单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-12	METRNL represses beta-to-alpha cell trans-differentiation to maintain beta cell function under diabetic metabolic stress in mice 2025-Jun-10, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06459-7 PMID:40495021	研究论文	本研究探讨了METRNL蛋白在糖尿病代谢压力下维持β细胞功能和防止β细胞向α细胞转分化中的作用	首次揭示了METRNL在维持β细胞身份和功能中的关键作用，并阐明了其通过KLF6通路防止β细胞转分化的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究METRNL在糖尿病代谢压力下对β细胞功能的保护机制	小鼠胰岛β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，葡萄糖刺激胰岛素分泌(GSIS)检测	基因敲除小鼠模型	基因表达数据，蛋白质数据	使用高脂饮食(HFD)喂养小鼠和db/db糖尿病小鼠模型
22	2025-06-12	CD206+ macrophages facilitate wound healing through interactions with Gpnmbhi fibroblasts 2025-Jun-10, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00496-4 PMID:40495034	研究论文	本文研究了CD206+巨噬细胞通过与Gpnmbhi成纤维细胞的相互作用促进伤口愈合的机制	揭示了CD206+巨噬细胞通过PDGF-A信号通路与Gpnmbhi成纤维细胞通讯，促进伤口愈合的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CD206+巨噬细胞在伤口愈合过程中的作用机制	CD206+巨噬细胞和Gpnmbhi成纤维细胞	细胞生物学	伤口愈合	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA
23	2025-06-12	TORC: Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03614-6 PMID:40495172	研究论文	本文提出了一种名为TORC的目标导向参考构建策略，用于单细胞RNA测序数据中的监督细胞类型识别	开发了TORC策略，首次解决了参考数据选择和构建的问题，减轻了参考与目标数据间数据分布和细胞类型组成的差异	未提及具体的技术限制或应用范围限制	提高单细胞RNA测序数据中监督细胞类型识别的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	模拟和真实数据分析
24	2025-06-12	spaMGCN: a graph convolutional network with autoencoder for spatial domain identification using multi-scale adaptation 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03637-z PMID:40495225	研究论文	本文提出了一种名为spaMGCN的创新方法，用于空间转录组学分析中的空间域识别，特别是在离散组织分布中表现优异	通过结合空间转录组学和空间表观基因组数据，利用自编码器和多尺度自适应图卷积网络，spaMGCN在识别离散空间域方面优于基线方法	NA	开发一种能够有效识别离散组织分布的空间域的新方法	小鼠脾脏中的离散T细胞区和人类淋巴结中的滤泡细胞	数字病理学	NA	空间转录组学、空间表观基因组学	自编码器、图卷积网络(GCN)	空间转录组数据、空间表观基因组数据	小鼠脾脏和人类淋巴结样本
25	2025-06-12	Integration of single-cell and spatial transcriptomics by SEU-TCA reveals the spatial origin of early cardiac progenitors 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03633-3 PMID:40495257	研究论文	开发了一种名为SEU-TCA的方法，通过转移成分分析提高单细胞空间映射的准确性，并应用于小鼠原肠胚形成期的空间基因表达和调控网络活动研究	提出SEU-TCA方法，显著提升单细胞空间映射的准确性，并成功应用于识别由Irx1调控的前第二心区祖细胞	未提及具体的技术限制或数据局限性	提高单细胞空间转录组学中单细胞空间信息的获取准确性，并探索发育生物学中的基因表达和调控网络	小鼠原肠胚形成期的单细胞和空间转录组数据	空间转录组学	心血管疾病	单细胞转录组测序、空间转录组测序	转移成分分析(TCA)	单细胞和空间转录组数据	多个单细胞和空间转录组数据集，具体样本数量未提及
26	2025-06-12	Differentiation of lung tissue-resident c-Kit+ cells into microvascular endothelial cells alleviates pulmonary vascular remodeling 2025-Jun-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.01.010 PMID:39909047	研究论文	本研究探讨了肺组织驻留c-Kit+细胞分化为微血管内皮细胞对缓解肺血管重塑的作用	揭示了肺组织驻留c-Kit+细胞通过分化为成熟内皮细胞在肺血管重塑中的保护作用，并发现通过AAV提升c-Kit细胞中Nr2f2表达可增强分化并缓解肺血管重塑	研究主要基于SU5416/低氧诱导的PVR小鼠模型，人类患者数据有限	探究肺c-Kit细胞分化在肺血管重塑中的潜在作用	肺组织驻留c-Kit+细胞及其分化潜能	细胞生物学	肺高血压	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	SU5416/低氧(SuHx)诱导的PVR小鼠模型	基因表达数据	PVR小鼠模型及肺高血压患者样本
27	2025-06-12	Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.011 PMID:40185093	research paper	该研究利用空间转录组学技术揭示了色氨酸代谢如何限制肝细胞癌中肿瘤内三级淋巴结构的成熟	首次通过近单细胞空间转录组图谱全面分析不同成熟阶段的三级淋巴结构及其微环境，并发现色氨酸代谢在其中的关键作用	研究主要聚焦于肝细胞癌，其他癌症类型中的情况尚不明确	探究驱动三级淋巴结构成熟的分子机制及其对免疫治疗的影响	肝细胞癌中的三级淋巴结构及其微环境	digital pathology	liver cancer	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomic data	NA
28	2025-06-12	Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031 PMID:40215978	研究论文	研究发现放疗通过上调铜转运蛋白1(CTR1)和耗尽线粒体谷胱甘肽来诱导铜死亡，并揭示了一种通过靶向铜死亡来克服肿瘤放射抵抗的治疗策略	首次揭示放疗诱导铜死亡的机制，并发现铜离子载体治疗可增强放疗敏感性	研究主要基于食管癌模型，其他癌症类型的适用性尚需验证	探索放疗诱导铜死亡的机制及克服肿瘤放射抵抗的新策略	癌细胞、食管癌患者肿瘤组织、细胞系和患者来源的异种移植模型	肿瘤学	食管癌	RNA测序(RNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	异种移植模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及患者肿瘤组织、细胞系和异种移植模型
29	2025-06-12	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	本文通过空间免疫分析和多组学分析，探讨了人类和小鼠肺腺癌前体的肿瘤微环境如何影响其进化过程	发现了TIM-3在肺腺癌前体中的高表达特征，并验证了TIM-3阻断在癌前阶段的治疗效果	研究样本量相对较小，且主要依赖于小鼠模型验证	探索肺腺癌前体的免疫微环境特征及其潜在治疗靶点	人类和小鼠的肺腺癌及癌前组织	数字病理	肺癌	scRNA-seq, 空间免疫分析, 转录组分析	NA	空间多组学数据	114例人类肺腺癌及癌前组织样本，5个小鼠模型
30	2025-06-12	Integrated muti-omics data and machine learning reveal CD151 as a key biomarker inducing chemoresistance in metabolic syndrome-related early-onset left-sided colorectal cancer 2025-Jun-09, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01634-w PMID:40484863	研究论文	本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，揭示了CD151作为代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌化疗耐药的关键生物标志物	首次将CD151识别为代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌的关键生物标志物，并揭示了其在基质重塑和化疗耐药中的作用	研究主要基于医院队列，样本代表性可能有限	阐明代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌的遗传和分子机制，并寻找关键生物标志物	代谢综合征相关早发性左侧结肠直肠癌患者	数字病理学	结肠直肠癌	scRNA-seq, qRT-PCR, western blotting, IHC染色	random forest, SVM-RFE	基因表达数据	医院队列中的EOCRC患者
31	2025-06-12	Machine learning algorithms integrate bulk and single-cell RNA data to reveal the crosstalk and heterogeneity of NOTCH and autophagy activity following idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jun-09, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115017 PMID:40494203	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞RNA数据，利用机器学习算法揭示了特发性肺纤维化（IPF）中NOTCH和自噬活性的异质性及其相互关系	首次在单细胞水平上揭示了IPF中NOTCH和自噬活性的异质性及其一致性，并鉴定了同时调控这两个通路的关键基因IGFBP7、PPIC和RUNX1	研究主要基于转录组数据，虽然进行了蛋白质水平的验证，但功能实验仍需进一步深入	探究IPF中NOTCH和自噬通路的异质性及其相互关系	特发性肺纤维化（IPF）患者样本	机器学习	肺纤维化	scRNA-seq, BulkRNA-seq, Western blotting	eXtreme Gradient Boosting, Boruta, random forest, LASSO, GBM, SVM-RFE	RNA测序数据, 蛋白质表达数据	未明确说明样本数量
32	2025-06-12	SERPINA1 is a new frontier in cancer immunotherapy and drug targeting by pan-cancer analysis 2025-Jun-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02832-5 PMID:40483643	research paper	该研究通过泛癌分析探讨了SERPINA1在癌症免疫治疗和药物靶向中的潜在作用	首次将SERPINA1作为癌症免疫治疗和靶向治疗的新靶点进行系统研究	研究主要基于数据库分析，需要更多实验验证	探索SERPINA1在癌症免疫治疗和靶向治疗中的潜在应用价值	SERPINA1基因及其在多种癌症中的表达和作用	癌症研究	多种癌症（特别提到乳腺癌和胶质瘤）	多组学数据库分析、单细胞测序	NA	mRNA和蛋白质表达数据、甲基化和突变数据	基于多组学数据库的泛癌样本（未明确具体数量）
33	2025-06-12	Establishment of M2 macrophage-related prognostic signature in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Jun-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02838-z PMID:40483657	研究论文	本研究探讨了M2巨噬细胞在胰腺导管腺癌(PDAC)中的潜在通讯和临床意义，并构建了与M2标志基因相关的预后特征	首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了M2巨噬细胞的分化途径及其与恶性PDAC细胞的相互作用，并构建了基于M2标志基因的预后模型	研究结果仅为初步发现，需要通过体外/体内实验进一步验证这些特征基因或配体-受体对在巨噬细胞发育中的作用	探索M2巨噬细胞在PDAC微环境中的功能意义及其临床价值	胰腺导管腺癌(PDAC)中的M2巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), bulk RNA测序, LASSO算法	预后模型	RNA测序数据	NA
34	2025-06-12	Glutamate transporter SLC1A6 promotes resistance to immunotherapy in cancer 2025-Jun-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04074-4 PMID:40481876	研究论文	本研究探讨了谷氨酸转运体SLC1A6在癌症免疫治疗抵抗中的作用及其机制	首次揭示了SLC1A6在免疫治疗抵抗中的关键作用，并提出了靶向SLC1A6作为改善免疫治疗反应的新策略	研究主要基于膀胱癌和肺癌数据，其他癌症类型的普适性尚需验证	探究SLC1A6在癌症免疫治疗抵抗中的作用机制	膀胱癌和肺癌患者样本及肿瘤模型	肿瘤免疫学	膀胱癌, 肺癌	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 单细胞数据	膀胱癌和肺癌患者队列数据及体内肿瘤模型
35	2025-06-12	Annexin A1-FPR1 Interaction in dendritic cells promotes immune microenvironment modulation in Thyroid Cancer 2025-Jun-07, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10042-6 PMID:40483281	研究论文	本研究探讨了甲状腺癌中树突状细胞通过Annexin A1-FPR1相互作用调节免疫微环境的机制	揭示了ANXA1-FPR1轴在甲状腺癌免疫调节中的新机制，并提出了针对该轴的免疫治疗新策略	NA	研究甲状腺癌免疫微环境中树突状细胞的作用机制	甲状腺癌组织和树突状细胞	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序和转录组RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
36	2025-06-12	Integrating spatial and single-cell transcriptomics to characterize mouse long bone fracture healing process 2025-Jun-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08316-0 PMID:40483363	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，深入描述了小鼠长骨骨折愈合过程中的细胞定位和相互作用	优化了脱钙方法，显著提高了RNA质量，并结合Visium CytAssist平台及Seurat、CARD和Monocle软件包进行综合分析，准确定位了关键细胞群并识别了调控其激活和分化的关键转录因子	研究仅针对小鼠模型，结果在人类骨折愈合中的适用性尚需进一步验证	揭示骨折愈合过程中的细胞和分子机制	小鼠股骨骨折模型	空间转录组学	骨折	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠股骨骨折模型在骨折前（Day 0）及骨折后第5天和第15天的样本
37	2025-06-12	KHDC3 affects the lineage differentiation of early embryo by regulating the differential distribution of YAP signal 2025-Jun-06, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2025.117527 PMID:40493978	研究论文	本研究探讨了KHDC3基因通过调节YAP信号通路的差异分布影响早期胚胎的谱系分化	揭示了KHDC3在早期胚胎发育中通过调节YAP信号通路影响胚胎细胞谱系分化的新机制	KHDC3如何通过肌动蛋白细胞骨架影响YAP信号通路的具体机制尚未完全阐明	探究KHDC3在早期胚胎发育中的作用及其对胚胎细胞谱系分化的影响	早期胚胎（从2细胞期到囊胚期）	发育生物学	妊娠相关疾病	单细胞转录组分析、基因敲除	基因敲除模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及从2细胞期到囊胚期的早期胚胎
38	2025-06-12	Unraveling the genetic blueprint of doxorubicin-induced cardiotoxicity through systems genetics approaches 2025-Jun-03, Cardio-oncology (London, England) DOI:10.1186/s40959-025-00349-y PMID:40462234	research paper	本研究通过系统遗传学方法，利用BXD重组近交系小鼠群体，探索阿霉素诱导的心脏毒性的遗传基础	首次使用BXD重组近交系小鼠群体进行系统遗传学分析，识别与阿霉素心脏毒性相关的QTLs和候选基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中进行验证	揭示阿霉素诱导心脏毒性的遗传机制	BXD重组近交系小鼠	遗传学	心血管疾病	系统遗传学方法、QTL定位、孟德尔随机化分析	BXD小鼠模型	基因型数据、表型数据	58个BXD品系小鼠及亲本B6和D2小鼠（每个品系/性别≥4只，3-4月龄）
39	2025-06-12	mNSF: multi-sample non-negative spatial factorization 2025-Jun-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03601-x PMID:40457480	research paper	介绍了一种名为mNSF的多样本非负空间因子化框架，用于分析多样本空间转录组数据	mNSF框架无需对齐样本，能够处理空间对齐不可行的情况，同时保持与基于对齐方法相当的性能	未明确提及具体局限性	开发一种能够分析多样本空间转录组数据的计算方法	多样本空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	mNSF（多样本非负空间因子化）	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
40	2025-06-12	Insights of immune cell heterogeneity, tumor-initiated subtype transformation, drug resistance, treatment and detecting technologies in glioma microenvironment 2025-Jun, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.07.033 PMID:39097088	综述	本文全面探讨了胶质瘤微环境中四种主要免疫细胞的作用及其亚型转化机制，以及化疗耐药性和免疫治疗策略	详细分析了胶质瘤诱导免疫细胞亚型转化的机制，并探讨了免疫细胞相关单细胞测序技术的进展	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	深入理解胶质瘤微环境中免疫细胞的异质性及其对治疗的影响	胶质瘤微环境中的免疫细胞，特别是中性粒细胞、巨噬细胞、淋巴细胞和髓源性抑制细胞（MDSCs）	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞测序	NA	NA	NA