单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-29	Deep exploration of logical models of cell differentiation in human preimplantation embryos 2025-May-27, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00537-7 PMID:40425601	研究论文	本文介绍了一种名为SCIBORG的计算工具，用于通过整合单细胞转录组数据和先验知识网络来推断基因调控的布尔网络	开发了SCIBORG工具，利用逻辑编程处理单细胞数据的高维搜索空间，并生成动态布尔网络模型，揭示滋养外胚层成熟过程中的关键基因	缺乏某些生物系统的可行扰动数据，限制了动态模型的验证或生成	研究人类胚胎滋养外胚层(TE)成熟过程中的基因调控网络	人类胚胎滋养外胚层细胞	计算生物学	NA	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	布尔网络(BN)	单细胞转录组数据	NA
22	2025-05-29	Novel ribosome biogenesis-related biomarkers and therapeutic targets identified in psoriasis 2025-May-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03833-8 PMID:40425712	研究论文	该研究通过转录组和单细胞RNA测序数据，鉴定了与银屑病发病机制相关的核糖体生物发生相关生物标志物，并探索了潜在的治疗靶点	首次将核糖体生物发生（RiboSis）与银屑病发病机制联系起来，并鉴定了11个候选生物标志物，其中MPHOSPH6和ISG20通过外部数据集验证和分子对接预测了潜在治疗化合物	研究机制尚不完全清楚，需要进一步的实验验证	探索核糖体生物发生在银屑病发病机制中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	银屑病患者和相关的转录组数据	生物信息学	银屑病	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, PPI分析, 分子对接	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	从GEO数据库获取的批量转录组和单细胞RNA测序数据集
23	2025-05-29	Author Correction: Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC 2025-May-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02747-9 PMID:40425739	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
24	2025-05-29	A robust multi-scale clustering framework for single-cell RNA-seq data analysis 2025-May-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03603-6 PMID:40425750	research paper	提出了一种新的单细胞RNA测序数据分析方法scMSCF，通过结合多维PCA降维、K-means聚类和加权集成元聚类方法，以及自注意力驱动的Transformer模型，提高了聚类准确性	scMSCF方法通过多层降维策略构建初始聚类框架，并在元聚类过程中使用投票机制选择高置信度细胞，为Transformer模型提供精确训练标签，从而捕捉基因表达数据中的复杂依赖关系	NA	解决单细胞RNA测序数据高维度、稀疏性和噪声带来的聚类挑战，提高细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	基因表达数据	八个单细胞RNA测序数据集
25	2025-05-29	Optimized culturing yields high success rates and preserves molecular heterogeneity, enabling personalized screening for high-grade gliomas 2025-May-27, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00946-1 PMID:40425813	research paper	该研究优化了高级别胶质瘤（HGG）体外培养方法，提高了培养成功率并保持了分子异质性，支持个性化药物筛选	结合超声抽吸和3D组织片段培养方法，将培养成功率提高到96%，并首次展示了超声抽吸来源培养物具有更高的转录组异质性	研究样本量相对有限（114例），且未探讨长期培养对分子特征的影响	开发可靠的高级别胶质瘤体外培养模型以支持精准医疗	高级别胶质瘤患者来源的胶质瘤干细胞样细胞（GSC）培养物	肿瘤生物学	高级别胶质瘤	单细胞测序、拷贝数分析	体外细胞培养模型	基因组数据、转录组数据	114例HGG标本（包含手术切除和超声抽吸样本）
26	2025-05-29	Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks 2025-May-27, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00809-6 PMID:40425827	research paper	介绍了一种基于空间转录组学的工具STCase，用于在单细胞/斑点水平推断细胞间通讯事件，并探索细胞亚型	开发了STCase工具，利用可解释的多视图图神经网络通过CCC感知注意力识别细胞类型的生态位，并揭示生态位特异性CCC事件	NA	推断细胞间通讯事件并探索细胞亚型	细胞间通讯(CCC)	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	空间转录组学(ST)	多视图图神经网络	空间转录组数据	NA
27	2025-05-29	Ligustrazine nano-drug delivery system ameliorates doxorubicin-mediated myocardial injury via piezo-type mechanosensitive ion channel component 1-prohibitin 2-mediated mitochondrial quality surveillance 2025-May-27, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03420-z PMID:40426179	研究论文	本研究探讨了川芎嗪纳米药物递送系统通过调节PIEZO1-TMBIM6-PHB2Ser91/Ser176磷酸化轴改善阿霉素诱导的心肌损伤和线粒体功能障碍	首次利用四面体骨架核酸分子作为川芎嗪的纳米载体，并通过基因修饰小鼠模型和单细胞测序分析揭示了PIEZO1-TMBIM6-PHB2Ser91/Ser176磷酸化轴的作用机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验	探索川芎嗪纳米药物递送系统对阿霉素诱导心肌损伤的保护作用及其分子机制	阿霉素诱导的心肌病模型小鼠和基因修饰细胞系统	纳米药物递送	心血管疾病	单细胞测序、分子生物学技术、整合药理学	基因修饰小鼠模型	NA	NA
28	2025-05-29	Semaglultide targets Spp1+ microglia/macrophage to attenuate neuroinflammation following perioperative stroke 2025-May-27, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03465-9 PMID:40426210	研究论文	本文研究了索马鲁肽通过靶向Spp1阳性小胶质细胞/巨噬细胞来减轻围手术期卒中后的神经炎症	发现了一种新的保护性Spp1阳性巨噬细胞/小胶质细胞亚群，并证明索马鲁肽可以上调这一亚群	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索围手术期卒中后神经炎症的缓解策略	围手术期缺血性卒中(PIS)小鼠模型	神经科学	缺血性卒中	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、高参数流式细胞术、RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像	未明确说明具体数量，但使用了小鼠模型
29	2025-05-29	scE2EGAE: enhancing single-cell RNA-Seq data analysis through an end-to-end cell-graph-learnable graph autoencoder with differentiable edge sampling 2025-May-27, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00616-z PMID:40426257	research paper	提出了一种名为scE2EGAE的端到端可学习图自动编码器，用于增强单细胞RNA测序数据分析	通过可微分边缘采样学习细胞间关系图，避免了传统固定图构建方法的信息丢失问题	仅在8个公开scRNA-Seq数据集上进行了验证，需要更多数据集的广泛测试	改进单细胞RNA测序数据的降噪分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq	图自动编码器(Graph Autoencoder)	基因表达数据	8个公开scRNA-Seq数据集
30	2025-05-29	Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer 2025-May-26, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432 PMID:40424767	研究论文	该研究通过整合AI/ML和多组学方法，探讨了TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在靶点	研究创新性地结合了多组学分析和深度学习驱动的QSAR建模，预测并验证了TNFRSF10A作为胰腺癌的潜在治疗靶点，并发现了具有调节TRAILR1作用的FDA批准药物和天然化合物	研究结果需要在进一步的实验和临床研究中验证	探讨TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌(PDAC)及其微环境	数字病理学	胰腺癌	多组学分析、单细胞空间转录组学、蛋白质组学、ceRNA网络分析、QSAR建模	SELFormer (基于transformer的深度学习模型)	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA
31	2025-05-29	Epithelial cell dynamics: Key drivers of type 2 inflammation in eosinophilic chronic rhinosinusitis 2025-May-26, Auris, nasus, larynx DOI:10.1016/j.anl.2025.05.009 PMID:40424830	research paper	本文探讨了鼻窦黏膜上皮细胞在嗜酸性慢性鼻窦炎（ECRS）中作为2型炎症关键驱动因素的作用	强调了上皮细胞在ECRS发病机制中的关键作用，而非传统认为的免疫细胞，并探讨了针对IL-4/IL-13和IL-5信号通路的新型生物制剂的潜力	ECRS的发病机制在患者群体中存在异质性，这使得开发通用疗法变得复杂	探索上皮细胞亚群在维持组织修复和慢性炎症平衡中的作用，以开发针对性干预措施	嗜酸性慢性鼻窦炎（ECRS）患者的上皮细胞和免疫细胞	免疫学	慢性鼻窦炎	单细胞转录组学和空间转录组学技术	NA	NA	NA
32	2025-05-29	Dual roles of IRE1α inhibition in reversing mitochondrial ROS-induced CD8+ T-cell senescence and exerting direct antitumor effects in multiple myeloma 2025-May-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011044 PMID:40425229	研究论文	研究探讨了IRE1α抑制在逆转线粒体ROS诱导的CD8+ T细胞衰老及在多发性骨髓瘤中发挥直接抗肿瘤作用的双重角色	揭示了IRE1α抑制通过减少mtROS产生逆转CD8+ T细胞衰老的双重机制，并提出了一种新的多发性骨髓瘤治疗策略	T细胞衰老的具体机制尚未完全阐明	探索IRE1α抑制对CD8+ T细胞衰老和多发性骨髓瘤细胞的直接影响	多发性骨髓瘤患者的CD8+ T细胞及多发性骨髓瘤细胞	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术、RNA测序	Vk*MYC小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	多发性骨髓瘤患者的骨髓CD8+ T细胞及健康供体的外周血单个核细胞
33	2025-05-29	[New technologies serve as accelerators for breakthroughs in modern acupuncture research] 2025-May-25, Zhen ci yan jiu = Acupuncture research DOI:10.13702/j.1000-0607.20250380 PMID:40390610	综述	本文系统回顾了现代针灸研究的历史，强调了早期电生理和生化技术对针灸客观效应的验证，以及自20世纪50年代以来研究对针灸镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联和穴位功效模式的阐明	强调了当代技术从系统、有机方法到细胞、分子和遗传方法在推动现代针灸研究中的作用，并展望了单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能和医工交叉等新兴技术在针灸研究中的潜在应用	未具体说明当前研究的局限性	探讨现代针灸研究的发展历程及未来技术应用方向	针灸-艾灸的客观效应、镇痛机制、经络现象、穴位-内脏器官关联和穴位功效模式	医学工程交叉	NA	电生理、生化技术、单细胞测序、空间转录组学、神经影像学、人工智能	NA	NA	NA
34	2025-05-29	Transcription factors that define the epigenome structures and transcriptomes in microglia 2025-May-25, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104814 PMID:40425139	research paper	本文探讨了转录因子如何定义小胶质细胞的表观基因组结构和转录组	识别了PU.1、IRF8、SALL1和SMAD4等关键转录因子作为小胶质细胞的决定性因素，并揭示了它们在调控小胶质细胞特性中的作用	NA	研究小胶质细胞中转录因子的作用及其在神经炎症和神经退行性疾病中的角色	小胶质细胞	表观遗传学	神经退行性疾病	ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, single-cell RNA-seq	NA	基因组数据	NA
35	2025-05-29	Enhancer-driven gene regulatory networks reveal transcription factors governing T cell adaptation and differentiation in the tumor microenvironment 2025-May-22, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.030 PMID:40425012	研究论文	通过增强子驱动的基因调控网络揭示转录因子在肿瘤微环境中调控T细胞适应和分化的机制	利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的多组学数据，揭示了KLF2和BATF转录因子在调控Trm样TIL形成中的关键作用	研究基于模型和小样本数据，可能无法完全反映人类肿瘤微环境的复杂性	探究肿瘤微环境中T细胞适应和分化的调控机制	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的CD8 T细胞	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据、表观遗传数据	模型中的T细胞受体（TCR）匹配的CD8 T细胞
36	2025-05-29	SCIG: Machine learning uncovers cell identity genes in single cells by genetic sequence codes 2025-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf431 PMID:40433981	research paper	介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因	SCIG方法通过独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	NA	识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育和疾病中的细胞身份失调	单细胞中的细胞身份基因	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	NA	genetic sequence, gene expression	NA
37	2025-05-29	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-05-21, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:40401698	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号通过促进肾小球巨噬细胞中IL-1β的产生和狼疮相关基因的表达，加速肾小球肾炎的进展	研究仅限于NZBWF1小鼠模型，未在人类患者中验证	探究巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎中的作用机制	NZBWF1小鼠的肾小球巨噬细胞	免疫学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NZBWF1小鼠模型
38	2025-05-29	Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes 2025-May-20, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723 PMID:40404118	研究论文	通过比较人类肝脏转录组，全面研究小鼠MASH模型的适用性	首次详细比较多种小鼠MASH模型的转录组特征，并提出结合CDA-HFD与HFD或WD模型的实用策略	研究仅基于转录组数据，未考虑其他分子层面的差异	评估不同小鼠MASH模型在模拟人类MASH疾病特征方面的适用性	小鼠MASH模型（HFD、MCD、CDA-HFD）和人类MASH数据集	肝脏疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三种小鼠MASH模型及人类MASH数据集
39	2025-05-29	Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals Regional Differences in the Prefrontal and Entorhinal Cortex of Alzheimer's Disease Brain 2025-May-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104841 PMID:40429980	研究论文	通过单细胞转录组分析比较阿尔茨海默病患者前额叶皮层和内嗅皮层的细胞和转录变化	揭示了内嗅皮层比前额叶皮层在阿尔茨海默病中表现出更显著的转录改变，并鉴定了与疾病进展相关的LINC01099调控网络	研究仅基于三个单细胞RNA测序数据集，样本量可能不足以涵盖所有可能的细胞类型和转录变化	比较阿尔茨海默病患者不同脑区的细胞和转录差异，以寻找有效的生物标志物和治疗策略	阿尔茨海默病患者的前额叶皮层和内嗅皮层	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	124,658个细胞核，31个细胞簇
40	2025-05-29	Human and Mouse Bone Marrow CD45+ Erythroid Cells Have a Constitutive Expression of Antibacterial Immune Response Signature Genes 2025-May-17, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051218 PMID:40427045	research paper	该研究通过蛋白质相互作用网络分析、细胞因子分泌分析、流式细胞术的单细胞免疫蛋白质组学分析，以及公开的人类和小鼠骨髓红细胞转录组数据的重新分析，全面探索了人类骨髓红细胞的特性	研究发现人类和小鼠骨髓CD45+红细胞具有组成型表达抗菌免疫反应特征基因的能力，揭示了它们在先天抗菌免疫中的潜在作用	研究主要基于体外实验和公开数据的分析，需要进一步的体内实验验证	探索人类骨髓红细胞的免疫调节特性和抗菌免疫反应	人类和小鼠骨髓CD45+红细胞	免疫学	NA	蛋白质相互作用网络分析、流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、蛋白质组数据	公开的人类和小鼠骨髓红细胞转录组数据