单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-20	Image-based inference of tumor cell trajectories enables large-scale cancer progression analysis 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9466 PMID:40680117	研究论文	开发了一种基于人工智能的模型，利用细胞形态学特征和组织学空间组织，从H&E染色的全切片图像中分类肿瘤细胞分化状态、推断细胞动态轨迹并量化肿瘤进展	提出了一种成本效益高的方法，利用常规病理切片进行大规模肿瘤进展动态分析，替代了昂贵的单细胞RNA测序	研究仅限于肺腺癌，未验证在其他癌症类型中的适用性	开发一种成本效益高的方法，用于大规模分析肿瘤进展动态	肺腺癌的肿瘤细胞和肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	AI模型、空间转录组学分析、批量转录组学分析	AI	图像	三个独立的肺腺癌队列
22	2025-07-20	Architecture mechanics mediated osteogenic progression in bone regeneration of artificial scaffolds 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv8804 PMID:40680128	研究论文	研究探讨了支架结构通过应力传递对骨再生的影响，揭示了支架结构诱导的应力刺激（SASS）对细胞的生物力学机制	首次研究了支架结构诱导的应力刺激（SASS）对细胞的生物力学机制，并通过单细胞RNA测序揭示了其对骨间充质干细胞和破骨细胞的影响	研究未涉及其他可能影响骨再生的生物或化学因素	揭示支架结构通过应力传递对骨再生的影响及其生物力学机制	石墨、富勒烯和金刚石支架及其对骨间充质干细胞和破骨细胞的影响	生物医学工程	骨缺损	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
23	2025-07-20	Nicotinamide boosts oocyte quantity and quality by promoting N4-acetylation modification in lupus mice 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu0955 PMID:40680131	研究论文	该研究探讨了烟酰胺通过促进N4-乙酰化修饰改善系统性红斑狼疮（SLE）小鼠卵母细胞数量和质量的作用机制	首次揭示了NAT10介导的acC修饰在SLE小鼠卵母细胞发育异常中的关键作用，并发现烟酰胺治疗可安全有效地改善这一状况	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究SLE影响卵母细胞发育的分子机制并寻找潜在治疗方法	系统性红斑狼疮小鼠模型的卵母细胞	生殖医学	系统性红斑狼疮	单细胞转录组测序、翻译组测序、acRIP测序	NA	RNA测序数据	SLE小鼠模型的卵母细胞
24	2025-07-20	Spatiotemporal analysis of Crohn's disease reveals PECAM2 signaling at the basis of inflammation-to-fibrosis transition 2025-Jul-18, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaf130 PMID:40680170	研究论文	通过时空分析揭示克罗恩病炎症向纤维化转变的PECAM2信号机制	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了PECAM2信号在克罗恩病纤维化过程中的关键作用，并提出了CD38抑制剂作为潜在治疗靶点	样本量较小（13例手术标本），且动物模型结果需要进一步临床验证	解析克罗恩病从慢性炎症向纤维化转变的分子机制	克罗恩病患者手术标本（炎症/纤维化组织及健康对照）和TNBS诱导的慢性结肠炎小鼠模型	数字病理	克罗恩病	空间转录组学、单细胞RNA测序、配体-受体互作分析、伪时间分析	TNBS诱导的小鼠慢性炎症模型	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	13例手术标本（含健康对照）及独立验证队列
25	2025-07-20	Spatially resolved transcriptomics reveals a unique disease signature and potential biomarkers for chronic traumatic encephalopathy 2025-Jul-18, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlaf078 PMID:40680295	研究论文	利用空间转录组学技术揭示了慢性创伤性脑病(CTE)的独特疾病特征和潜在生物标志物	首次使用Visium空间转录组学技术对CTE病灶进行基因表达图谱绘制，并鉴定出21个基因的共同特征	研究样本仅限于死后组织，无法验证这些生物标志物在活体诊断中的有效性	理解CTE的病理生理学机制并寻找可能的干预靶点和活体诊断生物标志物	慢性创伤性脑病(CTE)病灶和匹配的正常组织	数字病理学	慢性创伤性脑病	Visium空间转录组学	NA	空间转录组数据	来自同一患者的CTE病灶和匹配正常组织
26	2025-07-20	Identification of CTSK as a TLR-related critical biomarker in liver cirrhosis via integrative bioinformatics and pathological characterization 2025-Jul-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11606-6 PMID:40670571	research paper	通过整合生物信息学和病理学特征，鉴定CTSK作为与TLR相关的肝硬化关键生物标志物	鉴定了与TLR相关的枢纽基因（CXCL9、CXCL10、SPP1、CTSK），并揭示了它们在肝硬化诊断、发病机制和治疗中的潜在价值	研究主要基于公共数据库和实验验证，未涉及大规模临床队列验证	探索肝硬化（LC）的发病机制及潜在治疗靶点	肝硬化相关基因及免疫浸润特征	生物信息学	肝硬化	limma、WGCNA、qRT-PCR、IHC、scRNA-seq、分子对接	机器学习	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	公共数据库数据及实验验证样本（未明确数量）
27	2025-07-20	SPaSE: Spatially resolved pathology scores using optimal transport on spatial transcriptomics data 2025-Jul-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101301 PMID:40480226	研究论文	介绍了一种基于最优传输的算法SPaSE，用于在空间转录组数据上计算病理评分	提出了一种新的算法SPaSE，能够在空间转录组数据上量化病理影响，并预测不同病理严重程度的特征	未提及具体的技术限制或样本量的局限性	开发一种能够量化空间病理影响的计算方法	空间转录组数据	数字病理	心肌梗死	空间转录组学	最优传输算法	空间转录组数据	小鼠和人类心肌梗死数据，以及创伤性脑损伤和杜氏肌营养不良小鼠模型数据
28	2025-07-20	Resolving the design principles that control post-natal vascular growth and scaling 2025-Jul-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101324 PMID:40628258	research paper	本研究通过多尺度实验和计算方法，揭示了主动脉在出生后生长和比例调整的设计原则	发现了主动脉扩张遵循独特的生长原则，与脊柱成比例，并通过两个时间协调、空间随机的增殖波进行扩张，揭示了内皮细胞挤出对维持主动脉稳态大小的重要性	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探索出生后组织生长和血管比例调整的分子机制	主动脉	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	基因表达数据、计算模型	NA
29	2025-07-20	PIEZO1 Overexpression in Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia Arteriovenous Malformations 2025-Jul-16, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.073630 PMID:40665909	研究论文	该研究探讨了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症动静脉畸形中的过度表达及其作用机制	发现PIEZO1在2型遗传性出血性毛细血管扩张症中的表达和信号传导升高，并证明PIEZO1阻断可以减少动静脉畸形的形成	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索ALK1变异导致的信号传导改变及寻找更有效的动静脉畸形治疗靶点	遗传性出血性毛细血管扩张症动静脉畸形	血管生物学	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序	Alk1敲除小鼠模型	RNA测序数据	小鼠视网膜样本和人类2型遗传性出血性毛细血管扩张症病变样本
30	2025-07-20	Single-cell RNA sequencing in human atherosclerotic plaques reveals a novel smooth muscle cell subtype that possesses multi differentiation potential and shapes the microenvironment 2025-Jul-16, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01735-7 PMID:40668312	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类动脉粥样硬化斑块中一种新型平滑肌细胞亚型（SMC_C5），该亚型具有多向分化潜能并能塑造微环境	发现了一种新型平滑肌细胞亚型SMC_C5，揭示了其在动脉粥样硬化中的多向分化潜能及对微环境的影响	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分依赖于ApoE小鼠模型，可能需要更多人类样本验证	探究动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞亚型的异质性及其在疾病中的作用	人类冠状动脉斑块及ApoE小鼠主动脉斑块中的平滑肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, bulk RNA测序, pySCENIC	NA	RNA测序数据	整合了三个单细胞RNA测序数据集，并使用ApoE小鼠斑块进行验证
31	2025-07-20	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of mental stress on mouse mammary tumors and the tumor microenvironment 2025-Jul-16, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02619-1 PMID:40670350	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了心理压力对小鼠乳腺肿瘤及其微环境的影响	首次系统性地在体内阐明了心理压力对乳腺肿瘤及其微环境的影响，并揭示了心理压力促进乳腺癌生长和进展的机制	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究心理压力对乳腺肿瘤及其微环境的影响	MMTV-PyMT转基因小鼠的乳腺肿瘤组织	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MMTV-PyMT转基因小鼠的乳腺肿瘤组织（压力暴露组与非压力暴露组）
32	2025-07-20	Single-cell RNA sequencing reveals that a high salt diet increases IL6R-JAK1-STAT3 gene signaling pathway activity in intestinal B cells and Tfh cells of salt-sensitive hypertension animal model 2025-Jul-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11100-z PMID:40670501	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究高盐饮食对盐敏感性高血压动物模型中肠道B细胞和Tfh细胞中IL6R-JAK1-STAT3基因信号通路活性的影响	首次揭示了高盐饮食通过上调IL-6R-JAK-STAT信号通路在肠道B细胞和Tfh样细胞中的作用，为盐敏感性高血压的治疗提供了新的靶点	研究仅基于Dahl SS大鼠模型，未涉及人类样本或其他动物模型	阐明肠道免疫在盐敏感性高血压发展中的作用	Dahl SS大鼠的肠道和血液免疫细胞	免疫学	高血压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Dahl SS大鼠模型	RNA测序数据	6周龄Dahl SS大鼠，分为正常盐饮食组（NSD；0.4% NaCl）和高盐饮食组（HSD；4% NaCl），每组数量未明确说明
33	2025-07-20	Cluster-independent multiscale marker identification in single-cell RNA-seq data using localized marker detector (LMD) 2025-Jul-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08485-y PMID:40670619	研究论文	介绍了一种名为LMD的新工具，用于在单细胞RNA-seq数据中识别局部基因，以多分辨率和细粒度方式表征细胞多样性	LMD通过构建细胞-细胞亲和图并在细胞图上扩散基因表达值，基于扩散动力学为每个基因分配分数，从而识别局部基因	NA	识别单细胞RNA-seq数据中的准确细胞标记，以理解细胞多样性和功能	小鼠骨髓和毛囊真皮凝聚物数据集中的单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	LMD	基因表达数据	十个单细胞RNA测序数据集
34	2025-07-20	Rod-shaped microglia represent a morphologically distinct subpopulation of disease-associated microglia 2025-Jul-16, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03504-5 PMID:40671004	研究论文	本研究识别了一种在谷氨酰半胱氨酸连接酶（GCLC）缺陷小鼠中发现的杆状小胶质细胞亚群，并探讨了其形成机制及其在神经退行性疾病早期反应中的作用	首次识别并描述了杆状小胶质细胞这一形态独特的亚群，揭示了其与疾病相关小胶质细胞（DAM）相似的基因表达谱，并提出了uPA信号和磷酸化GAP43在其形态变化中的潜在作用	研究主要基于GCLC缺陷小鼠模型，结果在人类疾病中的适用性尚需验证	探究小胶质细胞形态变化与基因表达谱的关联及其在神经退行性疾病中的作用机制	谷氨酰半胱氨酸连接酶（GCLC）缺陷小鼠中的杆状小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	GCLC-KO小鼠模型	基因表达数据、形态学数据	GCLC缺陷小鼠的皮质组织
35	2025-07-20	Campylobacter jejuni regulates cell cycle progression to potentiate host cell invasion 2025-Jul-16, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02348-z PMID:40671100	研究论文	该研究探讨了空肠弯曲菌如何通过调节宿主细胞周期来增强其入侵能力	首次揭示了空肠弯曲菌通过调控宿主细胞周期G1期来促进其入侵和炎症反应的机制	研究仅使用INT 407细胞系，未在动物模型或原代细胞中验证	阐明空肠弯曲菌感染宿主细胞的分子机制	空肠弯曲菌感染的INT 407细胞	细胞微生物学	肠道感染	流式细胞术、scRNA-seq、RT-qPCR、ELISA	NA	基因表达数据、细胞周期数据、细胞图像	未明确说明细胞数量
36	2025-07-20	Single-cell sequencing combined with spatial transcriptomics reveals the characteristics of follicle-targeted inflammation patterns in primary cicatricial alopecia 2025-Jul-16, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01447-1 PMID:40671126	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了原发性瘢痕性脱发（PCA）中毛囊靶向炎症的特征	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次揭示了LPP中CD8⁺效应记忆T细胞和巨噬细胞对毛囊的浸润及其导致的免疫特权破坏和瘢痕形成机制	研究样本可能有限，且未涉及其他PCA亚型的比较	探索LPP中毛囊靶向炎症的特征，以识别潜在的治疗靶点	LPP患者、局限性硬皮病（LS）患者和对照组的头皮样本	数字病理学	原发性瘢痕性脱发	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	LPP、LS患者和对照组的头皮样本（具体数量未提及）
37	2025-07-20	Vagal Stimulation Rescues HFpEF by Altering Cardiac Resident Macrophage Function 2025-Jul-15, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326236 PMID:40662221	research paper	该研究探讨了经皮迷走神经刺激（tVNS）如何通过改变心脏驻留巨噬细胞功能来改善保留射血分数的心力衰竭（HFpEF）	揭示了tVNS通过减少表达Spp1的CCR2+心脏驻留巨噬细胞并诱导TLF+/MHC2+巨噬细胞表达Igf1来改善HFpEF的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究tVNS改善HFpEF的巨噬细胞介导机制	HFpEF小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、超声心动图	小鼠HFpEF模型	基因表达数据、细胞数量数据	控制组、HFpEF+假刺激组和HFpEF+tVNS组的小鼠
38	2025-07-17	Unveiling new therapeutic targets for esophageal cancer treatment through single-cell transcriptomics: pH-responsive nanobubbles enhance the efficacy of 125I radiotherapy 2025-Jul-15, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03552-2 PMID:40665303	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
39	2025-07-20	Tumor-intrinsic ENO1 inhibition promotes antitumor immune response and facilitates the efficacy of anti-PD-L1 immunotherapy in bladder cancer 2025-Jul-15, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03464-x PMID:40665335	研究论文	该研究通过CRISPR cas9体内筛选和RNA测序技术，发现ENO1是调控抗PD-L1治疗效果的关键因子，并揭示了其在膀胱癌免疫逃逸中的作用机制	首次发现ENO1通过SPP1-ITGA4/ITGB1通路调控CD8 T细胞功能和肿瘤相关巨噬细胞极化，揭示了其在膀胱癌免疫逃逸中的关键作用	研究主要基于膀胱癌样本，其他癌症类型中的适用性需要进一步验证	探索膀胱癌免疫治疗抵抗机制并寻找新的治疗靶点	膀胱癌样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	膀胱癌	CRISPR cas9筛选、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	临床膀胱癌样本（具体数量未明确说明）
40	2025-07-20	Integration of scRNA-seq and ST-seq identifies hyperproliferative RRM2+ cells features and therapeutic targets in gastric cancer 2025-Jul-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06847-y PMID:40665360	研究论文	本研究通过整合scRNA-seq和ST-seq技术，揭示了胃癌中高增殖性RRM2+细胞的特征及其治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，揭示了RRM2+高增殖性细胞在胃癌发展中的关键作用，并筛选出新型治疗药物osalmid	样本量相对较小（40个scRNA-seq样本和6个ST样本），且主要基于细胞和动物实验，临床转化需要进一步验证	探究胃癌中高增殖性细胞的分子特征及其治疗靶点	人类胃组织样本（包括正常和肿瘤组织）	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, ST-seq	NA	RNA测序数据	40个scRNA-seq样本和6个ST样本