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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-06-21 |
Machine learning-driven QSAR modeling combined with single cell transcriptomics identifies novel drug targets for lung cancer
2026-Jun-19, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08463-w
PMID:42321836
|
研究论文 | 结合单细胞转录组学与机器学习驱动的QSAR建模,识别肺癌的新型药物靶点 | 创新性地整合单细胞转录组分析与机器学习定量构效关系建模,系统性筛选保守于原发及转移灶的潜在药物靶点 | 研究结果尚需实验验证,且虚拟筛选的候选化合物需进一步体内外药效评估 | 识别非小细胞肺癌原发肿瘤与转移灶共有的可成药靶点,推动精准肿瘤治疗 | 非小细胞肺癌原发肿瘤、脑转移及骨转移样本的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、机器学习QSAR建模、分子对接、分子动力学模拟 | XGBoost、随机森林 | 单细胞转录组表达数据、化合物生物活性数据 | 原发NSCLC肿瘤及配对脑、骨转移样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 22 | 2026-06-21 |
GenOT: generative optimal transport enables spatiotemporal interpolation and generation in cross-platform spatial transcriptomics
2026-Jun-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04166-z
PMID:42321873
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研究论文 | 提出了一种名为GenOT的生成框架,结合多尺度图自监督对比学习与最优传输重心理论,实现跨切片和跨平台的空间转录组时空插值与数据生成 | 核心创新在于引入基于最优传输重心的插值算法,能够数学建模异构样本间的空间分布差异,从而重建时空基因表达动态 | NA | 解决空间转录组数据中跨平台异构样本的空间信息整合与数据生成问题 | 空间基因表达数据及其跨样本整合 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 多尺度图自监督对比学习与最优传输模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 23 | 2026-06-21 |
Unveiling a unique microglial phenotype promoting oxidation in the iBRB: insights from single-cell transcriptomics in the NPDR rat model
2026-Jun-19, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-026-01613-z
PMID:42321944
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研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示非增殖性糖尿病视网膜病变大鼠模型中一种促进内血视网膜屏障氧化损伤的独特小胶质细胞表型 | 首次在非增殖性糖尿病视网膜病变大鼠模型中鉴定出一种高表达Spp1的小胶质细胞亚型,该亚型具有高分化潜能并在病变后显著上调,为内血视网膜屏障微环境中的小胶质细胞调控提供了新见解 | 研究基于动物模型,结果需要进一步在人类样本中验证 | 探究非增殖性糖尿病视网膜病变中内血视网膜屏障微环境的细胞异质性和早期病变机制 | Zucker糖尿病肥胖大鼠的视网膜组织 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 36821个细胞(来自伴有视网膜水肿和肾损伤的NPDR大鼠及正常大鼠) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 24 | 2026-06-21 |
Crosstalk between ion homeostasis and lipid peroxidation: Mechanisms and translational opportunities in regulated cell death
2026-Jun-18, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2026.108308
PMID:42315070
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综述 | 系统综述了离子稳态与脂质过氧化在调控性细胞死亡中的相互作用机制及转化医学机遇 | 超越单一离子范式,揭示脂质过氧化作为过渡金属催化氧化应激与通道介导的细胞器功能障碍交汇点的核心机制 | 未提供具体实验数据验证所述机制,主要基于现有文献的理论整合 | 建立靶向离子稳态-脂质过氧化轴的概念框架,指导肿瘤学、心脏病学和神经学疾病修饰疗法的开发 | 调控性细胞死亡中的离子失调与脂质过氧化 | NA | 心血管疾病, 肿瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 25 | 2026-06-21 |
Remodeling of the immune-metabolic landscape triggered by long-term high-altitude exposure
2026-Jun-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117376
PMID:42319823
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和代谢组学,揭示长期高海拔暴露引发的免疫-代谢景观重塑机制 | 首次通过多组学整合分析阐明长期高海拔暴露下“先天激活和适应抑制”的免疫代谢重塑策略,并发现糖酵解-TCA-OXPHOS轴的保守上调 | 研究基于90天短期暴露样本,长期适应机制仍需进一步验证;小鼠模型与人类数据的一致性需更多证据支持 | 探究长期高海拔暴露对免疫-代谢网络的系统性重塑机制 | 46名低海拔居民(90天高海拔暴露)和低氧低压小鼠模型 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 代谢组学, 酶学测定 | NA | 单细胞转录组数据, 代谢物数据, 酶活性数据 | 46名人类受试者,小鼠模型(详细数量未报告) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-06-21 |
Retinoic acid-driven expansion of CD16hiCD177+ neutrophils mediates steroid-resistant GI-GVHD
2026-Jun-18, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025032193
PMID:42322118
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现视黄酸驱动的CD16hiCD177+中性粒细胞亚群介导类固醇耐药性胃肠道移植物抗宿主病 | 首次阐明CD16hiCD177+中性粒细胞亚群在类固醇耐药性胃肠道移植物抗宿主病中的致病机制,并发现视黄酸通过RARA-SPI1转录轴驱动该亚群的扩增和致病程序,提出RARA抑制作为潜在治疗策略 | 研究主要基于患者血液样本和小鼠模型,肠道组织样本的验证尚需进一步补充;且未讨论其他可能参与的中性粒细胞亚群或免疫细胞 | 探究中性粒细胞异质性在类固醇耐药性胃肠道移植物抗宿主病发病机制中的角色 | 接受异基因造血干细胞移植的类固醇耐药性胃肠道移植物抗宿主病患者及小鼠模型 | 数字病理学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 患者血液样本和小鼠模型样本,具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 27 | 2026-06-21 |
Machine learning-assisted prediction of PANoptosis-related molecular targets and precise screening of neuroprotective drugs for spinal cord injury
2026-Jun-17, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2026.115884
PMID:42309342
|
研究论文 | 利用机器学习辅助预测脊髓损伤相关PANoptosis分子靶点并筛选神经保护药物 | 首次将机器学习与RNA-seq、单细胞测序等多维数据整合,构建PANoptosis分子靶点预测及药物筛选框架,并验证了药物Xaliproden与Ripk1蛋白多个结构域的稳定相互作用 | 研究基于小鼠模型,临床转化需进一步验证;药物筛选依赖数据库预测,需实验验证其体内效果 | 预测脊髓损伤后PANoptosis相关的分子靶点并筛选神经保护药物,建立精准治疗体系 | 脊髓损伤小鼠模型(正常、急性期和亚急性期) | 机器学习 | 脊髓损伤 | RNA-seq, 单细胞测序, 机器学习, WGCNA, MCC | 弹性网络-GLM, 随机森林, 支持向量机, LASSO | 基因表达数据 | 小鼠模型样本,具体数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2026-06-21 |
JAK-STAT3-MYC axis defines pathogenic stem cell-like memory CD4+ T cells in rheumatoid arthritis
2026-Jun-17, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2026.110733
PMID:42309459
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研究论文 | 分析了类风湿关节炎中干细胞样记忆CD4+ T细胞的JAK-STAT3-MYC轴特征 | 发现RA CD4 Tscm细胞中STAT3-MYC转录特征升高,且MYC靶基因活性与疾病严重程度相关,提示MYC驱动的转录重编程可能成为治疗靶点 | JAK抑制未能完全抑制STAT3活性,且样本量较小 | 探究类风湿关节炎中干细胞样记忆T细胞的分子特征及其与治疗抵抗的关系 | 类风湿关节炎患者和健康对照的CD4 Tscm细胞 | 单细胞RNA测序 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | 11例RA患者和8例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2026-06-21 |
Single-cell and spatial analyses reveal endothelial-macrophage inflammatory crosstalk in dry age-related macular degeneration
2026-Jun-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08393-7
PMID:42304501
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研究论文 | 整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,揭示了干性年龄相关性黄斑变性中内皮细胞与巨噬细胞之间的炎症性串扰 | 首次发现TNFSF10-TNFRSF10B-NF-κB信号通路在干性AMD中驱动内皮细胞与巨噬细胞的炎症性串扰,并识别出SLC16A10阳性巨噬细胞作为关键促炎细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本的转录组学分析,缺少功能验证实验来确认信号通路的直接因果关系 | 阐明干性年龄相关性黄斑变性中视网膜色素上皮-脉络膜区域的免疫重塑机制及细胞间相互作用 | 干性年龄相关性黄斑变性患者样本和光氧化损伤小鼠模型 | 生物信息学 | 年龄相关性黄斑变性 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 光氧化损伤小鼠模型及人类干性AMD样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2026-06-21 |
Qi Wei Zhi Gan formulation alleviates progressive fibrosis in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis through suppressing Peroxidasin-collagen IV crosslinking
2026-Jun-11, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.158422
PMID:42320088
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研究论文 | 探索芪味脂肝方通过抑制过氧化物酶体-胶原IV交联减轻代谢功能障碍相关脂肪性肝炎纤维化的机制 | 首次揭示了芪味脂肝方通过抑制Pxdn介导的胶原IV交联从而减轻肝纤维化的新机制,并利用单核RNA测序和空间转录组学验证了Pxdn与Col4a1的关联 | 研究主要在动物模型中进行,其临床有效性和机制仍需在人体验证 | 研究芪味脂肝方对代谢功能障碍相关脂肪性肝炎的抗纤维化作用及其与细胞外基质重塑相关的机制 | 小鼠模型(CDAA饮食诱导MASH)、原代肝细胞、人肝脏样本 | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 蛋白质组学、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、腺病毒介导的过表达、单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 蛋白质组数据、RNA测序数据、空间转录组数据 | 小鼠模型(具体数量未在摘要中提及)、人肝脏样本(具体数量未在摘要中提及) | 10x Genomics | 单核RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium用于单核RNA测序,10x Visium用于空间转录组学 |
| 31 | 2026-06-21 |
APOE4 Increases Systemic Inflammation and Alters Metabolic and Neuroprotective Pathways following Multiagent Chemotherapy in Older Human APOE Knock-In Mice
2026-Jun-10, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2026.05.004
PMID:42270071
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研究论文 | 研究APOE4基因型老年小鼠在多药化疗后出现系统性炎症增加以及代谢和神经保护通路改变的现象 | 首次在老年APOE基因敲入小鼠中探讨APOE4对多药化疗后认知功能的影响,并使用空间转录组学揭示脑区特异性通路变化 | 仅使用小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;样本量未知;仅观察化疗后短期(2周)效应 | 探究APOE4等位基因在老年乳腺癌患者化疗后认知障碍中的作用机制 | 14-16月龄APOE3和APOE4基因敲入C57Bl/6小鼠 | 机器学习 | 乳腺癌、神经退行性疾病 | 空间转录组学、磁共振波谱 | NA | 基因表达数据、代谢物数据 | 未明确样本数量,但涉及APOE3和APOE4两种基因型老年小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | 未提供具体平台细节 |
| 32 | 2026-06-21 |
Lanmodulin-Engineered Outer Membrane Vesicles for Synergistic Targeted Radio-Immunotherapy
2026-Jun-09, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.6c03796
PMID:42263768
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研究论文 | 开发了一种可编程的“即插即用”纳米平台TRT@LnOMVs,用于协同靶向放射-免疫治疗,通过展示兰姆调节蛋白(LanM)于外膜囊泡表面,实现高效放射性标记和精准靶向 | 首次利用经改造的减毒沙门氏菌外膜囊泡展示兰姆调节蛋白,实现温和条件下的多样化治疗性放射性同位素高效标记,避免了传统螯合剂方法的局限 | 摘要未提及具体局限性 | 开发一种适应性递送平台,将靶向放射治疗与免疫治疗结合,以增强抗肿瘤免疫反应 | 前列腺癌模型中的肿瘤微环境及免疫细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | NA | 文本、图像 | 前列腺癌小鼠模型与临床批准的Lu-PSMA-617进行比较 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 33 | 2026-06-21 |
Single-cell profiling reveals CCL5Hi GZMAHi effector memory CD8 T cell association to oligoarticular JIA
2026-Jun-03, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keag211
PMID:42046256
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研究论文 | 通过单细胞剖析揭示CCL5Hi GZMAHi效应记忆CD8 T细胞与寡关节型幼年特发性关节炎的关联 | 首次利用单细胞RNA和TCR测序对寡关节型幼年特发性关节炎患者的免疫细胞进行全面分析,发现活化效应记忆CD8+ T细胞等关键细胞群体与疾病和葡萄膜炎相关的致病机制 | 样本量较小(发现队列14个样本,验证队列13+8+6名患者),可能需要更大规模研究来确认结果 | 表征寡关节型幼年特发性关节炎的免疫景观,识别与疾病及眼外表现相关的致病细胞群体和调控机制 | 寡关节型幼年特发性关节炎患者的外周血单个核细胞和配对滑液、伴有葡萄膜炎急性发作患者的外周血单个核细胞及年龄匹配健康对照 | 单细胞分析 | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序,TCR测序,质谱流式 | NA | 单细胞基因表达数据,TCR序列数据,蛋白质表达数据 | 发现队列3名初发未经治疗患者(PBMC+SF,共14个样本)+4名葡萄膜炎患者+4名健康对照;验证队列13名患者+8名葡萄膜炎患者+6名健康对照 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq, 质谱流式 | 10x Chromium, CyTOF | 10x Chromium单细胞RNA和TCR文库制备,Helios质谱流式细胞仪 |
| 34 | 2026-06-21 |
Integrated multi-omics strategies for identifying novel therapies in psoriasis
2026-Jun-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag347
PMID:42209436
|
研究论文 | 通过整合多组学策略来识别银屑病的新型治疗方法 | 首次综合运用蛋白质组范围的孟德尔随机化、表达验证、遗传易感性分析、差异基因表达、共定位、通路富集和蛋白质-蛋白质相互作用等多种方法,系统性地筛选出29个高置信度靶点,其中包括13个新候选靶点 | 摘要未明确提及局限性 | 系统识别银屑病的潜在治疗靶点 | 银屑病和银屑病关节炎的蛋白质靶点和相关基因 | 机器学习 | 银屑病, 银屑病关节炎 | 蛋白质组范围的孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 差异基因表达分析, 共定位分析, 通路富集分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析 | NA | 蛋白质组数据, 表达数据, 遗传数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2026-06-21 |
CIPHER: An end-to-end framework for designing optimized aggregated spatial transcriptomics experiments
2026-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014362
PMID:42241464
|
研究论文 | CIPHER是一个端到端框架,用于设计优化的聚合空间转录组学实验 | 联合优化实验编码矩阵和下游细胞嵌入,并将成像检测的物理限制直接整合到损失函数中 | 基于模拟数据和小鼠脑参考数据验证,对组织异质性和噪声的鲁棒性仍有待进一步验证 | 设计优化的聚合空间转录组学实验框架 | 聚合空间转录组学实验中的特征设计与解码准确性 | 机器学习和数字病理学 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | 神经网络 | 序列数据 | 小鼠脑scRNA-seq参考数据(大规模) | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 36 | 2026-06-21 |
StPedf: Cell trajectory inference of spatial transcriptomics via spatial proximity embedding and spatial density-adaptive fusion
2026-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014346
PMID:42247447
|
研究论文 | 提出一种基于空间邻近嵌入和空间密度自适应融合的细胞轨迹推断方法StPedf,用于从空间转录组数据重建细胞发育轨迹 | 核心创新在于使用带掩码机制的神经网络捕捉高维基因与空间位置的复杂非线性交互,并基于空间密度动态自适应调整嵌入和邻域信息权重,从而实现空间引导的轨迹推断 | 现有方法难以统一建模高维基因表达与空间坐标之间的复杂非线性交互 | 开发一种能够利用空间信息准确推断细胞发育动态轨迹的方法 | 空间转录组数据中细胞的基因表达和空间位置信息 | 机器学学习 | NA | 空间转录组学 | 神经网络 | 基因表达数据、空间坐标数据 | 五个不同结构模拟数据集及三个真实数据集(墨西哥钝口螈端脑再生、原发肿瘤、人背外侧前额叶皮层) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 37 | 2026-06-21 |
RNA Metabolism Genes as Prognostic Biomarkers and Therapeutic Targets in Colorectal Cancer Based on the Analysis of Single-Cell and Bulk-RNA Sequencing Data
2026-06, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71236
PMID:42271539
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,鉴定与结直肠癌进展相关的RNA代谢基因,并评估其临床意义 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据构建基于PCBP3和NGRN的两基因预后模型,并揭示其在结直肠癌中的免疫调控机制 | 仅使用HCT116细胞系进行功能验证,缺乏原代细胞和体内实验支持 | 鉴定结直肠癌中RNA代谢相关基因的生物标志物和治疗靶点 | 结直肠癌患者的单细胞和bulk RNA测序数据 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | 预后模型 | 基因表达数据 | 多个独立验证队列 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 38 | 2026-06-21 |
Immune Landscape and Tumour Heterogeneity in Ovarian Cancer: Insights From Single-Cell RNA Sequencing
2026-Jun, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71235
PMID:42277572
|
综述 | 利用单细胞RNA测序揭示卵巢癌的免疫景观与肿瘤异质性 | 通过scRNA-seq技术高分辨率解析肿瘤微环境中免疫细胞的多样性和功能状态,为个性化免疫治疗提供新平台 | 未提及具体实验验证或临床转化中的挑战 | 研究卵巢癌中免疫细胞浸润的异质性及其对治疗反应的影响 | 卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞(包括树突状细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、自然杀伤细胞和T淋巴细胞等) | 数字病理学 | 卵巢癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2026-06-21 |
Osteoblast-derived CAR3 synergizing with collagen and bone sialoprotein enhances bone formation
2026-05-19, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-026-00443-6
PMID:42156740
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研究论文 | 本研究发现成骨细胞来源的CAR3通过与胶原和骨涎蛋白协同作用增强骨形成 | 首次揭示碳酸酐酶III(CAR3)在成骨细胞中的关键作用及其调控骨骼发育与稳态的机制,特别是CAR3与COL1A1和骨涎蛋白形成三元复合物促进胶原纤维内矿化 | 未提及 | 研究成骨细胞中碳酸酐酶III(CAR3)在骨骼发育和稳态中的功能及机制 | 小鼠颅骨和长骨中的成骨细胞 | 机器学习 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠颅骨和长骨样本 | 未提及 | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2026-06-20 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal mTOR-driven cellular fate of spindle cells and immune evasion in classic Kaposi's sarcoma
2026-Jul, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-025-04063-0
PMID:41525037
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示mTOR驱动经典卡波西肉瘤中梭形细胞的命运和免疫逃逸 | 首次在经典卡波西肉瘤患者中利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示mTOR抑制剂二甲双胍的分子机制,并发现梭形细胞与免疫细胞通过CXCL9-CXCR3信号轴相互作用 | 样本量较小(仅2例患者),需要更大规模研究验证结果 | 评估mTOR抑制剂二甲双胍在经典卡波西肉瘤患者中的治疗潜力及其分子机制 | 经典卡波西肉瘤患者的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 卡波西肉瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 2例经典卡波西肉瘤患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序和10x Visium空间转录组学 |