单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-21	Exploring genetic causal relationships between spinal cord injury and glioma: a Mendelian randomization study 2025-Jun-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02919-z PMID:40526188	研究论文	本研究利用孟德尔随机化方法探索脊髓损伤与胶质瘤之间的遗传因果关系	首次应用多种孟德尔随机化统计方法结合RNA测序数据和机器学习风险分层分析这两种疾病的遗传关联	样本量有限且仅使用四个SNPs作为工具变量，可能影响统计效力	探究脊髓损伤与胶质瘤之间的潜在遗传因果关系	脊髓损伤患者与胶质瘤患者的遗传数据	遗传流行病学	胶质瘤/脊髓损伤	孟德尔随机化(MR)、RNA测序、单细胞RNA测序	MR Egger回归/逆方差加权(IVW)/加权模式	基因组数据/基因表达数据	FinnGen R11数据集和TCGA/GEO数据库样本（具体数量未明确说明）
22	2025-06-21	Roles of ACSL4/GPX4 and FSP1 in oxalate-induced acute kidney injury 2025-Jun-17, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02557-y PMID:40527896	研究论文	本研究探讨了ACSL4/GPX4和FSP1在草酸盐诱导的急性肾损伤（AKI）中的作用及其调控机制	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了草酸盐诱导的AKI小鼠模型中肾小管细胞的铁死亡现象，并明确了ACSL4和FSP1在其中的调控作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床样本中验证	探究草酸盐诱导的急性肾损伤中铁死亡的关键调控基因及其机制	草酸盐诱导的急性肾损伤小鼠模型和鼠肾小管上皮细胞系（MTECs）	生物医学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	NA
23	2025-06-21	A single-cell plume transcriptome atlas of the cold-seep tubeworm Paraescarpia echinospica 2025-Jun-17, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05392-z PMID:40527908	研究论文	本研究提供了深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组图谱，为深海管虫的单细胞分辨率分析奠定了基础	首次对深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物进行单细胞转录组分析，揭示了六种细胞簇及其相关基因	研究仅针对一种深海管虫的羽状物，可能无法完全代表其他深海管虫或不同组织	研究深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组，以了解其细胞组成和功能	深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
24	2025-06-21	Pathway-based cancer transcriptome deciphers a high-resolution intrinsic heterogeneity within bladder cancer classification 2025-Jun-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06682-1 PMID:40528211	研究论文	本研究通过基于通路的癌症转录组分析，揭示了膀胱癌内在异质性，并识别出四种具有不同分子、功能和表型特征的内在亚型	首次在膀胱癌中识别出四种内在亚型，这些亚型与现有转录分类重叠有限，并展现出前所未有的预测和预后价值	研究主要基于转录组数据，可能忽略了其他层面的异质性（如表观遗传或蛋白质组）	探索癌症内在基因表达谱对膀胱癌分类和预后的贡献程度及机制	膀胱癌患者样本	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组测序	机器学习算法	转录组数据	GSE135337和TCGA BLCA数据集中的样本
25	2025-06-21	Decoding hippocampal subfield and glial responses in ischemia using single-cell transcriptomics 2025-Jun-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06738-2 PMID:40528218	研究论文	通过单细胞转录组学解码缺血条件下海马亚区和胶质细胞的反应	揭示了全球脑缺血条件下海马CA1和CA3-DG亚区胶质细胞和血管细胞的分子特征和功能差异，发现了一种在缺血后海马中出现的独特少突胶质细胞亚型	研究仅使用了Sprague-Dawley大鼠模型，结果可能不能完全反映人类中风的情况	了解缺血前后海马不同区域的细胞和分子变化，以深入理解中风病理和恢复机制	Sprague-Dawley大鼠的海马CA1和CA3-DG区域	神经科学	中风	单细胞RNA测序	四血管闭塞(4-VO)手术模型	RNA测序数据	Sprague-Dawley大鼠（具体数量未提及）
26	2025-06-21	Mechanical tension-induced Dalrd3 elevation enhances osteogenic differentiation of bone suture stem cells by upregulating Id3 translation 2025-Jun-17, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04380-9 PMID:40528244	研究论文	本研究探讨了机械张力通过上调Dalrd3表达及其相关的tRNA m3C修饰，增强骨缝干细胞（SuSCs）成骨分化的机制	揭示了机械张力激活的SuSCs中Dalrd3通过上调Id3翻译促进成骨分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床中进行验证	探究机械张力如何通过Dalrd3调控SuSCs的成骨分化	骨缝干细胞（SuSCs）	骨生物学	颅面畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠快速上颌扩张（RME）模型	RNA测序数据	NA
27	2025-06-21	Single-cell and spatial transcriptome analyses reveal MAZ(+) NPC-like clusters as key role contributing to glioma recurrence and drug resistance 2025-Jun-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06706-w PMID:40524155	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示MAZ(+) NPC样簇在胶质瘤复发和耐药性中的关键作用	首次在单细胞和空间转录组水平上鉴定出MAZ(+) NPC样簇是胶质瘤耐药的关键因素，并提出了联合用药策略	研究样本量有限，且未进行体内实验验证	探索胶质瘤对替莫唑胺耐药的分子机制并寻找潜在治疗策略	胶质瘤细胞	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序、空间转录组测序、批量RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
28	2025-06-21	A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657841 PMID:40502063	研究论文	开发了一种多步骤免疫活性遗传小鼠模型，用于研究葡萄膜黑色素瘤的表型可塑性	通过逐步引入与人类葡萄膜黑色素瘤进展相关的遗传改变，创建了一个能更准确模拟人类疾病进展的免疫活性小鼠模型	NA	研究葡萄膜黑色素瘤的生物学特性，并为免疫治疗策略的开发提供平台	葡萄膜黑色素瘤	肿瘤生物学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序	遗传工程小鼠模型	基因表达数据	NA
29	2025-06-21	The high efficacy of claudin18.2-targeted CAR-T cell therapy in advanced pancreatic cancer with an antibody-dependent safety strategy 2025-Jun-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.012 PMID:39797399	研究论文	本研究报道了使用表达tEGFR的claudin18.2靶向CAR-T细胞治疗3例晚期胰腺癌患者的高效性及抗体依赖性安全策略	首次展示了claudin18.2靶向CAR-T细胞在胰腺癌中的强大抗肿瘤活性，并提出了使用抗体依赖性安全开关策略控制CAR-T细胞引起的脱靶毒性	研究样本量较小（仅3例患者），且观察到胃黏膜损伤等脱靶毒性	评估claudin18.2靶向CAR-T细胞治疗晚期胰腺癌的疗效和安全性	晚期胰腺癌患者	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	CAR-T细胞疗法、单细胞转录组测序、T细胞受体测序	NA	临床数据、测序数据	3例晚期胰腺癌患者
30	2025-06-21	Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts Contribute to Microvascular Proliferation in Glioblastoma and are Correlated with Immunosuppression and Poor Outcome 2025-Jun-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中微血管增殖（MVP）的机制及其与免疫抑制和不良预后的关联	揭示了PDGFRB作为引导间充质干细胞向更成熟的血管周围基质细胞分化的驱动基因，并发现了PDGFRB+血管周围基质细胞与免疫抑制性髓系细胞亚群之间的相互作用	样本量较小（16例原发性胶质瘤患者样本），且研究结果需要在更大样本中验证	阐明胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其临床意义	胶质母细胞瘤患者的血管周围基质细胞和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
31	2025-06-21	The release of NETs during SFTSV infection downregulates the specific inflammatory factors that lead to liver and spleen damage 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf053 PMID:40275780	研究论文	本文研究了严重发热伴血小板减少综合征病毒感染过程中中性粒细胞胞外诱捕网的释放如何下调特定炎症因子，从而导致肝脏和脾脏损伤	揭示了严重发热伴血小板减少综合征病毒触发NETosis的机制，并发现中性粒细胞胞外诱捕网通过下调特定炎症因子阻碍免疫反应和器官修复过程	研究结果基于细胞和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨严重发热伴血小板减少综合征病毒感染导致组织损伤的分子机制	严重发热伴血小板减少综合征患者、细胞模型（Thp-1细胞）和动物模型	免疫学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞测序、转录组测序	NA	测序数据、组织样本	NA
32	2025-06-21	Human microglia in brain assembloids display region-specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation: Microglial diversity and response in assembloids 2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657874 PMID:40501840	研究论文	本研究通过构建区域特异性大脑类器官（皮质、纹状体和中脑）并结合人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞在人类大脑不同区域的特异性及其对神经回路的调控作用	首次在区域特异性大脑类器官中整合人类小胶质细胞，并发现六种具有独特区域特征的小胶质细胞亚型，特别是纹状体类器官中高度富集GABA受体基因的亚型	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内复杂的神经免疫互作环境	探究小胶质细胞在人类大脑不同区域的特异性及其对神经回路的调控作用	人类小胶质细胞和区域特异性大脑类器官（皮质、纹状体和中脑）	神经科学	自闭症	单细胞RNA测序、化学遗传学	大脑类器官模型	基因表达数据、钙信号数据	多种区域特异性大脑类器官（皮质、纹状体和中脑）
33	2025-06-21	DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327 PMID:40444783	research paper	介绍了一种名为DiSC的统计工具，用于快速分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	DiSC通过提取多个分布特征，联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架来控制错误发现率（FDR），在统计功效和计算效率上优于现有方法	虽然DiSC是为scRNA-seq数据开发的，但其在其他类型单细胞数据上的应用仍需进一步验证	开发一种高效且统计功效强大的方法，用于分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	单细胞RNA测序数据	生物信息学	COVID-19, 阿尔茨海默病	scRNA-seq, 流式细胞术	统计模型	单细胞RNA测序数据	NA
34	2025-06-21	New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics 2025-Jun, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13818 PMID:39902627	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，发现POSTN阳性间充质成纤维细胞在瘢痕疙瘩中的关键作用以及IGFBP2阳性成纤维细胞的抗纤维化潜力	首次利用单细胞RNA测序技术揭示瘢痕疙瘩中不同成纤维细胞亚群的异质性及其在纤维化过程中的不同作用，并发现EC10内皮细胞亚群具有间充质激活特性	样本量较小（仅3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本），需要更大规模的研究验证结果	探索瘢痕疙瘩的发病机制并开发新的抗纤维化治疗策略	瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织中的细胞亚群	单细胞多组学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本
35	2025-06-21	Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome 2025-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03623-9 PMID:40195449	研究论文	本研究揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并提供了用于临床前研究的模型	首次揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并开发了人源化疾病模型	研究样本量较小（仅9名男性患者）	探究VEXAS综合征中造血克隆优势的致病机制	VEXAS综合征患者及人源化疾病模型	血液学	VEXAS综合征	单细胞转录组学、碱基编辑	人源化疾病模型	转录组数据、表型数据	9名男性VEXAS综合征患者
36	2025-06-21	Broad rim lesions are a new pathological and imaging biomarker for rapid disease progression in multiple sclerosis 2025-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03625-7 PMID:40301560	研究论文	本研究通过分析多发性硬化症（MS）尸检队列，发现了一种新的病理和影像学生物标志物——宽边缘病变，该病变与疾病快速进展相关	首次发现宽边缘病变作为MS快速进展的生物标志物，并通过空间转录组学和独立PET研究验证其关联性	研究基于尸检样本，可能无法完全反映活体患者的动态变化	探究多发性硬化症疾病进展的机制并寻找相关生物标志物	多发性硬化症患者尸检样本（186例）和独立PET研究参与者（114例）	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学、PET成像	NA	组织病理学图像、转录组数据、PET影像数据	300例（186例尸检样本+114例PET研究参与者）
37	2025-06-21	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	本文研究了通过抑制基质机械感知来抑制心脏纤维化的机制	发现SRC激酶作为纤维化细胞富集的机械传感器，可通过药物抑制模拟基质软化效果，并与TGFβ抑制协同作用	研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，人类临床应用效果尚需验证	探索治疗心血管纤维化的新型机械治疗策略	心脏成纤维细胞和肌成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、药物抑制实验	小鼠心衰模型、工程化心脏组织	基因表达数据、生理功能数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集
38	2025-06-21	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学方法，研究水稻根部在不同土壤条件下细胞水平的适应性变化	揭示了根部组织在单细胞分辨率下如何适应不同土壤条件的分子机制，特别是外根细胞类型在营养稳态、细胞壁完整性和防御方面的转录反应	研究主要集中于水稻根部，可能无法完全代表其他植物物种的适应性机制	探究根部组织在单细胞水平上如何适应不同土壤条件和环境压力	水稻根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
39	2025-06-21	Accurate Transcription Factor Activity Inference to Decipher Cell Identity from Single-Cell Transcriptomic Data with MetaTF 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410745 PMID:40397381	研究论文	本文介绍了一个名为metaTF的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，以更好地理解细胞身份和功能	metaTF框架在估计转录因子活性方面优于现有方法，并在小鼠造血干细胞发育和乳腺癌上皮细胞功能身份表征中表现出改进的效果，还发现了肿瘤免疫微环境中神经调节T细胞的新亚群	NA	通过推断转录因子活性来解密单细胞转录组数据中的细胞身份	小鼠造血干细胞、乳腺癌上皮细胞、肿瘤免疫微环境中的T细胞	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	metaTF	单细胞转录组数据	NA
40	2025-06-21	Multigenerational cell tracking of DNA replication and heritable DNA damage 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08986-0 PMID:40399682	研究论文	该研究通过多代单细胞追踪技术，结合内源性标记蛋白和定制计算工具，揭示了致癌扰动如何诱导姐妹细胞不对称性和表型异质性	使用双CRISPR基因组编辑技术同时追踪DNA复制模式和可遗传的内源性DNA损伤，结合单细胞转录组学揭示了致癌事件如何触发多倍体化的多种途径	研究仅追踪了最多四代的细胞谱系树，可能无法完全反映长期细胞异质性的发展过程	解析细胞异质性的来源及其在多代细胞中的传递机制	异步生长的细胞及其多代谱系	单细胞分析	癌症	双CRISPR基因组编辑、单细胞转录组学、迭代染色	NA	单细胞数据、基因组数据、转录组数据	多代细胞谱系树（最多四代）