单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-07	Recognition of molecular clusters and a novel prognostic signature based on natural killer cell-related genes in skin cutaneous melanoma 2025-Sep-03, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03975-z PMID:40903770	研究论文	基于自然杀伤细胞相关基因识别皮肤黑色素瘤的分子亚型并构建新型预后标志物	首次基于NK细胞相关基因对SKCM进行分子分型，并整合多种机器学习算法构建12基因预后特征	基于公共数据库的回顾性分析，需进一步实验验证	开发皮肤黑色素瘤的预后预测模型	皮肤黑色素瘤患者样本	生物信息学	皮肤黑色素瘤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR, 机器学习算法	Cox回归模型, 多种机器学习算法组合	基因表达数据, 临床预后数据	来自TCGA、GEO等公共数据库的SKCM样本
22	2025-09-07	NUTM2A-AS1 as a potential key regulator in cancer: unraveling its ceRNA networks and impact on tumor biology 2025-Sep-03, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-03019-y PMID:40903777	综述	本文全面综述了长链非编码RNA NUTM2A-AS1在多种癌症中的ceRNA调控机制及其临床意义	系统整合了NUTM2A-AS1在不同癌种中的ceRNA作用网络，揭示了其通过海绵吸附miRNA调控关键致癌通路的新机制	缺乏体内实验和临床试验数据，需要未来研究进一步验证其治疗靶点潜力	阐明NUTM2A-AS1在癌症发生发展中的调控作用及其作为生物标志物的潜力	多种癌症类型（胃癌、肝癌、神经母细胞瘤等）及相关的分子机制	肿瘤生物学	多癌种（包括胃癌、肝癌、肺癌、前列腺癌等）	生物信息学分析、CRISPR、单细胞RNA测序	NA	实验数据、临床数据、生物信息学数据	NA（基于文献系统评价，未报告具体样本量）
23	2025-09-07	Tenascin-C expression in relation to tumor-stroma interaction in ameloblastoma 2025-Sep-03, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104237 PMID:40912374	研究论文	本研究探讨了细胞外基质糖蛋白Tenascin-C在成釉细胞瘤进展中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次揭示肿瘤-间质相互作用通过增强肿瘤源性TN-C表达促进成釉细胞瘤细胞迁移，并发现TN-C在侵袭前沿和恶性转化区域特异性高表达	NA	阐明Tenascin-C在成釉细胞瘤进展中的分子机制及临床意义	成釉细胞瘤标本、AM-1细胞系和人牙周膜成纤维细胞	数字病理学	成釉细胞瘤	免疫组化分析、RNA原位杂交、空间转录组学、共培养实验	NA	组织切片图像、基因表达数据	成釉细胞瘤标本（具体数量未注明）和体外细胞系模型
24	2025-09-07	Unraveling the developmental heterogeneity of human retinal ganglion cells within the developing retina to study to the continuity of maturation 2025-Sep-03, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.08.025 PMID:40912448	研究论文	利用单细胞RNA测序技术解析人类视网膜发育过程中视网膜神经节细胞的连续成熟轨迹	提出视网膜神经节细胞成熟是连续非离散过程的假设，并通过伪时间分析首次构建了RGC的完整成熟轨迹图谱	研究仅涵盖胎儿8-27周的发育阶段，未涉及出生后及成人视网膜的成熟过程	解析人类视网膜发育的细胞异质性，特别是视网膜神经节细胞的成熟连续性	人类胎儿视网膜组织中的视网膜神经节细胞(RGC)	单细胞基因组学	NA	scRNAseq（单细胞RNA测序）	伪时间分析	单细胞转录组数据	人类胎儿8-27周视网膜样本的单细胞测序数据
25	2025-09-07	Residual disease in NPM1-mutated acute myeloid leukemia 2025-Sep-03, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry DOI:10.1016/j.cca.2025.120586 PMID:40912477	综述	本文综述了NPM1突变急性髓系白血病中微小残留病（MRD）监测的分子技术进展与挑战	系统评估了qPCR、NGS、ddPCR等传统技术及CRISPR-Cas9、单细胞测序、人工智能等新兴技术在MRD监测中的应用潜力	人工智能工具临床转化受限，存在数据质量、算法偏见、基础设施和监管框架缺失等挑战	评估NPM1突变AML中MRD监测技术的临床应用与优化策略	NPM1基因突变的急性髓系白血病患者	数字病理	白血病	qPCR, NGS, ddPCR, CRISPR-Cas9, 单细胞测序	AI/ML（未指定具体模型）	分子检测数据	NA（综述文章未涉及具体样本量）
26	2025-09-07	Spatial and Functional Characterization of IL1RL1+ Mast Cells Reveals Immune Regulatory Roles in Renal Cancer 2025-Sep-03, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102049 PMID:40912479	研究论文	本研究揭示了IL1RL1+肥大细胞在肾透明细胞癌中的免疫调节作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次通过单细胞和空间转录组技术系统解析IL1RL1+肥大细胞在肾癌微环境中的空间分布和免疫功能，并证实其通过MHC-I通路增强CD8+ T细胞活化	研究主要基于数据库分析和实验验证，临床样本的多样性和机制深度有待进一步拓展	探究IL1RL1在肾透明细胞癌肿瘤微环境中的表达模式、细胞定位及免疫调节功能	肾透明细胞癌(ccRCC)组织及肿瘤微环境中的IL1RL1+肥大细胞	肿瘤免疫学	肾癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)、多重免疫组化(mIHC)、基因敲除实验	NA	基因表达数据、空间转录数据、免疫组化图像	TCGA和GEO数据库样本（具体数量未明确说明），包含肿瘤组织和癌旁正常组织
27	2025-09-07	GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs 2025-Sep-03, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678 PMID:40912654	研究论文	开发了一个名为GreenCells的综合性数据库，专门用于在单细胞水平探索植物长链非编码RNA（lncRNA）	首个专门针对植物lncRNA的单细胞分析资源，填补了现有数据库主要关注蛋白质编码基因而忽略lncRNA的空白	NA	研究植物lncRNA在单细胞分辨率下的表达和功能	八种植物的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	整合了八种植物的scRNA-seq数据，识别了2,177个lncRNA标记基因和68,869个蛋白质编码标记基因
28	2025-09-07	Establishment of Drosophila intestinal cell lines as tools for multiomic screening and deciphering intestinal biology 2025-Sep-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17336-z PMID:40897748	研究论文	本研究建立了首个果蝇肠道细胞系，用于多组学筛选和肠道生物学研究	首次成功建立果蝇肠道来源的细胞系，填补了该模型系统长期缺乏肠道细胞系的空白	NA	建立果蝇肠道细胞系工具，用于研究肠道发育、上皮组织和害虫管理	果蝇胚胎肠道细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、3D球体培养	NA	基因表达数据、形态学数据	三个细胞系（包括L15系）
29	2025-09-07	Single cell RNA seq reveals the pro-regenerative phenotype of thrombospondin-2 deficient dermal fibroblasts 2025-Sep-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-15839-3 PMID:40897801	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示血小板反应蛋白-2缺陷型真皮成纤维细胞具有促再生表型	首次在单细胞水平证明TSP2缺失导致Sox10+多能祖细胞富集并减少纤维化亚群，发现PDGF-β促存活信号增强和BMP4分化信号抑制的新机制	NA	探究血小板反应蛋白-2缺失对真皮成纤维细胞异质性和组织修复能力的影响	野生型和TSP2基因敲除小鼠的皮肤成纤维细胞	单细胞组学	组织修复与再生	scRNA-seq（单细胞RNA测序），免疫染色，计算机模拟分析	NA	单细胞转录组数据，图像数据	野生型和TSP2 KO小鼠的皮肤成纤维细胞样本
30	2025-09-07	Spatial transcriptomics of retinoblastoma: a visual window on intra-patient heterogeneity 2025-Sep-02, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14814-5 PMID:40898088	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析视网膜母细胞瘤的组织异质性，揭示组织学观察与分子分型之间的强相关性	首次在视网膜母细胞瘤中实现相邻分子亚型1和2的空间映射，并挑战了视网膜细胞瘤与高分化亚型1的现有诊断界限	仅基于单个病例的16个感兴趣区域进行分析，样本量有限	探索视网膜母细胞瘤的瘤内异质性及分子分型与组织学特征的关系	视网膜母细胞瘤肿瘤组织及非肿瘤视网膜组织	数字病理学	视网膜母细胞瘤	空间转录组学，免疫组织化学	NA	空间转录组数据，组织学图像	1例原发性眼球摘除病例，16个感兴趣区域
31	2025-09-07	A single-cell transcriptome atlas of pig skin reveals cellular heterogeneity from embryonic development to postnatal aging 2025-Sep-02, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02390-w PMID:40898171	研究论文	构建猪皮肤从胚胎发育到出生后衰老的单细胞转录组图谱，揭示细胞异质性和关键细胞类型的功能动态	首次在猪模型中跨10个发育阶段系统绘制皮肤单细胞图谱，发现新型AUTS2⁺成纤维细胞亚型并解析其神经调节功能	NA	解析哺乳动物皮肤发育和衰老的细胞分子机制	Chenghua猪皮肤组织	单细胞组学	皮肤生物学	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	443,529个细胞，涵盖胚胎56天至出生后7年共10个发育阶段
32	2025-09-07	Integrating single-cell transcriptomics, molecular docking, and dynamics simulations to characterize protein kinase X-linked mechanisms in osteosarcoma 2025-Sep-02, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147335 PMID:40907924	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、分子对接和动力学模拟，揭示了PRKX-CDC37相互作用在骨肉瘤中的变构机制，并发现麦角胺作为潜在抑制剂	首次结合单细胞RNA测序与分子动力学模拟解析PRKX-CDC37变构通路，并鉴定出HIS161关键靶点及纳米级亲和力抑制剂	研究主要基于计算模拟和体外实验，尚未进行体内验证或临床前研究	解析PRKX激酶的激活机制并评估其作为生物标志物和治疗靶点的临床潜力	骨肉瘤细胞系及PRKX-CDC37蛋白复合物	计算生物学	骨肉瘤	单细胞RNA-seq, 分子对接, 分子动力学模拟, siRNA敲低	AlphaFold预测模型, MD模拟	基因表达数据, 蛋白质结构数据	使用GSE152048单细胞RNA-seq数据集（具体样本数未明确说明）
33	2025-09-07	Mapping T cell dynamics to molecular profiles through behavior-guided transcriptomics 2025-Sep, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01126-4 PMID:39930061	研究论文	提出一种名为行为引导转录组学（BGT）的扩展协议，整合T细胞活体成像数据与单细胞转录组学	首次将T细胞动态行为数据与单细胞转录组学整合，揭示与T细胞行为相关的基因程序	需要使用者具备基础细胞培养、成像和编程技能，实验周期长达一个月	分析T细胞与肿瘤细胞相互作用中的分子驱动机制	患者来源肿瘤类器官（PDO）与工程化T细胞的共培养体系	免疫肿瘤学	癌症	scRNA-seq, 荧光激活细胞分选, 活体成像	BEHAV3D平台扩展协议	成像数据、转录组数据	NA
34	2025-09-07	Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in aortic tissue from patients with Behçet's syndrome 2025-Sep-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf252 PMID:40372706	研究论文	通过单细胞转录组测序分析白塞综合征患者主动脉组织的细胞和分子变化	首次在单细胞水平揭示白塞综合征患者主动脉组织的细胞组成、功能及细胞间通讯差异	样本量较小（仅3例患者和3例对照），且来自单一医疗中心	分析白塞综合征患者病变主动脉组织中不同细胞亚群的表达谱、表型、功能及细胞间通讯	人类主动脉组织样本（来自白塞综合征患者和动脉粥样硬化患者）	单细胞组学	白塞综合征	单细胞RNA测序（SeekOne® MM High Flux Single Cell Transcriptome Kit V4.1）	Seurat, Harmony, CellChat v1.6.1	单细胞转录组数据	6例参与者（3例白塞综合征患者，3例动脉粥样硬化对照）
35	2025-09-07	LaGrACE: estimating gene program dysregulation with latent regulatory network 2025-Sep, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00115-3 PMID:40588571	研究论文	提出LaGrACE方法，通过整合组学数据和临床信息评估基因程序失调	结合组学与临床数据估计基因程序失调的新方法，能识别具有生物学意义和预后价值的分子亚型	NA	开发评估基因程序失调的工具以揭示疾病亚群的分子机制	合成数据、bulk RNA-seq临床数据集（乳腺癌、COPD）和单细胞RNA-seq药物扰动数据集	生物信息学	乳腺癌、慢性阻塞性肺疾病	RNA-seq	NA	组学数据、临床信息	多个临床和单细胞RNA-seq数据集
36	2025-09-07	Recent Advances in Deciphering Normal and Diseased Aortic Valve Biology Using Transcriptomic Technologies 2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70835 PMID:40903834	综述	本文综述了转录组技术在揭示正常与病变主动脉瓣生物学机制中的最新进展，重点探讨细胞可塑性、异质性和细胞间相互作用	整合单细胞测序等前沿转录组技术系统解析主动脉瓣细胞异质性，并首次强调健康基线表征对疾病机制解读的关键作用	NA	阐明钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）的分子机制并为治疗开发提供靶点	主动脉瓣细胞（重点是瓣膜内皮细胞和单核细胞）	生物医学研究	心血管疾病	RNA测序(RNAseq), 单细胞测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	NA
37	2025-09-07	A semi-supervised Bayesian approach for marker gene trajectory inference from single-cell RNA-seq data 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf454 PMID:40802529	研究论文	提出一种半监督贝叶斯框架BayesTraj，用于从单细胞RNA测序数据中稳健推断细胞分化轨迹	结合谱系拓扑和标记基因表达的先验知识，通过概率混合模型和参数函数捕捉基因动态，采用HMC进行后验推断	NA	从静态单细胞转录组数据中准确推断细胞发育层次和命运转换的时序关系	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	贝叶斯概率模型，HMC	基因表达数据	模拟和真实数据集（具体数量未说明）
38	2025-09-07	After the bite: cellular responses to mosquito blood feeding 2025-Sep, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2025.07.018 PMID:40803965	研究论文	通过单细胞转录组学和代谢组学分析埃及伊蚊中肠和脂肪体组织在吸血后的细胞响应	首次在吸血后蚊子组织中鉴定新细胞类型和标记物，并揭示转录组和代谢响应及病毒感染的动态过程	NA	解析蚊子吸血后组织层面的细胞生态系统及其功能	埃及伊蚊（Aedes aegypti）的中肠和脂肪体组织	单细胞组学	虫媒病毒传染病	单细胞转录组学, 代谢组学	NA	转录组数据, 代谢组数据	NA
39	2025-09-07	Spatial colocalization and molecular crosstalk of myofibroblastic CAFs and tumor cells shape lymph node metastasis in oral squamous cell carcinoma 2025-Sep, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011791 PMID:40906645	研究论文	本研究通过整合多组学数据揭示了口腔鳞癌中肌成纤维样癌相关成纤维细胞（myCAFs）与肿瘤细胞的空间共定位及分子互作在淋巴结转移中的关键作用	首次发现myCAFs在淋巴结转移阳性样本中定量和功能激活，与肿瘤细胞在侵袭前沿空间共定位，并鉴定出23基因特征可作为预后标志物	机制研究主要基于数据分析和体外实验，需要更多体内实验验证	探究口腔鳞癌淋巴结转移的分子机制	口腔鳞癌患者样本和细胞系	数字病理学	口腔癌	基因组测序、转录组测序、单细胞转录组、空间转录组分析、免疫组化	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据、图像数据	90例侵袭前沿样本，整合公共数据库数据
40	2025-09-07	DISCO: A DIFFUSION MODEL FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS DATA COMPLETION 2025-Sep, Proceedings. International Conference on Image Processing DOI:10.1109/icip55913.2025.11084277 PMID:40909878	研究论文	提出一种基于扩散模型的空间转录组数据补全框架DISCO，用于修复技术限制导致的大面积数据缺失区域	首次将扩散模型应用于空间转录组数据补全，结合图神经网络编码器与双扩散模块（位置扩散和基因表达扩散），并引入邻域信息引导去噪过程	NA	解决空间转录组数据中大规模缺失区域的问题，提升下游分析的准确性和生物学解释可靠性	空间转录组数据（包含空间坐标和基因表达信息）	计算生物学	NA	空间转录组测序	扩散模型（Diffusion Model）、图神经网络（GNN）	空间基因表达数据	跨多个测序平台、物种和数据集的验证（具体数量未说明）