单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-23	Hybrid identity and distinct methylation profiles of incomplete intestinal metaplasia in the stomach 2025-Jul-21, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335793 PMID:40691053	研究论文	本研究通过空间转录组学和DNA甲基化分析，揭示了不完全肠化生（Inc IM）在胃癌发生中的分子特征和潜在作用	首次发现Inc IM具有混合转录组特征和双谱系潜能，并证实其作为胃癌真正前体病变的分子基础	样本来源和数量可能限制结果的普遍性，且机制研究主要基于体外器官模型	阐明Inc IM的分子特征、分化潜能及其与胃癌发生的相关性	胃不完全肠化生组织和胃癌组织	数字病理学	胃癌	空间转录组学、DNA甲基化分析、单细胞RNA测序	器官模型	转录组数据、甲基化数据	未明确说明具体样本数量，但包含GIM和GC组织样本
22	2025-07-23	Single-cell and spatial transcriptomics reveal mechanisms of radioresistance and immune escape in recurrent nasopharyngeal carcinoma 2025-Jul-21, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02253-8 PMID:40691404	研究论文	通过单细胞和空间转录组学分析揭示了复发性鼻咽癌的放射抵抗和免疫逃逸机制	揭示了MCAM癌症相关成纤维细胞通过胶原IV-ITGA2-FAK-AKT轴促进肿瘤放射抵抗，以及胶原IV抑制T细胞浸润的机制	样本量相对较小（39个肿瘤来自24名患者），可能影响结果的普遍性	研究复发性鼻咽癌的放射抵抗和免疫逃逸机制	复发性鼻咽癌（rNPC）的肿瘤微环境	数字病理学	鼻咽癌	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	39个肿瘤样本来自24名患者
23	2025-07-23	Human fetal kidney organoids model early human nephrogenesis and Notch-driven cell fate 2025-Jul-21, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00504-2 PMID:40691416	研究论文	本研究建立了一种化学定义、无血清的长期培养人类胎儿肾脏来源类器官（hFKOs）的体外方案，用于模拟人类肾脏发育和疾病	开发了一种新的hFKOs培养方案，能够自我组织成极化的肾上皮，重新启动NCAM1祖细胞，并重现肾单位和输尿管芽谱系	NA	模拟人类肾脏发育和疾病，推动干细胞生物学和再生医学领域的发展	人类胎儿肾脏来源的类器官（hFKOs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序、假时间分析、免疫染色	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
24	2025-07-23	"Small extracellular vesicles: messengers at the service of breast cancer agenda in the primary and distant microenvironments" 2025-Jul-21, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03471-y PMID:40691627	综述	本文综述了小细胞外囊泡在乳腺癌原发和远处微环境中的作用及其临床应用潜力	强调了小细胞外囊泡在免疫调节、基质重塑和转移灶形成中的关键作用，并探讨了其在液体活检和个性化治疗中的潜在应用	讨论了小细胞外囊泡异质性和追踪限制等主要挑战	探讨小细胞外囊泡在乳腺癌微环境中的作用及其临床应用	乳腺癌及其微环境中的小细胞外囊泡	肿瘤生物学	乳腺癌	超速离心、免疫亲和、微流控系统、单细胞转录组学、多组学方法	NA	蛋白质、脂质、DNA、非编码RNA	NA
25	2025-07-23	Single cell sequencing deciphering the heterogeneous landscape of blastic plasmacytoid dendritic cell neoplasm with novel MYB-ZFAT fusion gene 2025-Jul-21, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03899-4 PMID:40691845	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了浆细胞样树突状细胞肿瘤（BPDCN）的异质性景观，并发现了一种新的MYB-ZFAT融合基因	发现了新的MYB-ZFAT融合基因，并揭示了BPDCN的细胞异质性，挑战了单一细胞类型的理论	研究样本量较小，可能影响结果的普遍性	探索BPDCN的分子基础和细胞异质性	浆细胞样树突状细胞肿瘤（BPDCN）患者	数字病理学	血液癌症	单细胞测序、FACS免疫表型分析、核型分析、转录组和蛋白质结构分析	NA	临床样本、单细胞测序数据	BPDCN患者样本（具体数量未明确说明）
26	2025-07-23	Single-cell RNA sequencing uncovers abnormal Sertoli-cell elevation and testicular niche impairment in the transfemales's testis 2025-Jul-20, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01445-3 PMID:40685388	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究跨性别女性睾丸中Sertoli细胞异常增多及睾丸微环境受损的情况	首次在跨性别女性睾丸中发现Sertoli细胞数量异常增多及其分子特征，揭示了生殖细胞-Sertoli细胞相互作用的破坏机制	样本量有限(49,385个单细胞转录组)，且仅关注了GAHT后的短期效应	探究性别确认激素治疗(GAHT)对跨性别女性睾丸的影响	跨性别女性的睾丸组织与顺性别男性睾丸组织的比较	单细胞组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学、实时定量PCR、免疫染色	NA	单细胞转录组数据	约49,385个单细胞转录组
27	2025-07-23	GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis 2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662625 PMID:40672304	研究论文	介绍了一种名为GatorST的新型框架，用于空间转录组数据分析，结合图建模和先进学习策略以提高下游任务性能	GatorST结合图建模与对比元学习，能同时捕获局部和全局空间背景，并通过伪标签和对比学习框架增强泛化能力	依赖伪标签可能引入噪声，且模型性能受限于空间邻域图构建的质量	开发一个多功能框架，用于改进空间转录组数据的下游分析任务	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	图神经网络(GNN)与对比学习结合	空间转录组数据	14个空间转录组数据集
28	2025-07-23	CXCL12/CXCR4 modulates macrophage efferocytosis to induce glomerular crescent formation and fibrosis via ELMO1/DOCK180/RAC1 signaling in ANCA-associated glomerulonephritis 2025-Jul-19, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05750-5 PMID:40682610	研究论文	本研究揭示了CXCL12/CXCR4信号轴在ANCA相关性肾小球肾炎（AAGN）病理过程中的关键调控作用	发现了CXCL12/CXCR4通过ELMO1/DOCK180/RAC1信号通路调控巨噬细胞胞葬作用的新机制，并证实其促进AAGN中新月体形成和纤维化的作用	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	阐明ANCA相关性肾小球肾炎的发病机制并探索潜在治疗靶点	ANCA相关性肾小球肾炎患者样本和实验动物模型	肾脏病学	ANCA相关性肾小球肾炎	单细胞测序、体外和体内实验、蛋白质相互作用分析	EAV模型	基因表达数据、蛋白质数据、病理图像	未明确说明具体样本数量，但包含患者样本和动物模型
29	2025-07-23	Cardiomyocyte OTUD1 drives diabetic cardiomyopathy via directly deubiquitinating AMPKα2 and inducing mitochondrial dysfunction 2025-Jul-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61901-z PMID:40683882	研究论文	本文研究了去泛素化酶OTUD1在糖尿病心肌病中的作用及其调控机制	首次发现OTUD1通过直接去泛素化AMPKα2并抑制其磷酸化，从而驱动糖尿病心肌病的发生	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	阐明OTUD1在糖尿病心肌病中的分子机制	糖尿病小鼠心肌细胞	分子生物学	糖尿病心肌病	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	雄性1型和2型糖尿病小鼠
30	2025-07-23	Multi-cohort analysis identifies a blood-based immune transcriptomic signature for early lung cancer detection 2025-Jul-19, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01043-z PMID:40684032	研究论文	通过多队列分析，识别出一种基于血液的免疫转录组特征，用于肺癌早期检测	发现了一个由6个基因组成的特征，这些基因在肺癌样本中持续差异表达，并定义了一个肺癌评分，该评分主要来源于髓系细胞	需要进一步临床开发以验证其在早期癌症检测和诊断中的潜力	开发一种基于血液的免疫基因特征，用于肺癌的早期检测	肺癌患者、健康对照者及其他疾病患者的血液样本	数字病理学	肺癌	批量血液转录组测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	发现阶段包括432例肺癌病例、8154例健康对照和14187例其他疾病样本；验证阶段包括371名受试者（172例肺癌）和454名Framingham心脏研究受试者（42例肺癌）
31	2025-07-23	From preneoplastic lesion to heterogenous tumor: recent insights into hepatoblastoma biology and therapeutic opportunities 2025-Jul-19, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02405-8 PMID:40684183	review	本文综述了肝母细胞瘤生物学的最新发现及治疗机会	通过单细胞RNA-seq、多组学、空间转录组学和功能基因组学筛查揭示了肝母细胞瘤的复杂性	未提及具体临床试验数据	探讨肝母细胞瘤的生物学特性及治疗机会	肝母细胞瘤细胞、肿瘤相关细胞类型及遗传依赖性	digital pathology	liver cancer	single-cell RNA-seq, multiomics, spatial transcriptomics, functional genomics screenings	NA	genomic data, transcriptomic data	NA
32	2025-07-23	MeCP2 dysregulation inhibits mitophagy and impairs neural development in cortical organoids 2025-Jul-19, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.07.035 PMID:40691988	研究论文	本研究探讨了MeCP2在调控线粒体自噬中的作用及其功能障碍如何导致神经发育异常	揭示了MeCP2通过调节BNIP3L表达来调控线粒体自噬的新机制	研究仅基于皮质类器官模型，未在体内验证	探索MeCP2调控线粒体自噬的分子机制及其在神经发育异常中的作用	MeCP2突变诱导多能干细胞衍生的皮质类器官	神经发育生物学	神经发育障碍	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序	皮质类器官模型	基因表达数据	MeCP2突变诱导多能干细胞衍生的皮质类器官
33	2025-07-23	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2025-Jul-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60898-9 PMID:40681510	research paper	提出了一种名为Bering的图深度学习模型，用于在2D和3D空间转录组数据中进行联合噪声感知细胞分割和分子注释	利用转录共定位关系进行细胞分割和分子注释，通过转移学习和自蒸馏构建预训练模型，提高了分割准确性	未提及具体的数据集规模或特定技术的局限性	提高空间转录组学中的细胞分割和注释准确性	2D和3D空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组学	graph deep learning	spatial transcriptomics data	NA
34	2025-07-23	Single-cell analysis reveals CD34+CD90+ endothelial cells promote tumor metastasis in gallbladder cancer 2025-Jul-18, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01040-2 PMID:40681742	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究发现CD34+CD90+内皮细胞在胆囊癌转移中起关键作用	首次在胆囊癌中鉴定出CD34+CD90+内皮细胞亚群，并揭示其通过TGF-β信号通路促进肿瘤转移的机制	未明确CD34+CD90+内皮细胞与其他肿瘤微环境成分的具体相互作用机制	探究胆囊癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤转移中的作用	胆囊癌患者样本中的内皮细胞	肿瘤生物学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确样本数量（胆囊癌患者组织样本）
35	2025-07-23	Using machine learning to discover DNA metabolism biomarkers that direct prostate cancer treatment 2025-Jul-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11457-1 PMID:40681784	研究论文	通过机器学习发现指导前列腺癌治疗的DNA代谢生物标志物	整合多组学数据和先进计算模型，揭示了DNA代谢基因在前列腺癌进展和免疫动态中的关键作用，并提出了新的预后生物标志物和治疗靶点	研究依赖于TCGA队列和外部验证数据集，可能存在样本选择偏差	探索DNA代谢基因在前列腺癌中的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	前列腺癌(PC)中的DNA代谢基因	机器学习	前列腺癌	转录组数据分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CoxBoost算法	转录组数据	TCGA队列和外部验证数据集中的536个差异表达基因(DEGs)
36	2025-07-23	SCNT: an R package for data analysis and visualization of single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06209-x PMID:40681987	研究论文	介绍了一个名为SCNT的R包，用于单细胞和空间转录组数据的分析与可视化	SCNT包整合了Seurat和ggplot2等工具，支持高效的数据处理和高质量的可视化，简化了单细胞和空间转录组数据分析流程	目前支持的ST平台有限，未来需要扩展更多平台支持并增强多组学数据整合功能	开发一个高效且用户友好的工具，以处理、分析和可视化单细胞及空间转录组数据	单细胞（SC）和空间转录组（ST）数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组测序	NA	单细胞和空间转录组数据	公开可用的PBMC数据集、Visum和Visium HD人类肾脏组织数据
37	2025-07-23	Single-cell RNA sequencing technology was employed to construct a risk prediction model for genes associated with pyroptosis and ferroptosis in lung adenocarcinoma 2025-Jul-18, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03323-5 PMID:40682067	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了肺腺癌中与细胞焦亡和铁死亡相关基因的风险预测模型	首次整合单细胞RNA测序、批量转录组数据和临床信息，全面分析肺腺癌中细胞焦亡相关基因的表达模式和功能作用，并构建了七基因预后模型	未明确说明样本量大小及具体实验验证的样本来源	探索肺腺癌中细胞焦亡相关基因的表达特征及其预后价值	肺腺癌(LUAD)患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA seq)、RNA测序、qPCR	预后模型	单细胞RNA测序数据、批量转录组数据、临床信息	NA
38	2025-07-23	STHD: probabilistic cell typing of single spots in whole transcriptome spatial data with high definition 2025-Jul-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03608-4 PMID:40682076	研究论文	本文提出了一种名为STHD的方法，用于在全转录组空间转录组数据中实现高清晰度的单点概率细胞分型	STHD通过结合计数统计和邻居正则化的机器学习模型，准确预测亚细胞点的细胞类型身份，揭示了全局组织结构和局部多细胞邻域	NA	解决空间转录组技术中高稀疏性和高维度带来的计算挑战，实现高清晰度的单点细胞分型	全转录组空间转录组数据中的单点	数字病理学	肿瘤微环境	空间转录组技术	机器学习模型	基因表达数据	NA
39	2025-07-23	SNRPB/CCNB1 axis promotes hepatocellular carcinoma progression and cisplatin resistance through enhancing lipid metabolism reprogramming 2025-Jul-18, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03463-y PMID:40682115	研究论文	本研究探讨了SNRPB在肝细胞癌（HCC）中的作用及其通过调节FOXM1-CCNB1轴和脂质代谢促进HCC进展和顺铂耐药的机制	揭示了SNRPB通过FOXM1介导的转录调控CCNB1表达，进而影响脂质代谢重编程和顺铂耐药的新机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	探索SNRPB在HCC进展和化疗耐药中的分子机制	肝细胞癌（HCC）细胞和患者样本	癌症生物学	肝细胞癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, ChIP, Co-IP	NA	RNA测序数据, 转录组数据	多个HCC患者队列的样本
40	2025-07-23	Machine learning assisted immune profiling of COPD identifies a unique emphysema subtype independent of GOLD stage 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112966 PMID:40687815	研究论文	本研究利用机器学习辅助免疫分析，识别出一种独立于GOLD分期的独特肺气肿亚型	通过多层次的免疫炎症特征分析和机器学习算法，发现了一种与肺气肿严重程度相关的独特免疫特征亚型	研究未明确说明样本量大小及具体使用的机器学习算法类型	探索慢性阻塞性肺病(COPD)的免疫特征与疾病异质性之间的关系	COPD患者	机器学习	慢性阻塞性肺病(COPD)	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	免疫细胞数据、细胞因子数据、转录组数据	NA