单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-20	Single-cell transcriptomic characterization of microscopic colitis 2025-May-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59648-8 PMID:40383833	研究论文	通过单细胞RNA测序分析结肠黏膜组织，构建了显微镜下结肠炎的细胞和分子模型	揭示了显微镜下结肠炎中CD8 T细胞的显著扩张及其向高度细胞毒性和炎症表型的转变，以及CD4 T调节细胞的扩张	NA	研究显微镜下结肠炎的细胞和分子机制	结肠黏膜组织	数字病理学	结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
22	2025-05-20	ZC3H12D gene expression exhibits dual effects on the development and progression of lung adenocarcinoma 2025-May-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02163-z PMID:40383849	研究论文	本研究探讨了ZC3H12D基因在肺腺癌进展和肿瘤微环境调节中的多面作用	揭示了ZC3H12D在免疫细胞和恶性细胞中的空间双重作用，挑战了传统生物标志物范式	研究主要基于体外实验和计算分析，需要更多体内实验验证	探索ZC3H12D作为肺腺癌新型生物标志物的潜力	肺腺癌组织和细胞	精准肿瘤学	肺腺癌	多组学分析、单细胞RNA-seq、免疫组化、计算生物学方法	NA	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA-seq数据	511个肿瘤样本和59个正常样本（转录组），74个肿瘤样本和69个正常样本（蛋白质组），15个肿瘤样本和11个正常样本（单细胞RNA-seq），51对匹配样本（免疫组化）
23	2025-05-20	Alcohol consumption and esophageal cancer risk: unveiling DLEU2 as a key immune modulator through Mendelian randomization and transcriptomic analysis 2025-May-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02660-7 PMID:40383861	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和转录组分析揭示了酒精摄入与食管癌风险之间的因果关系，并发现DLEU2作为关键免疫调节因子的作用	首次通过孟德尔随机化证实酒精摄入与食管癌的因果关系，并鉴定DLEU2作为新的免疫调节lncRNA	未明确酒精摄入量阈值与DLEU2表达水平的具体关系	阐明酒精摄入导致食管癌的遗传和分子机制	食管癌患者样本和酒精摄入相关遗传变异	肿瘤免疫学	食管癌	孟德尔随机化分析、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	多个患者来源样本（具体数量未明确说明）
24	2025-05-20	Scar-associated macrophages and biliary epithelial cells interaction exacerbates hepatic fibrosis in biliary atresia 2025-May-18, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-025-04100-2 PMID:40383871	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间定位数据，揭示了胆道闭锁(BA)肝脏中疤痕相关巨噬细胞(SAMs)和胆道上皮细胞(BECs)的相互作用如何加剧肝纤维化	首次发现SAMs通过调节BECs的上皮-间质转化(EMT)促进肝纤维化进展，并识别出BA诊断的生物标志物	样本量较小(仅8例组织样本)，且缺乏长期随访数据验证治疗效果	探究BA肝脏微环境变化及其在肝纤维化中的作用机制	胆道闭锁患者的肝脏组织	单细胞转录组学	胆道闭锁	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	8例肝脏组织(2例正常组织，2例胆总管囊肿组织，4例BA组织)
25	2025-05-20	New insights into tumor microenvironment and HPV integrations in cervical cancer pathogenesis revealed by single-cell transcriptome data 2025-May-17, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf027 PMID:40151001	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究宫颈癌发病机制中肿瘤微环境与HPV整合的关系	开发了一种从scRNA-seq数据中识别HPV整合事件的方法，并发现了新的HPV重复整合基因	NA	探讨宫颈癌发病机制中细胞异质性与HPV整合的关联	正常患者及三个疾病阶段（HSIL、MIC、CSCC）的宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	涉及正常患者及三个疾病阶段（HSIL、MIC、CSCC）的宫颈组织样本
26	2025-05-20	DNA hypermethylation of PLTP mediated by DNMT3B aggravates vascular dysfunction in diabetic retinopathy via the AKT/GSK3β signaling pathway 2025-May-17, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01874-4 PMID:40380281	研究论文	本研究探讨了磷脂转移蛋白(PLTP)在糖尿病视网膜病变(DR)中血管功能障碍的作用及其DNA甲基化调控机制	首次揭示了DNMT3B介导的PLTP DNA高甲基化通过AKT/GSK3β信号通路加重DR血管功能障碍的分子机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床样本中验证	阐明PLTP在DR血管功能障碍中的作用及DNA甲基化调控机制	人视网膜微血管内皮细胞(HRMECs)和链脲佐菌素处理的小鼠	分子生物学	糖尿病视网膜病变	单细胞测序、转录组测序、免疫共沉淀、荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、甲基化数据	细胞模型和小鼠模型
27	2025-05-20	Integrating single-cell with transcriptome-proteome Mendelian randomization reveals colorectal cancer targets 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02636-7 PMID:40381082	研究论文	通过整合单细胞数据、转录组数据、蛋白质组数据和GWAS数据进行MR分析，识别出CTSF、PCSK7、LYZ、LMAN2L作为结直肠癌的潜在靶点	首次结合单细胞转录组学、转录组学、蛋白质组学和MR分析，解析结直肠癌发病机制中的细胞类型特异性驱动基因	仅使用了公开数据库的数据，未进行实验验证	识别结直肠癌发病机制中的关键基因	结直肠癌相关基因	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序、GWAS、eQTL/pQTL分析、MR分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	公开数据库中的GWAS数据、eQTL数据、pQTL数据和单细胞RNA测序数据
28	2025-05-20	Effects of ER-phagy regulatory genes on the microenvironment of hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02649-2 PMID:40381129	研究论文	本研究通过综合分析方法探讨了ER-自噬调控基因对肝细胞癌微环境的影响	结合单细胞测序数据、孟德尔随机化和生物信息学分析，首次系统性地研究了ER-自噬基因与HCC微环境中免疫细胞含量的因果关系	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量可能不足以代表所有HCC亚型	阐明ER-自噬基因在肝细胞癌微环境中的作用机制	肝细胞癌微环境中的免疫细胞（T细胞、树突状细胞、巨噬细胞和单核细胞）	生物信息学	肝细胞癌	单细胞测序、孟德尔随机化、生物信息学分析	预后模型	基因组数据、单细胞测序数据	未明确说明样本数量，但包含MVI+和MVI-两组HCC患者
29	2025-05-20	Neoadjuvant with low-dose radiotherapy, tislelizumab, albumin-bound paclitaxel, and cisplatin for resectable locally advanced head and neck squamous cell carcinoma: phase II single-arm trial 2025-May-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59865-1 PMID:40382318	研究论文	该研究评估了低剂量放疗联合免疫疗法和化疗在可切除局部晚期头颈部鳞状细胞癌中的疗效和安全性	首次在头颈部鳞状细胞癌中探索低剂量放疗联合PD-1抑制剂替雷利珠单抗及化疗的新辅助治疗方案	单臂II期试验设计，样本量较小(28例患者)	评估新辅助治疗方案在局部晚期头颈部鳞状细胞癌中的病理完全缓解率和安全性	未经治疗的III-IVB期头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据	28例患者(23例接受手术)
30	2025-05-20	Machine learning and single-cell analysis uncover distinctive characteristics of CD300LG within the TNBC immune microenvironment: experimental validation 2025-May-17, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01690-3 PMID:40382513	研究论文	通过机器学习和单细胞分析揭示CD300LG在三阴性乳腺癌免疫微环境中的独特特征，并进行实验验证	首次将机器学习与单细胞分析结合，系统研究CD300LG在TNBC免疫微环境中的功能，并验证其作为预后生物标志物的潜力	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	探究CD300LG在三阴性乳腺癌肿瘤微环境中的关键作用	三阴性乳腺癌患者的转录组和单细胞数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	CIBERSORT、ssGSEA、TIDE、TCGA	转录组数据、单细胞数据	未明确说明样本数量
31	2025-05-20	Mendelian randomization analysis reveals potential association between allergic rhinitis and nasopharyngeal carcinoma 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02658-1 PMID:40382519	研究论文	通过孟德尔随机化分析等方法，研究过敏性鼻炎与鼻咽癌之间的潜在关联，并分析鼻咽癌肿瘤微环境的免疫景观和基因表达模式	揭示了鼻咽癌与过敏性鼻炎及高度近视的潜在关联，鉴定了三种独特的B细胞亚群及其分子特征和空间分布，发现了免疫细胞组成的动态变化以及关键细胞因子对疾病风险的影响	未明确说明样本量大小，可能影响结果的普遍性	探索鼻咽癌的免疫微环境和分子机制，寻找潜在的治疗策略	鼻咽癌及其相关并发症（过敏性鼻炎、高度近视）	肿瘤免疫学	鼻咽癌	孟德尔随机化分析、单细胞测序、基因表达谱分析、时空分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
32	2025-05-20	Metabolism-associated marker gene-based predictive model for prognosis, targeted therapy, and immune landscape in ovarian cancer: an integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing with spatial transcriptomics 2025-May-17, BMC women's health DOI:10.1186/s12905-025-03750-y PMID:40382612	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和空间转录组学数据，构建了一个基于代谢相关标志基因的预测模型，用于卵巢癌的预后评估、靶向治疗和免疫景观分析	首次结合四种代谢途径（糖酵解代谢、脂质代谢、胆碱代谢和鞘脂代谢）构建卵巢癌预后模型，并预测了潜在治疗药物	研究主要基于生物信息学分析，部分实验验证仍需进一步扩大样本量	开发卵巢癌预后生物标志物和探索新的治疗靶点	卵巢癌患者样本和细胞系	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq, 批量RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化, RT-qPCR, CCK-8, Transwell实验	代谢相关基因预后模型	基因表达数据	TCGA-OV样本及实验验证样本（数量未明确说明）
33	2025-05-20	BAX-mediated ammonia-driven cell death: a novel prognostic and therapeutic target in clear cell renal cell carcinoma 2025-May-17, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00764-3 PMID:40382614	research paper	本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，构建了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的氨相关特征（AS），并评估了其预后准确性和临床相关性	首次揭示了氨相关细胞死亡途径在ccRCC中的作用，特别是BAX基因作为关键氨相关基因与肿瘤进展密切相关	研究依赖于多个独立队列的数据，可能存在样本选择和数据处理上的偏差	探索氨相关细胞死亡途径在ccRCC中的预后和治疗潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者和细胞系	digital pathology	renal cell carcinoma	bioinformatics analysis, scRNA-seq, cell proliferation, clonal formation, migration, and invasion assays	NA	genomic data, scRNA-seq data	多个独立队列包括TCGA、PMID 35,440,542 cohort、E-MTAB-1980和GSE29609
34	2025-05-20	Navigating single-cell RNA-sequencing: protocols, tools, databases, and applications 2025-May-17, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00044-5 PMID:40382658	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的协议、工具、数据库和应用，讨论了数据分析、解释和多组学数据整合的挑战	强调了提高单细胞水平分辨率和准确性的创新技术，并探讨了scRNA-seq在个性化医疗中的关键作用	未具体说明数据分析复杂性和多组学整合的具体解决方案	优化scRNA-seq方法并理解单细胞世界及其动态	单细胞RNA测序技术及其应用	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
35	2025-05-20	Protocol for isolating and characterizing human vitreous immune cell infiltrates by flow cytometry and single-cell transcriptomic studies 2025-May-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103830 PMID:40382772	研究论文	本文介绍了一种用于通过流式细胞术和单细胞转录组学研究分离和表征人类玻璃体免疫细胞浸润的定制方案	提出了针对人类玻璃体样本的免疫细胞分离和表征的定制方案，包括手术修改和其他措施以最大化免疫细胞产量	未提及具体样本量或实验结果的局限性	开发一种用于研究眼内免疫反应的玻璃体免疫细胞分离和表征方法	人类玻璃体中的免疫细胞浸润	生物医学研究	NA	流式细胞术, 单细胞转录组学	NA	细胞样本, 转录组数据	NA
36	2025-05-20	Integrating multi-omics data to identify the role of Aggrephagy-related genes in tumor microenvironment and key tumorigenesis factors of GB from the perspective of single-cell sequencing 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02431-4 PMID:40377747	research paper	本研究通过整合多组学数据，从单细胞测序的角度探讨了聚集自噬相关基因（ARGs）在胶质母细胞瘤（GB）肿瘤微环境（TME）和肿瘤发生中的关键作用	首次利用单细胞测序技术分析ARGs对GB的TME和肿瘤发生的影响，并通过分子对接分析确定了TUBA1C和UBB作为潜在的治疗靶点	未提及样本量大小，可能影响结果的普遍性	探索ARGs在GB的TME和肿瘤发生中的作用，并验证其预后意义及免疫治疗预测潜力	胶质母细胞瘤（GB）及其肿瘤微环境（TME）	digital pathology	glioblastoma	single-cell sequencing, non-negative matrix factorization, molecular docking	NA	single-cell sequencing data	NA
37	2025-05-20	Deciphering the interaction between the expression of LRP2 served as a mitochondrial metabolism-related gene and prognosis in colon cancer integrating multi-omics analysis 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02568-2 PMID:40377809	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了LRP2基因在结肠癌中的表达及其预后价值	首次将LRP2基因作为线粒体代谢相关基因与结肠癌预后联系起来，并通过多组学数据验证其临床意义	研究样本量有限，且主要依赖公共数据库数据，需要更多独立队列验证	探索LRP2基因在结肠癌中的表达特征及其临床预后价值	结肠腺癌(COAD)患者和结肠癌细胞系	癌症基因组学	结肠癌	单细胞测序、转录组学分析、免疫组化(IHC)、CCK-8检测、流式细胞术	Cox回归分析、基因集富集分析(GSEA)	基因组数据、转录组数据、临床病理数据、细胞实验数据	TCGA数据库中的结肠癌样本、GEO数据库中的验证数据集、HCT116和SW480细胞系
38	2025-05-20	Sialyltransferase gene signature as a predictor of prognosis and therapeutic response in kidney renal clear cell carcinoma 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02566-4 PMID:40377806	研究论文	本研究基于唾液酸转移酶相关基因（SRGs）构建了一个预测模型，用于评估肾透明细胞癌（KIRC）患者的预后和治疗反应	首次基于SRGs构建KIRC预后模型，揭示了唾液酸化在KIRC中的关键作用，并识别了两种分子亚型及其对不同药物的敏感性差异	研究主要依赖公共数据库数据，缺乏独立的前瞻性临床队列验证	开发KIRC预后预测模型并探索唾液酸化在肿瘤生物学中的作用机制	肾透明细胞癌（KIRC）患者	肿瘤基因组学	肾癌	RNA-Seq, scRNA-seq, 生物信息学分析	Cox回归风险模型	基因表达数据	TCGA和ICGC数据库中的KIRC样本
39	2025-05-20	The critical role of BMP signaling in gastric epithelial cell differentiation revealed by organoids 2025-May-16, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00237-x PMID:40377813	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和信号通路操作，揭示了BMP信号在胃上皮细胞分化中的关键作用	揭示了BMP4信号在刺激胃小凹细胞和壁细胞分化中的作用，并发现BMP4与EGF信号协同增强小凹细胞分化，同时抑制TGF-β和BMP4信号促进主细胞分化	研究主要基于小鼠和人类胃类器官，可能不完全反映体内复杂环境	探究胃上皮细胞分化的分子机制及其在小鼠和人类中的异同	小鼠和人类胃类器官	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类胃类器官
40	2025-05-20	SARS-CoV-2 induced immune perturbations in infants vary with disease severity and differ from adults' responses 2025-May-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59411-z PMID:40379618	research paper	该研究通过多维方法解析了SARS-CoV-2感染婴儿的免疫反应，并与成人反应进行了比较	首次系统地研究了因严重COVID-19住院婴儿的免疫反应，并揭示了婴儿与成人在免疫反应上的显著差异	样本量相对较小（n=26），且仅针对住院婴儿进行研究	解析SARS-CoV-2感染婴儿的免疫反应特征及其与成人的差异	SARS-CoV-2感染的婴儿（n=26）和匹配的对照组（n=14）	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	40名婴儿（26名感染，14名对照）