单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-03	Novel CHI3L1-Associated Angiogenic Phenotypes Define Glioma Microenvironments: Insights From Multi-Omics Integration 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70028 PMID:39989140	研究论文	通过多组学整合分析，提出了一种新的CHI3L1相关血管表型分类，用于定义胶质瘤微环境	首次提出基于CHI3L1信号通路的血管表型分类，并通过机器学习算法构建血管相关风险评分（VR score）	研究主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证	探究CHI3L1信号通路在胶质瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用	胶质瘤患者的多组学数据（包括转录组、基因组、数字病理和临床数据）	数字病理	胶质瘤	单细胞RNA测序、机器学习算法、多组学整合分析	机器学习算法（未指定具体模型）	转录组数据、基因组数据、数字病理图像、临床数据	未明确提及具体样本数量
22	2025-05-03	Differential cellular origins of the extracellular matrix of tumor and normal tissues according to colorectal cancer subtypes 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02964-z PMID:40032993	research paper	该研究通过整合定量蛋白质组学和单细胞RNA测序数据，分析了结直肠癌肿瘤微环境中细胞外基质（ECM）的蛋白异质性	鉴定了正常组织和肿瘤组织中ECM蛋白的差异细胞来源，并建立了细胞-基质组数据库，定义了与特定成纤维细胞亚型相关的间充质亚型特异性分子	样本量较小（24个组织样本来自21名患者），可能影响结果的普遍性	理解结直肠癌肿瘤微环境中ECM的蛋白异质性及其与疾病进展的关系	结直肠癌患者的肿瘤组织和相邻正常组织	digital pathology	colorectal cancer	TMT质谱分析、scRNA-Seq、bulk RNA-Seq	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	24个组织样本（来自21名CRC患者）
23	2025-05-03	Macrophage-mediated IL-6 signaling drives ryanodine receptor-2 calcium leak in postoperative atrial fibrillation 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI187711 PMID:40048254	研究论文	本研究探讨了术后心房颤动(poAF)的细胞和分子机制，特别是巨噬细胞介导的IL-6信号在RyR2钙泄漏中的作用	首次揭示了巨噬细胞通过IL-6-STAT3-CaMKII信号通路驱动RyR2-S2814磷酸化，从而导致poAF的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明术后心房颤动的发病机制	小鼠和人类心脏手术后的心房组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、假时间轨迹分析、共聚焦成像	条件性基因敲除小鼠模型(cKO)	单细胞转录组数据、生化数据、功能数据	小鼠模型和人类心包液样本(具体数量未明确说明)
24	2025-05-03	Selective changes in vasopressin neurons and astrocytes in the suprachiasmatic nucleus of Prader-Willi syndrome subjects 2025-May, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.70015 PMID:40055943	研究论文	研究Prader-Willi综合征（PWS）患者下丘脑视交叉上核（SCN）中精氨酸加压素（AVP）神经元和星形胶质细胞的选择性变化	首次揭示了PWS患者SCN中AVP神经元和GFAP表达星形胶质细胞的选择性变化，并探讨这些变化如何影响昼夜节律	样本量有限，且研究基于尸检组织，无法直接观察细胞功能变化	探究PWS患者昼夜节律紊乱的细胞机制	PWS患者和对照组的死后下丘脑组织	神经科学	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织图像数据	PWS患者和匹配对照的死后下丘脑组织（具体数量未明确说明）
25	2025-05-03	Claudin18.2-positive gastric cancer-specific changes in neoadjuvant chemotherapy-driven immunosuppressive tumor microenvironment 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02981-y PMID:40128286	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术，分析了37例胃癌样本，探讨了新辅助化疗驱动的CLDN18.2阳性胃癌肿瘤微环境的免疫抑制变化	揭示了化疗在CLDN18.2阳性胃癌中驱动免疫抑制性肿瘤微环境变化的特异性机制	样本量较小（37例GC样本，其中11例CLDN18.2阳性）	探究CLDN18.2阳性胃癌中新辅助化疗驱动的肿瘤微环境变化	胃癌样本（特别是CLDN18.2阳性病例）	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据	37例胃癌样本（11例CLDN18.2阳性）
26	2025-05-03	Systemic inflammation impairs myelopoiesis and interferon type I responses in humans 2025-May, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02136-4 PMID:40251340	研究论文	该研究通过LPS诱导的系统性炎症模型，揭示了急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制，并提出了IFNβ治疗作为潜在治疗选择	发现了炎症性单核细胞样亚群(infMono)，并揭示了IFNβ可以恢复I型干扰素反应和促炎细胞因子产生	研究基于LPS诱导的模型，可能与实际临床情况存在差异	理解系统性炎症的急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制	人类系统性炎症模型及细菌性败血症和冠状病毒疾病患者队列	免疫学	细菌性败血症, 冠状病毒疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类系统性炎症模型及患者队列
27	2025-05-03	Dissecting the Single-Cell Diversity and Heterogeneity Underlying Cervical Precancerous Lesions and Cancer Tissues 2025-May, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-024-01695-5 PMID:39354287	研究论文	研究从宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌(CSCC)的细胞多样性和异质性	整合四个单细胞数据集，利用scCODA揭示细胞类型组成变化，并通过ATAC-seq分析将表观遗传改变与基因表达谱相关联，识别出与CSCC进展相关的关键转录因子	NA	探索宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌的细胞多样性和异质性	正常组织、癌旁组织、癌前病变和宫颈肿瘤	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序、ATAC-seq、RT-qPCR、免疫组化(IHC)	logistic回归模型	单细胞测序数据、表观遗传数据、基因表达数据	四个单细胞数据集(具体样本数量未明确说明)
28	2025-05-03	Restoring mitochondrial function promotes hematopoietic reconstitution from cord blood following cryopreservation-related functional decline 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183607 PMID:40036065	研究论文	研究探讨了冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响，并提出了一种恢复线粒体功能的策略	首次构建了冷冻保存脐带血造血干细胞的单细胞转录组图谱，并发现冷冻保存导致线粒体功能异常，提出使用萝卜硫素（SF）改善这一现象	研究仅基于体外实验和动物模型，尚未在临床环境中验证SF的效果	探究冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响及可能的改善策略	脐带血中的CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及单核细胞（MNCs）	再生医学	造血系统疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	冷冻保存1、5、10和19年的脐带血样本
29	2025-05-03	Unveiling the immune microenvironment of complex tissues and tumors in transcriptomics through a deconvolution approach 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14089-w PMID:40307726	研究论文	开发了一个名为DOCexpress_fastqc的dockerized工具包和mySORT网络应用程序，用于从转录组数据中解析肿瘤浸润白细胞的组成	提出了一个简化的两步工作流程，整合了hisat2-stringtie管道和定制脚本，通过去卷积算法解析21个免疫细胞亚类的组成，并在准确性和数据可视化方面优于现有方法如CIBERSORT	虽然验证了合成伪批量数据，但在真实世界临床样本中的广泛验证仍需进一步研究	提高癌症免疫治疗策略中肿瘤浸润白细胞组成的解析精度	肿瘤浸润白细胞的组成	生物信息学	黑色素瘤和头颈癌	RNA-seq和scRNA-seq	去卷积算法	转录组数据	使用了来自黑色素瘤和头颈癌患者的scRNA-seq数据集生成的合成伪批量数据进行验证
30	2025-05-03	Molecular landscape of atherosclerotic plaque progression: insights from proteomics, single-cell transcriptomics and genomics 2025-May-01, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04058-2 PMID:40307879	研究论文	本研究通过蛋白质组学、单细胞转录组学和基因组学方法，深入分析了颈动脉粥样硬化斑块的分子特征	首次整合DIA蛋白质组学、单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，全面解析了斑块不同阶段的蛋白质表达谱	样本量相对有限（87例），且仅针对颈动脉斑块进行研究	揭示动脉粥样硬化斑块进展的分子机制，寻找潜在生物标志物和治疗靶点	人类颈动脉粥样硬化斑块（AHA IV-VI型）	分子病理学	心血管疾病	DIA蛋白质组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、基因组数据	87例人类颈动脉斑块样本
31	2025-05-03	Single-cell sequencing combined with bulk RNA seq reveals the roles of natural killer cell in prognosis and immunotherapy of hepatocellular carcinoma 2025-May-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99638-w PMID:40312525	研究论文	结合单细胞测序和批量RNA测序技术，研究自然杀伤细胞在肝细胞癌预后和免疫治疗中的作用	首次构建基于NK细胞相关基因的风险模型，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	研究样本量未明确说明，可能影响模型的泛化能力	探索NK细胞在肝细胞癌中的作用，并构建预后预测模型	肝细胞癌患者和NK细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞测序、批量RNA测序、WGCNA、ssGSEA	LASSO + StepCox、Multicox分析构建的风险模型	RNA-seq数据	NA
32	2025-05-03	Prognosis, immunological features and potential mechanisms of HKR1 in prostate cancer via single-cell and bulk RNA-sequencing 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14230-9 PMID:40312663	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序研究HKR1在前列腺癌中的预后、免疫特征及潜在机制	揭示了HKR1在前列腺癌中的表达、预后价值及其与免疫细胞浸润和特定信号通路的关联，并鉴定出两个新的lncRNA-RBP-HKR1调控轴	研究主要基于在线数据库和有限的实验验证，未涉及动物模型或临床试验	探索HKR1作为前列腺癌预后标志物和免疫治疗靶点的潜力	前列腺癌组织和细胞系	数字病理学	前列腺癌	批量RNA测序和单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA测序数据	前列腺癌细胞系和组织样本（具体数量未明确说明）
33	2025-05-03	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of tumor-associated neutrophils of head and neck squamous cell carcinoma 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14179-9 PMID:40312694	research paper	通过整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，揭示了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤相关中性粒细胞的分子特征	开发了一个基于肿瘤相关中性粒细胞特征基因的预后风险模型(NRS)，并验证了其在预测患者生存期和免疫治疗反应中的有效性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证	探索肿瘤相关中性粒细胞(TANs)在头颈部鳞状细胞癌中的临床意义和分子机制	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq	prognostic risk model (NRS)	RNA-seq数据	来自TCGA和GEO数据库的HNSCC患者样本
34	2025-05-03	Habitat radiomics predicts occult lymph node metastasis and uncovers immune microenvironment of head and neck cancer 2025-May-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06474-7 PMID:40312725	research paper	本研究通过建立源自肿瘤内、肿瘤周围和栖息地区的放射组学模型，用于识别头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的隐匿淋巴结转移（LNM）	研究创新性地结合了放射组学特征和机器学习分类器（如随机森林），开发了预测隐匿LNM的模型，并通过放射基因组学分析揭示了模型与T细胞功能障碍的生物学关联	研究样本主要来自三个医疗中心，可能存在选择偏差，且单细胞RNA测序样本量较小（n=6）	预测头颈部鳞状细胞癌中的隐匿淋巴结转移，并探索其免疫微环境特征	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	digital pathology	head and neck cancer	radiomics, bulk and single-cell RNA sequencing	Logistic Regression (LR), Support Vector Machine (SVM), Random Forest (RF)	image, genomic data	训练集（n=330），内部测试集（n=154），外部测试集（n=183），TCGA基因组集（n=50），单细胞RNA测序集（n=6）
35	2025-05-03	Therapy-induced senescence is a transient drug resistance mechanism in breast cancer 2025-May-01, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02310-0 PMID:40312750	research paper	研究揭示了乳腺癌中治疗诱导的衰老（TIS）作为一种可逆的药物抵抗机制，可能促进复发	挑战了TIS不可逆的传统观点，证明其在乳腺癌细胞中普遍可逆，并作为一种独特的药物抵抗机制	研究主要基于细胞系和动物模型，临床相关性尚需进一步验证	探究治疗诱导的衰老在乳腺癌药物抵抗中的作用机制	四种乳腺癌细胞系和三阴性乳腺癌小鼠模型	癌症生物学	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、表面蛋白质组学	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质组数据	四种乳腺癌细胞系和一组小鼠模型
36	2025-05-03	APOE deficiency inhibits amyloid-facilitated (A) tau pathology (T) and neurodegeneration (N), halting progressive ATN pathology in a preclinical model 2025-Apr-30, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03036-7 PMID:40307424	research paper	研究APOE缺乏在临床前模型中如何抑制淀粉样蛋白促进的tau病理和神经退行性变	首次在临床前模型中证明APOE缺乏可以抑制淀粉样蛋白促进的tau病理和神经退行性变，揭示了APOE在AD病理进程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证	探究APOE在阿尔茨海默病(AD)ATN病理进程中的作用机制	5xFAD和TauP301S转基因小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ATN模型(5xFAD × TauP301S小鼠)	基因表达数据、病理学数据	转基因小鼠模型
37	2025-05-03	Transcriptome associated with single-cell analysis reveal the role of S-palmitoylation in coronary artery disease 2025-Apr-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99648-8 PMID:40307438	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用，并鉴定了三个关键的棕榈酰化相关基因	首次将S-棕榈酰化与冠状动脉疾病联系起来，并鉴定了CXCL12、KRTAP4-7和PPP2R2B作为关键基因	研究基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用机制	冠状动脉疾病相关的基因和细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、WGCNA、PPI网络分析、CIBERSORT免疫浸润分析	机器学习算法	基因表达数据	GSE113079和GSE121893数据集
38	2025-05-03	Innate immune training in the neonatal response to sepsis 2025-Apr-30, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01179-5 PMID:40307728	research paper	研究新生儿对败血症的先天免疫训练反应	揭示了卡介苗（BCG）疫苗接种通过重新编程骨髓生成的多方面来改善新生儿对多微生物败血症的生存率	训练免疫如何影响宿主保护性反应的具体机制尚未明确	探讨BCG疫苗接种对新生儿免疫系统的影响及其在败血症防护中的作用	新生儿，特别是早产儿	免疫学	败血症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
39	2025-05-03	Single-cell sequencing unveils the transcriptomic landscape of castration-resistant prostate cancer-associated fibroblasts and their association with prognosis and immunotherapy response 2025-Apr-30, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14212-x PMID:40307786	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的转录组特征及其与预后和免疫治疗反应的关系	首次在单细胞水平上揭示了CRPC-CAFs的转录组特征，并发现其通过TGF-β信号通路影响免疫治疗效果	研究样本量有限，且主要在动物模型中进行验证	探究去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的分子特征及其在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用	去势抵抗性前列腺癌(CRPC)相关成纤维细胞(CAFs)	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
40	2025-05-03	Multiple-omics analysis of aggrephagy-related cellular patterns and development of an aggrephagy-related signature for hepatocellular carcinoma 2025-Apr-30, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03816-z PMID:40307857	研究论文	通过多组学分析聚集自噬相关细胞模式，并开发了一个用于肝细胞癌的聚集自噬相关特征	首次系统地分析了聚集自噬相关基因在肝细胞癌中的调控机制和临床意义，并构建了风险预测模型	研究主要基于公共数据库的数据，缺乏实验验证	探索聚集自噬在肝细胞癌中的调控机制和临床意义	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, 组织微阵列	LASSO回归, AUCell算法	基因表达数据, 单细胞转录组数据	TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌样本