单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-08-05	Comparative ScRNA-Seq Profiling of Antigen-Specific CD4+ T cells in Semi-Allogeneic Transplantation and Pregnancy Reveals Intersecting Signatures of Rejection and Tolerance 2025-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.06.663404 PMID:40672265	研究论文	通过单细胞RNA测序比较半同种异体移植和妊娠中抗原特异性CD4+ T细胞的转录状态，揭示排斥和耐受的交叉特征	首次在移植和妊娠模型中系统比较了抗原特异性CD4+ T细胞的转录状态，发现了排斥和成功妊娠中激活的滤泡和非滤泡效应表型的显著重叠	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探索移植和妊娠免疫中抗原特异性CD4+ T细胞的转录状态差异	抗原特异性CD4+ T细胞（包括常规T细胞和调节性T细胞）	免疫学	移植排斥/妊娠免疫	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型（包括初次妊娠、父系皮肤致敏妊娠模型、同种异体心脏移植模型）及部分人类数据集
22	2025-08-05	Metabolic Analysis of Tumor Cells Within Ameloblastoma at the Single-Cell Level 2025-Jul, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15239 PMID:39737843	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性	首次在单细胞水平上揭示了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性，并确定了线粒体编程和糖酵解是影响肿瘤细胞代谢特征的主要因素	研究仅基于3个供体的17,284个细胞，样本量相对较小	表征成釉细胞瘤肿瘤细胞在单细胞分辨率下的代谢异质性	成釉细胞瘤肿瘤细胞	单细胞组学	成釉细胞瘤	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	3个供体的17,284个细胞
23	2025-08-05	CCL19+ Fibroblasts Promote Tertiary Lymphoid Structure in Oral Lichen Planus: A Retrospective Study 2025-Jul, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15266 PMID:39962879	研究论文	本研究探讨了口腔扁平苔藓(OLP)中适应性免疫的启动机制，特别关注诱导性三级淋巴结构(iTLSs)和基质-免疫微环境的作用	首次在单细胞分辨率水平上揭示了OLP中iTLSs的细胞组成和成纤维细胞-免疫细胞相互作用，并发现CCL19+成纤维细胞在T细胞趋化中的关键作用	这是一项回顾性研究，样本量有限，且机制研究主要在组织水平进行	阐明口腔扁平苔藓的发病机制，特别是三级淋巴结构和基质-免疫微环境的作用	口腔扁平苔藓患者组织和临床数据	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序，多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据，图像数据	回顾性收集的OLP患者临床数据
24	2025-08-05	Chikungunya virus persists in joint-associated macrophages and promotes chronic disease 2025-Jun-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1 PMID:40678223	research paper	该研究探讨了基孔肯雅病毒在关节相关巨噬细胞中的持续存在及其对慢性疾病的促进作用	通过scRNA-seq、空间转录组学和流式细胞术，发现关节相关组织中炎症性巨噬细胞的积累及其携带的CHIKV RNA，揭示了CD4 T细胞在炎症中的潜在作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类慢性疾病的机制	研究基孔肯雅病毒等关节致病性甲病毒导致慢性疾病的机制	感染甲病毒的小鼠关节相关组织	病毒学	基孔肯雅病毒感染	scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术	NA	RNA-seq数据, 流式细胞数据	感染甲病毒的小鼠关节相关组织样本
25	2025-08-05	Exact Expectation of Complete Spatial Randomness for Nearest Neighbor G(r): A Scalable Alternative to Permutations 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.659088 PMID:40666920	研究论文	提出了一种无需置换的闭式解析解方法，用于快速计算最近邻空间随机性（CSR）的均值和方差	提供了闭式解析解替代计算昂贵的置换方法，显著提高了计算效率和可重复性	未明确提及方法在其他类型空间数据或更大样本量下的适用性	开发一种快速、可重复的空间随机性计算方法，用于流行病学、组织生物学等领域	空间点模式数据，特别是免疫荧光样本中的细胞分布	空间分析	肾细胞癌	多重免疫荧光	解析解方法	空间点数据	模拟样本30个点，真实肾细胞癌样本未明确数量
26	2025-08-05	Spatially-distinct programming of macrophage diversity within the granulomas of Mycobacterium tuberculosis infected nonhuman primates 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659348 PMID:40667206	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，分析了非人灵长类动物早期结核病模型中肺组织和肉芽肿内巨噬细胞的表型和功能多样性	揭示了巨噬细胞在结核病肉芽肿中的空间分布多样性及其与结核分枝杆菌感染的关联	研究仅限于早期结核病模型，未涵盖疾病进展的后期阶段	探究结核病肉芽肿中巨噬细胞的表型和功能多样性及其在结核病发病机制中的作用	非人灵长类动物早期结核病模型中的巨噬细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	RNA测序数据, 图像数据	非人灵长类动物早期结核病模型的肺组织和肉芽肿样本
27	2025-08-05	CrebA regulation of secretory capacity: Genome-wide transcription profiling coupled with in vivo DNA binding studies 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659381 PMID:40667345	研究论文	研究果蝇CrebA转录因子通过直接调控分泌途径组分基因（SPCGs）来增强胚胎唾液腺分泌能力的机制	揭示了CrebA及其哺乳动物同源物Creb3L家族在增强分泌能力中的高度保守作用，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）探索了CrebA结合与基因调控的关系	尚不清楚是什么区分了功能性结合，以及CrebA是否是所有果蝇胚胎组织中驱动SPCG基因表达的主要因子，或者CrebA是否还调控其他组织特异性功能	探究CrebA转录因子在增强分泌能力中的作用及其调控机制	果蝇胚胎唾液腺及哺乳动物组织	分子生物学	NA	DNA结合实验、表达分析、结合位点诱变、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型和CrebA缺失型果蝇胚胎
28	2025-08-05	Systematic characterization of the ovarian landscape across mouse menopause models 2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.658920 PMID:40661543	research paper	系统比较了三种小鼠更年期模型，揭示了卵泡丢失、内分泌紊乱和转录重塑的共同及模型特异性特征	首次系统比较了三种小鼠更年期模型，包括完整衰老、化学卵巢卵泡耗竭和遗传模型，揭示了模型特异性特征	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类更年期的复杂性	研究更年期的分子机制及其对全身健康的影响	三种小鼠更年期模型（完整衰老、化学卵巢卵泡耗竭、遗传模型）	生物医学研究	更年期相关疾病	组织学、血清激素分析、单细胞转录组学、机器学习	机器学习	分子和表型数据	三种小鼠模型
29	2025-08-05	Deciphering the role of SEMA4A/MAPK signaling in sepsis: insights from Mendelian randomization, transcriptomic, single-cell sequencing analyses, and vitro experiments 2025, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2025.1606509 PMID:40756031	研究论文	本研究通过整合转录组学、单细胞测序分析和体外实验，揭示了SEMA4A/MAPK信号在脓毒症中的关键作用	首次结合孟德尔随机化、转录组学和单细胞测序分析，鉴定出SEMA4A等核心脓毒症基因，并通过体外实验验证其作用机制	研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证	探索脓毒症的新治疗靶点	脓毒症患者样本和THP-1单核细胞	生物医学研究	脓毒症	转录组测序、scRNA-seq、体外细胞实验	孟德尔随机化模型	基因表达数据、单细胞数据	3个独立转录组数据集（来自GEO数据库）
30	2025-08-05	To explore the potential of LOXL2 as a biomarker in glioma and construct a genomic integrated clinical prognostic model 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1602475 PMID:40756111	研究论文	本研究通过生物信息学技术分析LOXL2在胶质瘤发生发展中的生物学功能，并评估其作为预后标志物的潜力	首次系统评估LOXL2作为胶质瘤预后标志物的潜力，并构建基因组整合的临床预后模型	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	提高胶质瘤诊疗策略	胶质瘤患者	生物信息学	胶质瘤	生物信息学分析、scRNA-seq	COX回归、nomogram、DCA	基因组数据、临床数据	CCGA和TCGA队列数据
31	2025-08-05	Single-cell RNA sequencing using split-pool barcoding reveals transcriptional heterogeneity in Porphyromonas gingivalis with implications for periodontal pathogenesis 2025, Journal of oral microbiology IF:3.7Q2 DOI:10.1080/20002297.2025.2540827 PMID:40756339	研究论文	该研究首次应用分裂池条形码单细胞RNA测序技术，揭示了牙龈卟啉单胞菌在单细胞水平的转录异质性	首次构建牙龈卟啉单胞菌的单细胞转录图谱，发现具有功能意义的稀有亚群	仅针对实验室培养的W83菌株进行研究，未涉及临床样本或体内环境	探索牙龈卟啉单胞菌的转录异质性及其在牙周病发病机制中的作用	牙龈卟啉单胞菌W83菌株的1,942个单细胞	微生物组学	牙周病	分裂池条形码单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	1,942个牙龈卟啉单胞菌W83单细胞
32	2025-08-05	New insights into acute ischemic stroke from the perspective of spatial omics 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.113396 PMID:40756344	综述	本文从空间单细胞组学的角度总结了急性缺血性脑卒中（AIS）后不同时间点和空间分布下小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及其亚群以及浸润性外周免疫细胞的生物学功能和相互作用机制	首次从空间单细胞组学的角度总结了AIS后不同细胞类型及其亚群在时间和空间上的相互作用机制	NA	理解急性缺血性脑卒中后复杂细胞间相互作用的机制，为精准干预和靶向治疗奠定基础	小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞及其亚群以及浸润性外周免疫细胞	空间转录组学	急性缺血性脑卒中	空间转录组技术	NA	基因表达数据	NA
33	2025-08-05	Single-cell RNA sequencing uncovers intestinal immune alterations and cellular diversity from chronic fluoride exposure in mice 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.116567 PMID:40756359	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示长期氟化物暴露对小鼠肠道免疫及细胞多样性的影响	首次利用单细胞RNA测序技术系统解析氟化物暴露下肠道细胞的异质性及免疫调控机制，揭示MHC-II信号通路在肠上皮细胞与免疫细胞互作中的核心作用	研究仅基于小鼠模型，人类肠道对氟化物的响应机制仍需验证；抗生素干预可能影响肠道微环境的自然状态	探究长期中高浓度氟化物暴露对肠道细胞组成及免疫功能的影响机制	50ppm氟化钠处理56周的C57BL/6小鼠回肠组织	单细胞组学	代谢性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、Cellchart细胞通讯分析、荧光原位杂交(FISH)、广谱抗生素处理	NA	单细胞转录组数据、微生物组数据	氟化物暴露组与对照组小鼠回肠组织（具体数量未明确说明）
34	2025-08-05	Analysis of histone modifications in key cellular subpopulations in the context of azoospermia using spermatogenic single-cell RNA-seq data 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1626153 PMID:40756901	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析非梗阻性无精子症（NOA）中特定睾丸细胞亚群的组蛋白修饰作用	揭示了NOA中特定细胞亚群（如Leydig细胞、PTM细胞和巨噬细胞）中组蛋白修饰相关基因的显著富集，以及HDAC2的上调，为NOA的分子机制提供了新见解	研究依赖于公开的scRNA-seq数据（GSE149512），可能受限于样本量和数据质量	探究非梗阻性无精子症（NOA）的分子机制，特别是组蛋白修饰在特定睾丸细胞亚群中的作用	非梗阻性无精子症（NOA）患者的睾丸组织细胞亚群	生殖健康	男性不育症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	来自Gene Expression Omnibus（GSE149512）的scRNA-seq数据
35	2025-08-05	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomic data reveals altered cellular composition and predictive cell types in ectopic endometriosis 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1641982 PMID:40757199	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了异位子宫内膜异位症的细胞组成变化及预测性细胞类型	首次鉴定出MUC5B+上皮细胞和dStromal晚期间充质细胞作为子宫内膜异位症纤维化和炎症的双重驱动因素，并发现MUC5B+上皮细胞可能是诊断子宫内膜异位症的首要因素	研究依赖于公共数据库数据，可能受到样本来源和数量的限制	研究子宫内膜异位症的细胞分类和组成，以改善其诊断和治疗	子宫内膜异位症患者的细胞组成	数字病理学	子宫内膜异位症	scRNA-seq, CIBERSORTx算法, 随机森林模型, 免疫组化验证	随机森林	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GEO公共数据库和参考scRNA-seq图谱
36	2025-08-05	Identification of the CD8 + T-cell Related Signature for Predicting the Prognosis of Gastric Cancer Based on Integrated Analysis of Bulk and Single-cell RNA Sequencing Data 2024-Sep-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000528 PMID:38809517	research paper	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，识别了与CD8 + T细胞相关的特征，用于预测胃癌患者的预后	首次探索了CD8 + T细胞在胃癌中的作用，并构建了一个新的风险模型和定量列线图来预测预后和指导免疫治疗决策	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	预测胃癌患者的预后并指导免疫治疗决策	胃癌患者的基因表达数据和CD8 + T细胞相关基因	digital pathology	gastric cancer	RNA-seq, scRNA-seq	risk model, nomogram	gene expression data	数据来源于The Cancer Genome Atlas数据库和GSE134520数据集
37	2025-08-05	TIGIT Blockade Reshapes the Tumor Microenvironment Based on the Single-cell RNA-Sequencing Analysis 2024-Jun-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000511 PMID:38545758	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究TIGIT阻断对肿瘤微环境的改变及其在癌症免疫治疗中的潜力	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析TIGIT阻断后肿瘤微环境的变化，揭示了TIGIT阻断对Treg细胞、NK细胞和cDC1细胞的影响及其机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究TIGIT阻断对肿瘤免疫微环境的影响及其在癌症治疗中的应用	小鼠模型中的T细胞、NK细胞和cDC1细胞	肿瘤免疫学	恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明小鼠数量
38	2025-08-05	AI identifies potent inducers of breast cancer stem cell differentiation based on adversarial learning from gene expression data 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae207 PMID:38701411	研究论文	利用基于对抗学习的人工智能方法，从基因表达数据中识别能够有效诱导乳腺癌干细胞分化的小分子	采用对抗学习方法消除不同数据域间的偏差，基于转录组数据预测小分子的分化诱导能力	仅验证了六种高分分子中的五种，样本量有限	开发针对乳腺癌干细胞的靶向治疗策略	乳腺癌干细胞（MDA-MB-231和MCF7细胞系）	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度神经网络（DNN）与对抗学习	基因表达数据	公开可用的未处理人类诱导多能干细胞单细胞RNA-Seq数据及LINCS数据库药物诱导基因表达谱
39	2025-08-05	scCRT: a contrastive-based dimensionality reduction model for scRNA-seq trajectory inference 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae204 PMID:38701412	研究论文	本文介绍了一种名为scCRT的新型降维模型，用于单细胞RNA测序数据的轨迹推断	scCRT整合了细胞级和集群级的对比学习模块，以利用上游分析的先验信息，提高轨迹推断的准确性	未明确提及具体局限性	开发一种专门用于单细胞RNA测序轨迹推断的降维模型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对比学习模型	基因表达数据	54个真实数据集和81个合成数据集，总计135个数据集
40	2025-08-05	scEWE: high-order element-wise weighted ensemble clustering for heterogeneity analysis of single-cell RNA-sequencing data 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae203 PMID:38701413	研究论文	提出了一种名为scEWE的高阶元素加权集成聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的异质性分析	提出了一种基于自表示集成学习框架的高阶元素加权策略，能够为单个细胞分配不同的基础聚类权重，并提取细胞间的高阶信息	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据异质性分析的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	集成学习框架	基因表达数据	未明确提及具体样本量