单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-07	Divergent plastid genomes in the deepest-branching apicomplexan parasites 2025-Jun-06, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf117 PMID:40476362	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，对四种已知的原始gregarine谱系的质体基因组进行了表征，填补了顶复门寄生虫质体基因组多样性的关键空白	首次对原始gregarine谱系的质体基因组进行了表征，揭示了其与其他顶复门质体基因组的差异	研究仅针对四种已知的原始gregarine谱系，可能无法完全代表所有深部分支顶复门寄生虫的质体基因组多样性	理解顶复门寄生虫质体（apicoplast）的复杂进化历史	四种已知的原始gregarine谱系的质体基因组	寄生虫学	寄生虫感染	单细胞测序	NA	基因组数据	四种原始gregarine谱系的未培养代表样本
22	2025-06-07	A Dual Approach with Organoid and CRISPR Screening Reveals ERCC6 as a Determinant of Cisplatin Resistance in Osteosarcoma 2025-Jun-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500632 PMID:40476445	研究论文	该研究通过建立患者来源的骨肉瘤类器官模型和CRISPR筛选，揭示了ERCC6在骨肉瘤顺铂耐药性中的关键作用	首次结合患者来源的骨肉瘤类器官模型和CRISPR筛选技术鉴定ERCC6为顺铂耐药性的关键调控因子	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探究骨肉瘤对顺铂产生耐药性的分子机制	骨肉瘤患者来源的类器官模型和骨肉瘤细胞系	癌症研究	骨肉瘤	单细胞RNA测序、批量RNA测序、CRISPR筛选	类器官模型	RNA测序数据、组织病理学数据	患者来源的骨肉瘤类器官模型和骨肉瘤细胞系
23	2025-06-07	Mapping the immune cells of the testis: Key insights into sexual maturation 2025-Jun-06, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70077 PMID:40478222	研究论文	通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术，系统描绘了性成熟前后小鼠睾丸免疫细胞图谱和发育轨迹	发现了睾丸中罕见但功能重要的B淋巴细胞群体，揭示了髓系细胞的发育可塑性，并阐明了成熟过程中间质细胞与免疫细胞之间的信号轴	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	系统性描绘性成熟前后睾丸白细胞图谱和发育轨迹	小鼠睾丸免疫细胞	生殖免疫学	NA	scRNA-seq, CyTOF, MACS	NA	单细胞转录组数据	8周龄(性成熟后)和2周龄(性成熟前)小鼠睾丸样本
24	2025-06-07	High-throughput differentiation of human blood vessel organoids reveals overlapping and distinct functions of the cerebral cavernous malformation proteins 2025-Jun-06, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-09985-5 PMID:40478324	研究论文	通过高通量分化人类血管类器官，揭示了脑海绵状血管畸形蛋白的共同和独特功能	结合高通量血管类器官分化、单细胞RNA测序和高内涵成像技术，揭示了CCM蛋白在神经、间充质和内皮细胞群体中的特异性基因表达模式	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内复杂环境	探究CCM1、CCM2和CCM3基因突变导致不同临床表型的分子机制	人类诱导多能干细胞分化的血管类器官	生物医学研究	脑海绵状血管畸形	高通量类器官分化、单细胞RNA测序、高内涵成像	类器官模型	基因表达数据、图像数据	使用96孔板格式进行高通量实验
25	2025-06-07	Between Cluster Analysis: Supervised Dimensionality Reduction for Trajectory Inference 2025-Jun-05, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf306 PMID:40471707	研究论文	提出了一种名为BCA的监督线性降维技术，用于优化单细胞RNA测序数据的轨迹推断	BCA利用细胞簇标签作为先验信息，计算最大化簇间方差的嵌入，相比其他降维方法（如LDA）能更好地改进轨迹推断	现有常用评估指标仅评估细胞类型的排序，而忽略了中间细胞状态的识别或排序	优化单细胞RNA测序数据的降维和轨迹推断	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	BCA, LDA	基因表达数据	模拟数据和真实数据
26	2025-06-07	Multi-omic spatial profiling reveals the unique SARS-CoV-2 lung microenvironment and collagen VI as a predictive biomarker in severe COVID-19 2025-Jun-05, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01699-2023 PMID:40473310	研究论文	通过多组学空间分析揭示了SARS-CoV-2肺部微环境的独特性，并发现胶原VI可作为严重COVID-19的预测生物标志物	首次使用多组学方法综合分析了COVID-19肺部组织的病毒分布、免疫组成和细胞外基质，揭示了胶原VI在疾病早期的作用及其作为预后标志物的潜力	研究样本主要来自尸检组织，可能无法完全反映活体患者的动态变化过程	理解COVID-19肺部微环境相互作用和细胞外基质的致病作用	尸检福尔马林固定石蜡包埋的COVID-19肺组织及非呼吸系统死亡对照肺组织	数字病理学	COVID-19	Quantseq Bulk RNA测序、Nanostring GeoMX空间转录组学、RNAscope、多重免疫荧光、免疫组化、ELISA	NA	组织样本、血清样本	215例COVID-19患者血清样本和54例健康志愿者对照
27	2025-06-07	CagA-dependent Hobit+ gastric tissue-resident memory T cells confer full protection from Helicobacter pylori reinfection 2025-Jun-05, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-334781 PMID:40473399	research paper	研究探讨了胃组织中Hobit+组织驻留记忆T细胞（TRM）在幽门螺杆菌再感染中的保护作用	首次揭示了Hobit转录因子在胃TRM细胞诱导和发育中的关键作用，并证实这些细胞依赖幽门螺杆菌毒力因子CagA的存在	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探究幽门螺杆菌初次和二次感染期间胃TRM细胞的诱导、发育和功能	小鼠和人类的胃H. pylori特异性TRM细胞	免疫学	幽门螺杆菌感染	流式细胞术、免疫组织化学、免疫荧光、ChipCytometry染色和单细胞RNA测序	NA	细胞表型数据和转录组数据	NA（未明确提及具体样本数量）
28	2025-06-07	Muscle stem cells in Duchenne muscular dystrophy exhibit molecular impairments and altered cell fate trajectories impacting regenerative capacity 2025-Jun-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07755-1 PMID:40473604	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了杜氏肌营养不良症（DMD）中卫星细胞的分子损伤和细胞命运轨迹改变，及其对再生能力的影响	首次使用单细胞RNA测序技术比较了不同DMD小鼠模型中卫星细胞的转录组和细胞组成，发现了DMD卫星细胞特有的基因表达失调和细胞命运轨迹异常	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类DMD患者中验证	探究DMD中卫星细胞功能障碍的分子机制及其对肌肉再生的影响	杜氏肌营养不良症（DMD）小鼠模型中的卫星细胞	分子生物学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	两种DMD小鼠模型（mdx和D2-mdx）的卫星细胞
29	2025-06-07	Machine learning and multi-omics analysis reveal key regulators of proneural-mesenchymal transition in glioblastoma 2025-Jun-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04862-z PMID:40473799	research paper	该研究通过机器学习和多组学分析揭示了胶质母细胞瘤中前神经-间质转化的关键调控因子	识别了17个与PMT相关的关键基因，并发现这些基因主要在免疫细胞和血管中表达，为胶质母细胞瘤的治疗提供了新证据和靶点	PMT的细胞和分子机制仍不完全清楚	探究胶质母细胞瘤前神经-间质转化(PMT)的调控机制	胶质母细胞瘤(GBM)及其前神经和间质亚型	machine learning	glioblastoma	multi-omics analysis, transcriptome analysis, proteomics, single-cell transcriptome analysis	Lasso, Cox, Step machine learning algorithms	transcriptome data, proteomic data, single-cell data	GBM transcriptome datasets, patient tissues, different cell subsets
30	2025-06-07	Multi-omics analyses reveal interactions between GREM1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in gastric cancer 2025-Jun-05, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00967-w PMID:40473882	research paper	该研究通过多组学分析揭示了胃癌中GREM1+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用及其在肿瘤微环境中的作用	整合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学技术，首次揭示了GREM1+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞在胃癌中的互作关系及其临床意义	研究主要基于转录组数据，缺乏对具体分子机制的功能验证	探究胃癌微环境中细胞间相互作用的特征及其治疗潜力	胃癌组织中的GREM1+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞	digital pathology	gastric cancer	bulk RNA-seq, scRNA-seq, spatial transcriptomics, 多重免疫组化染色	NA	RNA-seq数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像	12个独立胃癌数据集
31	2025-06-07	Cathepsin C correlates with M2 macrophage infiltration and regulates the tumor growth and metastasis in non-small cell lung cancer 2025-Jun-05, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14341-3 PMID:40474091	research paper	该研究探讨了组织蛋白酶C（CTSC）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的作用及其与M2巨噬细胞浸润的关系	首次系统分析了CTSC在NSCLC中的表达及其与患者生存率的关系，并揭示了CTSC通过调节M2巨噬细胞浸润促进肿瘤生长和转移的机制	研究主要基于体外和动物实验，临床样本验证的规模有限	探究CTSC在NSCLC中的功能及其调控肿瘤进展和转移的分子机制	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞系、临床组织样本和动物模型	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、免疫组织化学	NA	基因表达数据、临床病理数据	临床NSCLC队列（具体数量未明确说明）及体外细胞系和动物模型
32	2025-06-07	Dissecting the tumor microenvironment in primary breast angiosarcoma: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun-05, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-02022-9 PMID:40474296	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析原发性乳腺血管肉瘤的肿瘤微环境，揭示其细胞异质性和潜在治疗靶点	首次使用单细胞RNA测序技术对原发性乳腺血管肉瘤的肿瘤微环境进行全面解析，发现了与疾病进展和免疫逃逸相关的关键信号通路和细胞间通讯网络	样本量较小（仅3例患者），可能影响结果的广泛适用性	阐明原发性乳腺血管肉瘤的肿瘤微环境特征，寻找潜在治疗靶点	原发性乳腺血管肉瘤和浸润性乳腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	3例患者（1例双侧原发性乳腺血管肉瘤，2例浸润性乳腺癌）共31,771个细胞
33	2025-06-07	Olaparib and Radiotherapy Induce Type I Interferon- and CD8+ T Cell-Dependent Sensitization to Immunotherapy in Pancreatic Cancer 2025-Jun-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0210 PMID:39688341	研究论文	研究PARP抑制剂olaparib联合放疗如何通过增强I型干扰素介导的抗肿瘤免疫反应，使胰腺癌对免疫治疗敏感	首次发现olaparib能增强放疗诱导的I型干扰素产生，并通过CD8+ T细胞依赖性机制使胰腺癌对αPD-L1免疫治疗敏感	研究主要基于免疫健全模型，临床转化效果需进一步验证	探索PARP抑制剂联合放疗增强胰腺癌免疫治疗敏感性的机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化(IHC)、流式细胞术	免疫健全模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	未明确提及具体样本量，使用免疫健全小鼠模型
34	2025-06-07	The high efficacy of claudin18.2-targeted CAR-T cell therapy in advanced pancreatic cancer with an antibody-dependent safety strategy 2025-Jun-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.012 PMID:39797399	研究论文	本研究报道了使用表达tEGFR的claudin18.2靶向CAR-T细胞治疗3例晚期胰腺癌患者的高效性及抗体依赖性安全策略的可行性	首次展示了claudin18.2靶向CAR-T细胞在胰腺癌中的强效抗肿瘤活性，并创新性地采用抗体依赖性安全开关策略控制CAR-T细胞的脱靶毒性	研究样本量较小（仅3例患者），且观察到CAR-T细胞对正常胃黏膜的脱靶毒性	评估claudin18.2靶向CAR-T细胞治疗晚期胰腺癌的疗效和安全性	晚期胰腺癌患者	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	CAR-T细胞疗法、单细胞转录组测序、T细胞受体测序	CAR-T细胞	临床数据、测序数据	3例晚期胰腺癌患者
35	2025-06-07	Activity-dependent development of the body's touch receptors 2025-Jun-04, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.04.015 PMID:40381613	研究论文	本文报道了神经元活动在触觉感受器发育中的作用	揭示了机械刺激引发的神经元活动在生命早期对触觉感受器成熟的影响	仅关注了Piezo2和Na1.6通道的作用，可能还有其他因素未被研究	探索神经元活动在触觉感受器发育中的作用机制	初级感觉神经元和机械感受器终末器官	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Piezo2突变体小鼠的神经元
36	2025-06-07	Therapeutic potential of tumor-associated neutrophils: dual role and phenotypic plasticity 2025-Jun-04, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02242-7 PMID:40461514	综述	本文总结了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在肿瘤微环境中的双重作用及其表型可塑性，探讨了其抗肿瘤和促肿瘤效应的分子机制及潜在治疗应用	通过单细胞RNA测序分析揭示了TANs在不同类型肿瘤中的起源和亚型，并探讨了TANs与免疫抑制或免疫刺激TME的相互作用及TGF-β等信号通路在TAN表型转换中的作用	NA	探讨肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在肿瘤微环境中的双重作用及其潜在治疗应用	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）及其与肿瘤微环境（TME）的相互作用	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
37	2025-06-07	Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2025-Jun-03, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1366 PMID:39704522	research paper	该研究通过整合高plex成像和空间转录组学技术，分析了人类高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）发展不同阶段的组织样本，揭示了从癌前病变到癌症的分子变化	揭示了输卵管前体病变中免疫调节机制及肿瘤微环境的渐进性变化，为HGSOC的早期干预提供了潜在生物标志物和治疗靶点	NA	阐明高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）从癌前病变到癌症发展过程中的分子变化	人类输卵管组织样本（包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌（STIC）和侵袭性HGSOC）	digital pathology	ovarian cancer	high-plex imaging, spatial transcriptomics	NA	image, transcriptomic data	人类组织样本（具体数量未提及）
38	2025-06-07	SMURF2 Facilitates GAP17 Isoform 1 Membrane Displacement to Promote Mutant p53-KRAS Oncogenic Synergy 2025-Jun-03, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0701 PMID:39976545	研究论文	本文研究了SMURF2如何通过促进GAP17异构体1的膜位移来增强突变p53和KRAS的致癌协同作用	揭示了SMURF2通过PPLP基序与GAP17-1相互作用并促使其从膜上位移的机制，从而促进突变p53介导的KRAS过度激活	PPLP基序影响GAP17-1错误定位的具体机制尚未完全阐明	探究突变p53和KRAS之间的协同致癌机制	胰腺癌细胞系、小鼠模型及临床样本	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、组织微阵列	NA	基因表达数据、临床数据	多种胰腺癌小鼠模型及临床样本
39	2025-06-07	Identify the co-expressed genes of hypertensive nephropathy and diabetic nephropathy 2025-Jun-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04679-w PMID:40461634	research paper	本研究探讨了高血压肾病（HN）和糖尿病肾病（DN）在分子和病理机制上的复杂联系	发现了42个共享的差异表达基因（DEGs），并通过PPI网络分析确定了8个核心基因，同时识别了5个重要的microRNAs、6个关键转录因子（TFs）、11种药物化学物质、7种相关疾病和10个重要的RNA结合蛋白（RBPs），为HN和DN的联合诊断和治疗提供了新的治疗靶点	研究依赖于GEO数据库的样本，可能受到数据来源的限制	研究高血压肾病和糖尿病肾病在分子和病理机制上的联系	高血压肾病（HN）和糖尿病肾病（DN）	生物信息学	肾病	差异分析、GO/KEGG和GSEA分析、PPI网络分析、单细胞测序分析、分子对接模拟	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE37460、GSE142153（训练集）和GSE37455、GSE30529（验证集）
40	2025-06-07	Spatiotemporal and single-cell atlases to dissect regional specific cell types of the developing ovary 2025-Jun-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08277-4 PMID:40461746	研究论文	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，构建了从胎儿期到成年期卵巢的时空发育图谱，揭示了卵巢发育过程中的细胞异质性和分子多样性	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，构建了卵巢发育的时空图谱，并发现了Onecut2阳性黄体细胞的特异性空间分布及其来源	研究主要关注卵巢发育的细胞和分子层面，可能未涵盖所有生理或病理条件下的卵巢发育过程	解析卵巢发育过程中的区域特异性细胞类型及其分子机制	从胎儿期到成年期的卵巢组织	生物信息学	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从胎儿期到成年期的多个卵巢样本