单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-04-29	Myeloid deficiency of Z-DNA binding protein 1 restricts septic cardiomyopathy via promoting macrophage polarisation towards the M2-subtype 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70315 PMID:40289345	研究论文	本研究揭示了Z-DNA结合蛋白1（ZBP1）在脓毒症心肌病中的作用机制，发现其通过促进巨噬细胞向M2亚型极化而加剧心肌功能障碍	发现了STAT1-ZBP1轴在巨噬细胞中促进脓毒症心肌病的新机制，并验证了ZBP1作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索脓毒症心肌病的分子机制并寻找潜在治疗靶点	LPS处理的小鼠心肌组织、内皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞	心血管疾病	脓毒症心肌病	scRNA-seq, snRNA-seq, 免疫荧光, 超声心动图	小鼠脓毒症模型	mRNA测序数据、影像数据	LPS处理的小鼠（具体数量未明确说明）
22	2025-04-29	cGAS/STING signalling in macrophages aggravates obliterative bronchiolitis via an IFN-α-dependent mechanism after orthotopic tracheal transplantation in mice 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70323 PMID:40292672	research paper	本研究探讨了cGAS/STING信号通路在巨噬细胞中通过IFN-α2依赖性机制加重小鼠原位气管移植后闭塞性细支气管炎(OB)的作用	首次揭示了cGAS/STING信号通路在巨噬细胞中通过IFN-α2依赖性机制加重OB的分子机制，并证明STING抑制可增强CTLA4-Ig的治疗效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究cGAS/STING信号通路在OB发病机制中的作用	小鼠原位气管移植模型和巨噬细胞	免疫学	闭塞性细支气管炎	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、qRT-PCR、流式细胞术	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、组织病理学数据	未明确说明具体样本数量的小鼠模型
23	2025-04-29	Deciphering of intra-tumoural heterogeneity and the interplay between metastasis-associated meta-program and myofibroblasts in gastric cancer 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70319 PMID:40292733	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学揭示了胃癌的肿瘤内异质性，并阐明了转移相关元程序MP7与肌成纤维细胞（myCAFs）之间的相互作用机制	鉴定了胃癌中七个具有不同生物学意义和空间分布的元程序（MP1-MP7），特别是揭示了MP7与myCAFs之间的双向调控环路及其在免疫抑制微环境形成中的作用	研究主要基于体外实验和患者来源类器官模型，需要在更大规模的临床样本中进一步验证	解析胃癌的肿瘤内异质性及其与肿瘤微环境中细胞互作的关系	胃癌细胞和肿瘤微环境中的基质细胞（特别是myCAFs和CD8 T细胞）	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组学、空间转录组学、患者来源类器官模型（PDOs）	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了临床样本和患者来源类器官模型
24	2025-04-29	Elevated KIF2C Expression Drives Osteosarcoma Progression by Modulating the Wnt/β-Catenin Signaling Pathway and Contributing to an Immunosuppressive Tumor Microenvironment 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70915 PMID:40292920	研究论文	本研究探讨了KIF2C在骨肉瘤(OS)中的作用及其与炎症微环境的关联	首次揭示了KIF2C通过调节Wnt/β-catenin信号通路促进骨肉瘤进展，并发现其与免疫抑制肿瘤微环境的关系	研究主要基于公共数据集和体外实验，需要更多临床样本验证	阐明KIF2C在骨肉瘤发生发展中的作用机制	骨肉瘤细胞及肿瘤微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	KEGG富集分析、GSVA、ssGSEA、ESTIMATE算法、单细胞测序、分子对接和分子动力学	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	公共数据集中的骨肉瘤样本及体外实验数据
25	2025-04-29	Target Screening and Single Cell Analysis of Diabetic Retinopathy and Hepatocarcinoma 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70521 PMID:40293350	研究论文	本研究通过单细胞分析筛选糖尿病视网膜病变和肝癌之间的共享基因和通路，以发现潜在的治疗靶点	首次揭示了铁蛋白吞噬相关基因在糖尿病视网膜病变和肝癌中的共同作用机制，并构建了具有高诊断效能的机器学习模型	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索糖尿病视网膜病变和肝癌之间的共同病理调控通路	肝癌和糖尿病视网膜病变患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	肝癌和糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序、qRT-PCR	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	GEO数据集GSM7494113、GSE209872和GSE160306
26	2025-04-29	LAMA4+ CD90+ eCAFs provide immunosuppressive microenvironment for liver cancer through induction of CD8+ T cell senescence 2025-Apr-28, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02162-7 PMID:40289085	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，揭示了LAMA4+ CD90+ eCAFs通过诱导CD8+ T细胞衰老为肝癌提供免疫抑制微环境的机制	鉴定了与不良预后相关的CD90 eCAFs亚型，并揭示了其通过LAMA4介导的DNA损伤信号通路诱导CD8+ T细胞衰老的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类肝癌患者中的验证仍需进一步研究	阐明肿瘤细胞与肿瘤微环境之间的双向信号传导机制及其在肝癌进展中的作用	肝癌相关成纤维细胞(CAFs)亚型和CD8+ T细胞	肿瘤生物学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组、siRNA转染、Western blot、流式细胞术	自发小鼠肝细胞癌(HCC)模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞功能数据	未明确说明样本数量，但使用了泛肝癌数据集和小鼠模型
27	2025-04-29	Transcriptomic characterization of transitioning cell types in the skin of Atlantic salmon 2025-Apr-28, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02196-w PMID:40289111	研究论文	本研究通过单核测序和空间转录组学技术，描述了大西洋鲑鱼皮肤中假定的间充质基质细胞在健康状态和伤口愈合过程中的转录组特征	首次绘制了伤口愈合过程中假定的分化间充质基质细胞亚群的转录组活动图谱，揭示了不同亚群的空间生态位	研究仅限于大西洋鲑鱼，结果可能不适用于其他鱼类或哺乳动物	探究大西洋鲑鱼皮肤细胞在伤口愈合过程中的转录组变化	大西洋鲑鱼的皮肤间充质基质细胞	转录组学	NA	单核测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及健康组织和伤口愈合过程中的组织
28	2025-04-29	Suppression of the Prostaglandin I2-Type 1 Interferon Axis Induces Extramedullary Hematopoiesis to Promote Cardiac Repair After Myocardial Infarction 2025-Apr-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.069420 PMID:40289806	研究论文	本研究探讨了前列腺素I2-1型干扰素轴在心肌梗死后脾脏髓外造血中的作用及其对心脏修复的影响	揭示了PGI2-IFN轴在心肌梗死后脾脏髓外造血中的新机制，为治疗缺血性心脏损伤提供了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究脾脏髓外造血在心肌梗死后心脏修复中的作用及其调控机制	心肌梗死小鼠模型及脾脏造血干细胞/祖细胞	心血管疾病	心肌梗死	流式细胞术、液相色谱-串联质谱、单细胞RNA测序	Tcf21CreER Scfflox/flox心肌梗死小鼠模型	转录组数据、脂质组数据	未明确说明具体样本数量，使用eGFP小鼠和Tcf21CreER Scfflox/flox小鼠
29	2025-04-29	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Apr-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属亲和性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次发现脾脏CD169+Tim4+ MMMs通过循环进入心脏，对中性粒细胞清除、炎症抑制和修复性巨噬细胞表型诱导具有不可或缺的作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及循环细胞表型分析	阐明心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属亲和性巨噬细胞(MMMs)及其在心肌梗死修复中的作用	心血管疾病	心肌梗死	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据	人类ST段抬高型心肌梗死患者与稳定型冠心病对照患者
30	2025-04-29	Single-cell multi-dimensional data analysis decodes RNF19A-mediated drug resistance in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes: mechanisms and biological insights 2025-Apr-28, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05707-8 PMID:40293542	研究论文	通过单细胞多维数据分析揭示了RNF19A介导的类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞药物抗性的机制和生物学见解	首次强调了RNF19A在RA FLS中介导药物抗性的关键作用，阐明了潜在的生物学过程，为RA药物开发提供了新的实验基础	NA	研究类风湿关节炎(RA)成纤维样滑膜细胞(FLS)中药物抗性的机制	类风湿关节炎和骨关节炎滑膜组织的单细胞转录组数据	生物医学	类风湿关节炎	单细胞转录组学	NA	转录组数据	公共单细胞转录组数据（具体样本数量未提及）
31	2025-04-29	FOXM1 could serve as a bridge mediating prognosis and immunity for clear cell renal cell carcinoma via single-cell and bulk RNA-sequencing 2025-Apr-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02438-x PMID:40293585	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序，探讨了FOXM1在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)预后和免疫中的桥梁作用	首次通过单细胞和批量RNA测序验证FOXM1在ccRCC中的预后价值和免疫调节作用	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探讨FOXM1在ccRCC预后和免疫治疗中的作用机制	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织和患者	癌症基因组学	肾细胞癌	RNA测序(批量RNA-seq和单细胞RNA-seq), qRT-PCR, 免疫组化	Cox回归模型	RNA测序数据, 临床数据	TCGA数据库中的ccRCC样本(具体数量未明确说明)
32	2025-04-29	Mapping immune cell dynamics and macrophage plasticity in breast cancer tumor microenvironment through single-cell analysis 2025-Apr-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02419-0 PMID:40293603	研究论文	通过单细胞分析技术研究乳腺癌肿瘤微环境中免疫细胞动态变化和巨噬细胞可塑性	利用单细胞RNA测序技术和多种计算工具，首次全面分析了乳腺癌中的免疫细胞亚群和巨噬细胞亚型，揭示了它们的功能特征及与肿瘤细胞的相互作用机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏蛋白质水平和功能实验验证	探索乳腺癌肿瘤微环境中免疫细胞与肿瘤细胞的相互作用机制	乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞亚群和巨噬细胞亚型	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA测序	Sc-Type, infercnv, CellChat, CytoTRACE, Monocle	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量
33	2025-04-29	CCR5 + T cells as a potential biomarker for primary Sjögren's disease based on bioinformatics analysis 2025-Apr-28, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-025-07460-6 PMID:40293619	研究论文	通过生物信息学分析识别并验证原发性干燥综合征(pSjD)的潜在生物标志物CCR5 + T细胞，并探讨其分子免疫机制	首次将CCR5 + T细胞鉴定为pSjD的关键生物标志物，并证实其在诊断中的高准确性	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索原发性干燥综合征的生物标志物及其免疫机制	原发性干燥综合征患者	生物信息学	干燥综合征	生物信息学分析、WGCNA、PPI网络分析、CIBERSORT、scRNA-seq	NA	基因表达数据	从GEO数据库下载的pSjD数据集及患者样本
34	2025-04-29	Comprehensive analysis based on IFN-γ and SASP related genes, bulk RNA and single-cell sequencing to evaluate the prognosis and immune landscape of stomach adenocarcinoma 2025-Apr-28, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01646-7 PMID:40293675	研究论文	基于IFN-γ和SASP相关基因、批量RNA和单细胞测序的综合分析，评估胃腺癌的预后和免疫景观	首次基于IFN-γ和SASP相关基因对STAD进行分子亚型分类，并开发了预测患者生存、肿瘤免疫微环境和药物反应的风险预后模型	研究依赖于TCGA数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	识别STAD的分子亚型并开发预后模型，以预测患者生存和免疫治疗反应	胃腺癌（STAD）患者	数字病理	胃腺癌	批量RNA测序、单细胞测序	Cox和LASSO回归分析	基因组和临床数据	来自TCGA数据库的STAD患者数据
35	2025-04-29	Combining Spatial Transcriptomics, Pseudotime, and Machine Learning Enables Discovery of Biomarkers for Prostate Cancer 2025-Apr-28, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0269 PMID:40293712	研究论文	结合空间转录组学、伪时间和机器学习技术，发现前列腺癌的生物标志物	利用空间转录组学数据构建伪时间模型，结合机器学习方法识别前列腺癌的生物标志物	需要在前瞻性研究中进一步验证这些生物标志物的诊断潜力	发现可用于早期诊断前列腺癌的生物标志物	前列腺癌患者和对照组的血清、前列腺组织和尿液样本	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学、伪时间分析、机器学习	机器学习预测模型	mRNA、免疫组化、蛋白质组学数据	超过2000名前列腺癌患者和对照组的样本
36	2025-04-29	Adhesion-Related Pathways and Functional Polarization of Astrocytes in Traumatic Brain Injury: Insights from Single-cell RNA Sequencing 2025-Apr-27, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-025-08858-w PMID:40287916	研究论文	通过单细胞RNA测序分析创伤性脑损伤（TBI）中星形胶质细胞的功能异质性及其调控机制	首次在TBI模型中识别出两种主要的反应性星形胶质细胞亚型（A1和A2），并揭示了它们在炎症反应、突触调节、神经退行性疾病相关通路以及脂质代谢、细胞外基质重塑等方面的功能差异	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究创伤性脑损伤中星形胶质细胞的功能异质性及其调控机制	创伤性脑损伤小鼠模型中的星形胶质细胞	单细胞RNA测序	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	创伤性脑损伤小鼠模型的皮质和海马组织
37	2025-04-29	Single-Cell Transcriptome Reveals the Cellular Response to PEG-Induced Stress in Wheat Leaves 2025-Apr-27, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c12749 PMID:40287963	研究论文	通过单细胞转录组分析小麦叶片在PEG诱导胁迫下的细胞响应机制	首次构建小麦叶片细胞图谱，并揭示不同类型细胞在干旱胁迫下的异质性响应机制	仅使用PEG模拟干旱胁迫，未涉及真实田间干旱条件	研究小麦干旱响应机制以提高作物抗旱性	抗旱和不抗旱小麦幼苗叶片细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	抗旱和不抗旱小麦幼苗叶片细胞
38	2025-04-29	Single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal the mechanism by which Xiaozhiling injection treats internal hemorrhoids 2025-Apr-27, World journal of gastrointestinal surgery IF:1.8Q2 DOI:10.4240/wjgs.v17.i4.103494 PMID:40291892	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学揭示了消痔灵注射液治疗内痔的分子机制	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了消痔灵注射液通过激活Sphk1-S1P通路促进纤维化的治疗机制	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究消痔灵注射液治疗内痔的分子机制	内痔模型大鼠的成纤维细胞	分子生物学	内痔	单核RNA测序(Stereo-seq)、空间转录组学、电子显微镜	NA	基因表达数据、亚细胞结构图像	内痔模型大鼠(分为对照组和治疗组)
39	2025-04-29	Deciphering Immunosenescence From Child to Frailty: Transcriptional Changes, Inflammation Dynamics, and Adaptive Immune Alterations 2025-Apr-26, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70082 PMID:40285422	研究论文	通过分析从儿童到虚弱老年人的PBMCs的bulk-cell和single-cell RNA-seq数据，研究年龄相关的免疫系统变化	整合bulk-cell和single-cell RNA-seq数据，全面揭示健康衰老和虚弱老年人中免疫细胞的动态变化	研究仅基于PBMCs，可能无法完全反映其他组织或器官中的免疫衰老情况	探究年龄相关的免疫系统变化及其在虚弱老年人中的异常表现	从儿童到虚弱老年人的外周血单核细胞(PBMCs)	免疫学	老年疾病	bulk-cell RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	涵盖从儿童到虚弱老年人的多个年龄段样本
40	2025-04-29	Mas Signaling Potentiates Neutropil Extracellular Traps Formation Induced by Endothelial Cells Derived S1P in Mice with Acute Liver Failure 2025-Apr-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411428 PMID:40285622	research paper	本研究探讨了Mas信号在急性肝衰竭(ALF)中对中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)形成的影响及其机制	首次揭示了Mas信号通过调节FXR-S1P-NETs轴和抑制SHP2来影响NETs形成的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明Mas信号在急性肝衰竭中调控NETs形成的分子机制	雄性Mas1基因敲除小鼠和野生型小鼠	分子生物学	急性肝衰竭	单细胞测序、代谢组学分析	小鼠急性肝衰竭模型	动物实验数据、测序数据	6-8周龄雄性小鼠(具体数量未明确说明)