单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-03	Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels 2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100 PMID:40371469	研究论文	本研究探讨TRPV4通道在集合淋巴管收缩功能调控中的作用及其机制	首次在集合淋巴管单细胞转录组中鉴定TRPV4高表达，并揭示TRPV4+髓系细胞通过前列腺素和NO信号通路调控淋巴管收缩的新机制	机制研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究TRPV4通道在淋巴管功能调节中的表达和作用	小鼠集合淋巴管、淋巴管内皮细胞、髓系细胞及乳腺癌相关淋巴水肿患者活检组织	分子细胞生物学	淋巴系统疾病	单细胞RNA测序、Cre-lox基因敲除、共聚焦显微镜、钙成像	NA	基因表达数据、图像数据、功能实验数据	转基因小鼠模型及人类淋巴水肿活检样本
22	2025-09-03	Harnessing Calmodulin-Related Genes to Build a Prognostic Model in Esophageal Squamous Cell Carcinoma for a Comprehensive Analysis of Single-Cell Immune Characteristics and Drug Efficacy 2025-Sep-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000561 PMID:40375794	研究论文	基于钙调蛋白相关基因构建食管鳞癌预后模型，并分析单细胞免疫特征与药物疗效	首次利用钙调蛋白相关基因构建ESCC预后模型，结合单细胞测序揭示基因表达模式，并通过实验验证AZD-8055与MYO1G的结合稳定性	研究依赖TCGA数据库样本，未提及外部验证队列或临床前瞻性验证	开发食管鳞癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点	食管鳞癌患者组织样本及细胞系	生物信息学	食管癌	qPCR, 单细胞测序, LASSO Cox回归, 分子对接, CETSA	Cox比例风险模型	基因表达数据	TCGA-ESCC数据集样本（未明确数量）及人类ESCC细胞系验证
23	2025-09-03	Identifying Key Plasma Proteins in the Onset of Parkinson's Disease: Proteome-Wide Mendelian Randomization and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025-Sep, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05041-x PMID:40380075	研究论文	通过蛋白质组范围孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，识别与帕金森病发病相关的关键血浆蛋白	整合多种分析方法（孟德尔随机化、共定位分析、SMR分析、HEIDI检验）并结合单细胞RNA测序数据，首次系统鉴定21种与帕金森病有因果关系的血浆蛋白并探索其细胞特异性表达模式	研究结果需要大量实验验证来确认其诊断和治疗潜力	探索帕金森病的发病机制，寻找可用的血浆标志物和靶向治疗药物	帕金森病患者和2923种血浆蛋白	生物信息学	帕金森病	孟德尔随机化分析、共定位分析、SMR分析、HEIDI检验、单细胞RNA测序、生物信息学分析	NA	基因组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	英国生物银行数据库中的2923种血浆蛋白数据
24	2025-09-03	The Role of HbA1c in Parkinson's Disease: An Integrative Analysis by Single-Cell, Bulk Transcriptome and Mendelian Randomization 2025-Sep, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05063-5 PMID:40397357	研究论文	通过整合单细胞、批量转录组和孟德尔随机化分析，探讨HbA1c与帕金森病预后的因果关系并筛选诊断生物标志物	首次结合孟德尔随机化、转录组数据和机器学习方法，鉴定HbA1c作为帕金森病风险因子并发现五个新型诊断生物标志物	基于公开数据库的二次分析，可能受原始数据质量和样本量的限制	探究HbA1c与帕金森病的因果关系及潜在诊断生物标志物	帕金森病患者与对照人群的遗传和转录组数据	生物信息学	帕金森病	GWAS, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 孟德尔随机化分析	机器学习（具体模型未明确说明）	遗传数据、转录组数据	使用多个公共数据集（GSE20292、GSE157783等），包含223个独立SNP和625个相关基因
25	2025-09-03	SEC61G promotes colorectal cancer progression by regulating cytosolic Ca2+ concentration 2025-Sep, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-025-02259-3 PMID:40413702	研究论文	本研究揭示SEC61G通过调节胞质钙离子浓度促进结直肠癌进展的机制	首次阐明SEC61G通过钙离子-CaM-EGFR信号轴驱动结直肠癌进展的具体分子通路	机制研究主要基于细胞和动物模型，临床转化价值需进一步验证	探究SEC61G在结直肠癌进展中的功能及分子机制	结直肠癌细胞系、肿瘤组织及患者预后数据	癌症生物学	结直肠癌	生物信息学分析、qPCR、免疫组化、scRNA-seq、ST-seq	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	TCGA数据集及实验验证样本（未明确数量）
26	2025-09-03	Spatial omics technology potentially promotes the progress of tumor immunotherapy 2025-Sep, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03075-5 PMID:40456924	综述	本文综述了空间组学技术在肿瘤免疫治疗中的潜在推动作用及其应用进展	强调空间组学相比单细胞测序在保留空间背景和多模态分析方面的优势，并探讨其在揭示肿瘤微环境异质性和三级淋巴结构中的新应用	NA	促进空间组学技术与其他技术结合，实现癌症精准免疫治疗	肿瘤微环境（TME）、B细胞与T细胞的表型差异、三级淋巴结构	空间组学	肿瘤	空间组学分析	NA	多模态空间数据	NA
27	2025-09-03	Folliculin Deletion in the Mouse Kidney Results in Cystogenesis of the Loops of Henle via Aberrant TFEB Activation 2025-Sep, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.010 PMID:40499782	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示Folliculin基因缺失通过异常激活TFEB导致Henle袢囊肿形成的机制	首次证明Flcn缺失通过TFEB（而非TFE3）异常激活引起全肾单位囊肿形成，尤其在Henle袢最显著	研究基于小鼠模型，人类肾脏疾病可能存在物种差异	探究Folliculin基因在肾单位发育中的功能及其与囊肿形成的关系	基因敲除小鼠的肾脏组织	分子病理学	肾脏囊肿疾病	单细胞RNA测序、基因敲除技术	NA	基因表达数据、组织形态学数据	多种基因敲除小鼠模型（Flcn敲除、Flcn/Tfe3双敲除、Flcn/Tfeb双敲除）
28	2025-09-03	Using proteomics and single-cell sequencing to analyze the pathogenesis of recurrent implantation failure associated with uterine natural killer cells 2025-Sep, Archives of gynecology and obstetrics IF:2.1Q2 DOI:10.1007/s00404-025-08074-8 PMID:40514455	研究论文	本研究结合蛋白质组学和单细胞测序技术，分析子宫自然杀伤细胞在复发性种植失败中的作用机制	首次整合蛋白质组学与单细胞测序数据，鉴定出AMPD3、H6PD和PAK2三个关键基因，并发现HR转录因子对PAK2的强调控作用	样本量较小（仅6例患者和6例对照），需更大规模研究验证	探究复发性种植失败（RIF）的分子机制，特别是子宫NK细胞的作用	人类子宫内膜组织（来自RIF患者和健康对照）	生殖医学	不孕症	蛋白质组学分析、单细胞测序	NA	蛋白质组数据、单细胞测序数据	12例子宫内膜组织样本（6例RIF患者，6例对照）
29	2025-09-03	Multi-omics reveals the polyethylene terephthalate carcinogenicity: Cancer progression and immune microenvironment 2025-Sep-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118522 PMID:40532600	研究论文	通过多组学方法揭示聚乙烯对苯二甲酸酯（PET）的致癌机制及其对癌症进展和免疫微环境的影响	整合网络毒理学、机器学习、分子对接和单细胞技术，首次系统阐明PET通过三条协同通路驱动癌变的分子机制，并建立计算-实验结合的环境毒物评估框架	NA	探究PET的致癌分子机制及其在肿瘤发生中的作用	PET相关致癌靶点、22个核心基因、肿瘤细胞及免疫微环境	计算生物学与分子毒理学	癌症	网络毒理学、机器学习、分子对接、单细胞RNA测序、空间转录组学、克隆形成实验、Western blotting	机器学习算法	多组学数据（基因组、转录组、蛋白组）	NA（涉及22个核心基因的泛癌分析及实验验证）
30	2025-09-03	Insights into tissue- and cell type-specific effects of Grb10 on pig skeletal muscle growth by multi-omics analysis 2025-Sep, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2910-7 PMID:40545505	研究论文	通过多组学分析揭示Grb10基因在猪骨骼肌生长中的组织和细胞类型特异性效应	结合基因组学、转录组学、表观基因组学和单细胞转录组学，首次鉴定出GRB10的肌肉特异性启动子及其转录因子KLF15，并发现该调控机制在人类中可能保守	NA	探究肥胖型和瘦肉型猪肌肉组织发育的关键基因及调控机制	家猪（肥胖型和瘦肉型品种）的肌肉组织和细胞	基因组学	肥胖症	基因组学、转录组学、表观基因组学、单细胞转录组学、双荧光素酶报告实验、染色质免疫沉淀（ChIP）	NA	基因组、转录组、表观遗传和单细胞RNA测序数据	肥胖型和瘦肉型猪品种的肌肉组织和细胞样本
31	2025-09-03	Deciphering the role of IGF2BP2 and PRMT5 in gallbladder cancer progression: insights from multi-omics analysis 2025-Sep, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03062-w PMID:40555776	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了IGF2BP2-PRMT5轴通过m6A修饰调控胆囊癌进展的分子机制，包括代谢重编程和免疫逃避	首次发现IGF2BP2通过m6A修饰稳定PRMT5表达，并阐明该轴通过AKT/mTOR通路激活脂质代谢重编程和免疫调节的双重作用机制	NA	阐明驱动胆囊癌进展的分子机制并识别新的治疗靶点	胆囊癌细胞及人源化小鼠模型	多组学分析	胆囊癌	单细胞转录组学、高通量测序、蛋白质组学、功能实验	NA	转录组数据、蛋白质组数据、体内实验数据	NA
32	2025-09-03	CD8+GZMK+CD27+CCR7+ T cells mobilized by splenic sympathetic nerves aggravate brain ischemia‒reperfusion injury via CCL19-positive endothelial cells 2025-Sep, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01311-9 PMID:40659887	研究论文	本研究揭示脾交感神经通过动员特定CD8+ T细胞亚群经CCL19-CCR7轴加剧脑缺血再灌注损伤的机制，并提出靶向治疗策略	首次发现并命名卒中相关T（Tsa）细胞亚群，阐明脾交感神经-ADRB2信号通路驱动其动员以及CCL19-CCR7化学趋化轴介导脑浸润的新机制	机制研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证；靶向肽的治疗效果和安全性需更多临床前评估	探究脾交感神经在脑缺血再灌注损伤中通过免疫细胞调控的作用机制	急性缺血性卒中患者和小鼠模型（tMCAO）	神经免疫学	脑血管疾病	单细胞RNA测序，外科去神经术，肽抑制剂开发	NA	基因表达数据，病理学数据	急性缺血性卒中患者队列及tMCAO小鼠模型
33	2025-09-03	Human fetal kidney organoids model early human nephrogenesis and Notch-driven cell fate 2025-Sep, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00504-2 PMID:40691416	研究论文	本研究建立了一种化学定义、无血清的人胎儿肾脏类器官培养方法，用于模拟人类肾脏早期发育和Notch信号驱动的细胞命运	开发了首个可长期体外培养的人胎儿肾脏类器官模型，并首次发现 prominin-1 表达细胞状态可逃避Notch抑制生成肾小管	NA	建立人类胎儿发育的可访问模型以评估多能干细胞衍生类器官	人胎儿肾脏类器官	干细胞生物学与再生医学	NA	单细胞RNA测序、伪时间分析、免疫染色、转录组学	NA	基因表达数据、图像数据	NA
34	2025-09-03	Methyl-CpG-binding domain as a protein interaction partner in promoter regulation and neurodevelopment through evolutionary expanded entanglement 2025-Sep-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00749.2024 PMID:40712661	研究论文	探讨甲基结合域（MBD）作为蛋白质相互作用基序在启动子调控和神经发育中的进化保守作用	揭示了MBD独立于甲基化DNA结合的蛋白质相互作用功能及其在脊椎动物中的进化扩展	NA	解析MBD结构域在基因调控和神经发育中的进化保守机制	植物、无脊椎动物和脊椎动物的MBD蛋白及NuRD复合物	表观遗传学	智力障碍综合征	ChIP-Seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组学数据	超过1.15亿个单细胞RNA-seq数据及数千个批量组织样本
35	2025-09-03	Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells 2025-Sep-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf205 PMID:40828965	研究论文	基于泛基因组图平台分析全球牛群中结构变异（SVs）和单核苷酸多态性（SNPs）对种群结构和表型形成的影响	揭示约40.14%的SVs未被附近SNPs标记，这些“孤儿”SVs可能代表新的遗传信号，并发现一个特异性SV作为IGFBP7+细胞中的新型增强子调控脂肪沉积	NA	探究结构变异在牛遗传改良和适应性进化中的关键作用	全球82个品种的2,409头牛	基因组学	NA	泛基因组图分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	2,409头牛（涵盖82个品种）
36	2025-09-03	Expression profile of the ADHD risk gene ADGRL3 during human neurodevelopment and the effects of genetic variation 2025-Sep, The world journal of biological psychiatry : the official journal of the World Federation of Societies of Biological Psychiatry DOI:10.1080/15622975.2025.2520518 PMID:40552428	研究论文	本研究探讨了ADHD风险基因ADGRL3在人类神经发育过程中的表达模式及其遗传变异的影响	首次在人类诱导多能干细胞衍生的皮质神经元中研究ADGRL3功能，发现该基因在神经发育早期表达高峰并定位生长锥结构	研究限于体外细胞模型，未涉及完整生物体环境	阐明ADGRL3基因在神经发育中的作用及其与ADHD发病机制的关联	人类诱导多能干细胞衍生的皮质神经元	神经发育生物学	注意缺陷多动障碍（ADHD）	hiPSC技术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
37	2025-09-03	Mast Cells Drive Ferroptosis in Gastric Tumors as Key Players in the Tumor Immune Microenvironment 2025-Sep, Omics : a journal of integrative biology IF:2.2Q3 DOI:10.1177/15578100251366980 PMID:40831393	研究论文	本研究通过整合转录组分析揭示肥大细胞在胃癌肿瘤微环境中通过旁分泌信号促进铁死亡的新机制	首次发现肥大细胞作为肿瘤免疫微环境中的关键调控者，通过旁分泌信号（如annexin和cyclophilin A）促进铁死亡	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证机制细节和临床转化潜力	探究铁死亡与特定免疫细胞类型（尤其是肥大细胞）在胃癌中的功能联系	胃癌组织样本和细胞共培养体系	肿瘤免疫学	胃癌	RNA-seq（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq），单样本基因集富集分析	NA	转录组数据	TCGA-STAD数据集412例，GSE66229数据集300例，GSE223179共培养数据
38	2025-09-03	Mitochondrial One-Carbon Metabolism Drives CD34-Lineage Cells to Differentiate Into T Follicular Helper Cells to Form Tertiary Lymphoid Organs in Transplant Arteriosclerosis 2025-Aug-26, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.125.073691 PMID:40552421	研究论文	本研究揭示线粒体一碳代谢通过驱动CD34谱系细胞分化为滤泡辅助T细胞，促进移植动脉粥样硬化中三级淋巴器官的形成	首次发现CD34谱系细胞是移植动脉中T细胞分化的主要来源，并证实线粒体一碳代谢关键酶MTHFD2调控Tfh细胞分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究移植动脉粥样硬化中T滤泡辅助细胞的起源和调控机制	小鼠模型中的CD34谱系细胞和T滤泡辅助细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光染色、超高效液相色谱-高分辨质谱代谢组学	基因敲除小鼠模型	基因组数据、代谢组数据、细胞图像数据	移植后2周和4周的小鼠动脉组织样本
39	2025-09-03	Perturb-Multimodal: A platform for pooled genetic screens with imaging and sequencing in intact mammalian tissue 2025-Aug-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.022 PMID:40513557	研究论文	开发了一种结合成像和测序的平台Perturb-Multi，用于在完整哺乳动物组织中进行大规模多模态基因型-表型图谱构建	首次实现原位组织中的 pooled 遗传扰动与多模态（成像+测序）表型分析的整合	NA	解析体内遗传调控对细胞和组织表型的影响机制	小鼠肝脏组织中的数百种遗传扰动	计算生物学	肝脏疾病	成像技术、单细胞测序、全转录组分析	NA	图像、基因表达数据	数百种遗传扰动的小鼠肝脏细胞
40	2025-09-03	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Aug-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	本研究揭示中脑胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号通路促进弥漫性中线胶质瘤生长	首次发现脑干胆碱能神经元通过特定神经环路调控DMG增殖，并证实M1/M3受体在其中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的调控机制	弥漫性中线胶质瘤（DMG）细胞、少突胶质前体细胞（OPCs）、小鼠模型	神经肿瘤学	脑胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、药理学阻断	动物模型（小鼠）、细胞共培养模型	基因表达数据、细胞增殖数据、电生理数据	原发性DMG样本（具体数量未明确说明）、DMG荷瘤小鼠模型