单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-29	HiDDEN: a machine learning method for detection of disease-relevant populations in case-control single-cell transcriptomics data 2024-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53666-8 PMID:39487129	研究论文	提出了一种名为HiDDEN的机器学习方法，用于在病例对照单细胞转录组数据中检测与疾病相关的细胞群体	HiDDEN方法能够精确地反映每个细胞的扰动状态，解决了传统方法在受影响细胞子集较小或扰动强度较弱时无法准确识别的问题	论文未明确提及具体局限性	开发一种计算方法，用于在单细胞RNA-seq研究中准确识别受疾病影响的细胞子集及其标记物	病例对照单细胞转录组数据	机器学习	多发性骨髓瘤前体条件、脱髓鞘疾病	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	模拟数据集、人类多发性骨髓瘤前体条件数据集、小鼠脱髓鞘模型数据集
22	2025-05-29	A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	scGAMF框架首次将深度特征嵌入和核空间分析统一到一个框架中，通过多级核空间融合策略充分挖掘细胞间的深层潜在关系	未明确说明方法在超大规模数据集上的计算效率问题	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自动编码器(GAEs)	基因表达数据	未明确说明具体样本量，仅提到在真实数据集上进行了广泛验证
23	2025-05-29	Prostaglandin E2-EP2/EP4 signaling induces immunosuppression in human cancer by impairing bioenergetics and ribosome biogenesis in immune cells 2024-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53706-3 PMID:39487111	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了前列腺素E2（PGE2）通过EP2/EP4信号通路在人类肿瘤微环境中诱导免疫抑制的机制	揭示了PGE2-EP2/EP4信号通过下调c-Myc和PGC-1，进而影响氧化磷酸化、糖酵解和核糖体蛋白合成，从而损害免疫细胞的功能和抗肿瘤活性的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的直接证据有限	探究前列腺素E2在肿瘤微环境中的免疫抑制作用及其分子机制	肿瘤浸润的免疫细胞（包括CD8 T细胞和巨噬细胞）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类癌症样本和雌性小鼠的同基因肿瘤模型
24	2025-05-29	Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170 PMID:39255084	研究论文	提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据	引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息特征，通过添加不同噪声促进图结构信息和分布不确定性的传播	NA	更好地分析高维度、高稀疏性的单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	变分图自编码器(MSVGAE), 图注意力网络	基因表达数据	24个模拟数据集和8个真实数据集
25	2025-05-28	Synergistic effects of mTOR inhibitors with VEGFR3 inhibitors on the interaction between TSC2-mutated cells and lymphatic endothelial cells 2025-Jun, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2760-4 PMID:39862344	research paper	本研究探讨了mTOR抑制剂与VEGFR3抑制剂对TSC2突变细胞与淋巴管内皮细胞之间相互作用的协同效应	发现雷帕霉素与VEGFR3抑制剂的联合使用不仅增强了雷帕霉素的效果，还抑制了淋巴管相关表现，为LAM及其他TSC2突变疾病的治疗提供了新策略	研究仅通过体外实验和小鼠异种移植模型验证，尚未进行临床试验	探索LAM细胞与淋巴管内皮细胞的相互作用及雷帕霉素对此的影响，以寻找LAM治疗的新靶点	TSC2缺失细胞与淋巴管内皮细胞（LECs）	肿瘤学	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）	单细胞测序、异种移植模型	NA	细胞培养数据、测序数据	NA
26	2025-05-28	Mechanistic insights into Hippo-YAP pathway activation for enhanced DFU healing 2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.01067.2024 PMID:40261295	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，全面探讨了TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在调节巨噬细胞M2极化及其在糖尿病足溃疡(DFU)伤口愈合中的关键作用	揭示了TFAP2A在DFU中的新型免疫调节作用，并提供了治疗慢性糖尿病伤口的有前景的靶点	NA	探讨TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在糖尿病足溃疡愈合中的作用机制	巨噬细胞M2极化及其在糖尿病足溃疡(DFU)伤口愈合中的作用	生物医学研究	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
27	2025-05-28	Pathway Enrichment-Based Unsupervised Learning Identifies Novel Subtypes of Cancer-Associated Fibroblasts in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00705-7 PMID:40272703	研究论文	提出了一种基于通路富集的无监督学习方法scPathClus，用于识别胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的新亚型	开发了scPathClus方法，通过通路富集矩阵和潜在特征矩阵克服单细胞RNA测序数据中基因表达丢失的问题，并发现了两种新的CAF亚型	方法的应用仅限于胰腺导管腺癌的scRNA-seq数据，未在其他癌症类型中验证	开发一种新的单细胞聚类方法，以更准确地识别癌症相关成纤维细胞的亚型	胰腺导管腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组分析, 伪时间分析	无监督学习, 社区检测	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了多个PDAC scRNA-seq数据集
28	2025-05-28	Single-cell transcriptomic analysis reveals alterations to cellular dynamics and paracrine signaling in radiation-induced muscle pathology 2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00115.2025 PMID:40316295	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了辐射诱导肌肉病理中的细胞动态变化和旁分泌信号改变	首次使用scRNA-seq技术描述了辐射暴露后骨骼肌微环境中的转录变化，揭示了FAPs的纤维化和衰老转录组特征	研究仅基于小鼠模型，未在人体中进行验证	探究辐射治疗引起的骨骼肌萎缩和纤维化的潜在机制	小鼠辐射模型中的肌肉干细胞和纤维脂肪祖细胞	单细胞转录组学	肌肉萎缩和纤维化	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	辐射后24小时和56天的小鼠肌肉组织样本
29	2025-05-28	Stromal heterogeneity in the adult lung delineated by single-cell genomics 2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00285.2025 PMID:40353369	review	本文综述了通过单细胞RNA测序研究揭示的肺基质细胞异质性，并强调了各细胞群的功能特性和位置	利用单细胞RNA测序技术揭示了肺基质细胞的异质性及其在空间分布上的独特性	NA	探讨肺基质细胞的异质性及其功能特性	肺基质细胞	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
30	2025-05-28	Super-resolution imaging informed scRNA sequencing analysis reveals the critical role of GDF15 in rejuvenating aged hematopoietic stem cells 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000236 PMID:40416726	研究论文	本文通过超分辨率成像和单细胞RNA测序分析，揭示了GDF15在衰老造血干细胞再生中的关键作用	结合超分辨率显微镜和单细胞RNA测序技术，首次揭示了GDF15在调节线粒体信号和形态以影响造血干细胞命运中的新作用	研究样本量相对较小，仅涉及约200个年轻和年老小鼠的造血干细胞	探索造血干细胞衰老过程中线粒体形态变化的分子和细胞机制	年轻和年老小鼠的造血干细胞	数字病理学	老年病	超分辨率显微镜、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA序列数据	约200个年轻和年老小鼠的造血干细胞
31	2025-05-28	Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions 2025-May-27, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00161-25 PMID:40237528	review	本文探讨了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性，及其对治疗的挑战和临床意义	提出了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性作为治疗失败的新机制，并探讨了其潜在的临床影响	这些机制的临床意义尚不明确，且相关数据有限，缺乏与治疗失败的明确关联	理解耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其对治疗的影响	耳念珠菌及其对棘白菌素的耐药性	微生物学	真菌感染	空间转录组学	NA	NA	NA
32	2025-05-28	Chaperonin containing TCP1 subunit 5 as a novel pan-cancer prognostic biomarker for tumor stemness and immunotherapy response: insights from multi-omics data, integrated machine learning, and experimental validation 2025-May-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04071-7 PMID:40423850	研究论文	本研究通过多组学数据、集成机器学习和实验验证，揭示了CCT5在泛癌中的预后生物标志物作用及其与肿瘤干细胞性和免疫治疗反应的关系	首次全面分析了CCT5在33种癌症类型中的表达模式、预后相关性及其与肿瘤干细胞性和免疫微环境的关系，并开发了一个基于CCT5的机器学习模型（CCT5.Sig）用于预测免疫检查点阻断治疗反应	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分可能不足	探究CCT5在泛癌进展中的全面作用、潜在生物学功能及其作为免疫治疗反应预测因子的潜力	33种癌症类型的肿瘤组织	生物信息学	泛癌	多组学分析（包括bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学数据）	机器学习模型（CCT5.Sig）	多组学数据	23个免疫检查点阻断队列（n=1394），涵盖8种癌症类型
33	2025-05-28	Efficacy, safety and exploratory analysis of neoadjuvant tislelizumab (a PD-1 inhibitor) plus nab-paclitaxel followed by epirubicin/cyclophosphamide for triple-negative breast cancer: a phase 2 TREND trial 2025-May-26, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02254-3 PMID:40414961	研究论文	评估tislelizumab联合nab-paclitaxel和表柔比星/环磷酰胺作为三阴性乳腺癌新辅助治疗的有效性和安全性	首次评估tislelizumab联合化疗作为TNBC新辅助治疗的临床活性和耐受性，并探索免疫治疗反应的预测模型	单臂II期试验，样本量较小（53例患者），缺乏对照组	确定三阴性乳腺癌患者从新辅助免疫治疗中获益的最佳化疗方案和特定人群	三阴性乳腺癌患者	肿瘤学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, TCR-seq, cyTOF, WES	预测免疫治疗反应的模型	临床数据、基因组数据	53例患者，其中44例完成新辅助治疗
34	2025-05-28	Author Correction: Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation 2025-May-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08195-5 PMID:40419725	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
35	2025-05-28	Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions 2025-May-26, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00964-9 PMID:40419763	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多重空间成像技术，分析了11例ETMR患者的样本，揭示了ETMR的细胞层次结构和致癌机制	揭示了C19MC在干细胞样细胞中的主要表达及其对干细胞性和谱系承诺的转录网络的控制，同时发现了成纤维细胞生长因子受体和Notch信号作为致癌通路的新靶点	样本量较小（11例ETMR患者样本），可能影响结果的普遍性	研究ETMR的细胞层次结构和致癌机制，为更有效的靶向治疗提供理论基础	ETMR（多层玫瑰花结胚胎性肿瘤）患者的肿瘤样本	数字病理学	儿科脑肿瘤	单细胞转录组学、多重空间成像	NA	转录组数据、图像数据	11例ETMR患者样本
36	2025-05-28	Exploiting the endothelial-immune axis to improve radiotherapy efficacy 2025-May-26, The British journal of radiology DOI:10.1093/bjr/tqaf114 PMID:40419861	review	本文探讨了内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响	提出通过靶向内皮细胞来调节免疫反应，以提高放疗的治疗增益	需要更多体内实验数据来验证内皮细胞在放疗中的具体作用机制	研究内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响	内皮细胞、免疫细胞、肿瘤组织和正常组织	肿瘤学	肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	动物模型和人类患者样本
37	2025-05-28	Fibroblast reprogramming in the dura mater of NTG-induced migraine-related chronic hypersensitivity model drives monocyte infiltration via Angptl1-dependent stromal signaling 2025-May-26, The journal of headache and pain IF:7.3Q1 DOI:10.1186/s10194-025-02058-4 PMID:40419944	research paper	该研究揭示了NTG通过重编程脑膜成纤维细胞，扩增促炎性成纤维细胞亚型，通过TNF-α/NF-κB信号和Angptl1介导的单核细胞互作驱动偏头痛相关慢性超敏反应	发现了NTG诱导的脑膜成纤维细胞重编程及其通过Angptl1介导的基质-免疫细胞互作在偏头痛慢性化中的作用，并确定了Mafk-Angptl1轴作为潜在治疗靶点	需要进一步的人类验证	探究脑膜基质-免疫细胞互作在偏头痛慢性化中的作用机制	NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型中的脑膜组织	神经科学	偏头痛	scRNA-seq, GWAS整合分析, 细胞互作网络分析, 转录调控分析	NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及Vehicle组和NTG组的比较
38	2025-05-28	Revealing a novel Decorin-expressing tumor stromal subset in hepatocellular carcinoma via integrative analysis single-cell RNA sequencing 2025-May-26, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03811-0 PMID:40420150	研究论文	通过整合分析单细胞RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中一种新的表达Decorin的肿瘤基质亚群	首次在肝细胞癌中发现并描述了一种独特的表达Decorin及其相关硫酸软骨素合成酶的肿瘤基质亚群，并验证了其作为预后标志物的潜力	研究主要基于RNA测序数据，需要进一步的体内实验验证Decorin在肿瘤微环境中的具体作用机制	探索Decorin在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及其治疗潜力	肝细胞癌组织及肿瘤微环境中的基质细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、Western blot分析	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但包含肿瘤组织和癌旁组织的测序数据
39	2025-05-28	Targeting of the IL-33/Wnt axis restricts breast cancer stemness and metastasis 2025-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03260-9 PMID:40414980	research paper	该研究探讨了IL-33/Wnt轴在乳腺癌干性和转移中的作用，并提出了AAV介导的ST2沉默作为一种新的治疗策略	发现了IL-33通过Wnt/β-catenin信号通路促进乳腺癌干性的新机制，并提出了AAV介导的ST2沉默作为治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	研究IL-33/Wnt轴在乳腺癌干性和转移中的作用	乳腺癌细胞（4T1和MDA-MB-231）和小鼠模型（orthotopic 4T1和自发MMTV-PyMT）	癌症研究	乳腺癌	CRISPR/Cas9、单细胞RNA测序、AAV介导的基因沉默	小鼠模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	小鼠模型和乳腺癌细胞系
40	2025-05-28	The antioxidant stress effect of granulin precursor in vitiligo 2025-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03486-7 PMID:40415096	research paper	该研究探讨了granulin前体在白癜风中的抗氧化应激作用及其机制	首次发现granulin-sortilin 1配体-受体在白癜风病变中显著下调，并证实其通过激活细胞内抗氧化系统来抵抗黑色素细胞死亡	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证	探究细胞间信号传递对白癜风皮肤微环境稳态的影响	白癜风患者的黑色素细胞和皮肤细胞	皮肤病学	白癜风	单细胞测序和微阵列数据	NA	基因表达数据	NA