单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-04-25	Genetics- and age-driven neuroimmune and disc changes underscore herniation susceptibility and pain-associated behaviors in SM/J mice 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado6847 PMID:40267183	research paper	该研究探讨了SM/J小鼠中自发性椎间盘突出的病理生理学，揭示了遗传背景和老化对椎间盘突出易感性及疼痛相关行为的影响	首次在野生型小鼠模型中研究了自发性椎间盘突出的病理生理学，并揭示了SM/J小鼠中与年龄相关的椎间盘突出、神经炎症和疼痛敏感性的增加	研究仅基于SM/J小鼠，可能不适用于其他小鼠品系或人类	研究遗传背景和老化对自发性椎间盘突出易感性及疼痛相关行为的影响	SM/J小鼠	遗传学与神经免疫学	椎间盘突出	转录组学分析、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞组成数据	SM/J小鼠的椎间盘、背根神经节、脊髓、骨髓和脾脏组织
22	2025-04-25	Malignant Hepatoblast-Like Cells Sustain Stemness via IGF2-Dependent Cholesterol Accumulation in Hepatoblastoma 2025-Apr-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407671 PMID:40271711	研究论文	通过单细胞转录组分析识别出一种独特的恶性肝母细胞样细胞亚群，并揭示了IGF2依赖的胆固醇积累在维持其干细胞特性中的作用	首次在肝母细胞瘤中鉴定出恶性肝母细胞样细胞亚群，并阐明IGF2通过SREBF2促进胆固醇积累以维持干细胞特性的机制	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的体内外实验验证	探索肝母细胞瘤的发病机制，特别是低分化晚期肿瘤的分子基础	肝母细胞瘤中的恶性肝母细胞样细胞亚群	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
23	2025-04-25	Integrative analysis of taurine metabolism-related genes prognostic signature with immunotherapy and identification of ABCB1 and GORASP1 as key genes in nasopharyngeal carcinoma 2025-Apr-24, Amino acids IF:3.0Q3 DOI:10.1007/s00726-025-03452-7 PMID:40272558	research paper	该研究通过整合多个数据库数据，构建了与牛磺酸代谢相关的鼻咽癌预后特征模型，并验证了ABCB1和GORASP1等关键基因的作用	首次报道了牛磺酸代谢相关基因（TMRGs）在鼻咽癌中的作用，并通过多维研究和实验验证了三个关键基因的功能、治疗潜力和预后意义	研究结果需要进一步的临床验证，样本量可能有限	探讨牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的预后价值和治疗潜力	鼻咽癌患者	digital pathology	nasopharyngeal carcinoma	NGS, RNA-seq, 免疫组化（IHC）, 分子对接, 单细胞测序	Cox回归, LASSO回归	基因表达数据, 临床样本	NA
24	2025-04-25	DOCK9 as a predictive biomarker linked to angiogenesis and immune response in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Apr-24, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01653-8 PMID:40272582	research paper	本研究探讨了DOCK9基因在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的预后生物标志物作用及其对血管生成和免疫反应的影响	首次将DOCK9基因与ESCC的血管生成和免疫反应联系起来，并开发了一个21基因预后风险模型	研究主要基于RNA微阵列数据集和单细胞RNA测序数据，缺乏大规模的临床验证	识别ESCC的预后生物标志物，以改善患者预后和治疗策略	食管鳞状细胞癌（ESCC）组织和人类脐静脉内皮细胞	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	RNA microarray, single-cell RNA sequencing, protein expression analysis	21-gene prognostic risk model	RNA sequencing data, protein expression data	未明确说明具体样本数量，涉及ESCC组织和人类脐静脉内皮细胞
25	2025-04-25	Integration of single-cell sequencing and mendelian randomization reveals novel causal pathways between monocytes and hepatocellular carcinoma 2025-Apr-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02357-x PMID:40272662	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和孟德尔随机化方法，揭示了单核细胞与肝细胞癌（HCC）之间的潜在因果关系	首次将单细胞测序技术与孟德尔随机化分析相结合，探索单核细胞与HCC的关系	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量可能不足以覆盖所有潜在的相关基因	探究单核细胞中差异表达基因与HCC发展的关联	人类肝脏先天淋巴细胞（ILCs）中的单核细胞亚群及其细胞标记物	生物信息学	肝细胞癌	单细胞转录组分析，孟德尔随机化（MR）分析	NA	单细胞转录组数据	NA
26	2025-04-25	Pathway Enrichment-Based Unsupervised Learning Identifies Novel Subtypes of Cancer-Associated Fibroblasts in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Apr-24, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00705-7 PMID:40272703	研究论文	提出了一种基于通路富集的无监督学习方法scPathClus，用于识别胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的新亚型	开发了scPathClus方法，通过将单细胞基因表达矩阵转换为通路富集矩阵并生成潜在特征矩阵，克服了现有单细胞聚类方法基于基因表达易受scRNA-seq数据中丢失事件影响的局限性	未明确说明方法在其他类型癌症或数据集上的适用性	改进单细胞聚类方法，识别胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的新亚型	胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组分析, 拟时序分析, 批量转录组分析	基于社区检测的无监督聚类方法	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据	未明确说明具体样本数量，但使用了PDAC的scRNA-seq数据集
27	2025-04-25	Establishing the causative link between CFAP221 variants and asthenoteratozoospermia in humans 2025-Apr-24, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03472-y PMID:40272718	research paper	该研究通过全外显子测序和生物信息学分析，确定了CFAP221基因变异与男性不育症之间的因果关系	首次发现CFAP221基因的双等位基因变异是导致男性不育的新遗传原因，并证实ICSI治疗可有效解决由此引起的不育问题	研究样本仅来自两个中国家庭，可能无法代表更广泛人群的遗传多样性	探索男性不育症中弱畸精子症的新型遗传病因	两个无关的中国不育男性家庭	遗传学	男性不育症	全外显子测序(WES)、Sanger测序、扫描电子显微镜(SEM)、透射电子显微镜(TEM)、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、显微镜图像、RNA测序数据	两个不育男性家庭的外周血样本和精子样本
28	2025-04-25	Multi-omics Analysis Revealed the Diagnostic and Therapeutic Value of Immunogenic Cell Death-derived SCN5A in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-24, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-025-01444-2 PMID:40272736	research paper	本研究探讨了SCN5A作为免疫原性细胞死亡相关基因在肝细胞癌中的诊断和治疗潜力	首次将SCN5A作为免疫原性细胞死亡相关基因与肝细胞癌的预后和免疫微环境调控联系起来，并发现丙胺苯丙酮作为SCN5A的高亲和力结合剂具有抗肿瘤效果	研究主要基于数据库分析和体外实验，需要进一步的体内实验和临床验证	探索SCN5A在肝细胞癌中的诊断和治疗价值	肝细胞癌（HCC）	computational biology and experimental oncology	hepatocellular carcinoma	multi-omics analysis, single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing, machine learning, molecular docking	machine learning-based prognostic models	RNA sequencing data, clinical data	四个数据库的综合分析，HepG2细胞实验
29	2025-04-25	Glial changes and gene expression in Alzheimer's disease from snRNA-Seq and spatial transcriptomics 2025-Apr-23, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251330320 PMID:40267277	research paper	该研究整合单核RNA测序和空间转录组学数据，量化阿尔茨海默病(AD)前额叶皮层和颞回中的细胞变化	首次整合SEA-AD单核测序数据与空间转录组学，揭示AD进展中胶质细胞的关键作用	研究仅关注前额叶皮层和颞回，未涵盖AD影响的其他脑区	理解AD病理过程中细胞水平的变化	AD患者前额叶皮层和颞回的细胞	digital pathology	geriatric disease	snRNA-Seq, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data	来自SEA-AD数据库的样本(具体数量未明确说明)
30	2025-04-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Maize Embryo Development: a Sample Preparation Protocol 2025-Apr-23, Cold Spring Harbor protocols DOI:10.1101/pdb.prot108645 PMID:40268304	研究论文	本文描述了一种用于玉米胚胎发育研究的单细胞和空间转录组分析的样本制备协议	首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组分析技术应用于玉米胚胎发育研究	仅提供了样本制备协议，未展示实际应用结果	研究玉米胚胎发育的细胞水平机制	玉米胚胎	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
31	2025-04-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Maize Embryo Development 2025-Apr-23, Cold Spring Harbor protocols DOI:10.1101/pdb.top108468 PMID:40268305	review	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在玉米胚胎发育研究中的联合应用及其协同效果	结合单细胞RNA测序和空间转录组学两种技术研究玉米胚胎发育，提供了高分辨率的基因表达模式和调控网络分析	单细胞技术难以识别特定细胞簇，而空间转录组学通常无法达到单细胞分辨率且检测到的转录本较少	研究玉米胚胎发育的基因表达模式和调控网络，以促进植物发育机制的理解和农业改良	玉米胚胎发育过程中的细胞和组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序 (RNA-seq), 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
32	2025-04-25	Long-chain sulfatide enrichment is an actionable metabolic vulnerability in intraductal papillary mucinous neoplasm (IPMN)-associated pancreatic cancers 2025-Apr-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-335220 PMID:40268349	研究论文	该研究通过跨物种空间评估转录组和代谢组变化，揭示了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）向胰腺导管腺癌（PDAC）恶性进展的分子和生化驱动因素	发现长链羟基化硫酸酯在IPMN/PDAC肿瘤上皮中特异性富集，并证实UGT8抑制可通过神经酰胺介导的代偿性线粒体自噬和内在凋亡途径发挥抗癌作用	研究样本量较小（n=23），且主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	揭示IPMN向PDAC恶性进展的分子机制并寻找潜在治疗靶点	人类切除的IPMN/PDAC组织（23例）及Kras;Gnas突变小鼠模型的胰腺组织	肿瘤代谢	胰腺癌	MALDI质谱空间成像、Visium空间转录组学、CRISPR/cas9基因编辑、siRNA干扰、药理学抑制	Kras;Gnas和Kras;Tp53;Gnas突变小鼠模型	转录组数据、代谢组数据、组织影像数据	23例人类IPMN/PDAC组织样本及小鼠模型组织
33	2025-04-25	Decoding the crossroads of aging and cancer through single-cell analysis: Implications for precision oncology 2025-Apr-23, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35456 PMID:40268523	综述	本文探讨了单细胞分析在理解衰老与癌症之间复杂关系中的应用及其对精准肿瘤学的意义	整合单细胞技术与人工智能等先进工具，揭示衰老在肿瘤微环境中的异质性及其对治疗的影响	未涉及具体实验数据或样本量的详细分析	阐明衰老如何影响癌症的发生、进展和治疗抵抗，以推进精准肿瘤学	衰老与癌症的相互作用机制，特别是肿瘤微环境中的细胞异质性	精准医学	癌症	单细胞分析、空间转录组学、分子探针	NA	单细胞数据	NA
34	2025-04-25	Diminished SUV3 expression and its functional implications in the IFN-enriched monocyte subset of childhood Sjögren's Disease 2025-Apr-23, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf193 PMID:40268748	研究论文	本研究探讨了儿童干燥综合征（cSjD）中干扰素富集单核细胞亚群中SUV3表达降低的分子和功能影响	揭示了SUV3通过线粒体双链RNA介导的PKR激活导致先天免疫功能缺陷的新机制	研究主要基于体外实验，需要更多体内研究验证	阐明SUV3表达降低在cSjD发病机制中的作用	儿童干燥综合征患者的干扰素富集CD14+单核细胞	分子免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序、fCLIP-qPCR、TEM、J2抗双链RNA抗体检测	基因敲低模型	RNA测序数据、显微镜图像	未明确说明患者数量（比较组阳性率为39% vs 0.08%）
35	2025-04-25	Cadmium exposure following early-life respiratory syncytial virus infection promotes lung fibrosis through autophagy inhibition 2025-Apr-23, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf054 PMID:40268749	研究论文	研究探讨了镉暴露与早期呼吸道合胞病毒感染后通过抑制自噬促进肺纤维化的机制	揭示了mTORC1激活-自噬抑制通路在镉暴露与早期呼吸道合胞病毒感染后加剧炎症反应和肺纤维化中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究mTORC1在慢性低剂量镉暴露与早期呼吸道合胞病毒感染后对肺纤维化的影响	小鼠模型	呼吸系统疾病研究	肺纤维化	代谢组学分析、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、基因表达数据	小鼠实验组（具体数量未提及）
36	2025-04-25	Cellular immunotherapy targeting CLL-1 for juvenile myelomonocytic leukemia 2025-Apr-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59040-6 PMID:40268927	研究论文	本研究开发了一种针对CLL-1的细胞免疫疗法，用于治疗青少年粒单核细胞白血病（JMML）	首次利用CLL-1 CAR T细胞（CLL1CART）进行JMML的临床前测试，并展示了其体外和体内的抗白血病活性	研究处于临床前阶段，尚未进行临床试验	开发针对青少年粒单核细胞白血病（JMML）的新型免疫疗法	青少年粒单核细胞白血病（JMML）患者细胞	细胞免疫疗法	青少年粒单核细胞白血病	RNA测序（bulk和单细胞）、质谱分析、流式细胞术	CAR T细胞	RNA测序数据、质谱数据、流式细胞数据	JMML患者细胞（具体数量未提及）
37	2025-04-25	Gene regulatory networks analysis for the discovery of prognostic genes in gliomas 2025-Apr-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98542-7 PMID:40269178	研究论文	通过分析基因调控网络（GRNs）来发现胶质瘤的预后基因	首次在胶质瘤中重建了基因调控网络，并鉴定了与生存结果相关的关键预后基因	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和测序技术的限制	发现胶质瘤中的预后基因，以深入了解肿瘤生物学和潜在的治疗靶点	胶质瘤患者和胶质瘤细胞	生物信息学	胶质瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	弹性网络正则化, Cox回归	转录组数据	989例原发性胶质瘤（来自TCGA和CGGA数据库）和201,986个单细胞
38	2025-04-25	In-depth single-cell transcriptomic exploration of the regenerative dynamics in stony coral 2025-Apr-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08089-6 PMID:40269231	研究论文	通过单细胞转录组学深入探索石珊瑚再生动态的研究	利用单细胞RNA测序、批量RNA测序和高分辨率微计算机断层扫描技术，揭示了石珊瑚在损伤后2-4周的关键再生阶段，并识别了11个功能特异性细胞簇	批量RNA-seq结果显示珊瑚快速再生的时间限制	研究珊瑚再生的分子机制，以解决珊瑚移植中片段无法快速生长以抵抗环境压力的问题	快速生长的石珊瑚Acropora muricata	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序、批量RNA测序、高分辨率微计算机断层扫描	NA	RNA测序数据、影像数据	NA
39	2025-04-25	USP14-IMP2-CXCL2 axis in tumor-associated macrophages facilitates resistance to anti-PD-1 therapy in gastric cancer by recruiting myeloid-derived suppressor cells 2025-Apr-23, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03425-w PMID:40269263	research paper	该研究揭示了USP14-IMP2-CXCL2轴在肿瘤相关巨噬细胞中通过招募髓源性抑制细胞促进胃癌抗PD-1治疗耐药性的机制	首次揭示了USP14通过去泛素化稳定m6A阅读器IMP2，进而增强CXCL2表达和分泌的分子机制，并提出了通过抑制USP14/IMP2/CXCL2信号轴增强抗PD-1治疗敏感性的新策略	研究主要基于胃癌患者样本和小鼠模型，尚未在更广泛的癌症类型中验证该机制的普适性	探究胃癌抗PD-1治疗耐药性的分子机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌患者内镜活检样本和小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	动物模型	基因表达数据	抗PD-1治疗耐药和敏感的胃癌患者样本
40	2025-04-25	Single-cell profiling in ovarian germ cell and sex cord-stromal tumours 2025-Apr-23, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03012-6 PMID:40269311	research paper	通过单细胞RNA测序技术，研究了罕见卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的肿瘤微环境	首次构建了OGCT和SCST的单细胞水平免疫和基质微环境蓝图，揭示了不同亚型肿瘤的免疫特征	样本量相对较小（12个新鲜肿瘤样本），且某些亚型样本数量有限（如jGSCT仅1例）	探究卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的免疫和基质微环境特征	卵巢生殖细胞肿瘤（OGCT）和性索间质肿瘤（SCST）	digital pathology	ovarian cancer	scRNA-seq, bulk RNA sequencing	NA	single-cell RNA sequencing data	12个新鲜肿瘤样本（共66,919个细胞），包括7例aGSCT、1例jGSCT、1例SL肿瘤、2例IT和1例DG