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当前共找到 32649 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-11-17 |
Improved reconstruction of single-cell developmental potential with CytoTRACE 2
2025-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02857-2
PMID:41145665
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研究论文 | 本研究开发了CytoTRACE 2深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据预测细胞的发育潜能 | 提出了可解释的深度学习框架CytoTRACE 2，在多种平台和组织中优于先前方法，能够预测绝对发育潜能 | NA | 解决从单细胞RNA测序数据识别细胞发育潜能分子标志的挑战 | 单细胞发育潜能和分化层次 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2025-11-17 |
The cell as a token: high-dimensional geometry in language models and cell embeddings
2025-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf595
PMID:41165609
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综述 | 探讨自然语言嵌入结构理解如何为单细胞数据集分析提供启示 | 将语言模型中的token概念与细胞嵌入进行类比，提出细胞可视为高维空间中的token | NA | 分析语言模型与细胞嵌入在高维几何结构上的相似性 | 单细胞数据集和自然语言数据 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型, 语言模型 | 单细胞数据, 文本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-11-17 |
Advancing Precision Medicine in Inflammatory Skin Disease
2025-Nov, American journal of clinical dermatology
IF:8.6Q1
DOI:10.1007/s40257-025-00963-7
PMID:40819342
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观点文章 | 本文探讨精准医学在慢性炎症性皮肤病治疗中的应用前景与挑战 | 提出将分子表型分析与传统临床病理诊断相结合，通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术实现皮肤病精准分类和药物反应预测 | 生物标志物验证有限、成本高昂、研究队列广度不足 | 推动精准医学在皮肤病学领域的整合应用 | 慢性炎症性皮肤病患者 | 精准医学 | 炎症性皮肤病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 分子表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 24 | 2025-11-17 |
CoCo-ST detects global and local biological structures in spatial transcriptomics datasets
2025-Nov, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-025-01781-z
PMID:41083603
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研究论文 | 提出一种名为CoCo-ST的图对比特征表示框架，用于检测空间转录组数据中的全局和局部生物结构 | 通过比较目标样本与背景样本，能够同时检测高方差和低方差的空间结构，解决了现有方法忽略低方差结构的问题 | NA | 开发能够检测空间转录组数据中高方差和低方差生物结构的计算方法 | 小鼠肺前癌样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比特征表示框架 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium, Xenium Prime 5K, Visium HD | spot-level Visium数据, 单细胞Xenium Prime 5K数据, 亚细胞Visium HD数据 |
| 25 | 2025-11-17 |
Integration of Transcriptome Profiling and Single-Cell Sequencing Analysis to Establish a CD8+ T Cell-Related Prognostic Model for Patients With NSCLC: From Assessment to Therapy
2025-Nov, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71337
PMID:41223031
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研究论文 | 本研究通过整合转录组分析和单细胞测序技术，建立了基于CD8+ T细胞的非小细胞肺癌预后模型 | 首次结合转录组分析和单细胞测序构建CD8+ T细胞相关预后模型，并开发了临床预后列线图 | 研究基于三个公共数据集，需要进一步前瞻性临床验证 | 开发CD8+ T细胞相关预后模型以改善NSCLC患者的预后评估和免疫治疗决策 | 非小细胞肺癌患者 | 生物信息学 | 肺癌 | 转录组分析,单细胞测序,加权基因共表达网络分析 | LASSO回归,Cox回归,风险模型,列线图 | 基因表达数据,单细胞数据,临床数据 | 三个数据集(TCGA-NSCLC, GSE183219, GSE42127) | NA | 单细胞RNA-seq,转录组分析 | NA | NA |
| 26 | 2025-11-17 |
Identification of Disulfidptosis-Associated Hub Genes in Psoriasis via Integrated Transcriptomic and Experimental Validation Approaches
2025-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70945
PMID:41224720
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研究论文 | 通过整合转录组学和实验验证方法鉴定银屑病中与二硫死亡相关的枢纽基因 | 首次将新型细胞死亡方式二硫死亡与银屑病发病机制联系起来，并通过多组学整合分析识别关键基因 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，需要进一步临床验证 | 探索二硫死亡在银屑病发病机制中的作用并识别相关生物标志物 | 银屑病患者皮肤组织和imiquimod诱导的银屑病样小鼠模型 | 生物信息学 | 银屑病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, Western blotting | LASSO回归, 随机森林, WGCNA | 转录组数据, 单细胞数据 | 多个数据集(GSE106992, GSE11239, GSE162183)和小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2025-11-17 |
Ubiquitous dysregulation of the Wnt pathway in immune thrombocytopenia genetic susceptibility
2025-Nov, Blood vessels, thrombosis & hemostasis
DOI:10.1016/j.bvth.2025.100107
PMID:41235340
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研究论文 | 本研究通过功能基因组学和单细胞RNA测序分析，揭示了Wnt信号通路在免疫性血小板减少症中的广泛失调 | 首次在ITP中系统性地证明了Wnt信号通路的多基因、多细胞类型特异性失调模式 | 研究主要基于遗传关联和基因表达分析，缺乏直接的机制验证实验 | 探究Wnt信号通路在免疫性血小板减少症发病机制中的作用 | 免疫性血小板减少症患者和健康对照的遗传及单细胞转录组数据 | 基因组学 | 免疫性血小板减少症 | 全基因组关联研究, 单细胞RNA测序, 功能基因组学分析 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2025-11-17 |
Mechanistic study of ANXA3-mediated endoplasmic reticulum stress promoting M1 macrophage polarization in pulmonary arterial hypertension based on bioinformatics and nine machine learning algorithms
2025-Nov, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.111215
PMID:41110296
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研究论文 | 本研究通过生物信息学和九种机器学习算法揭示了ANXA3通过内质网应激促进M1巨噬细胞极化在肺动脉高压中的作用机制 | 首次系统整合多种机器学习算法识别肺动脉高压中内质网应激相关关键基因，并通过实验验证ANXA3在调控M1巨噬细胞极化和肺动脉平滑肌细胞功能中的核心作用 | 样本量相对有限（100例患者和61例对照），且主要基于动物模型验证，需要进一步临床研究确认 | 阐明内质网应激在肺动脉高压免疫调节中的分子机制，识别关键调控基因 | 肺动脉高压患者外周血单核细胞、特发性肺动脉高压患者样本、两种肺动脉高压大鼠模型（MCT诱导和SuHx诱导） | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 转录组分析、机器学习算法、qRT-PCR、单细胞RNA测序、免疫荧光、功能实验 | LASSO回归等九种机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 161例人类样本（100例患者+61例对照）和20例特发性肺动脉高压患者，两种大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2025-11-17 |
Six1-Eya1 Axis Governs Myofiber Remodeling and Fibrosis in Extraocular Myopathy: Insights from Single-Cell RNA Sequencing and Mesenchymal Stem Cell Therapy in Thyroid Eye Disease
2025-Oct-31, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14211708
PMID:41227354
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和间充质干细胞治疗，揭示了Six1-Eya1轴在甲状腺眼病眼外肌肌纤维重塑和纤维化中的调控作用 | 首次发现Six1和Eya1作为肌纤维分化和纤维化抑制的核心调控因子，并验证其在甲状腺眼病中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，需要进一步临床验证 | 探究甲状腺眼病中眼外肌肌病的分子机制和治疗策略 | 甲状腺眼病小鼠模型、正常人和TED患者的成肌细胞 | 单细胞测序分析 | 甲状腺眼病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 对照个体和TED患者的成肌细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2025-11-17 |
Comparative Oncology: Cross-Sectional Single-Cell Transcriptomic Profiling of the Tumor Microenvironment Across Seven Human Cancers
2025-Oct-31, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17213527
PMID:41228323
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序对七种人类癌症的肿瘤微环境进行比较分析 | 首次使用单细胞RNA测序技术对七种不同癌症类型的肿瘤微环境进行跨癌种比较分析 | 基于公开数据集的分析，BC和GC癌症需要进行亚型特异性分析 | 阐明不同癌症类型中肿瘤成分的差异转录和细胞间信号特征 | 七种人类癌症：胰腺导管腺癌、肝细胞癌、食管鳞状细胞癌、乳腺癌、甲状腺癌、胃癌和结直肠癌 | 单细胞转录组学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自七种癌症类型的公开scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2025-11-17 |
Deciphering the potential pathogeny of rare tracheal adenoid cystic carcinoma by single-cell RNA-sequencing
2025-Oct-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-2025-832
PMID:41234575
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术对罕见气管腺样囊性癌的潜在致病机制进行深入解析 | 首次在单细胞水平揭示TACC可能起源于纤毛上皮细胞，并发现间皮细胞通过MIF-CD74信号通路与巨噬细胞相互作用的新机制 | 研究样本量有限（单细胞RNA-seq仅1例患者，mIHC验证4例患者） | 阐明气管腺样囊性癌的分子特征和致病机制 | 气管腺样囊性癌患者的肿瘤组织、癌旁组织和外周血 | 数字病理学 | 气管腺样囊性癌 | 单细胞RNA测序，荧光多重免疫组化 | 生物信息学分析，伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据，免疫组化图像数据 | 1例患者进行单细胞RNA-seq，4例患者进行mIHC验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-11-17 |
Single-cell RNA profiling reveals an immunosuppressive microenvironment in EGFR double-mutant non-small cell lung cancer
2025-Oct-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-2025-708
PMID:41234595
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示EGFR双突变非小细胞肺癌中的免疫抑制微环境特征 | 首次使用scFocuSCOPE平台在单细胞水平精确识别罕见突变癌细胞，并系统描述EGFR双突变NSCLC的免疫抑制特征 | 样本量相对较小，双突变病例罕见限制了大规模验证 | 阐明双突变非小细胞肺癌的免疫微环境特征及其治疗意义 | EGFR突变非小细胞肺癌患者样本和EGFR突变细胞系 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，多重免疫荧光分析 | NA | 单细胞转录组数据，免疫荧光图像 | 25例EGFR突变NSCLC样本，2例双突变患者进行时间序列分析 | NA | 单细胞RNA测序 | scFocuSCOPE | 用于单细胞水平精确识别和表征罕见突变癌细胞的测序平台 |
| 33 | 2025-11-17 |
Integrated multi-omic analysis unravels the characteristics of the metabolism-related intratumoral microbes and establishes a novel signature for predicting prognosis and therapeutic response in lung adenocarcinoma
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-357
PMID:41234824
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析揭示了肺腺癌中代谢相关瘤内微生物的特征，并建立了一个预测预后和治疗反应的新型标志物 | 首次系统识别了肺腺癌中与代谢相关的瘤内微生物，建立了基于微生物丰度的预后预测标志物，并揭示了这些微生物与肿瘤微环境的关联 | 基于公开数据集的分析，需要实验验证；样本量有限；机制研究不够深入 | 探究代谢相关瘤内微生物在肺腺癌中的特征、预后意义及其与肿瘤微环境的关系 | 肺腺癌患者样本和相关的微生物组、转录组数据 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 多组学整合分析、微生物组分析、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、Spearman相关分析、无监督聚类、Scissor算法 | 无监督聚类、预后预测模型 | 微生物组数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微生物组分析 | NA | NA |
| 34 | 2025-11-17 |
The role of liquid-liquid phase separation in hepatocellular carcinoma: single-cell analysis and identification of prognostic biomarkers
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-726
PMID:41234822
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析构建了液-液相分离相关特征(LLPSRS)模型，用于预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应 | 首次在单细胞水平系统研究液-液相分离在肝细胞癌中的作用，并构建了9基因预后特征模型 | NA | 评估液-液相分离相关特征在肝细胞癌中的预测价值和免疫治疗反应 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,LASSO Cox回归 | 风险预测评分模型,列线图 | 单细胞RNA测序数据,转录组数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 35 | 2025-11-17 |
Bulk and single-cell transcriptomics of stomach adenocarcinoma provide prognostic insights via the application of a novel gene signature associated with manganese metabolism
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1826
PMID:41234821
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研究论文 | 本研究通过整合TCGA数据库的RNA测序数据和临床信息，开发了一个基于锰代谢相关基因的胃腺癌预后特征模型 | 首次将锰代谢相关基因应用于胃腺癌的预后预测，并通过单细胞RNA测序验证了关键基因在特定细胞亚型中的表达模式 | 研究主要基于TCGA数据库的回顾性分析，需要进一步的前瞻性研究验证 | 探索锰代谢相关基因在胃腺癌预后评估中的作用 | 胃腺癌患者及其肿瘤组织样本 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 预后评分模型, 聚类分析 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA数据库中的胃腺癌样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2025-11-17 |
Prognostic significance of key immune cell functional alterations in clear cell renal cell carcinoma
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-971
PMID:41234823
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别透明细胞肾细胞癌中的关键免疫细胞并构建预后模型 | 首次系统揭示CD8+ T细胞和NK细胞在ccRCC中的功能极化状态，并建立基于10个免疫相关基因的预后特征 | 研究主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性临床研究进一步验证 | 阐明关键免疫细胞功能状态及其在透明细胞肾细胞癌预后中的作用 | 透明细胞肾细胞癌患者和肿瘤浸润免疫细胞 | 生物信息学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法 | 支持向量机, LASSO, 随机森林, Cox回归 | 基因表达数据 | 训练集511例(TCGA-KIRC), 验证集101例(E-MTAB-1980) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 37 | 2025-11-17 |
Single-cell analysis revealed a diagnostic model of hepatocellular carcinoma based on cancer stem cell-related gene
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-606
PMID:41234843
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析构建了基于癌症干细胞相关基因的肝细胞癌诊断模型 | 整合单细胞RNA测序数据与DDRTree算法识别肝细胞癌中的癌症干细胞，并构建4基因预后特征模型 | 模型验证仅限于两个独立数据集，需要更大样本量的外部验证 | 建立可靠的基于癌症干细胞的肝细胞癌预后特征模型 | 肝细胞癌患者和癌症干细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 拷贝数变异分析, 多变量Cox回归 | 预后预测模型 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA-LIHC队列训练集和两个独立验证数据集(GSE14520-GPL571, GSE14520-GPL3921) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2025-11-17 |
Bioinformatics analysis identifies ULK3 as a novel prognostic and immune-related biomarker in esophageal cancer
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-989
PMID:41234868
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析发现ULK3是食管癌的新型预后和免疫相关生物标志物 | 首次系统研究ULK3在食管癌中的表达模式、预后价值和免疫调节功能 | 主要基于生物信息学分析，需要实验验证 | 探讨ULK3在食管癌预后和肿瘤免疫中的作用 | 食管癌患者组织和相关基因表达数据 | 生物信息学 | 食管癌 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序,孟德尔随机化分析 | Cox回归模型,孟德尔随机化模型 | 基因表达数据,临床数据,单细胞测序数据 | 多个GEO数据集和TCGA队列(包括96例ESCC,88例EAC等) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2025-11-17 |
A novel manganese metabolism- and immune-related prognostic risk model for acute myeloid leukemia
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-933
PMID:41234859
|
研究论文 | 本研究构建了一个基于锰代谢和免疫相关基因的急性髓系白血病预后风险模型 | 首次结合锰代谢相关基因和免疫相关基因构建AML预后模型，并验证了其预测效能 | NA | 建立急性髓系白血病的预后风险预测模型 | 急性髓系白血病患者 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序，Cox回归分析，KEGG/GO富集分析 | Cox回归风险模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-11-17 |
Identification of cancer-associated fibroblast subpopulation and construction of an immunotherapy signature for gastric cancer
2025-Oct-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-996
PMID:41234876
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据识别胃癌微环境中癌症相关成纤维细胞的四个亚群，并构建与免疫治疗反应相关的预后特征 | 首次系统识别胃癌微环境中CAFs的四个异质性亚群，并发现基于Cluster3的评分系统能显著区分患者预后和免疫治疗反应 | 研究依赖于公共数据库数据，缺乏实验验证；样本来源和数量可能限制结果的普适性 | 识别胃癌中癌症相关成纤维细胞亚群并评估其预后和免疫治疗相关性 | 胃癌患者和相关的癌症相关成纤维细胞 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞测序，基因表达谱分析，KEGG通路富集分析，CIBERSORT算法 | 无监督聚类 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的胃癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |