单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-26	RNA Sequencing at Single Vesicle Resolution via 3D Printed Embedded Droplet Arrays 2025-Sep-24, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.5c09959 PMID:40938793	研究论文	开发了一种通过3D打印嵌入式液滴阵列实现单细胞外囊泡RNA测序的平台	利用3D打印技术创建可控均质液滴阵列，首次实现单细胞外囊泡水平的多聚腺苷酸RNA测序	NA	解决细胞外囊泡RNA载物的异质性问题	单个细胞外囊泡（EVs）	单细胞测序技术	NA	3D打印、RNA测序、PCR、液滴微流控	NA	RNA测序数据	3689个独特条形码对应的单个THP-1细胞外囊泡（100nm）
22	2025-09-26	Next-generation translational genomics for developing future crops 2025-Sep-24, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01704-z PMID:40987990	综述	本文综述了现代转化基因组学在作物育种中的应用进展与创新策略	从单基因组转向泛基因组分析，从批量转录组转向单细胞转录组技术，结合人工智能实现高通量表型分析	NA	通过整合基因组学、转录组学和表型数据加速作物改良	农作物育种	基因组学	NA	基因组测序、转录组分析、单细胞转录组、高通量基因分型与表型分析	机器学习、人工智能模型	基因组数据、转录组数据、表型数据	NA
23	2025-09-26	TYK2 Promotes Immunosurveillance of Colorectal Cancer Liver Metastasis 2025-Sep-24, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4224 PMID:40991399	研究论文	本研究通过小鼠结直肠癌类器官移植模型发现TYK2通过树突状细胞依赖的机制控制结直肠癌肝转移的免疫监视	首次揭示TYK2通过树突状细胞依赖的抗原交叉呈递机制调控结直肠癌肝转移免疫监视，并发现FDA批准的TYK2抑制剂deucravacitinib可能促进癌症转移	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究TYK2在结直肠癌肝转移免疫监视中的调控机制	结直肠癌肝转移小鼠模型、免疫细胞亚群、结直肠癌细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌肝转移	单细胞RNA测序、类器官移植模型、基因敲除技术	小鼠结直肠癌类器官移植模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
24	2025-09-26	Spatial profiling of human pancreatic ductal adenocarcinoma reveals molecular alterations associated with venous invasion 2025-Sep-24, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.ady7524 PMID:40991729	研究论文	通过空间转录组学分析揭示胰腺导管腺癌静脉侵犯的分子特征	首次系统描绘PDAC静脉侵犯的空间分子图谱，发现静脉侵犯区域反而呈现与较好预后相关的分子特征	样本量有限（仅8例初治患者），需要独立队列验证	探究胰腺导管腺癌静脉侵犯的分子特征	人类胰腺导管腺癌组织样本	空间转录组学	胰腺癌	空间转录组分析、空间蛋白组分析、RNA-seq	NA	空间转录组数据、蛋白组数据	95个PDAC组织样本（来自8例初治患者），独立验证队列19例患者
25	2025-09-26	Mechanism of Piezo1 regulating chondrocyte mitochondrial function and promoting fracture healing through β-catenin/LARS2 signaling pathway 2025-Sep-24, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00459-4 PMID:40993116	研究论文	本研究揭示了Piezo1通过β-catenin/LARS2信号通路调控软骨细胞线粒体功能并促进骨折愈合的分子机制	首次发现Piezo1通过β-catenin/LARS2轴调控软骨细胞线粒体生物能量学，并证实软骨细胞向成骨细胞转分化在骨折愈合中的关键作用	NA	探究Piezo1在软骨细胞内软骨骨化过程中的调控机制	软骨细胞及其线粒体功能	骨分子生物学	骨折愈合障碍	谱系追踪、单细胞RNA测序、蛋白质相互作用分析	基因敲除模型	基因表达数据、蛋白质互作数据	NA
26	2025-09-26	Mechanically activated snai1b coordinates the initiation of myocardial delamination for trabeculation 2025-Sep-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62285-w PMID:40993149	研究论文	本研究揭示机械力激活的snai1b阳性心肌细胞通过顶端分层机制启动心脏小梁形成	首次发现snai1b阳性心肌细胞在机械力激活下启动心肌分层，且不依赖经典上皮-间质转化表型	研究局限于斑马鱼模型，未验证哺乳动物系统中的保守性	探究心脏小梁形成过程中机械力激活的分子机制	斑马鱼胚胎心室心肌细胞	发育生物学	心血管疾病	CRISPR激活/抑制、单细胞转录组、空间转录组、4-D应变分析	NA	基因表达数据、力学应变数据	斑马鱼胚胎（4天受精后）
27	2025-09-26	Lung NR3C1+ and CXCR6high T cells distinguish immunopathogenesis of human emphysema 2025-Sep-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08698-1 PMID:40993192	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类肺组织T细胞亚群，揭示肺气肿的免疫病理机制	首次发现NR3C1+和CXCR6high CD4 T细胞亚群在肺气肿型COPD中的特异性分布模式及其与肺功能的相关性	研究样本量有限，需进一步验证临床治疗潜力	探究T细胞在吸烟者慢性阻塞性肺疾病肺气肿发病机制中的作用	人类肺组织样本（肺气肿型COPD、非肺气肿型COPD和对照组）	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	两个独立的人类肺组织单细胞RNA测序数据集
28	2025-09-26	Transforming histologic assessment: artificial intelligence in cancer diagnosis and personalized treatment 2025-Sep-24, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03206-y PMID:40993310	综述	本文综述了人工智能在癌症组织学评估中的变革作用，涵盖从诊断辅助到临床决策整合的演进	提出多模态方法整合组织学图像与临床分子数据，实现更优预测准确性和可解释性；创新性应用组织形态学表型聚类和空间转录组学优化癌症分层	AI预测验证存在挑战，特别是在预后应用方面；资源有限环境中的可及性不足；需要标准化数据集和伦理框架	探讨AI在癌症诊断和个性化治疗中组织学评估的转化应用	组织切片图像（WSI）及相关的基因组和临床数据	数字病理学	癌症	深度学习、空间转录组学、多模态数据整合	深度学习模型	全切片图像（WSI）、基因组数据、临床数据	基于TCGA等公共数据库的大规模样本（具体数量未明确说明）
29	2025-09-26	Developing a thyroid cancer differentiation state classification system using deep residual networks and metabolic signature profiling 2025-Sep-24, NPJ digital medicine IF:12.4Q1 DOI:10.1038/s41746-025-01927-1 PMID:40993300	研究论文	开发基于深度残差网络和多组学数据的甲状腺癌分化状态分类系统	首次将代谢组学特征与深度残差网络结合，建立可解释的甲状腺癌分化状态分类模型	样本量有限（158例肿瘤和57例正常组织），需进一步验证	构建甲状腺癌分化状态的精准分类模型以辅助临床决策	甲状腺肿瘤组织及匹配正常组织	数字病理	甲状腺癌	非靶向代谢组学、全外显子测序、转录组测序、单细胞RNA测序	ResNet（深度残差网络）	多组学数据（代谢组、基因组、转录组）	158例甲状腺肿瘤和57例匹配正常组织
30	2025-09-26	Single-cell RNA-seq reveals gene expression heterogeneity in NSCLC and its link to the immune microenvironment 2025-Sep-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03494-z PMID:40993499	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示非小细胞肺癌的基因表达异质性及其与免疫微环境的关联	首次在单细胞水平系统解析NSCLC肿瘤微环境中不同细胞亚群的基因表达特征，发现60余个与免疫细胞浸润相关的差异表达基因	研究基于公共数据库GSE117570的单一数据集，需要更多独立样本验证	探究NSCLC肿瘤微环境中不同细胞类型的基因表达模式及其免疫调控机制	非小细胞肺癌肿瘤微环境中的各类细胞	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、UMAP聚类分析	NA	单细胞转录组数据	来自GSE117570数据库的NSCLC单细胞RNA测序数据
31	2025-09-26	CCDC137 knockdown suppresses bladder cancer progression by downregulating SCD 2025-Sep-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-07033-w PMID:40993629	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证揭示了CCDC137基因在膀胱癌进展中的促癌作用及其调控SCD的分子机制	首次系统鉴定CCDC137在膀胱癌中的异常表达特征，发现其通过调控SCD影响肿瘤进展的新机制	研究主要基于TCGA数据库和细胞模型，需要更多临床样本验证	探究CCDC137基因在膀胱癌中的临床意义和生物学功能	膀胱癌细胞系、TCGA数据库膀胱癌样本、组织芯片标本	生物信息学	膀胱癌	机器学习算法、单细胞测序、空间转录组、RNA测序、Western blot	预后模型、皮下异种移植模型	多组学数据、实验数据	TCGA-BLCA队列样本及实验验证样本
32	2025-09-26	Spatiotemporal microenvironment landscape and malignant epithelial pattern transition in breast ductal carcinoma progression 2025-Sep-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-07010-3 PMID:40993701	研究论文	本研究通过多组学技术揭示乳腺导管癌进展过程中肿瘤微环境时空动态与恶性上皮细胞模式转变的关联	首次整合单细胞测序与空间转录组学解析DCIS向IDC及淋巴结转移过程中TME细胞亚群的空间生态位演变，发现FAM111B驱动的增殖亚群代谢重编程机制	样本来源的异质性可能影响空间分析的普适性，功能性验证仍需扩大样本量	阐明乳腺导管癌进展中肿瘤微环境与癌细胞亚群行为的时空动态关联	乳腺导管原位癌(DCIS)、浸润性导管癌(IDC)及淋巴结转移组织	数字病理	乳腺癌	单细胞测序、空间转录组学、批量RNA测序、多重免疫荧光	NA	基因组转录组数据、空间多组学数据、病理图像	未明确样本数量的多中心乳腺癌队列
33	2025-09-26	scKAN: interpretable single-cell analysis for cell-type-specific gene discovery and drug repurposing via Kolmogorov-Arnold networks 2025-Sep-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03779-0 PMID:40993718	研究论文	提出scKAN可解释性单细胞分析框架，通过Kolmogorov-Arnold网络实现细胞类型注释和特异性基因发现	利用KAN网络的可学习激活曲线直接建模基因-细胞关系，相比注意力机制提供更直观的可视化解释	NA	开发可解释的单细胞RNA测序分析方法，连接分子发现与治疗应用	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，分子动力学模拟	Kolmogorov-Arnold网络(KAN)	基因表达数据	NA
34	2025-09-26	SH3BP5-driven metabolic-immune crosstalk in DLBCL: a prognostic biomarker and therapeutic target for reshaping immunosuppressive microenvironment 2025-Sep-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06951-z PMID:40993727	研究论文	本研究通过多维度分析揭示SH3BP5在DLBCL（特别是ABC亚型）中的过表达及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统阐明SH3BP5通过代谢-免疫串扰机制促进DLBCL免疫抑制微环境形成，并关联线粒体代谢重编程与免疫检查点抑制剂反应性降低	需要更大临床队列和功能模型验证结果，尚未开展体内实验验证治疗潜力	探索SH3BP5在弥漫大B细胞淋巴瘤中的预后价值和治疗靶点潜力	DLBCL患者样本（特别是ABC亚型）、DLBCL细胞系	肿瘤免疫学	淋巴瘤	转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、体外功能实验	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据	多个数据集和验证队列（具体数量未明确说明）
35	2025-09-26	Integrative single-cell and machine learning approach to characterize immunogenic cell death and tumor microenvironment in LUAD 2025-Sep-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06889-2 PMID:40993741	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和机器学习方法，系统表征了肺腺癌中免疫原性细胞死亡的特征并构建预后模型	首次在单细胞分辨率下量化肺腺癌中ICD活性，开发了基于11个核心基因的ICDRS预后模型，并在六个外部队列中验证其优于112个已发表标志物的性能	研究主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性临床试验进一步验证ICDRS的临床实用性	探究免疫原性细胞死亡在肺腺癌进展和免疫治疗反应中的作用机制	肺腺癌患者样本、细胞系和小鼠移植瘤模型	数字病理	肺腺癌	单细胞RNA测序、qRT-PCR、CCK-8、Transwell、集落形成、移植瘤实验	CoxBoost + SuperPC机器学习组合模型	基因表达数据、临床预后数据	六个外部验证队列（具体样本数未明确说明）
36	2025-09-26	Cell-cell communication dysregulation in tuberous sclerosis complex cortical tubers and focal cortical dysplasia 2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02113-w PMID:40993764	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析mTORopathies（包括TSC皮质结节和FCD）中细胞类型特异性转录改变和细胞间通讯网络失调	首次在mTORopathies中系统揭示细胞间通讯网络异常，特别是发现NRXN-NLGN信号通路在谷氨酸能和GABA能神经元中的改变	NA	研究mTORopathies中细胞特异性转录改变和细胞通讯网络失调对皮质网络功能障碍的影响	TSC皮质结节、FCD（MTOR_FCD和DEPDC5_FCD）及对照样本的脑组织细胞	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	包含对照组和病理样本共33个转录 distinct 细胞簇
37	2025-09-26	A mouse model of stereotactic radiosurgery-induced neuroinflammation and blood-brain barrier compromise 2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02112-x PMID:40993780	研究论文	本研究建立小鼠立体定向放射外科模型，揭示放射诱导的神经血管单元应激反应和血脑屏障损伤机制	首次结合空间转录组学技术系统分析立体定向放射外科对神经血管单元各组分（小胶质细胞、星形胶质细胞、内皮细胞）的协同应激反应	研究局限于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探究立体定向放射外科对神经血管单元的影响机制	小鼠脑组织神经血管单元（微血管、小胶质细胞、星形胶质细胞、内皮细胞）	神经科学	脑部放射损伤	立体定向放射外科、空间转录组学、组织学分析	动物模型	组织学图像、转录组数据	接受15-60 Gy放射剂量的小鼠脑组织样本
38	2025-09-26	Unveiling the mechanisms of yanhusuo's therapeutic effects in neuropathic pain through network pharmacology, single-cell RNA sequencing, and molecular docking 2025-Sep-24, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00551-z PMID:40993792	研究论文	本研究通过整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子对接技术，系统揭示延胡索治疗神经病理性疼痛的多靶点作用机制	首次结合单细胞测序与网络药理学多维度解析中药延胡索的镇痛机制，识别关键靶点与通路	研究结果主要基于生物信息学预测，需要后续实验验证	阐明延胡索治疗神经病理性疼痛的分子作用机制	延胡索活性成分及其与神经病理性疼痛相关靶点的相互作用	生物信息学	神经病理性疼痛	网络药理学、单细胞RNA测序、分子对接	PPI网络分析、分子对接模型	基因组数据、化合物结构数据	未明确样本数量，使用公共数据库和生物信息学分析
39	2025-09-26	JMJD6-driven epigenetic activation of COL4A2 reprograms glioblastoma vascularization via integrin α1β1-dependent PI3K/MAPK signaling 2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02114-9 PMID:40993804	研究论文	本研究揭示了JMJD6通过表观遗传激活COL4A2，进而通过整合素α1β1依赖的PI3K/MAPK信号通路调控胶质母细胞瘤血管化的新机制	首次发现JMJD6驱动的COL4A2-ITGA1/ITGB1轴作为抗血管生成治疗新靶点，为打破肿瘤内皮细胞-肿瘤共生关系提供新策略	NA	探究胶质母细胞瘤血管化调控机制并开发新型抗血管生成治疗策略	胶质母细胞瘤细胞、肿瘤相关内皮细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA-seq、单细胞RNA-seq、多组学分析	NA	转录组数据	NA
40	2025-09-26	Comprehensive profiling of immune cell infiltration and biomarker identification in intervertebral disc degeneration 2025-Sep-24, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-06250-9 PMID:40993805	研究论文	通过整合生物信息学分析和实验验证，系统描绘椎间盘退变中的免疫细胞浸润动态并识别治疗靶点	首次结合scRNA-seq与FACS技术确定穿刺后第14天为大鼠椎间盘免疫浸润高峰，发现VAMP8和JUN作为巨噬细胞相关调控因子	研究主要基于大鼠模型，人类样本验证不足	揭示椎间盘退变的免疫浸润特征及分子机制	大鼠椎间盘组织及髓核细胞	生物信息学	椎间盘退行性疾病	scRNA-seq, FACS, Western blotting, 免疫组化	CIBERSORT, WGCNA	RNA测序数据, 流式细胞数据, 蛋白质印迹数据	未明确样本数量的大鼠椎间盘模型