组测序、翻译组测序、微量细胞acC-RNA免疫沉淀测序(acRIP-seq)	NA	RNA测序数据	SLE小鼠模型的卵母细胞
30	2025-07-22	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2025-Jul-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60898-9 PMID:40681510	research paper	提出了一种名为Bering的图深度学习模型，用于在2D和3D空间转录组数据中进行联合噪声感知细胞分割和分子注释	利用转录共定位关系进行细胞分割和注释，通过转移学习和自蒸馏构建预训练模型，提高了分割精度和转录检测数量	未提及具体的数据集规模限制或模型在不同组织类型中的泛化能力	解决空间转录组学中细胞分割和注释的挑战，提升下游分析的准确性	2D和3D空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	graph deep learning	spatial transcriptomics data	NA
31	2025-07-22	Single-cell analysis reveals CD34+CD90+ endothelial cells promote tumor metastasis in gallbladder cancer 2025-Jul-18, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01040-2 PMID:40681742	研究论文	通过单细胞分析揭示了CD34+CD90+内皮细胞在胆囊癌转移中的促进作用	首次在胆囊癌中鉴定出CD34+CD90+内皮细胞亚群，并揭示其通过TGF-β信号通路促进肿瘤转移的机制	未明确CD34+CD90+内皮细胞在胆囊癌中的具体来源及其与其他肿瘤微环境成分的相互作用	探究胆囊癌中肿瘤内皮细胞的作用及其促进转移的机制	胆囊癌患者样本中的内皮细胞	肿瘤生物学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确样本数量
32	2025-07-22	Using machine learning to discover DNA metabolism biomarkers that direct prostate cancer treatment 2025-Jul-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11457-1 PMID:40681784	研究论文	该研究通过整合转录组数据和机器学习方法，探索DNA代谢基因在前列腺癌中的预后价值和治疗靶点	结合多组学数据和先进计算模型，揭示了DNA代谢基因在前列腺癌进展和免疫动态中的关键作用，并提出了新的预后生物标志物和治疗靶点	研究主要基于TCGA队列数据，需要更多独立队列验证	探索DNA代谢基因在前列腺癌中的生物学意义和临床应用价值	前列腺癌(PC)患者	机器学习	前列腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	CoxBoost算法	转录组数据	TCGA队列和外部验证数据集
33	2025-07-22	SCNT: an R package for data analysis and visualization of single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06209-x PMID:40681987	research paper	介绍了一个名为SCNT的R包，用于单细胞和空间转录组数据的分析与可视化	整合了Seurat和ggplot2等工具，支持高效的数据处理和高质量的可视化，简化了关键分析步骤	未来需要扩展对更多空间转录组平台的支持，并增强多组学数据整合功能	解决单细胞和空间转录组数据分析与可视化的挑战	单细胞和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组测序	NA	基因表达数据	公开的PBMC数据集、Visum和Visium HD人类肾脏组织数据
34	2025-07-22	Single-cell RNA sequencing technology was employed to construct a risk prediction model for genes associated with pyroptosis and ferroptosis in lung adenocarcinoma 2025-Jul-18, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03323-5 PMID:40682067	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序技术构建了肺腺癌中与细胞焦亡和铁死亡相关基因的风险预测模型	首次在单细胞水平上系统分析了肺腺癌中细胞焦亡相关基因的表达模式和功能角色，并构建了包含铁死亡相关基因的预后模型	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量可能有限	探索肺腺癌中细胞焦亡相关基因的特征及其预后价值	肺腺癌(LUAD)患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA seq), RNA测序, qPCR	预后模型	单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 临床信息	GSE189357单细胞数据集
35	2025-07-22	STHD: probabilistic cell typing of single spots in whole transcriptome spatial data with high definition 2025-Jul-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03608-4 PMID:40682076	研究论文	本文提出了一种名为STHD的方法，用于在全转录组空间转录组数据中实现高清晰度的单点概率细胞分型	STHD通过结合计数统计和邻居正则化的机器学习模型，准确预测亚细胞点的细胞类型身份，揭示全局组织结构和局部多细胞邻域	NA	解决空间转录组技术中高稀疏性和高维度带来的计算挑战，实现高清晰度的单点细胞分型	全转录组空间转录组数据中的单点	数字病理学	肿瘤	空间转录组技术	机器学习模型	基因表达数据	NA
36	2025-07-22	SNRPB/CCNB1 axis promotes hepatocellular carcinoma progression and cisplatin resistance through enhancing lipid metabolism reprogramming 2025-Jul-18, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03463-y PMID:40682115	研究论文	本研究探讨了SNRPB在肝细胞癌（HCC）中的功能，揭示了其通过FOXM1-CCNB1轴和脂质代谢重编程促进HCC进展和顺铂耐药的关键机制	首次揭示了SNRPB通过调控FOXM1-CCNB1轴和脂质代谢重编程促进HCC进展和化疗耐药的分子机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证有待进一步开展	探索HCC进展的关键分子驱动因素并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌（HCC）	癌症生物学	肝癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组, ChIP, Co-IP	NA	RNA测序数据, 转录组数据	多个HCC患者队列的多维组学数据
37	2025-07-22	The pro-cancer and immunosuppressive activity of macrophage-transformed cancer-associated fibroblasts in oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-18, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.027 PMID:40684939	research paper	本研究探讨了口腔鳞状细胞癌（OSCC）中巨噬细胞转化的癌症相关成纤维细胞（MMT）的促癌和免疫抑制功能	揭示了MMT在OSCC中的存在及其通过CXCL10途径促进肿瘤免疫抑制微环境的机制	研究主要基于小鼠模型，人类OSCC中的MMT功能需进一步验证	理解MMT的起源、功能特征及其在OSCC中的形成和作用机制	口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的巨噬细胞转化的癌症相关成纤维细胞（MMT）	肿瘤微环境研究	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、流式细胞术	小鼠皮下OSCC肿瘤模型	基因表达数据、图像数据	OSCC病理切片、OSCC同种异体移植肿瘤、BMDM诱导的MMT细胞
38	2025-07-22	Single cell transcriptomic profiling of eosinophils and airway immune cells in childhood asthma 2025-Jul-18, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.034 PMID:40684957	研究论文	本研究通过优化单细胞RNA测序技术，提高了儿童哮喘患者鼻灌洗样本中粒细胞（尤其是嗜酸性粒细胞）的检测效率，并揭示了不同哮喘表型中的细胞组成和转录差异	采用10x Genomics Flex平台结合定制化数据处理流程，实现了粒细胞检测效率的显著提升（>16倍），并首次在儿童哮喘中识别出具有独特功能特征的嗜酸性粒细胞和中性粒细胞亚群	研究仅基于鼻灌洗样本，可能无法完全反映下呼吸道情况；样本量未明确说明	优化单细胞RNA测序技术以更好地捕获粒细胞，并探索儿童哮喘的发病机制	儿童哮喘患者的鼻灌洗样本中的粒细胞（尤其是嗜酸性粒细胞）和其他免疫细胞	单细胞转录组学	哮喘	scRNA-seq（10x Genomics Flex平台）	定制化数据处理流程	单细胞转录组数据	NA
39	2025-07-22	Discovery of protein lactylation-associated biomarkers and their potential pathogenic mechanisms in recurrent spontaneous abortion 2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146004 PMID:40685048	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，结合机器学习方法，鉴定了与蛋白质乳酸化相关的关键基因，并探索了这些基因在复发性自然流产(RSA)中的潜在致病机制	首次揭示了蛋白质乳酸化在复发性自然流产中的作用机制，特别是通过S100A11基因激活p38 MAPK-TGF-β1-SMAD-IL-10信号通路来调节免疫反应和滋养层细胞功能	研究结果需要进一步在更大样本和临床环境中验证，且具体的乳酸化修饰位点及其功能影响尚未完全阐明	探索蛋白质乳酸化在复发性自然流产中的分子机制及其作为生物标志物的潜力	复发性自然流产患者的基因表达数据和滋养层细胞功能	生物信息学	复发性自然流产	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习	机器学习方法(未指定具体模型)	基因表达数据	整合了三个数据集(GSE214607, GSE26787和GSE165004)，具体样本数量未明确说明
40	2025-07-22	Machine learning assisted immune profiling of COPD identifies a unique emphysema subtype independent of GOLD stage 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112966 PMID:40687815	研究论文	利用机器学习辅助COPD的免疫分析，发现了一种独立于GOLD分期的独特肺气肿亚型	通过多层次的免疫炎症特征分析和机器学习算法，识别出COPD患者中具有独特免疫特征的亚群，这一发现独立于GOLD分期	研究未提及样本的具体数量或多样性限制，也未讨论潜在的混杂因素	探索COPD的免疫炎症特征与疾病异质性之间的关系，以改进疾病分类和揭示炎症驱动的疾病亚型	COPD患者	机器学习	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞转录组学、空间转录组学、机器学习算法	NA	免疫细胞数据、细胞因子数据、转录组数据	NA