单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-27	Applications of spatial transcriptomics in studying spermatogenesis 2025-Jul, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70043 PMID:40202007	综述	本文综述了空间转录组学在研究精子发生过程中的应用	利用空间转录组学技术研究精子发生过程中的分子特征及细胞间相互作用	NA	探讨空间转录组学在理解精子发生及男性不育症中的应用	哺乳动物睾丸中的细胞类型及其相互作用	基因组学	男性不育症	空间转录组学	NA	分子特征数据	NA
22	2025-06-27	Cadmium exposure following early-life respiratory syncytial virus infection promotes lung fibrosis through autophagy inhibition 2025-Jul-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf054 PMID:40268749	研究论文	研究探讨了早期呼吸道合胞病毒（RSV）感染后镉暴露通过抑制自噬促进肺纤维化的机制	揭示了mTORC1激活-自噬抑制通路在镉暴露后加剧炎症反应和肺纤维化中的关键作用，并提出了雷帕霉素（Rapa）作为潜在治疗策略	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究mTORC1在慢性低剂量镉暴露后对早期RSV感染引发的肺纤维化的调控机制	小鼠模型	呼吸系统疾病研究	肺纤维化	代谢组学分析、单细胞RNA测序	小鼠模型	代谢组数据、基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用小鼠模型进行研究
23	2025-06-27	Single-Cell Transcriptomics and Lineage Tracing Unveil Parallels in Lymphatic Muscle and Venous Smooth Muscle Development, Identity, and Function 2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322567 PMID:40371470	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和谱系追踪揭示了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）在发育、特性和功能上的相似性	首次揭示了LMCs和静脉SMCs在转录组和功能上的高度相似性，并确定了它们共同的WT1+中胚层祖细胞来源	研究主要基于小鼠模型，人类LMCs的特性可能有所不同	探究淋巴肌肉细胞的分子特征和发育起源	淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）	细胞生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序、遗传谱系追踪、全标本免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	小鼠后肢和腹股沟-腋窝区域的LMCs和SMCs
24	2025-06-27	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-Binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2025-Jul, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321173 PMID:40401371	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4和FABP5在肺动脉高压（PAH）发病机制中的关键作用	首次发现FABP4/5在肺动脉内皮细胞中的异常表达与PAH的发病机制相关，并阐明了其通过调节内皮细胞糖酵解和远端动脉编程促进血管重塑的分子机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在更大规模的人类临床样本中验证	探究内皮细胞FABP4/5在肺动脉高压发病中的分子机制	肺动脉内皮细胞、PAH患者样本、PH大鼠模型和基因敲除小鼠	分子病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、空间转录组分析、RNA-seq、免疫组化	Egln1Tie2Cre基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质组数据、影像数据	PAH患者样本、PH大鼠模型和多种基因工程小鼠
25	2025-06-27	Aberrant single-cell phenotype and clinical implications of genotypically defined polyclonal plasma cells in myeloma 2025-Jun-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025643 PMID:40009503	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和B细胞受体分析，探讨了多发性骨髓瘤中残留的多克隆浆细胞的异常表型及其临床意义	首次在基因型水平上鉴定了多克隆浆细胞，并揭示了其在疾病进展中的频率变化以及与肿瘤微环境的异常互作	样本量相对较小（46例患者和21例健康供者），且仅基于转录组数据进行分析	探究多发性骨髓瘤中多克隆浆细胞的表型异常及其临床相关性	多发性骨髓瘤患者和健康供者的浆细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	scRNA-seq, sc B-cell受体分析	NA	单细胞转录组数据	46例PC异常患者样本和21例健康供者样本，共234,789个浆细胞
26	2025-06-27	High-Dimensional Analysis of Type 2 Lymphocyte Dynamics During Mepolizumab or Dupilumab Treatment in Severe Asthma 2025-Jun-26, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16633 PMID:40566935	研究论文	研究美泊利单抗和度匹鲁单抗对严重哮喘患者循环2型淋巴细胞的影响	揭示了美泊利单抗通过改变2型淋巴细胞的迁移和功能来减少气道炎症的新机制	样本量较小，特别是度匹鲁单抗治疗组仅有7例患者	探究2型生物制剂对严重哮喘患者循环淋巴细胞的影响	40名严重哮喘患者的外周血单个核细胞	免疫学	哮喘	高参数流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据、转录组数据	40名患者（美泊利单抗33例，度匹鲁单抗7例），其中3例进行scRNA-seq，3例进行刺激实验
27	2025-06-27	Decellularized small intestinal hydrogel-encapsulated BMSCs attenuate dextran sulfate sodium-induced colitis in mice via immunomodulation and tissue repair 2025-Jun-26, Journal of materials chemistry. B DOI:10.1039/d5tb00706b PMID:40566954	研究论文	本研究开发了一种脱细胞小肠水凝胶递送系统，用于包裹大鼠骨髓间充质干细胞（rBMSCs），通过靶向直肠给药治疗小鼠结肠炎	使用脱细胞小肠水凝胶递送系统显著提高了rBMSCs的存活率，并通过多靶点协同作用减轻炎症、氧化应激和组织损伤，为IBD治疗提供了新方法	未来研究需进一步探讨dSI水凝胶与rBMSCs的相互作用机制，优化给药方案，并利用单细胞RNA测序阐明MSC在肠道微环境中的免疫调节作用	开发一种有效且安全的IBD治疗策略	小鼠模型中的结肠炎病变	组织工程与再生医学	炎症性肠病（IBD）	脱细胞小肠水凝胶递送系统	NA	NA	NA
28	2025-06-27	HECLIP: Histology-Enhanced Contrastive Learning for Imputation of Transcriptomics Profiles 2025-Jun-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf363 PMID:40569046	研究论文	提出了一种名为HECLIP的深度学习框架，用于从H&E染色组织学图像中推断空间基因表达谱	采用以图像为中心的对比学习策略，直接从H&E染色图像预测基因表达，减少对空间转录组数据的依赖	NA	开发可扩展的计算方法，弥合成像与转录组学之间的差距	H&E染色组织学图像	数字病理学	NA	对比学习	深度学习框架	图像	公开可用的数据集
29	2025-06-27	CAF-derived LRRC15 orchestrates macrophage polarization and limits PD-1 immunotherapy efficacy in glioblastoma 2025-Jun-26, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf157 PMID:40569145	research paper	该研究探讨了CAF衍生的LRRC15在调节巨噬细胞极化和限制PD-1免疫治疗在胶质母细胞瘤中效果的作用	发现了一个新的CAFs亚群，其高表达LRRC15，并通过激活FAK/SRC/NF-κB通路促进IL8表达，进而影响巨噬细胞的迁移和M2样极化	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索如何通过重编程肿瘤免疫抑制微环境来提高PD-1/PD-L1免疫检查点阻断疗法在胶质母细胞瘤中的效果	癌症相关成纤维细胞(CAFs)和巨噬细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(stRNA-seq)	小鼠模型	基因表达数据	NA
30	2025-06-27	NOX2 Contributes to High-Frequency Outer Hair Cell Vulnerability in the Cochlea 2025-Jun-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408830 PMID:40569247	研究论文	本文通过单细胞RNA测序首次鉴定出NOX2作为与耳蜗基底转氧化损伤相关的差异表达基因，揭示了NOX2在高频外毛细胞脆弱性中的关键作用	首次发现NOX2在高频外毛细胞脆弱性中的关键作用，并证实其通过Nrf2通路发挥保护效应，同时鉴定出人参皂苷Rg1作为潜在干预化合物	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证NOX2的调控机制	探究耳蜗高频区外毛细胞脆弱性的分子机制	小鼠耳蜗外毛细胞	听觉神经生物学	感音神经性听力损失	单细胞RNA测序，基因敲除	NOX2基因敲除小鼠模型	基因表达数据，组织病理数据	未明确说明实验用小鼠具体数量
31	2025-06-27	GPC2-targeted CAR T cells engineered with NFAT-inducible membrane-tethered IL-15/IL-21 exhibit enhanced activity against neuroblastoma 2025-Jun-26, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0975 PMID:40569285	research paper	研究评估了IL-15和IL-21增强的GPC2靶向CAR T细胞在高负荷神经母细胞瘤中的疗效	采用NFAT诱导型膜锚定IL-15/IL-21共表达的GPC2-CAR T细胞，显著增强了对高负荷神经母细胞瘤的杀伤效果并降低了毒性	需要进一步的研究来验证这些发现	优化CAR T细胞疗法以更有效地治疗高负荷神经母细胞瘤	神经母细胞瘤和高负荷神经母细胞瘤模型	肿瘤免疫治疗	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	CAR T细胞	RNA测序数据	高负荷神经母细胞瘤异种移植模型小鼠
32	2025-06-27	TET3 facilitates bladder cancer progression through targeted modulation of stemness pathways 2025-Jun-26, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02857-4 PMID:40569530	研究论文	本研究探讨了TET3在膀胱癌进展中的作用及其通过调控干细胞相关通路促进肿瘤生长的机制	首次揭示了TET3通过调节干细胞相关转录因子（如SOX2和NANOG）和降低DNA 5hmC水平来维持膀胱癌细胞的干性	未探讨TET3在其他类型癌症中的作用，且临床样本量有限	阐明TET3在膀胱癌进展中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	膀胱癌细胞及小鼠模型	肿瘤生物学	膀胱癌	单细胞RNA测序、scissor分析、球体形成实验	NA	基因表达数据、组织学数据	未明确说明样本数量，涉及体外细胞实验和小鼠模型
33	2025-06-27	Multimodal transcriptomics identifies metallothionein as a novel pathway in primary sclerosing cholangitis 2025-Jun-25, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001432 PMID:40560681	研究论文	通过多模态转录组学技术，研究发现金属硫蛋白是原发性硬化性胆管炎(PSC)的一个新通路	首次结合空间转录组学和单核转录组学(snRNA-seq)技术，在PSC肝脏样本中识别出金属硫蛋白(MT1E, MT1G, MT1H)作为新的疾病通路，并定位到纤维化病变边缘的APOE+肝细胞亚型	样本量相对有限(23例PSC和7例疾病对照)，且主要使用移植肝脏样本，可能无法完全代表疾病早期阶段	探索原发性硬化性胆管炎(PSC)的潜在疾病通路和分子机制	人类肝脏样本(23例PSC和7例疾病对照)和小鼠模型	数字病理学	原发性硬化性胆管炎	空间转录组学, 单核转录组学(snRNA-seq), 免疫组织化学	NA	转录组数据	30例人类肝脏样本(23 PSC + 7对照)，76,664个空间转录组点，91,891个单核转录组测序核
34	2025-06-27	Podocyte YAP and TAZ hyperactivation drives glomerular epithelial proliferative diseases in mice and humans 2025-Jun-25, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq3852 PMID:40560997	研究论文	该研究通过免疫染色和空间转录组学分析，揭示了YAP和TAZ在足细胞中的异常激活是导致肾小球上皮细胞增殖性疾病的共同驱动因素	首次发现足细胞中YAP和TAZ的异常激活是多种肾小球上皮细胞增殖性疾病的共同驱动机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本数量有限	探索肾小球上皮细胞增殖性疾病的共同发病机制	人类肾活检样本和小鼠模型	肾脏病学	肾小球疾病	免疫染色, 空间转录组学	小鼠基因敲除模型	组织样本, 基因表达数据	人类肾活检样本(数量未明确)和小鼠模型
35	2025-06-27	Extracellular vesicle-induced lipid dysregulation drives liver premetastatic niche formation in colorectal cancer 2025-Jun-25, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-334851 PMID:40562522	研究论文	本文研究了结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡如何通过驱动肝脏脂质积累促进肝脏转移前微环境的形成	揭示了高转移性结直肠癌细胞通过细胞外囊泡诱导肝脏脂质积累的新机制，并提出了通过抑制脂肪酸合成来预防肝转移的新策略	研究主要基于小鼠模型和患者来源的类器官，需要进一步在人体临床试验中验证	阐明高转移性结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡促进肝脏转移前微环境形成的机制	结直肠癌细胞、细胞外囊泡、肝脏转移前微环境	肿瘤转移机制研究	结直肠癌	脂质组学、单细胞测序	NA	实验数据、临床样本数据	使用小鼠模型和结直肠癌患者肿瘤样本
36	2025-06-27	ETMR stem-like state and chemo-resistance are supported by perivascular cells at single-cell resolution 2025-Jun-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60442-9 PMID:40562749	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胚胎性多层玫瑰花结肿瘤（ETMR）的瘤内异质性和肿瘤微环境中的细胞通讯	揭示了PDGFRβ周细胞作为肿瘤微环境中的关键通讯伙伴，通过细胞外基质介导的相互作用支持肿瘤细胞的干细胞信号传导	研究主要基于体外模型和小鼠模型，人类肿瘤的验证仍需进一步研究	探究ETMR肿瘤的瘤内异质性和微环境细胞通讯机制	人类和小鼠的ETMR肿瘤细胞、体外培养细胞及3D前脑类器官模型	肿瘤生物学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学	3D类器官模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据	约25万个原代人类和小鼠ETMR细胞
37	2025-06-27	Single-cell and spatial transcriptomics of stricturing Crohn's disease highlights a fibrosis-associated network 2025-Jun-25, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02225-y PMID:40562913	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了克罗恩病（CD）纤维化相关的关键转录组和细胞网络	首次结合单细胞和空间转录组学技术，详细描绘了克罗恩病纤维化过程中的细胞和分子网络，并识别了与遗传风险位点相关的空间模块	样本量相对较小（61个样本来自21名CD患者和10名非IBD患者），可能限制统计效力	揭示克罗恩病纤维化的分子机制和细胞网络	克罗恩病患者的肠道狭窄组织	数字病理学	克罗恩病	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	61个样本（21名CD患者和10名非IBD患者）
38	2025-06-27	Mobilizing antigen-presenting mast cells in anti-PD-1-refractory triple-negative breast cancer: a phase 2 trial 2025-Jun-25, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03776-7 PMID:40563015	research paper	该研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）免疫治疗中抗原呈递肥大细胞（apMCs）的作用，并通过临床试验验证了克罗莫林在增强抗PD-1疗效中的潜力	揭示了肥大细胞在肿瘤免疫控制中的关键作用，提出了一种针对apMC的方法来克服抗PD-1耐药性，并通过反向转化框架为精准免疫肿瘤学提供了新思路	研究样本量有限，且仅针对女性抗PD-1耐药性转移性TNBC患者，结果可能不适用于其他人群或癌症类型	探索TNBC免疫治疗中抗PD-1耐药的机制，并寻找新的治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者，特别是抗PD-1耐药性转移性TNBC患者	精准免疫肿瘤学	三阴性乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	临床数据和单细胞转录组数据	44名初治TNBC患者和484名TNBC患者进行独立验证，以及临床试验中的女性抗PD-1耐药性转移性TNBC患者
39	2025-06-27	Integrated transcriptome analysis and combinatorial machine learning to construct a homeostatic model of acetylation for ccRCC and validate the key gene GCNT4 2025-Jun-25, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03837-4 PMID:40563096	研究论文	本研究通过整合转录组分析和组合机器学习，构建了ccRCC的乙酰化稳态模型，并验证了关键基因GCNT4的作用	首次结合多种机器学习算法分析乙酰化相关差异表达基因的预后意义，并验证了GCNT4在ccRCC中的关键作用及其通过调节O-GlcNAc修饰水平影响乙酰化的机制	研究依赖于公共数据库的数据，未进行大规模独立队列验证	探索ccRCC的潜在生物学机制，从乙酰化角度寻找治疗靶点	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者样本及细胞系	生物信息学	肾癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 机器学习算法组合	LASSO + RSF组合模型	基因表达数据, 临床信息	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的ccRCC患者样本及细胞实验数据
40	2025-06-27	Advantages of cell proliferation and immune regulation in CD146+NESTIN+ HUMSCs: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun-24, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae063 PMID:39428975	研究论文	通过单细胞RNA测序研究CD146+NESTIN+ HUMSCs在细胞增殖和免疫调节方面的优势	首次在单细胞水平上揭示了CD146+Nestin+ HUMSCs在细胞增殖、免疫调节和低分化方面的优势，并比较了不同胎龄HUMSCs和BMSCs的差异	样本量较小（仅3个不同胎龄的HUMSCs供体和2个公共数据库的BMSCs数据）	探索HUMSCs中CD146+Nestin+细胞亚群的生物学特性及其临床应用的潜力	人脐带间充质干细胞（HUMSCs）和骨髓间充质干细胞（BMSCs）	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	3个不同胎龄（22+5周、28周和39周）的HUMSCs供体，以及2个公共数据库的BMSCs数据