单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-25	Decellularized small intestinal hydrogel-encapsulated BMSCs attenuate dextran sulfate sodium-induced colitis in mice via immunomodulation and tissue repair 2025-Jul-23, Journal of materials chemistry. B DOI:10.1039/d5tb00706b PMID:40566954	研究论文	本研究开发了一种脱细胞小肠水凝胶递送系统，用于包裹大鼠骨髓间充质干细胞（rBMSCs），通过靶向直肠给药治疗小鼠结肠炎	使用脱细胞小肠水凝胶（dSI）作为递送系统，显著提高了rBMSCs的存活率，并通过多靶点协同作用减轻炎症、氧化应激和组织损伤	未来研究需进一步探究dSI水凝胶与rBMSCs的相互作用机制，优化给药方案，并利用单细胞RNA测序技术阐明MSC在肠道微环境中的免疫调节作用	开发一种有效且安全的炎症性肠病（IBD）治疗策略	小鼠模型中的结肠炎病变	组织工程与再生医学	炎症性肠病	脱细胞技术、水凝胶封装技术	NA	NA	NA
22	2025-07-25	LineGRN: a line graph neural network for gene regulatory network inference 2025-Jul-23, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3591840 PMID:40699953	research paper	提出了一种名为LineGRN的新型线图神经网络框架，用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络	通过准确建模基因对之间的邻域关系，LineGRN有效保留了拓扑结构中的相互作用信号，并通过线图转换产生了高节点度主导的局部网络拓扑，实现了更高效的信息传播	未明确提及具体局限性	开发一种新的计算方法来更准确地推断基因调控网络	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线图神经网络（LineGRN）	scRNA-seq数据	未明确提及具体样本量
23	2025-07-25	Down-regulation of IGFBP2 mediates endometrial epithelial cells senescence in thin endometrium 2025-Jul-23, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf032 PMID:40700608	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析发现IGFBP2表达下调导致子宫内膜上皮细胞衰老，进而探讨了IGFBP2在薄型子宫内膜中的作用及其潜在治疗价值	首次揭示IGFBP2下调通过PI3K/AKT信号通路介导子宫内膜上皮细胞衰老的分子机制，并证明外源性IGFBP2蛋白具有优于已知抗衰老药物Dasatinib的治疗效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未进行临床验证	阐明薄型子宫内膜的发病机制并探索潜在治疗靶点	子宫内膜上皮细胞（原代细胞和Ishikawa细胞系）和薄型子宫内膜小鼠模型	生殖医学	薄型子宫内膜	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
24	2025-07-25	RBM17 promotes hepatocellular carcinoma progression by regulating lipid metabolism and immune microenvironment: implications for therapeutic targeting 2025-Jul-23, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02642-2 PMID:40702000	research paper	本研究探讨了可变剪接因子RBM17在肝细胞癌（HCC）进展中的作用，特别是其对脂质代谢和免疫微环境的调控机制	首次揭示了RBM17通过调控CSAD和HACD3前体mRNA的外显子剪接，影响taurocholic acid（T-CA）生成和脂肪酸代谢，进而促进M2巨噬细胞浸润和调节CD8 T细胞浸润的机制	研究未涉及RBM17在其他类型癌症中的作用，且临床前模型的验证仍需进一步开展	阐明RBM17在HCC进展中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌组织和细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	label-free proteomics, scRNA-seq, high throughput sequencing, FCM, LC‒MS/MS, mIF, Chip	NA	蛋白质组学数据、单细胞测序数据、质谱数据	未明确说明样本数量，涉及HCC组织和多种实验技术
25	2025-07-25	NNMT inhibition in cancer-associated fibroblasts restores antitumour immunity 2025-Jul-23, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09303-5 PMID:40702186	研究论文	该研究探讨了NNMT在高级别浆液性卵巢癌中的作用，并开发了一种NNMT抑制剂以恢复抗肿瘤免疫力	发现NNMT通过诱导H3K27me3低甲基化驱动CAFs分泌补体，吸引免疫抑制性MDSCs到肿瘤，并开发了特异性NNMT抑制剂	研究主要在免疫活性小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	研究NNMT在肿瘤微环境中的免疫调节作用及开发相关治疗方法	高级别浆液性卵巢癌、乳腺癌和结肠癌模型	肿瘤免疫学	卵巢癌、乳腺癌、结肠癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、高通量筛选	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	多种小鼠癌症模型
26	2025-07-25	Precisely defining disease variant effects in CRISPR-edited single cells 2025-Jul-23, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09313-3 PMID:40702188	研究论文	本文提出了一种多组学单细胞测序方法，用于精确评估CRISPR编辑后单个细胞中疾病变体的功能影响	开发了一种结合基因组DNA编辑识别、转录组分析和细胞表面蛋白表达测量的多模态单细胞测序技术	未提及样本量或实验重复次数，可能影响结果的普遍性	解决非编码疾病相关等位基因功能验证的技术瓶颈	人类T细胞中的基因破坏、调控区缺失、非编码单核苷酸多态性等位基因及多重编辑效应	功能基因组学	自身免疫疾病	多组学单细胞测序（含DNA测序/转录组/表面蛋白检测）、CRISPR-Cas编辑	NA	基因组DNA序列、转录组数据、蛋白质表达数据	NA
27	2025-07-25	Transcription factors TCF4 and KLF4 respectively control the development of the DC2A and DC2B lineages 2025-Jul-23, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02208-5 PMID:40702338	研究论文	本研究通过单细胞测序等技术揭示了转录因子TCF4和KLF4分别控制DC2A和DC2B谱系发育的分子机制	首次明确了Klf4表达可将cDC谱系与pDC谱系清晰区分，并定义了两个pre-DC2亚群及其分化调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类DC细胞谱系是否遵循相同机制仍需验证	阐明常规树突状细胞(cDCs)异质性群体的发育调控机制	小鼠常规树突状细胞(cDCs)及其前体细胞	免疫学	NA	单细胞测序、转录因子命运示踪模型、条件性敲除模型、过继转移	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量（小鼠细胞）
28	2025-07-25	Single-cell perspective on the Monocyte-to-HDL cholesterol ratio as a metastasis biomarker in papillary thyroid cancer 2025-Jul-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14373-9 PMID:40702447	research paper	该研究首次从单细胞角度揭示了单核细胞与高密度脂蛋白胆固醇比率（MHR）在甲状腺乳头状癌（PTC）中的潜在作用，并证实其与淋巴结转移（LNM）的显著相关性	首次从单细胞角度研究MHR在PTC中的作用，并结合临床数据和基础实验验证其作为术前LNM预测标志物的潜力	研究样本量有限，且未涉及其他类型甲状腺癌的验证	探索MHR作为PTC淋巴结转移生物标志物的潜在价值	甲状腺乳头状癌（PTC）患者及其淋巴结转移情况	digital pathology	thyroid cancer	scRNA-seq, immunohistochemistry, co-culture, Transwell assays	NA	clinical data, single-cell RNA sequencing data	来自GSE191288和GSE193581数据集的scRNA-seq数据及临床数据
29	2025-07-25	Probability of stealth multiplets in sample-multiplexing for droplet-based single-cell analysis 2025-Jul-23, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11835-z PMID:40702454	研究论文	本文研究了基于液滴的单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的多重捕获问题，特别是样本多重化scRNA-seq（mx-scRNA-seq）中的隐蔽多重捕获（stealth multiplets）概率	提出了隐蔽多重捕获的概念，并开发了一个理论模型来预测其概率，揭示了部分隐蔽多重捕获对数据集的影响	模型假设可能简化了实际情况，且仅针对特定类型的mx-scRNA-seq数据进行了验证	评估mx-scRNA-seq中隐蔽多重捕获的概率及其对数据完整性的影响	基于液滴的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, mx-scRNA-seq	理论模型	单细胞RNA测序数据	NA
30	2025-07-25	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2025-Jul-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03682-8 PMID:40702544	研究论文	介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征异常细胞状态轨迹并整合单细胞基因组学数据	Decipher能够联合建模和可视化正常与扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态，揭示共享和破坏的动态过程	未提及具体的技术限制或数据局限性	开发有效的计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征从正常到异常细胞状态的转变	单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态	生物信息学	胰腺炎、急性髓性白血病、胃癌	单细胞RNA-seq	深度生成模型	基因表达数据	NA
31	2025-07-25	Amlodipine as an Immunomodulatory Agent in Cancer Therapy: Enhancing Dendritic Cell Activation in Combination with Tumor-associated Antigen 2025-Jul-23, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.07.030 PMID:40702728	研究论文	本研究探讨了氨氯地平作为免疫调节剂在癌症治疗中的作用，特别是其对树突状细胞成熟和抗肿瘤免疫的影响	发现氨氯地平能显著促进树突状细胞成熟，并与肿瘤相关抗原联合使用时增强CD8 T细胞活性，为癌症免疫治疗提供了新策略	研究仅在鼠模型中进行，尚未在临床试验中验证	探索氨氯地平在癌症免疫治疗中的潜在应用	树突状细胞和CD8 T细胞	癌症免疫治疗	乳腺癌和结肠癌	流式细胞术、ELISA、单细胞RNA测序	NA	细胞和分子数据	4T1乳腺癌和CT26结肠癌鼠模型
32	2025-07-25	BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062 PMID:40080674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和移植模型，证实了BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）能够形成与天然骨髓相似的功能性骨髓微环境	首次证明BMP-eBM能够支持造血干细胞和CAR细胞，并可作为功能性造血器官移植	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其效果	探究BMP-2诱导的异位骨髓是否能够提供与天然骨髓相似的功能性微环境	BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）和天然骨髓（LB-BM）	生物医学工程	骨髓相关疾病	单细胞RNA测序、移植模型	NA	RNA测序数据、移植实验数据	小鼠模型
33	2025-07-25	Molecular mechanism of potently neutralizing human monoclonal antibodies against severe fever with thrombocytopenia virus infection 2025-Jul-22, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00533-25 PMID:40539781	研究论文	本文研究了针对严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)的高效中和人源单克隆抗体的分子机制	首次从SFTS幸存者中通过单细胞RNA-seq获得多种单克隆抗体，并发现SD4、SD12和SD22具有高中和活性，其中SD4和SD22对不同病毒基因型表现出32-83 pM的强效中和能力	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发针对SFTSV的有效治疗性抗体	严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)及其糖蛋白Gn	分子生物学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞RNA-seq, X射线晶体学	NA	分子结构数据	多种从SFTS幸存者获得的单克隆抗体
34	2025-07-25	Lonidamine alleviates inflammation and tissue remodeling in a mouse model of eosinophilic chronic sinusitis: A single-cell transcriptomics study 2025-Jul-22, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115258 PMID:40700828	研究论文	本研究通过单细胞转录组学探讨了lonidamine在嗜酸性慢性鼻窦炎小鼠模型中的抗炎和组织重塑作用	首次揭示了HK2抑制剂lonidamine通过调控Cxcl1-Cxcr2和Ptn-Ncl信号通路减轻嗜酸性慢性鼻窦炎的炎症和组织重塑	研究仅基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究HK2抑制剂lonidamine对嗜酸性慢性鼻窦炎的治疗潜力	嗜酸性慢性鼻窦炎小鼠模型和人鼻上皮细胞(HNEpC)	单细胞转录组学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠疾病模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，使用人鼻上皮细胞进行体外实验
35	2025-07-25	Integrative causal and single-cell analyses reveal genes responsive to endocrine disruptors driving human male infertility 2025-Jul-22, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118709 PMID:40700968	研究论文	本研究通过整合因果分析和单细胞分析，揭示了内分泌干扰物（EDCs）响应基因与男性不育的关联	首次系统性识别EDCs相关基因，并通过Mendelian随机化和共定位分析验证其与男性不育的因果关系，结合单细胞RNA测序揭示这些基因在生殖细胞中的表达模式	研究主要基于已有数据库和大规模数据集，缺乏实验验证部分基因功能的具体机制	探究内分泌干扰物导致男性不育的分子机制	人类睾丸组织及与男性不育相关的基因	生物医学	男性不育	Mendelian随机化分析、共定位分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、GWAS数据、单细胞RNA测序数据	大规模cis-eQTL和GWAS数据集及人类睾丸组织单细胞RNA测序样本
36	2025-07-25	Differential molecular signatures in response to CD19-CAR T cell therapy compared with conventional pharmacotherapy in systemic lupus erythematosus 2025-Jul-22, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.06.2132 PMID:40701862	研究论文	比较CD19-CAR T细胞疗法与传统药物治疗在系统性红斑狼疮(SLE)中的分子特征差异	首次揭示了CD19-CAR T细胞疗法在SLE中诱导的独特分子特征，包括补体激活和I型干扰素反应的显著抑制，以及脂质代谢途径的上调	样本量较小(7例接受CAR-T治疗的患者)，且为观察性研究	比较CD19-CAR T细胞疗法与传统药物治疗在SLE中的生物学效应差异	系统性红斑狼疮患者	免疫治疗	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序，全血转录组分析	NA	基因表达数据	7例接受CD19-CAR T治疗的患者，30例标准药物治疗后缓解的患者，31例接受利妥昔单抗、贝利尤单抗或环磷酰胺治疗的患者
37	2025-07-25	Systematic characterization of full-length RNA isoforms in human colorectal cancer at single-cell resolution 2025-Jul-22, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf049 PMID:40702779	研究论文	本研究通过高深度长读长单细胞RNA测序技术，系统表征了人类结直肠癌中全长RNA异构体的多样性及其剪接变化	首次在单细胞分辨率下全面解析结直肠癌中全长转录本变异，揭示了癌症细胞转录复杂性的增加、3'-UTR缩短及内含子保留减少等新特征，并发现iCMS3亚型具有更高的剪接因子活性和更显著的3'-UTR缩短	样本量相对较小（仅12例CRC患者），且仅关注结直肠上皮细胞	探究结直肠癌中RNA剪接失调的分子机制及其在肿瘤发生中的作用	结直肠癌患者的结直肠上皮细胞	基因组学	结直肠癌	高深度长读长单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	12例CRC患者的结直肠上皮细胞
38	2025-07-25	"Small extracellular vesicles: messengers at the service of breast cancer agenda in the primary and distant microenvironments" 2025-Jul-21, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03471-y PMID:40691627	综述	本文综述了小细胞外囊泡在乳腺癌原发和远处微环境中的作用及其临床应用潜力	强调小细胞外囊泡在免疫调节、基质重塑和转移微环境形成中的关键作用，并探讨其在液体活检和精准肿瘤学中的潜在应用	小细胞外囊泡的异质性和追踪限制是当前研究的主要挑战	探讨小细胞外囊泡在乳腺癌中的作用及其临床应用	乳腺癌及其微环境中的小细胞外囊泡	精准肿瘤学	乳腺癌	超速离心、免疫亲和、微流控系统、单细胞转录组学、多组学方法	NA	蛋白质、脂质、DNA、非编码RNA	NA
39	2025-07-25	Single cell sequencing deciphering the heterogeneous landscape of blastic plasmacytoid dendritic cell neoplasm with novel MYB-ZFAT fusion gene 2025-Jul-21, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03899-4 PMID:40691845	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了一种新型MYB-ZFAT融合基因在母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤(BPDCN)中的异质性景观	发现了一种新的MYB-ZFAT基因融合，并揭示了BPDCN中细胞群体的多样性，挑战了单一细胞类型的理论	NA	探索BPDCN的分子基础及其发病机制	母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤(BPDCN)患者	肿瘤基因组学	母细胞性浆细胞样树突状细胞肿瘤	单细胞测序、FACS免疫表型分析、核型分析、转录组和蛋白质结构分析	NA	基因组数据、转录组数据	NA
40	2025-07-25	Protocol for conducting a single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin analysis 2025-Jul-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103960 PMID:40700014	研究论文	本文提供了一个用于进行单细胞转座酶可及染色质测序分析（scATAC-seq）的协议	提供了一个详细的scATAC-seq分析协议，包括数据预处理、下游分析和计算多组学整合的步骤	协议主要面向scATAC-seq新手，可能对经验丰富的研究者帮助有限	简化scATAC-seq的分析流程，帮助研究人员更好地进行染色质可及性研究	公开可用的scATAC-seq数据集	基因组学	NA	scATAC-seq	NA	基因组数据	NA