单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-08-29	Morphodynamics of human early brain organoid development 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09151-3 PMID:40533563	研究论文	通过活体光片显微镜和计算分析研究人脑类器官早期发育的形态动力学	开发了一种新型双通道、多嵌合和多蛋白标记策略，结合计算解复用方法，实现类器官发育过程中不同亚细胞特征的同步量化	NA	研究人脑类器官的形态动力学和自组织机制	人诱导多能干细胞生成的未引导脑类器官	发育生物学	NA	活体光片显微镜、单细胞转录组分析、荧光标记	NA	图像、转录组数据	NA
22	2025-08-29	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示全基因组加倍（WGD）在高级别浆液性卵巢癌中作为持续突变过程的作用，及其对肿瘤进化与免疫逃逸的影响	开发了基于突变的WGD时序分析方法doubleTime，首次在单细胞分辨率揭示WGD的持续发生模式及其与免疫抑制的关联	样本局限于高级别浆液性卵巢癌，未涉及其他癌症类型	探究全基因组加倍对肿瘤进化与免疫调控的机制	41名患者的70个高级别浆液性卵巢癌样本（30,260个肿瘤基因组）	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，转录组数据，图像数据	41名患者的70个肿瘤样本（含30,260个单细胞基因组）
23	2025-08-29	Emerging molecular Therapeutic targets in breast Cancer: Pathologic identification and clinical implications 2025-Aug, Human pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1016/j.humpath.2025.105881 PMID:40759284	综述	本文总结乳腺癌当前及新兴分子生物标志物及其在精准肿瘤学中的应用前景	涵盖液体活检、空间转录组学等新技术发现的生物标志物，并强调肿瘤微环境在治疗调控中的作用	标准化、可重复性及临床验证方面仍存在挑战	推进乳腺癌精准诊断、预后评估及治疗决策	乳腺癌分子生物标志物及肿瘤微环境	数字病理	乳腺癌	NGS, 液体活检, 空间转录组学, 多重免疫荧光	NA	基因组数据, 液体活检样本, 肿瘤微环境数据	NA
24	2025-08-29	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	研究论文	本研究通过基因组编辑模型揭示人类特异性增强子HARE5通过调控神经祖细胞增殖和神经发生能力精细调节皮层发育与连接	首次证明人类特异性HARE5增强子通过放大经典WNT信号通路直接调控神经祖细胞增殖，从而促进大脑皮层扩张与复杂化	NA	探究人类加速区域（HARs）在物种特异性皮层发育中的功能机制	小鼠模型、灵长类模型、人类与黑猩猩神经祖细胞及皮层类器官	发育生物学	NA	基因组编辑、单细胞RNA测序、固定与活体成像、谱系分析	NA	基因组数据、转录组数据、成像数据	多种基因组编辑模型（包括小鼠、人类与黑猩猩细胞及类器官）
25	2025-08-29	Innate immunity and the NF-κB pathway control prostate stem cell plasticity, reprogramming and tumor initiation 2025-Jun-23, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00994-3 PMID:40550901	研究论文	本研究探讨了先天免疫和NF-κB通路在控制前列腺干细胞可塑性、重编程和肿瘤起始中的作用	揭示了Pten缺失后基底细胞以区域化方式重编程为hillock样状态并通过先天免疫激活驱动肿瘤发生的机制	NA	阐明调节基底细胞可塑性和肿瘤起始的分子机制	前列腺基底细胞	癌症生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 原位表征	NA	基因组数据, 表观遗传数据	NA
26	2025-08-29	MEBOCOST maps metabolite-mediated intercellular communications using single-cell RNA-seq 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf569 PMID:40568942	研究论文	开发了一种基于单细胞RNA测序和代谢通量平衡分析的算法MEBOCOST，用于检测代谢物介导的细胞间通讯	首个专门针对代谢物介导细胞通讯（mCCC）的计算工具，填补了蛋白质导向方法在此领域的空白	NA	检测和解析代谢物介导的细胞间通讯机制	人类白色脂肪组织和小鼠棕色脂肪组织的单细胞	生物信息学	肥胖症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），代谢通量平衡分析，CRISPR筛选	算法模型	单细胞RNA测序数据，空间数据，临床患者数据	人类肥胖患者和小鼠的脂肪组织样本
27	2025-08-29	Differences in transcriptome characteristics and drug repositioning of Alzheimer's disease according to sex 2025-06-15, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106909 PMID:40220916	研究论文	本研究通过分析阿尔茨海默病（AD）患者外周血和前额叶皮层组织的转录组数据，探索性别差异对疾病转录特征及药物重定位的影响	首次系统比较AD患者性别相关的转录组差异，结合单细胞RNA测序分析细胞类型分布及通讯，并预测性别特异性治疗药物	样本量较小（总计54例外周血样本），且部分数据依赖公共数据库（GEO），需进一步扩大验证	探究AD中性别相关的转录组差异及潜在性别分层治疗策略	阿尔茨海默病患者（AD）、轻度认知障碍患者（MCI）及健康对照者的外周血和前额叶皮层组织	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA-seq, snRNA-seq, 转录组分析, Connectivity Map (CMap)	差异表达基因分析, 细胞通讯分析	RNA测序数据, 单细胞转录组数据	54例外周血样本（AD男性15例/女性10例，MCI男性7例/女性11例，健康男性6例/女性5例），另使用GEO数据库前额叶皮层单细胞数据
28	2025-08-29	Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610420 PMID:39257761	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序全面分析小鼠迁移性原始生殖细胞（PGCs）的转录异质性，揭示前后位置迁移细胞在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路的差异	首次基于位置和时间点对迁移中PGCs进行高分辨率转录组图谱绘制，发现前后迁移细胞在ncWNT信号和Nodal-Lefty信号通路的生态位特异性差异，并验证人类中的保守性	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为重新分析已发表数据集，实验验证仅限于E10.5时间点	解析迁移过程中原始生殖细胞的转录异质性及其与体细胞生态位的相互作用机制	小鼠胚胎E9.5-E11.5时期的原始生殖细胞及周围体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全胚胎免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据，免疫荧光图像数据	13,262个小鼠PGCs和7,868个体细胞
29	2025-08-29	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-06, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究通过形态学、功能学和单细胞测序分析，探讨了产前PFOS暴露对子代大鼠肺发育的影响	首次结合单细胞RNA测序揭示PFOS暴露引起肺细胞组成变化和免疫应答转变，并识别出Fam111a上调和Stk35下调等关键基因变化	研究仅基于大鼠模型，结果外推至人类需谨慎；剂量设置虽覆盖环境与职业暴露水平，但长期效应仍需进一步验证	阐明PFOS暴露对肺发育的细胞与分子机制	子代大鼠肺组织	毒理学与环境健康	肺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、形态学数据、生理功能数据	孕鼠暴露于0, 0.01, 0.1, 和1 mg/kg/day PFOS（妊娠11-20天），子代大鼠在出生后0、4、14、21和60天取样
30	2025-08-29	Molecular mechanism of PANoptosis and programmed cell death in neurological diseases 2025-06-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106907 PMID:40204169	综述	本文系统解析PANoptosis的分子机制及其在神经疾病中的作用，并探讨靶向治疗策略	提出PANoptosis作为炎症性程序性细胞死亡的新范式，整合焦亡、凋亡和坏死性凋亡途径，揭示其在神经炎症疾病中的空间转录组特征及治疗潜力	NA	阐明PANoptosis的分子机制及其在神经疾病中的病理作用，推动精准神经治疗策略发展	PANoptosome复合体、程序性细胞死亡通路、神经炎症性疾病（如阿尔茨海默病、多发性硬化）	分子神经生物学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	分子机制分析、转录组数据	NA
31	2025-08-29	CD200-based cell sorting results in homogeneous transplantable striatal neuroblasts for human cell therapy for Huntington's disease 2025-06-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106905 PMID:40220917	研究论文	本文开发了一种基于CD200标记的细胞分选方法，用于富集人类纹状体神经母细胞，以提升亨廷顿病细胞治疗的移植效果	首次识别CD200作为人类纹状体神经母细胞的表面标记，并建立基于该标记的高效分选流程，减少细胞异质性	研究仅在成年小鼠体内进行移植验证，尚未开展人类临床试验	开发减少人类多能干细胞分化产物异质性的方法，优化神经退行性疾病的细胞治疗策略	人类多能干细胞分化的纹状体神经母细胞	细胞治疗	亨廷顿病	大规模单细胞RNA测序，免疫磁珠分选	NA	单细胞RNA测序数据	NA
32	2025-08-29	Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653262 PMID:40661452	研究论文	本文通过纵向单细胞RNA测序研究慢性粒细胞白血病进展，揭示微观转录状态如何聚合形成宏观疾病表型	结合状态转换理论，首次系统阐明单细胞水平连续转录微状态如何汇聚成临床相关的宏观白血病表型	NA	解析单细胞与批量转录组数据中的疾病特异性信息，阐明离散疾病状态从噪声数据中涌现的机制	慢性粒细胞白血病（CML）的进展过程	单细胞组学	白血病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	状态转换理论	单细胞转录组数据	NA
33	2025-08-29	Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.05.588321 PMID:38645054	研究论文	通过化学遗传学小鼠模型研究慢性多巴胺神经元过度激活导致帕金森病特征性神经元退行性变的机制	首次建立慢性多巴胺神经元过度激活的动物模型，揭示神经活动增强导致黑质多巴胺神经元选择性易损性的直接证据	动物模型与人类疾病存在差异，需进一步验证临床相关性	探究慢性神经活动改变在多巴胺神经元退化中的作用机制	中脑多巴胺神经元（特别是黑质致密部神经元）	神经科学	帕金森病	化学遗传学（DREADD）、电生理记录、空间转录组学	DREADD小鼠模型	电生理数据、行为数据、分子表达数据	转基因小鼠模型及人类患者样本对照
34	2025-08-29	Erythroid progenitor cell-mediated spleen-tumor interaction deteriorates cancer immunity 2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417473122 PMID:40014568	研究论文	本文揭示红细胞祖细胞介导的脾脏-肿瘤相互作用通过免疫抑制机制恶化癌症免疫	首次发现肿瘤通过劫持EPCs建立脾脏与肿瘤间的免疫抑制桥梁，并阐明其通过CCL5/CCR5轴迁移及PD-L1介导的免疫抑制机制	NA	探究肿瘤发展中系统性免疫的动态变化及EPCs在肿瘤免疫抑制中的作用	红细胞祖细胞(EPCs)、脾脏、肿瘤微环境、头颈鳞状细胞癌患者样本	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	NA（涉及头颈鳞状细胞癌患者队列分析）
35	2025-08-29	A transcriptome-wide association study integrating multi-omics bioinformatics and Mendelian randomization reveals the prognostic value of ADAMDEC1 in colon cancer 2025-02, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-024-03910-3 PMID:39680087	研究论文	本研究通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法，鉴定ADAMDEC1作为结肠癌预后保护因子	首次结合单细胞测序数据、批量转录组数据和孟德尔随机化分析，系统识别与结肠癌预后因果关联的基因	NA	识别与结肠癌预后有因果关联的基因，改善患者生存率	结肠癌患者及其相关基因与细胞类型	生物信息学	结肠癌	单细胞测序, 批量转录组分析, 孟德尔随机化(SMR), GWAS, 免疫组化(IHC)	scissor算法, 两样本孟德尔随机化	基因表达数据, 基因型数据, 临床预后数据, 图像数据	多个数据集（包括GSE17536和GSE39582）及真实世界组织样本
36	2025-08-29	Cholinergic waves have a modest influence on the transcriptome of retinal ganglion cells 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.05.627027 PMID:39713433	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析β2KO小鼠视网膜神经节细胞的转录组变化，探讨胆碱能波对发育的影响	首次在单细胞水平揭示胆碱能波对特定类型RGC转录组的细微调控，而非先前认为的广泛影响	研究仅关注出生后第一周，可能未完全捕捉长期效应；样本限于小鼠模型	探究β2尼古丁乙酰胆碱受体缺失对视网膜神经节细胞基因表达的影响	野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交、全细胞记录	NA	RNA序列数据	野生型和β2KO小鼠出生后第一周的视网膜神经节细胞
37	2025-08-29	Toll-like receptor agonists promote the formation of tertiary lymphoid structure and improve anti-glioma immunity 2025-Jan-12, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae167 PMID:39188155	研究论文	本研究探讨了通过Toll样受体激动剂在胶质瘤微环境中诱导三级淋巴结构形成以增强抗肿瘤免疫的策略	首次发现TLR激动剂联合胶质瘤抗原颅内给药可成功诱导GME中TLS形成，并揭示了巨噬细胞/小胶质细胞与Th17细胞通过LTα/β-LTβR相互作用的新型诱导机制	临床研究仅为初步转化性研究，样本量有限，需要更大规模的临床试验验证	探索将胶质瘤微环境从免疫抵抗状态转化为激活状态的治疗策略	胶质瘤小鼠模型和初步临床研究受试者	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-Seq, BCR/TCR测序, 染色分析, 抗体中和	NA	基因组测序数据, 免疫组化数据, 临床数据	胶质瘤荷瘤小鼠模型和初步临床研究样本
38	2025-08-29	Lessons learned from spatial transcriptomic analyses in clear-cell renal cell carcinoma 2025-Jan-09, Nature reviews. Urology DOI:10.1038/s41585-024-00980-x PMID:39789293	综述	本文总结了空间转录组学在透明细胞肾细胞癌研究中的应用与发现	揭示了肿瘤微环境中空间依赖的细胞互作、代谢异质性分布以及三级淋巴结构的作用机制	目前仅针对透明细胞肾癌亚型进行研究，缺乏其他亚型数据	探讨空间转录组技术在肾细胞癌生物标志物开发中的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤微环境	空间转录组学	肾细胞癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA（基于现有研究综述，未明确样本数量）
39	2025-08-29	Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models 2024-Dec-31, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxaf024 PMID:40795862	研究论文	提出一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM	开发了使用泊松双线性模型的快速估计算法，能扩展到百万级细胞数据集并量化潜在位置的不确定性	NA	解决单细胞RNA测序数据降维中的虚假异质性问题并量化不确定性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	广义双线性模型（GBM）	基因表达计数数据	可扩展至百万细胞规模的数据集
40	2025-08-29	Contributions of T Cell Signaling for Wound Healing 2024-11-14, Journal of burn care & research : official publication of the American Burn Association IF:1.5Q3 DOI:10.1093/jbcr/irae151 PMID:39110034	研究论文	本研究利用scRNA-seq和免疫荧光成像技术，揭示了T细胞在伤口愈合炎症阶段的不同亚群及其信号贡献	首次发现并验证了伤口愈合过程中存在耗竭T细胞，并解析了不同T细胞亚群的特异性信号功能	耗竭T细胞的分子机制和对伤口愈合的具体贡献仍需未来深入研究	探究T细胞在伤口愈合过程中的信号传导机制	伤口愈合过程中的T细胞亚群（活化T细胞、细胞毒性T细胞、耗竭T细胞、调节性T细胞）	免疫学	伤口愈合障碍	scRNA-seq, 免疫荧光成像	NA	单细胞RNA测序数据, 图像数据	NA