单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-30	Single-cell RNA sequencing reveals NFATc1-mediated regulatory mechanisms of vascular smooth muscle cell osteogenic transformation in the osteosarcoma microenvironment 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03606-9 PMID:41021149	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化的NFATc1介导调控机制	首次在单细胞分辨率下揭示NFATc1在骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化中的关键作用及其共表达网络	需要功能扰动实验来建立因果关系	研究骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化的调控机制	骨肉瘤组织中的血管平滑肌细胞	单细胞测序分析	骨肉瘤	单细胞RNA测序（10x Genomics Chromium平台）	k-近邻/Louvain聚类	单细胞RNA测序数据	新鲜骨肉瘤组织（具体样本数量未明确说明）
22	2025-09-30	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data establishes a cuproptosis-related gene predictive signature in breast cancer 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03525-9 PMID:41021161	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，建立了乳腺癌中铜死亡相关基因的预后预测模型	首次系统评估铜死亡相关基因在乳腺癌中的预后价值，并构建了基于四个关键基因的预后特征模型	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	评估铜死亡相关基因在乳腺癌中的预后意义并构建预测模型	乳腺癌患者和相关的基因表达数据	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析	预后风险评分模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的多组学数据队列
23	2025-09-30	Identification of prognostic biomarkers associated with T and melanoma cell subpopulations in melanoma through integrating machine learning and multiomics 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03701-x PMID:41021162	研究论文	本研究通过整合机器学习和多组学数据，识别了与黑色素瘤预后相关的T细胞和黑色素瘤细胞亚群，并构建了新的预后风险评分模型	首次识别出MITF+T细胞和M2细胞亚群与黑色素瘤预后的关联，并采用72种机器学习算法组合开发共识预后模型	研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	识别黑色素瘤预后相关的细胞亚群并构建预后预测模型	黑色素瘤患者单细胞RNA测序数据和基因表达数据	机器学习	黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习算法	预后风险评分(PRS)模型、共识预后模型	基因表达数据、单细胞测序数据	来自GEO数据库的GSE200218、GSE215121、GSE65904和TCGA-SKCM数据集
24	2025-09-30	Cell division cycle 25 C (CDC25C) mediates cell-cycle progression and immune evasion in glioma 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03596-8 PMID:41021167	研究论文	本研究探讨CDC25C在胶质瘤细胞周期进展和免疫逃逸中的关键作用	首次系统揭示CDC25C通过调控CDK1-Cyclin B1轴促进胶质瘤增殖并与免疫抑制微环境形成关联	研究主要基于细胞系实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	阐明CDC25C在胶质瘤进展和肿瘤免疫中的分子机制	胶质瘤组织和U87MG胶质瘤细胞系	肿瘤生物学	胶质瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术、Western blot	NA	转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质表达数据	TCGA、CGGA、GEO数据库的胶质瘤样本和U87MG细胞系
25	2025-09-30	Deciphering key chemotherapeutic drug targets within tyrosine metabolism for breast cancer and advancing a wide-ranging diagnostic strategy 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03577-x PMID:41021173	研究论文	本研究通过整合分析乳腺癌转录组数据，探索酪氨酸代谢在乳腺癌中的作用及其与化疗反应的关系	开发了酪氨酸代谢共表达预后模型，其AUC值达0.735优于传统临床指标；鉴定出MAOA和MAOB两个关键基因；构建了基于机器学习的早期诊断模型	NA	探索酪氨酸代谢在乳腺癌早期诊断和治疗中的作用机制	乳腺癌患者转录组数据	生物信息学	乳腺癌	转录组分析、差异表达分析、富集分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序分析、hdWGCNA分析、分子对接、机器学习	Extra Trees (BO)	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本数据
26	2025-09-30	Simultaneous Measurement of RNA Synthesis and Degradation Rates in Single Cells Unveils the Regulatory Mechanisms of Temporal RNA Dynamics 2025-Sep-28, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202510939 PMID:41017207	研究论文	开发了scDUAL-seq方法，首次在单细胞水平同时测量RNA合成和降解速率	整合双核苷类似物脉冲标记、化学核苷转化和单细胞RNA测序，实现单细胞中转录组范围内RNA合成和降解的同时记录	NA	解析动态过程中RNA调控机制	异质性细胞群体中的RNA动态	单细胞测序技术	NA	scDUAL-seq（双核苷类似物脉冲标记+化学核苷转化+单细胞RNA测序）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
27	2025-09-30	Immune cell dynamics and their role in cardiac injury: Mechanisms and therapeutic implications 2025-Sep-27, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118608 PMID:41016152	综述	本文系统阐述了免疫细胞在心脏损伤中的动态变化机制及其治疗意义	整合单细胞转录组学、空间组学、免疫代谢和神经内分泌-免疫相互作用等多维度数据，提出精准免疫治疗框架	NA	阐明免疫细胞在心脏疾病中的动态作用机制并探索治疗策略	中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞、T细胞等免疫细胞及其与心肌细胞、成纤维细胞、内皮细胞的相互作用	心血管免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间组学、免疫代谢分析	NA	组学数据、分子机制数据	NA
28	2025-09-30	Intervention of Rutin and Ochnaflavone in the Attenuation of Neuroinflammation and Neuronal Apoptosis in Spinal Cord Injury 2025-Sep-26, Global spine journal IF:2.6Q1 DOI:10.1177/21925682251383489 PMID:41001708	研究论文	本研究探讨芦丁和奥纳黄酮通过调控PI3K/AKT和NF-κB信号通路减轻脊髓损伤后神经炎症和神经元凋亡的机制	首次发现芦丁和奥纳黄酮的协同作用能通过抑制PI3K/AKT和NF-κB通路磷酸化来调节小胶质细胞活化和神经元凋亡	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	阐明芦丁和奥纳黄酮在脊髓损伤中的神经保护机制	小鼠脊髓损伤模型、BV2小胶质细胞系、小胶质细胞-神经元共培养系统	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、网络药理学、Western blotting、免疫荧光、ELISA	小鼠SCI模型、细胞共培养模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞成像数据	未明确样本数量，使用小鼠模型和细胞系进行实验
29	2025-09-30	Integrated multi-omics analysis reveals PTM networks as key regulators of colorectal cancer progression and immune evasion 2025-Sep-26, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03445-8 PMID:41003898	研究论文	通过整合多组学分析揭示翻译后修饰网络在结直肠癌进展和免疫逃逸中的关键调控作用	首次系统阐明PTM网络在CRC中的全局作用，发现GALNT6介导的糖基化通过稳定PD-L1和排斥CD8+T细胞驱动免疫逃逸，并开发了5基因PTM活性特征	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证PTM网络的具体调控机制	探索翻译后修饰在结直肠癌进展和免疫逃逸中的综合作用机制	结直肠癌患者的多组学数据	生物信息学	结直肠癌	多组学分析、RNA-seq、单细胞转录组、孟德尔随机化、空间转录组	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据、单细胞数据	批量RNA-seq数据1783例，单细胞转录组41143个细胞
30	2025-09-30	Multi-omics analysis reveals the prognostic value and immunomodulatory role of CTSW in breast cancer 2025-Sep-26, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03550-8 PMID:41003895	研究论文	通过多组学分析揭示CTSW在乳腺癌中的预后价值和免疫调节作用	首次采用多组学框架系统研究CTSW在乳腺癌免疫微环境中的关键作用，发现其不仅反映T细胞数量更反映功能质量	基于生物信息学分析的发现需要后续实验验证	探索乳腺癌新型生物标志物和潜在治疗靶点	乳腺癌患者和相关的分子数据	生物信息学	乳腺癌	转录组学、甲基化组学、数量性状位点分析、全基因组关联研究、单细胞RNA测序	Cox回归、Kaplan-Meier生存分析、孟德尔随机化	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	未明确具体样本数量，但使用了多种公共数据库的乳腺癌相关数据
31	2025-09-30	Distinct cell state ecosystems for nodular lymphocyte-predominant Hodgkin lymphoma 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63339-9 PMID:41006203	研究论文	本研究开发了结节性淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤特异性淋巴细胞为主生态型模型，识别了34种不同细胞状态并建立临床相关的生物学分类	首次建立NLPHL特异性淋巴细胞为主生态型模型，识别34种不同细胞状态和3种生态型，发现免疫抑制微环境特征与疾病进展的关联	样本量相对有限（171例），部分生态型的预测准确性有待提高（LPE3的C统计量仅为0.60）	深入研究结节性淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤的免疫微环境和淋巴细胞为主细胞的生物学特征	171例结节性淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤患者样本中的淋巴细胞为主细胞和免疫微环境细胞	数字病理学	霍奇金淋巴瘤	空间转录组学	生态型分类模型	转录组数据、蛋白质表达数据	171例NLPHL病例（训练队列109例，验证队列62例）
32	2025-09-30	Spatially-restricted inflammation-induced senescent-like glia in multiple sclerosis and patient-derived organoids 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63371-9 PMID:41006208	研究论文	本研究探讨多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关系，发现病变区域存在衰老样胶质细胞积累	首次结合单细胞转录组学、空间转录组学和患者来源类器官模型，揭示多发性硬化症中炎症诱导的胶质细胞衰老空间分布特征	样本数量有限，类器官模型可能无法完全模拟体内复杂环境	研究多发性硬化症中慢性实质炎症与细胞衰老在疾病进展中的关联机制	多发性硬化症患者脑组织、hiPSC来源的神经类器官、466名患者MRI数据	神经科学	多发性硬化症	单细胞转录组测序、空间转录组学、hiPSC类器官培养、3T MRI	患者来源类器官模型	转录组数据、影像数据	466名多发性硬化症患者脑组织样本及MRI数据
33	2025-09-30	Comparison of imaging based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed paraffin-embedded tumor samples 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63414-1 PMID:41006245	研究论文	本研究系统比较了三种基于成像的空间转录组学平台在福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本中的性能表现	首次使用严格对照实验系统评估商业空间转录组学平台的性能，并揭示了探针设计等参数对数据质量的重要性	研究仅使用了肺癌和胸膜间皮瘤样本，样本类型相对有限	评估不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异	福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本	空间转录组学	肺癌	空间转录组学（CosMx, MERFISH, Xenium）、bulk RNA测序、多重免疫荧光、GeoMx、HE染色	NA	空间转录组数据、图像数据	使用组织微阵列中的肺腺癌和胸膜间皮瘤样本，具体数量未明确说明
34	2025-09-30	Aging in mice alters regionally enriched striatal astrocytes 2025-Sep-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63429-8 PMID:41006292	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠纹状体中星形胶质细胞随年龄变化的分子特征和区域异质性	首次在单细胞分辨率下识别了纹状体不同区域富集的星形胶质细胞亚型，并发现背侧纹状体星形胶质细胞表现出更显著的年龄相关分子变化	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他物种中验证	探究衰老过程中纹状体星形胶质细胞的分子变化和区域特异性	年轻和老年小鼠的纹状体星形胶质细胞	神经科学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	年轻和老年小鼠的纹状体样本
35	2025-09-30	Data-driven inference of Boolean networks from transcriptomes to predict cellular differentiation and reprogramming 2025-Sep-26, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00569-z PMID:41006334	研究论文	提出一种从转录组数据自动推断布尔网络的方法，用于预测细胞分化和重编程	开发了整合转录组数据和先验知识自动生成布尔网络集合的通用方法，能够处理模型不确定性并预测稳健的重编程靶点	模型构建依赖于实验重复和二值化方法的选择，存在一定的不确定性	开发数据驱动的布尔网络推断方法以模拟细胞动态过程	基因调控网络和细胞分化过程	计算生物学	NA	RNA-seq，单细胞RNA测序，布尔网络建模	布尔网络	转录组数据	涉及造血过程和骨髓基质细胞分化的RNA-seq数据集
36	2025-09-30	Integrative analysis of molecular mechanisms in prostate cancer via single-cell RNA sequencing and weighted gene co-expression network analysis 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-15682-6 PMID:41006377	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析研究前列腺癌的分子机制	首次结合scRNA-seq和hdWGCNA方法在前列腺癌中构建基因共表达网络，识别出6个关键基因并建立预后预测模型	需要进一步的临床验证	探索前列腺癌进展的分子机制并发现潜在治疗靶点	前列腺癌组织样本中的细胞	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、PCA、t-SNE、Louvain聚类、Harmony批次校正、Cox回归、lasso回归	预后预测模型	基因表达数据、临床数据	9,809个高质量细胞，来自前列腺癌组织样本数据集
37	2025-09-30	Intramuscular enteric glia persist in Hirschsprung disease and undergo neurogenesis in response to GDNF-NCAM1 signaling 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17734-3 PMID:41006492	研究论文	本研究探讨了先天性巨结肠症中肠神经胶质细胞的分子特征、起源和神经发生潜能	发现先天性巨结肠症病变区域存在肠神经胶质细胞，并揭示GDNF通过非经典NCAM1依赖途径促进其神经发生	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本验证仍需进一步扩展	探究先天性巨结肠症中肠神经胶质细胞的生物学特性和神经发生能力	Ednrb基因敲除小鼠和人类先天性巨结肠症组织	神经发育生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序、免疫组织化学、体外细胞培养	NA	基因表达数据、图像数据	Ednrb-null小鼠模型和人类HSCR组织样本
38	2025-09-30	Hypersonic levitation and spinning: paving the way for enhanced single-cell analysis via contactless tissue dissociation 2025-Sep-26, Communications engineering DOI:10.1038/s44172-025-00497-0 PMID:41006575	研究论文	本文介绍了一种新型非接触式组织解离技术——超音速悬浮旋转技术，用于提升单细胞分析效果	开发了基于三声谐振探头的超音速悬浮旋转技术，实现非接触式组织解离，通过微尺度'液体射流'施加精确流体动力	NA	开发高效、温和的组织解离方法以改善单细胞分析	人类肾癌组织	单细胞分析	肾癌	超音速悬浮旋转技术、流式细胞术、原代细胞培养、免疫荧光、单细胞RNA测序	NA	实验数据	NA
39	2025-09-30	Single-cell RNA-sequencing of BCG naïve and recurrent non-muscle invasive bladder cancer reveals a CD6/ALCAM-mediated immune-suppressive pathway 2025-Sep-26, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01093-3 PMID:41006678	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示CD6/ALCAM信号通路在BCG耐药性非肌层浸润性膀胱癌中的免疫抑制机制	首次发现CD6/ALCAM介导的T细胞与尿路上皮细胞相互作用在BCG耐药性肿瘤中显著增强，并证实该信号通路与较短的无复发生存期相关	样本量有限，需要在更大队列中验证研究结果	探究BCG耐药性非肌层浸润性膀胱癌的免疫景观机制	非肌层浸润性膀胱癌患者肿瘤组织	单细胞基因组学	膀胱癌	单细胞RNA测序、全外显子组测序	NA	单细胞转录组数据、基因组数据	BCG治疗前后的NMIBC患者肿瘤样本
40	2025-09-30	Comprehensive characterization of lysosome-dependent cell death reveals prognostic significance and immune landscape in colon adenocarcinoma 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18267-5 PMID:41006689	研究论文	本研究全面分析了溶酶体依赖性细胞死亡相关基因在结肠腺癌中的预后价值和免疫景观特征	首次系统鉴定结肠腺癌中LDCD相关分子亚型并构建五基因预后特征，发现SLC11A1在调控肿瘤细胞增殖和侵袭中的关键作用	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，实验验证仅限于细胞系水平	探索溶酶体依赖性细胞死亡相关基因在结肠腺癌中的预后意义和免疫调控作用	结肠腺癌患者组织和细胞系	生物信息学	结肠癌	转录组测序、单细胞RNA测序、LASSO和Cox回归分析、集落形成实验、Transwell迁移实验、Western blotting	预后特征模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的结肠腺癌患者样本