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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
21 2026-04-06
Integrated single‑cell and spatial transcriptomics reveal the colorectal cancer microenvironment
2026-Apr-01, Critical reviews in oncology/hematology
综述 本文综述了单细胞测序与空间转录组学整合技术在结直肠癌研究中的应用,揭示了肿瘤微环境的异质性及潜在治疗靶点 整合单细胞测序与空间转录组学技术,系统揭示了结直肠癌微环境中空间组织的肿瘤-基质-免疫网络及其功能机制 作为综述文章,主要总结现有研究,未提出新的实验数据或模型验证 解析结直肠癌的生物学特性、临床行为及肿瘤微环境,以推进精准诊疗 结直肠癌组织及其微环境中的细胞(包括肿瘤细胞、基质细胞、免疫细胞等) 数字病理学 结直肠癌 单细胞测序,空间转录组学 NA 单细胞基因表达数据,空间基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
22 2026-04-06
A spatiotemporal transcriptomic atlas of porcine (Sus scrofa) female early gonadal development
2026-Mar-30, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本研究利用高分辨率空间转录组技术解析了猪早期雌性性腺中原始生殖细胞向卵原细胞分化及进入减数分裂过程中的细胞类型空间动态 首次结合高分辨率空间转录组技术,在体内解析了猪早期性腺中生殖细胞与体细胞间的空间定位及通讯机制,特别是BMP信号通路在原始生殖细胞向卵原细胞分化及减数分裂启动中的关键作用 研究仅聚焦于猪模型,结果可能不完全适用于其他哺乳动物;空间转录组技术虽提供位置信息,但分辨率可能仍有限于某些精细细胞互作 探究猪早期雌性性腺发育过程中原始生殖细胞向卵原细胞分化及减数分裂的空间调控机制 猪早期雌性性腺中的原始生殖细胞、性腺体细胞(包括颗粒细胞、间质细胞和内皮细胞) 空间转录组学 NA 高分辨率空间转录组技术 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
23 2026-04-06
Ubiquitin-specific protease 20(USP20) mitigates doxorubicin-induced cardiotoxicity by deubiquitinating and stabilizing HuR
2026-Mar-30, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 本研究揭示了泛素特异性蛋白酶20(USP20)通过去泛素化并稳定HuR蛋白,从而抑制铁死亡并减轻阿霉素诱导的心肌病 首次阐明了USP20在阿霉素诱导心肌病中的保护作用机制,发现其通过特异性切割K48连接的多聚泛素链去泛素化HuR,从而稳定GPX4 mRNA以抑制铁死亡 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证;AAV9介导的基因治疗策略的长期安全性和有效性需进一步评估 探究USP20在阿霉素诱导心肌病中的功能与分子机制 心肌细胞、Usp20条件性敲除小鼠、HuR条件性敲除小鼠 分子病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序、LC-MS/MS偶联的免疫共沉淀、AAV9介导的基因过表达 条件性基因敲除小鼠模型 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 未明确说明具体样本数量,但涉及多种基因工程小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
24 2026-04-06
Erchen decoction and its active flavonoids hesperidin and quercetin alleviate high-fat diet-induced neuroinflammation by targeting HK2-mediated microglial glycolysis
2026-Mar-30, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究系统表征了二陈汤的生物活性成分,并阐明了其通过靶向HK2介导的小胶质细胞糖酵解,改善高脂饮食诱导的神经炎症的神经保护机制 首次将二陈汤的传统功效(燥湿化痰)与现代神经炎症机制联系起来,通过单细胞RNA测序和分子动力学模拟,确定HK2是其活性成分橙皮苷和槲皮素的关键靶点,从而重编程小胶质细胞的免疫代谢 研究主要基于雄性C57BL/6J小鼠模型和体外小胶质细胞模型,缺乏在人类或其他性别动物中的验证,且神经炎症与行为学改善之间的直接因果链条仍需进一步探究 阐明二陈汤改善高脂饮食诱导的神经炎症的药理机制,并确定其关键活性成分 二陈汤及其活性成分(橙皮苷、槲皮素)、高脂饮食诱导的神经炎症小鼠模型、棕榈酸刺激的小胶质细胞 药理学与神经科学 代谢紊乱相关的神经炎症 UPLC-MS, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟, 酶活性测定 NA 质谱数据, 转录组数据, 分子模拟数据, 行为学数据, 代谢组数据 雄性C57BL/6J小鼠(具体数量未在摘要中明确说明),以及体外细胞模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
25 2026-04-06
Transcriptional mechanisms of sex-biased gene expression and their connections to disease-associated variation
2026-Mar-23, Human molecular genetics IF:3.1Q2
研究论文 本研究利用单细胞RNA-seq技术分析淋巴母细胞系,揭示了性别偏向基因表达的转录机制及其与疾病相关变异的联系 首次在单细胞水平上系统识别了性别偏向表达基因,并发现转录因子FOSL1、ZNF730、ZFX和ZNF726在调控这些基因中起关键作用,同时揭示了性别偏向表达数量性状位点(sb-eQTL)与多种GWAS表型的富集关联 在独立数据集中sb-eQTL的复制证据较为有限,且研究主要基于淋巴母细胞系,可能无法完全代表其他组织或体内情况 探究性别二态性的遗传机制及其对疾病的影响 480个淋巴母细胞系(LCLs) 自然语言处理 多发性硬化症 单细胞RNA-seq 机器学习、线性模型 基因表达数据 480个淋巴母细胞系 NA 单细胞RNA-seq NA NA
26 2026-04-06
Single-cell RNA sequencing dissect the immunological network of immune checkpoint inhibitors-induced myocarditis
2026-Mar-23, Human molecular genetics IF:3.1Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,探索了免疫检查点抑制剂(ICIs)诱导心肌炎的潜在机制 首次利用单细胞RNA测序技术,在心脏组织和外周血单核细胞中,系统解析了PD-1/PD-L1抑制剂诱导心肌炎的免疫网络,并识别出CCL5+CD8+ T细胞与CCR5+巨噬细胞相互作用的轴心机制 研究基于小鼠模型,样本量较小,且仅使用了一种PD-1/PD-L1抑制剂(BMS-1),未涉及人类样本或其他抑制剂 探索免疫检查点抑制剂(ICIs)诱导心肌炎的免疫机制 小鼠的心脏组织和外周血单核细胞(PBMC) 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq),免疫荧光染色 NA 单细胞RNA测序数据,图像数据 小鼠心脏组织和PBMC样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
27 2026-04-06
Ventricular assist device unloading reverses microvascular senescence in single ventricle disease
2026-Mar, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析,探讨了左心发育不全综合征患者右心室微环境在出生、手术后心力衰竭及心室辅助装置卸载后的变化,揭示了心肌细胞内在衰老及微血管衰老生态位的特征 首次在单心室疾病中结合单核RNA测序和空间转录组学,系统描绘了从出生到心力衰竭及心室辅助装置卸载过程中的心脏微环境动态变化,并发现心肌细胞内在衰老特性及缺氧相关的微血管衰老生态位 研究样本可能有限,且主要聚焦于左心发育不全综合征,结果推广至其他单心室疾病需谨慎 探究左心发育不全综合征患者心脏微环境在疾病进程中的变化,以及心室辅助装置卸载对微血管衰老的影响 左心发育不全综合征患者的右心室组织及诱导多能干细胞衍生的心肌细胞 数字病理学 心血管疾病 单核RNA测序, 空间转录组学 NA RNA测序数据, 空间转录组数据 NA NA 单核RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
28 2026-02-28
Integrative analysis of single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing, and proteomic data identified NOTCH3 as a hub gene contributing to human intervertebral disc fibrosis
2026-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
29 2026-04-06
Microenvironment-aware spatial modeling for accurate inference of cell identity
2026-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文提出了一种名为MEcell的无参数方法,通过整合空间上下文信息来改进细胞身份建模,并在多个空间转录组学平台和组织类型的数据集上验证了其优越性 MEcell首次明确整合空间微环境信息,自动调整其对细胞身份建模的贡献,克服了传统方法仅依赖内在分子特征的局限 NA 开发一种能够准确推断细胞身份的空间建模方法,以解决传统方法忽略局部微环境影响的问题 空间转录组学数据中的细胞身份 数字病理学 NA 空间转录组学 MEcell 空间转录组学数据 90个模拟数据集和7个真实数据集 Vizgen, 10x Genomics, NanoString, 10x Genomics, Broad Institute, 开放平台 空间转录组学 MERFISH, Xenium, CosMx, Visium HD, Slide-seqV2, open-ST MERFISH/Vizgen, Xenium, CosMx, Visium HD, Slide-seqV2, open-ST
30 2026-04-06
Integrating Single-Cell and Microarray Data to Explore the Role of Autophagy-Related Gene Atg7 in Osteoporosis
2026, Journal of inflammation research IF:4.2Q2
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和微阵列数据,探索自噬相关基因Atg7在骨质疏松症中的作用 首次结合单细胞转录组学和芯片数据筛选骨质疏松相关自噬基因,并利用细胞通讯和伪时间分析揭示Atg7与EYA1间充质干细胞亚群的关系 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证不足,且临床转化潜力需进一步探索 探索自噬相关基因Atg7在骨质疏松症发生发展中的调控机制及其治疗潜力 骨质疏松症小鼠模型(OVX小鼠)的骨髓间充质干细胞(BMSCs) 数字病理学 骨质疏松症 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微阵列芯片、微CT、免疫组化、双标三色荧光技术、qRT-PCR、Western blot 伪时间轨迹分析、细胞通讯分析 单细胞转录组数据、微阵列芯片数据、影像数据、蛋白质表达数据 未明确样本数量,使用OVX小鼠模型及正常对照小鼠 NA 单细胞RNA-seq NA NA
31 2026-04-06
A Single-Cell Atlas of Pan-Cancer Liver Metastasis Reveals Dynamic Cellular Programs Driving Metastatic Progression and Immune Modulation
2026, Research (Washington, D.C.)
研究论文 本研究构建了一个跨多种癌症类型的肝转移单细胞转录组图谱,揭示了驱动转移进展和免疫调节的动态细胞程序 首次在泛癌水平上系统描绘肝转移的细胞和分子景观,定义了4个代表性细胞程序,阐明了肿瘤微环境中细胞组成和细胞间相互作用如何驱动转移进展和免疫调节的动态转变 研究基于单细胞RNA测序数据,可能受限于样本数量和癌症类型的覆盖范围,未深入验证功能机制 理解肝转移的异质性和演化机制,为靶向转移肿瘤微环境的治疗策略提供信息 肝转移样本中的细胞 数字病理学 肝转移癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 100个单细胞RNA测序样本,超过460,000个细胞 NA single-cell RNA-seq NA NA
32 2026-04-06
PD-1/PD-L1-CXCR3 Coexpression and CXCR3 on Intermediate Monocytes Predict Fibrosis, Leukemic Transformation, and Survival in Egyptian Philadelphia-Negative Myeloproliferative Neoplasms
2026, Clinical Medicine Insights. Oncology
研究论文 本研究旨在探索PD-1/PD-L1-CXCR3共表达及CXCR3在中性单核细胞上的表达作为预测埃及费城染色体阴性骨髓增殖性肿瘤患者纤维化、白血病转化和生存的新型生物标志物的效用 首次将PD-1/PD-L1与CXCR3的共表达以及CXCR3在单核细胞亚群(特别是中间单核细胞)上的表达作为预测MPN疾病进展、纤维化分级和白血病转化的新型免疫炎症生物标志物,并构建了整合这些生物标志物的增强预后评分系统 研究人群仅限于埃及患者,样本量相对有限(n=90),外部验证队列规模较小(n=30),需要更大规模的多中心研究进行验证 评估新型免疫炎症生物标志物(包括PD-1/PD-L1-CXCR3共表达、CXCR3在单核细胞亚群的表达及系统性炎症指数)在预测费城染色体阴性骨髓增殖性肿瘤患者纤维化分级、白血病转化和生存结局中的预后价值 90名埃及费城染色体阴性骨髓增殖性肿瘤患者及90名匹配对照 数字病理学 骨髓增殖性肿瘤 流式细胞术, 靶向二代测序, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 血清细胞因子分析 逻辑回归, Cox回归, 随机森林, 梯度提升 流式细胞数据, 测序数据, 临床数据, 患者报告结局 患者队列90人,对照组90人,外部验证队列30人,单细胞RNA测序子集15人(10名PMF患者,5名对照),批量RNA测序子集30人(20名PMF患者,10名对照) NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
33 2026-04-06
Single-cell transcriptomic profiling of human fetal neural stem cells isolated from the subventricular zone
2026, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组分析,深入表征了从胎儿大脑室下区分离的人类神经干细胞,揭示了其亚群组成、分化轨迹及长期培养中的稳定性 首次对从胎儿大脑室下区分离的人类神经干细胞进行单细胞转录组分析,揭示了其亚群组成、分化轨迹以及长期培养中干细胞特性的保持 样本来源于自发流产的胎儿,可能无法完全代表正常发育情况,且样本数量有限 旨在解析人类胎儿神经干细胞的细胞组成和分化动态,以促进再生医学应用 从胎儿大脑室下区分离的人类神经干细胞 单细胞转录组学 NA 单细胞转录组分析 NA 单细胞RNA-seq数据 来自不同捐赠者的胎儿大脑样本(自发流产来源),并经过不同培养传代 NA 单细胞RNA-seq NA NA
34 2026-04-06
The role of disulfidptosis-driven tumor microenvironment remodeling in pancreatic cancer progression
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究开发并验证了一个基于13个关键基因的二硫死亡相关预后特征,用于胰腺导管腺癌患者的风险分层,并通过多组学分析揭示了二硫死亡与免疫抑制性肿瘤微环境之间的关联 首次在胰腺癌中开发了基于二硫死亡相关基因的预后特征,并通过整合多组学方法(包括单细胞转录组学和空间转录组学)系统性地揭示了二硫死亡在肿瘤免疫调节中的作用 研究主要基于生物信息学分析和体外功能实验,缺乏体内实验验证;UBASH3B在免疫调节中的具体机制仍需进一步研究 探究二硫死亡在胰腺癌进展和肿瘤免疫中的作用,并开发基于二硫死亡相关基因的预后模型 胰腺导管腺癌患者 数字病理学 胰腺癌 单细胞转录组学, 空间转录组学, 功能实验 预后特征模型 转录组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 多个独立队列的胰腺癌患者样本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
35 2026-04-06
Plasma PFDN2 suppresses head and neck squamous cell carcinoma progression by restricting CD64 on monocyte-driven inflammatory microenvironments
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过多样本孟德尔随机化分析,发现血浆蛋白PFDN2通过抑制单核细胞上的CD64来限制头颈部鳞状细胞癌的进展 首次将血浆蛋白PFDN2与HNSC风险通过单核细胞CD64介导的免疫微环境联系起来,并利用虚拟敲除和分子模拟验证其相互作用 研究主要基于遗传关联和计算模拟,需要更多实验验证PFDN2-CD64轴的功能机制 探究血浆蛋白对头颈部鳞状细胞癌免疫微环境的因果调控作用 头颈部鳞状细胞癌患者样本、血浆蛋白质组、免疫细胞表型 生物信息学 头颈部鳞状细胞癌 孟德尔随机化、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟、免疫荧光染色 scTenifoldKnk虚拟敲除模型 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、组织病理数据 大规模血浆蛋白质组和HNSC样本,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
36 2026-04-06
Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity
2025-11, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本研究使用BARseq高通量原位测序技术,在小鼠前脑半球中分析了104个细胞类型标记基因的表达,揭示了皮层区域的转录组特征及其与发育输入的关系 首次在全皮层尺度应用高通量原位测序,结合大规模细胞分析,揭示了转录组类型组成与皮层区域身份之间的预测关系,并发现外周输入在塑造皮层模块内转录组身份中的作用 研究仅基于小鼠模型,结果可能无法直接推广到其他物种;且基因面板限于104个标记基因,可能未覆盖所有相关转录组特征 探究大脑皮层神经元转录组特征的空间组织及其在发育中的建立机制 小鼠前脑半球中的皮层神经元 神经科学 NA 原位测序 NA 基因表达数据 超过1030万个细胞,包括4,194,658个皮层神经元,覆盖9个小鼠前脑半球 NA 原位测序 BARseq 高通量原位测序技术,用于细胞分辨率下的基因表达分析
37 2026-04-06
stImage: a versatile framework for optimizing spatial transcriptomic analysis through customizable deep histology and location informed integration
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文介绍了一个名为stImage的开源R包,该框架通过整合深度学习提取的组织学特征、基因表达数据和空间坐标,为空间转录组学分析提供了一个灵活且全面的解决方案 首次在一个统一框架内完全整合基因表达、组织学特征和精确空间坐标,并提供54种集成策略供用户选择,通过诊断图指导用户选择最合适的整合方法 论文未明确说明该方法在不同组织类型或实验平台上的通用性限制,也未讨论计算资源需求或处理大规模数据时的可扩展性 优化空间转录组学分析,通过整合多模态数据提高对组织生物学的理解 空间转录组学数据(包含基因表达、组织学图像和空间坐标信息) 空间转录组学 NA 空间转录组学技术 深度学习模型 基因表达数据、组织学图像、空间坐标 NA NA 空间转录组学 NA NA
38 2026-04-06
The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和免疫染色揭示了前庭毛细胞中动纤毛的双重分子身份,结合了初级纤毛和运动纤毛的结构与功能特征 首次发现前庭动纤毛具有初级纤毛和运动纤毛的双重分子特征,并证实其作为主动力生成元件在毛束中的作用 NA 阐明前庭动纤毛的结构、分子组成和功能特性 前庭毛细胞和耳蜗毛细胞,包括牛蛙、小鼠、斑马鱼和人类样本 数字病理学 NA 单细胞RNA测序,免疫染色,活体成像 NA RNA序列数据,图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
39 2026-04-06
Macrophages protect against sensory axon loss in peripheral neuropathy
2025-04, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本研究探讨了巨噬细胞在肥胖前驱糖尿病小鼠模型中对周围神经病变中感觉轴突丢失的保护作用 首次揭示了CCR2巨噬细胞在肥胖前驱糖尿病诱导的周围神经病变早期浸润神经并发挥神经保护作用,通过galectin 3延缓轴突退化 研究基于小鼠模型,结果在人类患者中的适用性尚需验证,且未详细探讨巨噬细胞保护作用的具体分子机制 研究肥胖前驱糖尿病条件下周围神经病变的发病机制及免疫细胞的作用 高脂高果糖饮食诱导的肥胖前驱糖尿病小鼠模型 NA 周围神经病变 单细胞测序 NA 基因表达数据 NA NA single-cell RNA-seq NA NA
40 2026-04-06
Creatine promotes endometriosis progression by inducing M2 polarization of peritoneal macrophages
2025-03-01, Reproduction (Cambridge, England)
研究论文 本研究揭示了肌酸通过诱导腹膜巨噬细胞M2极化,促进子宫内膜异位症的血管生成、纤维化和病变进展 首次发现肌酸在子宫内膜异位症中通过重编程巨噬细胞M2极化发挥关键免疫调节作用 研究主要基于体外实验和单细胞测序数据分析,缺乏体内模型的直接验证 探讨肌酸在子宫内膜异位症发病机制中的作用 子宫内膜异位症患者的腹膜巨噬细胞、子宫内膜基质细胞和HUVECs 单细胞测序 子宫内膜异位症 单细胞RNA测序, RNA测序 NA 单细胞测序数据, RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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