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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-31 | FXYD3 Promotes Tumor Progression by Binding With IRF7 to Regulate JAK2/STAT5 Signaling in Intrahepatic Cholangiocarcinoma 
          2025-Oct-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
          
         
          DOI:10.1002/advs.202510782
          PMID:41164952
         | 研究论文 | 本研究揭示了FXYD3通过结合IRF7调控JAK2/STAT5信号通路促进肝内胆管癌恶性进展的机制 | 首次发现FXYD3通过其60-87aa结构域直接与IRF7相互作用,通过cGAS/STING通路形成正反馈环路持续激活JAK2/STAT5信号 | 未明确说明样本量的具体数值和研究局限性 | 探究FXYD3在肝内胆管癌进展中的作用机制 | 肝内胆管癌细胞系和动物模型 | 癌症生物学 | 肝内胆管癌 | 单细胞转录组测序, 空间转录组分析, 生物信息学分析 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 22 | 2025-10-31 | CHB-Induced Immune Zonation Chaos Elicited LXRα-mediated Lipid Metabolism Disorders in Kupffer Cells to Induce Cancer Stem Cell Formation 
          2025-Oct-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
          
         
          DOI:10.1002/advs.202510275
          PMID:41164971
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析揭示了慢性乙型肝炎中Kupffer细胞区室化紊乱通过LXRα介导的脂代谢异常诱导癌症干细胞形成的机制 | 首次揭示了Kupffer细胞区室化在疾病进展中的作用,发现了LXRα在Kupffer细胞中的关键调控功能 | 研究主要基于AAV-HBV小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究慢性乙型肝炎向肝癌转变过程中肝脏微环境的动态分子机制 | AAV-HBV小鼠模型和HBV患者的肝脏组织 | 空间转录组学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析 | AAV-HBV小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | AAV-HBV小鼠模型和HBV患者肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 23 | 2025-10-31 | YAP-Induced Glycolysis Drives Fibroinflammation and Disrupts Fibroblast Fidelity 
          2025-Oct-30, Circulation research
          
          IF:16.5Q1
          
         
          DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326480
          PMID:41165345
         | 研究论文 | 本研究揭示了YAP通过诱导糖酵解驱动心脏纤维炎症并破坏成纤维细胞谱系保真度的机制 | 首次发现右心房心脏成纤维细胞具有更高的糖酵解活性和YAP活性,揭示了YAP通过糖酵解促进纤维炎症、诱导成纤维细胞向骨软骨祖细胞状态分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;机制研究集中在Hippo/YAP通路,其他可能参与的通路未充分探索 | 探究Hippo/YAP通路在心脏成纤维细胞代谢微环境调控和纤维炎症中的作用机制 | 心脏成纤维细胞、心脏四个腔室、巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 单核ATAC测序, 代谢研究, 同位素标记葡萄糖摄取测定 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据, 代谢数据 | 人类和小鼠心脏组织样本 | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 24 | 2025-10-31 | Endothelial Protective Effects of Ferulic Acid in Pre-eclampsia Treatment 
          2025-Oct-30, American journal of physiology. Cell physiology
          
         
          DOI:10.1152/ajpcell.00495.2025
          PMID:41165539
         | 研究论文 | 本研究探讨阿魏酸通过STAT3/VEGF信号轴改善子痫前期症状的内皮保护作用 | 首次揭示阿魏酸通过抑制STAT3磷酸化增强内皮屏障功能并改善子痫前期血管功能障碍 | 研究基于L-NAME诱导的小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 评估阿魏酸对子痫前期的治疗潜力及其作用机制 | L-NAME诱导的子痫前期小鼠模型 | 生物医学研究 | 子痫前期 | 单细胞RNA测序, 分子检测 | 动物模型 | 基因表达数据, 生理指标数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 25 | 2025-10-31 | The cell as a token: high-dimensional geometry in language models and cell embeddings 
          2025-Oct-30, Bioinformatics (Oxford, England)
          
         
          DOI:10.1093/bioinformatics/btaf595
          PMID:41165609
         | 综述 | 探讨自然语言嵌入结构理解如何为单细胞数据集分析提供启示 | 将语言模型中的token概念与细胞嵌入进行类比,提出细胞作为token的新视角 | NA | 探索语言模型与细胞嵌入在高维几何结构上的相似性 | 单细胞数据集和自然语言数据 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型, 语言模型 | 单细胞数据, 文本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 26 | 2025-10-31 | Spatially resolved airway niches: mapping epithelial-immune microenvironments in asthma 
          2025-Oct-29, Expert review of respiratory medicine
          
          IF:2.9Q2
          
         
          DOI:10.1080/17476348.2025.2582244
          PMID:41146609
         | 综述 | 本文综述了空间组学技术在哮喘研究中揭示气道上皮-免疫微环境空间异质性的应用 | 整合多种空间组学技术揭示哮喘中先前被忽视的疾病定义性微环境生态位 | 检测成本较高、RNA扩散问题、FFPE工作流程标准化不足、需要全球队列的多组学整合 | 通过空间组学技术解析哮喘气道上皮-免疫微环境的分子环路和异质性 | 人气道活检组织、离体肺切片、小鼠哮喘模型 | 空间转录组学 | 哮喘 | 空间转录组学、多重成像蛋白质组学、空间代谢组学 | 基于图的人工智能 | 空间分子数据 | NA | 10x Genomics,Nanostring,Akoya Biosciences,Vizgen,Ionpath,Standard BioTools | 空间转录组学,多重成像蛋白质组学,空间代谢组学 | Visium-HD,Xenium,CosMx SMI,MERFISH,Imaging Mass Cytometry,MIBI,MALDI-MSI | 10x Visium HD,10x Xenium,Nanostring CosMx SMI,Vizgen MERFISH,Standard BioTools Imaging Mass Cytometry,Ionpath MIBI,高分辨率MALDI-MSI | 
| 27 | 2025-10-31 | scCT-DB, an omnibus for cancer patient-derived paired pre- and post-treatment single-cell transcriptomes to reveal drug perturbation and drug resistance mechanisms 
          2025-Oct-29, Nucleic acids research
          
          IF:16.6Q1
          
         
          DOI:10.1093/nar/gkaf1065
          PMID:41160885
         | 研究论文 | 开发了一个癌症治疗相关单细胞转录组数据库scCT-DB,用于揭示药物扰动和耐药机制 | 首个全面收集患者治疗前后配对单细胞转录组数据的数据库,采用统一流程处理并提供结构化元数据 | NA | 揭示药物扰动和耐药机制,发现预测治疗反应的生物标志物 | 癌症患者治疗前后的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 619万个细胞,来自1142个原始患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 28 | 2025-10-31 | DeepSpaceDB: a spatial transcriptomics atlas for interactive in-depth analysis of tissues and tissue microenvironments 
          2025-Oct-29, Nucleic acids research
          
          IF:16.6Q1
          
         
          DOI:10.1093/nar/gkaf1117
          PMID:41160880
         | 研究论文 | 介绍DeepSpaceDB空间转录组数据库,提供交互式组织微环境分析工具 | 开发了新一代空间转录组数据库,强调交互性和高级分析功能,支持跨样本比较和用户数据上传 | 当前版本主要聚焦10X Genomics Visium样本,平台覆盖范围有限 | 解决空间转录组数据分析和交互探索的技术挑战 | 组织切片和微环境,如阿尔茨海默病模型小鼠海马区域 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组技术 | NA | 空间基因表达数据 | NA | 10X Genomics | 空间转录组学 | 10X Visium | 10X Genomics Visium样本 | 
| 29 | 2025-10-31 | A spatial transcriptomics dataset of the endometrium from repeated implantation failure patients 
          2025-Oct-29, Scientific data
          
          IF:5.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41597-025-05995-6
          PMID:41162434
         | 研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术分析了正常个体和反复种植失败患者子宫内膜组织的空间基因表达图谱 | 首次构建了正常和反复种植失败条件下子宫内膜组织的空间转录组图谱 | 样本量较小(8个组织样本),仅包含4名正常个体和4名RIF患者 | 深入理解反复种植失败患者子宫内膜组织的空间背景特征 | 人类子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组测序 | NA | 空间基因表达数据 | 8个子宫内膜组织样本(4名正常个体,4名RIF患者) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 | 
| 30 | 2025-10-31 | Implication of an exosome-based gene signature for estimating clinical outcomes of triple-negative breast cancer and assisting in individualized therapy 
          2025-Oct-29, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-16751-6
          PMID:41162433
         | 研究论文 | 本研究开发了一种基于外泌体基因特征的模型,用于评估三阴性乳腺癌的临床预后并指导个体化治疗 | 首次构建基于外泌体相关基因的预后特征模型,并发现FAM129B作为潜在治疗靶点 | 研究样本量未明确说明,需要进一步临床验证 | 开发三阴性乳腺癌预后预测模型并探索个体化治疗策略 | 三阴性乳腺癌患者和MDA-MB-231、MDA-MB-468细胞系 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | LASSO分析,单细胞转录组学,基因突变分析,EdU检测,伤口愈合实验 | 基于外泌体基因特征的预后模型 | 转录组数据,基因突变数据,细胞实验数据 | NA | NA | 单细胞转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 31 | 2025-10-31 | Integrated bulk and single-cell transcriptomics identify RELB, S100A9, and SOCS1 as key autophagy-endoplasmic reticulum stress genes linking T2DM with MAFLD 
          2025-Oct-29, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-21641-y
          PMID:41162503
         | 研究论文 | 通过整合批量转录组和单细胞转录组分析,鉴定出RELB、S100A9和SOCS1作为连接2型糖尿病与代谢相关脂肪性肝病的关键自噬-内质网应激基因 | 首次整合批量转录组和单细胞转录组分析,结合机器学习方法鉴定出T2DM与MAFLD共同的关键基因,并通过动物实验验证 | 研究主要基于公共数据库数据,动物模型验证样本量有限,需要进一步临床验证 | 揭示2型糖尿病与代谢相关脂肪性肝病共同的分子机制 | 基因表达数据、大鼠模型肝组织 | 生物信息学 | 2型糖尿病、代谢相关脂肪性肝病 | 转录组测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫组化 | 机器学习、加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据、单细胞数据 | 4个GEO数据集、大鼠模型 | NA | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 32 | 2025-10-31 | The role of miR-21 in early-stage lung adenocarcinoma: clinical and bioinformatics insights 
          2025-Oct-29, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-21742-8
          PMID:41162544
         | 研究论文 | 本研究通过临床样本和生物信息学分析探讨了miR-21在早期肺腺癌中的表达特征及其分子机制 | 整合临床样本检测与多组学数据分析,首次系统揭示miR-21在肺腺癌中的调控网络和预后价值 | 样本量相对有限(50例患者),且主要依赖公共数据库的回顾性分析 | 识别肺腺癌发病机制中的关键microRNA和基因 | 早期肺腺癌患者和健康对照者的外周血样本及公共数据库数据 | 生物信息学 | 肺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,免疫组化,生物信息学分析 | NA | 基因表达数据,单细胞数据,临床数据 | 50例早期肺腺癌患者和50例健康对照 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 33 | 2025-10-31 | Targeting LAG3 to alter the tumor immune reactivity of CD8+T cells is a potential therapy for skin cutaneous melanoma 
          2025-Oct-29, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-22377-5
          PMID:41162565
         | 研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析,揭示了CD8+T细胞在皮肤黑色素瘤中的功能异质性,并证明靶向LAG3可抑制肿瘤增殖和转移 | 首次通过整合scRNA-seq和Bulk RNA-seq分析将CD8+T细胞分为LAG3+和LAG3-亚群,并验证LAG3抑制剂在黑色素瘤治疗中的潜力 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步临床验证;CD8+T细胞亚群的功能机制仍需深入探索 | 探索CD8+T细胞在皮肤黑色素瘤免疫治疗中的作用机制和潜在治疗靶点 | 皮肤黑色素瘤( SKCM)中的CD8+T细胞亚群 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫浸润分析, 细胞间通讯分析 | NA | RNA测序数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA | 
| 34 | 2025-10-31 | A prognostic risk prediction model for gastric cancer based on the EFNA4 and ETS1 regulatory axis in tumor cells 
          2025-Oct-29, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-21728-6
          PMID:41162582
         | 研究论文 | 基于EFNA4和ETS1调控轴构建胃癌预后风险预测模型 | 首次发现EFNA4和ETS1在胃癌中的表达模式并构建整合预后模型,揭示了其与良好预后的矛盾关联机制 | EFNA4高表达与良好预后的矛盾机制尚未完全阐明,需要进一步实验验证 | 开发胃癌预后风险预测模型并探索EFNA4-ETS1调控轴的分子机制 | 胃癌患者样本和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,共识聚类 | 风险特征模型 | 基因表达数据 | 373个TCGA-STAD数据集和单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 35 | 2025-10-31 | Translational framework linking perfluoroheptanoic acid (PFHpA) exposure to metabolic dysfunction associated steatotic liver disease in adolescents 
          2025-Oct-29, Communications medicine
          
          IF:5.4Q1
          
         
          DOI:10.1038/s43856-025-01168-z
          PMID:41162609
         | 研究论文 | 开发了一个转化框架,将全氟庚酸暴露与青少年代谢功能障碍相关脂肪性肝病联系起来 | 首次整合人类队列数据和体外实验,揭示短链未受监管的全氟庚酸对青少年MASLD的影响 | 样本量相对较小(n=136),且研究对象仅限于接受减重手术的肥胖青少年 | 阐明全氟烷基物质在代谢功能障碍相关脂肪性肝病发展中的作用 | 青少年肥胖患者和体外培养的人肝球状体 | 生物医学研究 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 蛋白质组学、代谢组学、单细胞转录组学、LUCID模型 | LUCID(潜在未知聚类与整合数据模型) | 血浆样本、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据 | 136名青少年肥胖患者 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | 
| 36 | 2025-10-31 | scGSDR: Harnessing gene semantics for single-cell pharmacological profiling 
          2025-Oct-29, Communications biology
          
          IF:5.2Q1
          
         
          DOI:10.1038/s42003-025-08788-0
          PMID:41162674
         | 研究论文 | 开发了整合基因语义知识的单细胞药物反应预测模型scGSDR | 通过整合细胞状态和基因信号通路知识来利用基因语义,增强单细胞药物反应预测性能 | NA | 提高单细胞药物反应预测的准确性,识别耐药相关通路 | 单细胞药物反应数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 注意力机制模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 37 | 2025-10-31 | Targeting astrocyte-monocyte-neuron crosstalk in spinal cord injury: therapeutic insights from methyl gallate 
          2025-Oct-29, Spinal cord
          
          IF:2.1Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41393-025-01127-4
          PMID:41162682
         | 研究论文 | 本研究通过整合多组学方法探究没食子酸甲酯在脊髓损伤中的治疗机制 | 首次结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和网络药理学系统解析没食子酸甲酯对星形胶质细胞-单核细胞-神经元通讯的调节作用 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探究没食子酸甲酯在脊髓损伤中的治疗机制 | 脊髓损伤小鼠模型、星形胶质细胞、单核细胞和神经元 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | scRNA-seq, bulk transcriptomics, Mendelian randomization, network pharmacology, molecular docking | NA | 基因表达数据、GWAS汇总数据 | 小鼠亚急性脊髓损伤模型(损伤后3-14天) | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 38 | 2025-10-31 | Multi-omic profiling reveals age-related immune dynamics in healthy adults 
          2025-Oct-29, Nature
          
          IF:50.5Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41586-025-09686-5
          PMID:41162704
         | 研究论文 | 通过多组学分析揭示健康成年人年龄相关的免疫动态变化 | 发现T细胞亚群随年龄发生稳健的非线性转录重编程,且该过程不受系统性炎症或慢性巨细胞病毒感染驱动 | 样本仅来自健康成年人,未包含疾病人群或更年轻年龄组 | 探究年龄对免疫系统动态变化的影响 | 300多名健康成年人(25-90岁)的外周免疫系统 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据, 流式细胞数据 | 300多名健康成年人,其中96人进行为期2年的纵向跟踪 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 39 | 2025-10-31 | Distinct senotypes in p16- and p21-positive cells across human and mouse aging tissues 
          2025-Oct-29, The EMBO journal
          
         
          DOI:10.1038/s44318-025-00601-2
          PMID:41162753
         | 研究论文 | 通过分析人和小鼠衰老组织的单细胞RNA测序数据,揭示了p21和p16阳性细胞中衰老相关分泌表型的异质性 | 首次在体内系统比较p21和p16阳性细胞的衰老特征,发现它们具有独立的轨迹动态且缺乏共表达 | 基于转录组数据的分析,需要进一步实验验证功能差异 | 阐明p21和p16在细胞衰老过程中的不同作用机制 | 人和小鼠多种衰老组织中的细胞 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序, RNA velocity分析, 伪时间分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个单细胞RNA测序数据集,涵盖人和小鼠多种组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 40 | 2025-10-31 | Spatiotemporal gene expression and cellular dynamics of the developing human heart 
          2025-Oct-29, Nature genetics
          
          IF:31.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41588-025-02352-6
          PMID:41162788
         | 研究论文 | 通过结合空间和单细胞转录组学技术,揭示了人类早期心脏发育的分子景观和细胞动态 | 首次提供了人类早期心脏发育的高分辨率转录组图谱,揭示了心脏起搏传导系统、心脏瓣膜和房间隔的形成机制,并发现了心脏间充质细胞的意外多样性 | 研究时间窗口仅限于孕后5.5至14周,可能无法完全覆盖心脏发育的整个过程 | 探索人类心脏发育过程中的时空基因表达模式和细胞动态 | 人类早期发育心脏组织(孕后5.5-14周) | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 成像验证 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据, 图像数据 | 孕后5.5至14周的人类心脏发育样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |