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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-11-06 |
Single-cell characterization of trophoblast-epithelial interactions at the human maternal-fetal interface during early implantation
2025-Nov-04, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf246
PMID:41189328
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研究论文 | 本研究利用输卵管异位妊娠模型通过单细胞RNA测序技术探索人早期胚胎植入过程中母胎界面滋养细胞与上皮细胞的相互作用机制 | 首次利用输卵管异位妊娠模型作为研究工具,通过单细胞转录组分析揭示母胎界面细胞间通讯网络 | 研究基于异位妊娠模型,与正常宫内妊娠存在生理环境差异 | 阐明人类早期胚胎植入过程中母胎界面的分子机制 | 输卵管异位妊娠和正常宫内妊娠的母胎界面组织 | 单细胞生物学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | CellPhoneDB,CellChat | 单细胞转录组数据 | 输卵管异位妊娠患者植入部位样本及公共数据库正常宫内妊娠数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2025-11-06 |
Epigenetic repression of hepatocyte FoxO1 disrupts local immune homeostasis and promotes liver inflammation
2025-Nov-04, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001590
PMID:41190981
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研究论文 | 本研究揭示了肝细胞FoxO1通过JMJD1C维持的表观遗传调控在肝脏免疫稳态中的关键作用 | 首次发现JMJD1C通过调控Foxo1启动子区H3K9二甲基化水平控制FoxO1转录,从而维持肝脏局部免疫稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 阐明肝细胞FoxO1在肝脏免疫稳态和炎症中的作用机制 | 人类肝脏样本、肝细胞特异性Foxo1敲除小鼠、酒精性肝炎和血吸虫病肝病小鼠模型 | 表观遗传学 | 肝脏炎症性疾病 | 单细胞RNA测序、CUT&Tag分析、转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | 多种肝脏疾病患者样本和基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2025-11-06 |
Mouse cortical cellular diversification through lineage progression of radial glia
2025-Nov-03, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.352826.125
PMID:40774817
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研究论文 | 通过时间序列单细胞测序技术研究小鼠皮层放射状胶质细胞的谱系进展与细胞多样化机制 | 首次构建了皮层细胞谱系进展的全面分子图谱,揭示染色质可及性通过限制转录因子表达时序驱动细胞多样化的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,人类皮层发育可能存在物种特异性差异 | 探索皮层细胞多样化的细胞内在程序机制 | 小鼠皮层放射状胶质细胞及其衍生细胞类型 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq, snATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据 | 胚胎期和出生后多个发育阶段的小鼠皮层祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 24 | 2025-11-06 |
Neoadjuvant Immunotherapy Promotes the Formation of Mature Tertiary Lymphoid Structures in a Remodeled Pancreatic Tumor Microenvironment
2025-Nov-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0387
PMID:40815230
|
研究论文 | 本研究通过构建胰腺导管腺癌的空间多组学图谱,揭示了新辅助免疫治疗促进成熟三级淋巴结构形成及其在肿瘤微环境重塑中的作用 | 首次报道了新辅助免疫治疗在胰腺癌中促进成熟三级淋巴结构形成的空间特征,并发现了与患者生存改善相关的TLS特异性空间基因表达特征 | 研究样本量有限,且主要关注特定免疫治疗方案下的反应机制 | 探究三级淋巴结构在胰腺导管腺癌免疫治疗中的作用及其空间分布特征 | 接受新辅助免疫治疗联合治疗的胰腺导管腺癌患者肿瘤组织及肿瘤邻近淋巴结 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 成像质谱流式技术,空间转录组学,无监督基因表达矩阵分解 | 机器学习分类模型,无监督学习 | 图像,基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,成像质谱流式 | NA | NA |
| 25 | 2025-11-06 |
Highly accurate reference and method selection for universal cross-data set cell type annotation with CAMUS
2025-Nov-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280821.125
PMID:41034048
|
研究论文 | 提出一种通用参考数据和方法选择策略CAMUS,用于跨数据集细胞类型注释 | 开发了首个通用参考数据和方法选择策略,显著提升细胞类型注释准确性 | NA | 提高单细胞数据中细胞类型注释的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据和单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞测序数据 | 672对跨物种scRNA-seq数据集,80个scST数据集,5个scATAC-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 26 | 2025-11-06 |
Evaluation of Proton Minibeam Radiotherapy on Antitumor Immune Responses in a Rat Model of Glioblastoma
2025-Nov-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0902
PMID:40833465
|
研究论文 | 评估质子微束放疗在胶质母细胞瘤大鼠模型中对抗肿瘤免疫反应的影响 | 首次在临床前胶质母细胞瘤模型中系统研究质子微束放疗的免疫调节作用,发现其优于传统质子疗法的免疫激活特性 | 研究仅限于大鼠模型,尚未在人体验证;单细胞转录组学分析可能未完全捕捉所有免疫细胞亚群 | 探索质子微束放疗对胶质母细胞瘤免疫反应的调节机制 | 胶质母细胞瘤原位大鼠模型 | 放射肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学,质子微束放疗 | NA | 基因表达数据,免疫细胞密度数据 | 胶质母细胞瘤大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2025-11-06 |
Adipocyte death promotes hepatic infiltration of S100A8+ macrophages and steatotic liver disease progression in mice
2025-Nov-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI190635
PMID:41178716
|
研究论文 | 本研究揭示脂肪细胞死亡通过诱导S100A8+巨噬细胞肝脏浸润促进肝细胞脂质积累和代谢功能障碍相关脂肪性肝病进展的机制 | 首次发现脂肪细胞死亡通过S100A8+巨噬细胞-CCN3-CD36信号轴驱动肝细胞脂质积累的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床样本中验证 | 探究脂肪细胞死亡后促进肝细胞脂质积累和脂肪性肝病进展的分子机制 | 基因修饰小鼠模型 | 分子生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | bulk RNA-Seq, single-cell RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2025-11-06 |
Protocol for decoding immune predictors of response to immunotherapy through pan-cancer multiomics analysis
2025-Nov-03, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104183
PMID:41187056
|
研究论文 | 提出一种通过单细胞多组学分析解码免疫检查点阻断治疗反应预测因子的实验方案 | 整合单细胞RNA测序、免疫分型和质谱流式技术,结合基因调控网络和细胞互作分析,建立跨癌种的免疫预测模型 | NA | 开发识别免疫治疗反应相关T细胞亚群和预测生物标志物的分析方法 | 多种癌症类型中的T细胞动态 | 生物信息学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞免疫分型, 质谱流式技术 | 基因调控网络分析, 细胞互作分析 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞免疫分析, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 29 | 2025-11-06 |
Monohaloacetamide disinfection by-products are potential risk factors for the quality of mouse oocytes
2025-Nov-03, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.119343
PMID:41187544
|
研究论文 | 本研究系统评估了单卤乙酰胺消毒副产物对雌性小鼠生殖系统的毒性作用及分子机制 | 首次系统比较不同单卤乙酰胺的生殖毒性等级,并通过单细胞RNA测序揭示其分子作用机制 | 研究仅使用小鼠模型,未涉及人类样本;暴露浓度和时长可能无法完全反映真实环境暴露情况 | 评估单卤乙酰胺消毒副产物的生殖毒性及其分子机制 | 雌性小鼠卵母细胞 | 生殖毒理学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,氧化应激生物标志物检测,线粒体功能测定,卵巢组织病理学分析 | 小鼠动物模型 | 基因表达数据,组织病理图像,生化指标数据 | 雌性小鼠群体(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | Smart-seq2 | Smart-seq2单细胞RNA测序技术 |
| 30 | 2025-11-06 |
A phenotypic brain organoid atlas and biobank for neurodevelopmental disorders
2025-Nov-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.006
PMID:41187745
|
研究论文 | 本研究建立了神经发育障碍的表型脑类器官图谱和生物样本库 | 创建了首个包含352个遗传多样性患者来源iPSCs的NDD生物样本库,并系统分析了6000多个脑类器官的组织学和单细胞转录组特征 | 仅从35名代表性患者中深入分析,样本规模相对有限 | 建立神经发育障碍的疾病模型并探索其细胞机制 | 神经发育障碍患者来源的诱导多能干细胞和脑类器官 | 发育神经生物学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组测序,组织学分析 | 脑类器官模型 | 单细胞RNA-seq数据,影像数据,基因组数据 | 352个iPSC系,35名代表性患者,6000多个脑类器官,10名神经典型对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2025-11-06 |
Insights into the relevance of targeting fibroblasts to control cancer
2025-Nov-03, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102395
PMID:41187743
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综述 | 本文总结了以癌症相关成纤维细胞为靶点控制癌症的最新研究进展 | 探讨了通过单细胞RNA测序和蛋白质组学等高通量技术揭示CAF亚群复杂性,并提出利用AI平台解析大数据以开发靶向CAF的新疗法 | 未提及具体研究样本量和数据来源的局限性 | 探索靶向癌症相关成纤维细胞控制癌症的策略 | 癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, AI平台分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-11-06 |
Atlas-Guided Discovery of Transcription Factors for T Cell Programming
2025-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.03.522354
PMID:36711632
|
研究论文 | 本研究通过构建CD8+ T细胞状态图谱,系统鉴定调控T细胞分化的转录因子 | 整合转录组和表观基因组数据构建T细胞状态图谱,结合体内CRISPR筛选发现新型T细胞状态特异性转录因子 | NA | 系统定义驱动CD8+ T细胞不同分化状态的转录因子 | CD8+ T细胞的九种分化状态,特别是终末耗竭T细胞和组织驻留记忆T细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,表观遗传分析,体内CRISPR筛选 | NA | 转录组数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2025-11-06 |
Network Toxicology and Machine Learning Reveal the Impact of Acetyl Tributyl Citrate on Erectile Dysfunction and Identify Cathepsin S as a Critical Regulator
2025-Nov-02, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.)
DOI:10.1016/j.reprotox.2025.109101
PMID:41187890
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研究论文 | 本研究通过网络毒理学和机器学习方法,揭示了乙酰柠檬酸三丁酯对勃起功能障碍的影响机制,并确定组织蛋白酶S为关键调控因子 | 首次结合网络毒理学、单细胞测序和多种机器学习算法,系统阐明ATBC通过调控CTSS表达影响内皮功能导致ED的分子机制 | 研究主要基于计算分析和体外实验,需要进一步的体内实验验证 | 探究环境内分泌干扰物ATBC导致勃起功能障碍的具体分子机制 | 乙酰柠檬酸三丁酯(ATBC)、勃起功能障碍(ED)、组织蛋白酶S(CTSS) | 机器学习 | 勃起功能障碍 | 网络毒理学、单细胞测序、分子对接、机器学习 | EPC, MNC, Betweenness, Degree算法 | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 34 | 2025-11-06 |
Ciao3 knockout causes acute lung injury through immune activation using single cell sequencing
2025-Nov-02, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.124063
PMID:41187899
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示Ciao3基因敲除通过免疫激活导致急性肺损伤的机制 | 首次在Ciao3条件性敲除小鼠模型中结合单细胞RNA测序技术系统阐明免疫细胞在急性肺损伤中的核心作用 | 研究仅聚焦于内皮细胞特异性敲除模型,未探索其他细胞类型中Ciao3缺失的影响 | 阐明Ciao3基因缺失导致急性肺损伤的分子机制 | Ciao3基因突变患者和内皮细胞特异性Ciao3敲除小鼠 | 单细胞生物学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 1名纯合子患者和基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2025-11-06 |
Loss of 18q Alters TGFβ Signalling Affecting Anteroposterior Neuroectodermal Fate in Human Embryonic Stem Cells
2025-Nov, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13813
PMID:39908990
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研究论文 | 本研究探讨了18q染色体缺失如何通过改变TGFβ信号通路影响人胚胎干细胞中前后神经外胚层命运决定 | 首次揭示18q染色体缺失通过干扰TGFβ信号通路导致前后神经外胚层命运决定失衡的机制 | 研究仅限于体外培养的hESC细胞系,未涉及体内验证 | 探究染色体异常对人多能干细胞分化潜能的影响机制 | 人胚胎干细胞(hESCs)及其分化的视网膜祖细胞和神经外胚层细胞 | 发育生物学 | 发育异常 | 单细胞RNA测序,基因表达时序分析 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 具有复杂核型变异的人胚胎干细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 36 | 2025-11-06 |
Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq
2025-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01157-5
PMID:40204970
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研究论文 | 开发了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法,能够高效分析单个细菌的基因表达谱 | 将真核生物MATQ-seq方法成功应用于细菌单细胞转录组分析,实现了95%的细胞保留率,显著优于现有方法 | NA | 建立高效可靠的细菌单细胞转录组测序方法 | 单个细菌细胞,以鼠伤寒沙门氏菌为模型生物 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选,rRNA去除 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | MATQ-seq | 基于多重退火和dC加尾的定量单细胞RNA测序方法 |
| 37 | 2025-11-06 |
Improving predictive accuracy in multiple myeloma using a plasma cell profile derived from single-cell RNA sequencing
2025-Nov-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2025.287586
PMID:40438979
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤肿瘤细胞异质性,发现了一个侵袭性细胞亚群并建立了七基因标志物的整合风险分层模型 | 首次在单细胞分辨率下识别出多发性骨髓瘤中具有染色体不稳定性和高耐药性的侵袭性细胞亚群,并开发了基于七基因标志物的新型风险分层模型 | 样本量相对较小(12例新诊断患者),需要在更大队列中进一步验证 | 改善多发性骨髓瘤的风险分层和预后预测准确性 | 多发性骨髓瘤患者的肿瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,数字PCR | Cox比例风险模型,整合风险分层模型 | 单细胞转录组数据 | 12例新诊断多发性骨髓瘤患者,并在5个独立数据集中验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2025-11-06 |
Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq
2025-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01203-2
PMID:40670609
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研究论文 | 介绍了一种名为CELLO-seq的单细胞长读长RNA测序协议,用于准确定位转座元件的独特基因组位点 | 开发了结合长读长测序和长UMI的单细胞测序方法,能够对高度序列相似的年轻转座元件进行高保真定位 | 需要用户具备分子生物学和转录组分析经验 | 开发能够准确定位转座元件表达的单细胞测序方法 | 哺乳动物转座元件 | 基因组学 | NA | 长读长RNA测序,单细胞测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | CELLO-seq协议 |
| 39 | 2025-11-06 |
Integrative Transcriptomic Analysis Decodes the Interplay Between Aging, Senescence, and Cancer
2025-Nov, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70178
PMID:40899323
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研究论文 | 通过整合基因组学、表观基因组学及单细胞转录组学分析,揭示细胞衰老与肿瘤发生之间的反向转录特征 | 首次在单细胞分辨率下系统比较正常衰老、细胞衰老和癌症的特征,发现648个衰老依赖性衰老相关共调控模块 | 研究主要关注17种组织,可能未覆盖所有组织类型;机制研究仍需进一步实验验证 | 解析衰老、细胞衰老与癌症之间的相互作用机制 | 17种人体组织中的内皮细胞、T细胞、上皮细胞、巨噬细胞和成纤维细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 基因组学、表观基因组学、单细胞转录组学 | NA | 基因组数据、表观基因组数据、转录组数据 | 17种组织类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2025-11-06 |
Increased AIF-1-mediated p38 MAPK phosphorylation in the mid-secretory endometrium impairs endometrial receptivity in women with recurrent implantation failure
2025-Nov-01, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deaf174
PMID:41003697
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研究论文 | 本研究探讨了同种异体移植炎症因子-1(AIF-1)通过p38 MAPK磷酸化途径损害复发性种植失败患者子宫内膜容受性的机制 | 首次揭示AIF-1在子宫内膜基质细胞中通过p38 MAPK磷酸化途径抑制细胞增殖和蜕膜化,从而降低子宫内膜容受性的新机制 | AIF-1在子宫内膜巨噬细胞在胚胎植入过程中的作用尚不明确 | 研究AIF-1对复发性种植失败患者子宫内膜容受性的影响机制 | 复发性种植失败患者和生育能力正常女性的子宫内膜组织、人子宫内膜基质细胞、子宫内膜基质细胞系、CD-1小鼠 | 生殖医学 | 复发性种植失败 | 单细胞RNA测序、定量PCR、Western blot、免疫组织化学、免疫荧光分析、RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、组织图像数据 | 18例RIF患者、18例对照患者、30例不同月经周期阶段的额外对照患者、CD-1小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |