单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-08-08	Mitochondrial subtypes in renal ischemia reperfusion injury guide delayed graft function and Long-Term graft prediction 2025-Aug-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14595-8 PMID:40770395	研究论文	本研究通过分析线粒体相关基因，识别了肾缺血再灌注损伤的两种亚型，并建立了预测移植肾功能延迟恢复和长期移植存活的模型	首次基于线粒体相关基因对肾移植缺血再灌注损伤进行亚型分类，并开发了预测模型，同时揭示了肥大细胞在移植中的关键作用	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证	探索肾移植中缺血再灌注损伤的分子机制并开发预测模型	肾移植患者的缺血再灌注损伤样本	生物信息学	肾脏疾病	RNA-seq, 微阵列, scRNA-seq	机器学习模型	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
22	2025-08-08	Meta_B cells: a computationally identified candidate immunosuppressive driver of gastric cancer metastasis revealed by single-cell analysis and machine learning 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03356-8 PMID:40770460	研究论文	通过单细胞分析和机器学习识别出一种名为Meta_B细胞的候选免疫抑制驱动因子，其在胃癌转移中发挥作用	首次识别出Meta_B细胞这一新的B细胞亚群，并揭示了其通过BTLA轴介导的免疫抑制和胃癌转移的潜在机制	研究主要基于计算推断和体外数据，需要进一步的体内实验验证	探索胃癌转移中肿瘤微环境的动态变化及其免疫抑制机制	胃癌患者的单细胞RNA-seq数据和TCGA-STAD队列的批量RNA-seq数据	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-seq, hdWGCNA, LASSO-Cox回归, GSEA, Monocle2, CellChat	机器学习模型	RNA-seq数据	来自GEO数据库(GSE163558)和TCGA-STAD队列的数据
23	2025-08-08	Interpretable and integrative analysis of single-cell multiomics with scMKL 2025-Aug-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08533-7 PMID:40770488	研究论文	介绍了一种名为scMKL的创新方法，用于单细胞多组学数据的可解释和综合分析	scMKL方法结合了复杂模型的预测能力和线性方法的可解释性，提供了单细胞多组学数据的可操作见解	NA	开发一种既能保持高预测准确性又能提供可解释结果的单细胞多组学数据分析方法	健康与癌变细胞群体	生物信息学	乳腺癌、淋巴癌、前列腺癌、肺癌	单细胞RNA测序、ATAC测序、10x Multiome	Multiple Kernel Learning (MKL)	单细胞多组学数据	NA
24	2025-08-08	Identification of cell-type-specific, transcriptionally active transposable elements using long-read RNA-sequencing data-based comprehensive annotation 2025-Aug-06, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00048-1 PMID:40770674	研究论文	利用长读RNA测序数据构建了一个全面的转座子衍生转录本注释，用于识别细胞类型特异性的转录活性转座子	首次基于大规模人类长读RNA测序数据构建转录组水平的转座子注释，并应用于单细胞RNA测序数据以识别细胞类型特异性的转座子衍生转录本	研究依赖于公开可用的数据集，可能未覆盖所有细胞类型或疾病状态	构建一个全面的转座子衍生转录本注释，以研究其在细胞身份维持和疾病机制中的作用	人类转座子衍生转录本	基因组学	多种疾病	长读RNA测序(LR RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	2596个公开可用的人类长读RNA测序数据集，覆盖21个器官和71种细胞系
25	2025-08-08	Cancer stem cells: landscape, challenges and emerging therapeutic innovations 2025-Aug-05, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02360-2 PMID:40759634	综述	本文综述了癌症干细胞（CSCs）的特性、挑战及新兴治疗策略	整合了单细胞测序、空间转录组学和多组学分析的最新进展，探讨了CSCs的代谢可塑性和微环境互作机制	缺乏普遍可靠的CSCs生物标志物，难以在不影响正常干细胞的情况下靶向CSCs	探讨癌症干细胞的生物学特性及其在肿瘤治疗中的挑战与创新策略	癌症干细胞（CSCs）及其与肿瘤微环境的相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序、空间转录组学、多组学整合、CRISPR筛选、AI驱动的多组学分析	3D类器官模型	NA	NA
26	2025-08-08	Spatial Analysis of Hereditary Diffuse Gastric Cancer Reveals Indolent Phenotype of Signet Ring Cell Precursors 2025-Aug-04, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-1039 PMID:40192595	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了遗传性弥漫性胃癌（DGC）早期印戒细胞（SRC）病变的分子表型及其与晚期DGC的差异	揭示了SRC病变中CDH1基因表达降低和细胞外基质重塑增加的特征，并发现SRC病变缺乏胃癌已知驱动基因的突变	样本量较小（20例），可能影响结果的普遍性	探究遗传性弥漫性胃癌早期病变与晚期病变的分子差异	人类全胃切除标本中的SRC病变和晚期DGC	癌症研究	胃癌	空间转录组分析、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	20例人类全胃切除标本
27	2025-08-08	A Large-Scale Single-Cell Atlas Reveals the Peripheral Immune Panorama of Bacterial Pneumonia 2025-Aug-04, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202501-0217OC PMID:40758632	研究论文	通过大规模单细胞转录组图谱揭示了细菌性肺炎外周免疫的全景	首次构建了细菌性肺炎患者外周血免疫细胞的大规模单细胞转录组图谱，揭示了不同疾病严重程度下外周免疫景观的深刻重塑	样本量相对有限（100例），且仅关注外周血免疫细胞，未涉及肺部局部免疫反应	阐明细菌性肺炎的免疫学机制，识别疾病严重程度的关键细胞和分子驱动因素	100名个体（39例重症细菌性肺炎，31例轻症，30例健康对照）的外周血免疫细胞	免疫学	细菌性肺炎	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	100名个体（39重症+31轻症+30对照）
28	2025-08-08	Multi-omics prediction of axillary treatment response and tumour microenvironment alterations in lymph node-positive luminal breast cancer 2025-Aug-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07877-6 PMID:40759637	研究论文	本研究通过多组学模型预测淋巴结阳性luminal乳腺癌的腋窝治疗反应及肿瘤微环境变化	首次构建多组学模型预测腋窝淋巴结转移luminal乳腺癌患者对新辅助化疗的病理完全缓解，并通过单细胞RNA测序分析揭示不同疗效患者的肿瘤免疫微环境差异	样本量较小(14个样本来自5名患者)，且为回顾性研究	开发术前评估腋窝淋巴结转移对新辅助化疗反应的方法	淋巴结阳性luminal乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	多组学预测模型	影像学数据、临床数据、病理数据	14个样本来自5名患者
29	2025-08-08	Optimized summary-statistic-based single-cell eQTL meta-analysis 2025-Aug-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08808-3 PMID:40759673	研究论文	本文比较了不同的策略，并为跨单细胞RNA测序数据集的eQTL加权荟萃分析提供了最佳实践建议	提出了一种联邦加权荟萃分析方法，整合不同数据集的摘要统计量，解决了基因型数据共享的隐私限制和技术差异问题	单细胞研究的样本量有限，可能影响细胞类型特异性eQTL的发现	提高检测细胞类型特异性eQTL的能力，以更好地解释疾病相关的遗传变异	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	WMA	基因表达数据	NA
30	2025-08-08	The spatial landscape of glial pathology and T cell response in Parkinson's disease substantia nigra 2025-Aug-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62478-3 PMID:40759663	研究论文	本研究通过单核RNA测序、空间转录组学和T细胞受体测序技术，分析了帕金森病患者脑组织中T细胞和胶质细胞的状态，揭示了T细胞介导的神经炎症在帕金森病中的作用	首次在帕金森病脑组织中发现了CD8+T细胞的克隆扩增及其与α-突触核蛋白反应性T细胞受体的同源性，并揭示了CD44+星形胶质细胞在神经炎症中的关键作用	研究仅基于死后脑组织样本，无法动态观察疾病发展过程	探究帕金森病中适应性免疫反应的特性及其在神经退行性变中的作用	帕金森病患者死后脑组织中的T细胞和胶质细胞	神经科学	帕金森病	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学、T细胞受体(TCR)测序	NA	转录组数据	帕金森病患者死后脑组织样本
31	2025-08-08	Semi-supervised contrastive learning variational autoencoder Integrating single-cell multimodal mosaic datasets 2025-Aug-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06239-5 PMID:40759922	research paper	提出了一种基于变分自编码器的半监督对比学习框架scGCM，用于整合单细胞多模态镶嵌数据集并消除批次效应	开发了一种灵活的整合框架scGCM，针对单细胞多模态镶嵌数据的高维度和稀疏性问题，以及批次效应挑战，相比现有方法在聚类精度和数据一致性上具有显著优势	未明确提及具体局限性	整合单细胞多模态镶嵌数据并消除批次效应	单细胞多模态镶嵌数据集	生物信息学	NA	单细胞测序技术	变分自编码器（Variational Autoencoder）	单细胞多模态数据	多个数据集，涵盖不同单细胞数据模态
32	2025-08-08	Repurposed clindamycin suppresses pyroptosis in tumor-associated macrophages through Inhibition of caspase-1 2025-Aug-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03478-5 PMID:40759978	研究论文	本研究通过计算和实验方法发现克林霉素可抑制肿瘤相关巨噬细胞中的caspase-1活性，从而减少炎症小体激活和细胞焦亡	开发了一种结合单细胞转录组学、网络分析和药物对接模拟的新型计算流程，用于筛选可重新利用的药物，并首次发现克林霉素对caspase-1的抑制作用	研究仅在体外实验验证了克林霉素的作用，尚未进行体内实验或临床试验	探索肿瘤相关巨噬细胞的免疫调节方法，以改善葡萄膜黑色素瘤的肿瘤微环境	肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)和葡萄膜黑色素瘤(UM)	计算生物学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞转录组学、网络分析、多标准决策技术、药效团对接模拟	NA	单细胞转录组数据	NA
33	2025-08-08	Comprehensive analysis of the PLXNA3 gene on prognosis and immune characteristics in breast cancer 2025-Aug-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13843-1 PMID:40760011	研究论文	本文通过RNA测序和生存分析，探讨了PLXNA3基因在乳腺癌中的预后和免疫特征	首次全面分析PLXNA3在乳腺癌中的生物学意义及其与免疫特征的关联，发现其高表达与不良预后和免疫抑制相关	研究主要基于体外实验和测序数据，缺乏体内实验验证	探究PLXNA3基因在乳腺癌中的预后价值和免疫调节作用	乳腺癌细胞和肿瘤免疫微环境	癌症研究	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
34	2025-08-08	A programmed decline in ribosome levels governs human early neurodevelopment 2025-Aug-04, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01708-8 PMID:40760247	研究论文	该研究探讨了核糖体水平在人类早期神经发育中的调控作用及其与神经发育障碍的关联	首次揭示了早期大脑发育过程中蛋白质产生的下降现象，并发现核糖体水平在神经上皮分化过程中的减少使细胞对核糖体生物发生的扰动特别敏感	研究主要基于人类大脑类器官模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探究核糖体生物发生减少如何导致组织和发育特异性缺陷	人类大脑类器官及核糖体生物发生因子AIRIM/C1orf109的变异	神经发育生物学	神经发育障碍	蛋白质组学、单细胞RNA测序、单类器官翻译分析	人类大脑类器官模型	蛋白质组数据、RNA测序数据	未明确说明具体样本数量（人类大脑类器官）
35	2025-08-08	Identification of IQGAP3 prognostic potential and involvement in immune cell infiltration in LUAD 2025-Aug-04, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02976-8 PMID:40760442	研究论文	本研究探讨了IQGAP3在肺腺癌(LUAD)中的预后潜力及其在免疫细胞浸润中的作用	首次揭示了IQGAP3通过RAS-ERK信号通路调控细胞周期和诱导T细胞耗竭促进LUAD进展的机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证仍需扩大	探究IQGAP3在LUAD进展和肿瘤免疫微环境调控中的作用	肺腺癌(LUAD)组织和细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR, Western blotting, 多重免疫荧光染色	皮下移植瘤小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 影像数据	临床标本和C57BL/6小鼠模型
36	2025-08-08	Blocking CXCR4+ CD4+ T cells reprograms Treg-mediated immunosuppression via modulating the Rho-GTPase/NF-κB signaling axis 2025-Aug-04, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01515-8 PMID:40760450	研究论文	本研究探讨了CXCR4在调节性T细胞（Treg）介导的肿瘤免疫抑制中的作用及其分子机制	揭示了CXCR4通过调控Rho-GTPase/NF-κB信号轴在Treg细胞介导的免疫抑制中的关键作用，并验证了CXCR4阻断剂在增强抗肿瘤免疫治疗中的潜力	研究主要基于小鼠模型和有限的人类临床数据，需要在更广泛的人类癌症类型中进一步验证	探究CXCR4在肿瘤微环境中调节Treg细胞介导的免疫抑制的分子机制	CXCR4+ CD4+ T细胞和Treg细胞	肿瘤免疫学	宫颈癌和乳腺癌	单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、磷酸化蛋白质组学、ChIP-seq	条件性敲除小鼠模型（Cxcr4flox/flox, LckCre）和人类器官模型	转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据和临床试验数据	多个癌症类型的单细胞转录组数据集和两个临床试验数据集（NCT02826486和NCT04516616）
37	2025-08-08	Identification and validation of ANXA3 and SOCS3 as biomarkers for acute myocardial infarction related to sphingolipid metabolism 2025-Aug-04, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00515-3 PMID:40760666	研究论文	本研究通过分析基因表达数据，识别并验证了ANXA3和SOCS3作为与急性心肌梗死相关的鞘脂代谢生物标志物	首次将ANXA3和SOCS3鉴定为与急性心肌梗死相关的鞘脂代谢生物标志物，并通过多种分析方法验证其诊断价值	研究结果需要进一步的临床验证，样本量可能限制结论的普适性	探索鞘脂代谢相关基因在急性心肌梗死中的作用，支持临床诊断	急性心肌梗死患者的基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 分子对接	ANN, 机器学习	基因表达数据	两个数据集(GSE48060和GSE123342)
38	2025-08-08	SGLT2 inhibitors and cardiac fibrosis: A comprehensive review 2025-Aug-04, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103149 PMID:40769233	综述	本文全面综述了SGLT2抑制剂在心脏纤维化中的作用及其机制	总结了SGLT2抑制剂在非糖尿病环境中的抗纤维化作用及其超越血糖控制的益处	主要心血管结局试验中缺乏纤维化特异性终点，且缺乏人体组织的组织学验证	探讨SGLT2抑制剂作为心脏纤维化调节剂的作用	心脏纤维化及其在多种心血管疾病中的作用	心血管疾病	心血管疾病	心脏磁共振评估、血清胶原生物标志物检测	NA	实验模型数据、临床数据	涉及多种实验模型（糖尿病、高血压、缺血和心脏毒性）及临床数据
39	2025-08-08	BCAP31 Promotes Colorectal Cancer Metastasis via Oxidative Phosphorylation-Dependent Macrophage Immunosuppression: A Single-Cell Transcriptomic Study 2025-Aug-04, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.08.002 PMID:40769312	研究论文	通过单细胞转录组学研究揭示了BCAP31通过氧化磷酸化依赖性巨噬细胞免疫抑制促进结直肠癌转移的机制	首次发现BCAP31在结直肠癌转移中的关键作用，并开发了10基因巨噬细胞相关预后特征	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的体内实验验证	探索结直肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞驱动的免疫失调机制	结直肠癌组织中的巨噬细胞亚群	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	结直肠癌组织样本（具体数量未明确说明）
40	2025-08-08	Hyperactivation of the m6A demethylase FTO to down-regulate SLC7A11/xCT-mediated redox homeostasis and epigenetic remodeling in facial infiltrating lipomatosis 2025-Aug-04, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.08.001 PMID:40769313	研究论文	本研究探讨了m6A去甲基化酶FTO在面部浸润性脂肪瘤病(FIL)中的作用机制及其通过调节SLC7A11/xCT介导的氧化还原稳态和表观遗传重塑促进脂肪生成的途径	首次揭示了FTO通过m6A依赖性抑制SLC7A11，破坏氧化还原平衡并调节SIRT6-H3K9ac介导的表观遗传重编程来促进脂肪生成的机制	研究主要基于细胞和动物模型，尚未进行临床验证	探究FTO在面部浸润性脂肪瘤病(FIL)发病机制中的作用	面部浸润性脂肪瘤病(FIL)的脂肪组织和脂肪干细胞及祖细胞(ASPCs)	分子生物学	脂肪瘤病	Western blotting, qPCR, 免疫组化, 单细胞RNA测序, MeRIP-seq, RIP-qPCR, 荧光素酶报告基因检测, ATAC-seq, ChIP-qPCR	异种移植模型, AAV8介导的SLC7A11过表达模型	分子生物学数据, 表观遗传数据	未明确说明样本数量