单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-22	Human induced neural progenitor cells generated from three-dimensional aggregate-based culture significantly improve post-stroke recovery in tMCAO mice 2025-Jun-20, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04433-z PMID:40542444	research paper	研究开发了一种基于3D聚集体培养的高效诱导神经祖细胞（iNPCs）生成方法，并评估其在脑缺血小鼠模型中的治疗效果	提出了一种可扩展、稳定且高效的3D聚集体培养方法，避免了有害的细胞解离和重铺过程，并通过单细胞RNA测序揭示了iNPCs的亚群及其多效性治疗潜力	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证其效果	开发一种高效的iNPCs生成方法，并评估其在脑缺血治疗中的潜力	诱导多能干细胞（iPSCs）和脑缺血小鼠模型	再生医学	脑缺血	3D聚集体培养、单细胞RNA测序	tMCAO小鼠模型	基因表达数据	三个iPSC细胞系
22	2025-06-22	Gap junction protein beta 5 interacts with Gαi3 to promote Akt activation and cervical cancer cell growth 2025-Jun-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07768-w PMID:40537499	研究论文	本研究探讨了间隙连接蛋白β5（GJB5）在宫颈癌中的表达及其功能意义，揭示了GJB5通过Gαi3促进Akt激活和宫颈癌细胞生长的机制	首次发现GJB5与Gαi3的相互作用及其在Akt-mTOR信号通路激活中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探索宫颈癌的新型治疗靶点	宫颈癌细胞和组织	癌症研究	宫颈癌	shRNA、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序	xenograft模型	mRNA表达数据、蛋白质相互作用数据	TCGA数据库中的宫颈癌组织样本、原代人类宫颈癌细胞
23	2025-06-22	Glial cell crosstalk in the local microenvironment following spinal cord injury 2025-Jun-19, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111436 PMID:40540843	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了脊髓损伤后局部微环境中胶质细胞的相互作用及其在病理过程中的作用	首次在单细胞水平上鉴定了脊髓损伤后三种胶质细胞类型（小胶质细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞）的亚群及其相互作用网络，并发现了与铁死亡相关的少突胶质细胞损失	研究主要基于动物模型，人类脊髓损伤的适用性需要进一步验证	阐明脊髓损伤后胶质细胞在局部微环境中的相互作用机制	脊髓损伤后的小胶质细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
24	2025-06-22	Transcriptomic bioinformatics analysis proposes a novel BCL2-MAPK14-TXN oxidative stress diagnostic model of sepsis and identifies TXN as an oxidative stress-related signature gene in sepsis 2025-Jun-19, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115016 PMID:40540896	research paper	该研究通过生物信息学分析提出了一种新型的BCL2-MAPK14-TXN氧化应激诊断模型，用于脓毒症诊断，并确认TXN作为脓毒症中氧化应激相关的标志基因	提出了一种基于BCL2-MAPK14-TXN基因的新型诊断模型，并首次探索了TXN在脓毒症氧化应激中的调控作用	需要进一步实验验证以促进模型的实际应用	筛选氧化应激相关基因并验证其诊断效用	脓毒症患者和对照组的基因表达数据	生物信息学	脓毒症	微阵列数据分析、机器学习算法、免疫浸润分析、单细胞RNA测序	诊断nomogram模型	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE65682、GSE95233、GSE131761、GSE33118）和单细胞RNA测序数据集（GSE175453）
25	2025-06-22	Sequence Diversity and Encoded Enzymatic Differences of Monocistronic L1 ORF2 mRNA Variants in the Aged Normal and Alzheimer's Disease Brain 2025-Jun-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025 PMID:40368603	研究论文	该研究通过酶功能分析、靶向PacBio HiFi长读长测序和定量空间转录组学，评估了阿尔茨海默病（AD）和非疾病（ND）大脑中内源性逆转录酶（RT）活性和L1 mRNA多样性	发现了超过550种编码蛋白质的poly(A) ORF2序列变体，是参考基因组（hg38）中已识别的两倍多，并揭示了这些变体在RT和EN活性上的显著差异	样本量相对较小（31个大脑样本），且未探讨ORF2变体功能差异的具体机制	探究人类大脑中内源性RT活性和L1 mRNA的多样性及其在AD中的作用	31个AD和非疾病（ND）大脑的脑皮层样本	分子生物学	阿尔茨海默病	酶功能分析、PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学	NA	RNA序列数据	31个大脑样本（AD和ND）
26	2025-06-22	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2025-Jun-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03648-w PMID:40533768	research paper	介绍了一种名为Vispro的端到端自动化图像处理工具，用于优化10× Visium数据的空间转录组学分析	Vispro通过包括基准标记检测、图像恢复、组织区域检测和断开组织区域分割等模块，提升了图像质量，从而提高了下游分析的准确性和性能	NA	解决空间转录组学中组织学图像因基准标记和背景区域而质量下降的问题	10× Visium数据的空间转录组学图像	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	NA	image	NA
27	2025-06-22	The impact of de novo lipogenesis on predicting survival and clinical therapy: an exploration based on a multigene prognostic model in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06704-y PMID:40533802	研究论文	基于新生脂肪生成途径构建了一个六基因预后模型，用于预测肝细胞癌患者的生存和临床治疗效果	首次基于新生脂肪生成(DNL)途径构建了一个六基因预后模型，并揭示了其与免疫微环境及治疗反应的关联	样本量相对有限，需要更大规模的外部验证	探索新生脂肪生成在肝细胞癌预后预测和治疗反应中的作用	肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	LASSO-Cox回归分析、免疫组化、Western blotting、多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后风险模型	基因表达数据、临床数据	TCGA、GEO、ICGC-LIRI数据集和106例湘雅HCC队列
28	2025-06-22	A prognostic gene signature and subtype-specific drug sensitivity in TNBC revealed by single-cell and bulk RNA sequencing: Insights into stemness and tumor heterogeneity 2025-Jun-18, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2025.06.007 PMID:40541706	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序揭示TNBC的预后基因特征和亚型特异性药物敏感性，深入探讨干性和肿瘤异质性	整合多组学方法，结合单细胞RNA测序与批量转录组、表观基因组和突变分析，识别出与TNBC化疗耐药相关的220个差异表达基因，并从中推导出一个四基因预后特征	研究主要基于公开数据集（GSE176078和TCGA-BRCA），可能受限于样本来源和数据质量	探索TNBC的细胞异质性和化疗耐药机制，为个性化治疗策略提供基础	三阴性乳腺癌（TNBC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、表观基因组分析、突变分析	无监督聚类	RNA测序数据	基于公开数据集GSE176078和TCGA-BRCA，具体样本数量未明确说明
29	2025-06-22	Integrin β1 activity controls colony morphology during human pluripotent stem cell state transitions 2025-Jun-17, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102538 PMID:40541174	research paper	研究整合素β1在调控人类诱导多能干细胞（hiPSC）从原始态向初始态转变过程中对集落形态的影响	揭示了整合素β1在调控多能干细胞状态中的新作用，并展示了整合素抑制剂如何帮助在体外微调hiPSC的功能和特性	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的影响	探讨整合素β1在调控人类诱导多能干细胞状态转变中的作用	人类诱导多能干细胞（hiPSC）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组分析、功能分析	NA	基因表达数据、形态学数据	NA
30	2025-06-22	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Jun-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	该研究揭示了中脑胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号促进弥漫性中线胶质瘤生长的机制	首次发现中脑胆碱能神经元远程投射通过M1/M3受体依赖的方式促进DMG生长，并揭示了与健康OPCs相似的增殖效应	研究主要基于小鼠模型，人类DMG中的胆碱能调控机制需要进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的影响机制	弥漫性中线胶质瘤(DMG)和少突胶质前体细胞(OPCs)	神经肿瘤学	弥漫性中线胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、药理学阻断	小鼠模型	基因表达数据、电生理数据	DMG小鼠模型和原代DMG样本
31	2025-06-22	Artificial intelligence approaches for tumor phenotype stratification from single-cell transcriptomic data 2025-Jun-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98469 PMID:40511682	研究论文	介绍了一种名为SCellBOW的单细胞RNA测序分析框架，用于识别和可视化肿瘤中的细胞亚群，并评估其临床风险	SCellBOW是一种受自然语言处理领域文档嵌入技术启发的新型计算方法，能够有效识别和高质量可视化单细胞亚群，并评估其与疾病预后的关联	缺乏与肿瘤单细胞RNA测序研究相关的临床注释	开发一种能够识别肿瘤细胞亚群并评估其临床风险的计算方法	单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞亚群	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq	NLP-inspired embedding techniques	单细胞转录组数据	包括内部生成的人类脾细胞和匹配的外周血单个核细胞(PBMC)数据集在内的多个scRNA-seq数据集
32	2025-06-22	A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657841 PMID:40502063	研究论文	开发了一种多步骤免疫活性遗传小鼠模型，用于研究葡萄膜黑色素瘤的表型可塑性	该模型首次结合了人类葡萄膜黑色素瘤进展中的逐步遗传改变，能够模拟肿瘤免疫微环境并具有转移潜力	模型虽然模拟了人类疾病特征，但仍需进一步验证其在药物测试中的适用性	建立一个更接近人类疾病特征的葡萄膜黑色素瘤小鼠模型，以研究其生物学特性和免疫治疗策略	葡萄膜黑色素瘤的遗传小鼠模型	癌症研究	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序	遗传工程小鼠模型	基因表达数据	NA
33	2025-06-22	An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657738 PMID:40502179	research paper	该研究通过整合固定细胞的新数据集与先前发表的活细胞数据，更新并空间验证了Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞单细胞图谱	发现了新的假定免疫细胞群体、先前未描述的神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群体、一个茎部特异性细胞类型，并探索了完整的刺细胞轨迹	先前的地图集在细胞数量和转录组深度上仍有限制，细胞类型分配主要基于推测	推进对Hydractinia symbiolongicarpus细胞多样性和动态的理解	Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	超过47,000个细胞来自摄食息肉和茎部组织
34	2025-06-22	Human microglia in brain assembloids display region-specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation: Microglial diversity and response in assembloids 2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657874 PMID:40501840	研究论文	本研究通过构建包含人类小胶质细胞的区域特异性脑类器官，揭示了小胶质细胞在人类大脑不同区域的多样性及其对神经元活动的响应	首次在区域特异性脑类器官中整合人类小胶质细胞，发现六种具有区域特征的小胶质细胞亚型，并揭示了其在自闭症相关神经元过度活跃中的病理作用	研究主要基于体外类器官模型，可能与体内实际情况存在差异	探究人类大脑不同区域小胶质细胞的特性及其在神经环路中的作用	人类小胶质细胞和区域特异性脑类器官（皮质、纹状体和中脑）	神经科学	自闭症	单细胞RNA测序、化学遗传学、钙成像	脑类器官组装体模型	基因表达数据、钙信号数据	多种区域特异性脑类器官（具体数量未明确说明）
35	2025-06-22	Cholinergic neuron-to-glioblastoma synapses in a human iPSC-derived co-culture model 2025-Jun-04, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102534 PMID:40541171	research paper	该研究开发了一种使用人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的胆碱能神经元与患者来源的胶质母细胞瘤（GBM）类器官共培养的系统，以研究胆碱能神经元与GBM之间的突触相互作用	首次在人类细胞系统中研究了胆碱能神经元与GBM之间的突触相互作用，并揭示了胆碱能输入在促进GBM进展中的作用	研究仅使用了体外共培养模型，未在体内验证胆碱能神经元对GBM的影响	研究胆碱能神经元与胶质母细胞瘤之间的相互作用及其对肿瘤生物学的影响	人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的胆碱能神经元和患者来源的胶质母细胞瘤（GBM）类器官	cancer neuroscience	glioblastoma	trans-monosynaptic tracing, electron microscopy, calcium imaging, deep single-cell RNA sequencing	co-culture model	RNA sequencing data, imaging data	NA
36	2025-06-22	BCAT1 Activation Reprograms Branched-Chain Amino Acid Metabolism and Epigenetically Promotes Inflammation in Diabetic Retinopathy 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.59 PMID:40530920	研究论文	研究探讨了支链氨基酸代谢在糖尿病视网膜病变中的重塑及其对疾病进展的贡献	揭示了Bcat1在糖尿病条件下通过重塑支链氨基酸代谢和表观遗传学机制促进视网膜炎症的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究支链氨基酸代谢重塑对糖尿病视网膜病变进展的影响	糖尿病小鼠模型和Müller细胞	代谢组学	糖尿病视网膜病变	单细胞测序、靶向代谢组学、染色质免疫沉淀(ChIP)、RNA测序、激酶筛选分析	小鼠糖尿病模型	测序数据、代谢组数据、免疫荧光数据	未明确说明样本数量
37	2025-06-22	Spatial Transcriptomics Reveals Cancer and Stromal Cell Heterogeneity Between Center and Invasive Front of Pancreatic Cancer 2025-Jun, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100726 PMID:39889965	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）的转录异质性	首次在PDAC中系统地比较了肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和CAFs的转录组差异，揭示了空间异质性	样本量较小（仅4例PDAC进行空间转录组分析），且均为高分化PDAC，可能无法代表所有PDAC亚型	探究PDAC肿瘤中心和侵袭前沿的癌细胞和CAFs的转录组空间异质性	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤组织和其中的癌细胞及癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学（GeoMx系统），免疫组织化学	NA	转录组数据，图像数据	4例高分化PDAC进行空间转录组分析，17例不同分化程度的PDAC进行免疫组化验证
38	2025-06-22	New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics 2025-Jun, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13818 PMID:39902627	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，发现两种成纤维细胞亚群在纤维化过程中的不同作用	首次利用单细胞RNA测序技术鉴定瘢痕疙瘩中POSTN+间充质成纤维细胞和IGFBP2+成纤维细胞亚群，并揭示它们在纤维化中的相反作用	样本量较小（仅3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本）	探索瘢痕疙瘩的发病机制并开发新型抗纤维化治疗策略	瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织	单细胞组学	皮肤疾病/瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本
39	2025-06-22	Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome 2025-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03623-9 PMID:40195449	研究论文	本研究揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并提供了用于临床前研究的模型	首次揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并建立了人类化的疾病模型	研究样本量较小（仅9名男性患者），且缺乏长期随访数据	探究VEXAS综合征中造血克隆优势的致病机制	VEXAS综合征患者和人类化的疾病模型	血液病学	VEXAS综合征	单细胞转录组学、碱基编辑	人类化疾病模型	基因表达数据、细胞表型数据	9名男性VEXAS综合征患者
40	2025-06-22	Broad rim lesions are a new pathological and imaging biomarker for rapid disease progression in multiple sclerosis 2025-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03625-7 PMID:40301560	研究论文	本研究通过分析多发性硬化症（MS）尸检队列，发现了一种与疾病快速进展相关的特定病变类型，即具有广泛髓样细胞边缘的病变	首次揭示了广泛髓样细胞边缘病变作为MS快速进展的生物标志物，并验证了其与疾病进展的关联	研究样本主要来自尸检队列，可能无法完全反映活体患者的疾病动态	探索多发性硬化症快速进展的潜在机制并寻找相关生物标志物	多发性硬化症患者尸检样本和独立PET研究队列	神经病理学	多发性硬化症	组织学分析、空间转录组学、18-kDa转运蛋白正电子发射断层扫描	NA	组织样本、影像数据	186例尸检样本和114例PET研究个体