单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-09	Single-cell transcriptome sequencing reveals new epithelial-stromal associated mesenchymal-like subsets in recurrent gliomas 2025-Jun-07, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02036-6 PMID:40483536	研究论文	该研究通过单细胞转录组测序揭示了复发性胶质瘤中新的上皮-间质相关间质样亚群	发现了复发性GBM中富含EMT相关基因的新间质样亚群，并揭示了EGR1和SERPINE1在其中的关键作用	样本量相对有限(52例)，且仅针对IDH野生型GBM	探索驱动胶质瘤复发的转录和调控机制	IDH野生型GBM标本(26例原发性和26例复发性肿瘤)	数字病理学	胶质瘤	单核RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	52例IDH野生型GBM标本(26原发+26复发)
22	2025-06-09	Heterogeneous characteristics of γδ T cells in peripheral blood of diffuse large B-cell lymphoma 2025-Jun-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00795-x PMID:40483533	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者外周血中γδ T细胞的异质性及其与临床预后的关系	首次在DLBCL患者中鉴定出6种不同的γδ T细胞亚群，并发现TIGIT高表达的γδ T细胞亚群与患者不良预后显著相关	样本量较小（仅6名患者和3名健康个体），需要更大规模的临床验证	探究DLBCL患者外周血中γδ T细胞的异质性及其临床意义	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者的外周血γδ T细胞	肿瘤免疫学	弥漫大B细胞淋巴瘤	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	6名DLBCL患者和3名健康个体的9份血液样本
23	2025-06-09	Unlocking novel T cell-based immunotherapy for hepatocellular carcinoma through neoantigen-driven T cell receptor isolation 2025-Jun-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334148 PMID:39832892	研究论文	本研究通过分析肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤、肝冲洗液和肝引流淋巴结中的T细胞反应，探索了基于新抗原的T细胞受体（TCR）分离在HCC免疫治疗中的潜力	首次在HCC免疫抑制微环境中鉴定出新抗原反应性T细胞，并发现肝冲洗液和引流淋巴结中的T细胞可作为免疫治疗的潜在来源	研究样本量较小（仅7名患者），且未进行体内功能验证	探索HCC微环境中新抗原反应性T细胞的特征及其在免疫治疗中的应用潜力	肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤组织、肝冲洗液和肝引流淋巴结中的T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、T细胞受体（TCR）测序、共培养实验	NA	转录组数据、蛋白质组数据	7名HCC患者的临床样本
24	2025-06-09	Glucocorticoid receptor suppresses GATA6-mediated RNA polymerase II pause release to modulate classical subtype identity in pancreatic cancer 2025-Jun-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334374 PMID:39884837	研究论文	本研究揭示了糖皮质激素受体（GR）激动剂通过抑制GATA6介导的RNA聚合酶II暂停释放来调节胰腺癌经典亚型身份的转录调控机制	发现了GR激动剂通过GATA6调控经典亚型特异性转录的新机制，并利用多种高通量测序技术和基因编辑工具验证了这一机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	揭示胰腺导管腺癌（PDAC）亚型身份的转录调控机制	胰腺导管腺癌的经典和基底亚型	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、ATAC-seq、ChIP-seq、HiChIP、PRO-seq、dCas9基因编辑	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	NA（未明确说明样本数量，但使用了患者来源异种移植模型和原发肿瘤样本）
25	2025-06-09	A spatially organized Cd24a+/Pax9+ stem cell core governs postnatal tooth establishment 2025-Jun-06, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu5653 PMID:40479070	research paper	该研究揭示了Cd24a+/Pax9+干细胞核心在哺乳动物出生后牙齿建立过程中的空间组织作用	发现了Cd24a+/Pax9+干细胞核心在牙齿发育中的关键作用，并证实其在人类牙齿中的保守性	未详细探讨Cd24a+/Pax9+干细胞核心在其他矿化组织中的作用	探究牙齿发育过程中干细胞的空间组织及其调控机制	小鼠和人类的牙齿组织	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、CUT&Tag、空间定位	NA	基因表达数据、空间定位数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠和人类牙齿组织
26	2025-06-09	Cholangiocytes contribute to hepatocyte regeneration after partial liver injury during growth spurt in zebrafish 2025-Jun-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60334-y PMID:40480975	research paper	研究斑马鱼在快速生长期部分肝脏损伤后，胆管细胞对肝细胞再生的贡献	揭示了在快速生长期，胆管细胞通过转分化为肝细胞成为肝脏再生的主要机制，并发现mTORC1信号通路在增强胆管细胞可塑性中的调控作用	研究仅基于斑马鱼模型，未在哺乳动物中进行验证	探索快速生长期肝脏再生的细胞来源和机制	斑马鱼肝脏	发育生物学	肝脏损伤	单细胞转录组学、谱系追踪、基因组编辑	斑马鱼模型	基因表达数据	两种部分肝脏损伤模型的斑马鱼
27	2025-06-09	RAN potentiates nuclear export of phosphorylated AMPK, reshaping lipid metabolism and impairing immune efficacy in lung adenocarcinoma 2025-Jun-06, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00977-8 PMID:40481101	研究论文	本文研究了RAN在肺腺癌中通过调节磷酸化AMPK的核输出影响脂质代谢和免疫疗效的机制	揭示了RAN通过调节p-AMPK的核输出重塑脂质代谢并损害免疫疗效的新机制	样本量较小（n=15），且研究集中于肺腺癌	探索肺腺癌中免疫治疗反应差异的代谢机制	肺腺癌患者和细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	15例肺腺癌患者
28	2025-06-09	Identification of immune-associated genes and single-cell sequencing analysis in diagnosing Behçet's disease 2025-Jun-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05086-x PMID:40481130	研究论文	本研究通过筛选和分析Behçet病(BD)的批量测序和单细胞测序数据，探索了BD的免疫浸润景观，并鉴定了五个新的潜在诊断生物标志物	首次在单细胞分辨率下探索了BD中单核细胞的作用，并通过机器学习筛选出五个新的诊断生物标志物	研究主要依赖于公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型	探索BD的免疫机制并发现新的诊断生物标志物	Behçet病(BD)患者和小鼠模型	生物信息学	Behçet病	批量测序(bulk-seq)、单细胞测序(single-cell seq)、qRT-PCR	LASSO(最小绝对收缩和选择算子)	基因表达数据	来自GEO数据库的BD测序数据和小鼠模型
29	2025-06-09	SpotSweeper: spatially aware quality control for spatial transcriptomics 2025-Jun-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02713-3 PMID:40481362	research paper	介绍了一种名为SpotSweeper的空间感知质量控制方法，用于空间转录组学数据	SpotSweeper利用局部邻域信息来校正空间混杂效应，能够识别局部异常值和区域伪影	NA	提高空间转录组学数据的质量控制	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatially resolved transcriptomics (SRT)	NA	spatial transcriptomics data	publicly available Visium barcoded spots
30	2025-06-09	CellNEST reveals cell-cell relay networks using attention mechanisms on spatial transcriptomics 2025-Jun-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02721-3 PMID:40481363	research paper	该文章介绍了一种名为CellNEST的新方法，用于在空间转录组学中检测细胞间通信网络	提出了一种新型的中继网络通信检测方法，能够识别配体-受体-配体-受体的通信模式	未提及具体的技术局限性	开发一种计算模型来解码细胞间通信模式，以解决当前方法的高假阳性率和通信模式单一的问题	人类淋巴结中的T细胞归巢信号、肺腺癌和结直肠癌中的侵袭性癌症通信、胰腺癌中的中继网络通信	空间转录组学	癌症、糖尿病	空间转录组学、单细胞RNA测序	CellNEST（基于注意力机制的神经网络）	空间转录组数据	NA
31	2025-06-09	Spotiflow: accurate and efficient spot detection for fluorescence microscopy with deep stereographic flow regression 2025-Jun-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02662-x PMID:40481364	research paper	该论文介绍了一种名为Spotiflow的深度学习方法，用于荧光显微镜图像中斑点结构的亚像素级精确检测	将斑点检测问题重新定义为多尺度热图和立体流回归问题，支持2D和3D图像，具有更高的时间和内存效率	NA	开发一种准确高效的荧光显微镜斑点检测方法	荧光显微镜图像中的斑点结构	computer vision	NA	深度学习	NA	image	多种数据集（具体数量未提及）
32	2025-06-09	Decoding neuronal diversity: Mechanisms governing neural cell fate in Drosophila 2025-Jun-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103061 PMID:40482397	综述	本文综述了果蝇神经细胞命运决定的最新研究进展，重点探讨了空间模式、时间模式和神经元类型特异性终端选择转录因子三种关键机制	整合单细胞转录组学和全脑连接组学技术，全面解析神经细胞命运决定机制	主要基于果蝇模型的研究，在高等生物中的适用性有待验证	阐明神经干细胞如何产生神经元多样性的机制	果蝇神经细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学、全脑连接组学	NA	转录组数据、神经连接数据	NA
33	2025-06-09	FCGR2A contributes to M2 macrophages polarization in HCC through IL-4/JAK/STAT6 axis 2025-Jun-06, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102429 PMID:40482466	研究论文	本文研究了FCGR2A在肝细胞癌(HCC)中通过IL-4/JAK/STAT6轴促进M2巨噬细胞极化的机制	揭示了FCGR2A通过IL-4/JAK/STAT6轴驱动M2巨噬细胞极化的新机制，为靶向巨噬细胞的HCC治疗提供了理论依据	未明确说明样本量大小及具体实验设计细节	探究FCGR2A在HCC肿瘤微环境中对巨噬细胞极化的调控机制	肝细胞癌(HCC)肿瘤微环境中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
34	2025-06-09	An erythroid-biased FOShi hematopoietic multipotent progenitor subpopulation contributes to adaptation to chronic hypoxia 2025-Jun-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.010 PMID:40220764	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了模拟长期高海拔缺氧的高海拔红细胞增多症（HAPC）小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞，发现了一种独特的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP，并探讨了其在缺氧适应中的作用	发现了一种新的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP，其具有独特的干扰素信号响应性，并在缺氧条件下扩增，揭示了HSPCs在更快适应缺氧环境中的记忆功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究缺氧适应和适应不良的细胞和分子机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞	分子生物学	高海拔红细胞增多症（HAPC）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
35	2025-06-09	3D reconstruction of a human Carnegie stage 9 embryo provides a snapshot of early body plan formation 2025-Jun-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.04.007 PMID:40345192	研究论文	利用空间转录组学技术对Carnegie stage 9人类胚胎进行3D重建，揭示了早期身体计划形成的转录组和空间复杂性	首次在空间详细层面上分析了完整的人类CS9胚胎，识别了多种细胞类型，并观察到了后脑发育的两条不同轨迹	研究仅基于一个胚胎样本，可能无法完全代表所有CS9胚胎的变异性	理解人类早期胚胎发育过程中身体计划形成的机制	Carnegie stage 9人类胚胎	发育生物学	NA	空间转录组学	3D重建模型	空间转录组数据	1个完整的人类CS9胚胎，75个横断面冷冻切片
36	2025-06-09	Transmembrane emp24 domain-containing protein 3 promotes the malignant progression of glioma by regulating the ZBTB7A signaling axis 2025-Jun-05, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-025-00274-7 PMID:40471367	研究论文	本研究探讨了跨膜emp24结构域包含蛋白3（TMED3）在胶质母细胞瘤（GBM）恶性进展中的作用及其通过调控ZBTB7A信号轴的机制	首次揭示了TMED3通过调控ZBTB7A信号轴促进GBM恶性进展的机制	研究主要基于TCGA数据库和实验模型，临床样本验证有待进一步开展	探索GBM新的治疗靶点	胶质母细胞瘤（GBM）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、免疫共沉淀、体外和体内实验	NA	基因表达数据、实验数据	TCGA数据库中的GBM样本及实验模型
37	2025-06-09	Multi-omics exploration of CAV1+ tumor epithelial subcelltype in oral squamous cell carcinoma and its impact on the immune microenvironment 2025-Jun-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02843-2 PMID:40471478	研究论文	本研究通过多组学方法探索口腔鳞状细胞癌中CAV1+肿瘤上皮亚细胞类型的特征及其对免疫微环境的影响	首次鉴定出CAV1+上皮亚细胞类型(CAV1+EIP)并揭示其通过NECTIN1-CD96信号网络与T细胞相互作用导致免疫逃逸的机制	研究样本量有限，且未在更大规模的队列中验证发现	揭示口腔鳞癌肿瘤上皮细胞亚型的特征及其在肿瘤进展中的作用	口腔鳞状细胞癌(OSCC)肿瘤上皮细胞亚型和免疫微环境	数字病理	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学	NA	单细胞转录组数据和空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，仅提及来自口腔鳞癌患者的样本
38	2025-06-09	Muscle stem cells in Duchenne muscular dystrophy exhibit molecular impairments and altered cell fate trajectories impacting regenerative capacity 2025-Jun-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07755-1 PMID:40473604	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了杜氏肌营养不良症（DMD）中卫星细胞的分子损伤和细胞命运轨迹变化，及其对再生能力的影响	首次使用单细胞RNA测序技术揭示DMD卫星细胞的转录组和细胞组成变化，并发现自噬诱导可以挽救DMD前体细胞的分化能力	研究主要基于小鼠模型，结果在人类DMD患者中的适用性需要进一步验证	探究DMD中卫星细胞功能障碍的分子机制及其对肌肉再生的影响	杜氏肌营养不良症（DMD）小鼠模型中的卫星细胞	分子生物学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用mdx和D2-mdx两种DMD小鼠模型的卫星细胞
39	2025-06-09	Machine learning and multi-omics analysis reveal key regulators of proneural-mesenchymal transition in glioblastoma 2025-Jun-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04862-z PMID:40473799	研究论文	该研究通过机器学习和多组学分析揭示了胶质母细胞瘤中前神经-间质转化的关键调控因子	鉴定了17个与PMT相关的关键基因，并发现这些基因主要在免疫细胞和血管中表达，为胶质母细胞瘤治疗提供了新靶点	PMT的细胞和分子机制仍不完全清楚	探索胶质母细胞瘤前神经-间质转化(PMT)的关键调控机制	胶质母细胞瘤(GBM)及其前神经和间质亚型	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组分析、蛋白组学、单细胞转录组分析	Lasso、Cox、Step机器学习算法	转录组数据、蛋白组数据、单细胞数据	NA
40	2025-06-09	Multi-omics analyses reveal interactions between GREM1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in gastric cancer 2025-Jun-05, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00967-w PMID:40473882	研究论文	通过多组学分析揭示了胃癌中GREM1+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用	整合了bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学技术，首次揭示了GREM1+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞在胃癌中的相互作用及其临床意义	研究主要基于转录组数据，缺乏功能性实验验证这些细胞相互作用的分子机制	探索胃癌微环境中细胞间相互作用的特征及其治疗潜力	胃癌组织中的GREM1+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞	肿瘤微环境研究	胃癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫组化染色	NA	转录组数据, 空间转录组数据	12个独立的胃癌数据集