单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-17	Targeting HK3 in tumor-associated macrophages enhances antitumor immunity through augmenting antigen cross-presentation in cervical cancer 2025-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011948 PMID:40664447	研究论文	本研究探讨了靶向肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的HK3如何通过增强抗原交叉呈递来增强抗肿瘤免疫，特别是在宫颈癌中	揭示了HK3在TAMs与CD8+ T细胞之间的交叉调控中的核心作用，并提出了HK3抑制作为一种新的免疫治疗策略	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证其效果	探索HK3在宫颈癌肿瘤微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	宫颈癌患者样本和临床前肿瘤模型	肿瘤免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫共沉淀、共聚焦显微镜成像	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、显微镜图像	119名宫颈癌患者样本及临床前肿瘤模型
22	2025-07-17	Endocrine Resistance Score Based on Three Key Genes Predicts Prognosis and Reveals Potential Therapeutic Targets for ER+HER2- Breast Cancer 2025-Jul-15, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70100 PMID:40664624	研究论文	本研究通过构建内分泌抗性细胞系和转录组分析，鉴定了三个关键基因CLEC3A、PCDH10和ST3GAL1，并开发了内分泌抗性评分（ERS）来预测ER+HER2-乳腺癌患者的预后	首次发现CLEC3A、PCDH10和ST3GAL1三个基因与内分泌抗性相关，并构建了ERS评分系统，为ER+HER2-乳腺癌提供了新的预后指标和治疗靶点	研究主要基于细胞系和小样本组织，尚未进行大规模临床验证	探索ER+HER2-乳腺癌内分泌抗性的分子机制并寻找预后标志物和治疗靶点	ER+HER2-乳腺癌细胞系和患者组织样本	肿瘤学	乳腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、Cox回归分析	nomogram模型	RNA-seq数据	内分泌抗性细胞系和患者组织样本（具体数量未明确说明）
23	2025-07-17	High-resolution mapping of single cells in spatial context 2025-Jul-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61667-4 PMID:40664667	研究论文	开发了一种名为CMAP的方法，通过整合单细胞和空间数据，高效地将大规模单个细胞映射到其精确的空间位置	提出了一种新的方法CMAP，能够有效解决单细胞和空间转录组数据之间的不一致性问题，并为单细胞赋予精确的空间坐标	未提及具体的样本量或数据集的详细限制	开发一种高效的方法来映射单细胞到其空间位置，以解析组织微环境中的分子调控和细胞相互作用	单细胞和空间转录组数据	空间转录组学	癌症	单细胞测序和空间转录组技术	NA	单细胞和空间转录组数据	NA
24	2025-07-17	A pluripotent stem cell atlas of multilineage differentiation 2025-Jul-15, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05549-w PMID:40664685	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序时间序列，探索了多能干细胞在体外多谱系分化中的基因表达变化和发育信号通路作用	构建了一个包含超过60,000个细胞的单细胞转录组图谱，覆盖从原肠胚形成状态到祖细胞和定型细胞类型的全胚层分化过程	研究仅基于体外分化系统，可能与体内发育存在差异	揭示多能干细胞体外分化过程中的基因表达调控机制	人类多能干细胞及其分化产生的多谱系细胞	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过60,000个细胞
25	2025-07-17	Mapping trait-associated cells with spatial transcriptomics 2025-Jul-15, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00877-4 PMID:40664743	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26	2025-07-17	Exploring the mechanism of metabolic cell death-related genes AKR1C2 and MAP1LC3A as biomarkers in Parkinson's disease 2025-Jul-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11481-1 PMID:40664780	研究论文	本研究探讨了代谢细胞死亡相关基因AKR1C2和MAP1LC3A作为帕金森病生物标志物的机制	首次将代谢细胞死亡相关基因与帕金森病发病机制联系起来，并鉴定了AKR1C2和MAP1LC3A作为潜在生物标志物	研究结果需要进一步的实验验证，样本来源和数量未明确说明	探索代谢细胞死亡相关基因在帕金森病中的作用机制	帕金森病患者和代谢细胞死亡相关基因	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序、蛋白质互作网络分析、机器学习	机器学习	基因表达数据	NA
27	2025-07-17	A novel cancer-associated membrane signature predicts prognosis and therapeutic response for lung adenocarcinoma 2025-Jul-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11105-8 PMID:40664871	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序数据，识别了肺腺癌特异性膜蛋白，并构建了一个预后标志物LCaMPS，用于预测患者预后和治疗反应	首次在单细胞和空间分辨率水平上揭示了肺腺癌膜表达模式的重要性，并开发了一个基于9个膜基因的预后模型LCaMPS	研究依赖于现有数据集，需要进一步实验验证膜蛋白的生物学功能和临床适用性	开发可靠的生物标志物以预测肺腺癌患者的预后和治疗反应	肺腺癌患者和肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq	预后预测模型	RNA测序数据	多个肺腺癌队列数据集
28	2025-07-17	Deciphering cancer therapy resistance via patient-level single-cell transcriptomics with CellResDB 2025-Jul-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08457-2 PMID:40664938	研究论文	介绍了一个名为CellResDB的患者来源平台，用于研究癌症治疗耐药性的潜在机制	提供了首个结合患者水平单细胞转录组学和全面肿瘤微环境特征注释的平台，并集成了智能机器人CellResDB-Robot以增强数据可访问性	未提及具体的技术验证或临床应用效果的局限性	解决癌症治疗耐药性研究的资源不足问题，深入探索肿瘤微环境在治疗耐药性中的动态变化	1391名患者的近470万个细胞，涵盖24种癌症类型	数字病理学	癌症	单细胞转录组学	LLM（大语言模型）	单细胞RNA-seq数据	1391名患者的近470万个细胞
29	2025-07-17	Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network Pharmacology 2025-Jul-15, Urolithiasis IF:2.0Q2 DOI:10.1007/s00240-025-01809-x PMID:40664942	研究论文	本研究通过整合GWAS、单细胞转录组学、批量RNA测序和网络药理学分析，探讨了肠道微生物群（GM）与肾结石形成的关键基因分子机制	首次通过Mendelian随机化等方法确定了35种与肾结石有因果关系的GM，并鉴定出PALLD和R3HDM1作为关键基因，同时发现了这些基因在成纤维细胞和血管平滑肌细胞/周细胞分化过程中的非线性变化特征	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索肠道微生物群在肾结石形成中的分子机制	肠道微生物群和肾结石相关基因	生物信息学	肾结石	GWAS, 单细胞转录组学, RNA测序, 网络药理学, Mendelian随机化	NA	基因组数据, 转录组数据	来自公共数据库的GWAS数据(ukb-b-18372)、GM数据、GSE73680、GSE117518和GSE231569数据集
30	2025-07-17	Human myelocyte and metamyelocyte-stage neutrophils suppress tumor immunity and promote cancer progression 2025-Jul-15, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-025-01145-0 PMID:40664963	research paper	该研究揭示了人类髓细胞和晚幼粒细胞阶段中性粒细胞在肿瘤免疫微环境中的免疫抑制和促癌作用	首次将人类和小鼠中性粒细胞按发育阶段分为三类，并发现MC & MM阶段中性粒细胞在骨髓中占主导且具有强免疫抑制和促癌特性	研究主要基于NCG-Gfi1 HIS小鼠模型，人类患者样本验证仍需进一步研究	探索肿瘤浸润中性粒细胞(TINs)的异质性及其在癌症进展中的作用	人类和小鼠的中性粒细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序分析	NCG-Gfi1 HIS小鼠模型	基因表达数据	17种癌症类型的患者样本
31	2025-07-17	In silico analysis of the oncogenic role of myoferlin (MYOF) and suggestion of folate as a potential therapeutic for brain cancer in the Caucasian population 2025-Jul-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03091-0 PMID:40665025	研究论文	通过生物信息学分析探讨肌铁蛋白（MYOF）在脑癌中的致癌作用，并提出叶酸作为潜在治疗药物	首次通过计算药物发现和生成人工智能实验，结合空间转录组学，研究叶酸在MYOF敲低中的治疗潜力	研究主要针对高加索人群，可能不适用于其他种族	探讨MYOF在脑癌发生发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肌铁蛋白（MYOF）及其在脑癌中的表达、突变和相互作用基因	生物信息学	脑癌	计算药物发现、空间转录组学、生成人工智能	NA	基因表达数据、突变数据	NA
32	2025-07-17	Single-cell immunomics reveals the immunological hallmarks about the onset and different outcomes for ankylosing spondylitis patients 2025-Jul-15, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-025-07549-y PMID:40665054	研究论文	通过单细胞免疫组学技术揭示强直性脊柱炎(AS)患者发病及不同结局的免疫学特征	首次利用单细胞RNA测序结合TCR/BCR分析，系统解析AS动态免疫应答特征，发现B细胞克隆扩增与AS病变的驱动关联及缓解期V(D)J使用多样性降低的临床指导价值	研究样本仅涉及外周血单个核细胞(PBMCs)，未评估组织局部免疫微环境；不同临床阶段样本量未明确说明	阐明强直性脊柱炎发生发展过程中的关键免疫学特征	健康供体与不同病程阶段AS患者的PBMCs	免疫组学	强直性脊柱炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、TCR/BCR分析	NA	单细胞转录组数据、免疫受体序列数据	健康供体与不同病程AS患者(具体数量未说明)
33	2025-07-17	scGPT: end-to-end protocol for fine-tuned retinal cell type annotation 2025-Jul-15, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01220-1 PMID:40665101	研究论文	本文提供了一个全面的指南，用于在单细胞RNA测序数据中微调scGPT进行细胞类型分类	利用基于transformer的架构，scGPT提供了一种灵活、可扩展的解决方案，用于高精度细胞类型注释，特别是在处理大规模数据集和罕见细胞群时	需要中级的生物信息学知识，且对Python和Linux的基本了解是必要的	提高单细胞研究中细胞类型注释的准确性和效率	单细胞RNA测序数据中的视网膜细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	transformer-based (scGPT)	单细胞RNA测序数据	自定义视网膜数据集
34	2025-07-17	Unveiling new therapeutic targets for esophageal cancer treatment through single-cell transcriptomics: pH-responsive nanobubbles enhance the efficacy of 125I radiotherapy 2025-Jul-15, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03552-2 PMID:40665303	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
35	2025-07-17	Tumor-intrinsic ENO1 inhibition promotes antitumor immune response and facilitates the efficacy of anti-PD-L1 immunotherapy in bladder cancer 2025-Jul-15, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03464-x PMID:40665335	研究论文	该研究通过CRISPR cas9体内筛选和RNA测序技术，发现ENO1是调节抗PD-L1治疗效果的关键因子，并揭示了其在膀胱癌免疫逃逸中的作用机制	首次发现ENO1作为肿瘤免疫逃逸的关键调节因子，并阐明了其通过SPP1-ITGA4/ITGB1通路调控CD8 T细胞功能和TAM极化的分子机制	研究主要基于膀胱癌样本，结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索膀胱癌免疫治疗耐药的分子机制并寻找新的治疗靶点	膀胱癌样本和肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	膀胱癌	CRISPR cas9筛选, RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	临床膀胱癌样本（具体数量未明确说明）
36	2025-07-17	Integration of scRNA-seq and ST-seq identifies hyperproliferative RRM2+ cells features and therapeutic targets in gastric cancer 2025-Jul-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06847-y PMID:40665360	research paper	该研究通过整合scRNA-seq和ST-seq技术，鉴定了胃癌中高增殖性RRM2+细胞的特征及其治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，揭示了RRM2+高增殖性细胞在胃癌发展中的关键作用，并发现了一种新型治疗药物osalmid	样本量相对较小（40个scRNA-seq样本和6个ST样本），且仅针对胃癌进行了研究	探究胃癌中高增殖性细胞的分子特征及其治疗靶点	人类胃组织样本中的肿瘤细胞和高增殖性细胞	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq, ST-seq	NA	RNA-seq数据	40个scRNA-seq样本和6个ST样本
37	2025-07-17	Utilizing genomics to identify novel immunotherapeutic targets in multiple myeloma high-risk subgroups 2025-Jul-15, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01503-y PMID:40665393	研究论文	本研究利用基因组学方法识别多发性骨髓瘤高风险亚群中的新型免疫治疗靶点	提出了一个结合多组学数据和先验知识的框架，用于识别新型免疫治疗靶点，并验证了亚型特异性靶点	研究未涉及这些新靶点在临床治疗中的实际效果验证	识别多发性骨髓瘤的新型免疫治疗靶点以应对肿瘤异质性	多发性骨髓瘤高风险亚群	基因组学	多发性骨髓瘤	多组学数据分析、流式细胞术、免疫印迹、CRISPR-Cas9敲除模型、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、蛋白质表达数据	两个大型数据集
38	2025-07-17	Light-Regulated Reprogramming in Moss: SHMT1 Mediates Blue Light Enhancement of Cell Regeneration 2025-Jul-15, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.70044 PMID:40665554	研究论文	本研究揭示了蓝光通过上调SHMT1基因促进植物细胞重编程的分子机制	首次发现蓝光通过上调SHMT1基因促进植物细胞重编程	研究仅在小立碗藓中进行，未在其他植物中验证	探究光条件与细胞重编程之间的分子关系	小立碗藓原生质体	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	基因表达数据	不同光照条件下培养24小时的原生质体样本
39	2025-07-17	CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in preclinical models of alcoholic pancreatitis 2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574376 PMID:38903082	研究论文	本研究探讨了CREB与Kras*在慢性炎症下促进胰腺癌进展的分子机制	揭示了CREB在胰腺腺泡细胞向导管细胞重编程中的作用及其与Kras*协同促进胰腺癌进展的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究CREB在酒精性慢性胰腺炎中促进胰腺癌进展的分子机制	Ptf1a CreERTM/+;LSL-Kras G12D+/- (KC)遗传小鼠模型	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、谱系追踪分析、腺泡细胞外植体培养分析	小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	多种小鼠模型（包括KC和KCC-/-小鼠）
40	2025-07-17	Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025 PMID:40215980	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本，揭示了跨癌症谱系和亚群的细胞状态和组成特征及重塑	首次在单细胞分辨率下构建了泛癌症人类脑转移图谱，发现了恶性细胞的染色体不稳定性增加、增殖和血管生成特征增强以及神经样脑转移相关元程序的采用等重复性和富集特征	样本量虽然较以往研究有所增加，但对于某些罕见癌症类型的代表性可能仍不足	探究脑转移的生物学特征及其与临床特征的关系	108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本	digital pathology	brain metastases	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	108 BrM samples and 111 primary tumor samples