单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-30	Integrative single-cell and bulk transcriptomics with Mendelian randomization reveals NAD-related biomarkers in diabetic retinopathy: Insights and experimental validation 2025-May-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114949 PMID:40435823	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组学与孟德尔随机化方法，揭示了糖尿病视网膜病变中与NAD相关的生物标志物	首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，鉴定出CCDC88A和GPD2作为糖尿病视网膜病变的潜在生物标志物，并发现小胶质细胞在疾病中的关键作用	研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限	识别与NAD相关的生物标志物并阐明其在糖尿病视网膜病变中的分子机制	糖尿病视网膜病变患者	生物信息学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR), 逆转录定量PCR(RT-qPCR)	NA	转录组数据	公共数据库数据+实验验证样本(数量未明确说明)
22	2025-05-30	Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis 2025-May-26, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825 PMID:40436260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了局部消融免疫疗法（LAIT）和免疫检查点抑制剂（ICI）对肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）的转录和功能调控，并评估了这些变化在乳腺癌患者中的临床相关性	首次使用scRNAseq技术全面解析LAIT和ICI对TINK细胞的调控机制，并发现两者在NK细胞介导的细胞毒性和趋化因子信号通路中的共享途径	研究主要基于小鼠乳腺癌模型，临床相关性数据来源于TCGA数据库，需要进一步实验验证	探究LAIT和ICI对TINK细胞的调控机制及其在癌症治疗中的潜在协同效应	肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNAseq	NA	RNA测序数据	小鼠乳腺癌模型及TCGA数据库中的乳腺癌患者数据
23	2025-05-30	Image guided construction of a common coordinate framework for spatial transcriptome data 2025-May-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01862-x PMID:40413226	research paper	本文提出了一种名为STaCker的深度学习算法，通过图像配准过程统一转录组切片的坐标，以解决空间转录组数据缺乏共同坐标框架的问题	STaCker通过整合组织图像和基因表达数据生成复合图像表示，并利用合成数据进行训练，克服了训练数据稀缺的问题，显著提高了切片间的空间一致性	NA	构建空间转录组数据的共同坐标框架，以促进数据比较和整合	空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组技术	深度学习算法	图像和基因表达数据	多种基准数据集和真实空间转录组数据集
24	2025-05-30	Progress in single-cell sequencing of retinal vein occlusion or ischemic hypoxic retinopathy 2025-May-23, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110436 PMID:40414336	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在视网膜静脉阻塞（RVO）和缺血性低氧视网膜病变（IHR）研究中的最新进展	利用scRNA-seq技术解析RVO和IHR的细胞和分子异质性，探索潜在治疗靶点和生物标志物，并整合snRNA-seq、空间转录组学和多组学方法增强视网膜响应的时空映射	当前挑战包括样本保存、视网膜细胞类型注释和跨物种翻译	深入了解RVO和IHR的细胞和分子机制，推动精准诊断和靶向治疗	视网膜静脉阻塞（RVO）和缺血性低氧视网膜病变（IHR）	digital pathology	retinal vascular diseases	scRNA-seq, snRNA-seq, spatial transcriptomics, multi-omics	NA	RNA sequencing data	NA
25	2025-05-30	Integrating multi-omics data with artificial intelligence to decipher the role of tumor-infiltrating lymphocytes in tumor immunotherapy 2025-May-23, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156035 PMID:40435910	综述	本文综述了人工智能在评估肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的应用进展，包括自动化定量、亚群识别和空间分布模式分析	整合人工智能与多组学数据，探索TILs在肿瘤免疫治疗中的作用，并探讨AI与其他新兴技术的结合	传统方法耗时且易受观察者变异和误差影响，AI方法仍需进一步验证和标准化	阐明TILs在各种癌症中的预后价值及其对免疫治疗和新辅助治疗反应的预测能力	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	数字病理学	肿瘤	单细胞测序、多重免疫荧光、空间转录组学、多模态方法	CNN	图像	NA
26	2025-05-30	Chemotaxis overrides killing response in alloreactive cytotoxic T-cells providing vascular immune privilege during cellular rejection 2025-May-22, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI155191 PMID:40435228	研究论文	本文探讨了在细胞排斥反应中，趋化作用如何覆盖杀伤反应，从而为同种异体反应性细胞毒性T细胞提供血管免疫特权	挑战了传统的细胞内在免疫特权观点，提出了一种细胞外在机制，即趋化作用在T细胞介导的排斥反应中保护移植物血管	研究主要基于小鼠模型和人类肾移植样本，可能不适用于所有类型的移植或病理条件	揭示在T细胞介导的排斥反应中移植物血管免疫特权的机制	同种异体反应性细胞毒性T细胞（CTLs）、移植物内皮细胞（ECs）和上皮细胞	免疫学	移植排斥	转录组分析、内皮-间质转化评估、共培养实验、活体显微镜检查、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、显微镜图像、单细胞RNA测序数据	小鼠肾移植模型和人类肾移植样本
27	2025-05-30	Dynamic heterogeneity towards drug resistance in AML cells is primarily driven by epigenomic mechanism unveiled by multi-omics analysis 2025-May-21, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.038 PMID:40409464	研究论文	通过多组学分析揭示急性髓系白血病（AML）细胞耐药性的动态异质性主要由表观基因组机制驱动	开发了一种新型多重scRNA-seq策略NAMUL-seq，提高了单细胞转录组研究的效率和可扩展性，并揭示了AML细胞耐药性主要由表观基因组机制而非基因突变驱动	研究仅使用了AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60），未涉及原代细胞或体内模型	阐明AML细胞耐药性的细胞和分子机制	AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60）	多组学分析	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析（scATAC-seq）、DNA甲基化分析、全外显子测序（WES）	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、外显子数据	三种AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60）
28	2025-05-30	Deciphering the regulatory networks of human male germline development from embryo to adulthood 2025-May-21, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167918 PMID:40409516	research paper	该研究通过整合92,488个人类睾丸细胞，构建了从六周胚胎到老年男性的全面男性生殖细胞图谱，揭示了男性生殖细胞发育的调控网络	揭示了WNT6-FZD3/LRP6-JUN/MYC信号轴在未分化精原细胞前体调控网络重构中的作用，并发现JUN和MYC可能是抑制精原细胞分化的核心转录因子	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏功能验证实验	解析人类男性生殖细胞从胚胎到成年的发育调控网络	人类睾丸细胞（从六周胚胎到老年男性）	生殖生物学	男性不育症（特发性非梗阻性无精症）	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	92,488个人类睾丸细胞
29	2025-05-30	Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08952-w PMID:40335695	research paper	该研究揭示了大脑蓝斑核（LC）周围异质性GABA能神经元在调节觉醒和探索行为中的作用	首次识别并描述了LC周围转录、空间和功能多样的GABA能神经元群体，这些神经元通过调节LC放电模式来控制全局觉醒水平和相关行为	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探索局部神经调节输入如何控制LC功能及其在觉醒和行为调节中的作用	小鼠大脑蓝斑核（LC）及其周围神经元	神经科学	神经精神疾病	病毒追踪、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、神经电生理数据	NA
30	2025-05-30	TissueViewer: a web-based multiplexed image viewer 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf246 PMID:40279289	research paper	介绍了一个基于网络的多重图像查看器TissueViewer，旨在高效处理和分享空间生物学技术生成的大规模数据集	开发了一个易于设置和使用的基于网络的查看器，能够在低带宽要求下高速传输高分辨率图像	上传数据限制为50GB，可能不适合处理超大规模数据集	解决空间生物学技术生成的大规模数据集的查看和分享问题	多重免疫荧光染色或空间转录组学分析产生的组织切片数据集	digital pathology	NA	multiplex immunofluorescence staining, spatial transcriptomics profiling	NA	image	NA
31	2025-05-30	PPY-Induced iCAFs Cultivate an Immunosuppressive Microenvironment in Pancreatic Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413432 PMID:40162859	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析筛选与iCAF诱导相关的癌细胞分泌蛋白，并验证了PPY作为一种强效诱导剂的作用	发现PPY作为一种胃肠道激素，主要在胰腺中表达，可能具有最小的全身效应，为改善PDAC免疫治疗提供了新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体临床试验中验证	探索胰腺导管腺癌(PDAC)中免疫抑制微环境的形成机制，并寻找改善免疫治疗的策略	胰腺导管腺癌(PDAC)中的炎症性癌症相关成纤维细胞(iCAFs)	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化(mIHC)、免疫沉淀-质谱联用、分子对接	NA	RNA测序数据、免疫组化图像	人类PDAC组织微阵列、原位同种异体移植小鼠模型
32	2025-05-30	From Invaginating Site to Deep Lesion: Spatial Transcriptomics Unravels Ectopic Endometrial Penetration Features in Adenomyosis 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411752 PMID:40190183	research paper	该研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，绘制了腺肌症从子宫内膜内陷部位到异位病变的空间转录景观，揭示了腺肌症病理过程的分子机制	首次绘制了腺肌症的空间转录组图谱，并揭示了SFRP5上皮细胞、ESR1平滑肌细胞和CNN1基质成纤维细胞在腺肌症病理过程中的作用	研究样本可能有限，且体外实验验证的临床相关性有待进一步研究	探究腺肌症的分子机制，特别是子宫内膜内陷到异位病变的病理过程	腺肌症患者的子宫内膜内陷部位和异位病变	digital pathology	adenomyosis	spatial transcriptomics, single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing deconvolution, histological techniques	NA	RNA sequencing data, histological images	NA
33	2025-05-30	Construction of a deep learning model and identification of the pivotal characteristics of FGF7- and MGST1- positive fibroblasts in heart failure post-myocardial infarction 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143171 PMID:40258553	research paper	该研究构建了一个深度学习模型，并鉴定了心肌梗死后心力衰竭（post-MI HF）中FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞的关键特征	发现了FGF7MGST1成纤维细胞在post-MI HF中的下调，并通过机器学习算法鉴定了17个特征基因，构建了预测心力衰竭的深度学习模型	成纤维细胞在正常心脏组织和心力衰竭组织中的异质性仍需进一步研究	探究心肌梗死后心力衰竭中成纤维细胞的功能失调及其关键特征	FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq, qRT-PCR, mendelian randomization analysis	deep learning model	single-cell RNA sequencing data, gene expression data	NA
34	2025-05-30	Neurotrophin-3/chitosan inhibits cuproptosis-related genes to enable functional recovery after spinal cord injury 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143403 PMID:40268016	research paper	本研究探讨了铜死亡相关基因(CRGs)在脊髓损伤(SCI)中的调控机制，并探索了负载神经营养因子-3(NT3)的壳聚糖在促进功能恢复中的治疗潜力	首次发现四个关键CRGs (Atp7a, Cp, Loxl2, 和 Pde3b)和三个关键转录因子(C/EBPα, Stat6, 和 Runx1)在SCI后上调，促进铜死亡和神经炎症，并证明NT3负载壳聚糖能显著抑制CRG表达并增强功能恢复	需要在更大的队列中验证这些发现，并探索NT3负载壳聚糖调节CRG表达的详细机制	研究SCI中CRGs的调控机制及NT3负载壳聚糖的治疗潜力	小鼠脊髓组织	神经科学	脊髓损伤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接分析	动物模型, 机器学习	RNA-seq数据	NA
35	2025-05-30	Malignant Hepatoblast-Like Cells Sustain Stemness via IGF2-Dependent Cholesterol Accumulation in Hepatoblastoma 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407671 PMID:40271711	研究论文	通过单细胞转录组分析识别出一种独特的恶性肝母细胞样细胞亚群，作为低分化肝母细胞瘤的可能起源，并探讨了IGF2依赖的胆固醇积累在维持其干细胞特性中的作用	首次在单细胞水平鉴定出与肝母细胞瘤不良预后相关的恶性肝母细胞样细胞亚群，揭示了IGF2通过SREBF2促进胆固醇异常积累维持干细胞特性的新机制	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的体内外实验验证IGF2通路作为治疗靶点的有效性	探究低分化肝母细胞瘤的发病机制并寻找潜在治疗靶点	肝母细胞瘤患者样本中的恶性肝母细胞样细胞	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量（肝母细胞瘤患者组织样本）
36	2025-05-30	Mas Signaling Potentiates Neutrophil Extracellular Traps Formation Induced by Endothelial Cells Derived S1P in Mice with Acute Liver Failure 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411428 PMID:40285622	研究论文	本研究探讨了Mas信号在急性肝衰竭（ALF）中对中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）形成的影响及其机制	首次揭示了Mas信号通过调节肠道菌群和FXR-S1P-NETs轴影响NETs形成的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明Mas信号在急性肝衰竭中调控NETs形成的分子机制	雄性Mas1基因敲除小鼠和野生型小鼠	免疫学	急性肝衰竭	单细胞测序、代谢组学分析	小鼠模型	生物分子数据	6-8周龄雄性小鼠（具体数量未明确说明）
37	2025-05-30	MEA-seqX: High-Resolution Profiling of Large-Scale Electrophysiological and Transcriptional Network Dynamics 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412373 PMID:40304297	研究论文	MEA-seqX平台整合高密度微电极阵列、空间转录组学、光学成像和先进计算策略，实现了分子和电网络活动在介观空间分辨率下的同步记录与分析	首次观察到分子和功能水平上协调的海马回路动力学，并通过机器学习算法从空间基因表达准确预测网络范围内的电生理活动特征	研究仅限于小鼠海马体模型，尚未在更广泛的生物系统或人类组织中验证	解码分子事件与神经元活动之间的相互因果影响，揭示转录与功能之间的嵌套动力学	小鼠海马体模型中的分子和电网络活动	神经科学	NA	高密度微电极阵列、空间转录组学、光学成像	机器学习算法	电生理数据、基因表达数据	NA
38	2025-05-30	Lactylation-Driven NUPR1 Promotes Immunosuppression of Tumor-Infiltrating Macrophages in Hepatocellular Carcinoma 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413095 PMID:40305758	研究论文	本研究探讨了核蛋白1（NUPR1）在肝细胞癌（HCC）肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的免疫抑制作用及其对免疫治疗结果的影响	首次揭示了NUPR1通过抑制ERK和JNK信号通路促进M2巨噬细胞极化及免疫检查点PD-L1和SIRPA的表达，从而形成免疫抑制微环境	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证NUPR1靶向治疗的效果	探究NUPR1在HCC肿瘤微环境中免疫抑制的作用机制及其作为免疫治疗生物标志物和靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外和体内功能实验	NA	基因表达数据	NA
39	2025-05-30	Evaluation of out-of-distribution detection methods for data shifts in single-cell transcriptomics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf239 PMID:40439669	研究论文	本文评估了六种用于单细胞转录组学数据偏移的分布外检测方法，以提高细胞类型注释的准确性和可信度	将主要应用于计算机视觉的分布外检测方法引入单细胞转录组学领域，用于识别新细胞类型和数据偏移	未提及具体方法在特定细胞类型或数据集上的性能局限	提高单细胞转录组学数据中细胞类型注释的准确性和可靠性	单细胞转录组学数据中的细胞类型注释和数据偏移	生物信息学	NA	RNA-seq	LogitNorm, MC dropout, Deep Ensembles, Energy-based OOD, Deep NN, Posterior networks	单细胞转录组数据	未提及具体样本数量
40	2025-05-30	scaLR: a low-resource deep neural network-based platform for single cell analysis and biomarker discovery 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf243 PMID:40439670	research paper	介绍了一个名为scaLR的低资源深度神经网络平台，用于单细胞分析和生物标志物发现	开发了一个能够在低计算资源下高效处理大规模单细胞RNA测序数据的平台scaLR，通过特征子集训练和批量采样减少内存需求	未明确提及具体性能上限或适用范围限制	解决单细胞RNA测序数据分析中的计算资源需求高和细胞类型注释准确性挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	DNN	基因表达数据	未明确提及具体样本数量