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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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21 | 2025-10-21 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
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研究论文 | 开发首个从DNA序列建模单细胞分辨率多组学图谱的框架scooby | 首个在单细胞分辨率从序列建模scRNA-seq覆盖度和scATAC-seq插入谱的框架,利用预训练模型Borzoi作为基础模型并配备细胞特异性解码器 | NA | 理解调控DNA元件如何影响单个细胞的基因表达,构建跨基因表达步骤的统一基因调控模型 | 造血系统数据集中的单细胞多组学数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,多组学分析 | 基础模型,细胞特异性解码器 | DNA序列,单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,单细胞多组学 | NA | NA |
22 | 2025-10-21 |
Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624562
PMID:39605372
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研究论文 | 本研究探讨双特异性磷酸酶1(DUSP1)在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控巨噬细胞炎症通路中的作用机制 | 首次应用单细胞RNA测序和多组学方法系统解析脂蛋白诱导的巨噬细胞异质性反应,并发现DUSP1在早期炎症调控中的关键作用 | 研究仅使用小鼠骨髓来源巨噬细胞,未在人体细胞或动物模型中进行验证 | 阐明DUSP1在莱姆病病原体脂蛋白诱导的宿主免疫反应中的调控机制 | 小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDMs) | 免疫学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
23 | 2025-10-21 |
Single-cell technology grows up: Leveraging high-resolution omics approaches to understand neurodevelopmental disorders
2025-Jun, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.102990
PMID:40036988
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综述 | 探讨利用单细胞和空间转录组学技术研究神经发育障碍的病因和机制 | 系统整合单细胞基因组学技术与神经发育障碍模型,在细胞分辨率层面定义疾病病因 | NA | 理解神经发育障碍的分子、细胞和环路机制 | 神经发育障碍模型和人类脑组织 | 基因组学 | 神经发育障碍 | 单细胞基因组学、空间转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
24 | 2025-10-21 |
A Low Expression of NRF2 Enhances Oxidative Stress and Autophagy in Myofibroblasts, Promoting Progression of Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现肌成纤维细胞中NRF2低表达通过激活氧化应激和自噬通路促进慢性阻塞性肺疾病进展 | 首次在单细胞水平揭示肌成纤维细胞中NRF2低表达通过氧化应激和自噬通路促进COPD进展的机制 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型,需要进一步临床验证 | 探索慢性阻塞性肺疾病炎症反应的潜在机制 | 人肺组织单细胞RNA测序数据和COPD小鼠模型 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | GSE171541数据集中的肺组织样本和COPD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
25 | 2025-10-21 |
FixNCut: A Practical Guide to Sample Preservation by Reversible Fixation for Single Cell Assays
2024-Sep-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5063
PMID:39315321
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研究论文 | 本文提供了FixNCut可逆固定方案的优化实用指南,用于单细胞分析中的样本保存 | 开发了可逆固定策略,将样本采集与下游应用分离,避免应激或坏死相关伪影 | NA | 建立可逆固定方案以改善单细胞分析中的样本保存 | 生物样本(组织和细胞悬液) | 单细胞分析 | NA | 可逆固定技术 | NA | 单细胞基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
26 | 2025-10-20 |
Spatially resolved transcriptomics reveals a unique disease signature and potential biomarkers for chronic traumatic encephalopathy
2025-Nov-01, Journal of neuropathology and experimental neurology
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/jnen/nlaf078
PMID:40680295
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研究论文 | 利用空间转录组学技术揭示慢性创伤性脑病的独特疾病特征和潜在生物标志物 | 首次通过空间转录组学在CTE病灶中发现21个基因的共同特征,揭示星形胶质细胞激活和细胞外基质重塑等关键病理机制 | 研究样本仅限于死后组织,无法进行纵向动态观察 | 解析慢性创伤性脑病的分子病理机制并寻找潜在诊断生物标志物 | 慢性创伤性脑病患者病灶组织与匹配正常组织 | 数字病理学 | 慢性创伤性脑病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 来自同一患者个体的CTE病灶和匹配正常组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组学平台 |
27 | 2025-10-20 |
Neoadjuvant immune checkpoint inhibition improves protection against hepatic melanoma metastasis
2025-Nov-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217950
PMID:40714065
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型证明新辅助免疫检查点抑制剂治疗对肝黑色素瘤转移具有更好的保护作用 | 首次比较新辅助与辅助免疫检查点抑制剂治疗在预防肝黑色素瘤转移中的效果差异 | 研究基于小鼠模型,需要进一步临床验证 | 评估新辅助免疫检查点抑制剂是否能预防肝黑色素瘤转移和治疗耐药性 | WT31和B16F10 luc2黑色素瘤细胞系的小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光,原位杂交,多重细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,图像数据,细胞因子数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
28 | 2025-10-20 |
Unraveling the Role of MDK-SDC4 Interaction in Pancreatic Cancer-Associated New-Onset Diabetes by Single-Cell Transcriptomic Analysis
2025-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409987
PMID:40709672
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示MDK-SDC4相互作用在胰腺癌相关新发糖尿病中的机制 | 首次发现MDK作为肿瘤细胞与β细胞间的相互作用介质,并通过SDC4受体下调Ras信号通路影响胰岛素分泌 | 未明确说明样本量大小及研究人群的具体特征 | 探索胰腺癌相关新发糖尿病(PCAND)的发病机制并寻找区分PCAND与2型糖尿病的生物标志物 | 胰腺癌细胞、β细胞、PCAND患者和T2DM患者 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
29 | 2025-10-19 |
Bile acids engage the SIPR-STAT3 signaling axis to modulate regulatory T cell responses in fibrosing cholangiopathies
2025-Nov, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.05.032
PMID:40545044
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研究论文 | 本研究揭示了胆汁酸通过S1PR-STAT3信号轴调控调节性T细胞在纤维化胆管病中的应答机制 | 首次发现胆汁酸通过S1PR-STAT3信号通路促进Treg细胞向Th17样表型转化,从而抑制其调节功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究胆汁酸在纤维化胆管病中如何影响调节性T细胞的功能 | 小鼠模型和130例胆道闭锁婴儿的肝组织样本 | 免疫学 | 胆管疾病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 功能验证实验 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 多个小鼠模型和130例人类婴儿样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
30 | 2025-10-19 |
Multimodal glioma immunotherapy combining TLR9-targeted STAT3 antisense oligodeoxynucleotides with PD1 immune checkpoint blockade
2025-Oct-14, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf099
PMID:40214214
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向STAT3的双链反义寡核苷酸联合PD1免疫检查点阻断的多模式胶质瘤免疫疗法 | 开发了细胞选择性的双链STAT3反义寡核苷酸,可特异性靶向胶质瘤细胞和胶质瘤相关髓系细胞而不影响T细胞 | 单药治疗无法达到治愈效果,仅能招募有限数量的耗竭CD8+ T细胞 | 开发胶质母细胞瘤免疫治疗新策略,克服治疗耐药性 | 人U251胶质母细胞瘤异种移植模型、小鼠GL261和QPP8胶质瘤模型 | 生物医学 | 胶质母细胞瘤 | 反义寡核苷酸技术、免疫检查点阻断、空间转录组学 | 动物模型 | 实验数据 | 免疫正常和免疫缺陷小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
31 | 2025-10-19 |
Single-cell and bulk transcriptome analysis identifies B-cell subpopulations and associated cancer subtypes with distinct clinical and molecular characteristics
2025-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01082-5
PMID:40526246
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组数据识别B细胞亚群及其与癌症预后的关联 | 首次在泛癌水平系统鉴定8个B细胞亚群并构建预后预测模型 | 样本来源和癌症类型仍有限,需要进一步实验验证 | 研究B细胞亚群在癌症中的临床意义和分子特征 | 424名患者的102,504个细胞,涵盖15种癌症类型 | 生物信息学 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,轨迹分析 | 无监督聚类,预测模型 | 单细胞转录组数据,批量转录组数据,空间转录组数据 | 102,504个细胞来自424名患者,15种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,批量RNA-seq | NA | NA |
32 | 2025-10-19 |
Epidermal Resident Memory T Cell Fitness Requires Antigen Encounter in the Skin
2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646438
PMID:40236062
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研究论文 | 本研究揭示了表皮组织驻留记忆T细胞(T)的适应性需要皮肤中抗原刺激的机制 | 发现表皮抗原经历通过TGFβRIII表达增强TGFβ受体亲和力,从而降低T细胞持久性对TGFβ的需求 | NA | 探究表皮组织驻留记忆T细胞适应性形成的分子机制 | 表皮CD8组织驻留记忆T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
33 | 2025-10-19 |
Semaphorin 6A phase separation sustains a histone lactylation-dependent lactate buildup in pathological angiogenesis
2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2423677122
PMID:40244673
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研究论文 | 本研究揭示了SEMA6A通过相分离机制维持组蛋白乳酸化修饰,促进病理性血管生成的新机制 | 首次发现SEMA6A的C端无序区域通过液-液相分离形成凝聚体,招募RHOA和P300促进组蛋白乳酸化循环 | 研究主要聚焦于视网膜病变模型,在其他血管疾病中的普适性需要进一步验证 | 探索病理性血管生成中组蛋白乳酸化修饰的调控机制 | 视网膜内皮细胞和氧诱导视网膜病变模型 | 表观遗传学 | 视网膜缺血性疾病 | CUT&Tag, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组学数据,表观遗传学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
34 | 2025-10-19 |
St3gal5-mediated sialylation of glyco-CD177 on neutrophils restricts neuroinflammation following CNS injury
2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2426187122
PMID:40244680
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研究论文 | 本研究揭示了St3gal5介导的中性粒细胞CD177糖基化在限制中枢神经系统损伤后神经炎症中的关键作用 | 首次发现CD177中性粒细胞作为抗炎亚群通过St3gal5介导的唾液酸化调控神经炎症,并提出FDA批准的丙戊酸可作为靶向中性粒细胞糖生物学的治疗策略 | CD177糖生物学在神经炎症中的具体分子机制仍需进一步阐明 | 探究中性粒细胞CD177糖基化在中枢神经系统损伤后神经炎症中的调控作用 | 人类和小鼠的中性粒细胞 | 免疫学 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序,糖蛋白组学,遗传学方法 | NA | 基因表达数据,蛋白质组学数据 | 人类和小鼠的中性粒细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
35 | 2025-10-19 |
Multi-omics analysis to explore the molecular mechanisms related to keloid
2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2025.107396
PMID:39874886
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研究论文 | 通过多组学分析探索瘢痕疙瘩形成的分子机制 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞RNA测序鉴定瘢痕疙瘩关键基因DUSP1和HOXA5 | 研究样本量有限,机制验证实验不足 | 揭示瘢痕疙瘩的致病机制并寻找潜在治疗靶点 | 瘢痕疙瘩组织样本 | 生物信息学 | 皮肤肿瘤 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 免疫浸润分析 | 网络分析, GSEA, GSVA | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
36 | 2025-10-19 |
Smyd3-mediated immuno-modulation in HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma mouse models
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110854
PMID:39310755
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Smyd3 ASOs治疗的小鼠口腔癌模型,揭示Smyd3在HPV阴性头颈鳞癌中的免疫调节功能及联合治疗耐药机制 | 首次在体内模型中证明Smyd3通过表观遗传调控I型IFN反应基因影响肿瘤免疫微环境,并系统解析了Smyd3 ASOs与抗PD-1联合治疗的耐药机制 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类患者中验证;耐药机制的具体分子通路尚未完全阐明 | 探究Smyd3在HPV阴性头颈鳞癌免疫调节中的作用及联合治疗耐药机制 | 小鼠口腔癌模型MOC1肿瘤组织 | 肿瘤免疫学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,反义寡核苷酸技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
37 | 2025-10-19 |
Integrated multi-omics analyses identify key anti-viral host factors and pathways controlling SARS-CoV-2 infection
2022-Aug-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-1910932/v1
PMID:36032971
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研究论文 | 通过整合多组学分析鉴定控制SARS-CoV-2感染的关键抗病毒宿主因子和通路 | 发现被先前研究遗漏的多个抗病毒宿主因子(如V-ATPases、ESCRT和N-糖基化通路组分),首次鉴定cohesin复合物作为新型抗病毒通路,并发现与重症COVID-19相关的转录因子KLF5 | 未明确说明研究样本规模和技术验证的局限性 | 系统鉴定控制SARS-CoV-2感染的宿主抗病毒因子和通路 | 宿主细胞因子、病毒-宿主相互作用网络 | 基因组学 | COVID-19 | CRISPR筛选、多组学整合分析、全基因组关联研究、单细胞RNA测序、蛋白质/RNA相互作用组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
38 | 2025-10-18 |
Single-cell transcriptomics reveals Sox6 positive interneurons enriched in the prefrontal cortex of female mice vulnerable to chronic social stress
2025-Nov, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03088-9
PMID:40581656
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示雌性小鼠前额叶皮层中Sox6阳性中间神经元在慢性社交应激易感性中的富集现象 | 首次在雌性小鼠中发现Sox6中间神经元在应激诱导抑郁中的特异性作用,并揭示其与炎症反应和突触功能的关联 | 研究仅限于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 探究慢性社交应激下雌性小鼠前额叶皮层的细胞和分子变化机制 | 雌性小鼠的前额叶皮层细胞 | 神经科学 | 抑郁症 | 单核RNA测序,加权基因共表达网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性社交挫败应激模型的雌性小鼠 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
39 | 2025-10-18 |
High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer
2025-Oct-16, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx3800
PMID:40705858
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研究论文 | 开发了一种基于基因编辑的空间谱系追踪技术PEtracer,用于在体内高分辨率绘制细胞状态和谱系动态 | 开发了基于prime editing的演化谱系追踪技术PEtracer,能够同时分析细胞状态和谱系关系,并兼容单细胞测序和多模态成像方法 | NA | 绘制发育和疾病过程中细胞命运决定的时空动态 | 小鼠肿瘤转移模型中的肿瘤细胞 | 空间转录组学 | 肿瘤转移 | prime editing, 空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据, 成像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | MERFISH空间转录组分析 |
40 | 2025-10-18 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Depletion and Dysregulation of Mycobacterium tuberculosis-Specific Th1 and Th17 Cells Early After Acquisition of Human Immunodeficiency Virus
2025-Oct-15, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiaf354
PMID:40605619
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了HIV感染早期结核分枝杆菌特异性Th1和Th17细胞的耗竭与功能失调 | 首次在HIV感染前后纵向分析结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞的单细胞转录组特征,发现早期耗竭模式和干细胞样细胞的富集 | 样本量有限,仅对部分个体进行了纵向分析 | 探究HIV感染对结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞频率和功能的影响 | HIV感染者和未感染者的结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞 | 单细胞生物学 | 结核病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | HIV感染和未感染个体队列,部分个体纵向采样 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |