单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-13	Humanized mouse model reveals T cell ANXA2 as a potential therapeutic target in ischemic stroke 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112302 PMID:40641552	研究论文	本研究通过建立人源化小鼠模型，探索了缺血性中风后T细胞的分子机制，并识别了潜在的治疗靶点ANXA2	首次使用人源化小鼠模型研究中风后T细胞变化，并发现ANXA2作为潜在治疗靶点	研究结果尚未在人体临床试验中得到验证	探索缺血性中风后T细胞的分子机制并寻找潜在治疗靶点	人源化小鼠模型和人类缺血性脑组织及外周血	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	人源化小鼠模型	基因表达数据	人源化小鼠模型和人类组织样本
22	2025-07-13	Integrative single-cell transcriptomics of sheep ovarian development reveals dynamic transcriptional programs relevant to reproductive traits 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112422 PMID:40641558	研究论文	该研究通过整合单细胞转录组学技术，揭示了绵羊卵巢发育过程中的动态转录程序及其与生殖特性的相关性	首次在绵羊卵巢发育的关键阶段（产前、青春期前、青春期后和成年期）进行了单细胞转录组分析，并识别了九种主要细胞类型及其动态基因表达模式	研究仅基于转录组数据，未进行功能验证实验	探索绵羊卵巢发育的转录动态及其与人类生殖生物学和疾病的相关性	绵羊卵巢组织	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	61,649个单细胞转录组，覆盖产前（E90）、青春期前（M3）、青春期后（M6）和成年期（Y2, Y4）四个关键发育阶段
23	2025-07-13	Rational therapeutic targeting of myeloid cells in glioblastoma: challenges and perspectives 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1472710 PMID:40642066	review	本文综述了胶质母细胞瘤（GB）中髓系细胞的异质性和可塑性，并讨论了靶向治疗GB相关巨噬细胞（GAMs）的前景与挑战	通过多组学、单细胞转录组学和多模态空间分析揭示了GB中髓系细胞的多样性及其在肿瘤微环境（TME）中的作用	综述性文章未涉及具体实验数据，主要基于现有研究的总结和讨论	探讨GB中髓系细胞的异质性及其在治疗中的潜在靶点	胶质母细胞瘤（GB）及其肿瘤微环境中的髓系细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	多组学、单细胞转录组学、多模态空间分析	NA	NA	NA
24	2025-07-13	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics to identify the lactylation-related protein TUBB2A as a potential biomarker for glioblastoma in cancer cells by machine learning 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1601533 PMID:40642071	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，结合机器学习方法，鉴定出与乳酰化相关的蛋白质TUBB2A作为胶质母细胞瘤的潜在生物标志物	创新性地展示了胶质母细胞瘤中乳酰化水平的显著升高，并验证了其作为独立预后因素的价值，同时建立了与乳酰化相关的预后基因模型	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探究乳酰化在胶质母细胞瘤中的作用及其作为生物标志物的潜力	胶质母细胞瘤细胞和组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、机器学习	AUCell、UCell、IQR方法	RNA-seq数据、空间转录组数据	人类胶质母细胞瘤样本
25	2025-07-13	Enhancing fibroblast-epithelial cell communications: Serpine2 as a key molecule in Fusobacterium nucleatum-promoted colon cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1563922 PMID:40642075	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）技术，揭示了Fusobacterium nucleatum（Fn）通过增强成纤维细胞-上皮细胞间通讯促进结肠癌进展的分子机制，并鉴定出Serpine2作为关键分子	首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术系统解析Fn促结肠癌机制，发现Serpine2作为Fn介导的癌症转移新标志物	未阐明Serpine2下游具体作用通路，动物模型验证不足	揭示Fn促进结肠癌进展的分子机制	结肠癌组织样本、Fn细菌、成纤维细胞和上皮细胞	肿瘤微环境研究	结肠癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习算法	三种机器学习算法（未指定具体模型）	RNA测序数据、临床组织样本数据	临床组织样本及外部数据集（未提具体数量），体外共培养实验
26	2025-07-13	Amplification of select autonomous HERV loci and surrounding host gene transcription in monocytes from patients with post-acute sequelae of COVID-19 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1621657 PMID:40642078	研究论文	研究COVID-19后急性后遗症患者单核细胞中选择性自主HERV位点及其周围宿主基因转录的扩增	开发了基于窗口的HERV比对方法（WHA），并首次在PASC患者单核细胞中鉴定出共扩增的HERV位点和邻近宿主基因转录本	样本量较小（12名PASC患者），且仅分析了单核细胞中的HERV表达模式	探索COVID-19后急性后遗症（PASC）患者单核细胞中HERV的激活模式及其与宿主基因转录的关系	COVID-19后急性后遗症患者、流感患者、登革热患者和败血症患者的单核细胞	基因组学	COVID-19后急性后遗症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基于窗口的HERV比对方法（WHA）	NA	RNA测序数据	31名正常个体、12名PASC患者及多项研究中COVID-19、流感、登革热和败血症患者的数据
27	2025-07-13	Multi-omics analysis reveals the role of ribosome biogenesis in malignant clear cell renal cell carcinoma and the development of a machine learning-based prognostic model 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602898 PMID:40642093	研究论文	通过多组学分析揭示了核糖体生物发生在恶性透明细胞肾细胞癌中的作用，并开发了一种基于机器学习的预后模型	首次整合了bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组测序数据，揭示了核糖体生物发生在ccRCC中的关键作用，并开发了一个基于118种机器学习算法组合的预后模型	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证，且模型的实际临床应用效果有待进一步评估	阐明核糖体生物发生在ccRCC发病机制和预后中的作用，并开发预后模型	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)	数字病理学	肾癌	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, qRT-PCR	机器学习	RNA测序数据	内部和外部验证队列(具体数量未明确说明)
28	2025-07-12	Deciphering distinct pathogenic mechanisms of ankylosing spondylitis and systemic sclerosis via shared biomarkers ZSWIM6 and CCL3L3: Insights from an integrative bioinformatics approach 2025-12, Autoimmunity IF:3.3Q3 DOI:10.1080/08916934.2024.2445557 PMID:39727004	研究论文	通过共享生物标志物ZSWIM6和CCL3L3，揭示强直性脊柱炎和系统性硬化症的不同致病机制	利用整合生物信息学方法识别ZSWIM6和CCL3L3作为强直性脊柱炎和系统性硬化症的潜在生物标志物，并探索其与特定免疫细胞类型的关联	研究主要基于RNA-seq数据，未进行实验验证	探索强直性脊柱炎和系统性硬化症的不同炎症致病机制，以提供新的治疗见解	强直性脊柱炎和系统性硬化症患者的外周血单核细胞和骨髓血样本	生物信息学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, CIBERSORT, GSEA	SVM	RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据	GSE73754和GSE19617数据集中的PBMCs样本，以及GSE194315数据集中的单细胞RNA测序数据
29	2025-07-12	Mature tertiary lymphoid structures linked to HPV status and anti-PD-1 based chemoimmunotherapy response in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2528109 PMID:40621740	研究论文	该研究探讨了成熟三级淋巴结构（TLSs）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中对基于抗PD-1的化学免疫治疗反应的关联及其与HPV状态的关系	首次揭示了TLS成熟度与HPV状态及抗PD-1化学免疫治疗反应的相关性，并通过单细胞和空间转录组学分析了TLS的组成差异	研究主要基于TCGA-HNSC转录组数据和病理切片，可能受限于样本量和数据来源的多样性	探索TLSs在HNSCC中对化学免疫治疗反应的影响及其与HPV状态的关联	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、多光谱免疫组化、流式细胞术、ELISA	NA	转录组数据、病理切片图像	TCGA-HNSC数据集中的样本及病理切片
30	2025-07-12	PerturbSeq.db: An Integrated Repository for Comprehensive Analysis of Single-cell Perturbation Data 2025-Sep-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169209 PMID:40381983	研究论文	介绍了一个名为PerturbSeq.db的综合数据库，用于整合和分析单细胞扰动数据	开发了一个统一的数据库和交互式界面，整合了多种来源的单细胞扰动数据，提高了数据的可访问性和可比性	未提及具体的技术或数据分析方法的局限性	解决单细胞扰动研究中的数据可访问性和整合问题	单细胞扰动数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	189个数据集，来自77项研究，包括165个scRNA-seq和24个scATAC-seq数据集，涵盖约50种不同的细胞系或组织
31	2025-07-12	Reference Vector-guided Evolutionary Algorithm for cluster analysis of single-cell transcriptomes 2025-Sep, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108873 PMID:40499345	研究论文	本文提出了一种基于参考向量引导的进化算法RVEA-CAST，用于单细胞转录组数据的聚类分析	将单细胞转录组数据聚类问题转化为多目标优化问题，并设计了三个问题感知的变异算子来优化聚类偏差、聚类紧凑性和Davies-Bouldin指数	仅评估了十个真实的scRNA-seq数据集，可能在其他数据集上的泛化性有待验证	从多目标优化的角度解决单细胞转录组数据聚类这一具有挑战性的任务	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	RVEA-CAST（基于参考向量引导的进化算法）	基因表达数据	十个真实的scRNA-seq数据集
32	2025-07-12	Single-cell analysis reveals distinct immune characteristics of hepatocellular carcinoma in HBV-positive vs. HBV-negative cases 2025-Sep, Molecular and clinical oncology IF:1.4Q4 DOI:10.3892/mco.2025.2871 PMID:40636452	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术比较了HBV阳性和HBV阴性肝细胞癌的免疫特征，揭示了HBV感染如何改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成和状态	首次在单细胞水平上揭示了HBV阳性和HBV阴性肝细胞癌免疫特征的差异，特别是发现了SLC4A10 CD8 T细胞和IFITM3巨噬细胞比例的增加	研究样本量未明确说明，且机制研究尚不深入	阐明HBV感染如何改变肝细胞癌肿瘤微环境的免疫特征	HBV阳性和HBV阴性肝细胞癌患者的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
33	2025-07-12	Construction and validation of a lipid metabolism-related genes prognostic signature for skin cutaneous melanoma 2025-Aug-15, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152115 PMID:40460484	研究论文	该研究构建并验证了一个与脂质代谢相关基因的预后特征，用于预测皮肤黑色素瘤患者的生存结果	首次探索了脂质代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的预后价值，并识别出CCNA2作为潜在治疗靶点	研究结果需要进一步的临床验证，且样本来源仅限于公开数据库	研究脂质代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的功能和预后意义	皮肤黑色素瘤患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	mRNA测序、单细胞RNA测序	NMF、WGCNA、LASSO回归、Cox回归	基因表达数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的多个队列（包括GSE65904、GSE54467、GSE72056）
34	2025-07-12	Cancer-associated fibroblasts and metabolic reprogramming predict pathologic response to neoadjuvant PD-1 blockade in resected non-small cell lung cancer 2025-Aug, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01067-4 PMID:40358847	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究癌症相关成纤维细胞（CAFs）和T细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）新辅助免疫治疗中的作用及其与病理反应的关联	揭示了CAFs和T细胞在免疫治疗反应中的相互作用，以及甲硫氨酸循环作为T细胞分化和良好病理反应的预测因子	研究依赖于已发表的单细胞RNA测序数据集和局部队列，可能受限于样本量和数据来源的多样性	探索非小细胞肺癌患者对新辅助免疫治疗产生抵抗的潜在机制	非小细胞肺癌患者，特别是接受新辅助免疫治疗的III期患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	两个已发表的scRNA-seq数据集和一个局部队列，以及四个公开的ICI转录组队列
35	2025-07-12	EIF4A3 Promotes Muscle Atrophy and Aging by Inhibiting the FAK Pathway Through NEDD9 mRNA Destabilization 2025-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.70010 PMID:40641186	研究论文	本研究探讨了EJC核心RNA解旋酶EIF4A3在肌肉萎缩和衰老中的作用及其分子机制	首次揭示了EIF4A3通过促进NEDD9 mRNA降解抑制FAK通路导致肌肉萎缩的新机制	样本量相对较小(人类n=5，小鼠n=6-10)，且机制研究主要在动物模型中进行	探究外显子连接复合体(EJC)在肌肉萎缩中的作用	人类肌肉组织(年轻和老年)、小鼠肌肉组织、肌管细胞	分子生物学	肌肉萎缩	单细胞转录组分析、RNA-seq、RIP-seq、RT-qPCR、免疫印迹	NA	转录组数据、蛋白质数据	人类样本n=5(年轻vs老年)，小鼠样本n=6-10(年轻vs老年)
36	2025-07-12	Lymphoma B cells remodel bone marrow stromal cells into extracellular matrix-producing cancer-associated fibroblasts 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015616 PMID:40305664	research paper	该研究揭示了淋巴瘤B细胞如何重塑骨髓基质细胞成为产生细胞外基质的癌症相关成纤维细胞	首次通过单细胞RNA测序鉴定了小鼠瘦素受体阳性骨髓基质细胞与恶性B细胞之间的双向交互作用，并揭示了其向人类ECM/TGFβ肌纤维母细胞样癌症相关成纤维细胞表型转化的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证仍需进一步研究	探究B细胞淋巴瘤中骨髓基质微环境重塑的动力学机制	滤泡性淋巴瘤患者的骨髓样本和淋巴瘤B细胞小鼠移植模型	肿瘤微环境研究	淋巴瘤	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	基因表达数据	滤泡性淋巴瘤患者骨髓样本和小鼠模型
37	2025-07-12	Single-cell RNA-seq provides insight into the underdeveloped immune system of germ-free mice 2025-Jul-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.467 PMID:40640979	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究无菌小鼠免疫系统发育不全的机制	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析无菌小鼠骨髓和外周血的免疫细胞，揭示了微生物缺失与免疫缺陷之间的分子机制	研究仅局限于小鼠模型，未在人类或其他动物模型中验证	阐明微生物群缺失导致免疫系统发育不全的分子机制	无菌小鼠和特定病原体自由小鼠的骨髓和外周血细胞	免疫学	免疫缺陷	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	无菌小鼠和特定病原体自由小鼠的骨髓和外周血样本
38	2025-07-12	Phenotypic, transcriptomic, and genomic analyses reveal the spatiotemporal patterns and associated genes of coarse hair density in goats 2025-Jul-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.034 PMID:40640980	研究论文	本研究通过表型、转录组和基因组分析，揭示了山羊粗毛密度的时空模式及其相关基因	创新性地应用高分辨率微型摄像机成像技术，结合多组学数据，揭示了粗毛密度的遗传调控机制	研究主要集中在大足黑山羊，可能不适用于其他山羊品种	解析山羊粗毛密度的遗传调控机制	大足黑山羊	基因组学	NA	高分辨率微型摄像机成像、转录组测序、全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	图像、转录组数据、基因组数据	905张皮肤图像、33个皮肤转录组、272个全基因组序列、182个下载的转录组
39	2025-07-12	Single-cell spatial transcriptomics reveals immunotherapy-driven bone marrow niche remodeling in AML 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adw4871 PMID:40632867	研究论文	本研究通过单细胞空间转录组学揭示了免疫治疗在急性髓系白血病（AML）中驱动的骨髓微环境重塑	整合单细胞RNA测序与单细胞空间转录组学数据，结合深度学习图像分析，量化细胞间距离，揭示了免疫治疗后白血病细胞周围免疫细胞的全局和局部富集	样本量有限，且仅针对特定免疫治疗组合（pembrolizumab和decitabine）进行研究	探索AML免疫治疗对骨髓微环境的影响	接受pembrolizumab和decitabine治疗的AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序、单细胞空间转录组学、深度学习图像分析	深度学习	空间转录组数据、RNA测序数据	NA
40	2025-07-12	ATF3 Deficiency Exacerbates Ageing-Induced Atherosclerosis and Clinical Intervention Strategy 2025-Jul-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502249 PMID:40641410	研究论文	本研究探讨了ATF3在血管平滑肌细胞衰老和动脉粥样硬化中的作用，并提出了潜在的临床干预策略	发现ATF3通过新型ATF3-ATG7扩增环路调控自噬，保护血管平滑肌细胞免受衰老影响，并重新利用特唑嗪(TZ)稳定ATF3作为治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的转化效果仍需进一步验证	识别血管平滑肌细胞衰老的调控因子并开发针对衰老相关动脉粥样硬化的临床干预措施	血管平滑肌细胞(VSMCs)和动脉粥样硬化	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、CUT&Tag-seq、RNA/蛋白质相互作用分析、m6A表观转录组分析、高通量虚拟筛选	SMC特异性ATF3敲除小鼠模型	单细胞RNA测序数据、蛋白质相互作用数据、表观转录组数据	人类动脉粥样硬化颈动脉样本和小鼠模型