单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-02	Progressive accumulation of circulating CD27-CD28- effector/memory CD8+ T cells in patients with lung cancer blunts responses to immune checkpoint inhibitor therapy 2025-May-01, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01448-7 PMID:40307573	research paper	该研究揭示了肺癌患者外周血CD8 T细胞亚群的改变及其对免疫检查点抑制剂治疗反应的影响	首次系统性地描述了肺癌患者外周血CD8 T细胞亚群的组成变化及其与免疫治疗反应的关系	研究样本量有限(224例)，且机制研究不够深入	探究肺癌如何系统性影响CD8 T细胞区室及其临床意义	肺癌患者的CD8 T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	224名肺癌患者
22	2025-05-02	Unveiling the immune microenvironment of complex tissues and tumors in transcriptomics through a deconvolution approach 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14089-w PMID:40307726	研究论文	开发了一个名为DOCexpress_fastqc的docker化工具包和mySORT网络应用程序，用于从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞的组成	提出了一个简化的两步工作流程，整合了hisat2-stringtie管道和定制脚本，并通过mySORT应用反卷积算法解析21种细胞亚类的免疫内容	虽然验证了合成伪批量数据的准确性，但在实际临床样本中的应用仍需进一步验证	提高从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞组成的准确性和效率，以推进癌症免疫治疗策略	肿瘤浸润白细胞的组成	生物信息学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq	反卷积算法	转录组数据	黑色素瘤患者和头颈癌患者的scRNA-seq数据集
23	2025-05-02	Molecular landscape of atherosclerotic plaque progression: insights from proteomics, single-cell transcriptomics and genomics 2025-May-01, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04058-2 PMID:40307879	研究论文	本研究通过蛋白质组学、单细胞转录组学和基因组学方法，全面分析了颈动脉粥样硬化斑块的分子特征，以识别潜在的生物标志物和治疗靶点	采用数据非依赖采集(DIA)蛋白质组学、单细胞RNA测序和孟德尔随机化(MR)的整合方法，首次在87个人类颈动脉斑块中鉴定出6143种蛋白质，并揭示了不同斑块阶段的表达谱差异	样本量相对有限(87例)，且仅针对颈动脉斑块进行研究，结果可能不适用于其他血管部位的粥样硬化病变	阐明粥样硬化斑块进展的分子机制并识别潜在生物标志物和治疗靶点	人类颈动脉粥样硬化斑块(AHA IV-VI型)	分子病理学	心血管疾病	DIA蛋白质组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化(MR)	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、基因组数据	87例人类颈动脉斑块
24	2025-05-02	Inborn errors of immunity underlie clonal T cell expansions in large granular lymphocyte leukemia 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184431 PMID:40309770	research paper	该研究揭示了先天性免疫缺陷（IEI）在T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）中克隆性T细胞扩增的基础作用	首次发现T-LGLL患者的克隆性T细胞扩增可能与先天性免疫缺陷相关，并揭示了IEI变异与T细胞淋巴驱动基因突变的相互作用	样本量相对有限（92例患者），且主要基于欧洲人群	探究T-LGLL发病机制中免疫缺陷的作用	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）患者	血液肿瘤学	白血病	全外显子测序、单细胞RNA测序、TCR测序	NA	基因组数据、转录组数据	92例T-LGLL患者（来自271例队列）
25	2025-05-02	CXCL12+ fibroblastic reticular cells in lymph nodes facilitate immune tolerance by regulating T cell-mediated alloimmunity 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182709 PMID:40309773	研究论文	本研究探讨了淋巴结中CXCL12高表达的纤维网状细胞（FRCs）在调节T细胞介导的同种免疫反应中的作用	发现了一种特定的CXCL12hi FRCs亚群，其在淋巴结中表达高水平的免疫调节基因，并通过调节T细胞分化促进移植耐受	研究主要基于小鼠模型，人类淋巴结数据的验证仍需进一步研究	研究特定FRCs亚群在控制同种免疫反应中的作用	小鼠和人类淋巴结中的CXCL12hi FRCs	免疫学	移植免疫	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	小鼠和人类淋巴结样本
26	2025-05-02	A Visible-Light Photocatalysis/Hydrolysis Hydrogen-Generating Nanoplatform for Dynamic Inflammation Management via Immune Metabolism Orchestration during Wound Repair 2025-Apr-30, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.5c00667 PMID:40117501	研究论文	本研究介绍了一种通过可见光光催化/水解反应产生氢气的纳米平台，用于动态炎症管理，促进伤口修复	开发了一种新型的氢气生成纳米平台，实现了可控的氢气释放，并揭示了氢气在免疫代谢调控中的具体机制	未提及具体的临床前或临床试验结果，可能缺乏实际应用验证	探索氢气在动态炎症管理和伤口修复中的免疫代谢调控机制	炎症管理、伤口修复	纳米医学	慢性伤口	可见光光催化、水解反应、bulk-RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
27	2025-05-02	Spatial transcriptomics: advances and challenges in peripheral nerve sheath tumor 2025-Apr-30, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf116 PMID:40305521	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
28	2025-05-02	Lactylation-Driven NUPR1 Promotes Immunosuppression of Tumor-Infiltrating Macrophages in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413095 PMID:40305758	研究论文	本研究探讨了核蛋白1（NUPR1）在肝细胞癌（HCC）肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的免疫抑制作用及其对免疫治疗结果的影响	首次揭示了NUPR1通过抑制ERK和JNK信号通路促进M2巨噬细胞极化，并通过组蛋白乳酸化上调NUPR1表达，形成免疫抑制反馈环	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证NUPR1靶向治疗的效果	探究NUPR1在HCC免疫抑制微环境中的作用机制及其作为免疫治疗生物标志物和靶点的潜力	肝细胞癌肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外和体内功能实验	NA	基因表达数据、功能实验数据	NA
29	2025-05-02	Single-Cell Transcriptome Reveals Aquaporin-Mediated Carbon Nanosol-Induced Growth Promotion of Plants 2025-Apr-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504459 PMID:40305768	研究论文	研究揭示了碳纳米溶胶通过水通道蛋白介导促进植物生长的单细胞转录组机制	首次在单细胞水平上解析了碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制，并发现水通道蛋白在此过程中的关键作用	研究仅针对烟草根部细胞，未涉及其他植物组织或物种	探究碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制	烟草根部细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	7,897个细胞（代表13种不同细胞类型）
30	2025-05-02	Tumor-infiltrating mast cells as potential chemoimmunotherapy enhancer in triple-negative breast cancer 2025-Apr-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011899 PMID:40306958	research paper	探讨肿瘤浸润性肥大细胞（TIMCs）在三阴性乳腺癌（TNBC）中作为化疗免疫治疗增强剂的潜力	揭示了TIMCs通过富集和激活多种免疫细胞群发挥抗肿瘤作用，为TIMCs靶向治疗与化疗免疫治疗联合应用提供了新思路	未明确提及研究的具体局限性	研究TIMCs在三阴性乳腺癌肿瘤免疫微环境（TIME）中的作用及其对化疗免疫治疗的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤浸润性肥大细胞（TIMCs）	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	整合了小鼠和人类的单细胞测序数据（具体样本量未提及）
31	2025-05-02	APOE deficiency inhibits amyloid-facilitated (A) tau pathology (T) and neurodegeneration (N), halting progressive ATN pathology in a preclinical model 2025-Apr-30, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03036-7 PMID:40307424	research paper	研究APOE缺乏在临床前模型中如何抑制淀粉样蛋白促进的tau病理和神经退行性变	首次在临床前模型中展示APOE缺乏能显著抑制淀粉样蛋白驱动的tau病理和神经退行性变，并揭示了APOE在微胶质细胞转化中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究APOE在阿尔茨海默病ATN病理进程中的作用机制	5xFAD和TauP301S小鼠杂交产生的ATN模型	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ATN小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
32	2025-05-02	Transcriptome associated with single-cell analysis reveal the role of S-palmitoylation in coronary artery disease 2025-Apr-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99648-8 PMID:40307438	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了S-棕榈酰化在冠状动脉疾病（CAD）中的作用，并鉴定了关键基因及其在免疫调节中的功能	首次通过单细胞测序和生物信息学分析揭示了CXCL12、KRTAP4-7和PPP2R2B作为CAD中关键的棕榈酰化枢纽基因，并展示了其作为诊断标志物和治疗靶点的双重潜力	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	阐明S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用机制	冠状动脉疾病（CAD）相关的基因和细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、WGCNA、PPI网络分析、CIBERSORT免疫浸润分析	机器学习算法	基因表达数据	基于GSE113079和GSE121893数据集
33	2025-05-02	KLRG1 identifies regulatory T cells with mitochondrial alterations that accumulate with aging 2025-Apr-30, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00855-9 PMID:40307497	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术识别出与衰老相关的T细胞亚群，并开发了一种流式细胞术面板用于系统分析小鼠中的这些细胞	发现了一种表达KLRG1的调节性T细胞亚群，该亚群在衰老过程中积累并表现出线粒体改变和促炎表型	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探索衰老过程中T细胞亚群的变化及其在炎症和衰老中的作用	小鼠和人类的CD4 T细胞亚群	免疫学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	NA
34	2025-05-02	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	研究通过抑制基质机械感知和TGFβ信号通路，探索治疗心血管纤维化的新策略	发现SRC激酶作为成纤维细胞富集的机械传感器，联合抑制SRC和TGFβ信号通路可协同抑制纤维化基因程序	研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，尚未在人体临床试验中验证	探索抑制基质机械感知和TGFβ信号通路对心血管纤维化的治疗效果	心脏成纤维细胞和小鼠心脏纤维化模型	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序、药物抑制实验	小鼠模型和工程化心脏组织	基因表达数据、生理功能数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集的荟萃分析
35	2025-05-02	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学方法，研究水稻根部细胞如何适应不同的土壤条件	揭示了根部细胞在单细胞尺度上如何响应和适应不同土壤条件的分子机制	研究仅针对水稻根部，可能不适用于其他植物	探究根部组织如何在单细胞水平上适应不同土壤条件	水稻根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
36	2025-05-02	Innate immune training in the neonatal response to sepsis 2025-Apr-30, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01179-5 PMID:40307728	research paper	研究新生儿接种卡介苗（BCG）如何通过重新编程骨髓生成来改善对多微生物败血症的生存反应	揭示了BCG疫苗接种通过同时重新编程骨髓生成的多个方面来改善对败血症的反应，包括扩大多个骨髓亚群和改变其转录景观	训练免疫如何影响宿主保护性反应的具体机制仍未完全明确	探讨新生儿接种BCG疫苗对多微生物败血症生存反应的影响	新生儿，特别是早产儿	免疫学	败血症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
37	2025-05-02	Single-cell sequencing unveils the transcriptomic landscape of castration-resistant prostate cancer-associated fibroblasts and their association with prognosis and immunotherapy response 2025-Apr-30, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14212-x PMID:40307786	研究论文	通过单细胞测序揭示去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的转录组特征及其与预后和免疫治疗反应的关系	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了CRPC-CAFs与PCa-CAFs之间的转录组差异，并发现TGF-β信号通路阻断可增强免疫治疗效果	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证，且样本量可能有限	探究去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的分子特征及其在肿瘤微环境中的作用	去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞（CRPC-CAFs）	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	皮下PCa模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
38	2025-05-02	Multiple-omics analysis of aggrephagy-related cellular patterns and development of an aggrephagy-related signature for hepatocellular carcinoma 2025-Apr-30, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03816-z PMID:40307857	研究论文	通过多组学分析聚集自噬相关细胞模式，并开发了一个用于肝细胞癌的聚集自噬相关特征	首次系统地分析了肝细胞癌中聚集自噬相关基因的调控机制和临床意义，并构建了风险预测模型	研究主要基于公共数据库的RNA-seq数据，缺乏实验验证	探索聚集自噬在肝细胞癌中的调控机制及其临床意义	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, 免疫组织化学	LASSO回归, Cox回归	基因表达数据, 单细胞数据	TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌样本
39	2025-05-02	Single cell RNA sequencing of haematopoietic cells in fresh and frozen human atheroma tissue 2025-Apr-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf014 PMID:39907372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了新鲜和冷冻保存的人类动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组学特征	首次评估了冷冻保存对动脉粥样硬化组织中造血细胞单细胞RNA测序结果的影响，证实冷冻保存样本可用于大规模生物样本库建设	研究中颈动脉样本缺少LYVE1+巨噬细胞，可能由于手术过程中外膜层丢失所致	评估冷冻保存对动脉粥样硬化组织单细胞RNA测序结果的影响，探索生物样本库建设的可行性	人类动脉粥样硬化组织中的造血细胞	单细胞测序	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	5对新鲜和冷冻保存的动脉粥样硬化样本（3例冠状动脉和2例颈动脉）
40	2025-05-02	Microglia aging in the hippocampus advances through intermediate states that drive activation and cognitive decline 2025-Apr-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97671 PMID:40298588	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和假时间分析，揭示了小鼠海马区小胶质细胞在衰老过程中的转录异质性，并确定了小胶质细胞衰老的中间状态	发现了小胶质细胞衰老的中间状态，并证明这些中间状态推动炎症激活和认知功能下降	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究小胶质细胞在衰老过程中从稳态到功能障碍的进展机制	小鼠海马区小胶质细胞	神经科学	老年疾病	单细胞RNA-Seq, 假时间分析	条件性基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	成年小鼠海马区小胶质细胞